MICROBIOMUL UMAN

Numarul total al celulelor bacteriene din corpul uman este de cel putin 10 ori mai mare
decat numarul celulelor umane. Studii recente (NIH Human Microbiome Project/ HMP
Consortium) au permis identificarea si distributia microorganismelor care constituie aceasta
populatie microbiana. Metodele moderne de secventiere (next- generation sequencing/ NGS) au
adus informatii importante referitoare la modul cum aceste microorganisme contribuie la starea
de sanatate sau de boala a organismului uman sau cum microbiomul uman este afectat de diverse
stari patologice.

1. Microbiomul oral

In cavitatea orala exista nise ecologice cu o mare diversitate microbiana: saliva, suprafata
limbii, faringele posterior, crevasele gingivale etc. Se estimeaza ca exista in microbiomul oral
mai mult de 500 specii si aproximativ 70 genuri bacteriene, mai multe decat in microbiomul
intestinal. Placa dentara si saliva contin cea mai mare diversitate bacteriana. Cele mai frecvent
identificate genuri sunt: Actinomyces, Prevotella, Streptococcus, Fusobacterium,
Corynebacterium, Veillonella, Rothia, Treponema etc.
Comunitatile microbiene din cavitatea orala, asociate starii de sanatate, protejeaza impotriva
infectiilor (prima poarta de aparare nespecifica), dar pot fi implicate si in diverse procese
infectioase localizate sau sistemice: afectiuni periodontale, endocardita, pneumonie de aspiratie
etc.
Periodontita este o boala infectioasa si inflamatorie asociata cu perturbarea ecologiei
microbiene inca de la aparitia dentitiei si formarea microbiomului local. Socransky si colab. a
propus ideea ca periodontita este rezultatul actiunii unui complex de microorganisme patogene
(asa-numitul red complex): Porphiromonas gingivalis, Tannerella forsythia, Treponema
denticola, foarte strans asociate cu patogeneza acestei boli. Periodontita este un factor de
comorbiditate care se poate asocia cu alte tipuri de afectiuni: nastere prematura, boli
cardiovasculare, afectiuni pulmonare, diabet, obezitate.
Descrierea profilului genetic al microbiomului oral s-a efectuat prin metode de secventiere a
genei 16S rRNA, ADN-ADN hibridizare, tehnica TRFLP, efectuate pe totalitatea comunitatilor
microbiene din placa supragingivala, subgingivala si biofilmul dentar asociat. Un patogen
bacterian, Aggregatibacter actynomicetemcomitans, care apartine complexului rosu, a fost
asociat cu o forma clinica grava, periodontita localizata agresiva, la populatia africana.
Toate situsurile din cavitatea orala, analizate genetic, au evidentiat prezenta urmatoarelor
specii bacteriene: Streptococcus mitis, Streptococcus oralis, Granulicatella adiacens, la persoane
sanatoase. Aceste microorganisme, odata ce trec in sange, secundar unor manopere
stomatologice, pot determina (pe valve cardiace anterior agresate) endocardita bacteriana.
Microbiomul salivar a fost studiat la indivizi provenind din 12 zone geografice diferite: s-au
descris 101 genuri bacteriene, cu o diversitate de 6 pana la 30 genuri diferite/ subiect. Genul
Streptococcus spp. s-a dovedit a fi predominant (23,7%), regasindu- se si in esofagul subiectilor
sanatosi.

