STRUCTURA PROTEINELOR

Biochimia:
- ca termen a fost ntrodus pentru prima dat in 1903 de ctre Carl Neiberg.
- Bios (din greac nseamn "via").
- este tiina care studiaz bazele moleculare ale vieii.
- este tiina despre structura i transformarea substanelor chimice, care ntr n componena materiei vii, procesele
fizico-chimice, care stau la baza activitii vitale.
- este nrudit cu fiziologia, chimia organic dar nu este o simpl sintez a acestor tiine.

Deosebim biohimie:
- static - studiaz componena materiei vii i proprietile compuilor biologici separai.
- dinamic studiaz complexitatea modificrilor de substane n organism.
- funcional cerceteaz procesele chimice ce stau la baza diferitelor manifestri ale vitalitii.
Rolul biochimiei n practica medical:
Pe plan teoretic descoperirile biochimiei mbogesc i adncesc cunotinele despre manifestrile vitale.
n domeniul practicii promoveaz progresul :
cercetrilor medicale;
diagnosticului clinic de laborator;
al farmacologiei i farmaceuticii;
al microbiologiei, virusologiei i imunologiei.
Studiaz:
-compoziia chimic a esuturilor i lichidelor biologice n condiii fiziologice i patologice,
-corelaiile dintre modificrile metabolice ale diferitor organe, esuturi i lichide biologice;
-dinamica indicilor metabolici n diverse stri fiziologice (mbtrnire, efort fizic) i n patologii
2. Particularitile materiei vii:

gradul superior de organizare structural (caracterizat

(caracterizat prin structura compus i diversitatea de molecule)

Funcia strict determinat i sensul su specific pentru fiecare parte component.

Capacitatea de a transforma i a utiliza energia

Schimbul de substane cu mediul nconjurtor i autoreglarea transformrilor chimice.

Capacitatea de autoreplicare sau transmitere a informaiei genetice.

Metodele
Metodele de studii biochimice
Biochimia are de-a face cu obiectele vii, folosind metode extrem de fine de separare a anumitor substane.
- Obiect de studiu poate fi organismul integru pe care se fac concluzii (administrarea unor substane i determinarea
produselor finale, care se elimin),
- organ, esut, celul care mai nti se supun omogenizrii (frmirii) folosind omogenizatoare speciale care le
dezintegreaz pn la structuri subcelulare (nuclee, mitocondrii, lizozomi, peroxisomi, citomembrane), care se separ
prin ultracentrifugare, apoi se extrag structuri biomoleculare, care se reextrag,se purific prin distilare, evaporare,
dializ, evaporare, electroforez, cromatografie, i multe alte metode.
Cele mai importante descoperiri ale secolului XX
- 1902 - A Fier a efectuat sinteza artificial a proteinei, a elaborat teoria polipeptidic a structurii proteinei
- Knoop i Linen, Lipman, Kennedy, Leninjer au elucidat procesele de oxidare i sintez a acizilor grai i altor lipide.
- Emben, Meierhof Krebs, M.Dikkens, Varburg ct i Engelhardt, Parnas, Ivanov, au creat schemele diferitor ci de
transformare a glucidelor i formare n cursul acestor transformri a ATP- ca purttor chimic de energie.
- Brautein, Severin, Orehovschi, Coland, Linen au separat multe enzime n stare cristalin, au stabilit structura lor,
mecanismele reaciilor chimice i reglarea activitii acestora.
- n ultimii 30-40 de ani n studiile biochimice au aprut modificri radicale datorit utilizrii metodelor moderne de
cercetare. A crescut considerabil sensibilitatea i exactici
tatea aprecierilor cantitative a diferitor metabolii n
exacticitatea
structurile biologice.
Proteinele:
roteinele:
- sunt substanele organice azotate, alctuite din AA, legai n lanuri prin legturi peptidice, care posed cel mai nnalt
grad de complexitate, varietate molecular, i care prezint specificitate de specie, de organ.
-"proteios", din greac
greac nseamn "de prim rang", pentru via.
- ca termen folosit pentru prima dat n 1838 de ctre savantul german Mulder.
-"Majoritatea modificrilor biochimice n organismele vii snt determinate de proteine.
proteine.
Rolul biologic al proteinelor:
proteinelor:

Structural (colagenul, elastina, keratina);

Catalitic (amilaza, pepsina, LDH);

De recepie (receptorii hormonali);
contractil i loc
locomotor (dinamic) actina, miozina;
miozina;
transport i depozitare (Hb transport oxigenul, iar Mb l depoziteaz n muchi; transferina i feritina transport i
depoziteaz fierul n snge, ficat);
reglator i hormonal - reglarea creterii i diferenierii celulelor (insulina,
(insulina, proteinele- represor);
de protecie
protecie fa de corpi strini, virusuri, bacterii (imunoglobuline);
homeostatic meninerea constantelor sngelui (albuminele determin presiunea oncotic cantitatea, volumul
lichidului n vasele sanguine);
de rezerv, trofic proteinele alimentare.

