Documente Academic
Documente Profesional
Documente Cultură
Referenţi ştiinţifici:
Prof. dr. Mircea Covic – U.M.F. Iaşi
Prof. dr. Victor Ioan Pop – U.M.F. Cluj
Prof. dr. Emilia Severin – U.M.F. Bucureşti
Editura „Gr.T.Popa”
Universitatea de Medicină şi Farmacie Iaşi
Str. Universităţii nr. 16
Toate drepturile asupra acestei lucrări aparţin autorului şi Editurii „Gr.T.Popa” Iaşi.
Nici o parte din acest volum nu poate fi copiată sau transmisă prin nici un mijloc, electronic
sau mecanic, inclusiv fotocopiere, fără permisiunea scrisă din partea autorului sau a editurii.
Tiparul executat la Tipografia Universităţii de Medicină şi Farmacie "Gr. T. Popa" Iaşi, str.
Universităţii nr. 16, cod. 700115, Tel. 0232 267798 int. 231,
Fax 0232 211820
Cuprins
CUPRINS
i
Tehnici folosite în genetică
ii
Prefaţă
Autorii
iii
Tehnici folosite în genetică
iv
Partea I
Tehnici
de
screening
A. Prenatal
1. Triplu test
2. Ecografia fetală
B. Neonatal
1. Fenilcetonuria
2. Hipotiroidia congenitală
3. Galactozemia
4. Boli metabolice (spectrometria de masă)
C. Postnatal
1. Testul antiFMRP
2. Screeningul bolilor lizozomale
1
Tehnici folosite în genetică
2
Tehnici de screening prenatal
Definiţie
Screeningul serului matern este o analiză efectuată în timpul
sarcinii (de obicei în trimestrul II) din sângele gravidei, în scopul
detectării unor anomalii fetale. Cea mai frecvent folosită variantă
este triplul test, numit şi triplu screening, test Kettering sau test Bart.
Testul constă în determinarea nivelurilor serice ale alfa-
fetoproteinei (AFP), estriolului neconjugat (uE3) şi ale
gonadotrofinei corionice (hCG).
Interpretarea ţine cont de diferiţi factori (vârsta gestaţională,
etnie, greutatea şi vârsta mamei, sarcină unică/ gemelară etc) şi
apreciază care este şansa ca fătul să prezinte o anomalie.
Acest test nu stabileşte un diagnostic, ci reprezintă doar un
semnal de alarmă şi sugerează necesitatea utilizării unor alte teste
diagnostice.
Indicaţii
Metoda se foloseşte ca test screening la gravidele cu risc de
a da naştere unor copii cu:
• Defecte de tub neural (anencefalie, spina bifida),
• Sindrom Down (trisomie 21),
• Sindrom Edwards (trisomie 18),
• Sindrom Turner (monosomie X),
• Triploidie (făt cu 69 cromozomi),
• Trisomie 16 în mozaic,
• Sindrom Smith- Lemli- Opitz,
3
Tehnici folosite în genetică
Principii
Testul necesită sânge venos (5 ml). Triplul test se efectuează
între săptămânile 15-20 de gestaţie, cu un interval optim la 16-18
săptămâni.
Pentru ca testul să fie concludent, el bazându-se pe corelaţia
dintre vârsta sarcinii şi determinarea cantitativă a markerilor serici,
este important ca el să fie precedat de o ecografie care va stabili
corect vârsta gestaţională, prin biometrie fetală.
4
Tehnici de screening prenatal
5
Tehnici folosite în genetică
Interpretarea rezultatelor
Prelucrarea computerizată a valorilor biochimice raportate la o
serie de factori stabileşte magnitudinea riscului.
Concentraţiile markerilor biochimici utilizaţi pentru calcularea
riscului nu sunt constante de-a lungul sarcinii. De aceea, ele trebuie
“normalizate” la săptămâna de sarcină corespunzătoare.
Nivelul fiecărui marker seric pentru o anumită gravidă este
măsurat şi raportat ca multiplu de mediană (Multiple of Median =
MoM) pentru sarcinile normale de aceeaşi vârstă gestaţională.
Mediana reprezintă valoarea mijlocie a rezultatelor
determinărilor fiecărui marker efectuate într-o anumită săptămână de
vârstă gestaţională.
Multiplu al medianei (MoM) se obţine prin împărţirea valorii
obţinute la o gravidă cu o anumită vârstă gestaţională la valoarea
mediană stabilită pentru vârsta gestaţională respectivă. Intervalul
acceptat pentru risc este de 0,4 – 2,5 x MoM.
Programele specializate (ex Prisca) corectează valorile MoM
în funcţie de vârsta gravidei, greutatea ei, grupul etnic, statusul de
fumător /nefumător, multiplicitatea sarcinii, eventualele afecţiuni
(diabet zaharat insulino dependent), istoricul familial de trisomii sau
6
Tehnici de screening prenatal
7
Tehnici folosite în genetică
b) Dublu test:
• Se realizează în săptămânile 13 – 22 de vârstă gestaţională;
• Se testează AFP şi fracţiunea liberă a βhCG;
• Testul are o rată de depistare cazurilor cu Sindrom Down de
80%, cu o rată a testelor fals pozitive de 2,8%;
8
Tehnici de screening prenatal
c) Triplu test:
• Se realizează la 15 – 20 săptămâni de gestaţie;
• Testul constă în măsurarea AFP, estriolului neconjugat şi a
gonadotrofinei corionice în serul matern;
• Rata de depistare a cazurilor de Sindrom Down este 75%, cu o
rată a cazurilor fals pozitive de 8,5%;
e) Cvadruplu test:
• Se aplică la 15 – 20 săptămâni de vârstă gestaţională;
• Măsoară nivelele de AFP, hCG sau βhCG, estriol, inhibină A;
• Inhibina A are un nivel de 1,8 MoM în sarcinile cu Sindrom
Down;
• Acest test creşte sensibilitatea pentru trisomiile 13, 18 şi 21;
identifică 79% din fetuşii cu Sindrom Down.
f) Test integrat:
• Screening seric în trimestrul I şi II, asociat cu evaluare
ecografică; depistează 90% din cazurile cu Down; poate depista
şi feţi cu Trisomie 18 sau Sindrom Smith- Lemli- Opitz;
• La 12 săptămâni: ecografie fetală care caută edemul nucal şi
stabileşte cu precizie vârsta gestaţională; în serul femeii gravide
se dozează PAPP A;
• La 16 săptămâni de gestaţie se măsoară în serul mamei: AFP,
βHCG fracţiunea liberă, estriolul neconjugat şi inhibina A.
9
Tehnici folosite în genetică
Avantaje şi dezavantaje
Importanţa determinării riscului malformativ prin triplul test
constă în reducerea numărului de persoane care se încadrează în
grupele de risc şi care ar trebui să facă puncţie amniotică şi
cariotipare (investigaţie exactă, dar invazivă, cu un anumit grad de
risc şi mult mai costisitoare).
Cele mai importante avantaje sunt:
• economice (triplu test este o metodă relativ ieftină, comparativ
cu alte tehnici de screening şi diagnostic antenatal);
• legate de timp (rezultatul este posibil în 1-2 săptămâni);
• metoda este neinvazivă, lipsită de riscuri pentru mamă şi făt.
Dezavantajele metodei constau în sensibilitatea scăzută şi
valoarea orientativă şi nu diagnostică.
Există şi situaţia în care prin efectuarea testului, persoane
aparent fără nici un risc pot fi incluse în grupul de risc. De aceea, în
ultimul timp se preferă folosirea testului integrat, care creşte
probabilitatea de depistare a cazurilor, evitând astfel expunerea unor
persoane cu risc scăzut la stresul unor valori de cele mai multe ori
fals pozitive.
Adrese utile
• http://library.med.utah.edu/WebPath/TUTORIAL/PRENATAL/PREN
ATAL.html
• http://www.babycenter.com/refcap/1487.html
• http://www.americanpregnancy.org/prenataltesting/afpplus.html
• http://www.wolfson.qmul.ac.uk/epm/screening/integrated.shtml
Bibliografie
• Berkowitz R.L., Cuckle H.S., Wapner R, D'Alton, M. - Aneuploidy
Screening-What Test Should I Use?, Obstetrics & Gynecology
2006;107:715-718.
• Berkowitz R. L., Roberts J., Minkoff H. - Challenging the strategy of
maternal age-based prenatal genetic counseling, JAMA,
March 22, 2006; 295(12): 1446 - 1448.
10
Tehnici de screening prenatal
11
Tehnici folosite în genetică
12
Tehnici de screening prenatal
Indicaţii
Ecografia fetală trebuie practicată de rutină la toate gravidele,
ca metodă de screening, deoarece s-a constatat că 90% dintre
anomaliile fetale apar la cuplurile fără risc malformativ.
Deşi considerată inofensivă pentru făt, nu se recomandă
folosirea abuzivă a ecografiei, deoarece ultrasunetele pot avea şi
efecte biologice asupra ţesuturilor (efectul termic, efectul de
cavitaţie). Astfel, la fiecare examen ecografic se va respecta
principiul ALARA (As Low As Reasonably Achievable – A face un
diagnostic cât mai bun cu o putere (de emisie) cât mai mică).
Din aceste considerente, într-o sarcină clinic şi biologic
normală se vor face doar 3 ecografii, fiecare examen având obiective
distincte:
• Morfologia fetală din primul trimestru (11-13 săptămâni de
amenoree – s.a.):
o confirmarea şi localizarea sarcinii,
o morfologie fetală: calota craniană, emisferele cerebrale,
spaţiu pelucid, talamusul, plexurile coroide, profil facial,
orbite, cordul (cu 4 camere), stomacul, rinichii şi vezica
urinară, cele 4 membre, fiecare cu 3 segmente şi 5 structuri
la extremităţi;
o precizarea vârstei gestaţionale;
o localizarea placentei;
13
Tehnici folosite în genetică
14
Tehnici de screening prenatal
• 1 - 3 – rezultat intermediar,
• 0 - 1 – rezultat inacceptabil.
În practica curentă, un operator trebuie să fie în măsură să
realizeze un scor acceptabil.
18
Tehnici de screening prenatal
Principii
Ecografia este o metodă imagistică medicală bazată pe
folosirea ultrasunetelor emise de către o sondă. Această utilizare se
bazează în special pe două proprietăţi ale ultrasunetelor, propagarea
foarte bine direcţionată şi calitatea de a se reflecta de la interfaţa cu
medii care au o impedanţă acustică diferită. Ultrasunetele reflectate
sunt transformate la nivelul sondei în semnale electrice, care, în urma
prelucrării de către ecograf, sunt vizibile pe monitor ca imagini.
Interpretarea rezultatelor
Există trei metode de interpretare a valorilor grosimii pliului
nucal, fiecare având o semnificaţie distinctă:
• Grosimea pliului nucal cu pragul limită de 3 mm: Are
avantajul de a fi o metodă foarte simplă, dar are şi marele
incovenient de a ignora evoluţia grosimii pliului nucal în funcţie
de vârsta gestaţională şi nu poate fi integrată cu alte metode de
screening prenatal (vârstă maternă, serologie maternă);
• Grosimea pliului nucal cu pragul limită în funcţie de
percentila 95 a acestuia: Prezintă avantajul că respectă evoluţia
grosimii pliului nucal în funcţie de vârsta gestaţională, dar are şi
handicapul imposibilităţii integrării cu alte metode de screening
(vârstă maternă, markeri serologici materni, sonograma genetică
din trimestrul al doilea de sarcină);
• În funcţie de Multipla de Mediană (MoM) a pliului nucal:
MoM-ul reprezintă raportul dintre valoarea măsurată a pliului
nucal şi valoarea calculată a acestuia. Metoda, promovată de
FMF (Fetal Medicine Foundation, London), se bazează pe
determinarea factorului de probabilitate pentru patologie
cromozomială (likehood ratio – LR) în funcţie de multipla de
MoM a pliului nucal pentru o valoare dată a LCC şi oferă
posibilitatea de a calcula riscul pentru aneuploidie (Tab. 1.2.2 -
1.2.3).
19
Tehnici folosite în genetică
20
Tehnici de screening prenatal
21
Tehnici folosite în genetică
Avantaje si dezavantaje
Deşi nu este cea mai ieftină metodă de screening (preţul
ecografului cu caracteristici tehnice bune şi costul pregătirii unui
ecografist bun sunt relativ ridicate), ecografia fetală este larg folosită
datorită faptului că este o metodă de examinare neinvazivă şi sigură
(nu s-au demonstrat efectele nocive asupra subiecţilor examinaţi),
care a devenit foarte accesibilă pentru gravide datorită faptului că
dotarea cu un ecograf a devenit o regulă pentru spitale şi foarte multe
cabinete medicale private. Metoda este avantajoasă doar dacă se face
un examen ecografic calitativ. Calitatea unei ecografii fetale poate fi
influenţată de următorii factori: performanţele tehnice ale
ecografului, competenţa şi experienţa ecografistului şi factori ţinând
de gravidă (vârsta sarcinii, calitatea peretelui abdominal al gravidei,
poziţia fetală, volumul de lichid amniotic).
Ca orice metodă de examinare imagistică, ecografia are
dezavantaje care ţin în primul rând de limitele metodei. Ecografia
fetală nu permite identificarea malformaţiilor minore care nu au o
expresie imagistică fie în general, fie la momentul examinării
gravidei. Condiţiile de examinare fetală neadecvate legate de
calitatea peretelui abdominal sau cel uterin al gravidei (obezitate,
perete abdominal cicatricial, uter polifibromatos), poziţia fetală sau
mobilitatea excesivă a acestuia, cantitatea de lichid amniotic (oligo/
polihidramnios) pot reprezenta, la fel, mari dezavantaje ale metodei
de examinare.
Adrese utile
• www.fetalmedicine.com
Bibliografie
• Cucke H. - Calcuating correct Down’s syndrome. Br J Obstet
Gynecol 1999, 106: 371-372;
• Herman A, Maymon R, Dreayen E et al. - Nuchal translucency
audit: a novel image scoring method. Ultrasound Obstet Gynecol
1998, 12: 398-403;
22
Tehnici de screening prenatal
23
Tehnici folosite în genetică
24
Tehnici de screening neonatal
25
Tehnici folosite în genetică
26
Tehnici de screening neonatal
Indicaţii
Acesta este un test screening, care se face la toţi nou-
născuţii în ziua a treia de viaţă pentru depistarea PKU. La cazurile
depistate se aplică investigaţii biochimice suplimentare pentru
confirmarea suspiciunii de diagnostic, se fac teste de ADN şi ulterior
se instituie dieta săracă în fenilalanină timp de 3 ani.
Principii
Metoda clasică aplicată pentru screeningul neonatal al PKU
este testul Guthrie. Etapele de lucru sunt următoarele:
• Recoltarea se face în ziua 3–5 de viaţă, când nivelul sangvin de
fenilalanină a ajuns deja la mai mult de 240 µM; trebuie
parcurse următoarele subetape:
o Prelevarea câtorva picături de sânge din călcâi pe o hârtie de
filtru specială, cu obţinerea unui spot de sânge (vezi Fig.
2.1.1); se recoltează 4 spoturi pentru fiecare pacient (pe
acelaşi card);
27
Tehnici folosite în genetică
o Uscarea spoturilor;
o Ambalarea probei;
o Transportul la laboratorul central;
o Înregistrarea probelor;
o Decuparea eşantioanelor (sub formă de discuri) de lucru din
spoturile de sânge prin perforarea hârtiei de filtru;
În unele laboratoare se recoltează şi spoturi de urină pentru
analiza metaboliţilor urinari.
28
Tehnici de screening neonatal
Picătură sânge
Decupare discuri cu
sânge din hârtia de filtru
Creştere bacteriană
datorită excesului de
fenilalanină din disc
Interpretarea rezultatelor
Concentraţia normală de fenilalanină în sângele nou
născutului este mai mică de 120 µM (2 mg/dl).
Fenilalanina stimulează creşterea bacteriană. În acelaşi timp,
fenilalanina are efect antagonist faţă de beta 2 thienil-alanină.
29
Tehnici folosite în genetică
30
Tehnici de screening neonatal
Avantaje si dezavantaje
Principalele avantaje ale metodelor de screening pentru
PKU sunt:
• Se adresează unui număr mare de nou născuţi, crescând
şansele de depistare a cazurilor;
• Se efectuează curând după naştere, permiţând iniţierea precoce
a tratamentului dietetic;
• Relativ ieftine;
• Rapide - identifică potentialii suspecţi în timp util;
• Neinvazive;
• Necesită pentru analiză o cantitate foarte mică de sânge;
• Noile tehnologii reduc rezultatele fals pozitive şi oferă analiza
mai multor metaboliţi;
• Raportul cost - beneficiu este foarte favorabil.
Adrese utile
• http://www.patient.co.uk/showdoc/40024834/
• http://www.isns-neoscreening.org/FactSheets/Guidelies.htm
Bibliografie
• Aicardi Jean – Diseases of the nervous system in childhood, 1998,
Mac Keith Press, p.245, 264-266, 804-805;
32
Tehnici de screening neonatal
33
Tehnici folosite în genetică
34
Tehnici de screening neonatal
Definiţie
Hipotiroidismul congenital (HC) este cea mai frecventă
boală identificată prin screening neonatal, incidenţa fiind de 1:4.000
naşteri.
De obicei hipotiroidismul congenital apare sporadic. Cauza
este reprezentată de absenţa sau hipoplazia glandei tiroide. De
asemenea, pot exista disfuncţionalităţi ale reglării glandei tiroide la
nivel hipofizar sau hipotalamic.
Hormonii tiroidieni sunt necesari pentru un metabolism
normal, creştere şi dezvoltarea creierului. Lipsa lor va afecta toate
aceste domenii.
Atât frecvenţa crescută a afecţiunii, cât şi severitatea
afectării clinice în lipsa tratamentului justifică aplicarea
screeningului neonatal.
Indicaţii
Acesta este un test screening, care se face la toţi nou-
născuţii în ziua a treia de viaţă pentru depistarea HC. La cazurile
depistate se instituie cât mai precoce tratamentul de substituţie
hormonală tiroidiană.
Principii
Screeningul neonatal pentru HC constă în dozarea TSH şi T4.
Recoltarea se face în ziua 3-5 de viaţă (sau cel puţin la 24
ore după prima masă proteică) pe card Guthrie - acelaşi card (hârtie
de filtru specială) pe care se recoltează şi sânge pentru PKU (vezi
capitolul 2.1).
Unele programe încep cu dozarea TSH, iar dacă acesta este
crescut, se face şi dozarea T4.
35
Tehnici folosite în genetică
Interpretarea rezultatelor
În cazul rezultatelor anormale se mai face o dată testul după
1 - 2 săptămâni.
Nivele scăzute de T4 la nou- născut se pot întâlni în
următoarele situaţii :
• Hipotiroidism primar ;
• Hipotiroidism secundar ;
• Nivel scăzut de TBG (congenital sau câştigat) ;
• Medicamente administrate la mamă (iod, litiu, PTU) ;
• Prematuritate ;
• Afectare severă sau stress neonatal ;
• Sarcină gemelară (când se asociază cu prematuritate sau boală
severă);
• Hipotiroidism tranzitoriu idiopatic;
• Tiroidită maternă cu trecere transplacentară a anticorpilor anti-
tiroidieni.
Interpretarea rezultatelor este următoarea:
36
Tehnici de screening neonatal
Avantaje si dezavantaje
Avantajele şi dezavantajele sunt aceleaşi ca la toate testele
screening (vezi Capitolul 2.1).
Adrese utile
• http://www.dshs.state.tx.us/newborn/c_thyro.shtm
Bibliografie
• Aicardi Jean – Diseases of the nervous system in childhood, 1998,
Mac Keith Press, p.245, 264-266, 804-805;
• Covic M., Ştefănescu D., Sandovici I. – Genetică medicală, Ed
Polirom 2004, p358-361, 525-526;
• Emery’s Elements of Medical Genetics, Churchill Livingstone, 2002,
p.313-318;
37
Tehnici folosite în genetică
• Rimoin D., Connor M., Pieritz R., Korf B. - Principles and Practice
of Medical Genetics, fourth edition, Churchill Livingstone, 2002,
vol.I, p.826-836, vol.II , p.2405-2414;
• Victor Maurice, Ropper Allan – Adams and Victor’s Principles of
Neurology, seventh edition, 2001, International Edition, p.1008 –
1009.
38
Tehnici de screening neonatal
Definiţie
Galactozemia este o boală a metabolismului galactozei, cu
transmitere autozomal recesivă, cauzată de deficitul enzimei GALT
(galactozil-1 fosfat uridil transferază), o enzimă care este prezentă în
mod normal în toate ţesuturile.
Incidenţa galactozemiei clasice este 1: 60.000 naşteri.
Nou născuţii cu galactozemie pot apărea normali la naştere,
dar în câteva zile până la două săptămâni după naştere (după iniţierea
alimentaţiei lactate) simptomele galactozemiei netratate devin foarte
severe.
Simptomatologia precoce a bolii constă în tulburări de
alimentaţie, reflex de supt slab, icter, hepatomegalie, la care se mai
pot adăuga cataractă, hipoglicemie, tulburări de coagulare, imunitate
scăzută, deces prin sepsis (datorat în special bacteriei Escherichia
coli). Pe termen îndelungat, afecţiunea determină retard mintal şi de
creştere, ciroză hepatică macronodulară şi insuficienţă ovariană la
femei.
Indicaţii
Acesta este un test screening, care se face la toţi nou-
născuţii în ziua a treia de viaţă pentru depistarea celor cu
galactozemie clasică datorată deficitului enzimei GALT.
Principii
Se recoltează sânge pe cardul Guthrie în ziua 3 - 5 de viaţă şi
apoi se fac teste specifice pentru galactozemie dintr-un disc.
Reacţia fluorimetrică determină nivelul crescut de galactoză
în sângele nou născuţilor, fiind urmată de reacţia Beutler prin care se
determină activitatea enzimatică GALT.
39
Tehnici folosite în genetică
Avantaje si dezavantaje
Avantajele şi dezavantajele sunt aceleaşi ca la toate testele
screening (vezi Capitolul 2.1).
Adrese utile
• http://www.idph.state.il.us/HealthWellness/fs/galactosemia.htm
• http://www.kidshealth.org/parent/system/medical/newborn_screening_
tests.html
• http://www.savebabies.org/diseasedescriptions/galactosemia.ph
• http://www.marchofdimes.com/professionals/14332_15455.asp
40
Tehnici de screening neonatal
Bibliografie
• Aicardi Jean – Diseases of the nervous system in childhood, 1998,
Mac Keith Press, p.245, 264-266, 804-805;
• Covic M., Ştefănescu D., Sandovici I. – Genetică medicală, Ed
Polirom 2004, p358-361, 525-526;
• Emery’s Elements of Medical Genetics, Churchill Livingstone, 2002,
p.313-318;
• Rimoin D., Connor M., Pieritz R., Korf B. - Principles and Practice
of Medical Genetics, fourth edition, Churchill Livingstone, 2002,
vol.I, p.826-836, vol.II , p.2405-2414;
• Victor Maurice, Ropper Allan – Adams and Victor’s Principles of
Neurology, seventh edition, 2001, International Edition, p.1008 –
1009;
• Yamaguchi A., Fukushi M., Mizushima Y. et al. – Microassay for
Screening Newborns for Galactosemia with use of a Fluorimetric
Microplate Reader – Clin Chem 35/9, 1962-1964 (1989).
41
Tehnici folosite în genetică
42
Tehnici de screening neonatal
Indicaţii
Tehnica MS este indicată în următoarele categorii de boli
metabolice:
• Boli cu afectarea aminoacizilor, de exemplu fenilcetonuria,
tirozinemia, homocistinuria sau boala urinilor cu miros de sirop
de arţar;
• Boli cu afectarea oxidării acizilor graşi, de exemplu anomaliile
în metabolismul carnitinei;
• Boli cu afectarea acizilor organici, de exemplu acidemia
malonică, deficitul multiplu de carboxilaze sau acidemia
propionică;
• Boli cu afectarea ciclului ureei, de exemplu deficitul de ornitin-
transcarbamilază sau citrulinemia;
• În viitor tehnica MS se va extinde probabil pentru afecţiuni ce
interesează homocisteina, acizii biliari, hormonii steroizi, acizii
43
Tehnici folosite în genetică
Principii
Tehnica MS este o metodă electronică de identificare a
componentelor dintr-un produs de analizat prin separarea lor în
funcţie de masa moleculară, dar şi aprecierea cantităţii în care se
găseşte fiecare component în parte.
Există variante multiple ale tehnicii MS, cea mai utilizată la
momentul actual fiind spectrometria de masă în tandem (MS/MS).
Un spectrometru de masă în tandem este format din 2
spectrometre de masă care comunică printr-o cameră specială.
În vederea realizării screeningului neonatal se recoltează
câteva picături de sânge (obţinut prin puncţia călcâiului nou
născutului în ziua a treia de viaţă) pe o hârtie de filtru specială (card
Guthrie). Se transportă cardurile la laborator, unde se decupează
rondelele impregnate cu sânge şi se diluează serul din hârtia de filtru.
După ce a fost pregătită, proba este injectată în primul spectrometru
de masă. Aici proba este ionizată (prin bombardament rapid al
atomilor sau electrospray) pentru a produce ioni moleculari (ioni
parentali), tipurile de molecule prezente fiind determinate în funcţie
de raportul masă/ încărcătură (m/z).
Apoi proba este trimisă în camera intermediară (de coliziune
celulară). Ionii parentali trec separat în camera de reacţie în funcţie
de raportul m/z. Aici proba de ioni moleculari este descompusă în
fragmente numite analiţi. După ce a fost descompusă, proba este
transferată în al doilea spectrometru de masă.
În al doilea instrument analiţii selectaţi sunt sortaţi şi
cântăriţi în funcţie de raportul lor m/z.
