CT

RMN

Analiza imaginilor medicale cu ajutorul

programului ImageJ
NUCLEAR

Laborator 1
US

TSI
 CT Conținut

• Noțiuni generale de imagistică medicală;

RMN
• Principalele tehnici de obținere a imaginilor
medicale;

• Noțiuni de bază de prelucrare și analiză de imagini;

NUCLEAR

• ImageJ

US • Matlab

• Aplicatii
TSI
 CT Imagistica medicală
• Ramură a ingineriei biomedicale;
• Totalitatea metodelor prin care sunt obținute,
RMN
prelucrate, analizate și vizualizate imaginile cu
caracter medical.

Domenii de utilizare:
NUCLEAR
• Clinic: examinarea și stabilirea unui diagnostic;
• Științific: studii de anatomie și fiziologie.

US
Imagine cu caracter medical = imagine internă a corpului
uman ( părți și elemente de funcționare ale acestora)
TSI • Evidențiază diferite proprietăți ale organismului
uman (transmisivitatea, opaciatea, emisivitatea,
reflectivitatea)
 CT

RMN

Principalele tehnici de
NUCLEAR
obținere a imaginilor
medicale
US

TSI
 CT Tehnici de obținere a imaginilor medicale
Radiografia - transmisivitatea țesutului

RMN

NUCLEAR

US

TSI
 CT Radiografia

Examinarea organismului cu ajutorul razelor X , prin impresionarea

RMN unui film fotografic
Aplicabilitate:
• Diagnosticarea afecțiunilor
osoase
• Diagnosticarea fracturilor
NUCLEAR • Investigarea afecțiunilor
pulmonare

Limitări:
US • Contraindicate femeilor
însărcinate și copiilor
• În primele luni de sarcină
poate produce mutații la
TSI
nivelul ADN-ului
 CT Radiografia. Iradiere
Cantitatea de radiație (10^6 mSv) Scanarea de securitate de la
1000000
aeroport
3 pahare de apa/zi timp de 1 an
RMN
100000 1 h în Gara Centrală din New York

Radiografie extremități
10000
Radiografie dentară
NUCLEAR
Iradierea naturală ZILNICĂ
1000
Dormit cu altă persoană timp de 1
an
US 100 Mamografie

Radiografie coloană vertebrală

10 Iradierea naturală ANUALĂ

TSI
CT abdominal
1
 CT Tehnici de obținere a imaginilor medicale
Computer tomograf (CT) - transmisivitatea țesutului

RMN

NUCLEAR

US

TSI
 CT Computer Tomograf (CT)
• Același principiu ca radiografia clasică +
proiecții multiple preluate la diferite
RMN unghiuri recombinate matematic =>cât
mai multe proiecții ale organului
investigat
• Cu sau fără substanță de contrast

Aplicabilitate
NUCLEAR • Diagnosticarea afecțiunilor existente la
nivelul organelor interne, oaselor ,
țesuturilor moi și a vaselor de sânge
• Scanarea faraonilor: identificarea
cauzei morții lui Ramses al II-lea
US
Afecțiuni identificate
• Tumori
• Hemoragii intraabdominale
TSI • Boli inflamatorii ale intestinelor
• Apendicită
• Pancreatită
• Luxații /rupturi ale membrelor
 CT Tehnici de obținere a imaginilor medicale
Rezonanță magnetica nucleară (RMN)
- rezonanța magnetică a țesutului
RMN

NUCLEAR

US

TSI
 CT Rezonanță magnetica nucleară (RMN)
• Presupune aplicarea unui camp
magnetic puternic si
RMN receptionarea gradului de
aliniere a ionilor de hidrogen
prezenti in corpul uman.

Aplicabilitate:
- investigarea întregului corp
NUCLEAR
- Ex: coloana vertebrala
-> discurile intervertebrale
-> nervii spinali

US Avantaje: evitarea folosirii razelor X

Dezavantaje:
- Poate duce la claustrofobie
- Pacientii cu simulatoare cardiace și implanturi metalice NU pot fi scanați
TSI
(implantul deteriozeaza funcționalitatea acestor dispozitive)
- Poate genera arsuri la persoanele cu tatuaje facute cu cerneala compusa
din fragmente mici de metal (cel putin cu 20 ani in urma)
 CT Tehnici de obținere a imaginilor medicale
Imagistica nucleară
- radiația emisă de substanța radioactivă absorbită
RMN

NUCLEAR

US

TSI
 CT Tehnici de obținere a imaginilor medicale
Imagistica nucleară
- radiația emisă de substanța radioactivă absorbită
RMN