Teoria polipeptidic a structurii proteinei

- nnaintat n 1902 de Emil Fier
Este: Proteinele sunt substanele organice azotate, alctuite din AA, legai n lanuri prin legturi peptidice, care
posed cel mai nnalt grad de complexitate, varietate molecular, i care prezint specificitate de specie, de organ.
Putem deduce principalele caracteristici ale proteinelor

coninutul de Azot este destul de constant (n medie 16% din masa uscat).

Prezena permanent a componenilor structurali AA

Prezena legturilor peptidice ntre AA cu ajutorul crora se leag n LP

Masa molecular mare (de la 4-5 pn la cteva milioane de Daltoni).

Organizarea structural complicat.

Argumente experimentale ale teoriei polipeptidice :
Eliberarea la hidroliz a unui numr esenial de grupri funcionale carboxilice i aminice, care erau ocupate n
formarea legturii peptidice.

Reacia pozitiv cu biuretul dovedete prezena legturii peptidice, alte reacii de culoare ca Ninhidrinicdovedete prezena alfa AA.

Analiza Rentgenostructural a permis de a vedea repartiia resturilor de AA din catena polipeptidic ct i

organizarea lor.

Argumentarea de baz este posibilitatea de a sintetiza proteina, care posed activitate biologic.

Structura:
primar, secundar,
secundar, teriar
eriar,,

Gradele de organizare ale moleculei proteice

cuaternara

Aminoacizii
sunt derivaii acizilor carboxilici la care un atom de H a fost substituit de grupa aminic.
n funcie de poziia n care a avut loc substituia destingem alfa, beta, gama i etc. AA.
20 de aminoacizi fundamentali proteinogeni sunt Alfa AA i sunt de linia L.
AA pot fi clasificai dup urmtoarele principii:

Dup structura R lateral (n alifatici aromatici; substituii-nesubstituii; dup acidul carboxilic, n care a fost
substituit atomul de H)

n funcie de proprietile fizico- chimice (acizi, bazici i neutri)

i clasificarea biologic dup gradul de indespensibilitate al AA pentru organism

Structura primar

prezint componena i succesiunea aminoacizilor din lanul polipeptidic, determinat genetic.

Este stabilizat de legturile peptidice covalente, care se formeaz la interaciunea grupei -carboxilice
-carboxilice a unui
aminoacid cu -aminogrupa
-aminogrupa urmtorului aminoacid.
Structura primar
Proprietile legturii peptidice:

este o legtur covalent

coplanarea toi atomii grupelor peptidice se afl ntr-un singur plan

2 forme de rezonan(ceto sau enol)

poziia trans a subst

substituienilor n raport cu leg C-N

capacitatea de a forma legturi de hidrogen (fiecare gr. peptidic poate forma 2 legturi de hidrogen)

Principiile de descifrare a succesiunii AA-etapele:

AA-etapele:
hidroliza acid a proteinelor cu determinarea calitativ i cantitativ a AA.
AA.
determinarea AAr
AAr N i C terminali.
La determinarea AA N-terminal se utilizeaz:

-metoda Sandger (cu fluordinitrobenzol)

- Edman (cu fenilizotiocianat)

- enzimatic (cu aminopeptidaza)

-metoda cu dansil
Determinarea AA C-terminal se efectueaz prin:

Metoda chimic cu hidrazina (metoda Acabori)

enzimatic (carboxipeptidaz)

reductori: NaBH4 sau LiBH4

Principiile de descifrare a succesiunii AA-etapele:
AA-etapele:

hidroliza selectiv a proteinei prin doua metodele diferite (tripsina, chimotripsina, pepsina) sau chimice (cu
bromura cianidic)

identificarea succesiunii AA n fragmentele obinute prin metoda Edman.

deducerea structurii primare prin suprapunerea segmentelor obinute.