1
 2. Microbiomul gastrointestinal

Tractul gastrointestinal uman, format din diferite situsuri anatomice (esofag, stomac,
intestin subtire, colon, rect, anus), este colonizat cu un numar impresionant de specii bacteriene,
de o mare diversitate.
* Microbiomul esofagian: esofagul este colonizat cu bacterii provenite din cavitatea
orala si din stomac, prin reflux gastric. Speciile bacteriene analizate la subiectii sanatosi au
evidentiat prezenta cocilor Gram pozitivi aerobi si anaerobi. Populatia bacteriana din esofag nu
contine spirochete. Ca si in cavitatea orala, Streptococcus spp., a fost genul bacterian dominant.
Componenta microbiomului esofagian este diferita la pacientii sanatosi si la cei cu patologie
digestiva. Indivizii sanatosi au prezentat o mare diversitate de specii bacteriene, dominant fiind
genul Streprococcus spp., in timp ce la pacientii bolnavi, au dominat bacilii Gram negativi
anaerobi, cu diversitate scazuta a speciilor bacteriene. Microbiomul esofagian este perturbat in
afectiuni ca: esofagita, sindrom Barrett (metaplazie intestinala), carcinom esofagian.
* Microbiomul gastric: pH- ul scazut si peristaltismul rapid nu permit colonizarea de
durata si cu numar mare de specii bacteriene a cavitatii gastrice. Stomacul si intestinul subtire, in
repaus digestiv, contin fiecare, cate 100 microorganisme/ ml. Dupa consum alimentar, numarul
microorganismelor creste la 105 / ml. Microbiota dominanta in mucoasa gastrica e reprezentata
de genul Helicobacter spp. In absenta Helicobacter spp., domina genul Streptococcus spp. S- au
descris si alte specii bacteriene Lactobacillus, Streptococcus, Staphylococcus, membri ai familiei
Enterobacteriaceae (provenite din cavitatea orala si tubul digestiv), bacterii strict anaerobe,
precum: Prevotella, Veillonella.
* Microbiomul intestinului subtire: regiunea proximala a intestinului subtire (duoden,
jejun) are un pH acid si, impreuna cu prezenta bilei, determina conditii care nu permit
colonizarea bacteriana, iar numarul de specii este foarte redus. Comunitatea bacteriana tipica
acestui situs anatomic e reprezentata de lactobacili, enterococi, coci Gram pozitivi aerobi si
facultativ anaerobi, genul dominant in duoden si jejun fiind, Streptococcus spp. Studii
moleculare recente, bazate pe tehnici PCR cantitative, au descris diferente in compozitia
microbiotei din tesutul intact al ileonului (pacienti sanatosi) fata de cea obtinuta din piese
biopsice din zone de ileostoma. In ileum, microbiomul este asemanator cu cel din colon, este
complex, atat in compozitie, cat si ca bogatie si diversitate a speciilor bacteriene.
* Microbiomul colonului: Colonul uman contine o bogata colectie de comunitati
bacteriene, cu un numar de microorganisme cuprins intre 10 11- 1012 UFC/ g. La indivizii sanatosi
se intalnesc specii din diverse phyla, cum sunt: Bacteroidetes, Firmicutes, Actinobacteria,
Proteobacteria, Verrucomicrobia. La pacientii cu diverse afectiuni gastrointestinale, domina
speciile din phyla Proteobacteria. Microbiomul intestinal al pacientilor sanatosi contine 70- 100
de taxoni bacterieni cunoscuti, identificarea facandu-se prin metoda secventierii intregului
genom. Genul dominant in flora bacteriana totala a colonului este Bacteroides. Distributia
spatiala a microorganismelor difera in lumen (in specimenele de materii fecale) fata de
localizarea mucoasa.
Speciile bacteriene din colonul distal sunt critice pentru metabolism, digestie, nutritia
organismului si joaca un rol cheie in mentinerea starii de sanatate sau sunt implicate in diverse
afectiuni.
Derivatii obtinuti din fermentarea bacteriana a carbohidratilor (in compozitia carora intra
acizii grasi cu lant scurt- SCFA): butirat, acetat, propionat- asigura mai mult de 10% din
necesitatile metabolice ale organismului. Butiratul- produs de clusterele IV si XIV ale speciei