Interpretarea rezultatelor
Rezultatul este furnizat sub forma unui grafic cu mai multe
vârfuri (câte unul pentru fiecare analit). Vârful fiecărui analit este
comparat cu un standard intern pentru a furniza un rezultat calitativ,
dar şi unul cantitativ. Liniile verticale de pe histogramă identifică
masa, în timp ce liniile orizontale reprezintă cantitatea.
44
Tehnici de screening neonatal
45
Tehnici folosite în genetică
46
Tehnici de screening neonatal
47
Tehnici folosite în genetică
48
Tehnici de screening postnatal
Definiţie
Testul anti-FMRP reprezintă un test imunologic ce utilizează
anticorpi monoclonali împotriva proteinei FMRP (specifice
Sindromului X fragil) pentru a depista prezenţa/ absenţa FMRP din
celule.
Gena implicată în Sindromul X fragil se numeşte FMR1 şi
produce o proteină numită FMRP. În porţiunea iniţială a genei FMR1
se găseşte o repetiţie trinucleotidică (CGG)n. În funcţie de numărul
de repetiţii se disting 3 situaţii mari (vezi Tabel 3.1.1).
Indicaţii
Metoda se foloseşte ca test screening la pacienţii suspectaţi
de a avea Sindrom X fragil. Diagnosticul trebuie confirmat ulterior
prin teste moleculare (PCR şi Southern blot).
Principii
Etapele principale ale testului anti-FMRP sunt următoarele:
• Fixare (cu paraformaldehidă) pentru ca structurile celulare să îşi
păstreze acelaşi aspect ca în stare vie;
49
Tehnici folosite în genetică
Colorant
50
Tehnici de screening postnatal
• Incubare cu colorant – se fixează pe anticorpii secundari şi
evidenţiază prezenţa lor în celulă;
• Montarea unei lamele şi examinare la microscop.
Interpretarea rezultatelor
La persoanele normale proteina FMRP este prezentă în
celule şi este pusă în evidenţă cu particulele de colorant.
La pacienţii cu Sindrom X fragil (indivizi cu mutaţie
completă) proteina FMRP lipseşte. La astfel de persoane citoplasma
celulelor (limfocite sau rădăcina firului de păr) nu apare colorată
specific. Uneori pacienţii cu Sindrom X fragil sunt mozaicuri (unele
celule sunt normale, altele prezintă premutaţie, iar altele mutaţie
completă). În această situaţie proteina FMRP este absentă numai în
unele celule, nu în toate.
La indivizii cu premutaţie cantitatea de FMRP este scăzută,
dar variaţia de culoare este greu de apreciat. Din acest motiv testul
antiFMRP nu este indicat în astfel de situaţii.
Aspectele de mai sus se întâlnesc la bărbaţi. La femei de
multe ori un cromozom X prezintă mutaţie completă, iar celălalt este
normal, ceea ce face ca unele dintre celule să fie colorate, iar altele
nu. Testul este numai orientativ pentru femei. Confirmarea prin teste
moleculare (PCR şi Southern blot) este obligatorie.
Fig. 3.1.3: Fir de păr: stânga – anormal (lipsa coloraţiei roz a rădăcinii
firului de păr); dreapta - normal (proteina FMRP colorată în roz)
52
Tehnici de screening postnatal
Avantaje şi dezavantaje
Avantajele şi dezavantajele testului antiFMRP faţă de testele
folosite în mod convenţional când există suspiciunea de Sindrom X
fragil sunt prezentate în Tabelul 3.1.2.
Două avantaje majore sunt cel economic (testul antiFMRP
este o metodă ieftină) şi cel legat de timp (se poate da un rezultat
într-o zi).
Adrese utile
• http://www2.eur.nl/fgg/ch1/fragx/index.html
Bibliografie
• Hagerman R.J., Hagerman P.J. – Fragile X Syndrome – Diagnosis,
Treatment and Research. The Johns Hopkins University Press, 2002;
• Murray J., Cuckle H., Taylor G., Hewison J.: Screening for fragile X
syndrome. Health Technology Assessment 1997; Vol 1: No.4;
53
Tehnici folosite în genetică
54
Tehnici de screening postnatal
Definiţie
Bolile lizozomale – boli genetice de metabolism - reprezintă
un grup de peste 40 de boli diferite, heterogene din punct de vedere
clinic şi biochimic, fiecare boală fiind caracterizată prin deficitul
unei enzime lizozomale specifice.
Frecvenţa bolilor lizozomale este apreciată la 1:5.000 –
1:10.000, iar modul de transmitere al acestor boli este autosomal
recesiv, cu două excepţii: boala Hunter şi boala Fabry, a căror
transmitere este recesivă legată de cromozomul X.
Diagnosticul clinic este adesea dificil datorită lipsei de
specificitate a manifestărilor clinice.
Examinarea histopatologică este limitată de imposibilitatea
de a deosebi diferitele tipuri de material lipidic stocat.
Indicaţii
Indicaţiile pentru dozarea enzimelor lizozomale sunt:
• copii şi adulţi cu trăsături grosiere ale feţei, cu sau fără
organomegalie sau manifestări neurologice;
• copii şi adulţi cu organomegalie inexplicabilă;
• întârziere în dezvoltare şi/ sau regresia achiziţiilor dobândite de
la naştere până la vârsta de 10 ani;
• convulsii asociate altor manifestări sugestive.
În plus, examinarea poate fi solicitată pentru testarea
purtătorilor în cazuri bine precizate, astfel:
56
Tehnici de screening postnatal
N - acetilgalactozamin 6 - sulfataza;
• boala Morquio tip B (MPS IV B)*: beta - galactozidaza;
• boala Maroteaux - Lamy (MPS VI)*: arylsulfataza B;
• boala Sly (MPS VII)*: beta - glucuronidaza;
• deficitul multiplu de sulfataze: arylsulfataza A şi alte sulfataze.
3) Mucolipidoze:
• afla - manozidoza* (afla - manozidaza);
• beta - manozidoza* (beta - manozidaza);
• fucozidoza* (afla fucozidaza);
• sialidoza (alfa - N - acetylneuraminidaza);
• galactosialidoza (alfa - N - acetylneuraminidazidaza
şi beta - galactozidaza);
• boala Shindler (alfa - N - acetylgalactozaminidaza);
• aspartylglycozaminuria (aspartylglycozaminidaza).
4) Glicogenoze:
• boala Pompe (glicogenoza tip II): alfa - glucozidaza.
5) Defecte ale procesării enzimelor lizozomale:
• I - cell - disease* şi polidistrofia pseudo-Hurler*:
(arylsulfataza A; beta - hexozaminidaza; alte enzime).
6) Defecte de transport ale enzimelor lizozomale:
• Cistinoza* (încorporarea S - cistinei);
• Sialuria (acidul N - acetylneuraminic).
7) Alte boli lizozomale:
• boala Wolman*;
• boala de stocaj a esterilor de colesterol;
• boala Niemann-Pick tp C*.
Principii
Pentru screeningul bolilor lizozomale se poate apela, într-o
primă etapă, la determinarea produşilor metabolici urinari (în
mucopolizaharidoze şi glicoproteinoze), a căror valoare crescută
57
Tehnici folosite în genetică
Interpretarea rezultatelor
Amploarea scăderii nivelului enzimei deficitare variază
semnificativ în funcţie de enzima/ boala implicată: dacă pentru boala
Gaucher o scădere cu aproximativ 30% a nivelului beta -
glucocerebrozidazei confirmă diagnosticul, pentru boala Niemann -
59
Tehnici folosite în genetică
Bibliografie
• Civallero G., Michelin K., de Mari J. et al. – Twelve different
enzyme assays on dried-blood filter paper samples for detection of
patients with selected inherited lysosomal storage disorders. Clin
Chim Acta. 2006 Oct; 372 (1-2):98-102;
• Clements Peter – Mass Spectrometry as a Platform for the
Diagnosis of Lysosomal Disorders. Clinical Chemistry. 2004; 50:
1723-1724
• Covic Mircea, Stefănescu Dragoş, Sandovici Ionel – Genetica
Medicală - Bolile lizozomale, p 361-363. Editura Polirom, 2004;
• Fuller Maria, Melanie Lovejoy, John J. Hopwood and Peter J. Meikle -
Immunoquantification of Β-Glucosidase Diagnosis and Prediction
of Severity in Gaucher Disease. Clinical Chemistry. 2005; 51:2200-
2202;
• Grigorescu-Sido Paula, Cristina Drugan, Gheroghe Jebeleanu, Simona
Bucerzan, Victoria Creţ, Camelia Sos - Metode Enzimatice şi
moleculare în diagnosticul de laborator al bolilor lizozomale.
Revista Română de Pediatrie; vol XLIX, Nr 3, 2000 : 297-303 ;
• Mayes JS, Scheerer JB, Sifers RN, Donaldson ML - Differential
assay for lysosomal alpha-galactosidases in human tissues and its
application to Fabry's disease. Clin Chim Acta. 1981 May
5;112(2):247-51;
• Millington S. David – Newborn Screening for Lysosomal Storage
Disorders. Clinical Chemistry. 2005; 51: 808-809;
• Rimoin L. David, Connor J. Michael, Pyeritz E. Reed – Emery and
Rimoin’s Principles and Practice of Medical Genetics -
Gangliosidosis and Related Storage Disorders, p 2105-2129, 3rd
Edition, Churchill Livingstone 1997;
• Yijun Li., C. Ronald Scott, Nestor A. Chamoles et al. – Direct
Multiplex Assay of Lysosomal Enzymes in Dried Blood Spots for
Newborn Screening. Clinical Chemistry. 2004; 50: 1785-1796.
60
Tehnici de diagnostic
Partea II
Tehnici de diagnostic
A. Prenatal
1. Ecografia fetală
2. Amniocenteza
3. Puncţia de vilozităţi corionice
4. Izolarea de celule/ ADN fetal din circulaţia maternă
B. Postnatal
Tehnici citogenetice
1. Cromatina sexuală
2. Cariotipul
3. Hibridizarea fluorescentă in situ (FISH)
4. Hibridizarea genomică comparativă (CGH)
5. Stabilirea de linii celulare
Tehnici moleculare
1. Extracţia de ADN
2. Reacţia PCR
3. Metoda Southern blotting
4. Amprentele de ADN
5. MLPA şi MAPH
6. Array CGH
7. Tehnica ASO
8. Testul de trunchiere a proteinelor (PTT)
9. Polimorfismul conformaţional al monocatenelor (SSCP)
10. Electroforeza în gel cu gradient denaturant (DGGE)
11. Analiza heteroduplexurilor (HDA)
12. Polimorfismul mononucleotidic (SNPs)
13. Secvenţierea ADN
Tehnici computerizate
1. Programe de diagnostic
61
Tehnici folosite în genetică
62
Tehnici de diagnostic prenatal
Indicaţii
Ecografia fetală morfologică trebuie practică sistematic,
rolul iniţial al acesteia fiind cel de screening ecografic. Se recomandă
trei examene ecografice sistematice, la 11 - 13 s.a., 21 - 23 s.a. şi 32 -
34 s.a., fiecare examen având obiective bine definite. În cazul în care
la screening-ul ecografic se identifică o malformaţie fetală, ecografia
fetală se transformă dintr-o metodă de screening în una de diagnostic
prenatal.
Rata diagnosticului prenatal al malformaţiilor congenitale
depinde de mai mulţi factori, şi în primul rând de vârsta gestaţională
la care se fac examenele ecografice obligatorii:
• Prima morfologie fetală (11 - 13 s.a.) - Pot fi diagnosticate
malformaţiile cu expresie ecografică precoce:
o Anomalii cerebrale: anencefalie/ acranie, holoprozencefalia
alobară şi semilobară,
o Anomalii cardiace: malformaţiile congenitale de cord cu
modificarea arhitecturii celor patru camere (ventricul unic,
hipoplazie marcată de ventricul/ cord stâng),
o Anomalii ale peretelui abdominal: omfalocel, gastrischizis,
o Anomalii ale membrelor: sirenomielie, focomelie (fig.4.1.1 -
4.1.2);
63
Tehnici folosite în genetică
64
Tehnici de diagnostic prenatal
65
Tehnici folosite în genetică
66
Tehnici de diagnostic prenatal
Principii
Principiile utilizării ecografiei fetale ca metodă de diagnostic
prenatal sunt identice cu cele din cadrul screening-ului ecografic
prenatal.
Interpretarea rezultatelor
Orice suspiciune de malformaţie fetală impune trimiterea
gravidei către un centru de diagnostic prenatal de grad superior, unde
se va preciza diagnosticul prenatal şi se va stabili conduita
obstetricală, apelând în funcţie de caracterul malformaţiei la
consultaţia unui specialist de profil. În cazul malformaţiilor
congenitale asociate de regulă cu patologia cromozomială, în funcţie
de vârsta gestaţională, se va lua în discuţie eventualitatea puncţiei
amniotice (cariotip fetal/ test FISH). Conduita obstetricală va fi
stabilită de comisia de etică alcătuită din ecografist, obstetrician,
neonatolog, genetician şi medicul specialist de profil.
68
Tehnici de diagnostic prenatal
Avantaje şi dezavantaje
Avantajele şi dezavantajele ecografiei fetale ca metodă de
screening prenatal sunt valabile şi pentru ecografia fetală ca metodă
de diagnostic prenatal. Este important ca şi în cadrul ecografiei fetale
de diagnostic examenul morfologic să se facă conform protocoalelor
de morfologie fetală standardizate, echipamentul ecografic să fie de
bună calitate, iar ecografistul să aibă o pregătire şi o experienţă bună.
De asemene, este esenţial ca medicul de familie să informeze corect
gravida şi să o dirijeze în timp util pentru efectuarea screeningului
prenatal ecografic (11 – 13 s.a., 21 – 23 s.a., 32 – 34 s.a.) şi/ sau
serologic (dublu test, triplu test).
Diagnosticul prenatal al unei patologii fetale oferă
posibilitatea ca echipa de specialişti (obstetrician, ecografist, neo-
natolog, genetician şi medic specialist de profil) să stabilească
conduita obstetricală şi neonatală, de comun acord cu părinţii. Dacă
se decide ca sarcina să-şi urmeze cursul, gravida este dirijată să nască
într-un centru prenatal unde nou- născutului i se poate acorda
asistenţa de specialitate în funcţie de diagnostic.
Adrese utile
• www.fetalmedicine.com
69
Tehnici folosite în genetică
Bibliografie
• Blaas HG, Eriksson AG, Salvesen KA et al. - Brain and faces in
holoprosencephaly: pre- and postnatal description of 30 cases.
Ultrasound Obstet Gynecol 2002 Jan; 19 (1): 24-38;
• Bronsteen R, Lee W, Vettraino IM et al. - Second- trimester
sonography and trisomy 18. J Ultrasound Med 2004 Feb; 23 (2):
233-240;
• Chaoui R, Korner H, Bommer C et al. - Prenatal diagnosis of heart
defects and associated chromosomal aberrations. Ultraschall Med
1999 Oct; 20 (5): 177-184;
• Evrard PH, Belpaire MC, Boog G et al. - Diagnostic anténatal des
affections di SNC: rézultats préliminaires d’une série multi-
centrique européenne de 350 cas. J Fr Echogr 1984: 2: 123-125;
• Garne E, Haeusler M, Barisic R et al. - Euroscan study group.
Congenital diaphragmatic hernia: evaluation of prenatal diagnosis
in 20 European regions. Ultrasound Obstet Gynecol 2002 Apr; 19
(4): 329-333;
• Haeusler MC, Berghold A, Stoll C et al. - Euroscan study group.
Prenatal ultrasonographic detection of gastrointestinal
obstruction: results from 18 European congenital anomaly
registries. Prenat Diagn 2002 Joule; 22 (7): 616-623;
• Mcgahan JP, Nyberg DA, Mack LA. - Sonography of facial features
of alobar and semilobar holoprosencephaly. Am J Roentgenol 1990
Jan, 154 (1): 143-148;
• Nyberg DA. - Second Trimester Genetic Sonogram- How does it fit
in? www.comtecmed.com/cogi/cogi5/abstracts/Nyberg.doc;
• Pagnotta G, Maffulli N, Aureli S et al. - Antenatal sonographic
diagnosis of clubfoot: a six-year experience. J Foot Ankle Surg 1996
Jan-Feb; 35 (1): 67-71.
70
Tehnici de diagnostic prenatal
4.2 Amniocenteza
Dr. Puiu Maria
Definiţie
Amniocenteza este o procedură chirurgicală utilizată în cadrul
diagnosticului prenatal, care constă în aspirarea unui eşantion de
lichid amniotic, în care se găsesc celule fetale, prin intermediul unui
ac foarte fin, introdus în cavitatea amniotică, traversând peretele
abdominal, sub anestezie locală şi sub ghidaj ecografic.
Cu ajutorul amniocentezei medicii pot stabili starea de
sănătate şi de maturitate a fătului şi pot diagnostica eventualele
anomalii fetale.
Amniocenteza poate fi practicată din momentul în care
lichidul amniotic care înconjură fătul este în cantitate suficientă şi
eşantionul de care este nevoie poate fi extras în siguranţă. Vârsta de
sarcină la care se practică puncţia amniotică este de regulă 15 - 18
săptămâni de amenoree. Unele clinici şi laboratoare de citogenetică
recomandă intervenţia chiar la vârste mai precoce (12-14 săptămâni
de amenoree).
Ea face parte, împreună cu biopsia de trofoblast sau biopsia de
vilozităţi coriale (coriocenteza) şi puncţia cordonului ombilical fetal
(cordocenteza) din metodele invazive de diagnostic prenatal (vezi
Fig. 4.2.1).
Indicaţii
Amniocenteza permite efectuarea de teste pentru următoarele
tipuri de afecţiuni:
• Anomalii cromozomice – prin efectuarea cariotipului din
celulele fetale;
• Boli ereditare monogenice – prin dozări biochimice sau teste
moleculare ce utilizează ADN-ul extras din celulele fetale;
• Infecţii fetale (Toxoplasmoză, Citomegalovirus) – prin
efectuarea de teste imunologice pe proba de lichid amniotic;
71
Tehnici folosite în genetică
Fig. 4.2.1 : Ilustrarea diverselor căi posibile de acces spre embrion, pentru
necesităţi diagnostice : 1- Embrion ; 2- Cavitate amniotică ; 3- Cavitate
corială ; 4- Cavitate uterină ; 5- Vilozităţi coriale ; A- Amniocenteză ; B.
Puncţie de vilozităţi coriale (PCV) traversând peretele abdominal ; C.
Puncţie a cordonului ombilical (V. ombilicală) ; D. Puncţie de vilozităţi
coriale (PCV) pe cale vaginală
73
Tehnici folosite în genetică
Principii
Principiul diagnosticului prenatal constă în prelevarea
celulelor fetale şi efectuarea investigaţiilor în scopul decelării
eventualelor boli genetice, cum ar fi trisomia 21.
Amniocenteza este precedată de o examinare ecografică atentă
pentru a stabili numărul de fetuşi, conformaţia şi viabilitatea fetală,
vârsta gestaţională, poziţia placentei, volumul aproximativ al
lichidului amniotic şi locul puncţiei (în funcţie de placentă şi de
fetus). Sub ghidaj ecografic (Fig. 4.2.2) se introduce transabdominal
un ac de puncţie rahidiană până în cavitatea amniotică. Primii
mililitri de lichid amniotic se îndepărtează (pot fi contaminaţi cu
74
Tehnici de diagnostic prenatal
Interpretarea rezultatelor
Amniocenteza permite realizarea unui cariotip, pornind de la
celulele prezente în lichidul amniotic şi verificarea cromozomilor
copilului care se va naşte.
75
Tehnici folosite în genetică
Avantaje şi dezavantaje
Un test ca amniocenteza, prin consecinţele pe care le implică,
nu poate fi impus. Avantajele şi inconvenientele testului trebuie să
fie discutate în prealabil, cu ambii parteneri, în prezenţa medicului
ginecolog care urmăreşte gravida sau care a recomandat consultul
genetic. Decizia amniocentezei aparţine gravidei, dar obligatoriu în
urma consultării geneticianului, care va pune la dispoziţie cuplului
toate informaţiile necesare unei bune înţelegeri a testului şi va
77
Tehnici folosite în genetică
Adrese utile:
• http://www.gfmer.ch/Guidelines/Depistage_prenatal_fr/Depistage_pre
natal_mt.htm
• http://www.chu-rouen.fr/ssf/diag/echographieprenatale.html
• http://library.med.utah.edu/WebPath/TUTORIAL/PRENATAL/PREN
ATAL.html
• http://familydoctor.org/online/famdocen/home/women/pregnancy/fetal
/144.html#ArticleParsysMiddleColumn0003
Bibliografie
• Caughey A., Hopkins L., Norton M., Chorionic Villus Sampling
Compared With Amniocentesis and the Difference in the Rate of
Pregnancy Loss, Obstet. Gynecol., Sep 2006; 108: 612 – 616;
78
Tehnici de diagnostic prenatal
• Chiang H-H, Y-M (Yu) Chao, and Y-S Yuh, Informed choice of
pregnant women in prenatal screening tests for Down’s syndrome,
J. Med. Ethics, May 2006; 32: 273 – 277;
• Cleary-Goldman J., Morgan M., Malone F. et al., Screening for Down
Syndrome: Practice Patterns and Knowledge of Obstetricians and
Gynecologists, Obstet. Gynecol., Jan 2006; 107: 11 – 17;
• Covic Mircea, Stefănescu Dragoş, Sandovici Ionel – Genetica
medicală, p 533. Editura Polirom, 2004;
• Neilson J., Zarko Alfirevic, Optimising prenatal diagnosis of
Down's syndrome, BMJ, Feb 2006; 332: 433 – 434;
• Sweeney E., Genetic disorders and the fetus: diagnosis, prevention,
and treatment, 5th edition, Arch. Dis. Child. Fetal Neonatal Ed., Jul
2005; 90: 351;
79
Tehnici folosite în genetică
80
Tehnici de diagnostic prenatal
Definiţie
Puncţia vilozităţilor corionice (PCV) sau coriocenteza este o
metodă invazivă de diagnostic prenatal, care este utilizată la debutul
sarcinii (perioada embrionară). Cel mai adesea este vorba de
prelevarea transvaginală, prin intermediul unui ac de biopsie, urmată
de examinarea în preparat direct sau în cultură de scurtă durată.
Coriocenteza permite realizarea unui cariotip, pornind de la
celulele vilozităţilor corionice (care vor forma placenta) şi analizarea
cromozomilor copilului care se va naşte. Această analiză mai este
recomandată pentru identificarea unei boli existente în familie,
determinate de o mutaţie genică, pentru care este posibil diagnosticul
prenatal.
Indicaţii
Puncţia vilozităţilor corionice (PCV) permite obţinerea
următoarelor informaţii:
• Diagnosticul aberaţiilor cromozomiale;
• Determinarea prenatală a sexului;
• Diagnosticul tulburărilor ereditare de metabolism;
• Diagnosticul bolilor ereditare monogenice (exemplu fibroza
chistică sau mucoviscidoza);
• Determinări imunogenetice (haplotipurile HLA).
Indicaţiile obişnuite ale puncţiei vilozităţilor corionice sunt
asemănătoare cu cele ale amniocentezei:
• Vârsta maternă avansată (peste 35 de ani): riscul de a avea un
copil cu o anomalie cromozomială, în special trisomia 21, care
este cea mai frecventă, creşte cu vârsta mamei;
81
Tehnici folosite în genetică
Principii
Coriocenteza se bazează pe principiul că celulele corionice au
aceiaşi origine cu celulele fătului, deci aceleaşi caracteristici
genetice. Prelevarea lor este efectuată în săptămânile 10 - 12 de
sarcină, deci este un examen foarte precoce comparativ cu
amniocenteza (săptămâna 15 - 18 de sarcină).
Calea de abord este transcervicală (cu un catater flexibil) sau
transabdominală (cu un ac de puncţie rahidiană) sub ghidaj
ecografic, în funcţie de localizarea placentei.
Proba conţine atât celule fetale, cât şi celule din decidua
maternă, care trebuie îndepărtate cu grijă înainte de analiză.
82
Tehnici de diagnostic prenatal
Interpretarea rezultatelor
Concluziile investigaţiilor cromozomice nu sunt posibile
dacă numărul şi calitatea celulelor obţinute nu sunt satisfăcătoare. Se
cunosc rare cazuri în care în produsul prelevat se găsesc celule
provenind de la mamă, ceea ce duce la interpretări eronate. Şi în
cazul diagnosticului molecular este verificată sistematic originea
fetală a produsului analizat.
Literatura de specialitate citează cazuri de mozaicism feto-
placentar în care există o neconcordanţă între formula cromozomică
a fătului şi cea din placentă.
La fel ca şi în cazul amniocentezei, preparatul direct din
celulele corionice permite obţinerea unui rezultat în 24 de ore,
privind aberaţiile cromozomiale grosiere cum sunt trisomiile 21, 18,
13 sau trisomiile cromozomilor sexuali (sindrom Klinefelter, triplu
X sau XYY), respectiv monosomia X (sindrom Turner). Dacă
preparatul direct eşuează, se poate recurge la analiza celulelor cu
ajutorul metodei de fluorescenţă (FISH).
Culturile de celule corionice permit evidenţierea unor
anomalii cromozomiale structurale, precum şi confirmarea
anomaliilor surpinse în preparatul celular direct.
83
Tehnici folosite în genetică
Avantaje şi dezavantaje
După prelevarea celulelor corionice, ca urmare a inserţiei
cateterului poate avea loc o sângerare care în 99% din cazuri se
84
Tehnici de diagnostic prenatal
Adrese utile
• http://www.rcog.org.uk/resources/Public/pdf/aminiocentesis_chorionic
jan2005.pdf
• http://www.gfmer.ch/Guidelines/Depistage_prenatal_fr/Depistage_pre
natal_mt.htm
• http://www.chu-rouen.fr/ssf/diag/echographieprenatale.html
• http://library.med.utah.edu/WebPath/TUTORIAL/PRENATAL/PREN
ATAL.html
• http://familydoctor.org/online/famdocen/home/women/pregnancy/fetal
/144.html#ArticleParsysMiddleColumn0003
Bibliografie
• Caughey A., Hopkins L., Norton M., Chorionic Villus Sampling
Compared With Amniocentesis and the Difference in the Rate of
Pregnancy Loss, Obstet. Gynecol., Jan 2007; 109; 205-206;
• Chi C., Kadir R., Management of women with inherited bleeding
disorders in pregnancy, Obstet Gynaecol (Lond), Jan 2007; 9: 27 –
33;
• Chiang H-H, Chao Y-M, Yuh Y-S, Informed choice of pregnant
women in prenatal screening tests for Down’s syndrome, J. Med.