Metoda lui Sand

Sandger
Metoda lui Edman
Metoda lui Acabori
Orice dereglare a structurii primare a proteinelor duce afectarea proprietii biologice.
BUFET BUKET
n anii 50 a fost descris structura primar a hemoglobinei, ce const din 600 resturi de AA i dac n loc de acidul
glutamic se include valina Hb devine mai nestabil, mai ru fixeaz O2 , este insolubil i duce la apariia anemiei cu
celule falciforme.
Structura secundar

reprezint modul mpachetrii catenei polipeptidice ntr-o structur ordonat, datorit formrii legturii de H ntre
grupele peptidice ale unei catene sau a catenelor nvecinate.

Dup configuraie structura secundar poate fi sub form de -elice, sau s structur

n spaiu molecula proteic tinde s ocupe o form cu cea mai mic energie liber.
Particularitile de baza ale -spiralei:

orientat spre dreapta

posed simetrie elicoidal;

legturile de hidrogen se formeaz ntre grupele peptidice ale primului i ale celui de al patrulea rest de aminoacid;

radicalii laterali ai aminoacizilor nu particip la formarea -spiralei i snt dispui n exterior.

regularitatea i identitatea spirelor: nalimea

nalimea unei spire constituie 0,54 nm (5,4 A) i cuprinde 3,6 resturi de
aminoacizi (nlimea unui aminoacid este de 0,15 nm sau 1,5 A).
A).

Periodicitatea regularitii -spiralei este egal cu 5 spire sau cu 18 aminoacizi. Lungimea unei perioade este de 2,7
nm.
Aminoacizii ce diminuieaz (mpedic) formarea elicei:
Prezena:
Prezena:

prolinei (atomul de N nu are H i nu e capabil s formeze legturi de hidrogen intracatenar se formeaz o

ndoire, o ncovoiere n lan.

radicalilor voluminoi ((Val, Asp) confer o strngere steric a elicei)

Ser, Tre gr. OH pot forma puni de H pot servi ca factori destabilizatori

Glu, Liz, His, Arg apar fore electrostatice de respingere sau atragere

-structur

are configuraia curbat, care se formeaz cu ajutorul legturilor de hidrogen intercatenare n limita unor sectoare
a aceluia lan polipeptidic sau a lanurilor alturate.

Aceast structur se mai numete structur n straturi pliante.

-structur poate fi de 2 tipuri:

cross form particip un singur lan

-structur complet particip 2 sau mai multe catene, care pot fi:
- paralele (N-terminaiile catenelor polipeptidice snt ndreptate n aceeai direcie)
- antiparalele (N-terminaiile snt ndreptate n diferite direcii).

distana ntre 2 resturi de aminoacizi este de 3,5 A

Structura teriar
reprezint modul de mpachetare a LP n spaiu tridimensional.

proteinele se mpart n globulare i fibrilare.

se formeaz datorit interaciunii dintre radicalii AA situai la distanta.

Legturile ce stabilizeaz structura teriar:

Legturile covalente:
- disulfidice,
- pseudopeptidice
- esterice

Legturile polare
- de hidrogen,
- ionice,
- electrostatice

interaciuni hidrofobe
-forele
-forele Van der Waals
Domeniile:
omeniile:
reprezint regiuni compacte cu organizarea teriar specific, relativ rigide, separate ntre ele de segmente mai puin
organizate care permit micarea unui domeniu n
n raport cu altul.
altul.
- sunt responsabile de anumite funcii
- cu structuri i proprieti similare sunt prezente n diferite proteine
Structura cuaternar a proteinelor:
proteinelor:
este caracteristic pentru proteinele
proteinele alctuite din mai multe LP(
LP(protomeri sau subuniti)
subuniti).
reprezint asamblarea
asamblarea protomerilor n spaiu (oligomer)
Funcia specific a unei proteine oligomere se manifest numai la nivelul structurii cuaternare, protomeri separai sunt
inactivi.

Legturi care stabilizeaz structura cuaternar sunt legturile slabe (de hidrogen, saline, fore hidrofobe etc.).

Interaciunile prin suprafee

complementare prezint fenomenul
de cooperare- primele interaciuni
favorizeaz formarea celorlalte.
Ex. molecula hemoglobinei const
din 4 protomeri.

Proteinele fixatoare de Ca

sunt proteine ce posed afinitate major de legare a ionilor de Ca. Toate aceste proteine conin resturi de
carboxiglutamat de care se fixeaz ionii de Ca. carboxiglutamatul se formeaz din Glu sub aciunea enzimei
(carboxilaza), care ca coenzim are vitamina K.