2
Clostridium asigura sursa principala de energie pentru epiteliul colonic, iar SCFA poseda efecte
anticancer colonic. Acesti acizi grasi cu lant scurt confera protectie, rol in prevenirea infectiei
colonice cu patogeni digestivi, cum ar fi Salmonella enterica, serovar typhimurium si
Escherichia coli enterohemoragic EHEC O157:H7.
Flora bacteriana colonica contribuie la procesul de nutritie al organismului, prin
participarea la sinteza unor amino- acizi si vitamine (vit. K, B12, biotin, acid folic, pantothenat).
Au fost descrise 3 enterotipuri sau clase de microbiom colonic, diferite ca si compozitie si
functii. Enterotipurile 1,2,3 sunt bogate in genuri ca: Bacteroides, Prevotella si Ruminococcus.
Aceleasi enterotipuri sunt diferite prin caile metabolice si compozitia in vitamine si metaboliti.
Aceasta constatare e utila in analiza diferentelor existente intre diferite populatii umane si
susceptibilitatea diferita la boala.
Microbiomul colonic poate fi perturbat in urma unei diete de lunga durata. Enterotipurile
raman stabile pe o perioada scurta de dieta, de aproximativ 10 zile. Analiza cailor metabolice in
care sunt implicate diverse specii bacteriene a permis evidentierea unor enzime necesare
degradarii polizaharizilor din plante, producerii de acizi grasi cu lant scurt/ SCFA, biosintezei
unor vitamine, degradarii fenolilor toxici din surse alimentare. Aceste rezultate sustin
capacitatile metabolice ale microbiotei colonului.
Microbiomul colonic are un rol fundamental in metabolismul uman, unele studii
evidentiind diferentele in compozitia populationala a acestuia, in unele boli, cum ar fi obezitatea
si sindromul metabolic. Ley si colab. a comparat microbiomul din esantioane de materii fecale
obtinute de la subiecti umani cu obezitate, in perioada dietei restrictive pentru grasimi si
carbohidrati. In functie de tipul dietei, procentajul microorganismelor din genul Bacteroides
creste odata cu pierderea in greutate, in timp ce procentajul microorganismelor ce apartin phylia
Firmicutes descreste. Multitudinea si diversitatea genelor intregului microbiom colonic este un
biomarker al starii de sanatate umana. Utilizand acest biomarker, indivizii se clasifica in doua
categorii: HGC (high- gene- count) si LGC (low- gene- count); numarul de gene din
microbiomul colonic pare a stabili starea de sanatate si susceptibilitatea la diverse boli. LGC si
HGC sunt caracterizate printr- un interval de min 380 000 gene si max 640 000 gene bacteriene-
fagice/ individ. Indivizii HGC prezinta o mare varietate a functiilor metabolice legate de
diversitatea bacteriana, un microbiom colonic robust, o buna stare de sanatate, cu o prevalenta
redusa a obezitatii si a dereglarilor metabolice.
Studiile metagenomice au avut ca obiectiv intelegerea contributiei microorganismelor in
mecanismele patogenetice ale bolilor cronice cu suport imun, cum ar fi boala inflamatorie a
colonului (IBD) si diabetul zaharat tip 2. La pacientii cu IBD s-a inregistrat o deficienta a speciei
Faecalibacterium prausnitzii. IBD are un suport patogenetic multifactorial: genetic, raspuns
imun, factori de mediu (dieta), calitatea microbiomului colonic. O scadere a diversitatii
bacteriene si o mare diferenta in compozitia microbiomului colonic fata de pacientii sanatosi, s-a
inregistrat la cei cu diabet zaharat tip 2: o afectiune cronica, cu componente autoimune si
metabolice.
Boala Crohn, colita ulcerativa sunt asociate cu scaderea diversitatii microbiotei fecale.
Metodele de secventiere genetica a microbiomului colonic al acestor pacienti au evidentiat o
depletie a genurilor bacteriene comensale, cum ar fi Bacteroides si Firmicutes. Membri
clusterelor Clostridium spp. (XIVa, care contin organisme producatoare de butirat) sufera o
diminuare marcata.

3
 Toate studiile bazate pe metagenomica sugereaza puternic ca microbiota colonului
contribuie la activarea cailor metabolice care duc la aparitia unor boli metabolice umane, cum ar
fi diabetul zaharat tip 2.

3. Microbiomul vaginal:
joaca un rol important in prevenirea infectiilor urinare si genitale. Compozitia microbiotei
vaginale variaza in functie de pH, varsta, nivel hormonal. Este in continua schimbare, in
dinamica, pe perioada ciclului menstrual, a sarcinii. S-a studiat microbiomul placentar, care se
formeaza in perioada sarcinii si, paradoxal, este diferit de cel vaginal. Microbiomul placentar
este mai apropiat ca si compozitie, de microbiomul oral.
Microbiomul vaginal contine predominant lactobacili, in perioada de premenopauza, la
femeile sanatoase, conferind rol protector impotriva colonizarii cu specii patogene. Aceste efecte
protectoare se datoreaza aderarii lactobacililor la mucoasa vaginala, producerii de acizi organici,
scaderea pH- ului vaginal, producerea de substante antibacteriene care previn proliferarea
bacteriilor patogene. La fel ca lactobacilii, Leptotrichia si Atopobium, sunt specii producatoare
de acid lactic. Specii bacteriene conditionat patogene si patogene izolate din secretiile vaginale,
sunt: Mobiluncus spp., Gardnerella vaginalis, Bacteroides spp., Prevotella spp., Mycoplasma
hominis (responsabile de vaginita, vaginoza bacteriana). Unele studii asociaza alterarea
microbiotei vaginale cu cresterea riscului pentri coinfectii virale.
Studii privind compozitia microbiotei vaginale au aratat ca aceasta este foarte variabila si
fluctuatiile in compozitie se datoreaza practicilor sexuale si de igiena diferite, pe fondul
particularitatilor genetice.
Compozitia microbiomului vaginal este diferita la populatii etnice si zone geografice
diferite, in functie de fenotipul si genotipul populational. Aceste diferente stau la baza
susceptibilitatii diferite fata de anumite afectiuni in sfera urogenitala.