• Ingerarea / inhalarea, injectarea

unei substanțe radioactive
-> concentrare pe un anumit țesut
-> dezintegrarea – radiații gamma
NUCLEAR
de timp scurt
-> camera gamma
-> imagine scintigrafică
US
Aplicabilitate:
- Analiza sângelui și a consumului de oxigen
- Investigarea metastazelor osoase
TSI
- Evaluarea funcție tiroidiene (hipo/hipertiroidm, noduli )
- Evaluarea funcției cardiace
 CT Tehnici de obținere a imaginilor medicale
Ultrasonografie
- impedanța acustică a țesutului
RMN

NUCLEAR

US

TSI
 CT

RMN

Prelucrarea și analiza
NUCLEAR imaginilor
US

TSI
 CT Prelucrarea și analiza imaginilor
Imagine = semnal continuu bidimensional
= f(x,y)
RMN
= variația luminozității unui spațiu 2D în funcție
de poziția coordonatelor x și y
Eșantionare = rețin doar anumite puncte de interes din
imagine
NUCLEAR
Cuantizare = reprezentarea variației luminanței folosind
un număr finit de valori, dat de numărul de biți folosiți
pentru reprezentare
US Imagine digitală = o matrice de puncte discrete, fiecare
punct fiind descris de coordonatele sale spațiale (x,y=
linia și coloana la care se află în matrice) și valoarea
TSI luminanței
Pixel = element de bază al imaginii
 CT Prelucrarea și analiza imaginilor

RMN

NUCLEAR

Rezoluția nivelurilor de gri

• numărul de nivele de cuantizare (numărul de niveluri de gri)
• dat de numărul de biți folosiți pentru reprezentarea unui pixel din
US
imagine
• uzual: 28 niveluri de gri (0 – 255; negru - alb)

TSI Rezoluția spațială

• cât de apropiate sunt două eșantione vecine
• dimensiunea suprafeței reale pe care o reprezintă un pixel
 CT Prelucrarea și analiza imaginilor
Particularitățile imaginilor medicale
RMN • Preponderent imagini cu niveluri de gri.

• Pentru diverse investigații (imagistica

sistemului circular) sunt necesare imagini color
(RBG).
NUCLEAR f(x,y) = [fR(x,y), fG(x,y), fB(x,y)]T

• Regiunea investigată trebuie redată cât mai

US precis. DDSM - Digital Database for Screening
Mammography propune imagine cu:
- 4349 x 1979 pixeli
- rezoluție a nivelelor de gri 16 biti/pixel
TSI - rezoluție spațială de 42 microni
=> 4349 x 1979 x 16 = 137706736 biți =
16,42MB
 CT Prelucrarea și analiza imaginilor
Calitatea și caracteristicile imaginilor medicale
RMN
Calitatea depinde de:
Imaginea
• Metoda de imagistică utilizată; contrast
• Caracteristicele echipamentului redus
medical;
NUCLEAR • Parametrii si variabilele
echipamentului.
Imaginea
Factorii care influențează calitatea: originală
US • Contrastul
• Efectul de blur / încețoșarea
• Zgomotul
TSI • Artefactele Imaginea
• Distorsiunile. constrast
mare
 CT Prelucrarea și analiza imaginilor
Analiza spațială a imaginii
RMN • Imagine: matrice f(x,y)
• Dimensiunea: L x C (nr. Linii x nr. Coloane)
- sau nr de biți necesari stocări i imaginii în memorie

• Raportul de aspect
raport de aspect greșit => riscul apariției distorsiunilor
NUCLEAR

Imaginea rescalată
x=0.7*xi
y=1.2*yi
US

TSI

Imaginea originală
 CT Prelucrarea și analiza imaginilor
Transformate geometrice
RMN • Translație
xT  xinitial  x0 x 0  30
yT  yinitial  y0 y0  30

NUCLEAR • Rotație
xR  xinitial * cos( )  yinitial * sin( )
yR   xinitial * sin( )  yinitial * cos( )
US

Rotită cu 90◦
TSI
 CT Prelucrarea și analiza imaginilor

RMN • Contrastul
C  (mRO  mRB ) / mRB
• RO = regiunea unui obiect de interes
• RB = regiunea fundal

înainte după
NUCLEAR
• Histograma
• Distribuția nivelelor de gri în imagine
• Asociază fiecărui nivel de gri frecvența de apariție a
US acestuia în imagine

TSI
 CT

RMN

NUCLEAR
Image J

US

TSI
 CT ImageJ
• Platformă de funcții de procesare dezvoltată in Java.
• Citește imagini în format: tiff, gif, jpeg, bmp, dicom
RMN
etc.
• Afișează, editează, procesează, salvează imagini pe 8,
16 sau 32 de biți.