Exemple:
- colagenul
- calmodulina o protein mic ce posed patru locusuri de fixare pentru ionii de Ca
- factorii coagulrii sngelui(II,VII,IX, X)
- fosfolipaza C
Colagenul:

cea mai rspndita protein din organism.

Este o protein extracelular, fibrilar, componenta major a esutului conjuctiv i osos. n esutul conjuctiv ea
ofer rezisten, iar n cel osos constituie carcasa organic a mineralizrii.

Particularitile structurale:
1. Fiecare al treilea aminoacid din caten este prezentat prin glicin (30%)
2. Fiecare al patrulea - prin prolin i hidroxiprolin (25%)
3. Conine 10% alanin
4. Conine hidroxilizin
5. Coninutul tioaminoacizilor i tirozinei este redus

Se deosebesc cinci feluri de lanuri primare: 1I, 1II, 1III, 1IV, 2. Prin combinarea lor se formeaz 4 tipuri
principale de colagen.
Colagenul:

Structura primar prezint o caten polipeptidic curbat alctuit din circa 1000 resturi de aminoacizi.

Structura secundar reprezint alfa catene spiralate rsucite spre stnga

3 alfa catene spiralate, rsucite spre stnga formeaz tropocolagenul. Tropocolagenul este subunitatea structural
a colagenului.

Structura cuaternar: aezarea subunitilor de tropocolagen sub form de trepte, fiecare molecul fiind deplasat
cu din lungime fa de moleculele vecine. Monomerii sunt legai stabil prin legturi covalente ncruciate inter i
intramoleculare, care le confer microfibrilelor rezisten mecanic. Prin asocierea microfibrilelor se formeaz fibrilele,
iar din ele - fibra de colagen.

Colagenul este proteina care activ fixeaz ionii de Ca2+.

Clasificarea contemporan a proteinelor.
Savanii M.Levitt i C.Chiothia (1970) examinnd structura proteinelor le-au devizat n 5 clase (fiecare clas difer
dup prezena i poziia -spiralei i -structurii).

Proteine ce conin 100% -elice, formnd o structur globular;

Proteine ce conin -structur i, de regul, sunt alctuite din dou straturi antiparalele sau situate n forme
butoiae;

Proteine ce conin att ct i componente;

Proteine ce nglobeaz / segmente alternate n structura secundar, formnd structura teriar cu centrul i
ncercuite de -spirale;

Proteine neorganizate cu structura secundar evideniat nesemnificativ.

Dup dinamica domeniilor structurale
Proteine cu domenii rigide, imobile, dure, unite prin segmente mari, flexibile, ce le permit fluctuaii n diapazon larg;
Proteine cu domenii rigide, dure, unite prin poriuni mici, denumite balama cu o circulaie mai redus;
Proteine unde domeniile au roluri diverse folosesc flexibilitatea pentru asigurarea unor funcii.
Proteinele simple (holoproteine)
- Histonele -localizate n nucleu, conin aminoacizi bazici pn la 30% (Arg, Liz). Au sarcina pozitiv, sunt legate
electrostatic cu acizii nucleici. Funcia: iau parte la reglarea metabolic a activitii genomului, funcie structural
Albuminele i globulinele prezint masa principal a proteinelor sanguine, a lactatelor, masei musculare. Raportul
albumine-globuline rmne constant: 1,5 2,3.
Albuminele mas molecular mic, PI 4,7, sarcin negativ, sunt solubile n ap. Rolul: determin presiunea
oncotic, particip la transportul substanelor.
- Globulinele - mas molecular mai mare ca albuminele, au caracter acid (PI 6 -7,3), conin n cantitate mare Glu, se
dizolv n soluii saline slabe, dar nu n ap.
Rolul imunologic: sintetizeaz anticorpi.

Protaminele, prolaminele, glutelinele

Proteinele conjugate (Proteide):
Nucleoproteine
Cromoproteine
Fosfoproteine
Lipoproteine
Metaloproteine
Glicoproteine
Nucleoproteinele

compuse din:
1- proteine (histonele, bogate n Arg i Liz.)
2 - acizi nucleici.
Rol: constituie baza molecular a unor procese biochimice fundamentale ca: stocarea, transmiterea i exprimarea
informaiei genetice, biosinteza proteinelor, diviziunea celular.
Cromoproteinele:
compuse din protein i partea neproteic colorat.
- Sunt porfirinice i neporfirinice

Reprezentanii: clorofila, hemoproteidele (Hb), sistemul de citocromi, catalaza, peroxidaza.