Ethics, May 2006; 32: 273 – 277;
• Covic Mircea, Stefănescu Dragoş, Sandovici Ionel – Genetica
medicală, p 533 - 534. Editura Polirom, 2004;
• Neilson J., Alfirevic Z., Optimising prenatal diagnosis of Down's
syndrome, BMJ, Feb 2006; 332: 433 – 434;
• Vaisbuch E., Appelman Z., Chorionic Villus Sampling Compared
With Amniocentesis and the Difference in the Rate of Pregnancy
Loss, Obstet. Gynecol., Jan 2007; 109: 205.
86
Tehnici de diagnostic prenatal
Definiţie
În domeniul diagnosticului prenatal tendinţa actuală este de a
utiliza tehnici neinvazive (care să nu aibă efecte negative asupra
fătului) şi care să fie cât mai performante.
Izolarea de celule fetale din circulaţia maternă este o tehnică
neinvazivă, dar laborioasă (trebuie izolate câteva celule fetale dintr-o
multitudine de celule materne). Metoda constă în separarea
eritrocitelor nucleate fetale de celulele sanguine materne, urmată de
aplicarea tehnicii FISH interfazic pe celulele fetale. Dezavantajul
major constă în persistenţa prelungită a celulelor fetale în circulaţia
maternă, după aplicarea metodei putând fi izolate celule de la o
sarcină anterioară.
Izolarea de ADN fetal liber din circulaţia maternă este de
asemenea o tehnică neinvazivă, mai avantajoasă decât prima
deoarece cantitatea de ADN fetal liber pare să fie mai mare decât cea
corespunzătoare celulelor fetale existente în circulaţie femeii
însărcinate. Metoda este mai puţin laborioasă şi constă în
amplificarea prin Real time PCR a ADNului fetal folosind de obicei
amorse specifice genei SRY (pentru identificarea sexului) sau genei
pentru antigenul D ce determină grupul sanguin Rh (în cazul
femeilor Rh– cu anticorpi antiRh, deci cu risc de a avea un copil cu
boala hemolitică a noului născut). Tehnica are avantajul că ADNul
fetal nu persistă în circulaţia maternă, deci ADNul fetal izolat şi
analizat provine cu siguranţă de la sarcina actuală. Aplicaţiile acestei
metode sunt relativ limitate deocamdată, dar se extind rapid.
Recent a fost introdusă o nouă metodă – izolarea ARNm
fetal din plasma maternă, pentru analiză fiind folosită tehnologia
microarray.
Ambele tehnici sunt metode moderne de diagnostic prenatal,
care încă nu sunt aplicate pe scară largă, aflându-se încă în stadiul de
cercetare. Ameliorarea condiţiilor tehnice şi scăderea preţului testării
87
Tehnici folosite în genetică
Indicaţii
Izolarea de celule fetale din circulaţia maternă este o tehnică
indicată a fi folosită în următoarele situaţii majore:
• Atunci când testele de screening (ecografia şi screeningul
serului matern) ridică suspiciunea unei anomalii cromozomiale
(cel mai frecvent Sindromul Down). Dacă şi în urma aplicării
acestei metode persistă suspiciunea de trisomie 21 la făt, este
indicată aplicarea de tehnici invazive de diagnostic de tipul
amniocentezei sau biopsiei de vilozităţi corionice;
• Stabilirea sexului fetal în boli legate de cromozomul X care se
manifestă numai la băieţi;
• La femeile Rh- care au anticorpi antiRh care ar putea avea un
copil afectat de boala hemolitică a noului născut. Pe celulele
fetale izolate se aplică tehnica PCR cu amorse pentru gena ce
codifică antigenul Rh;
• Mai rar pentru boli monogenice precum sicklemia sau
talasemia.
Eritroblastele fetale ar putea fi cultivate şi utilizate în
vederea realizării unui cariotip (pentru diagnosticarea anomaliilor
cromozomiale structurale), dar metodologia exactă încă nu a fost
pusă la punct.
Principii
Momentul optim de aplicare a acestei metode de diagnostic
prenatal pare să fie la 15 săptămâni de gestaţie. Numărul de celule
fetale din circulaţia maternă scade în trimestrul III de sarcină.
88
Tehnici de diagnostic prenatal
89
Tehnici folosite în genetică
Interpretarea rezultatelor
Cel care face examinarea urmăreşte numărul de puncte
fluorescente în fiecare nucleu – în mod normal trebuie să fie câte 2
puncte pentru fiecare sondă (vezi FISH interfazic).
Pentru interpretarea cazurilor de suspiciune de Sindrom
Down a fost stabilit un anumit prag – dacă mai mult de 3% din nuclei
au 3 semnale, atunci rata de depistare a cazurilor de trisomie 21 este
97%, cu o rată a cazurilor fals- pozitive de 13%. Valori similare au
fost obţinute pentru trisomiile 18 şi 13.
Variante ale metodei
În afară de variantele menţionate mai sus, în literatură mai
sunt citate următoarele variante:
90
Tehnici de diagnostic prenatal
Avantaje si dezavantaje
Izolarea celulelor fetale din circulaţia maternă prezintă
avantajul de a fi o metodă neinvazivă de diagnostic prenatal.
Principalele dezavantaje se referă la faptul că tehnica este
laborioasă şi costisitoare.
Indicaţii
Izolarea de ADN fetal din circulaţia maternă presupune
efectuarea de Real time PCR folosind amorse specifice (atât pentru
depistarea, cât şi pentru evaluarea cantităţii de ADN fetal).
Indicaţiile majore sunt aceleaşi ca şi la izolarea de celule
fetale din circulaţia maternă. Deci:
• Identificarea sexului fetal – se folosesc amorse specifice
cromozomului Y (pentru depistarea băieţilor) şi polimorfisme
ale cromozomului X moştenite de la tată (pentru depistarea
fetelor);
• Depistarea aneuploidiilor – se folosesc markeri STR (short
tandem repeat) de pe cromozomii 21, 18, 13;
91
Tehnici folosite în genetică
Principii
Momentul optim de aplicare a acestei metode de diagnostic
prenatal pare să fie la 8 săptămâni de gestaţie, deşi ADNul fetal se
poate depista în circulaţia maternă încă de la 5 săptămâni.
Posibilitatea unui diagnostic prenatal atât de precoce reprezintă un
avantaj major al tehnicii.
Este necesară recoltarea a 0,5- 1 ml sânge de la femeia
gravidă. ADNul fetal este stabil în proba de sânge în primele 24 ore
după recoltare.
ADNul fetal nu persistă mult timp în circulaţia maternă, ceea
ce furnizează siguranţa că ADNul izolat şi testat provine de la
sarcina actuală.
Concentraţia absolută în plasma şi serul matern este aceeaşi,
dar cantitatea relativă de ADN fetal este mai scăzută în ser decât în
plasmă. Deci, plasma este preferată faţă de ser pentru testare. În plus,
plasma poate fi obţinută imediat după recoltarea sângelui prin
centrifugare.
Metoda constă în efectuarea Real time PCR pe proba de
plasmă maternă folosind amorse specifice pentru celulele fetale (vezi
capitol PCR).
O problemă majoră este diferenţierea ADNului fetal din
plasma maternă de ADNul matern. Pentru rezolvare se caută markeri
epigenetici în plasma maternă bazaţi pe metilarea diferenţiată a
anumitor gene. Pentru locusul IGF H19 alela fetală moştenită de la
mamă este nemetilată şi poate fi diferenţiată (prin conversie cu
92
Tehnici de diagnostic prenatal
Interpretarea rezultatelor
Amplificarea amorselor specifice certifică prezenţa situaţiei
respective la făt. De exemplu, în cazul unei boli recesive legate de X
(care afectează numai băieţii), dacă folosim amorse specifice
cromozomului Y (SRY, DYS14, DYZ3 sau DAZ) şi se produce
amplificarea, înseamnă că fătul este de sex masculin.
Studii din literatură au remarcat situaţii concrete în care se
produce modificarea cantităţii de ADN fetal din circulaţia maternă:
• În preeclampsie – s-a observat că iniţial creşte în circulaţia
maternă cantitatea de ADN liber fetal, apoi şi cea de ADN liber
matern şi abia după câteva săptămâni apar simptomele clinice;
tehnica ar putea fi folosită pentru monitorizarea sarcinilor;
• Similar, în avortul spontan atât ADNul liber fetal, cât şi ADNul
total în circulaţia maternă sunt crescute de 4 – 5 ori faţă de
sarcinile normale; folosind o valoare limită de 1,6 MoM pentru
ADNul total se poate prezice avortul spontan în 98,2% din
cazuri, cu o rată a cazurilor fals pozitive de 4,7%, iar dacă se
foloseşte limita de 1,8 MoM pentru ADNul fetal se depistează
97% din cazuri, cu 44,3% cazuri fals pozitive;
• În sarcina cu făt cu aneuploidie cantitatea de ADN liber fetal
din circulaţia maternă pare să fie crescută de aproape 2 ori faţă
de sarcinile normale;
• Cantitatea de ADN fetal din circulaţia maternă pare să varieze
invers proporţional cu greutatea maternă.
Tehnica de extracţie a ADN şi optimizarea ciclurilor PCR
sunt 2 factori majori ce pot influenţa succesul metodei.
93
Tehnici folosite în genetică
Bibliografie
• Angert Robert, LeShane Erik, Lo Dennis et al. – Fetal Cell- free
Plasma DNA Concentrations in Maternal Blood are Stable 24
Hours after Collection: Analysis of First and Third- Trimester
Samples, Clinical Chemistry 49, 195-198, 2003;
• Babochkina Tatiana, Mergenthaler Susanne, Maier Dinges Tatyana et
al. – Direct detection of fetal cells in maternal blood: a reappraisal
using a combination of two different Y chromosome- specific FISH
probes and a single X chromosome- specific probe, Archives of
Gynecology and Obstetrics vol 273, nr 3, 2005;
• Benachi Alexandra, Steffann Julie, Gautier Evelyne et al. – Fetal
DNA in metarnal serum: does it persist after pregnancy? Human
Genetics vol 113, no 1, July 2003, p 76-79;
• Bischoff Farideh, Sinacori Mina, Dang Dianne et al. – Cell- free fetal
DNA and intact fetal cells in maternal blood circulation:
implications for first and second trimester non- invasive prenatal
diagnosis, Human Reproduction Update vol 8, no 6, pp 493-500,
2002;
• Christensen Britta, Philip John, Kolvraa Steen et al. – Fetal Cells in
Maternal Blood: A Comparison of Methods for Cell Isolation and
Identification, Fetal Diagnosis and Therapy 2005; 20: 106-112;
94
Tehnici de diagnostic prenatal
96
Tehnici de diagnostic postnatal
5 TEHNICI CITOGENETICE DE
DIAGNOSTIC POSTNATAL
5.1 Cromatina sexuală
Biol. Grămescu Mihaela
TESTUL CROMATINEI X
Definiţie
Testul cromatinei X (testul Barr) presupune evidenţierea
cromozomului X inactiv, care formează un corpuscul de hetero-
cromatină (corpuscul Barr) vizibil la microscopul optic pe faţa
internă a membranei nucleare a celulelor interfazice.
Indicaţii
Testul cromatinei X este utilizat:
• la nou născuţii cu stare intersexuală pentru stabilirea rapidă a
sexului genetic (XX sau XY), care va permite declararea corectă
a sexului civil, diagnosticarea tipului de stare intersexuală
(premisă obligatorie pentru tratamentul chirurgical) şi educarea
corespunzătoare a copilului;
• în cazul anomaliilor de dezvoltare a caracterelor sexuale
secundare la pubertate pentru diagnosticarea unor anomalii de
număr sau de structură a cromozomului X (Sindroamele
47,XXY; 48,XXXY; 45,X; 47,XXX; 46,X,i(Xq), etc).
Principii
Etapele tehnicii cromatinei X sunt:
• recoltarea celulelor şi realizarea frotiurilor: analiza cromatinei
X se face de preferinţă în celulele mucoasei bucale sau în
polimorfonuclearele neutrofile, dar şi în celulele amniotice, în
celulele bulbului pilos, celule tumorale, etc. Celulele epiteliului
bucal sunt raclate cu ajutorul unei lame rodate de pe obraji sau
buza inferioară şi apoi etalate pe lame de sticlă;
• fixarea frotiurilor cu amestec de alcool etilic 96º/ eter etilic
(1:1);
• hidratarea are ca scop îndepărtarea fixatorului şi recuperarea
apei pierdute în timpul fixării. Se realizează prin trecerea
frotiurilor prin două băi succesive de alcool de 70º şi respectiv
50º şi două de apă distilată;
• hidroliza acidă urmăreşte îndepărtarea bacteriilor existente pe
lamă şi se realizează prin incubarea lamelor într-o baie de HCl
5N;
• colorarea lamelor se realizează cu carbol - fucsină, după
îndepărtarea acidului clorhidric prin spălare cu apă distilată.
După colorare se spală lamele cu alcool (care decolorează
citoplasma) şi apoi cu apă de robinet;
• examinarea frotiurilor la microscopul optic cu obiectivul de
imersie şi filtru verde.
Corpusculii Barr au o morfologie bine definită: au în medie 1
micron (µm), sunt coloraţi în roşu carmin intens, localizaţi pe faţa
internă a membranei nucleare, au formă ovalară (vezi Fig. 5.1.1) sau
plan convexă (mai rar triunghiulară, sferică sau în halteră).
Se analizează 300 de celule favorabile (ce corespund unor
criterii bine stabilite), se evaluează mărimea şi numărul corpusculilor
98
Tehnici de diagnostic postnatal
Barr şi în final se calculează procentul de celule cromatin pozitive.
Pe buletinul de analiză se va menţiona dacă testul Barr este pozitiv
sau negativ şi se va preciza procentul doar în cazul frecvenţelor mai
mici de 10%.
În practică, la o persoană normală de sex feminin, frecvenţa
celulelor cromatin pozitive este cuprinsă în medie între 20 - 35%,
chiar dacă teoretic toţi nucleii au corpusculi Barr. Această diferenţă
este dată de calitatea improprie a unor celule de pe lama cu frotiu (se
analizează doar celulele favorabile), dar probabil şi unor factori
celulari care produc decondensarea cromozomului X, fără a afecta
inactivarea lui (stări patologice, vârstă, diferite tratamente).
99
Tehnici folosite în genetică
Interpretarea rezultatelor
Numărul de corpusculi Barr (CB) se calculează după
formula:
Număr CB = numărul de cromozomi X – 1
Aplicând formula de mai sus, în condiţii normale, persoanele de
sex feminin au un singur corpuscul Barr (test Barr pozitiv), iar la
persoanele de sex masculin lipsesc corpusculii (test Barr negativ).
Pornind de la numărul de corpusculi Barr se poate calcula
numărul de cromozomi X din fiecare celulă: numărul cromozomilor
X este mai mare cu 1 decât cel al corpusculilor Barr (vezi Tabel
5.1.1). Datorită acestor particularităţi testul cromatinei X este folosit
pentru stabilirea sexului genetic.
În anumite stări patologice, atât la femei, cât şi la bărbaţi,
testul Barr poate evidenţia, fie o modificare a numărului de
corpusculi Barr, fie a mărimii acestora (vezi Fig. 5.1.2):
100
Tehnici de diagnostic postnatal
• corpuscul Barr mai mare de 1µm: 46,X,i(Xq) (izocromozom X
de braţ lung);
• corpuscul Barr mai mic de 1µm (0,7 - 0,8µm): în cazul
deleţiilor la nivelul braţului scurt sau lung al cromozomului X
sau a izocromozomului X de braţ scurt;
• test Barr pozitiv, dar cu valori reduse în cazul monosomiei X în
mozaic.
Avantaje şi dezavantaje
Avantajele utilizării acestui test sunt determinate de:
rapiditatea efectuării lui, costurile reduse şi dotarea tehnică
minimală.
Dintre dezavantajele acestuia amintim:
• dificultatea de identificare a mozaicurilor cromozomiale, a
anomaliilor de structură a gonosomilor;
• imposibilitatea identificării anomaliilor autosomilor;
• permite punerea unui diagnostic orientativ, pentru obţinerea
unor rezultate exacte şi a unor diagnostice precise fiind necesară
efectuarea cariotipului (studiul cromozomilor);
• este un test subiectiv, interpretarea lui ţinând de experienţa
examinatorului.
101
Tehnici folosite în genetică
TESTUL CROMATINEI Y
Definiţie
Testul cromatinei Y presupune evidenţierea, prin colorare cu
diferiţi fluorocromi (ex. Quinacrina), a capătului terminal al
cromozomului Y, vizibil la microscopul cu fluorescenţă sub forma
corpusculului F.
Indicaţii
Ca şi testul cromatinei X, şi testul cromatinei Y este util
pentru determinarea sexului genetic în stările intersexuale la nou
născut, dar şi pentru diagnosticarea anomaliilor numerice
gonosomale. Comparativ cu testul cromatinei X, acesta se foloseşte
mai rar, deoarece presupune existenţa unui microscop cu
fluorescenţă şi diagnosticul cert este stabilit numai după efectuarea
cariotipului. În prezent, în laboratoarele modern utilate se foloseşte
metoda FISH interfazic cu sonde pentru cromozomii X şi Y, şi care
pune un diagnostic de certitudine.
Principii
Pentru evidenţierea corpusculului F trebuie parcurse
următoarele etape:
• recoltarea celulelor de pe mucoasa bucală şi efectuarea
frotiurilor pe lame de sticlă. Se pot efectua frotiuri şi din alte
tipuri de celule aflate în interfază: celule din cordonul ombilical,
din firul de păr, etc.
• fixarea preparatelor în etanol;
• colorarea lamelor cu frotiu în soluţie de quinacrină, la întuneric;
• spălarea lamelor pentru oprirea colorării şi îndepărtarea
excesului de colorant cu soluţie tampon McIlvaine;
• acoperirea lamelor cu lamele de sticlă şi citirea lor la
microscopul cu fluorescenţă (cu filtru pentru quinacrină).
102
Tehnici de diagnostic postnatal
Interpretarea rezultatelor
Cromatina F apare sub forma unui corpuscul fluorescent de
aproximativ 0,25µm, strălucitor, situat în interiorul nucleului sau
ataşat de membrana acestuia şi corespunde celor 2/3 distale din
braţul lung al cromozomului Y.
Trebuie menţionat că mărimea corpusculului F variază în
funcţie de mărimea segmentului de heterocromatină: de la foarte mic,
până la de trei ori mai mari decât media.
Numărul de corpusculi F este egal cu numărul de cromozomi
Y existenţi în nucleu, deci o persoană normală de sex masculin va
avea în nucleu un singur corpuscul F, iar o persoană normală de sex
feminin, având doi cromozomi X, va avea testul negativ (nu are
cromozom Y, deci nici corpuscul F).
Frecvenţa celulelor cromatin Y pozitive depinde de tehnica
aplicată şi de ţesutul studiat şi este situată între 35-100%.
În cazul celulelor aflate în interfază, se pot descrie
următoarele situaţii:
• celule cu un singur corpuscul F: celulă masculină normală sau
celule 46,XY la o persoană cu sex civil feminin (sindrom
Morris, femei XY, insensibilitate la androgeni);
• celule cu doi corpusculi F: sindrom 47,XYY.
103
Tehnici folosite în genetică
Bibliografie
• Barch M., The Act Cytogenetics. Laboratory Manual, second
edidion Raven Press, New York, 1991;
• Covic M., D Ştefănescu, I. Sandovici, Genetica Medicală, p 33-35,
308, Ed. Polirom, 2004;
• Gorduza E. V., C. Rusu, M. C. Buhuşi, Genetica Umană. Manual de
lucrări practice, Ed. Kolos Group, 2003;
• Moore KL, Barr ML. Smears from the oral mucosa in the detection
of chromosomal sex. Lancet.1955; II:57 – 58;
• Popescu P., H. Hayes, B. Dutrillaux, Tehniques de cytogenetique
animale, INRA Paris, 1998;
• Verma R. S., A. Babu, Human Chromosomes. Manual of Basic
Tehniques, Pergamon Press, New York, Oxford, Berlin,1989;
• Wegner R. D., Diagnostic cytogenetics, Springer Verlag Berlin
Heidelberg, New York, 1999.
104
Tehnici de diagnostic postnatal
5.2 Cariotipul
Dr. Puiu Maria
Definiţie
Cariotipul este aranjamentul standard al cromozomilor unei
celule realizat cu scopul de a detecta anomaliile cromozomiale
numerice sau structurale, omogene sau în mozaic, ale autozomilor
sau ale gonozomilor.
Acest examen se poate realiza folosind diferite tipuri de
celule: limfocite sangvine, celule tumorale (sau din măduva osoasă
hematogenă), fibroblaşti din piele, celule germinale, celule amniotice
sau trofoblast, în funcţie de indicaţie.
Metoda presupune obţinerea de celule în diviziune (cultură
de celule sau recoltare din ţesuturi ce se divid activ), celulele
respective fiind apoi prelucrate în mai multe etape succesive
(blocarea diviziunii în metafază, hipotonizare, fixare, etalare pe lamă
şi colorare). Ulterior cromozomii sunt fotografiaţi şi dispuşi în
perechi de cromozomi omologi după criterii standard, acest
aranjament purtând numele de cariotip.
Indicaţii
Stabilirea indicaţiei de cariotip presupune un examen clinic
atent, care permite adesea suspectarea anomaliei, întrucât pierderea
sau câştigarea unui segment cromozomic determină un tablou clinic
adesea stereotip, cu o dismorfie caracteristică.
În general, anomaliile autozomilor au consecinţe mai grave
decât anomaliile gonosomilor. Anomaliile omogene sunt mai grave
decât mozaicurile, iar anomaliile totale sunt mai grave decât cele
parţiale.
Majoritatea anomaliilor cromozomice asociază cel puţin
două dintre următoarele caracteristici:
• Înălţime anormală, de obicei hipostatură (talie sub -2,5 deviaţii
standard);
• Întârziere a dezvoltării sau retard mintal de grade variabile, de
obicei moderat/ sever (QI<50);
105
Tehnici folosite în genetică
106
Tehnici de diagnostic postnatal
Principalele CONTRAINDICAŢII ale cariotipului sunt:
• Boli monogenice – dominante/ recesive, autosomale/ legate de
X, cum ar fi hipercolesterolemia familială, fibroza chistică sau
hemofilia; defectul este prea mic pentru a fi depistat;
• Boli multifactoriale – de exemplu cardiopatia ischemică,
hipertensiunea arterială sau diabetul zaharat; sunt determinate
de mai multe defecte mici plus acţiunea nefavorabilă a
mediului;
• Anomalii congenitale izolate (unice) – sunt determinate de
mediu;
• Boli mitocondriale – defectul este în ADN-ul mitocondrial, nu
în cel din nucleu care se condensează sub formă de cromozomi.
Principiile metodei
La specia umană cromozomii sunt vizibili numai în timpul
diviziunii celulare (metafază sau prometafază). Tehnicile
convenţionale de cariotip vizează obţinerea unui maxim de celule
blocate în acest stadiu. Rezoluţia citogeneticii clasice este cea a
microscopiei fotonice şi nu poate depăşi 5100 pb.
Tehnica de cariotipare cuprinde o serie de etape succesive:
• Prelevarea celulelor de la pacient – cel mai frecvent sânge
(limfocite) obţinut prin puncţie venoasă; se mai pot recolta
fibroblaste din piele sau celule ale măduvei osoase hematogene,
cele din urmă putând fi utilizate direct, fără cultură de celule în
prealabil;
• Cultivarea celulelor in vitro, împreună cu un stimulator al
diviziunii (fitohemaglutinina – PHA), 24 - 48 de ore la 36ºC;
• Blocarea diviziunii în metafază prin adăugarea de colchicină
(Fig. 5.2.1);
• Hipotonizare – apa din soluţie intră în celule şi produce
dispersarea cromozomilor;
• Fixarea cromozomilor – pentru a avea acelaşi aspect ca în stare
vie;
107
Tehnici folosite în genetică
108
Tehnici de diagnostic postnatal
• Analiza metafazelor la microscop, cu alegerea celor cu
cromozomi lungi, dispersaţi şi nesuprapuşi;
• Fotografierea câmpului microscopic în care este prinsă o
metafază;
• Decuparea cromozomilor din fotografie;
• Aranjarea cromozomilor (pe o hârtie specială cu numere) în
perechi de omologi după criteriile standard, în scopul
identificării anomaliilor numerice sau structurale (Fig. 5.2.2).
109
Tehnici folosite în genetică
111
Tehnici folosite în genetică
Avantaje şi dezavantaje
Metoda are avantajul de a nu fi extrem de invazivă (puncţie
venoasă, puncţie sternală), nu foarte costisitoare, în raport cu alte
metode de investigare genetică. Fiind mai ales o metodă generală,
care identifică orice anomalie cromozomială, suficient de amplă,
pentru situaţiile în care rezultatul nu este edificator se va propune şi
realiza o metodă de investigare mai aprofundată.
Cariotipul standard permite decelarea remanierilor
cromozomiale, constituţionale sau câştigate care afectează cel puţin o
bandă cromozomială, adică în jur de 10 3 - 104 kb.
Adrese utile
• http://www.kumc.edu/gec/prof/cytogene.html
• http://cgap.nci.nih.gov/Chromosomes/Mitelman.
Bibliografie
• American College of Medical Genetics, Standards and Guidelines for
Clinical Genetics Laboratories, 2006 Edition.