NUCLEAR

US

TSI
 CT

RMN

NUCLEAR
Matlab

US

TSI
 CT Matlab
• Mediu de programare pentru calcule numerice și
vizualizări de înaltă performanță;
RMN
• Reprezentarea și manipularea datelor se bazeaza pe
matrice.

Permite:
NUCLEAR • Analiza numerică;
• Calculul matriceal;
• Prelucrarea semnalelor;
US • Grafică.

TSI
 CT Interfața Matlab R2012a (1)
• Current Folder: • Command Window:
conținutul directorului în comenzile vor fi preluate
RMN linie cu linie;
care se lucrează;

NUCLEAR

US

TSI
 CT Interfața Matlab R2012a (2)
• Variable editor: permite • Workspace: lista
afișarea și editarea variabilelor declarate în
RMN conținutului unei variabile spațiul de lucru;
• Command History: comenzile introduse în Command
Window în ordine cronologică;

NUCLEAR

US

TSI
 CT Programe și funcții Matlab (1)
Fișiere de tip .m
• Editare: File -> New -> Script
RMN
• Conținut:
– Succesiune de comenzi Matlab
• Executare:
– Tastarea numelui fișierului în linia de comandă;
NUCLEAR
– Apăsarea tastei F5 în meniul de editare a fișierelor de tip .m
• Executarea doar a anumitor comenzi din fișierul .m:
– Selectarea comenzilor dorite -> apăsarea tastei F9
US • Comentrarea anumitor comenzi:
– Adăugarea simbolului % la începutul liniei de comandă
– Selectarea comenzilor dorite -> apăsarea combinației de taste
TSI CTRL+R (decomentare: CTRL+T)
 CT Programe și funcții Matlab (2)
Funcții în Matlab
• Editare: File -> New -> Script / Function
RMN
• Numele fișierului trebuie să fie identic cu numele
funcției
• Primele linii de comentarii constituie help-ul funcției
(afișat prin comanda >> help nume_funcție )
NUCLEAR

US

TSI
 CT Tipuri de variabile

RMN

NUCLEAR

• Conversia între tipuri de variabile

US
– >> out = tipvariabila(in)
– unde out este rezultatul conversiei, tipvariabila este un tip de
variabilă menționat în lista anterioară, iar in este variabila care
TSI se dorește a fi convertită.
– Ex: pp. că dorim să convertim variabila in de tipul uint8 într-o
variabilă de tipul double: >> out = double(in);
 CT Operații uzuale Matlab (1)
• Modificarea directorului de lucru:
RMN >>cd cale_director
• Salvarea Workspace-ului:
>>save nume_fisier
• Golirea Workspace-ului:
NUCLEAR
>> clear
• Ștergerea anumitor variabile din Workspace:
US >> clear nume_var1 nume_var2
• Ștergerea tuturor variabilelor din Workspace cu
TSI
excepția unora:
>> clearvars -except nume_var1 num_var2
 CT Operații uzuale Matlab (2)
• Golirea ferestrei de comandă:
RMN >> clc
• Inchiderea tuturor ferestrelor grafice:
>> close all
NUCLEAR
• Măsurarea timpului necesar execuției
unei succesiuni de comenzi:
US >> tic >>linie /linii comandă >>toc
• Incărcarea unui fișier de date
TSI >> load nume_fișier
 CT Matrici și vectori (1)
• Variabilă = matrice de numere reale sau complexe;
• Vector = matrice linie (1 x n) sau coloană (n x 1);
RMN • Scalar = matrice 1 x 1
Definirea matricilor:

NUCLEAR

US

TSI
 CT Matrici și vectori (2)

RMN

NUCLEAR

US

TSI
 CT Matrici și vectori (3)

RMN

NUCLEAR

US

TSI
 CT Funcții uzuale

RMN

NUCLEAR

US

TSI
 CT Instrucțiuni de control (1)

RMN

NUCLEAR

US

TSI
 CT Instrucțiuni de control (2)

RMN

NUCLEAR

US

TSI
 CT Grafica în Matlab
• Crearea unei noi figuri
RMN >> figure(numar_figura)
• Împărțirea figurii în subfiguri
>>subplot(nrL, nrC, nr)
NUCLEAR nrL = numărul de subfiguri pe linie;
nrC = numărul de subfiguri pe coloana;
nr = numărul figurii curente.
US
• Trasarea graficelor în coordonate x-y
liniare:
TSI
>> plot (x,y) sau >> plot(nume_variabila)
 CT Sistemul de coordonate al unei imagini in Matlab

RMN

NUCLEAR

US

TSI
 CT Imagini cu niveluri de gri (1)

• Citirea unei imagini

RMN >>a = imread(‘cale_fisier’);

