Teoria cuplarii chemiosmotica adica cuplarea pH-ului cu cea electrica.
Mitocondria are in structura sa membrana externan interna mult cutata, plus matricea. Sinteza ATP-ului din energia produsa in anaerobioza in urma reactiei dintre ADP si acid fosforic poarta denumirea de fosforilare respiratorie. Cea mai mare energie se produce in portiunea aeroba a lantului respirator cand echivalentii respiratori reprezentati de electroni trec de la un cuplu redox la altul pana cand in final ajung la citocrom oxidaza care impreuna cu xigenul activate si hidrogenul activate activeaza apa sis a eliberat foarta multa energie. O molecula de NADH+H, trecand prin toate fazele lantului respirator din anaerobioza pana la faza finala produce o energie egala cu delta G0 de 51 kcal. Aceasta valoare ridicata a energiei eliberate permite sinteza a trei molecule de ATP. FAD-ul si FMN-ul trecand si ele prin lantul respirator atat in faza anaeroba si aeroba produce energie care permite sinteza a doua molecule de ADP. Din matricea mitocondriala protonii sunt pompati in spatiul intermembranar de catre complexul 1, complexul 3 si complexul 4. Primul complex pompeaza un numar de 3-4 protoni, al treilea complex pompeaza un numar de 2 protoni, iar complexul 4 un numar de 4 protoni. Acest numar de protoni sunt pompati in spatiul intermembranar pentru fiecare molecula de NADH+H. In spatiul intermembranar protonii injectati creeaza o diferenta chemiosmotica, facandui pe acestea sa se reintoarca in matrice pentru a egaliza presiunea chemiosmotica si pH-ul in cele 2 zone. Protonii trebuie sa gaseasca o zona prin care sa poata reveni inapoi in matrice, aceasta zona, acest canal se gaseste in interiorul complexului 5, care mai cuprinde si alte proteine notate cu F0 si F1 precum si oxidoreductaza.Protoni cand trec prin acest canal elibereaza multa energie , care energie face sa aibe loc reactia intre ADP si acid fosforic, rezultand ATP. Molecula de acid fosforic provine tot din complexul 5 energia rezultata dupa sinteza ATP-ului se pierde sub forma de caldura si aceasta teorie are unele neajunsuri, dar spre deosebire de celelalte teorii a putut fi verificata in vitro. Mitocondrii izolate si integre au primit in spatiul dintre cele doua membrane protoni, rezultatul a fost cresterea cantitatii de ATP din mitocondria respectiva. Decuplarea respiratiei celulare de procesul de fosforilare In majoritatea cazurilor respiratia celulara se cupleaza cu fosforilarea, sunt unele situatii in care lantul respirator care transporta echivalentul reducatori nu este urmat, reactia dintre ADP si acid fosforic, deci in reactia de sinteza a ATP-ului. Explicatia fenomenului consta in abolirea rolului concentratiei de ADP, factorul de control al respiratiei. Decuparea repiratiei celulare prin fosforilare se poate face si prin agenti externi, de ex aspirina, este cea care face aceasta decuplare, tesutul adipos la animalele care au aceasta decuplare este de culoare bruna, datorita bogatiei sale in mitocondrii si citocromi. Eliberarea energiei in lantul respirator se face in trepte, iar utilizarea ei se face sub forma de cantitati mici.