• Covic M., D Ştefănescu, I. Sandovici, Genetica Medicală, p 41-46,
308, Ed. Polirom, 2004;
• Robert M. Silver, Fetal Death, Obstet. Gynecol., Jan 2007; 109: 153 -
167.
112
Tehnici de diagnostic postnatal
Definiţie
Hibridizarea fluorescentă in situ (FISH) este o tehnică de
citogenetică moleculară care permite localizarea unei secvenţe
specifice de ADN într-un cromozom.
Indicaţii
• identificarea microdeleţiilor şi microduplicaţiilor cromozomi-
ale, suspectate clinic sau citogenetic;
• identificarea şi descrierea translocaţiilor criptice şi a
remanierilor complexe;
• identificarea rearanjamentelor subtelomerice la pacienţii cu
retard mintal idiopatic (FISH subtelomeric);
• detecţia sexului genetic sau a unor aneuploidii în nucleii
interfazici (FISH interfazic);
• determinarea originii cromozomilor marker;
• evaluarea unui mozaicism;
• identificarea rearanjamentelor cromozomiale complexe din
hemopatiile maligne şi tumorile neoplazice solide.
Principii
Principiul de bază al tehnicii FISH constă în hibridizarea prin
complementaritate, a unei sonde de ADN monocatenar, marcată
fluorescent, cu o anumită regiune a unui cromozom; prin microscopie în
fluorescenţă se identifică apoi dacă proba fluorescentă s-a legat de
segmentul specific ţintă din cromozom (vezi Fig. 5.3.1).
113
Tehnici folosite în genetică
Metodă
• obţinerea sondei de ADN prin izolarea de ADN pur şi marcarea
sa fluorescentă prin incorporarea unui fluorocrom; marcarea
ADN se poate face prin procedee enzimatice sau prin reacţia
PCR; sondele pot fi de tip secvenţe de ADN uman repetate în
tandem sau de tip secvenţe unice; principalele tipuri de sonde
FISH folosite în practică sunt:
o sonde specifice unui anumit locus dintr-un anumit
cromozom (BAC = bacterial artificial chromosome, YAC =
yeast artificial chromosome, cosmide);
o sonde centromerice (alfoide): sunt utilizate pentru
identificarea centromerului unui anumit cromozom,
114
Tehnici de diagnostic postnatal
identificarea cromozomilor marker, a anomaliilor
cromozomiale numerice în nucleii interfazici;
o sonde telomerice: au specificitate pentru regiunile telomerice
şi subtelomerice şi sunt utilizate pentru identificarea
anomaliilor structurale telomerice (asociate cu retardul
mintal);
o sonde pentru un cromozom specific (whole-chromosome-
painting probes) sau un braţ cromozomial specific
(chromosome-arm-painting probes);
o sonde de ADN complementar (ADNc) folosite pentru
localizarea genelor pe cromozom;
o sonde de ARN (complementare ARNm) folosite în studiul
preparatelor histologice.
115
Tehnici folosite în genetică
Interpretarea rezultatelor
• absenţa semnalului fluorescent indică deleţia zonei
cromozomiale studiate;
• prezenţa a două semnale fluorescente distincte pe locusul studiat
indică o duplicaţie;
• identificarea semnalelor de hibridizare pe cromozomi diferiţi
permite identificarea translocaţiilor;
• utilizând ADN ţintă din cromozomii metafazici, nivelul de
rezoluţie al testului FISH este de 1-3Mb.
116
Tehnici de diagnostic postnatal
prealabil "alungite" prin procedee fizice sau chimice; deşi
procedeul e simplu, el este extrem de minuţios şi delicat, putând
fi aplicat doar în laboratoare specializate; rezoluţie sub 5 kb;
117
Tehnici folosite în genetică
118
Tehnici de diagnostic postnatal
119
Tehnici folosite în genetică
Avantaje şi dezavantaje
• Tehnica FISH permite identificarea rearanjamentelor
cromozomiale complexe, precum şi descrierea originii şi
dimensiunilor fragmentelor cromozomiale implicate;
• În cazul variantei FISH în interfază este evitată etapa de cultură
celulară, ceea ce scurtează perioada până la stabilirea
diagnosticului; metoda este mai puţin sensibilă la contaminarea
cu celule materne (comparativ cu alte tehnici);
Adrese utile
• http://info.med.yale.edu/genetics/ward/tavi/CCKprinciple.html
• http://medgen.unige.ch/cytogenetics/fish.html
• http://www.-ermm.cbcu.com.ac-uk
• http://www.pasteur.fr/recherche/unites/biophyadn/e-fish.html
• http://www.qbiogene.com/products/fish/US-CAN_fish_probes.shtml
• http://www.vysis.com/MicrodeletionFISHProbes_26.asp
Bibliografie
• Covic M., D Ştefănescu, I. Sandovici, Genetica Medicală, p 42, 45, 80,
92, Ed. Polirom, 2004;
• Dudarewicz L., Holzgreve W., Jez A. et al. – Molecular methods for
rapid detection of aneuploidy, J Appl Genet 46 (2), 2005, pp 207-
215;
120
Tehnici de diagnostic postnatal
• Haddad BR, Schrock E, Meck J et al (1998). Identification of de
novo chromosomal markers and derivatives by spectral
karyotyping. Hum Genet 103:619-25;
• Heller A, Nietzel A, Rocchi M et al (2000) Centromere specific
mult-color FISH (cenM-FISH) - a new and rapid method for the
identification of marker chromosomes. Eur J Hum Genet 8 (Suppl
1):87;
• Henegariu O, Heerema NA, Bray-Ward P, Ward DC (1999). Colour-
changing karyotyping: an alternative to M-FISH/SKY [letter]. Nat
Genet 23:263-4;
• Huang B, Ning Y, Lamb AN et al (1998). Identification of an
unusual marker chromosome by spectral karyotyping. Am J Med
Genet 80:368-72;
• Huegel A, Coyle L, McNeil R, Smith A (1995). Evaluation of
interphase fluorescence in situ hybridization on direct
hematological bone marrow smears. Pathology 27:86-90;
• Lee C, Wevrick R, Fisher RB, Ferguson-Smith MA, Lin CC (1997).
Human centromeric DNAs. Hum Genet 100:291-304;
• Nietzel A, Starke H, Heller A et al (1999) Characterization of small
marker chromosomes by centromere specific 24-color FISH.
Cytogenet Cell Genet 85:40;
• Pergament E (2000). The application of fluorescence in-situ
hybridization to prenatal diagnosis. Curr Opin Obstet Gynecol
12:73-6;
• Schrock E, du Manoir S, Veldman T et al (1996). Multicolor spectral
karyotyping of human chromosomes [see comments]. Science
273:494-7;
• Speicher MR, Gwyn Ballard S, Ward DC (1996). Karyotyping
human chromosomes by combinatorial multi-fluor FISH. Nat
Genet 12:368-75;
• Uhrig S, Schuffenhauer S, Fauth C et al (1999). Multiplex-FISH for
pre- and postnatal diagnostic applications. Am J Hum Genet
65:448-62;
• Zhao L, Khan Z, Hayes KJ, Glassman AB (1998). Interphase
fluorescence in situ hybridization analysis: a study using
centromeric probes Ann Clin Lab Sci 28:51-6.
121
Tehnici folosite în genetică
122
Tehnici de diagnostic postnatal
Definiţie
Hibridizarea genomică comparativă (CGH) reprezintă o nouă
tehnică de citogenetică moleculară care permite scanarea întregului
genom pentru depistarea excesului/ lipsei de material genetic (ADN)
din cromozomi printr-o singură hibridizare, compensând astfel
dificultăţile întâlnite în citogenetica standard şi în tehnica FISH.
Indicaţii
• Identificarea duplicaţiilor sau deleţiilor în genele implicate în
cancer. CGH este folosită pentru detectarea anomaliilor
genetice din diferite boli maligne, în prezent fiind deja depistate
cu ajutorul ei câteva noi regiuni cromozomice care sunt frecvent
modificate în tumori;
• Identificarea pierderii heterozigozităţii în cancer;
• Identificarea duplicaţiilor sau deleţiilor în retardul creşterii şi
dezvoltării (retard mintal);
Principii
CGH necesită marcarea unor cantităţi egale de ADN test (de
la pacient) şi ADN de control (normal) prin încorporarea unor
nucleotide modificate ce conţin molecule “reporter”: biotina şi
respectiv digoxigenina (DIG). Probele de ADN sunt amestecate
pentru a permite competiţia între ele şi hibridizate cu cromozomi
metafazici umani normali. Pentru a preveni legarea probelor de ADN
de regiuni de ADN repetitiv care apar în întregul genom (cu o
frecvenţă crescută la nivelul centromerelor, telomerelor şi unor
123
Tehnici folosite în genetică
Interpretarea rezultatelor
Raportul dintre semnalele fluorescente roşu şi verde este
măsurat de-a lungul axului longitudinal al fiecărui cromozom,
folosind o aplicaţie software CGH.
Un raport peste 1 indică supra-reprezentarea ADN-ului test
faţă de ADN de control (duplicaţie).
Un raport mai mic ca 1 indică sub-reprezentarea ADN-ului
test faţă de ADN de control (deleţie).
Astfel, diferenţele dintre semnalele de fluorescenţă
furnizează informaţii asupra câştigului sau pierderii de material
cromozomic comparativ cu o probă de ADN normal.
124
Tehnici de diagnostic postnatal
Izolarea ADN genomic de la pacient Izolarea ADN genomic normal
Streptavidină-FITC Anti-DIG-TRITC
Avantaje şi dezavantaje
CGH este o tehnică destul de laborioasă şi consumatoare de
timp, dar prezintă câteva avantaje clare comparativ cu alte tehnici
citogenetice.
Analiza citogenetică clasică (cariotipul) a tumorilor oferă o
privire de ansamblu asupra tuturor anomaliilor numerice şi
structurale majore prezente în tumoră. Pentru aceasta este necesară
125
Tehnici folosite în genetică
126
Tehnici de diagnostic postnatal
CGH foloseşte fluorescenţa pentru a detecta pierderile sau
excesul de ADN; limita de detecţie depinde de mărimea alterărilor.
Deoarece ADN-ul ţintă din interiorul cromozomului este foarte
condensat şi răsucit, rezoluţia pentru depistarea modificărilor nu este
mai mică de 10 Mb pentru pierderi (teoretic, deleţiile de 1-5 Mb ar
trebui să fie detectabile, dar date experimentale au arătat o rezoluţie
maximă de 10-12 Mb). Pentru anomaliile în exces, dimensiunea
minimă detectabilă este de peste 2 Mb. Această rezoluţie, deşi poate
reprezenta un punct de plecare pentru studii de clonare poziţională,
cuprinde totuşi prea multe gene pentru a permite localizarea cu
precizie a unei anumite secvenţe.
Sensibilitatea CGH poate fi modificată prin contaminarea
ADN-ului de testat cu ADN provenit de la celule normale în proba
de ADN (de exemplu de la tehnicianul care efectuează testul).
Efectul acestei contaminări va deplasa raportul CGH spre 1. Dacă
procentul de ADN normal este mare, anomaliile cromozomice vor fi
nedetectabile. Pentru detectarea monosomiilor şi trisomiilor cel puţin
50% din proba de ADN trebuie să reprezinte ADN anormal, în timp
ce pentru anomaliile mai mici este necesar un procent de 75%. O
cale de a preveni această problemă este microdisecţia celulelor
tumorale din ţesuturi cu ajutorul laserului.
Un alt dezavantaj îl reprezintă faptul că analiza imaginilor
obţinute prin CGH este doar parţial automată, fiind nevoie de
citogeneticieni experimentaţi care să identifice fiecare cromozom
pentru a determina regiunile cu dezechilibre.
Bibliografie
• CGHView http://www.spectral-imaging.com/CGHView.asp;
• COMPARATIVE GENOMIC HYBRIDIZATION (CGH)
PROTOCOL http://users.ugent.be/~fspelema/neubla/protocol/cgh.htm;
• Tapio Visakorpi Comparative Genomic Hybridization (CGH)
http://cgap-
mf.nih.gov/Protocols/DNARNAProteomicAnalysis/DNA/CGH.html;
• Boonstra, Ronald Application of Comparative Genomic Hybridization
to identify genetic regions of relevance to tumor development or
127
Tehnici folosite în genetică
progression 2003;
http://dissertations.ub.rug.nl/faculties/medicine/2003/r.boonstra/;
• Covic M., Ştefănescu D., Sandovici I., Genetică Medicală, Editura
Polirom 2004, pg.47.
128
Tehnici de diagnostic postnatal
Definiţie
Liniile celulare (clone) sunt familii distincte de celule
crescute în cultură, stabilizate, care proliferează indefinit. Fiecare
dintre linii are anumite trăsături caracteristice motiv pentru care sunt
utilizate în biologia celulară, genetică, imunologie, etc.
Indicaţii
Principala indicaţie a iniţierii de linii celulare la om se referă
la:
• Linii celulare limfoblastice umane în situaţia în care o afecţiune
genetică afectează mai multe persoane din familie şi fie probele
de ADN de la anumite persoane ar putea să nu mai fie
disponibile (prin deces sau mutarea persoanelor respective în
altă regiune) sau atunci când se doreşte efectuarea de teste
funcţionale (structura genei respective este normală, dar ea nu
funcţionează corespunzător).
Principii
În genetică liniile celulare cele mai utilizate sunt cele
limfoblastice.
Cele trei coordonate care trebuie urmărite în rezolvarea
problematicii liniilor celulare sunt:
• îngheţarea sângelui pentru ca apoi să reuşim să facem o cultură
de celule;
• menţinerea culturilor de limfoblaste;
• stocarea liniilor celulare pentru a asigura o mare viabilitate.
1. Îngheţarea sângelui
Probele de sânge pot fi stocate ca rezervă în cazul în care
liniile celulare limfoblastice (LCL) sunt necesare la o dată ulterioară.
129
Tehnici folosite în genetică
131
Tehnici folosite în genetică
Sânge integral
B95-8, contaminat cu EBV Diluţie 1:1 cu RPMI 1640
Se pune pe suprafaţa Ficolului
Supernatant
(RPMI 1640
Sânge cu
+SFV)
RPMI
celule
Ficol
Se ia super-
natantul şi se Mediu şi ser
filtrează Leucocite din sânge
Ficol
Hematii
Ciclul celular
Fiecare cultură de limfoblaste este unică şi trebuie să fie
tratată ca atare. De exemplu, unele culturi cresc foarte repede, pe
când altele au nevoie de un timp dublu. Culturile care necesită ca
mediul să fie înlocuit (reîmprospătat) zilnic, se divid rapid şi
formează multe aglomerări. Culturile care cresc mai lent vor schimba
132
Tehnici de diagnostic postnatal
culoarea mediului la fiecare 3-4 zile şi necesită utilizarea CSA şi mai
puţin mediu la fiecare reîmprospătare (adăugare).
Culturile de limfoblaste cresc în aglomerări şi de aceea este
bine să fie agitate pentru ca aglomerările să fie dispersate.
Celulele de obicei sunt sedimentate pe fundul vasului
(recipientului), dar nu sunt lipite dacă în primul stadiu de
transformare cultura e săracă în nutrienţi.
O cultură care creşte bine virează mediul spre acid, în 12-24
ore după ce a fost împrospătat. Culoarea este un indicator foarte bun
atât al cresterii, cât şi al concentraţiei celulare (galben = creşte bine,
portocaliu/ roz = nu creşte bine).
Concentraţia celulară
Concentraţia celulară în suspensie este foarte importantă. Un
număr prea mare de celule, peste necesar, înseamnă o scădere a
viabilităţii (celulele moarte se colorează în albastru cu Trypan
albastru). Un număr prea mic de celule înseamnă o multiplicare
redusă.
Concentraţia minimă pentru o linie celulară este de 1,5-2x105
celule viabile/ ml. Concentraţia maximă de celule la care cultura
trebuie să fie împărţită în subculturi este de 2x1010.
Culturile cresc mai bine în vase T-25ml şi sunt menţinute cu
RPMI-1640 (suplimentat cu 1% L-Glutamină 200mM) plus 15%
SFV (inactivat prin caldură) plus antibiotic ca gentamicina sau
penicilina/ streptomicina.
Condiţiile de incubare sunt 37°C cu 5%CO2
Culturile trebuie hrănite (reîmprospătate) la fiecare 3-4zile.
Dacă o cultură celulară nu este hrănită destul de frecvent, celulele
depăşesc faza logaritmică de dezvoltare, astfel încât creşterea optimă
a liniei celulare nu este niciodată atinsă.
133
Tehnici folosite în genetică
134
Tehnici de diagnostic postnatal
6 TEHNICI MOLECULARE DE
DIAGNOSTIC POSTNATAL
Definiţie
Extracţia de ADN constituie procedura prin care se izolează
din celulă molecula purtătoare de informaţie ereditară, prin etape
care permit eliminarea componentelor celulare de altă natură, şi
eliberarea lanţului polinucleotidic de proteinele nucleare (histone) cu
care formează cromatina. Extracţia de ADN constituie prima etapă a
analizelor moleculare realizate în scop de cercetare sau diagnostic.
Se poate realiza din diferite tipuri de ţesut şi din orice tip de
celulă nucleată de origine vegetală, animală sau umană, respectiv din
microorganisme. Se poate izola atât ADN-ul nuclear, cât şi cel
extranuclear existent în mitocondrii la om şi animale şi în cloroplaşti
la plante. La om, în scop de diagnostic, cel mai frecvent se realizează
extracţia ADN-ului genomic din celulele sanguine (leucocite-
limfocite), respectiv din celulele epiteliale din mucoasa bucală. În
cele ce urmează ne vom referi în principal la extracţia de ADN
genomic din sânge uman, prin metode accesibile, care nu necesită
reactivi toxici, şi cuu rezultate corespunzătoare din punct de vedere
cantitativ şi calitativ în scop de diagnostic.
Indicaţii
ADN-ul extras poate fi folosit ulterior în scopuri variate:
• cercetarea structurii ADN-ului, a interacţiunilor cu diverse
proteine, a filogenezei, etc.;
• biotehnologie şi inginerie genetică pentru obţinerea unor
medicamente şi terapie genică;
• stabilirea diagnosticului în boli genetice sau infecţioase, sau
aprecierea predispoziţiei genetice la boli prin analiza SNP, sau
135
Tehnici folosite în genetică
Principii
Deşi numărul tehnicilor de extracţie de ADN este foarte
mare, iar metoda, condiţiile de lucru şi reactivii folosiţi pot varia,
principiul este identic, şi în marea majoritate a cazurilor necesită
parcurgerea următoarelor etape fundamentale:
• ruperea membranei celulare respectiv nucleare cu eliberarea
cromatinei şi îndepărtarea diferitelor componente celulare
(lipide, proteine, hidraţi de carbon) prin:
o centrifugare, pentru separarea componentelor celulare
de ADN;
o adăugare de detergent pentru dizolvarea lipidelor (ADN în
supernatant!)
136
Tehnici de diagnostic postnatal
• eliberarea moleculelor de ADN din cromatină/ cromozomi prin
îndepărtarea proteinelor nucleare prin:
o digestie proteică cu proteinază K;
o precipitare cu acetat de sodiu sau amoniu sau
o extracţie cu fenol şi cloroform;
• precipitarea ADN-ului la rece cu alcool (vezi Fig. 6.1.1):
o isopropanol (mai eficient) sau
o etanol (ADN în sediment!)
• spălarea ADN-ului sedimentat cu etanol 70-80% pentru
îndepărtarea sărurilor rămase;
• suspendarea ADN-ului într-o soluţie (buffer alcalin - TRIS-
EDTA, pH 8.0 sau apă), variabil în funcţie de prelucrarea
imediată sau păstrarea până la prelucrare în congelator la -20°C.
Interpretarea rezultatelor
Cantitatea mare şi calitatea (puritatea) corespunzătoare a
ADN-ului obţinut asigură succesul prelucrărilor ulterioare.
În general, după adăugare de alcool, ADN-ul apare sub
forma unui precipitat vizibil cu ochiul liber (Fig. 6.1.1). Prezenţa
ADN-ului poate fi detectată şi cu ajutorul unui indicator
137
Tehnici folosite în genetică
138
Tehnici de diagnostic postnatal
• tipul materialului biologic folosit:
o origine umană, animală, vegetală, bacteriană, virală,
o sânge, salivă, materii fecale, urină, fibroblaşti din culturi
celulare, celule amniotice şi vilozităţi coriale, diferite tipuri
de ţesut obţinute prin biopsii (inclusiv cele incluse în
parafină),
o vechimea probei,
o cantitatea probei biologice, etc.
• tipul de ADN căutat:
o nuclear,
o extranuclear-mitocondrial,
o plasmidic,
• tehnica de prelucrare ulterioară (digestie cu enzime de
restricţie, PCR, secvenţiere, blotting, etc.).
Există tehnici (precipitare, cromatografie, microfiltrare/
ultrafiltrare etc.) prin care se poate extrage ADN-ul din gelul de
agaroză sau acrilamidă după electroforeză (izolarea unei benzi prin
tăierea gelului) sau amestecuri de reactivi după diferite reacţii (de ex.
PCR).
În cazul laboratoarelor mari care extrag zeci de probe de
ADN zilnic sau al laboratoarelor ce trebuie să extragă probe de ADN
pentru identificarea de persoane în situaţii de dezastre (sute sau mii
de victime) se folosesc metodele automatizate. Acestea folosesc bile
magnetice la care aderă ADN-ul, tehnica implicând spălări succesive
prin care sunt îndepărtate celelalte structuri celulare.
Avantaje şi dezavantaje
Metoda clasică de extracţie cu fenol foloseşte substanţe
toxice şi este laborioasă.
Există numeroase kituri comercializate de diferite firme
(Eppendorf, Eppicentre, Invitrogen, Qiagen, Sigma, etc.) cu
randament (mini, midi, maxi-prep) şi puritate variabilă a ADN-ului
139
Tehnici folosite în genetică
Adrese utile
• http://learn.genetics.utah.edu/units/biotech/extraction/
• http://biocompare.com
• http://www.bio-rad.com/
• http://www.horizonpress.com/gateway/protocols-jump-station.html
• http://www.orpegen.com/share/FE037_Dnamain.pdf
• http://dnagenotek.com/pdf_files/FluorescentQuantificationProtocol_N
ov2904.pdf
• http://www.norgenbiotek.com/tech%20downloads/MWM%20App%2
0Notes/DNA%20Quantification%20by%20Gel%20Densitometry%20
with%20Norgen%20DNA%20Ladders.pdf
• http://www.eeescience.utoledo.edu/Faculty/Sigler/RESEARCH/Protoc
ols/DNA%20quantification/DNA%20quantification.pdf
140
Tehnici de diagnostic postnatal
Indicaţii
Impactul tehnologiei PCR a fost extrem de important în
multe domenii ale analizei genomului uman, în special în
cartografiere şi analiza expresiei genice. În ultimii ani tehnologia
PCR a condus la progrese fantastice ale analizei mutaţionale umane:
• Diagnosticul bolilor monogenice;
• Identificarea persoanelor prin amprente ADN (paternitate,
criminalistică);
• Diagnosticul patologiei infecţioase;
• Cancer;
• Diagnosticul bolilor mitocondriale;
• Studii imunologice în transplante de organe;
• Diagnostic prenatal al anomaliilor cromozomice;
• Clonarea genelor în vederea aplicării tehnologiei ADN
recombinant sau a terapiei genice;
• Computere ADN – tehnologie recent introdusă şi foarte
promiţătoare bazată pe principiile ADN de stocare a informaţiei.
141
Tehnici folosite în genetică
Principiu
Principiul de bază al tehnologiei PCR este amplificarea ADN
utilizând ADN polimeraza. Tehnica necesită următoarele
componente:
• Matriţă ADN cae conţine fragmentul ce trebuie amplificat;
• Amorse (primeri) – secvenţe de ADN (20 - 25 perechi de baze)
complementar capetelor 5’ şi 3’ ale fragmentului amplificat;
• ADN- polimeraza – enzimă ce realizează copierea fragmentului
de ADN; de obicei este Taq polimeraza;
• Deoxinucleotide trifosfat (dNTP) – componentele din care
ADN polimeraza construieşte copia ADN;
• Soluţie tampon – furnizează un mediu optim din punct de
vedere chimic pentru o bună acţiune a ADN polimerazei;
• Cationi divalenţi (Mg sau Mn);
• Cationi monovalenţi (K).
Secvenţa care trebuie amplificată poate fi într-un procent
foarte mic în amestecul complex de reacţie. Amplificarea ADN este
posibilă pe baza activităţii enzimatice a ADN polimerazei şi este
realizată prin cicluri repetate ale reacţiei PCR, fiecare ciclu având
trei etape caracterizate de temperaturi diferite:
• denaturarea ADN la 94-96 ºC;
• fixarea amorselor (primerilor) la capetele ADN de amplificat,
la 50- 64 ºC;
• extensia amorselor sub acţiunea ADN polimerazei, la 70-74 ºC.
Metoda
Etapele reacţiei PCR (Fig. 6.2.1) sunt:
142
Tehnici de diagnostic postnatal
• denaturarea termică (separarea) a catenelor de ADN prin
încălzirea ADN la 94- 96ºC, 20- 30 secunde;
Fig. 6.2.1: Ciclu de reacţie PCR: (1) Denaturare la 94-96°C. (2) Alinierea
amorselor (P) la 50- 64°C. (3) Elongare la 72°C (P=Polimeraza). (4) Ciclul
1 este complet; cele 2 catene de ADN folosesc drept matriţă pentru
următorul ciclu.
