Universitatea de Stat de Medicină şi Farmacie „Nicolae Testemiţanu”

Facultatea Farmacie
Catedra de Chimie farmaceutică şi toxicologică Pag. 1 / 19
09.3.1-12
Elaborare metodică pentru studenţi şi profesori
(Chimie medicală)

Aprobat

la şedinţa catedrei de Chimie farmaceutică şi toxicologică

Proces-verbal № ___ din ________

Şef de catedră, dr. hab. şt. farm., profesor universitar

___________________ V.Valica

Metodele SAR şi QSAR în proiectarea medicamentului

Indicaţie metodică la Chimia medicală pentru studenţii anului V

Autori: Livia Uncu, Vladimir Valica, Ana Podgornîi.

CHIȘINĂU 2018

1
 Universitatea de Stat de Medicină şi Farmacie „Nicolae Testemiţanu”
Facultatea Farmacie
Catedra de Chimie farmaceutică şi toxicologică Pag. 2 / 19
09.3.1-12
Elaborare metodică pentru studenţi şi profesori
(Chimie medicală)

INTRODUCERE

Companiile farmaceutice direcționează resursele spre proiectarea medicamentelor ce

tratează maladiile răspândite pe larg în tările în curs de dezvoltare. Ele au scopul de a crea
medicamente cu proprietăți mai avantajoase decât cele existente pe piață. Proiectarea
medicamentelor poate urmări mai multe scopuri: să posede o selectivitate bună ceea ce i-ar
permite de a se lega cu situsul ţintă; să fie sintetizat uşor; să posede stabilitate chimică, un
profil farmacocinetic acceptabil şi o toxicitate minimă.

Metode utilizate în descoperirea medicamentelor:

 Empirică (Fleming- descoperirea penicilinei);

 Screening : selectare, sortare-testare, examinare (streptomicina);
a) Screening aleator (random screening);
b) Screening orientat (focused screening) siteze de medicamente cu
grupări frecvente, testare biologică şi apoi feed-back cu propunerea
unor noi structuri; metoda aproximărilor succesive (trial and error);
 Studii SAR;
 Studii QSAR;
 Proiectarea raţională a medicamentului:
a) Modelarea moleculară (mecanica moleculară, metode semi-empirice,
metode ab initio);
b) Dinamica moleculară;
c) Analiza spaţiului conformaţional;
d) Binding site models, active analog approach, MTD,GRID, CoMFA;
e) Docking: HTS (VHTS), combinatorial chemistry, de novo design;

Scopul.. Studiul principiilor de proiectare rațională a medicamentului

Sarcini

1) De a însuși principalele noțiuni: compus lider, grupă farmacoforă, relație structură-

activitate.
2) De a descrie indicatorii utilizați în crearea modelului QSAR

Planul studierii temei

Pentru studierea temei se acordă o lucrare de laborator.

Planul lucrării
- Controlul şi corecţia însuşirii materialului după subiectele pentru pregătirea de sine
stătătoare.

2
 Universitatea de Stat de Medicină şi Farmacie „Nicolae Testemiţanu”
Facultatea Farmacie
Catedra de Chimie farmaceutică şi toxicologică Pag. 3 / 19
09.3.1-12
Elaborare metodică pentru studenţi şi profesori
(Chimie medicală)

- Lucrul practic al studenţilor.

- Recapitularea materialului la tema.

Subiectele pentru pregătirea de sine stătătoare

1. De a descrie modificarile structurale ale compusului lider
2. De a enumera și descrie indicatorii utilizați în crearea modeluui QSAR

RELAȚIILE STRUCTURĂ-ACTIVITATE (SAR)

Până în secolul XIX, arsenalul terapeutic conținea tincturi și produse fitoterapeutice.

Spe mijlocul acestui secol se dezvoltă metode și tehnici de izolare a principiilor active ale
remediilor medicamentoase existente (substanțele chimice pure responsabile de efectul
terapeutic). Apariția primelor companii farmaceutice și industrializarea globală au favorizat
dezvoltarea științelor farmaceutice și al cercetărilor în proiectarea rațională a
medicamentului. Una din cele mai importante etape în proiectarea medicamentului este
selectarea și optimizarea compusului lider - moleculă biologic activă obținută din surse
naturale sau prin sinteză organică în laborator. Studiul relaţiilor structură-activitate a
compusului lider şi al analogilor săi poate fi utilizat pentru evidenţierea acelei părţi ale
moleculei - grupă farmacoforă care este responsabilă de activitatea biologică. Evidențierea
grupelor farmacofore a unei molecule ne oferă informații importante despre grupele
funcționale ce asigură legarea cu receptorul și pozițiile lor spațiale una față de alta. Această
informaţie poate fi utilizată pentru proiectarea unor noi medicamente mai eficiente, mai
inofensive şi mai calitative.