Rolul:
1. particip n fotosintez
2. transportul oxigenului i CO2
3. reaciile de oxido-reducere
4. senzaiile de lumin i culoare
Fosfoproteinele:
Fosfoproteinele: proteine + acidul fosforic (legate prin legturi esterice- de hidroxiaminoacizi Ser, Tre )

Reprezentani: cazeinogenul (proteina laptelui), vitelina, vitelenina (din glbenuul de ou), ihtulina (din icre de
pete).

Rolul:
- servesc ca material energetic, plastic n porocesul de embriogenez i cretere postnatal

- alimentar
Lipoproteine - proteine + lipide (fosfolipide, TAG, colesterol)

Rolul:

Reprezint constituieni structurali ai celulelor

intervin n permeabilitatea biomembranelor

furnizeaz energia

particip la transportul prin snge i limf a unor substane liposolubile (vitaminele liposolubile A, D, E, K, unii
hormoni, unele medicamente)

n plasma sanguin lipoproteinele(LP) se difereniaz n 4 fraciuni pe baza densitii lor:

chilomicronii (d mai mic ca 0,95)
- LP cu densitate foarte mic (VLDL) (d mai mic ca 1,006)
- cu densitate mic (LDL) (d mai mic ca 1,065)
- cu densitate mare (HDL) (d mai mic ca 1,2)
Glicoproteinele proteine + glucidic (glucozamin, galactozamin, a. hialuronic, glucozaminglicani)

Rolul:

sunt constituieni plastici ai celulei, intr n componena membranelor biologice

au rol de protecie a mucoaselor gastrointestinale, ale aparatului respirator i urogenital fa de aciunea enzimelor
proteolitice, a unor compui chimici sau ageni mecanici

sunt inhibitori ai aglutinrii hematiilor

sunt componente specifice de grup sanguin

particip n reaciile imunologice

Metaloproteine: protein +metal (Fe, Cu, Zn, Mg)

Exemple: Hb- conine Fe: transportul gazelor

Feritina conine Fe, localizat n ficat, constituie rezerva, depozitul de Fe din organism

Transferina conine Fe, Cu i Zn, se afl n plasma sanguin, transport Fe n oprganism

Mioglobina conine Fe, se afl n muchi, rol de transportor i rezervor al oxigenului n muchi

Ceruloplasmina conine Cu, se afl n plasma sanguin, transportor al Cu n organism i aciune oxidazic
asupra vitaminei C.
Peptidele active:

Endotelinele o familie de peptide noi cu activitate biologic activ deosebit. n anul 1988 Yangisana au obinut
din cultura endoteliului vascular un peptid cu efect biologic pronunat numit endotelina (ET).

ET- sunt cei mai efectivi factori vasoactivi.

Clasificare:
Clasificare: deosebim ET1, ET2, ET3 (izoforme). Deosebirile ntre ele:

sunt codificate de gene diferite

sunt expresate n mod diferit n esut vascular.

Et-1 i ET2 sunt vasoconstrictori puternici

Structur: ET1 un peptid biciclic format din 21 aminoacizi.

Sinteza i degradarea:

Sintez: trei etape:

hidroliza proteolitic a preproendotelinei (92 a/a) sub aciunea convertazei 1 cu formare de endotelin (40 a/a).

hidroliza captului C terminal ( 2 a/a) sub aciunea carboxipeptidazei

sub aciunea convertazei 2 proendotelina trece n endotelin (21 a/a).

Degradarea: 2 enzime

metaloendopeptidaz cu PH optim de 5,5

endotelinaz (serinproteinaza)
Endotelinele

Aciune: 2 tipuri de receptori: ET-A i ET-B situai nu numai n endoteliul vaselor ci i n rinichi, plmni,
suprarenale, esut nervos.

ET-A receptorii + structurile fixatoare de G protein - mediaz constricia vaselor. Funcia ET-B receptorilor e
cuplat cu activarea fosfolipazei C i A2, majorarea nivelului de Ca intracelular cu majorarea intensiv a prostaciclinei
i/sau tromboxanului A2 ceea ce conduce att la constricia ct i dilatarea vaselor.

Rolul:

regleaz tonusul vaselor i n general cardiohemodinamica

particip n patogenia HTA eseniale

ET-1 i ET-3 posed efecte neurologice (n esutul nervos intensific sinteza fosfoinozitolfosfatului), provoac
modificri n reaciile de comportare, efect central cardiorespirator.

regleaz starea funcional a endoteliului, stratului intim arterial i venos din diferite vase