143
Tehnici folosite în genetică
144
Tehnici de diagnostic postnatal
Protocol standard pentru 50 µl amestec de reacţie PCR
• Se scot reactivii din congelator de la – 20 ºC şi se pun într-un
vas de lucru pe gheaţă, în hotă, pe masa de lucru;
• După dezgheţarea completă se agită uşor 1-2 secunde pe
agitator şi 1-2 secunde în microcentrifugă, după care se
replasează pe gheaţă (centrifugarea este importantă pentru
reducerea contaminării);
• Se prepară amestecul de reacţie adăugând rând pe rând reactivii
într-un tub de PCR de 1,5 ml; se agită uşor pe agitator, se
centrifughează în microcentrifugă şi se pune pe gheaţă în vasul
de lucru (volumul de amestec variază de la reacţie la reacţie în
funcţie de secvenţa specifică ADN de amplificat şi de amorse;
se adaugă apă distilată pentru uniformizarea volumului final);
• Se separă amestecul de reacţie în microtuburi PCR sterile care
se închid până când se vor adăuga restul de reactivi); tuburile se
pot acum păstra la temperatura camerei;
• Se adaugă apă distilată adiţional dacă este necesar;
• Se adaugă ADN de amplificat, ţinând tuburile oblic, pentru a
reduce la minim posibilitatea ca aerosolii să contamineze
amestectul;
• Se adaugă amorsele specifice;
• Se amestecă prin agitare;
• Se acoperă amestectul cu cel puţin 40µl de ulei mineral pentru a
preveni evaporarea;
• Introducerea tuburilor de reacţie în maşina PCR şi începerea
reacţiei ciclice.
145
Tehnici folosite în genetică
146
Tehnici de diagnostic postnatal
variantă de RT-PCR numită RACE PCR (Rapid Amplification
of cDNA Ends);
• Assembly PCR – metodă artificială de sinteză a unor produşi
genici lungi prin realizarea unor oligonucleotide lungi care au
secvenţe scurte de suprapunere la capete; secvenţele de
suprapunere sunt diferite pentru a putea aranja oligonucleotidele
în ordine;
• Asymmetric PCR – tehnică folosită pentru a amplifica
preferenţial o catenă de ADN (folosită în secvenţiere şi
hibridizări); se folosesc amorse în exces pentru catena de ADN
ce trebuie amplificată şi amorse limitante care blochează
copierea celeilalte catene; după adăugarea amorselor limitante
viteza de reacţie scade, motiv pentru care sunt necesare
amplificări ulterioare;
• LATE PCR (Linear After The Exponential PCR) - variantă de
Asymmetric PCR care foloseşte amorsă limitantă ce
funcţionează la temperaturi mai mari decât amorsele în exces;
• Quantitative PCR (Q-PCR) este o metodă folosită pentru a
măsura cantitatea de produs PCR. Este metoda de elecţie pentru
a măsura cantitatea de ADN, ADNc sau ARN. Q-PCR se
foloseşte pentru a aprecia dacă o secvenţă de ADN este prezentă
într-o probă de analizat, precum şi numărul de copii din probă.
Rezultatele cele mai bune se obţin cu Quantitative real-time
PCR (QRT-PCR), tehnică în care se folosesc fluorocromi pentru
a măsura cantitatea de produs amplificat în timp real;
• Touchdown PCR - este varianta PCR care reduce legarea
nespecifică a amorselor prin scăderea treptată a temperaturii de
legare în cursul ciclurilor reacţiei PCR; temperatura iniţială de
legare este cu câteva grade mai mare decât temperatura medie
de legare a amorselor, iar spre finalul reacţiei, temperatura scade
cu câteva grade sub temperatura medie de legare. Temperaturile
mari cresc specificitatea de legare a amorselor, iar temperaturile
mai mici permit o amplificare mai eficientă a produşilor
specifici formaţi în primele etape de reacţie;
147
Tehnici folosite în genetică
149
Tehnici folosite în genetică
Fig. 6.2.3: Clonarea unei gene folosind un plasmid: (1) ADN cromozomial
al organismului A; (2) Reacţia PCR; (3) Copii multiple ale genei; (4)
Inserţia genei în interiorul plasmidului; (5) Plasmid cu gena din organismul
A; (6) Inserţia plasmidului în organismul B; (7) Multiplicarea şi expresia
genei din organismul A în organismul B.
Avantaje şi dezavantaje
Principalele avantaje ale tehnicii PCR constau în:
• Metodă rapidă – se poate face analiza completă a unei probe în
24-48 ore;
• Interpretare cantitativă mai puţin subiectivă decât FISH;
151
Tehnici folosite în genetică
Adrese utile
• http://en.wikipedia.org/wiki/RT-PCR
• www.wzw.tum.de/gene-quantification/real-time.html
• http://www.protocol-
online.org/prot/Molecular_Biology/PCR/Standard_PCR/
• http://www.horizonpress.com/gateway/pcr-protocols.html
• http://info.med.yale.edu/genetics/ward/tavi/Guide.html
Bibliografie
• Adinolfi M., Sherlock J. Prenatal detection of chromosome
disorders by QF-PCR, Lancet 2001 ,358 (9287)1030-1;
• Adler M., Wacker R. & Niemeyer C.M. (2003) A real-time immuno-
PCR assay for routine ultrasensitive quantification of proteins.
Biochem Biophys Res Commun, 308, 240-250;
• Aerts J.L., Gonzales M.I. & Topalian S.L. (2004) Selection of
appropriate control genes to assess expression of tumor antigens
using real-time RT-PCR. Biotechniques, 36, 84-86, 88, 90-81;
• Alizadeh M., Bernard M., Danic B. et al. (2002) Quantitative
assessment of hematopoietic chimerism after bone marrow
transplantation by real-time quantitative polymerase chain
reaction. Blood, 99, 4618-4625;
• Alonso A., Martin P., Albarran C. et al. (2004) Real-time PCR
designs to estimate nuclear and mitochondrial DNA copy number
in forensic and ancient DNA studies. Forensic Sci Int, 139, 141-149;
152
Tehnici de diagnostic postnatal
• Barletta J.M., Edelman D.C. & Constantine, N.T. (2004) Lowering
the detection limits of HIV-1 viral load using real-time immuno-
PCR for HIV-1 p24 antigen. Am J Clin Pathol, 122, 20-27;
• Barrois M., Bieche I., Mazoyer S. et al (2004) Real-time PCR-based
gene dosage assay for detecting BRCA1 rearrangements in breast-
ovarian cancer families. Clin Genet, 65, 131-136;
• Belgrader P., Benett W., Hadley D. et al. (1999) PCR detection of
bacteria in seven minutes. Science, 284, 449-450;
• Bryant P.A., Li H.Y., Zaia A. et al. (2004) Prospective study of a
real-time PCR that is highly sensitive, specific, and clinically
useful for diagnosis of meningococcal disease in children. J Clin
Microbiol, 42, 2919-2925;
• Bustin S.A. (2000) Absolute quantification of mRNA using real-
time reverse transcription polymerase chain reaction assays. J Mol
Endocrinol, 25, 169-193;
• Cilloni D., Gottardi E., De Micheli D. et al. (2002) Quantitative
assessment of WT1 expression by real time quantitative PCR may
be a useful tool for monitoring minimal residual disease in acute
leukemia patients. Leukemia, 16, 2115-2121;
• Cleary T.J., Roudel G., Casillas O. & Miller, N. (2003) Rapid and
specific detection of Mycobacterium tuberculosis by using the
Smart Cycler instrument and a specific fluorogenic probe. J Clin
Microbiol, 41, 4783-4786;
• Costa C., Pissard S, Girondon E. A one-step real-time PCR assay for
rapid prenatal diagnosis sickle cell disease and detection of
maternal contamination, Mol Diagn, 2003,7(1),45-8;
• Cottrell S.E., Distler J., Goodman N.S. et al. (2004) A real-time PCR
assay for DNA-methylation using methylation-specific blockers.
Nucleic Acids Res, 32, e10;
• Covault J., Abreu C., Kranzler H. & Oncken, C. (2003) Quantitative
real-time PCR for gene dosage determinations in microdeletion
genotypes. Biotechniques, 35, 594-596, 598;
• Ginzinger D.G., Godfrey T.E., Nigro J. et al. (2000) Measurement of
DNA copy number at microsatellite loci using quantitative PCR
analysis. Cancer Res, 60, 5405-5409;
153
Tehnici folosite în genetică
154
Tehnici de diagnostic postnatal
Indicaţii
Metoda permite evidenţierea prezenţei sau absenţei unor
secvenţe de ADN în proba biologică investigată. În scop de
diagnostic la om, prin Southern blot se pot identifica:
• mutaţii extinse (deleţii, inserţii) de peste 50-100 pb;
• mutaţii punctiforme (substituţii, deleţii, inserţii) care anulează
situsuri de restricţie sau crează situsuri de restricţie noi,
atât prenatal, cât şi postnatal, chiar în stadiile presimptomatice şi în
starea de heterozigot, deci la purtătorii sănătoşi ai mutaţiei.
Principii
După recoltarea probei biologice şi izolare, ADN-ul genomic
existent în soluţie este supus următoarelor etape de prelucrare:
• fragmentarea ADN-ului cu o enzimă de restricţie sau un
amestec de enzime; Enzimele de restricţie sunt endonucleaze
bacteriene care recunosc specific secvenţe scurte de nucleotide
(4 – 8 pb) denumite situsuri de restricţie, iar la nivelul acestora
secţionează catenele de ADN determinând apariţia fragmentelor
de restricţie. În funcţie de genomul studiat şi enzima de
restricţie folosită rezultă un număr variabil de fragmente de
restricţie de diferite lungimi dependent de densitatea situsurilor
specifice de restricţie;
• separarea fragmentelor de lungimi diferite prin electroforeză
155
Tehnici folosite în genetică
156
Tehnici de diagnostic postnatal
Transferul se poate realiza prin capilaritate (blotting –
amprentare, sugere) sau cu vid, ceea ce reduce considerabil
durata.
Suportul solid pe care vor fi transferate fragmentele este o
membrană de nailon sau nitroceluloză. Nitroceluloza are o
capacitate de legare de aproximativ 100 µg/cm, iar nailonul de
500 µg/cm, acesta din urmă fiind preferat şi din cauza fragilităţii
mai reduse.
După transfer, tratatarea membranei de nailon cu lumină
ultravioletă şi a nitrocelulozei cu temperatură ridicată de
aproximativ 800C fixează ADN-ul pe suportul solid.
• Hibridizare cu sonde de ADN monocatenare marcate
radioactiv, complementare cu secvenţele căutate;
În urma incubării blot-ului cu sondele monocatenare se produce
hibridizarea, deci refacerea legăturilor de hidrogen între
secvenţele complementare (sonda şi molecula de ADN din
proba biologică);
Monocatenele de ADN sau ARN marcate cu izotopi sau
fluorocromi, având structură nucleotidică complementară cu
secvenţa investigată şi care în acest fel ajută la identificarea
prezenţei sau absenţei acestora, sunt denumite sonde. Marcarea
sondei se face radioactiv, colorimetric sau fluorescent (32P,
legare de biotină/ streptavidină, fosfatază alcalină, peroxidază);
Înainte de hibridizare se realizează o pre-hibridizare pentru
blocarea situsurilor nespecifice;
După hibridizare se va îndepărta excesul de sonde nehibridizate
prin spălare;
• Vizualizarea hibridizării: În funcţie de tipul de marcare a
sondei se va vizualiza hibridizarea prin autoradiografie,
colorimetrie sau fluorescenţă.
Apariţia unor benzi negre radioopace pe film după auto-
radiogafie, sau a unui produs colorat sau fluorescent după
incubare permite confirmarea prezenţei fragmentului căutat în
proba biologică.
157
Tehnici folosite în genetică
Interpretarea rezultatelor
Apariţia coloraţiei sau amprentării filmului Rontgen are
semnificaţia prezenţei secvenţei complementare cu sonda utilizată în
proba biologică studiată.
Lipsa coloraţiei sau amprentării filmului Rontgen are
semnificaţia absenţei secvenţei căutate în proba biologică investigată.
Poziţia sondei pe membrană permite totodată şi aprecierea
dimensiunii secvenţei căutate, prin utilizarea unei scale alcătuite din
fragmente cu dimensiune cunoscută. Supuse paralel electroferezei,
prin comparaţie, se poate deduce dimensiunea secvenţelor din benzi,
deoarece fragmentele de aceeaşi dimensiune migrează cu aceeaşi
viteză.
Avantaje şi dezavantaje
Metoda Southern blotting stă la baza analizei indirecte prin
RFLP, şi permite identificarea unor mutaţii genice în cadrul realizării
diagnosticului direct de ADN.
Tehnica permite identificarea prezenţei mutaţiei chiar în
stare heterozigotă, deci permite identificarea purtătorilor sănătoşi de
mutaţie şi diagnosticul presimptomatic. Southern blotting poate fi
folosit şi în cadrul diagnosticului prenatal.
158
Tehnici de diagnostic postnatal
În prezent, datorită existenţei unor metode de analiză mult
mai sensibile şi specifice, putem considera că Southern blotting
prezintă informativitate redusă. Utilizarea este limitată şi de
necesitatea cunoaşterii secvenţei sau poziţiei fragmentului căutat. Nu
poate fi folosită în mutaţiile punctiforme care nu afectează (abolesc
sau crează) situsuri de restricţie şi în mutaţiile cu dimensiune sub 50
- 100 pb. În aceste cazuri se vor utiliza tehnici alternative (de ex.
ASO, MLPA, etc.).
Cantitatea de ADN necesară pentru realizarea metodei
depinde de dimensiunea şi activitatea specifică a probei, dar poate fi
considerabilă.
Pe de altă parte tehnica este costisitoare, laborioasă,
complexă, necesitând etape multiple şi manipulare îndelungată, iar
utilizarea marcării radioactive este periculoasă şi impune condiţii de
lucru speciale.
Adrese utile
• http://omrf.ouhsc.edu/~frank/toc.html
• http://www.dnalc.org/ddnalc/resources/shockwave/southan.html
Bibliografie
• Bembea M. - Genetică medicală clinică. Ed. Universităţii Oradea,
2001;
• Covic M., Ştefănescu D., Sandovici I. - Genetică medicală. Polirom,
2004;
• Friedman J.M., Dill F.J., Hayden M.R., McGilivary B.C. - Genetics.
Williams & Wilkins, 1996;
• Kopper L., Marcsek Z., Kovalszky I. - Molekuláris medicina.
Medicina Kiadó Rt, 1997;
• Paşcanu I., Csép K., Mureşan C. – Aplicaţii practice în genetica
umană. University Press, 2005;
• Ştefănescu D., Călin G., Stefănescu F.C. - Genetică medicală -
Progrese recente. Ed. Tehnică - Seria Medicină, 1998.
159
Tehnici folosite în genetică
160
Tehnici de diagnostic postnatal
Definiţie
Metodele de tipizare ADN, introduse în 1985 de către Sir
Alec Jeffreys, sunt tehnici utilizate pentru identificarea indivizilor
provenind din aceeaşi specie folosind o probă de ADN. La fel ca şi
dermatoglifele (fingerprint – amprentă digitală), modelul de benzi
obţinut prin tehnici diferite este o trăsătură moştenită, unică şi
caracteristică fiecărui individ, şi astfel prin analogie studiul acestora
se numeşte DNA fingerprinting.
Principii
Ordinea nucleotidelor în ADN determină informaţia
ereditară specifică speciei şi individului. În loc de determinarea
secvenţei din întregul genom, pentru simplificare în practica
medicală se urmăresc numai anumiţi loci hipervariabili.
Genomul uman conţine 3 miliarde perechi de baze (pb), din
care peste 99% este identic, dar la fiecare 100-1.000 nucleotide apar
variaţii interindividuale. Aceste variaţii sunt răspândite în întregul
genom: pot fi situate intragenic şi astfel se pot exprima în fenotip,
dar având în vedere cantitatea mare de ADN, majoritatea diferenţelor
apar la nivelul secvenţelor necodante, extragenice. Frecvenţa mare a
variaţiilor la nivel extragenic se explică şi prin faptul că fiind
anodine nu sunt supuse presiunii selecţiei naturale.
Mini- şi microsateliţii sunt repetiţii variabile în tandem ale
unor secvenţe scurte de nucleotide, şi se întâlnesc dispersaţi în
întregul genom. Trăsătura lor esenţială o constituie hiper-
variabilitatea. Frecvenţa mare a expansiunii şi reducerii valorii „n”,
este cauzată de uniformitatea structurală, care predispune la erori ale
ADN polimerazei în timpul replicării, la crossing over inegal în
timpul meiozei sau la schimb inegal de material genetic între
cromatidele surori în celulele somatice (SCE). Hipervariabilitatea se
caracterizează prin zeci sau sute de alele pentru acelaşi locus.
161
Tehnici folosite în genetică
Indicaţii
Tipizarea ADN a devenit rapid abordarea de elecţie în
identificarea persoanelor, respectiv determinarea provenienţei unor
probe biologice cu conţinut de ADN, în domenii diferite (în special
în medicina legală) pentru:
• identificarea suspecţilor şi victimelor în criminalistică;
• identificarea persoanelor decedate în războaie sau catastrofe
naturale;
• expertizarea paternităţii;
• determinarea înrudirii şi originii.
Interpretarea rezultatelor
Rezultatele se interpretează prin compararea modelelor de
benzi provenite din probele biologice diferite în funcţie de situaţie
(Fig. 6.4.1).
163
Tehnici folosite în genetică
Avantaje şi dezavantaje
În timp ce dermatoglifele pot fi alterate cu ocazia unor
traumatisme sau intervenţii chirurgicale, amprentele ADN sunt
identice în cazul fiecărei celule provenite din acelaşi organism şi nu
pot fi modificate. Datorită acestor considerente, tipizarea ADN,
indiferent de tehnica folosită, constituie alegerea optimă pentru
stabilirea identităţii.
Dezavantajul major constă în faptul că identitatea probelor
nu poate fi confirmată cu certitudine, numai cu o probabilitate
ridicată. Pentru creşterea probabilităţii sunt studiaţi mai mulţi loci
(în general 13 - 16) şi se pot urmări polimorfisme mai rare.
164
Tehnici de diagnostic postnatal
Interpretarea rezultatelor este limitată şi de existenţa unor
diferenţe populaţionale în ceea ce priveşte frecvenţa alelică, şi lipsa
cunoaşterii acestora.
Prima metodă introdusă a fost RFLP, dar în prezent se
foloseşte rar în acest scop, deoarece există alternative mult mai puţin
laborioase şi mult mai rapide, sensibile, robuste, care necesită
cantităţi de ADN mult mai mici chiar de calitate precară. Aceste
tehnici noi bazate pe amplificare prezintă însă şi dezavantajele
reacţiei de PCR. VNTR rămâne şi în continuare o metodă populară,
datorită simplităţii, costului relativ redus, rapidităţii şi gradului
crescut de automatizare. În prezent cea mai folosită metodă este
STR. Varianta Y-STR permite o tipizare rapidă diferenţiată la
bărbaţi, iar originea uniparentală paternă poate fi de ajutor pentru
stabilirea înrudirii.
În anumite situaţii ADN-ul mitocondrial, prin trăsături
multiple care îl deosebesc de ADN-ul nuclear, poate fi folosit
preferenţial. Ereditatea uniparentală maternă şi numărul mare de
copii în celule permit utilizarea ADN-ului mitocondrial din probe
vechi, oase şi dinţi, iar diferenţe la nivelul unui singur nucleotid pot
fi suficiente pentru excludere.
Adrese utile
• http://www.jgi.doe.gov/
• http://www.jgi.doe.gov/education/how/
Bibliografie
• Friedman J.M., Dill F.J., Hayden M.R., McGilivary B.C. - Genetics.
Williams & Wilkins, 1996;
• Kopper L., Marcsek Z., Kovalszky I. - Molekuláris medicina.
Medicina Kiadó Rt, 1997;
• Paşcanu I., Csép K., Mureşan C. – Aplicaţii practice în genetica
umană. University Press, 2005;
• Strachan Th., Read A. - Human Molecular Genetics. Bioscientific
Publishers, 1999;
• Ştefănescu D., Călin G., Stefănescu F.C. - Genetică medicală -
Progrese recente. Ed. Tehnică - Seria Medicină, 1998.
165
Tehnici folosite în genetică
166
Tehnici de diagnostic postnatal
MLPA
Definiţie
MLPA (multiplex ligation- dependent probe amplification)
este o tehnică moleculară recent introdusă bazată pe PCR, care
permite analizarea într-un singur test a până la 40 secvenţe diferite de
ADN folosind o singură pereche de amorse. Pot fi analizate deci
regiuni cromozomiale diferite, gene diferite sau exoni ai unei gene.
Pentru fiecare secvenţă de analizat se pregătesc 2 secvenţe
oligonucleotidice (complementare cu jumătate din secvenţa de
analizat, dar care au la capăt şi un fragment identic pentru toate
secvenţele).
Oligonucleotidele se leagă la secvenţele de analizat, după
legare cele 2 jumătăţi fiind unite printr-o ligază. Apoi sondele
oligonucleotidice sunt amplificate prin PCR cu amorse fluorescente,
iar produşii de amplificare sunt analizaţi prin electroforeză capilară
de tip secvenţiere.
Indicaţii
Principalele aplicaţii ale tehnicii MLPA se referă la:
• Detecţia aneuploidiilor (anomalii de număr ale cromozomilor
13, 18, 21, X şi Y);
• Detecţia deleţiilor sau duplicaţiilor cromozomiale mari:
Sindrom velo- cardio- facial, Williams, atrofia musculară
spinală, retard mintal idiopatic (regiuni subtelomerice) etc;
• Detecţia anomaliilor genice (în plus sau în minus) în
ţesuturile tumorale: TP53, MYC etc;
• Detecţia deleţiilor sau duplicaţiilor ce afectează unul sau mai
mulţi exoni: distrofia musculară Duchenne/ Becker, talasemie,
167
Tehnici folosite în genetică
Principii
Sondele folosite în tehnica MLPA au o structură particulară
(Fig. 6.5.1), fiind formate din două secvenţe oligonucleotidice:
Modelul sondei
168
Tehnici de diagnostic postnatal
o Secvenţă complementară amorsei X – identică pentru toate
secvenţele de analizat;
• Oligonucleotidul derivat M13 - conţine:
o Secvenţă complementară celei de-a doua jumătăţi a secvenţei
de analizat;
o Secvenţă de diferenţiere – fragmente de ADN cu lungime
diferită pentru fiecare secvenţă de analizat, ceea ce va
determina lungimi diferite ale sondelor şi respectiv ale
produşilor PCR, făcând posibilă diferenţierea fragmentelor
prin electroforeză (pe baza lungimii);
o Secvenţă complementară amorsei Y – identică pentru toate
secvenţele de analizat.
Realizarea tehnicii MLPA presupune parcurgerea etapelor
prezentate schematic în Fig. 6.5.2:
• Hibridizarea secvenţelor oligonucleotidice specifice la
secvenţele de analizat (în soluţie); dacă secvenţa de analizat nu
are structura normală, secvenţa oligonucleotidică nu se poate
lega, cea ce va duce la oprirea reacţiei pentru fragmentul
respectiv;
• Unirea celor 2 secvenţe oligonucleotidice prin intermediul
ligazei; rezultatul este sonda;
• Amplificarea prin PCR a sondelor, folosind aceleaşi amorse (X
şi Y) pentru toate sondele;
• Electroforeza produşilor de amplificare, care va duce la
diferenţierea fragmentelor în funcţie de lungime;
• Analiza computerizată a produşilor de amplificare –
amplitudinea vârfurilor este comparată cu o probă martor. De
exemplu în cazul unei duplicaţii (pe unul din cei 2 cromozomi
omologi), cantitatea de sonde legate va fi mai mare (1,5 x
normal), rezultând o cantitate mai mare de produşi de
amplificare şi deci o amplitudine de 1,5 ori fată de normal a
vârfului respectiv (Fig. 6.5.3).
169
Tehnici folosite în genetică
Analiză GeneScan
Mărime (pb)
170
Tehnici de diagnostic postnatal
Mărime (pb)
Fig. 6.5.3: Duplicaţie identificată prin tehnica MLPA
Interpretarea rezultatelor
Interpretarea rezultatelor trebuie să ţină cont de poziţia
vârfurilor şi de mărimea lor, făcând comparaţia cu o curbă martor
normală. Pot fi întâlnite următoarele tipuri de rezultate:
• Aneuploidii – de obicei kitul conţine sonde pentru cromozomii
cel mai frecvent implicaţi (13, 18, 21, X şi Y):
o Trisomie: vârful pentru cromozomul implicat are
amplitudinea 1,5 x normal (există 3 copii în loc de 2);
o Monosomie: vârful pentru cromozomul implicat are
amplitudinea 0,5 x normal;
• Deleţie
o Autosomi - lipsa vârfului corespunzător unui exon (homo-
zigot, deleţie pe ambii cromozomi) sau vârf cu amplitudinea
0,5 x normal (heterozigot, deleţie pe un singur cromozom);
o Afecţiuni legate de X (ex. Distrofia musculară Duchenne):
băieţi- lipsa vârfului confirmă prezenţa deleţiei; la femeile
purtătoare deleţia va apare sub forma unui vârf 0,5 x normal;
171
Tehnici folosite în genetică
172
Tehnici de diagnostic postnatal
50% metilată
PCR (amorse universale X şi Y)
Numai sonde ligate
sunt amplificate
Nemetilată
Analiza fragmentelor
MAPH
Definiţie
MAPH (multiplex amplification and probe hybridization)
este o tehnică prin care ADN genomic este fixat pe o membrană şi
hibridizat cu un set de sonde corespunzător secvenţelor ţintă ce
trebuie detectate. Membranele sunt apoi spălate riguros pentru a
îndepărta sondele nelegate. Sondele legate sunt desprinse de pe
membrană şi amplificate simultan cu perechea universală de amorse.
Produşii de amplificare sunt separaţi prin electroforeză. Analiza
rezultatelor se face prin aprecierea intensităţii benzilor sau a înălţimii
vârfurilor.
Indicaţii
Indicaţiile tehnicii MAPH sunt:
• Detecţia deleţiilor sau duplicaţiilor cromozomiale mari;
• Detecţia deleţiilor sau duplicaţiilor ce afectează unul sau mai
mulţi exoni (în gene mari).