Odată ce un compus pentru uz terapeutic a fost descoperit, următorul pas este de a

determina grupa farmacoforă a acestuia. Grupa farmacoforă conferă moleculei activitate
biologică. Deoarece interacţiunile medicament-receptor pot fi foarte specifice, grupa
farmacoforă poate fi o porţiune mică a moleculei. Acest fapt a fost constatat de mai multe ori,
cînd moleculele foarte complexe au putut fi reduse la structuri mai simple cu păstrarea
acţiunii biologice dorite. Un exemplu este morfina (analgezic, narcotic), care este un compus
tretraciclic cu cinci centre chiralice. Simplificarea structurii ar oferi reducerea efectelor
adverse, micşorarea numărului de centre chiralice ar simplifica sinteza şi minimiza costul
derivaţilor de morfină. Este uşor de văzut pe figura prezentată în continuare că grupa
farmacoforă a morfinei trebuie să cuprind grupa alchilamină terţiară care este la cel puţin la
patru atomi distanţa de inelul aromatic.

Studiul numeroşilor compuşi lideri şi a analogilor săi a permis de a face unele generalizări
despre influenţa schimbărilor structurale asupra activităţii biologice. Aceste modificări
structurale pot fi clasificate convenţional în următoarele categorii:
3
 Universitatea de Stat de Medicină şi Farmacie „Nicolae Testemiţanu”
Facultatea Farmacie
Catedra de Chimie farmaceutică şi toxicologică Pag. 4 / 19
09.3.1-12
Elaborare metodică pentru studenţi şi profesori
(Chimie medicală)

1. Schimbarea mărimii şi formei scheletului carbonic

2. Introducerea unor noi substituenţi
3. Schimbări stereochimice
Indiferent de tipul de schimbări, acestea influenţează solubilitatea în apă, lipofilitatea,
transportul membranar, legarea cu receptorul, metabolismul şi alţi parametri farmacocinetici.

Schimbarea mărimii şi formei scheletului carbonic

Forma şi mărimea moleculei pot fi modificate prin diferite procedee, ca schimbarea

numărului grupelor metilenice în radicali sau inele, creşterea sau descreşterea nivelului de
saturaţie, introducerea/eliminarea inelelor in sistem (tabelele 1 şi 2).

Alteraţiile în legăturile alchilice: lungimea lanţului, ramificarea inelelor.

Alteraţiile în legăturile alchilice, ca creşterea sau micşorarea lungimii catenei
(omologarea), ramificarea şi schimbarea dimensiunii inelului, afectează relaţiile spaţiale
dintre grupele funcţionale în moleculă. Simpla schimbare a lungimii unui lanţ alchil cu o
unitate CH2 sau ramificarea lanţului va modifica caracterul lipofil a moleculei şi, prin urmare,
proprietăţile sale de absorbţie, distribuţie şi excreţie.
Cînd ramificarea este produsă la poziţia cheie a lanţului alchil, structura moleculei
poate deveni mai rigidă, compusul format este mai puţin lipofil. Această descreştere a
lipofilităţii se datorează compactizării structurii, şi astfel mai puţini hidrogeni pot forma
legături cu apa. Dacă lanţul carbonic este direct implicat în interacţiunea cu receptorul, atunci
se compromite legarea de receptor şi se afectează potenţa şi activitatea farmaceutică a
moleculei.

Figura 1. Influenţa lungimii radicalului alchil asupra activităţii biologice a

morfinei

4
 Universitatea de Stat de Medicină şi Farmacie „Nicolae Testemiţanu”
Facultatea Farmacie
Catedra de Chimie farmaceutică şi toxicologică Pag. 5 / 19
09.3.1-12
Elaborare metodică pentru studenţi şi profesori
(Chimie medicală)

Poziţia izomerilor substituenţilor în inelul aromatic la fel poate influenţa proprietăţile

farmacologice. Substituenţii în inelul aromatic poate altera distribuţia electronică în inel, care
la rîndul său poate influenţa interacţiunea inelului cu receptorul. Substituenţii inelului de
asemenea au influenţă asupra conformaţiei moleculei flexibile, mai ales dacă sunt localizate
în poziţia orto al lanţurilor laterale flexibile şi pot participa la interacţiunile intramoleculare
sterice sau electronice.

Introducerea unor noi substituenţi

Noii substituenţi pot ocupa poziţiile nesubstituite în compusul lider sau pot să
înlocuiască un subtituent existent. Fiecare nou substituent atribuie analogului proprietăţi
chimice, farmacocinetice şi farmacodinamice specifice. Pe parcusul anilor, a fost colectată o
mare parte a informaţiei despre schimbările ce au loc în compusul lider cînd un nou
substituent este incorporat în structură. Astfel, este posibil de a prognoza ce schimbări ar
putea avea loc în molecula la introducerea unei anumite grupe funcţionale. Totuşi, alegerea
substituentului va depinde de proprietăţile care sunt necesare de atribuit moleculei şi de
scopurile echipei de cercetători (tabelele 1 şi 2). În acelaşi timp, se ţine cont de faptul ca
rezultatele practice a schimbărilor structurale pot fi diferite de prognozele teoretice.

Introducerea unei grupe funcţionale într-o poziţie nesubstituită

Incorporarea oricărei grupe va duce la formarea analogilor diferiţi după mărime şi

formă faţă de compusul iniţial. Deasemenea, se poate introduce un centru chiralic care va
rezulta în formarea stereoizomerilor care pot avea sau nu activitate farmacologică.
Introducerea unei noi grupe funcţionale poate rezulta cu creşterea/descreşterea ratei
metabolismului şi/sau inducerea unei căi alternative de metabolizare (tabelele 1 şi 2).