4. Microbiomul Tractului respirator:

La indivizii sanatosi, mucoasa nazala si din nazofaringe, este colonizata cu streptococi,

stafilococi, corynebacterii, Moraxella spp., Neisseria spp. (inclusiv Neisseria meningitidis), si
Haemophilus spp. Mucoasa foselor nazale anterioare este colonizata dominant de
Corynebacterium spp., Moraxella spp., Propionibacterium, Staphylococcus spp. Speciile
potential patogene colonizeaza frecvent mucoasa nazala si nazofaringele. Specii precum
Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae si Moraxella catarrhalis, care determina
otita medie si interna la copii, deasemenea se afla in microbiota mucoasei nazale.
Portajul nazal de Staphylococcus aureus se situa in jur de 30% (SUA 2001- 2004), cu
1,5% portaj de Staphylococcus aureus meticilino- rezistent (MRSA). Staphylococcus aureus
este specia predominanta in microbiota mucoasei foselor nazale anterioare si reprezinta un
posibil patogen, conditionat patogen, pentru organismul uman. Modificarile in compozitia
microbiotei cailor respiratorii superioare sunt asociate cu cu diferite afectiuni ale acestora.
Diversitatea microbiana este mai mare la pacientii cu tuberculoza fata de indivizii
sanatosi. Compozitia microbiomului respirator la pacientii cu fibroza chistica cuprinde speciile
enumerate. Microbiomul tractului respirator este inca insuficient studiat, dar este clar ca un
dezechilibru brutal al compozitie acestuia conduce la aparitia diverselor boli respiratorii.

4
 5. Microbiomul tesutului cutanat:
Microbiomul pielii constituie prima linie de aparare nespecifica impotriva infectiilor si
joaca un rol important in modularea raspunsului inflamator. La cateva minute dupa nastere,
tesutul cutanat (steril, initial) se colonizeaza cu specii bacteriene ce apartin unui microbiom cu o
slaba diversitate. Speciile bacteriene apartinand mediului inconjurator, incep sa colonizeze
diverse regiuni ale pielii, in functie de gradul de umiditate, temperatura, grad de secretie a
glandelor sudoripare, rezultand diverse microbiote, cu compozitii in specii bacteriene diferite,
functie de acesti factori locali si suportul genetic al individului. Microbiomul cutanat sufera
schimbari la pubertate, in functie de varsta, sex, expunerea la diversi factori de mediu ambiental.
Studii metagenomice bazate pe tehnici de secventiere, au aratat ca, la adult, genomul
cutanat este format din 4 phylia: Actinobacteria, Firmicutes, Bacteroides si proteobacteria.
Acestea contin sute de specii bacteriene. De exemplu, microbiomul palmar contine 158 specii
bacteriene care colonizeaza o singura suprafata palmara. Aceeasi compozitie se descrie si pentru
zona axilara si plica poplitee. Propionibacterium spp. domina zonele bogate in glande sebacee
(torace posterior, fruntea, zona retroauriculara), in timp ce Staphylococcus spp. si
Corynebacterium spp. domina zonele cu umiditate crescuta, cum ar fi plicile axilare. Speciile din
phylia Proteobacteria sunt descrise pe suprafete cutanate uscate, cum sunt antebratele si
membrele inferioare.
Microbiota cutanata confera protectie impotriva colonizarii cu specii bacteriene patogene.
Dar unele specii cutanate pot deveni patogene daca penetreaza tesutul cutanat inspre zonele
subjacente, la indivizi cu susceptibilitate genetica pentru astfel de agresiuni. De exemplu,
Staphylococcus epidermidis este o specie comuna in microbiota cutanata, care colonizeaza
indivizii sanatosi. Dar devine o specie cu rol patogen, care determina infectii la pacientii
imunocompromisi si la pacientii care prezinta diverse device- uri implantate (catetere, sonde,
valve, proteze din materiale inerte, care favorizeaza formarea de biofilm).
Pseudomonas fluorescens are rol protector in cadrul microbiotei cutanate, deoarece secreta
o substanta cu rol antibacterian/ antibiotic, mupirocin natural, activ impotriva bacteriilor Gram
pozitive, inclusiv Staphylococcus aureus meticilino- rezistent/ MRSA.
Microbiomul cutanat variaza substantial de la individ la individ. Unele specii bacteriene
produc componente antimicrobiene, care protejeaza organismul de agresiunile produse de
bacterii patogene sau conditionat patogene, functie de substratul genetic al imunitatii indivizilor
expusi.

Concluzii:
- Microbiomul uman include diverse colectii de microorganisme asociate
organismului uman, o mica fractiune din universul microbiomului care contine
specii specifice animalelor, mediului inconjurator,
- Studierea microbiomului uman a fost posibil datorita dezvoltarii tehnicilor
moleculare, de secventiere genetica si programelor de bioinformatica,
- Strategiile metagenomice au permis analizarea diversitatii microbiene la nivel de
situsuri anatomice, cohorte populationale, zone geografice, chiar diferente de la
individ la individ,
- Cunoasterea compozitiei microbiomului uman, impreuna cu tehnicile de secventiere
genomica, permit dezvoltarea microbiologiei umane clinice in diagnosticul bolilor
infectioase si neinfectioase (imune, autoimune, metabolice, neurologice etc).

5
6