• Salvarea pe disc a unei imagini

>>imwrite(nume_variabila, ‘nume_fisier’, ‘tip_fisier’);
NUCLEAR

• Aflarea proprietăților unei imagini

– Citirea informațiilor din Workspace
US >>whos(nume_variabila)
• Size = Nr_linii x Nr_coloane x Nr_planuri
• Class = data type (uint8=> 256 niv de gri)
TSI >>size(nume_variabilă)
• nr linii, nr coloane, nr plane
 CT Imagini cu niveluri de gri (2)
• Afișarea unei imagini
RMN

NUCLEAR

US

TSI
 CT Imagini color
• Extragerea planurilor de culoare
>> Red = img(:,:,1);
RMN
>> Green = img (:,:,2);
>> Blue = img(:,:,3);

• Unirea planurilor de culoare

NUCLEAR (formarea imaginii RGB avand
cele trei planuri de culoare)
>> Color(:,:,1) = Red;
>> Color(:,:,2) = Green:
US
>> Color(:,:,3) = Blue;

TSI • Formarea img cu niveluri de gri

din imaginea RGB
>> Gray=rgb2gray(img);
 CT
Parcurgerea imaginii element cu element

RMN
>> for i=1:M
>> for j=1:N

NUCLEAR

US

TSI
 CT Prelucrarea și analiza imaginilor
• Translația
>> img1 = imtranslate(img, [x,y]);
RMN
>> figure, imshow(img1)
• Rotația
>> img2 = imrotate(img1, gr);
>> figure, subplot(1,2,1), imshow(img1), title(‘Translatie’),
NUCLEAR >>subplot(1,2,2), imshow(img2), title(‘Rotatie’)
• Histograma
>>imhist(img); >>h = imhist(img);
US >>figure, plot(h);

TSI
 CT Aplicatii ImageJ
Aplicații:
1. Deschideți imaginea “CThead.tif” și observați proprietățile
RMN imaginii (nr. de linii/ coloane /niveluri de gri).
2. Translatati imaginiea “Cthead.tif” cu 30 de pixeli la dreapta. Ce
observați? Rotiți imaginea cu 90 de grade la dreapta și salvați
rezultatul.
3. Modificați contrastul imaginii “Cthead.tif”, baleind scala de la
NUCLEAR nivelul minim la nivelul maxim pentru 3 valori diferite. Ce
observați? Salvați imaginile obținute.
4. Afișați histograma pentru fiecare din cele 3 imagini obținute
anterior. Ce observați?
US 5. Cum influențează variația contrastului forma histogramei?
6. Deschideți imaginea “scintigrafia.jpg”, observați proprietățile
acesteia, extrageți planurile de culoare. Extrageți histograma
TSI fiecărui plan. Ce observați? Recompuneți imaginea folosind
planurile extrase anterior.
 CT Aplicatii Matlab (1)

RMN

NUCLEAR

US

TSI
 CT Aplicatii Matlab (2)

RMN

6. Având matricea X=[1:10;11:20;21:30]creati matricea Y

NUCLEAR avand valori egale cu X, pe pozitiile in care elementele
lui X sunt pare si in rest Y(i,j) = 0 folosind instrucțiunile
“for”, ”if” și ”mod”
7. Să se citească imaginea ”Cthead.tif” și să se afișeze
US
folosind pe rand instrucțiunea ”imshow” și ”image”
>> a = imread(‘Cthead.tif’);
TSI >> figure, imshow(a);
>> figure, image(a), colormap(gray(256));
8. Salvati workspace-ul într-un fișier
 CT Aplicatii Matlab (3)
9. Goliți Workspace-ul
10. Încărcați fișierul salvat la punctul 8
RMN
11. Translatati imaginea ”a” cu 30 de pixeli la dreapta.
Afișați imaginea obținută folosind instrucțiunea
”imshow”.
12. Rotati imaginea ”a” cu 45◦
NUCLEAR
13. Afișați histograma imaginii ”a”
14. Afisare in aceeasi fereastra grafica imaginea si
histograma acesteia (subplot, exemplu la pg 22)
US
15. Citiți imaginea ”Scintigrafia.jpg”
16. Extrageți planurile de culoare din imaginea
TSI
“Scintigrafia.jpg”
 CT Aplicatii Matlab (4)
17. Formați o imagine color avand la dispoziție planurile
de culoare extrase la punctul 16
RMN
18. Creati imaginea img12 prin copierea elementelor de
pe liniile 10-50 si coloanele 40-90 ale imaginii
“CThead.tif” folosind instructiuni “for”
19. Calculati suma elementelor imaginii “Cthead.tif” prin
NUCLEAR doua moduri (pentru a putea realiza operatii
matematice variabila trebuie sa fie de tipul
“double”):
US – Folosind instructiuni “for”
– Folosind instructiunea “sum”

TSI