Tabel 1. Exemple de modificări structurale ce influenţează activitatea biologică a compusului

Schimbare Notiţe Exemple a compuşilor lideri sunt date în [ ]

Creşterea numărului de grupe
Numărul de CH2 în radicalul poate rezulta cu
grupe metil formarea unei micele care
(CH2) în spoate scade activitatea.
radicalul alifatic Schimbarea numărului de grupe
sau inel CH2 în inel poate rezulta cu un
compus de activitate diferită

5
 Universitatea de Stat de Medicină şi Farmacie „Nicolae Testemiţanu”
Facultatea Farmacie
Catedra de Chimie farmaceutică şi toxicologică Pag. 6 / 19
09.3.1-12
Elaborare metodică pentru studenţi şi profesori
(Chimie medicală)

Introducerea legăturii duble

creşte rigiditatea structurii şi în
Gradul de unele cazuri posibilitatea de
saturaţie formare a izomerilor E şi Z.
Prednizon
Reducerea legăturilor duble face Cortizol (antiinflamator)
(antiinflamator cu
structura mai flexibilă. potenţă x30)

Introducerea unui inel poate 3-(3,4-

Dimethoxyphenyl)
rezulta cu amplificarea
-butyrolactam
proprietăţilor hidrofobe ce pot (Antidepresant)
Rolipram
creşte legarea medicamentului
(potența x10)
Adiţionarea sau de receptor.
eliminarea unui
inel Benzilpenicilina
Incorporarea unui inel mai mare
poate fi utilizat pentru crearea
analogilor rezistenţi la acţiunea Difenicilina
(rezistent la β-
enzimelor
lactamaze)

Tabel 2. Exemple de grupe funcţionale utilizate ca substituenţi în producerea analogilor

Grupa Efectul asupra solubilităţii Explicaţii

Facilitează absorbţia dar face ca eliberarea din

Scade solubilitatea în apă.
Metil membrane să fie mai dificilă. Poate modifica natura
Creşte lipofilitatea.
şi rata metabolismului.

Utilizat pentru a creşte penetrarea membranei

Scade solubilitatea în apă.
Fluor şi Clor celulare. Totuşi, este o tendinţă a medicamentelor
Creşte lipofilitatea.
cu halogeni de a se acumula în ţesuturi.

Furnizează un nou centru de hidrogen, care poate

influenţa legătura dintre ligand şi situsul ţintă.
Creşte solubilitatea în apă.
Hidroxi Deasemenea, poate rezulta o creştere a ratei de
Scade caracterul lipofilic.
eliminare a medicamentului printr-o nouă cale
metabolică sau de excreţie.

Amino Creşte solubilitatea în apă Furnizează un nou centru de hidrogen, care poate
datorită formării sărurilor. influenţa legătura dintre ligand şi situsul ţintă.
6
 Universitatea de Stat de Medicină şi Farmacie „Nicolae Testemiţanu”
Facultatea Farmacie
Catedra de Chimie farmaceutică şi toxicologică Pag. 7 / 19
09.3.1-12
Elaborare metodică pentru studenţi şi profesori
(Chimie medicală)

Scade caracterul lipofilic. Încorporarea aminelor aromatice este evitată,

deoarece deseori duce la formarea compuşilor toxici
şi/sau carcinogeni.

Solibilitatea în apă poate fi crescută prin formarea

sărurilor in vivo. Introducerea acestor grupe
Creşte solubilitatea în apă funcţionale uşurează de regulă eliminarea
Carboxilică datorită formării sărurilor. medicamentului. Introducerea grupei carboxilice
Sulfonică Scade caracterul lipofilic. într-o mică moleculă lider poate schimba tipul
activităţii analogului, în timp ce grupa sulfonică nu
produce schimbarea tipului de activitate.

Introducerea unei grupe funcţionale prin înlocuirea unei grupe existente.

Conceptul de isosteri şi bioizosteri.

Analogii formaţi prin înlocuirea unei grupe funcţionale existente pot genera schimbări
stereochimice şi metabolice. Selectarea grupei ce urmează a fi introdusă în moleculă va
depinde de obiectivele echipei de design. Se utilizează deseori conceptul de isosteri.

Isosterii sunt atomi sau grupe funcţionale ce au aceeași valență și proprietăţi chimice
şi/sau fizice. Optimizarea compusului lider se realizează prin înlocuirea atomilor sau grupelor
funcționale cu grupe izosterice pentru a asigura o legare mai bună de receptor sau o cale de
metabolizare diferită.

-CH3, -NH2, -OH, -F, -Cl

-Cl, -SH, -PH2
-Br, Izopropil -CH-(CH3)2
-CH2-, -NH-, -O- -S-
-COCH2R, -CONHR, -COOR, -COSR
-HC=, -N=
In inele:
-CH=CH-, -S-
-O-, -S-, -CH2-, -NH-
-CH=, -N-
Figura 2. Exemple de structuri isosterice.

Un mare număr de medicamente au fost descoperite prin schimburi reciproce

isosterice (fig. 3) . Spre exemplu, înlocuirea grupei hidroxi din poziţia 6 în hipoxantină cu
grupa tiol oferă o activitate antitumorală 6-mercaptopurinei.