173
Tehnici folosite în genetică
Principii
Realizarea tehnicii MAPH presupune următoarele etape
(vezi Fig. 6.5.5):
• Fixarea ADN genomic pe fragmente de hârtie de filtru; pentru
o reacţie este necesar 1 µg ADN; se folosesc atâtea fragmente
câte secvenţe vrem să testăm, fiecare fragment fiind introdus
într-un godeu (pe o placă cu godeuri);
• Hibridizarea sondelor specifice cu ADN-ul de analizat;
• Spălarea fragmentelor de hârtie de filtru (agresiv) pentru
îndepărtarea sondelor nelegate; în acest fel cantitatea de sonde
legate va fi proporţională cu cantitatea de secvenţe de analizat;
• Amplificarea prin PCR a sondelor, folosind aceleaşi amorse (X
şi Y) pentru toate sondele; amorsele conţin un fluorocrom care
ajută la identificarea ulterioară a produşilor de amplificare;
• Electroforeza produşilor de amplificare;
• Analiza computerizată a produşilor de amplificare –
amplitudinea vârfurilor este comparată cu o probă martor.
Hârtie de filtru Amorsă
cu ADN genomic Amestec de sonde Amorsă Situs de legare finală
iniţială
Secv.
de
ADN genomic difer.
Spălare
Ligare
Transfer probe
Avantaje şi dezavantaje
Atât MLPA, cât şi MAPH sunt tehnici robuste, potenţial
aplicabile în diferite domenii, cu realizarea unui număr mai mic sau
mai mare de teste simultan. Ambele tehnici sunt la fel de sensibile la
calitatea probei de ADN.
Ambele tehnici au avantajul de a folosi amorse universale,
ceea ce dă posibilitatea de a efectua mai multe teste concomitent (test
tip multiplex). În plus, se foloseşte un singur fluorocrom pentru
identificare. Ambele condiţii conduc la reducerea substanţială a
costului testării.
În ceea ce priveşte sintetizarea sondelor în laboratorul
propriu, tehnica MAPH este mult mai avantajoasă (sinteza
oligonucleotidului derivat M13 pentru metoda MLPA este este foarte
dificilă tehnic).
Unul dintre dezavantajele tehnicii MAPH este riscul de
contaminare. Prin comparaţie, în cazul metodei MLPA se produce
amplificarea numai dacă ambele jumătăţi ale sondei s-au legat la
secvenţa de analizat (şi numai dacă aceasta este normală).
Etapa de spălare din cadrul MAPH este deosebit de
importantă. O spălare insuficientă poate duce la un exces de sonde,
cu furnizarea de rezultate incorecte.
Deoarece MLPA se realizează numai în fază lichidă, se
poate preta la automatizare, cu realizarea unui număr mare de teste
într-un timp scurt.
MAPH foloseşte 1µg ADN pentru un test, pe când în cazul
MLPA sunt necesare numai 20 ng ADN.
Polimorfismele sau mutaţiile ce afectează o singură bază
azotată pot afecta rezultatul MLPA (dând rezultat fals pozitiv de
175
Tehnici folosite în genetică
Adrese utile
• www.mrc-holland.com/
Bibliografie
• Dent K.M., Dunn D.M., von Niederhausern A.C. et al - Improved
Molecular Diagnosis of Dystrophinopathies in an Unselected
Clinical Cohort, Am J Med Genet 134A:295–298 (2005);
• Dudarewicz L., Holzgreve W., Jeziorowska A. et al - Molecular
methods for rapid detection of aneuploidy, J Appl Genet 46(2),
2005, pp. 207-215;
• Hollox E J, T Atia, G Cross, T Parkin, J A L Armour - High
throughput screening of human subtelomeric DNA for copy
number changes using multiplex amplifiable probe hybridisation
(MAPH), J Med Genet 2002; 39:790–795;
• Sellner L., Taylor G - MLPA and MAPH: New Techniques for
Detection of Gene Deletions, Hum Mut 23:413-419 (2004);
• White S.J., Sterrenburg E., van Ommen G-J B et al - An alternative
to FISH: detecting deletion and duplication carriers within 24
hours, J Med Genet 2003;40, 113-116.
176
Tehnici de diagnostic postnatal
Definiţie
Hibridizarea Genomică Comparativă cu microcipuri ADN
(a-CGH) este o metodă recent adoptată în laboratoarele clinice, care
poate detecta modificările numărului de copii ADN asociate
anomaliilor cromozomiale la o rezoluţie superioară metodei CGH
standard. Array CGH utilizează 2 probe de ADN genomic (test şi
martor) marcate diferit, care sunt hibridizate simultan cu ţinte de
ADN care se găsesc înşiruite pe o lamă de sticlă sau altă platformă
solidă.
Indicaţii
Array CGH permite examinarea întregului genom la o
rezoluţie înaltă (5-10 kilobaze) şi poate identifica amplificări
cromozomiale, microdeleţii şi rearanjamente neechilibrate,
furnizând date numeroase şi reproductibile privind locii genomici ai
bolii. Asemenea dezechilibre cromozomiale sunt frecvent întâlnite în
majoritatea tumorilor şi în multe din anomaliile congenitale. Array
CGH poate fi deci utilizată la:
• identificarea şi caracterizarea modificărilor genomice asociate
cu procesul de oncogeneză;
• identificarea unor noi regiuni cromozomice (ex: oncogene -
regiuni amplificate sau gene supresoare de tumori - regiuni
deletate) ca potenţiale ţinte terapeutice;
• înregistrarea diferitelor etape ale progresiei metastatice;
• dezvoltarea unor biomarkeri specifici care să ajute la stabilirea
diagnosticului şi prognosticului bolilor şi la precizarea unor
sub-clasificări ale bolii (subtipuri ale tumorii);
177
Tehnici folosite în genetică
Principii:
În aCGH fragmente unice de ADN (sondele nemarcate) sunt
ataşate de un substrat solid, care de obicei este sticlă. Un punct de
vedere simplist prin care se realizează acest lucru este următorul:
câteva mii de sonde imobilizate de acizi nucleici diferiţi cunoscuţi
sunt sintetizate sau depozitate cu ajutorul robotului într-un tipar
prestabilit pe o lamă de sticlă. Pentru majoritatea cip-urilor array,
există câte o sondă la fiecare 100-1000 µm2. Pentru fiecare sondă
depozitată într-o anumită locaţie pe cipul array se cunoaşte şi locaţia
acelei sonde în genom. Astfel, orice semnal detectat prin scanarea cu
microscopul confocal a unei lame hibridizate (o anumită sondă)
poate fi asociată prin intermediul unui software cu locaţia sa
cunoscută din genom.
Ţintele ADN pentru microarray pot proveni din clone
genomice precum cromozomii artificiali de levuri (YAC; pot
încorpora fragmente de ADN de 0,2-2 Mb), cromozomi artificiali
bacterieni (BAC, până la 300 kb), plasmide (~ 70-100 kb),
bacteriofagi (~ 130-150 kb) şi cosmide (~ 30-45 kb) şi sunt de câteva
ori mai mici decât ţintele cromozomiale. Această scădere în
dimensiuni a ţintei creşte rezoluţia de detecţie a dezechilibrului
numărului de copii faţă de CGH cromozomial. Practic rezoluţia
tehnicii este determinată de numărul de clone din array, de lungimea
genomică a clonelor şi de spaţierea genomică dintre ele. Având în
vedere diferenţele de complexitate structurală a ADN-ului ţintă faţă
de CGH cromozomial este necesară modificarea condiţiilor de
hibridizare.
Cromozomii artificiali bacterieni (BAC) constau în ADN de
E. coli care poartă segmente mari de cromozomi de mamifere, cu o
178
Tehnici de diagnostic postnatal
lungime de 150.000–200.000 pb. Aceste segmente ADN au fost
identificate prin poziţia lor de-a lungul fiecărui cromozom şi
corespund braţelor p şi q, centromerelor şi regiunilor telomerice din
fiecare cromozom. Aceste poziţii şi identitatea BACs sunt catalogate
în baza de date a Centrului Naţional pentru Informaţie Biologică
(NCBI). În funcţie de numărul de BACs ales, poate fi reprezentat
întregul genom pe un array cu acizi nucleici cu o anumită rezoluţie.
De exemplu, dacă se folosesc 2,600 BACs pentru a alcătui un array,
genomul va fi reprezentat cu o rezoluţie medie de o megabază de-a
lungul fiecărui cromozom. Array-uri specializate pot fi create prin
selectarea clonelor BAC asociate cu ajutorul bioinformaticii unei
anumite boli. De exemplu, Spectral Genomics a creat un Cip
Constituţional ™ folosind 464 clone BAC ce acoperă regiunile
cromozomiale cu amplificări sau deleţii în 40 sindroame cunoscute sau
defecte constituţionale ce asociază retard mintal, pentru cercetare în
diagnosticele genetice prenatale şi postnatale. Printre aceste
sindroame se numără trisomia 21, trisomia 18, sindromul Wolf-
Hirschorn, sindromul velo-cardio-facial şi rearanjamentele
subtelomerice.
Atunci când ADN-ul provenit de la pacient este amestecat cu
ADN-ul de referinţă şi competiţionează pentru hibridizarea cu sondele
de pe array, amplificările sau numărul de copii multiple ale
fragmentelor cromozomice din ADN-ul pacientului vor avea ca rezultat
o hibridizare favorabilă a probei pacientului faţă de ADN-ul de
referinţă normal, iar deleţiile vor avea ca rezultat o hibridizare
favorabilă a ADN-ului normal (vezi Fig. 6.6.1).
Gradul hibridizării este uşor detectat prin marcarea probelor de
ADN (de la pacient şi cel de referinţă) cu doi coloranţi fluorescenţi
diferiţi (Cy3 şi Cy5), amestecare şi observarea petelor verzi şi roşii, care
indică hibridizarea preferenţială, versus fluorescenţa galbenă, care
indică faptul că ADN-ul pacientului şi cel normal sunt hibridizate egal
cu sondele (vezi Fig. 6.6.2).
După ce hibridizarea este completă, array-ul este scanat
folosind unul dintre scanerele laser microarray disponibile. Rezultatele
hibridizării competitive de pe array pot fi reprezentate folosind
diferite aplicaţii software special concepute pentru analiza şi expunerea
179
Tehnici folosite în genetică
Avantaje şi dezavantaje
Principalele avantaje ale tehnicii array CGH constau în:
• Rapiditate: sub 48 ore pentru testare şi analizarea rezultatelor;
180
Tehnici de diagnostic postnatal
• Rezoluţie crescută: extinde aria de aplicare a tehnicii; are
posibilitate de detecţie a unor anomalii cromozomice relevante
clinic, dar care nu sunt vizibile la microscop;
• Testele produc date obiective: nu este necesară interpretarea
imaginilor;
• Zonă de acoperire mai mare: cercetătorul poate vedea toţi
cromozomii în acelaşi timp;
• Uşor de efectuat: datele pot fi generate de tehnicieni cu
cunoştinţe generale de laborator şi sunt procesate şi prezentate
în mod automat, sub formă de tabele şi grafice.
Spre deosebire de CGH clasic (care foloseşte cariotiparea
cromozomilor, este laborioasă, necesită culturi de celule şi rezultatele
sunt uneori neclare), array CGH este o “cariotipare moleculară” mai
uşor de folosit, având rezultate mai obiective şi permiţând analizarea
rezultatelor cu ajutorul unui software.
Deşi array-urile pentru întregul genom permit clinicienilor şi
cercetătorilor accesul fără precedent la pierderile/câştigul de material
genetic din genom, în special la nivel submicroscopic, aceste array-
uri au şi unele dezavantaje. Unul dintre ele se referă la variaţiile
normale ale numărului de copii. Într-un studiu publicat în American
Journal of Human Genetics, (vol. 77, pp. 606–616, 2005) s-a efectuat
un screening pe 100 indivizi cu array CGH pentru întregul genom;
10% dintre subiecţi aveau anomalii cromozomiale relevante din
punct de vedere clinic, dar 97% din cohortă prezenta anumite tipuri
de modificări în numărul de copii ADN moştenite de la părinţi cu
fenotip normal.
Cea mai frecvent folosită platformă de clonare pentru CGH
este clona BAC şi ocazional YAC sau PAC. Aceste clone au multe
avantaje, dar o rezoluţie limitată. Clonele au dimensiuni de
aproximativ 80 kb, iar suprapunerea lor poate duce rezoluţia totală
până spre 50 kb. Pentru a atinge o rezoluţie mai joasă trebuie luate în
considerare alte platforme.
Array CGH nu poate detecta anomaliile cromozomiale fără
modificări ale numărului de copii ADN; pentru acestea este nevoie
de FISH cu sonde specifice pentru punctul de ruptură al translocaţiei.
181
Tehnici folosite în genetică
Bibliografie
• Beheshti B., P.C. Park, I. Braude, J.A. Squire. Microarray CGH.
Methods Mol Biol. 204:191-207, 2002. http://individual.utoronto.ca/
beheshti/PDF/2002_Beheshti_Microarray_CGH.pdf;
• Chait Edward: Bac clone arrays measure disease-associated
chromosomal changes, Genetic Engineering News, Volume 24,
Number 10 May 15, 2004;
• Kong Chuang-Fong, Christopher Williams, and Amy McCann: High
Throughput Genomic Analysis using Comparative Genomic
182
Tehnici de diagnostic postnatal
Hybridization using (aCGH) http://las.perkinelmer.com/Content/
RelatedMaterials/Posters/PST_HTGenomicAnalysisUsingaCGH.pdf;
• Morrison Carl: Fluorescent In Situ Hybridization and Array
Comparative Genomic Hybridization: Complementary
Techniques for Genomic Evaluation, Archives of Pathology and
Laboratory Medicine 2006: Vol. 130, No. 7, pp. 967–974;
• Peterson Scott - Microarray Analysis: Practical Considerations and
Applications.
http://pfgrc.tigr.org/presentations/tigr_asm_conf/analysis.pdf;
• Shaffer Catherine: Array CGH Changes Genetic Diagnostics
http://www.genpromag.com.
183
Tehnici folosite în genetică
184
Tehnici de diagnostic postnatal
Definiţie
Tehnica ASO (allele specific oligonucleotide hybridization)
poate detecta una sau mai multe mutaţii specifice cunoscute în
populaţie, cu ajutorul unor sonde nucleotidice scurte, specifice pentru
o anumită secvenţă ADN (mutaţie).
Indicaţii
Această tehnică de detecţie a mutaţiilor este folosită în
special pentru bolile genetice caracterizate printr-un număr mic de
mutaţii, precis definite (de exemplu la populaţiile de evrei Ashkenazi
şi pentru alte mutaţii cu efect de fondator).
Principii
Tehnica ASO constă în detectarea prezenţei sau absenţei
unei mutaţii punctiforme (la nivelul unui singur nucleotid) prin
realizarea hibridizării moleculare între secvenţa de testat şi 2 sonde
monocatenare specifice (una pentru alela normală şi cea de-a doua
pentru alela mutantă) corespunzătoare regiunii genice unde au fost
localizate mutaţii. Dacă sonda este suficient de scurtă (în general 20
de nucleotide), ea va putea hibridiza cu secvenţa de testat numai dacă
aceasta este perfect complementară. Astfel, oligosonda normală va
hibridiza stabil numai cu alela normală, nu şi cu cea mutantă, iar
oligosonda mutantă se va împerechea stabil doar cu alela mutantă, nu
şi cu cea normală. Hibridizările încrucişate nu sunt stabile datorită
împerecherii greşite între baze necomplementare (vezi Fig. 6.7.1).
Hibridizarea fiecăreia dintre cele 2 sonde face astfel posibilă
determinarea fără ambiguitate a genotipului pacientului la nivelul
locusului unei anumite mutaţii.
185
Tehnici folosite în genetică
Interpretarea rezultatelor
Dacă ADN-ul pacientului hibridizează numai cu oligosonda
specifică alelei mutante, atunci mutaţia pentru care s-a realizat
testarea este prezentă, iar pacientul este homozigot (afectat).
Dacă hibridizarea are loc atât cu sonda normală, cât şi cu cea
mutantă, atunci pacientul este purtător heterozigot.
186
Tehnici de diagnostic postnatal
Hibridizarea numai cu sondele normale semnifică absenţa
mutaţiei cercetate (vezi Fig. 6.7.2).
187
Tehnici folosite în genetică
188
Tehnici de diagnostic postnatal
temperaturii de topire (Tm), ce poate fi detectată cu uşurinţă (vezi
Fig. 6.7.4). În cazul indivizilor normali vârful apare la temperaturi
înalte. La indivizii afectaţi (homozogoţi) se înregistrează un singur
vârf la temperatură scăzută. La heterozigoţi se înregistrează două
vârfuri.
Avantaje şi dezavantaje
Metodele ASO şi DASH permit detecţia rapidă şi eficientă a
mutaţiilor şi sunt automatizabile.
Sunt metode mai simple, mai rapide (nu necesită fracţionarea
ADN) şi mai sensibile decât Southern blot.
Sunt tehnici mai puţin costisitoare decât căutarea unei
mutaţii noi la membrii unei familii.
Deşi ASO este o metodă sensibilă la alterări minime ale
secvenţei genice (putând depista mutaţii ale unei singure perechi de
baze), ea este consumatoare de timp. Dezavantajele majore sunt însă
marcarea sondelor oligonucleotidice cu radioizotopi (folosirea
materialelor radioactive) şi imposibilitatea detectării mutaţiilor din
alte regiuni decât cele explorate prin sonda ASO, dacă acestea sunt
prezente. Polimorfismele care se găsesc lângă locusul mutaţiei pot
complica analiza.
Adrese utile
• http://www.informatics.jax.org/silver/frames/frame8-3-2-2.shtml
189
Tehnici folosite în genetică
• http://www.sesep.uvsq.fr/formation/PCR.html
• http://las.perkinelmer.com/content/snps/protocol.asp
Bibliografie
• Covic Mircea, Sandovici Ionel, Ştefănescu Dragoş – Genetică
medicală, Ed. Polirom 2004;
• Knight Julian, William McGuire, Moses Mosobo Kortok, Dominic
Kwiatkowski: Accuracy of Genotyping of Single-Nucleotide
Polymorphisms by PCR-ELISA Allele-specific Oligonucleotide
Hybridization Typing and by Amplification Refractory Mutation
System (Clinical Chemistry. 1999;45:1860-1863.);
• Randall K. Saiki, P. Sean Walsh, Corey H. Levenson, Henry A. Erlich:
Genetic Analysis of Amplified DNA with Immobilized Sequence-
Specific Oligonucleotide Probes - PNAS 1989 86: 6230-6234.
190
Tehnici de diagnostic postnatal
Definiţie
Testul de trunchiere a proteinelor (PTT) este un test rapid şi
eficient care depistează mutaţiile care duc la terminarea prematură a
translaţiei, cu producerea unei proteine mai scurte.
Indicaţii
Metoda a fost introdusă pentru diagnosticul Distrofiei
musculare Duchenne, dar ulterior a fost aplicată pentru multe alte
afecţiuni (vezi Tabel 6.8.1).
191
Tehnici folosite în genetică
Principii
Principiul testului de trunchiere a proteinelor constă în
scanarea unei gene codante pentru mutaţii ce induc terminarea
precoce a translaţiei, folosind sinteza proteică de novo dintr-o copie
amplificată (vezi Fig. 6.8.1).
Tehnica include trei trepte importante:
• Izolarea ADN genomic şi amplificarea secvenţei genice ţintă
folosind PCR
Sau
Izolarea ARNm şi amplificarea secvenţei genice ţintă folosind
RT- PCR (reverse transcripţia);
• Produşii PCR rezultaţi sunt folosiţi ca matriţă pentru sinteza in
vitro de ARNm (transcripţie), iar acesta din urmă este folosit
ulterior pentru sinteza de proteine (translaţie); în mediul de
reacţie sunt incluşi aminoacizi radioactivi (metionină sau
leucină), care vor fi incluşi în lanţul proteic nou sintetizat şi vor
servi pentru autoradiografie;
192
Tehnici de diagnostic postnatal
• Analiza prin electroforeză (SDS- PAGE) şi autoradiografie a
proteinei sintetizate – proteinele mai scurte (rezultate de la
genele mutante) vor migra mai mult decât proteinele normale la
electroforeză.
Celulă
(sânge/ ţesut)
ADN genomic
Exoni Exoni
ARNm
Revers transcripţie
ADNc
PCR
ADN
ATG
Amorsă iniţială Amorsă finală
T7
ADN
ATG PCR
T7
Transcripţie
/ translaţie
in vitro
Electroforeză în gel de
ATG
ARN agaroză a produşilor PCR
Proteină
Proteină completă
Proteină trunchiată
193
Tehnici folosite în genetică
Interpretarea rezultatelor
În electroforeza finală se apreciază poziţia benzii de produs
proteic (vezi Fig. 6.8.1). Dacă o bandă a migrat mai mult decât ar fi
trebuit, înseamnă că ne aflăm în faţa unei proteine mai mici
(trunchiate), rezultat al unei mutaţii stop sau cu decalarea cadrului de
lectură.
194
Tehnici de diagnostic postnatal
terminal, dar şi promotorul T7, secvenţa Kozak şi codonul start
(ATG). ADN-ul rezultat este introdus într-un sistem de expresie
proteică acelular. Acesta conţine un amestec de reacţie necesar
pentru transcripţie şi translaţie, la care se adaugă ARNt cu
aminoacizi modificaţi, care conţin secvenţe utile pentru afinitate sau
detecţie. Secvenţele de afinitate incorporate (de ex biotine) sunt
folosite pentru a capta proteinele translate din amestecul de reacţie pe
o suprafaţă solidă. Epitopii N- şi C- terminali sunt folosiţi pentru a
compara cantitatea totală de proteină legată (semnal N- terminal) faţă
de fracţiunea trunchiată (căreia îi lipseşte capătul C- terminal).
Incorporarea unor particule fluorescente permite detectarea directă
neizotopică a benzilor proteice după SDS- PAGE. Ulterior se poate
face secvenţierea ADN pentru a aprecia poziţia exactă şi natura
mutaţiei.
Avantaje şi dezavantaje
PTT este o metodă specifică pentru diagnosticul mutaţiilor
stop sau cu decalarea cadrului de lectură, situaţii întâlnite relativ
frecvent în practică.
Tehnica identifică poziţia mutaţiei.
În schimb, metoda este scumpă, din punct de vedere tehnic
este dificilă, cele mai bune rezultate se obţin cu ARN (şi nu cu
ADN) şi nu poate fi folosită pentru identificarea altor tipuri de
mutaţii.
Atunci când se foloseşte tehnica bazată pe ARN, principalul
dezavantaj constă în necesitatea rechemării pacienţilor în vederea
recoltării de probe proaspete pentru izolarea ARN.
Comparativ cu metoda PTT clasică, HTS- PTT nu foloseşte
izotopi, este rapidă şi se pretează la automatizare. Metoda poate fi
utilă pentru screening populaţional pentru cancer de colon.
Adrese utile
• http://www.promega.com/pnotes/62/7807_07/7807_07_core.pdf
195
Tehnici folosite în genetică
Bibliografie
• Boehringer Mannheim – New Detection Methods for the Protein
Truncation Test Nonradioactive – Biochemica, nr 3/1997, p21;
• Dunnen Den, Van Ommen GJ – The protein truncation test: A
review – Hum Mutat, 1999, 14 (2), 95-102;
• Gite Sadanand, Lim Mark, Carlson Rick et al – A high-throughput
nonisotopic protein truncation test – Nature Biotechnology (2003), p
1- 4;
• Kirchgesser M., Albers A., Vossen R. et al – Optimized non-
radioactive protein truncation test for mutation analysis of the
adenomatous polyposis coli gene – Clin Chem Lab Med (1998), 36
(8), 567-70;
• Ransohoff D – Fecal DNA tests for Colorectal Cancer – NEJM vol
346, nr 24, p 1912- 1913 (2002);
• Strachan T., Read A. – Human Molecular Genetics – Bios Scientific
Publishers, 1996, p 430.
196
Tehnici de diagnostic postnatal
Definiţie
SSCP este o tehnică moleculară utilizată în mod curent
pentru depistarea mutaţiilor punctiforme. Metoda se bazează pe
migrarea electroforetică diferită a monocatenelor de ADN datorită
conformaţiei spaţiale diferite.
Indicaţii
Principalele indicaţii ale SSCP sunt:
• Depistarea mutaţiilor punctiforme;
• Teste de paternitate şi filiaţie;
• Evaluarea polimorfismelor în studii populaţionale – dacă o
genă conţine destul polimorfism ca să merite secvenţierea; care
porţiune din genă este mai polimorfică; ce nivel de variaţie
există etc;
• Identificarea stării de homozigot sau heterozigot la anumiţi
indivizi.
Principii
Modificarea unei singure baze azotate determină modificarea
conformaţiei moleculei de ADN. În condiţii ne-denaturante şi la
temperatură scăzută monocatenele de ADN capătă o conformaţie
specifică spaţială tridimensională, care variază mult în funcţie de
secvenţa de baze azotate. Migrarea electroforetică a fragmentelor de
ADN depinde de conformaţia lor spaţială. Pot fi două fragmente de
ADN care au aceeaşi lungime, dar care migrează diferit la
electroforeză datorită structurii spaţiale mai condensate sau mai
extinse. Acesta este principiul exploatat de metoda SSCP. În plus,
tehnica foloseşte monocatene şi nu fragmente bicatenare, deoarece
numai monocatenele au acea conformaţie spaţială specifică, dublul
197
Tehnici folosite în genetică
Amplificarea
regiunii de interes
Denaturare
termică/ chimică
Răcire bruscă
Electroforeză
nedenaturantă
N
Normal
Mutant
Mut
Mobilitate
Fig. 6.9.1: Principiul tehnicii SSCP
Interpretarea rezultatelor
Mutaţiile punctiforme identificate prin SSCP reprezintă fie
mutaţii patogene (care confirmă suspiciunea de boală), fie
polimorfisme (vezi Fig. 6.9.2).