7
 Universitatea de Stat de Medicină şi Farmacie „Nicolae Testemiţanu”
Facultatea Farmacie
Catedra de Chimie farmaceutică şi toxicologică Pag. 8 / 19
09.3.1-12
Elaborare metodică pentru studenţi şi profesori
(Chimie medicală)

Figura 3. Exemple de medicamente descoperite prin înlocuire isosterică

Deasemenea, înlocuirea hidrogenului din poziţia 5 a uracilului cu fluor rezultă cu

formarea fluoruracilului, care este un medicament antitumoral. Totuşi, nu toate schimbările
isosterice rezultă cu formarea compuşilor cu acelaşi tip de activitate: înlocuirea fragmentului
–S- a fenotiazinei (neuroleptic) cu grupa -CH=CH- sau –CH2-CH2- rezultă cu formarea
dibenzazepinelor, care manifestă activitate antidepresantă.

Este dificil de a face legătura între activitatea biologică şi proprietăţile fizico-chimice

ale unui singur atom, grupă funcţională sau a unei molecule întregi, deoarece mai mulţi
parametri sunt implicaţi simultan. Relaţiile simple, descrise mai sus, deseori nu au loc în
unele tipuri de sisteme biologice în asocierea cu medicamente. Iată de ce înlocuirea
isosterică într-un sistem biologic poate să nu funcţioneze într-un alt sistem. Din aceasta cauză
este necesar de a introduce noţiunea de “bioizosterism” pentru a descrie grupele funcţionale
asociate în structură şi care au efecte biologice similare. Friedman introduce noţiunea de
bioizosterism şi-l defineşte : “bioizostemerii sunt grupe funcţionale sau molecule care au
asemănări fizice sau chimice care manifestă aceleaşi proprietăţi biologice”.
Recent, Burger extinde această definiţie luînd în calcul viziuni biochimice asupra
activităţii biologice :
“Bioizosterii sunt compuşi sau grupe care posedă mase moleculare şi volum
aproximativ egale, aproape aceeaşi distribuţie a electronilor, şi care prezintă proprietăţi
fizice similare, ca hidrofobicitatea. Compuşii bioizosterici acţionează asupra aceloraşi
sisteme biochimice asociate ca agonişti sau antagonişti şi de asemenea produc aceleaşi
efecte biologice care sunt relaţionate unul cu altul”.
În 1970, Alfred Burger a clasificat bioizosterii în 2 subcategorii:
 Clasici: atomi sau grupe mono, di, tri, tetravalente; inele echivalente (fig. 4);
 Non-clasici: grupe funcţionale, retroisosterism, ciclice vs nonciclice (fig. 5).

8
 Universitatea de Stat de Medicină şi Farmacie „Nicolae Testemiţanu”
Facultatea Farmacie
Catedra de Chimie farmaceutică şi toxicologică Pag. 9 / 19
09.3.1-12
Elaborare metodică pentru studenţi şi profesori
(Chimie medicală)

Bioizosteri monovalenți
F,H
CH, NH
F, OH, NH sau CH3 pentru H
SH, OH
Cl, Br, CF3
Bioizosteri divalenți
-C=S, -C=O, -C=NH, -C=C-
Bioizosteri trivalenți
-CH=, -N=
-P=, -As=
Atomi tetrasubstituiți

Inele aromatice echivalente

Figura 4. Bioizosterii clasici.

Bioizosteirii non-clasici sunt înlocuiri a grupelor funcţionale care nu corespund
definiţiei clasice. Unele din aceste grupe, totuşi amintesc aranjarea spaţială, proprietăţile
electronice sau alte proprietăţi fizico-chimice a moleculei sau a grupei funcţionale necesare
pentru realizarea activităţii biologice (fig. 5).
-CO- -COOH -SO2NH2 -H -CONH- -COOR -CONH2
-CO2- -SO3H -PO(OH)NH2 –F -NHCO- -ROCO- -CSNH2
-SO2- -tetrazole
-SO2NR- -SO2NHR -OH -catechol
-SO2NH2 -CH2OH
-CON -3-hidroxizoxazol -benzimidazol
-CH(CN)- -2-hidroxicromon -NHCONH2 -C4H4S
R-S-R -NH-CS-NH2 -C5H4N
R-N(CN)- C(CN)=R -NH-C(=CHNO2)-NH2
-NH-C(=CHCN)-NH2
-halid -C4H4NH
-CF3
-CN
-N(CN)2
-C(CN)3
Figura 5. Bioizosterii non-clasici.

9
 Universitatea de Stat de Medicină şi Farmacie „Nicolae Testemiţanu”
Facultatea Farmacie
Catedra de Chimie farmaceutică şi toxicologică Pag. 10 / 19
09.3.1-12
Elaborare metodică pentru studenţi şi profesori
(Chimie medicală)

Isomerul trans al dietilstilbestrolului are aproximativ aceeaşi potenţă ca şi estradiolul,

în timp ce isomerul cis este mai puţin activ de paisprezece ori. În configurarea trans,
hidroxilul fenolic imită orientarea corectă a celui fenolic şi alcoolic din estradiol (fig. 6).

Figura 6. Exemplu de bioizosterism.

Utilitatea bioizosterilor
Descoperirea şi aplicarea bioizosterilor este o direcţie fundamentală în design-ul
medicamentelor.
Utilitatea lor se extinde pentru:
• Creşterea eficacităţii
• Sporirea selectivităţii
• Modificarea proprietăţilor fizice
• Reducerea sau redirecţionarea metabolismului
• Eliminarea sau modificarea toxicităţii
• Dobîndirea unei noi proprietăţi intelectuale.

În chimia medicală, conceptul de bioizosterism este un instrument foarte important de

cercetare, utilizat pe scară largă în designul analogilor.

Schimbări stereochimice
Substituenţii inelului influenţează conformaţiile substituenţilor adiacenţi prin
interacţiuni sterice şi pot afecta semnificativ cuplarea cu receptorul.

10
 Universitatea de Stat de Medicină şi Farmacie „Nicolae Testemiţanu”
Facultatea Farmacie
Catedra de Chimie farmaceutică şi toxicologică Pag. 11 / 19
09.3.1-12
Elaborare metodică pentru studenţi şi profesori
(Chimie medicală)

Figura7. Efectul izomerilor poziţionali asupra conformaţiei structurale şi

activităţii biologice.

Grupa metoxi aromatică în poziţia orto faţă de alţi substituenţi are o conformaţie
perpendiculară planului inelului aromatic în fenilachilaminele şi astfel se poate explica lipsa
activităţii halucinogene a acestor compuşi.

QSAR
Succesul metodei SAR în proiectarea medicamentului depinde nu numai de
cunoştinţele şi experienţa echipei de design, dar şi în mare parte de noroc. QSAR este o
încercare de a elimina acest component al întîmplării din proiectarea medicamentului prin
stabilirea relaţiei matematice (unei ecuaţii) între activitatea biologică şi parametrii fizico-
chimici măsurabili, numiţi descriptori. Aceşti parametri sunt utilizaţi pentru a reprezenta
proprietăţi ca lipofilitatea şi distribuţia electronică, care sunt de o importanţă majoră în
activitatea medicamentului.

Cuantificarea structurii moleculelor sub forma contribuţiilor electronice, sterice şi

lipofilităţii constituie elementul fundamental al oricărui studiu QSAR, iar această cuantificare
condiţionează succesul analizei cantitative respective.

Substituenţii de pe o structură chimică de bază se diferenţiază după identitatea

chimică sau după poziţie în structura moleculei, iar aceasta afectează reactivitatea,
proprietăţile fizice şi biologice ale compusului. Principalii parametri utilizaţi în QSAR pot fi
grupaţi în trei mari clase:
o Parametrii lipofilici caracterizează măsura solubilităţii medicamentului în
stratul bilipidic al membranelor şi distribuirea lui la situsul ţintă.

11
 Universitatea de Stat de Medicină şi Farmacie „Nicolae Testemiţanu”
Facultatea Farmacie
Catedra de Chimie farmaceutică şi toxicologică Pag. 12 / 19
09.3.1-12
Elaborare metodică pentru studenţi şi profesori
(Chimie medicală)

o Parametrii electronici. Efectele electronice ale grupurilor în moleculă

afectează distribuţia de electroni, care răspund de uşurinţa şi permanenţa
legării moleculei cu situsul ţintă.
o Parametrii sterici încearcă să cuantifice structura tridimensională, care este
un element fundamental de recunoaştere moleculară în cadrul interacţiunilor
ligand-receptor.
Formula generală a ecuaţiei QSAR este:

Activitatea biologică=f(C)

unde C reprezintă parametrii (descriptorii) fizico-chimici.

Studiile QSAR sunt de regulă aplicate în studiul unui grup de compuşi cu structură
similară. Totuşi, studiile QSAR a seturilor de compuşi structurali diferiţi sunt din ce în ce mai
frecvente.

Parametrii lipofilici

Pentru a raporta absorbţia şi distribuţia cu activitatea biologică se utilizează doi

parametri principali: coeficientul de partiţie (P) şi constanta lipofilică de substituent (π).
Primul parametru se referă la întreaga moleculă, în timp ce ultimul se referă la grupele
substituente.

Coeficientul de partiţie (P)

Pentru a ajunge la ţinta de acţiune, medicamentul trebuie să treacă prin mai multe
membrane biologice, cu parcurgerea următoarelor etape generale: (a) părăsirea mediului apos
extracelular, (b) trecerea prin membranele lipidice şi (c) intrarea într-un alt mediu apos
înainte de legarea cu receptorul. Coeficientul de partiţie reprezintă raportul dintre
concentraţia molară a compusului în mediu nepolar (de obicei l-octanol) şi concentraţia
molară a compusului în mediul polar (apa). În studiile QSAR cel mai des se operează cu
valorile logaritmice, deci calculele se realizează conform relaţiei:

(2)