Fragmentele ce conţin mutaţii punctiforme au conformaţie
spaţială diferită faţă de fragmentele normale şi deci vor migra mai
rapid sau mai lent decât acestea la electroforeză.
199
Tehnici folosite în genetică
I1 I2 I3 I4
II 3
II 1 II 2 II 4 II 5
III 1 III 2
A B C I1 I2 I3 I4 II1 II2 II3 II4 II5 III1 III2
Avantaje şi dezavantaje
Tehnica SSCP este o metodă simplă, ieftină, convenabilă şi
sensibilă de apreciere a variabilităţii genetice.
Principalele dezavantaje ale SSCP constau în:
• Dependenţa mobilităţii monocatenelor de ADN de
temperatură; pentru depăşirea acestui impediment se
recomandă practicarea electroforezei la temperatură constantă;
200
Tehnici de diagnostic postnatal
• Sensibilitatea este afectată de pH; de obicei denaturarea se face
prin adăugarea de substanţe bazice (pH crescut); adăugarea de
glicerol la gelul de poliacrilamidă scade pH-ul şi creşte
sensibilitatea metodei;
• Lungimea fragmentelor afectează analiza SSCP; pentru
rezultate optime mărimea fragmentelor de ADN trebuie să fie
cuprinsă între 150 şi 200 pb; adăugarea de glicerol la gel face
posibilă şi analiza unor fragmente mai mari;
• Tehnica nu evidenţiază poziţia mutaţiei;
• În condiţii optime 80-90% dintre mutaţii pot fi depistate;
• Dacă se cunoaşte nucleotidul responsabil pentru diferenţa de
mobilitate electroforetică, se poate folosi tehnica SNPs.
Atât SSCP, cât şi DGGE se folosesc pentru depistarea
mutaţiilor punctiforme:
• DGGE se foloseşte pentru identificarea mutaţiilor punctiforme
în fragmente mai mari de ADN;
• Tehnica DGGE necesită ca amorsa să aibă ataşată o clemă GC,
amorsa devenind foarte scumpă;
• Condiţiile de gradient în gel (pentru DGGE) trebuie să fie foarte
bine standardizate;
• DGGE necesită echipament specializat suplimentar;
• SSCP este mai indicat pentru secvenţe ce variază foarte mult.
Adrese utile
• http://www-
users.med.cornell.edu/~jawagne/screening_for_mutations.html
• www.uga.edu/srel/DNA_Lab/SSCP'96V2.rtf
• http://opbs.okstate.edu/~melcher/MG/MGw1/MG11129.html
• http://www.bio.davidson.edu/Courses/Molbio/MolStudents/spring200
3/Parker/method.html
• http://138.23.152.128/protocols/SSCP%20protocol.pdf
201
Tehnici folosite în genetică
Bibliografie
• Hoffee Patricia – Medical Molecular Genetics - Fence Creek
Publishing 1998, p 123-133;
• Mogensen J., Bahl A., Kubo T. et al. – Comparison of fluorescent
SSCP and denaturing HPLC analysis with direct sequencing for
mutation screening in hypertrophic cardiomyopathy – J Med
Genet 2003;
• Rimoin D., Connor M., Pieritz R., Korf B. – Principles and Practice
of Medical Genetics – Churchill Livingstone 2002, vol 1, p 727,
1328;
• Strachan T., Read A. – Human Molecular Genetics – Bios Scientific
Publishers, 1996, p395, 430.
202
Tehnici de diagnostic postnatal
Definiţie
Indicaţii
Două dintre cele mai importante aplicaţii ale DGGE în
genetica umană sunt detectarea mutaţiilor punctiforme ce stau la
baza anumitor boli şi detectarea polimorfismelor cu sonde ADN
pentru analize de înlănţuire genetică.
În afară de analiza mutaţională, DGGE mai este folosită şi
pentru detectarea sursei contaminării unui produs, fiind deci utilă
în industria alimentară, farmaceutică etc.
Principii
Analiza DGGE este folosită pentru separarea unor fragmente
de ADN bicatenar de lungime egală, dar cu secvenţe diferite
(produse prin amplificare PCR).
DGGE are la bază faptul că moleculele de ADN bicatenar au
rate de denaturare unice, în funcţie de compoziţia nucleotidică a
secvenţei ADN (legăturile G-C fiind mai stabile decât cele A-T).
Atunci când sunt supuse unui mediu denaturant, moleculele de ADN
vor începe să se denatureze în anumite regiuni, numite
domenii/segmente de topire („melting domains”). Temperatura la
203
Tehnici folosite în genetică
204
Tehnici de diagnostic postnatal
În condiţii ideale, probele vor fi denaturate doar parţial,
pentru a maximiza diferenţele în mobilitate. Denaturarea completă
are ca rezultat o rezoluţie slabă, deoarece probele complet denaturate
vor avea mobilităţi echivalente. De aceea, pentru a preveni
denaturarea completă se încorporează în ADN o secvenţă de 30-40
de perechi GC („clema” GC). Deoarece perechile GC au Tm mai
înaltă decât secvenţele ADN cu o distribuţie mai uniformă a
nucleotidelor, fragmentul ADN de interes se poate denatura, dar
clema GC rămâne bicatenară. O asemenea clemă GC se adaugă cu
uşurinţă la regiunea ADN de interes prin amplificare PCR cu ajutorul
amorselor (una din ele poartă la capătul 5’ o secvenţă bogată în CG).
DGGE poate fi aplicată pe molecule ADN de 100-1.000 pb;
fragmentele mai mici necesită o concentraţie mai mare de poliacrilamidă
pentru a inhiba motilitatea şi a maximiza condiţiile denaturante.
Interpretarea rezultatelor
Fiecare moleculă de ADN va apare ca o bandă separată (vezi
fig. 6.10.1) ce poate fi vizualizată folosind bromură de etidium, SYBR-
Gold combinat cu iluminare ultravioletă sau prin colorare argentică.
A B
Avantaje şi dezavantaje
Principalele avantaje şi dezavantaje ale tehnicii DGGE sunt:
• Rată de detecţie şi sensibilitate înaltă;
• Metodologie simplă şi non-radioactivă;
• Fragmentele PCR pot fi izolate din gel şi folosite ulterior în
reacţii de secvenţiere;
• Amorsele sunt mai scumpe datorită celor 40 de baze ale clemei
GC;
• Pot fi necesare amorse adiţionale pentru secvenţiere;
• Alegerea amorselor este critică;
• Genele foarte bogate în GC nu sunt uşor de analizat prin
DGGE;
• Analiza fragmentelor PCR mari este dificilă – evaluarea
segmentelor cu mai mult de 400 pb are o rată mică de succes ;
• Gradientele chimice folosite în DGGE sunt greu reproductibile
şi dificil de stabilit.
Adrese utile
• http://www-
users.med.cornell.edu/~jawagne/screening_for_mutations.html
• http://hg.wustl.edu/hdk_lab_manual/dgge/dgge1.html
206
Tehnici de diagnostic postnatal
Bibliografie
• Fodde Riccardo, Losekoot Monique: Mutation detection by
denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) Human Mutation
1994 Volume 3, Issue 2, Pages (p 83-94);
• Knapp L.A.: Denaturing gradient gel electrophoresis and its use in
the detection of major histocompatibility complex polymorphism
Tissue Antigens 2005: 65: 211–219;
• Strachan T., Read A. – Human Molecular Genetics – Bios Scientific
Publishers, 1996, p 430;
• Wu Y, Hayes VM, Osinga J et al: Improvement of fragment and
primer selection for mutation detection by denaturing gradient gel
electrophoresis Nucleic Acids Research 1998 vol 26 nr 23 p 5432-
5440.
207
Tehnici folosite în genetică
208
Tehnici de diagnostic postnatal
Definiţie
Analiza heteroduplexurilor (HDA, HA, HET) este o metodă
pentru detectarea mutaţiilor punctiforme în produşii PCR, rapidă,
simplă, fără folosirea particulelor radioactive sau a unui echipament
specializat.
Tehnica se bazează pe amplificarea prin PCR a unui
fragment de testat şi a unui fragment normal, amestecarea produşilor
amplificaţi, denaturare, renaturare (cu formarea de heteroduplexuri
care au o catenă normală şi una modificată) şi analiza electroforetică
a fragmentelor rezultate.
Indicaţii
Principalele indicaţii ale HDA se referă la:
• Evaluarea genelor umane pentru boli în care apar frecvent
mutaţii punctiforme – de exemplu genele BRCA 1 şi 2 pentru
cancer de sân, genele TSC 1 şi 2 pentru scleroză tuberoasă sau
gena FBN1 pentru Sindromul Marfan;
• Analiza genelor mari, exonii fiind scanaţi în paralel;
• Studii de microbiologie – de exemplu: identificarea mutaţiilor
punctiforme asociate cu rezistenţa la antibiotice; identificarea
germenilor (ex. Bacillus anthracis) în probe de mediu;
• Identificarea sexului în studii de medicină legală, diagnostic
prenatal sau antropologie;
• Studiul polimorfismelor;
• Diagnostic preimplantator – în asociere cu alte tehnici, pentru
depistarea situaţiilor în care una dintre alele nu se amplifică.
209
Tehnici folosite în genetică
Principii
În general, tehnica HDA este indicată pentru analiza unor
fragmente de ADN de 200-600 pb, dar unele studii precizează
eficienţa cea mai bună pentru fragmente de 150-260 pb.
Realizarea HDA trebuie să urmeze etapele (vezi Fig. 6.11.1):
• Amplificarea prin PCR atât a fragmentului de analizat, cât şi a
unui fragment normal (acelaşi fragment de ADN, dar provenind
de la un individ normal), folosind acelaşi set de amorse;
Homoduplexuri
Normal Benzi
hetero-
duplex
Mutant
Heteroduplexuri
• Denaturare termică;
• Renaturare prin răcire lentă – catenele complementare se unesc,
refăcând homoduplexurile, dar şi heteroduplexuri (fragmente
care au o catenă normală şi una cu mutaţie);
• Electroforeză în gel de poliacrilamidă – în cazul
heteroduplexurilor, datorită necomplementarităţii bazelor de pe
catena normală şi cea mutantă se produce schimbarea
conformaţiei spaţiale a fragmentului; această modificare va duce
la scăderea mobilităţii electroforetice a fragmentului respectiv
(comparativ cu homoduplexurile);
• Mutaţiile/ polimorfismele identificate trebuie confirmate prin
secvenţiere.
210
Tehnici de diagnostic postnatal
Folosind tehnica de bază aproximativ 80% dintre mutaţiile
punctiforme sunt depistate. Prin optimizarea temperaturii, a
legăturilor din interiorul gelului şi a procentului de acrilamidă, dar şi
prin adăugarea de glicerol şi sucroză la gel se poate creşte
sensibilitatea metodei.
Interpretarea rezultatelor
Tehnica HDA poate fi aplicată pentru un singur fragment
dintr-o genă sau pentru mai mulţi exoni ai aceleiaşi gene (în cazul
genelor mari), testele fiind efectuate în paralel.
Interpretarea este deosebit de simplă – atunci când există o
mutaţie punctiformă (substituţie, deleţie sau inserţie fără decalarea
cadrului de lectură), heteroduplexurile care conţin mutaţia/
polimorfismul vor migra mai lent, pe electroforeză apărând o bandă
separată (vezi Fig. 6.11.1).
Odată ce a fost identificat fragmentul care conţine mutaţia/
polimorfismul, investigarea trebuie completată cu secvenţiere pentru
o identificare precisă.
Avantaje şi dezavantaje
Principalele avantaje ale tehnicii actuale HDA constau în
faptul că este o metodă foarte simplă, ce se poate realiza fără
folosirea de particule radioactive şi fără echipamente specializate şi
care se poate preta la aplicare pe scară largă.
Dezavantajele se referă la posibilitatea de testare numai a
fragmentelor mici (200 pb), cu sensibilitate relativ limitată, iar
investigarea nu stabileşte poziţia mutaţiei/ polimorfismului.
Adrese utile
• http://nationaldiagnostics.com/article_info.php/articles_id/42
• http://www.biocompare.com/technicalarticle/1219/Heteroduplex-
Analysis-Using-The-DCode(tm)-System-from-Bio-Rad.html
Bibliografie
• El-Hashemite Nisreen, Delhanty Joy – A technique for eliminating
allele specific amplification failure during DNA amplification of
heterozygous cells for preimplantation diagnosis – Molecular
Human Reproduction, vol 3, nr 11, p 975-978, 1997;
• Hestekin C.N., Jakupciak J.P., Chiesl T.N. et al. – An optimized
microchip electrophoresis system for mutation detection by
tandem SSCP and heteroduplex analysis for p53 gene exons 5-9 –
Electrophoresis (2006), 27, 3823-3835;
• Merrill L., Richardson J., Kuske C.R., Dunbar J. – Fluorescent
heteroduplex assay for monitoring Bacillus anthracis and close
relatives in environmental samples – Applied and Environmental
Microbiology (2003), vol 69, nr 6, p 3317-3326;
• Palais Bob – Quantitative heteroduplex analysis – Clinical
Chemistry 53: 1001-1003, 2007;
• Thomas G., Williams D., Soper S. – Capillary electrophoresis-based
heteroduplex analysis with a universal heteroduplex generator for
212
Tehnici de diagnostic postnatal
detection of point mutations associated with Rifampin tesistance in
tuberculosis – Clinical Chemistry 47: 1195-1203, 2001;
• Tian H., Brody L.C., Landers J.P. – Rapid detection of deletion,
insertion, and substitution mutations via heteroduplex analysis
using capillary – and microchip- based electrophoresis – Genome
Research, vol 10, issue 9, 1403- 1413, Sept 2000;
• Strachan T., Read A. – Human Molecular Genetics – Bios Scientific
Publishers, 1996, p 430;
213
Tehnici folosite în genetică
214
Tehnici de diagnostic postnatal
Definiţie
SNP (single nuleotide polymorphism) - polimorfismul unei
singure nucleotide - reprezintă o variaţie a secvenţei de ADN care
apare atunci când, pentru o anumită poziţie în genom, o singură
nucleotidă - A, T, C, G - diferă între membrii aceleeaşi specii sau
între cromozomii perechi ai aceluiaşi individ. Un individ A are o
secvenţă dată GAACCT, în timp ce un individ B are, pentru aceeaşi
secvenţă, formula nuclotidică GAGCCT, polimorfismul fiind deci
A/G.
Clasificare
Aproape toate SNP comune au doar două alele. Pentru ca o
variaţie să fie considerată SNP, ea trebuie să apară la cel puţin 1%
din populaţie. SNPs, care reprezintă aproximativ 90% din toate
variaţiile genetice umane, apar la fiecare 100 - 300 de baze de-a
lungul celor 3 bilioane de perechi de baze ale genomului uman.
Există patru tipuri de SNPs bialelice:
• tranziţie C→T (G→A);
• trei transversii C→A (G→T), C→G (G→C), şi T→A (A→T).
2/3 din SNPs implică tranziţia C→T (G→A), celelalte apărând
aproape cu aceeaşi frecvenţă. Sunt câteva milioane de nucleotide
care diferă între doi indivizi şi aproximativ 100.000 de aminoacizi
care diferă în proteinele lor.
SNPs pot apare în secvenţele codante ale genelor, în regiuni
necodante sau în regiunile intergenice. SNPs dintr-o secvenţă
codantă nu schimbă obligatoriu secvenţa de aminoacizi a proteinei
codante. Când ambele forme ale unui SNP se soldează cu aceeaşi
secvenţă polipeptidică vorbim de SNPs sinonime (mutaţie
silenţioasă), iar dacă se produc secvenţe polipeptidice diferite atunci
e vorba de SNPs non-sinonime (aproape jumătate din secvenţele
codante SNPs). SNPs care nu sunt situate in regiunile codante pot
215
Tehnici folosite în genetică
Aplicaţii
SNPs au o valoare deosebită pentru cercetarea medicală şi
pentru dezvoltarea de produse farmaceutice. Activitatea unor
multiple grupuri de cercetare (Human Genome Project- HGP, SNPs
consortium, TSC project, International Hap Map Project) s-a
concretizat în realizarea hărţii SNPs ale genomului uman (exemplu
în Fig. 6.12.1, harta SNPs a cromozomului 5). Din cele 3 milioane
SNPs estimate s-au identificat până în prezent 1,8 milioane.
Hărţile SNPs vor facilita identificarea genelor asociate cu boli
complexe, cum ar fi cancerul, diabetul, bolile vasculare şi unele boli
psihice. Aceste asocieri sunt dificil de stabilit cu metodele
convenţionale de identificare a genelor, deoarece modificarea unei
singure gene poate avea doar o contribuţie foarte mică la generarea
unei afecţiuni. Studiind însă secvenţele de ADN care poartă SNPs
asociate cu o anumită trăsătură putem ajunge la genele relevante
asociate cu o anumită boală. Studiul SNPs va permite înţelegerea
multor boli poligenice, oferind astfel calea spre noi metode
terapeutice. Este doar o chestiune de timp până când susceptibilitatea
unui individ pentru o anumită afecţiune va putea fi testată prin
identificarea unui model specific SNPs.
216
Tehnici de diagnostic postnatal
.
Metode de identificare
În ultimii 20 de ani cercetările biomedicale au dezvoltat un
număr de tehnici care permit identificarea unei singure nucleotide în
genomul uman. Fiecare tehnică utilizează o altă metodă prin care se
compară regiuni selectate ale ADN obţinute de la indivizi diferiţi,
care au o trăsătură comună.
1. FP-TDI (Template Directed dye terminator Incorporation assay
with detection by Fluorescence Polarization) – protocolul a fost
original raportat în 1999 (PerkinElmer Life & Analytical Sciences),
are la bază extensia unei amorse (primer) pentru o singură pereche de
baze şi se desfăşoară în patru etape (Fig. 6.12.2):
• Amplificarea secvenţei de studiu prin protocolul PCR ;
• Purificarea produşilor PCR (Exo-SAP-It reagent);
• Extensia amorsei (primer) pentru o singură pereche de baze;
• Analiza în fluorescenţă polarizată şi procesarea datelor.
Fluorescenţa polarizată are drept principiu diferenţele de
greutate moleculară dintre moleculele marcate fluorescent. Când o
lumină polarizată excită fluorocromii, moleculele mici vor emite
lumina în toate direcţiile, în timp ce moleculele mari vor emite
lumina doar în acelaşi plan, determinând o fluorescenţă înalt
polarizată. Tehnica poate fi foarte uşor optimizată, se poate adapta la
218
Tehnici de diagnostic postnatal
un volum mic de SNPs sau la un volum mare, care să permită mai
mult de 50 000 de genotipări/zi, nu necesită marcarea amorselor,
reactivii costă aproximativ 0,5 $ pentru un SNP, iar echipamentul
aproximativ 30 000 $.
219
Tehnici folosite în genetică
220
Tehnici de diagnostic postnatal
4. Ligarea oligonucleotidică alelic specifică - Alegând
olinucleotide complementare cu secvenţa ţintă, cu baze alelic
specifice la capetele 3’ şi 5’, se poate identifica genotipul secvenţei
ţintă amplificată prin PCR. Se poate astfel determina dacă o
oligonucleotidă complementară cu secvenţa ADN se leagă sau nu în
zona polimorfică de o oligonucleotidă alelic- specifică (Fig. 6.12.5).
221
Tehnici folosite în genetică
Adrese utile:
• The SNP Consortium LTD. International Hap Map Project
http://snp.cshl.org/;
• NCBI LocusLink
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=gene;
• dbSNP http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/index.html;
• Human Genome Variation database http://hgvbase.cgb.ki.se/;
• GeneDis http://life2.tau.ac.il/GeneDis/;
• PharmGKB http://www.pharmgkb.org/do/serve?id=home.welcome;
• GeneCards http://www.genecards.org/index;
• NIEHS SNPs : http://www.genome.utah.edu/genesnps/" \o
"GeneSNPs" \t "_blank".
Bibliografie
• Akula, N., Chen, YS., Hennessay, K. et al.- Utility and Accuracy of
Template-Directed Dye-Terminator Incorporation with
Fluorescence Polarization Detection for Genotyping Single
Nucleotide Polymorphisms, Biotechniques (2002) 32:1072-1079.
• Chen, X., Levine, L., Kwok, P-Y.- Fluorescence polarization in
homogeneous nucleic acid analysis, Genome Res. (1999) 9,492-498.
• Freeman BD, Buchman TG, McGrath S. et al.- Template-Directed
Dye-Terminator Incorporation with Fluorescence Polarization
Detection for Analysis of Single Nucleotide Polymorphisms
Implicated in Sepsis, Journal of Molecular Diagnostics (2002) : Vol.
4, No. 4 : 209 - 215.
• Greene Richard A., James J. DiMeo, Mary E. Malone et al.- A Novel
Method for SNP Analysis Using Fluorescence Polarization,
PerkinElmer Life Sciences, P10131 rev. 07/01.
• Huang BE, Amos CI, Lin DY. Detecting haplotype effects in
genomewide association studies. Genet Epidemiol. 2007 Jun 4,
PMID-17549762.
• Human Genome Structural Variation Working Group, Eichler EE,
Nickerson DA, Altshuler D. et al.- Completing the map of human
222
Tehnici de diagnostic postnatal
genetic variation. Nature. 2007 May 10;447(7141):161-5. PMID:
17495918.
• Kwok Pui-Yan. Methods for Genotyping Single Nucleotide
Polymorphisms. Annu. Rev. Genomics Hum. Genet. 2001. 2: 235-258.
• Kwok, Pui-Yan. SNP Genotyping with fluorescence Polarization
Detection, Human Mutation (2002) 19: 315-323.
• Sripichai O, Fucharoen S. Genetic polymorphisms and implications
for human diseases. J Med Assoc Thai. 2007 Feb;90(2):394-8.
• Urayama KY, Wiencke JK, Buffler PA et al- Gene Variants, Indoor
Insecticide Exposure, and the Risk of Childhood Acute
Lymphoblastic Leukemia. Cancer Epidemiol Biomarkers Prev. 2007
Jun;16(6):1172-7.
223
Tehnici folosite în genetică
224
Tehnici de diagnostic postnatal
Definiţie
Metodele de secvenţiere permit stabilirea secvenţei
nucleotidelor în molecula de ADN, deci cunoaşterea ordinii celor
patru tipuri de baze şi astfel descifrarea informaţiei ereditare
specifice diferitelor specii şi identificarea diferenţelor inter-
individuale, inclusiv a celor implicate în determinarea unor boli.
Indicaţii
Metodele de secvenţiere au o importanţă deosebită atât
pentru cercetare cât şi pentru ştiinţele aplicate în toate domeniile
biologiei.
Permit cunoaşterea secvenţei genomice la specii foarte
diferite, începând cu organismele model (Caenorrhabditis elegans,
Saccharomyces cerevisiae, Drosophyla melanogaster, şoareci,
şobolani, primate etc.) până la cele având importanţă economică
deosebită (orez, cereale, etc.) în cadrul unor proiecte. Evident, dintre
acestea, cel mai important este Proiectul Genomul Uman, iniţiat în
1990 şi finalizat în 2003, care şi-a propus ca obiectiv principal
cunoaşterea secvenţei genomului reprezentativ la om. Identificarea
genelor, deci a secvenţelor purtătoare de informaţie ereditară care
codifică molecule de ARN sau proteine, şi a polimorfismelor
respectiv mutaţiilor genice implicate în determinarea unor boli se
continuă şi în prezent.
În practica medicală, tehnicile de secvenţiere sunt folosite în
cadrul procesului de stabilire a diagnosticului la nivel molecular în
boli genetice sau infecţioase. Secvenţierea este alternativa cea mai
bună în cazurile în care există heterogenitate alelică importantă, şi în
cazul necunoaşterii mutaţiilor unor gene cunoscute implicate în
etiologia bolilor.
225
Tehnici folosite în genetică
226
Tehnici de diagnostic postnatal
Etapele secvenţierii enzimatice:
• clonare şi obţinerea secvenţei monocatenare;
• denaturarea fragmentului de ADN dublu catenar investigat;
• sinteză de ADN în patru eprubete separate în care vectorul
monocatenar care include fragmentul investigat este matriţa pe
care se sintetizează un lanţ complementar cu ajutorul ADN-
polimerazei şi celor patru tipuri de dezoxiribonucleotid. Însă în
fiecare eprubetă un alt tip de dezoxiribonucletid este înlocuit cu
di-dezoxiribonucleotidul corespunzător în cantitate limitată.
Sinteza continuă până ce la un moment dat se incorporează
aleatoriu un analog dezoxiribonucleotidic, care produce reacţia
de terminare a lanţului. Dacă raportul dezoxiribonucleotid - di-
dezoxiribonucleotid este mare reacţia se poate produce şi destul
de târziu, după sintetizarea unor lanţuri de sute de nucleotide;
• separarea fragmentelor de lungimi diferite prin electroforeză
în poliacrilamidă sau prin electroforeză capilară. Oprirea
creşterii lanţului prin incorporare de di-dezoxiribonucleotid
indică prezenţa bazei corespunzătoare. Separarea lanţurilor
complementare se poate realiza cu uree sau cu tensiune înaltă
care prin producţia de căldură previne şi renaturarea;
• citirea rezultatului.
Interpretarea rezultatelor
Secvenţa de nucleotide se va citi direct de pe
electroforogramă pornind de la fragmentul cel mai scurt care a
migrat cel mai departe (Figura 6.12.1). Înainte de reacţie, molecula
ADN se marchează la capătul 5' radioactiv sau fluorescent, deci
identificarea fragmentelor informative este simplă prin
autoradiografie sau fluorescenţă. Rezoluţia permite citirea
diferenţelor de lungimi de un singur nucleotid.
227
Tehnici folosite în genetică
1. 2. 3. 4. Secvenţă
ddGTP ddATP ddCTP ddTTP
G
A
C
C
G
T
G
G
Principii
Metoda de secvenţiere elaborată de Maxam şi Gilbert se
bazează pe recunoaşterea şi îndepărtarea specifică a anumitor baze
(G, C) sau tipuri de baze (purine, pirimidine) din lanţul denaturat
investigat folosind diferite substanţe chimice.