Hanch şi Dunn au propus ca sistem de solvenţi sistemul octanol-apă, datorită faptului

că octanolul are o capacitate foarte scăzută de solvire a apei, combinată cu prezenţa unei
grupe hidroxil care poate fi implicată atît în legături donoare, cît şi acceptoare de hidrogen.
N-octanolul permite crearea unui model foarte apropiat a absorbţiei medicamentului în TGI.
Pot fi utilizaţi şi alţi solvenţi ca uleiul de măslin (oferă informaţii relevante despre trecerea
12
 Universitatea de Stat de Medicină şi Farmacie „Nicolae Testemiţanu”
Facultatea Farmacie
Catedra de Chimie farmaceutică şi toxicologică Pag. 13 / 19
09.3.1-12
Elaborare metodică pentru studenţi şi profesori
(Chimie medicală)

barierei hematoencefalice), cloroformul (absorbţia bucală), eterul, benzenul etc. Deseori,

sistemul octanol-apă este ales deoarece deţine cele mai multe date experimentale. Totuşi,
determinarea practică a coeficientului de partiţie a acestui sistem necesită foarte mult timp şi
este obositoare. În prezent, pentru majoritatea substanţelor acest descriptor este calculat.
Acurateţea acestor calcule depinde ipoteza echipei de cercetători ce au creat software-ul de
calcul.

Dacă s-a stabilit că este o corelare slabă între coeficientul de partiţie şi activitatea
biologică, se aleg alţi parametri mai importanţi care determină acţiunea medicamentului.

Constanta lipofilică de substituent (π)

Constanta lipofilică de substituent (π) mai este cunoscuă ca şi constanta hidrofobă de

substituent. Valoarea π reprezintă contribuţia substituentului la lipofilicitatea structurii
nesubstituite. Cu alte cuvinte, reprezintă contribuţia grupei asupra coeficientului de partiţie şi
a fost definită de Hanch prin ecuaţia :

(3)

Unde PH şi Px sunt coeficienţi de partiţie a compusului standard şi a derivatului lui

monosubstituit. Spre exemplu, valoarea π pentru clor a clorbenzenului poate fi calculată din
coeficienţii benzenului şi clorbenzenului în sistemul octanol/apă:

(4)

Înlocuind în ecuaţie valorile numerice obţinem:

(5)

Această constantă este dependentă de energia liberă, o măsură a diferenţei dintre

variaţiile energiei libere implicate în transferul moleculelor dintr-o fază în alta. Valoarea π
pentru un substituent va varia în dependenţă de mediul structural înconjurător (tabel 3),
precum şi de sistemul de solvenţi utilizaţi care influenţează implicit coeficientul de partiţie.
Dacă valoarea π este pozitivă, atunci substituentul posedă o lipofilitatea mai mare decît
hidrogenul şi probabil va determina o creştere a concentraţiei compusului în n-octanol, şi prin
urmare o creştere a concentraţiei în mediul lipidic al sistemele biologice. Dacă valoarea π
este negativă, substituentul posedă o lipofilitate scăzută, ceea ce probabil va determina
creşterea concentraţiei compusului în mediul apos al sistemelor biologice. Valorile medii sau
cele relevante a unui tip de structură deja studiat pot fi utilizate pentru determinarea legăturii
structură-activitate biologică a moleculelor asemănătoare.
13
 Universitatea de Stat de Medicină şi Farmacie „Nicolae Testemiţanu”
Facultatea Farmacie
Catedra de Chimie farmaceutică şi toxicologică Pag. 14 / 19
09.3.1-12
Elaborare metodică pentru studenţi şi profesori
(Chimie medicală)

Tabel 3. Exemple a variaţiilor valorilor π în dependenţă de structura chimică

Coeficienţii de distribuţie

Valorile coeficienţilor de partiţie nu iau în calcul faptul că majoritatea compuşilor

ionizează în soluţiile apoase. Gradul de ionizare are un rol semnificativ în absorbţia şi
distribuţia medicamentelor. Prin urmare, în ecuaţia lui Hanch şi în alte formule analitice
matematice comportamentul compuşilor lipofili ionizabili este deseori reprezentat de către
valoarea coeficientului de distribuţie (D), care este definit ca raportul dintre concentraţiile
compusului neionizat şi cel ionizat între solventul organic şi mediul apos. Astfel, coeficientul
de distribuţie pentru acizi HA se calculează conform formulei:

(6)

Deoarece ionizarea acizilor şi bazelor depinde de pH mediului apos, calculele pentru

compuşii cu caracter acid se pot realiza după formula:

(7)

iar pentru cei cu caracter bazic BH, care disociază în B+H+:

(8)

Aceste ecuaţii permit calcularea lipofilităţii compusului la orice pH, atunci cînd
valorile pKa şi P sunt cunoscute pentru acelaşi sistem de solvenţi.

14
 Universitatea de Stat de Medicină şi Farmacie „Nicolae Testemiţanu”
Facultatea Farmacie
Catedra de Chimie farmaceutică şi toxicologică Pag. 15 / 19
09.3.1-12
Elaborare metodică pentru studenţi şi profesori
(Chimie medicală)

Parametrii electronici
Distribuţia electronilor în molecula medicamentului are o influenţă considerabilă
asupra distribuţiei şi activităţii medicamentului. În scopul atingerii ţintei sale, medicamentul
trebuie să treacă un număr mare de membrane biologice. De regulă, compuşii polari şi cei
nepolari sunt transportaţi mai rapid în forma lor neionizată, decît formele lor ionizate. În
plus, o dată ce medicamentul ajunge la situsul ţintă distribuţia electronică a moleculei va
controla tipul de legătură pe care îl va forma cu ţinta, ceea ce va condiţiona anumite
caracteristici ale activităţii biologice.Una din încercările de a cuantifica efectele electronice
ale grupelor funcţionale asupra proprietăţilor fizico-chimice ale compuşilor a fost realizată
de Hammett în 1940, prin introducerea constantei de substituţie (σ), cunoscută deasemenea ca
constanta Hammett (σ).

Constanta Hammett (σ)

Distribuţia electronilor în moleculă depinde de natura electronului îndepărtat şi
grupele donatoare din structura dată. Spre exemplu, acidul benzoic se ionizează slab în apă
(fig.8):

Figura 8. Reacţia de hidroliză a acidului benzoic

Substituţia unui hidrogen din inelul aromatic cu substituentul X (ex. grupa nitro) va
slăbi legătura O-H a grupei carboxil şi stabiliza anionul carboxilat, cu mutarea echilibrului
reacţiei spre dreapta(fig.9 ), ceea ce înseamnă că compusul format este un acid mai puternic
decît acidul benzoic (KX>K). Și invers, introducerea unui substituent donor de electroni (X),
ca grupa metilică în inelul aromatic, va determina o creştere a proprietăţilor acide a grupei
OH şi o scădere a stabilităţii anionului carboxilat, cu deplasarea echilibrului spre stînga (K>
KX).

Figura 9. Efectele grupelor acceptoare sau donor de electroni asupra echilibrului

reacţiei pentru acidului benzoic substituit
15
 Universitatea de Stat de Medicină şi Farmacie „Nicolae Testemiţanu”
Facultatea Farmacie
Catedra de Chimie farmaceutică şi toxicologică Pag. 16 / 19
09.3.1-12
Elaborare metodică pentru studenţi şi profesori
(Chimie medicală)

Aceste observaţii arată că este posibil de a utiliza constantele de echilibru pentru a

compara distribuţia electronică la grupele structurale similare a compuşilor. Hammett a
utilizat constantele de echilibru pentru a studia relaţiile între structura acizilor aromatici şi
tăria acizilor. El a calculat constantele pentru cele mai răspîndiţi substituenţi (X) ai acidului
benzoic, utilizînd acest acid ca un standard de referinţă (tabelul 4).

Tabelul 4. Exemple a constantelor electronice de substituţie utilizate în studiile QSAR.

Studiul parametrilor electronici permit de a prognoza mai efectiv activitatea biologică

a analogilor structurali ai compusului lider şi sinteza celor mai reuşiţi dintre ei, decît în cazul
unui screening simplu cînd se sintetizează şi se testează toţi analogii posibili.

Implimentarea tehnicilor tridimensionale (3D) în analiza relaţiilor cantitative dintre

structura chimică şi activitatea biologică QSAR a putut fi realizată doar după 1979, odată cu
dezvoltarea tehnicilor statistice şi mărirea puterii de calcul a computerelor. De la prima
încercare de obţinere a unui model de tip reţea pentru compararea moleculelor prin alinierea
lor în spaţiul 3D, apoi maparea cîmpurilor lor moleculare (Comparative Molecular Field
Analysis, CoMFA), cu software-uri performante pentru efectuarea unor astfel de analize
complexe, a trecut aproape un deceniu. Unele concepte precum ar fi binding site models ale
lui Höltje, active analog approach al lui Marshall, sau metoda MTD (Minimal Topological
Difference) al lui Simon, au fost fără nici o îndoială, baza de plecare în elaborarea metodelor
3D QSAR moderne.

Parametrii sterici
O categorie importantă de variabile structurale utilizate în relaţiile liniare de energie
liberă reprezintă parametrii sterici. Contribuţia lor în analiza şi studiile QSAR este de o
importanţă majoră deoarece încearcă să cuantifice structura tridimensională (aspectul
tipologic, conformaţional sau configuraţional), care este unul dintre elementele fundamentale
de recunoaştere moleculară în cadrul interacţiunilor ligand-receptor.
Parametru steric Taft (Es) a fost prima încercare de a arăta legătura dintre parametru
măsurabil legat de forma şi mărimea medicamentului, dimensiunile situsului ţintă şi
activitatea terapeutică. Alţi parametri sterici sunt: parametrul Charton (V), parametrii
Verloop, refractivitatea molară (MR), volumul van der Waals, raze van der Waals,
16
 Universitatea de Stat de Medicină şi Farmacie „Nicolae Testemiţanu”
Facultatea Farmacie
Catedra de Chimie farmaceutică şi toxicologică Pag. 17 / 19
09.3.1-12
Elaborare metodică pentru studenţi şi profesori
(Chimie medicală)

parachorul (Pr), parametrul de densitate sterică (SD), suprafaţa van der Waals, modelul
Charton, indicatori ai formei moleculare etc. Toţi aceşti parametri au fost utilizaţi cu scopul
de a corela activitatea biologică cu structura chimică cu diferite rate de succes.