Metoda de secvenţiere chimică constă în parcurgerea
următoarelor etape:
• capătul 5’ al lanţului ADN dublu catenar este marcat cu
fosfor radioactiv utilizând polinucleotid-kinază şi 32P-dATP;
• utilizând dimetil-sulfoxid şi încălzire la 90ºC se produce
purificarea şi denaturarea moleculei ADN dublu catenare;
228
Tehnici de diagnostic postnatal
• probele monocatenare sunt introduse în patru eprubete şi tratate
cu diferiţi agenţi chimici care modifică şi îndepărtează
specific bazele G sau C respectiv purinele sau pirimidinele,
după care piperidina taie lanţurile la nivelul poziţiilor unde
lipsesc bazele (Tabel 6.12.1);
G
A
C
C
G
T
G
G
229
Tehnici folosite în genetică
C. PIROSECVENŢIERE
Principiu
Această metodă de secvenţiere prin sinteză a fost dezvoltată
de Pal Nyrén la un deceniu după apariţia metodelor clasice. Se
bazează pe o reacţie enzimatică chemi-luminiscentă, iar secventierea
se produce prin sinteza lanţului complementar cu monocatena
investigată. De fiecare dată când un nucleotid se incorporează în
lanţul nou sintetizat se declanşează o cascadă de reacţii enzimatice,
care în final determină apariţia unui semnal luminos.
Utilizarea tehnicii este indicată în special pentru secvenţierea
unor fragmente scurte, detectarea de SNP şi analiza gradului de
metilare.
Etapele metodei pot fi rezumate după cum urmează:
• o matriţă monocatenară de ADN amplificată prin PCR este
hibridizată cu o amorsă folosită pentru secvenţiere şi incubată
cu ADN-polimerază, ATP- sulfurilază, luciferază şi apirază
respectiv adenozin-5´-fosfosulfat şi luciferin;
• adăugarea celor patru tipuri de dezoxiribonucleotide iniţiază
incorporarea acestora în lanţul nou sintetizat, complementar cu
matriţa, iar prin incorporare se eliberează pirofosfat;
• ATP-sulfurilaza transformă pirofosfatul în ATP în prezenţa
adenozin-5´-fosfosulfatului, iar ATP-ul duce la transformarea
luciferinei în oxiluciferin în prezenţa luciferazei, care generează
lumină vizibilă proporţional cantitativ cu ATP, respectiv
pirofosfat ;
230
Tehnici de diagnostic postnatal
• lumina produsă de reacţie este detectată de o cameră şi este
analizată de către un program de calculator. Fiecare semnal
luminos este proporţional cu numărul de nucleotide incorporate;
• apiraza îndepărtează dezoxiribonucleotidele prin degradare.
Metoda este complet automatizată, precisă şi permite analiza
unui număr mare de probe într-un timp scurt la un preţ relativ redus.
Metoda a fost ulterior dezvoltată şi a fost elaborată tehnica 454, cea
mai rapidă metodă de secvenţiere existentă în prezent, sistemul fiind
capabil de a secvenţia 20 mB în 4 - 5 ore.
Avantaje şi dezavantaje
În general secvenţierea prezintă avantajul că detectează toate
modificările şi mutaţiile sunt complet caracterizate. În schimb,
tehnica este laborioasă şi generează informaţie în exces.
În ceea ce priveşte cele trei tehnici, fiecare metodă prezintă
avantaje şi dezavantaje, în prezent fiind folosite principiile metodelor
elaborate de Sanger şi Nyren, deşi iniţial tehnica descrisă de Maxam-
Gilbert a fost mai populară.
Tehnica Maxam-Gilbert foloseşte direct proba de ADN
izolată, fără clonare, sub formă bicatenară. Datorită complexităţii
tehnicii şi folosirii unor substanţe toxice, metoda se utilizează în
prezent mai mult pentru studiul interacţiunilor ADN - proteine şi al
modificărilor epigenetice.
Sanger necesită clonare/amplificare şi foloseşte ADN mono-
catenar. Numai secvenţe scurte pot fi analizate în fiecare reacţie.
Reacţia de PCR limitează lungimea fragmentului la 10.000 pb şi
bazându-se pe amplificare, prezintă dezavantajele obişnuite ale
reacţiei de PCR. Automatizarea metodei, respectiv înlocuirea
marcării radioactive cu flurocromi şi citirea cu laser permite o
analiză rapidă şi sigură. Folosind flourocromi diferiţi pentru cele
patru tipuri de di-dezoxiribonucleotide poate fi realizată o singură
electroforeză pentru cele patru tipuri de reacţii.
Având în vederea dimensiunea genomurilor, analiza
secvenţelor mai mari este necesară şi se realizează prin clonarea unor
fragmente suprapuse, secvenţiere şi asamblare ulterior prin analiza şi
231
Tehnici folosite în genetică
Adrese utile
• http://www.jgi.doe.gov/
• http://www.jgi.doe.gov/education/how/
Bibliografie
• Dudutz Gy., Csép K. – Gyógyszeripari biotechnológia és génterápia
az ezredfordulón. Procardia, 1999;
• Friedman J.M., Dill F.J., Hayden M.R., McGilivary B.C. - Genetics.
Williams & Wilkins, 1996;
• Kopper L., Marcsek Z., Kovalszky I. - Molekuláris medicina.
Medicina Kiadó Rt, 1997;
• Paşcanu I., Csép K., Mureşan C. – Aplicaţii practice în genetica
umană. University Press, 2005;
• Strachan Th., Read A. - Human Molecular Genetics. Bioscientific
Publishers, 1999;
• Ştefănescu D., Călin G., Stefănescu F.C. - Genetică medicală -
Progrese recente. Ed. Tehnică - Seria Medicină, 1998.
232
Tehnici de diagnostic postnatal
7 TEHNICI COMPUTERIZATE DE
DIAGNOSTIC
7.1 Programe de diagnostic
Dr. Rusu Cristina
Definiţie
Programele de diagnostic sunt programe computerizate
folosite de clinicieni pentru a stabili un diagnostic precis de boală
genetică. Astfel de programe sunt deosebit de utile în practică, multe
dintre afecţiunile genetice fiind deosebit de rare (şi deci greu de
recunoscut).
Indicaţii
Se recomandă folosirea programelor de diagnostic atunci
când pacientul asociază două sau mai multe din următoarele semne
clinice care pot să sugereze existenţa unei boli genetice:
• Anomalii de creştere pre şi postnatală:
o retard de creştere intrauterină – talie > -3 DS pentru vârsta
gestaţională,
o macrosomie fetală – greutate la naştere > 4.500 g (la
termen),
o nanism proporţionat/ nu – talie > -3 DS,
o talie înaltă proporţionată/ nu – talie > +3 DS,
o microcefalie – perimetrul cranian > -3 DS,
o macrocefalie – perimetrul cranian > +3 DS;
o asimetrie corporală;
• Anomalii congenitale multiple – 3/>;
• Stări intersexuale:
o Ambiguitate a organelor genitale externe la naştere;
233
Tehnici folosite în genetică
Principii
Programele de diagnostic prezintă două componente majore:
• Program de căutare a unui diagnostic în funcţie de diferite
criterii:
o Pe baza semnelor clinice;
o După numele afecţiunii;
o După codul de clasificare internaţională (OMIM);
• Bază de date cu afecţiunile genetice – pentru fiecare afecţiune
în parte sunt furnizate:
o Rezumatul datelor semnificative referitoare la entitatea
respectivă;
o Lista de semne clinice şi paraclinice descrise la toate cazurile
din literatură;
o Fotografii ale pacienţilor;
o Bibliografia semnificativă;
234
Tehnici de diagnostic postnatal
Cea mai frecventă utilizare a programelor de diagnostic
constă în căutarea unui diagnostic specific pe baza semnelor clinice
ale pacientului. În acest scop, programul furnizează o listă de semne
clinice (pe segmente şi aparate şi sisteme). Din această listă
clinicianul selectează semnele clinice prezente la pacient şi apoi
lansează programul de căutare. Programul furnizează o listă cu
diagnosticele posibile în ordinea numărului de semne prezente. De
exemplu, dacă specialistul alege din listă 5 semne care sunt prezente
la pacient, programul va lista întâi afecţiunile care conţin toate cele 5
semne, apoi pe cele cu 4, apoi cu 3 etc. În alegerea diagnosticului
final din această listă este deosebit de importantă experienţa
clinicianului respectiv – de exemplu unele afecţiuni au fost descrise
la o singură familie în literatură, ceea ce face diagnosticul puţin
probabil, chiar dacă sunt îndeplinite mai multe semne.
Programele respective furnizează şi posibilitatea de stocare a
datelor pacienţilor proprii (date clinice + fotografii).
Pe lângă programele de diagnostic consacrate (LMD şi
POSSUM, vezi mai jos), în mai multe centre medicale mari au
început să fie introduse programe computerizate care compară
aspectul feţei pacientului cu aspectul caracteristic afecţiunii
respective. Programele respective au aplicaţie limitată (numai pentru
sindroamele cele mai frecvente) şi sunt folosite numai în câteva
centre din lume.
235
Tehnici folosite în genetică
Avantaje şi dezavantaje
În cazul London Medical Databases unul dintre avantaje este
prezentarea separată a afecţiunilor neurologice şi faptul că se poate
face căutarea nu numai în funcţie de semnele clinice, ci şi de vârsta
de debut, imagistică, date biochimice şi neuropatologice. Cel mai
important dezavantaj se referă la faptul că nu sunt incluse anomalii
cromozomiale.
POSSUM pezintă câteva avantaje majore: existenţa variantei
pe Internet (actualizată în permanenţă), includerea de anomalii
cromozomiale (categorie importantă de patologie genetică),
posibilitatea de selectare a importanţei semnului clinic pentru
diagnostic, includerea în criterii a datelor legate de etiologie şi de
evoluţia sarcinii, dar şi existenţa fişierelor cu descrierea semnelor
clinice.
Adrese utile
• http://www.lmdatabases.com/
• possum@mcri.edu.au
238
Tehnici de diagnostic postnatal
8 ASPECTE ETICE ALE TESTĂRII
GENETICE
1
Informaţia care ar putea cauza afectări grave psihologice sau
sociale poate fi temporar reţinută. Consilierul trebuie să hotărască
când persoana testată este pregătită să primească informaţia.
240
Tehnici de diagnostic postnatal
2. Respectul autonomiei pacientului
Respectul autonomiei este fundamentul relaţiei medic-
pacient, în virtutea căruia, adultul competent mintal va lua singur o
decizie, în virtutea propriilor sale valori, preferinţe sau necesităţi. Un
sistem medical bazat pe principiul autonomiei ajută pacienţii să
realizeze şi să obţină ceea ce îşi doresc, promovând astfel în mod
direct starea de sănătate fiindcă pacienţii pot decide mai bine pentru
ei decât alţii. Alt avantaj al unui astfel de sistem care acţionează ca
un factor de reglare a medicinii ca profesie liberală, este că
stimulează pacienţii să îşi asume responsabilitatea deciziilor şi
autoritatea asupra propriei vieţi. Condiţiile sine qua non sunt ca
pacienţii ar trebui să dorească să ia decizii, să dorească informaţii, să
le înţeleagă şi să le ţină minte, să analizeze adecvat problemele
medicale iar medicii evident ar trebui să poată şi să dorească să le
ofere aceste informaţii (Beauchamp, Fukuyama, May).
3. Respectul confidenţialităţii
Informaţiile obţinute în urma testării genetice au caracter
excepţional, atât prin faptul că antrenează decizii personale de viaţă,
cât şi prin aceea că pot influenţa deciziile procreative ale altor
membri ai familiei. Menţinerea confidenţialităţii asupra informaţiei
genetice întăreşte relaţia medic-pacient şi creşte autonomia
individului. Încălcarea confidenţialităţii aduce cu ea riscul
discriminării, cu atât mai mare cu cât angajatorul persoanei poate
folosi informaţia genetică în detrimentul persoanei angajate.
Pe de altă parte, a menţine o confidenţialitate absolută
impune o responsabilitate imensă pe umerii medicului, mai ales în
condiţiile în care păstrarea informaţiei (şi nerelatarea ei unor terţe
persoane din familie) ar determina consecinţe neconvenabile pentru
alţi membri ai familiei.
O situaţie specială o reprezintă folosirea probelor/rezultatelor
în diferire proiecte de cercetare; după explicaţii adecvate, se va cere
un acord de principiu “în alb” pentru accesul cercetătorilor, dar
numai după îndepărtarea semnelor de identificare a persoanei.
241
Tehnici folosite în genetică
4. Apel la responsabilitate
Odată informaţiile primite, utilizarea lor face apel la
problema responsabilităţii individuale. Aceasta are cel puţin două
dimensiuni. Prima se referă la responsabilitatea dezvăluirii
informaţiilor relevante către alţi membri ai familiei, iar a doua este
responsabilitatea altor membri ai familiei de a manipula informaţia.
Pentru început, acceptăm părerea conform căreia o persoană de bună
credinţă ar dori în mod normal să comunice informaţiile genetice
importante altor membri ai familiei, care ar putea fi interesaţi de acea
informaţie, în special dacă ar fi necesară pentru asumarea unei
anumite decizii de viitor. De asemenea, considerăm că responsa-
bilitatea principală pentru comunicarea informaţiei genetice unui
membru al familiei sau unei a treia părţi aparţine individului, şi nu
medicului, deşi acesta ar putea-o face la cererea persoanei implicate
(Beauchamp, Fukuyama, May).
242
Tehnici de diagnostic postnatal
muncă, asigurările, accesul la integrarea socială sau la alte
posibilităţi de bunăstare generală (vezi Adrese utile).
Ca urmare, genetica necontrolată ar putea deveni o putere
care să adâncească stratificarea socială.
244
Tehnici de diagnostic postnatal
2. Testarea genetică presimptomatică
În unele boli autosomal dominante cu debut tardiv testarea
presimptomatică imagistică (de exemplu, CT sau RMN în cazul
ADPKD), biochimică (de exemplu, bilanţul lipidic în hiper-
colesterolemia familială sau alte dislipidemii ereditare) şi/sau
moleculară (de exemplu în boala Huntington) poate pune un
diagnostic înaintea apariţiei manifestărilor clinice. Pentru familie
cunoaşterea statusului genetic al persoanei cu risc poate fi importantă
în planificarea familială. În principiu, consecinţele unui rezultat
pozitiv pentru pacient depind de posibilităţile actuale de tratare a
bolii sau ale complicaţiilor ei. Se pare însă că diagnosticul pozitiv
presimptomatic determină o schimbare profundă în stilul de viaţă şi
produce puternice traume psihologice. În schimb, un rezultat negativ
la o persoană cu risc de 50% de a moşteni mutaţia aduce bucurie şi
linişte (Ioan).
245
Tehnici folosite în genetică
Bibliografie
• Astărăstoae V., Gavrilovici C., Stoica O., Covic M., Probleme şi
dileme etice în genetica medicală, În Covic M., Ştefănescu D.,
Sandovici I., Genetica medicală, Ed Polirom, 555-575, 2004;
• Beauchamp TL., Childress JF., „Professional – patient relationship”
in Principles of biomedical ethics, Oxford University Press, 283-336,
2001;
• Fukuyama F., Human rights, In Our Posthuman future, Ed. Farar,
Straus and Giroux New York, 105-128, 2002;
• Gavrilovici C., Covic M., Aspecte etice la începutul vieţii. Etică şi
genetică, În Gavrilovici C., Introducere în bioetică, Ed Junimea, 77-
104, 2007;
• Ioan B., Gavrilovici C., Astărăstoae V., Testarea şi screening-ul
genetic ante şi neonatal, În Bioetica, cazuri celebre, Ed. Junimea,
67-73, 2005;
• May T., „The liberal framework”, In Bioethics in a liberal society,
Johns Hopkins University Press, 1-12, 2002;
• Sgreccia E., Tambone V., Manual de bioetică, Editura
Arhiepiscopiei Romano-Catolice Bucureşti, Bioetica şi tehnologiile de
fecundare umană.
247
Tehnici folosite în genetică
248
Tehnici de diagnostic postnatal
9 GLOSAR
Dr. Rusu Cristina
249
Tehnici folosite în genetică
251
Tehnici folosite în genetică
253
Tehnici folosite în genetică
254
Tehnici de diagnostic postnatal
• PAPP-A (pregnancy associated plasma protein A): marker seric
folosit în cadrul screeningului seric matern de prim trimestru (la
10 – 13,5 săptămâni de gestaţie) alături de β-hCG liber,
translucenţa nucală (>3 mm în săptămâna 12 de sarcină)
măsurată ecografic şi absenţa oaselor nazale (ecografic);
• PCR (Polymerase Chain Reaction): vezi Reacţia polimerizării
în lanţ;
• PKU: vezi fenilcetonurie;
• Polimorfism ADN: variaţii ereditare în secvenţa nucleotidelor,
de obicei în regiunile necodante;
• Polimorfismul lungimii fragmentelor de restricţie (RFLP):
polimorfism datorat diferenţelor în lungimea fragmentelor
alelice de restricţie, rezultat în urma unor mutaţii care abolesc
situsuri de restricţie sau generează altele noi;
• Premutaţie: în bolile cu repetiţii trinucleotidice – de exemplu în
Sindromul X fragil – o expansiune moderată a numărului de
triplete, fără efect fenotipic major, dar cu risc crescut de
amplificare când este transmisă la descendenţi, care pot fi
bolnavi;
• Probă: vezi sondă;
• Purtător: individ sănătos, heterozigot pentru o anumită alelă
recesivă;
• Reacţia Fölling: test calitativ folosit în diagnosticul
fenilcetonuriei; în prezenţa sărurilor ferice acidul fenil- piruvic
(metabolit urinar al fenilalaninei) dă în câteva secunde o
coloraţie verde;
• Reacţia polimerizării în lanţ (PCR): tehnică de amplificare a
unei secvenţe specifice de ADN prin cicluri repetate de sinteză
induse de perechi de primeri cu orientare reciprocă;
• RFLP: vezi Polimorfismul lungimii fragmentelor de restricţie;
• Screening neonatal: baterie de teste prin care se evaluează în
ziua a treia de viaţă toţi nou- născuţii în vederea diagnosticării
255
Tehnici folosite în genetică
257
Tehnici folosite în genetică
258
Tehnici de diagnostic postnatal
10 INDEX ALFABETIC
Dr. Rusu Cristina
A
• Acetilcolinesterază – 77;
• ADN fetal liber în circulaţia maternă – 87, 91;
• Afectare a acizilor organici – 43;
• Afectare a aminoacizilor – 43;
• Afectare a ciclului ureei – 43;
• Afectare a oxidării acizilor graşi – 43;
• Alfa feto- proteină (AFP) – 4, 77;
• Amniocenteză – 71;
• Amorsă (primer) – 142;
• Amprente ADN – 161;
• Amprentele ADN (Genetic fingerprinting) – 149;
• Analiza heteroduplexurilor (HDA, HA, HET) – 209;
• Analiză a fluxului de injecţie (FIA) – 46;
• Apel la responsabilitate – 242;
• Array CGH – 177;
• Array MAPH – 175;
• Array MLPA – 172;
• Asigurarea calităţii testării genetice – 243;
• ASO – 185, 219;
• Assembly PCR – 147;
• Asymmetric PCR – 147;
259
Tehnici folosite în genetică
B
• Biopsie de vilozităţi corionice – 81;
• Boală hemolitică a noului născut – 88, 92;
• Boli lizozomale – 55;
C
• Card Guthrie – 25;
• Cariotip – 105;
• Cariotip cu modificarea culorii (Color changing karyotyping,
CCK) – 118;
• Cariotip realizat din fibroblaste din piele – 110;
• CD71 – 91;
• Celule fetale în circulaţia maternă – 87;
• CGH – 123;
• Citometrie de flux – 89;
• Clonarea genelor – 149;
• Colony PCR – 148;
• Compararea expresiei genice – 151;
• Contraindicaţii cariotip – 107;
• Corpuscul Barr – 98;
• Corpuscul F – 103;
• Criterii Wilson – 25;
• Cromatina sexuală X – 97;
• Cromatina sexuală Y – 102;
• Cuantificare ADN – 138;
• Cvadruplu test – 9;
260
Tehnici de diagnostic postnatal
D
• DASH (Dynamic Allele Specific Hybridization) – 187;
• DGGE – 203;
• Diagnostic ecografic – 63;
• Dublu test – 8;
E
• Ecografie 4D sau ecografie tridimensională în timp real – 69;
• Ecografie tridimensională (3D) – 21, 69;
• Electroforeza în gel cu gradient denaturant (Denaturing gradient
gel electrophoresis - DGGE) – 203;
• Eritroblaste – 89;
• Estriol neconjugat (uE3) – 6;
• Extracţie de ADN – 135;
F
• Fenilcetonurie (PKU) – 27;
• FISH – 76, 84, 113, 151;
• FISH interfazic – 90, 116;
• FISH pe fibre cromatidiene (ECF FISH)- 116;
G
• Galactozemie – 39;
• GALT – 40;
• Gena FMR1 – 49;
• Glicoproteinoze – 58;
• Gonadotrofină corionică umană (hCG) – 6;
261
Tehnici folosite în genetică
H
• HA – 209;
• HDA – 209;
• HET – 209;
• Hipotiroidism congenital – 35;
• Hot-start PCR - 148;
I
• Identificarea sexului fetal – 88, 91;
• Indicaţii amprente ADN – 162;
• Indicaţii cariotip – 106;
• Inverse PCR – 146;
L
• LATE PCR (Linear After The Exponential PCR) – 147;
• Linii celulare (clone) – 129;
• London Medical Databases (LMD) – 235;
M
• M FISH (FISH multiplex, multicolor FISH) – 118;
• M FISH centromeric (CM FISH) – 118;
• M FISH centromeric interfazic (iCM FISH) – 118;
• Manevră Ortolani – 25;
• MAPH – 173;
• Marcaj C – 110;
• Marcaj G – 108;
262
Tehnici de diagnostic postnatal
• Marcaj în benzi – 108;
• Marcaj NOR – 110;
• Marcaj Q – 110;
• Marcaj R – 110;
• Marcaj T – 110;
• Meta-PCR – 149;
• Methylation Specific PCR (MSP) – 148;
• Metoda Maxam – Gilbert – 228;
• Metoda Sanger – 226;
• MLPA – 149, 167;
• MLPA – 76;
• Morfologie fetală din trimestrul I – 13, 63;
• Morfologie fetală din trimestrul II – 14, 64;
• Morfologie fetală din trimestrul III – 14, 64;
• Mucopolizaharidoze – 58;
• Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification (MLPA) –
149, 167;
• Multiplex-PCR – 148;
• Mutageneză – 150;
• Mutageneză întâmplătoare – 150;
• Mutageneză orientată pe situs – 150;
N
• Nested PCR – 146;
O
• Oligonucleotide specifice unei alele (ASO) – 185, 219;
263
Tehnici folosite în genetică
P
• PCR – 53, 141;
• Pirosecvenţiere ADN – 230;
• Polimorfism conformaţional al monocatenelor (SSCP) – 197;
• Polimorfism mononucleotidic – 215;
• POSSUM – 237;
• Preeclampsie – 93;
• Principiul dreptăţii şi echităţii – 242;
• Programe de diagnostic – 233;
• Puncţie de vilozităţi corionice – 81;
Q
• Quantitative PCR (Q-PCR) – 147;
R
• RACE PCR (Rapid Amplification of cDNA Ends) – 147;
• Reacţie Beutler – 39;
• Reacţie Főlling – 31;
• Real time PCR – 87;
• Respectul autonomiei pacientului – 241;
• Respectul confidenţialităţii – 241;
• RFLP – 162;
• RT-PCR (reverse transcription PCR) – 146;
S
• Scor Herman – 18;
264
Tehnici de diagnostic postnatal
• Screening ecografic pentru patologie cromozomială în trimestrul
I de sarcină – 15;
• Screening ecografic pentru patologie cromozomială în trimestrul
II de sarcină – 18;
• Screening prenatal de prim trimestru – 8;
• SDS- PAGE – 192;
• Secvenţializare ADN – 225;
• Sindrom Klinefelter – 100;
• Sindrom X fragil – 49;
• SKY FISH – 119;
• SNP (single nuleotide polymorphism) – 215;
• Sonde ADN – 114;
• Sonde centromerice (alfoide) – 114;
• Sonde de ADN complementar – 115;
• Sonde de ARN – 115;
• Sonde pentru un cromozom specific – 115;
• Sonde specifice unui anumit locus- 114;
• Sortare a celulelor activate fluorescent (FACS) – 89;
• Sortare celulară magnetică (MACS) – 89;
• Southern blotting – 155;
• Southern blotting – 53;
• Spectrometrie de masă (MS) – 43, 94;
• Spectrometrie de masă în tandem (MS/MS) – 31, 44;
• Spectrometrie de masă prin cromatografie în gaz (GC/MS) – 46;
• Spectrometrie de masă prin cromatografie în lichid (LC/MS) –
45;
• SSCP – 197;
• STR – 91, 162;
265
Tehnici folosite în genetică
T
• TAIL-PCR (thermal asymmetric interlaced PCR) – 148;
• Tehnici de înaltă rezoluţie – 110;
• Tehnici pentru evidenţierea situsurilor fragile – 110;
• Test anti-FMRP – 49;
• Test Barr – 97;
• Test Guthrie – 27;
• Test integrat – 9;
• Testarea genetică a copiilor – 246;
• Testarea genetică presimptomatică – 245;
• Testarea predispoziţiei la boală – 245;
• Teste de paternitate – 149;
• Testul de trunchiere a proteinelor (PTT) – 191;
• Tipizare ADN – 161;
• Touchdown PCR – 147;
• Triplu test – 7, 9;
• Triplu test plus – 9;
V
• Vârstă maternă avansată – 72, 81;
• VNTR – 162;
W
• Whole-Chromosome Painting – 117.
266