Parametrul steric Taft (Es)

În 1956, Taft a utilizat raportul constantelor relative ale hidrolizei acide catalizate a
metiletanoatului substituit în poziţia α, deoarece viteza acestei reacţie de hidroliză este
dependentă aproape în întregime de factorii sterici. El a utilizat metil etanoatul ca standard şi
a definit Es ca relaţia:

(9)
Unde k este constanta de viteză (de echilibru) la hidroliză şi valoarea Es=0, cînd X=H.
Unele valori numerice ale Es sunt redate în tabelul 5.
Tabelul 5. Valorile numerice Es pentru unele grupe funcţionale.

Cu toate eforturile făcute s-a constatat că doar un număr relativ restrîns de reacţii se
conformează modelului Taft, model ce ia în considerare exclusiv manifestarea efectelor
sterice. Aceste deficienţe apar deoarece variaţia efectelor polare nu poate fi neglijată şi
modelul poate fi aplicat doar pentru structuri simple.

Refractivitatea molară (MR)

Refractivitatea molară este o măsură a volumului compusului şi a capacităţii de a se
polariza. Este definit prin ecuaţia :

(10)
Unde n este indicele de refracţie, M este masa relativă şi ρ densitatea compusului.
Raportul M/ρ reprezintă volumul molar. Valorile indicelui de refracţie depind de temperatură
şi de lungimea de undă. Valoarea MR este calculată pentru întreaga moleculă, sau poate fi
calculată prin sumarea valorilor MR a părţilor componente ale moleculei (tabel 6). Acest
descriptor se referă atît la volumul moleculelor studiate, cît şi la forţele de dispersie care au
loc la interacţiunea recepor-ligand.

17
 Universitatea de Stat de Medicină şi Farmacie „Nicolae Testemiţanu”
Facultatea Farmacie
Catedra de Chimie farmaceutică şi toxicologică Pag. 18 / 19
09.3.1-12
Elaborare metodică pentru studenţi şi profesori
(Chimie medicală)

Tabel 6. Exemple al valorilor MR calculate.

Indicatorii cuantici
Preocupările chimiştilor cuanticieni de a trata cuantic reactivitatea chimică au dus la
definirea unui număr însemnat de indici cuantici pentru aprecierea acesteia. De obicei,
indicatorii cuantochimici ai reactivităţii sunt împărţiţi în indici statistici, dinamici,
perturbaţionali, dar pentru studiile QSAR este mai utilă clasificarea în:
1. Indici locali:
a. densitatea electronică pe atomul s, qs;
b. densitatea de sarcină pe atomul s, q’s;
c. sarcina atomului netă, qs netă; ordinul de legătură dintre atomii s şi z, psz;
d. indicele de valenţă liberă, Fs;
e. polarizabilitatea; densitatea electronului de frontieră, fs;
f. ordinul de legătură de frontieră, OLs;
g. energiile de stabilizare, energiile de localizare etc.

2. indici globali:
a. energia celei mai înalte orbitale moleculare ocupate, EHOMO;
b. energia celei mai joase orbitale moleculare neocupate, ELUMO;
c. electronegativitatea;
d. duritatea şi moliciunea absolută.

Importanţa practică a metodei QSAR

QSAR ne-a oferit o înţelegere mai profundă a fenomenelor fundamentale ale chimiei
medicale şi ale proiectării medicamentului. Conceptul lipofilităţii şi calcularea parametrilor
lui a generat multe cunoştinţe şi discuţii şi chiar a condiţionat apariţia unei noi mini-industrii.
Deasemenea, QSAR a cercetat şi argumentat selectivitatea la nivel celular şi molecular,
stabilind unele legităţi privind o penetrarea optimă a membranelor. Informaţiile obţinute în
cadrul acestor studii au definit descriptorii, au creat modele şi metode de analiză, au permis
elaborarea unor algoritme optime în design-ul medicamentelor.

18
 Universitatea de Stat de Medicină şi Farmacie „Nicolae Testemiţanu”
Facultatea Farmacie
Catedra de Chimie farmaceutică şi toxicologică Pag. 19 / 19
09.3.1-12
Elaborare metodică pentru studenţi şi profesori
(Chimie medicală)

LUCRUL PRACTIC AL STUDENŢILOR

Control de recapitulare
1. Controlul cunoştinţelor teoretice după întrebările pentru pregătirea de sine stătătoare.
2. Controlul lucrului practice efectuat în cadrul lucrării de laborator.

Întrebări pentru recapitulare

Dați răspunsuri argumentate la următoarele întrebări:
1. Daţi definiţia de SAR. Expuneţi principiile acestei metode. Daţi exemple de
medicamente obţinute prin această metodă.
2. Argumentaţi influenţa modificărilor structurale asupra activităţii biologice.
Exemple.
3. Explicaţi conceptul de isosterism şi bioizosterism. Daţi exemple.
4. Daţi definiţia de QSAR. Expuneţi principiile acestei metode. Daţi exemple de
medicamente obţinute prin această metodă.
5. Numiţi şi caracterizaţi principalii parametri QSAR. Argumentaţi importanţa lor.
6. Argumentaţi actualitatea proiectării raţionale a medicamentelor,

Referinţe bibliografice:
1. Abraham D.J. Bourgher’s medicinal chemistry and drug discovery sixth edition,
volume 1, ed. Wiley Interscience, England.
2. Thomas G. Medicinal chemistry, an introduction second edition, ed. Wiley
Interscience, England, 2007.

19