La mijlocul secolului XV din faimosul Imperiu Bizantin nu a mai rămas
decât capitala, împrejurimile ei şi câteva fişii de coastă. Era eminentă asedierea Constantinopolului de către sultanii turci. Sultanul Mahomed în 1451, ajungând la tron şi-a exprimat dorinţa de a cuceri capitala Imperiului. El cunoştea bine Constantinopolul pentru că în tinereţe a învăţat carte aici. Se ştie că tatăl său, Murad şi-a exprimat dorinţa de a cuceri Constantinopolul încă de la Sinodul Unionist de la Ferarra-Florenţa. In urma acestui sinod împăratul Ioan al VIII-lea Paleologul a rămas cu două corăbii, câteva pungi de galbeni şi un corp de oaste genoveză. Numărul genovezilor s-a înmulţit în următorii ani şi în 1453 în Constantinopol se afla o armată cam de 9 000 de genovezi conduşi de Giovani Justiniani. Intre 1448-1458 împărat la Constantinopol era Constantin al XII-lea Dragasis. Mahomed îşi pregăteşte o armată de 160 000 de soldaţi şi îşi îndreaptă flota spre gurile Bosforului. Armata de uscat era sprijinită de artileria grea compusă din tunuri de mare capacitate. Istoricul Franzes ne spune că acele tunuri erau capabile să arunce ghiulele de 900 de kilograme la o distanţă de doi kilometri şi au fost confecţionate de un transilvănean numit Urban. In 5 aprilie 1453 începe atacul asupra Constantinopolului. Flota este distrusă pe 20 aprilie în strâmtoarea Bosfor, iar pe uscat turcii au câştig de cauză în 28 şi 29 mai, când intră în cetate. In 30 mai sultanul Mahomed intră triumfal în Constantinopol şi cu tot eroismul dat de genovezi cetatea nu a mai putut fi salvată. Giovani Justiniani este rănit, patriarhul Atanasie fuge din cetate şi împăratul Constantin cade în luptă. Mahomed intră în Catedrala Sfânta Sofia călare şi îi mulţumeşte lui Allah pentru victorie, iar de atunci Catedrala ortodoxă a fost transformată în moschee, iar din 1924 a fost declarată Muzeu Naţional. Din 1453 Imperiul Bizantin a mai dăinuit 110 ani după care şi-a încetat activitatea. Sapte ani mai târziu turcii cuceresc Peloponezul şi Imperiul de Trapezunt. Primul gând al Impăratului a fost de a restaura Biserica Ortodoxă, pentru că a fost conştient că Patriarhul îi va fi de mare ajutor. In 1454 îl alege Patriarh pe Gheorghe Scolarios, el primind de la călugărie numele de Ghenadie. Era vorbitor de mai multe limbi străine şi a dat un act oficial prin care a arătat că Patriarhul este numit Milet Paşa, iar prin aceasta se garanta creştinilor dreptul de a-şi practica religia în schimbul peşcheşului. Cu timpul însă turcii au început să-i opreseze pe creştini în sensul că au cerut tot mai multe taxe, le-au confiscat Bisericile transformându-le în moschei, copiii le erau luaţi, bărbaţii erau obligaţi să facă parte din armata turcească, iar fetele erau duse la harem. Creştinii erau numiţi raia (vite) şi nu aveau drepturi în Imperiul otoman, nici măcar dreptul de a face parte din administraţie. Patriarhul a fost obligat să-şi mute reşedinţa la Biserica Sfinţii Apostoli şi apoi la Biserica Sfântul Gheorghe din Fanar, pentru că şi Biserica Sfinţii Apostoli a fost transformată în moschee. Biserica pe vremea lui Mahomed al II-lea
Din voinţa sultanului ca Patriarh a fost ales Ghenadie Scolarios, care a
primit din partea sultanului daruri în bani, veşminte şi un cal alb pe care îl călărea doar Patriarhul. Ghenadie alcătuieşte cu acel prilej o mărturisire ortodoxă în care prezintă învăţătura Bisericii şi relaţia acesteia cu statul. Aceasta este prima Mărturisire Ortodoxă de după Schisma cea Mare. Sultanul îi acordă Patriarhului titlul de etnarh = şef al naţiunii ortodoxe şi avea îndatorirea de a-i judeca pe creştini. Episcopii şi Mitropoliţii au continuat să fie aleşi de Patriarh şi confirmaţi de sinod. Deşi li s-a permis să aibe Biserica lor, creştinilor li s-a interzis să sărbătorească anumite evenimente, de exemplu clopotele au fost interzise şi aşa a apărut toaca. Creştinii nu aveau voie să facă propagandă printre musulmani. Promisiunile de protecţie ale creştinilor nu au fost respectate. Patriarhii au fost schimbaţi după bunul plac al sultanilor şi al vizirilor. Sub Mahomed al II-lea, care moare în 1481 au fost schimbaţi 8 Patriarhi. Urmaşii lui Mahomed, Sulim I şi Sulim al II-lea au reuşit să lărgească graniţele Imperiului, primul cucerind Egiptul în 1517, iar al doilea Mohaciul în 1526. In 1541 transformă Ungaria în Paşalâc. Cu toate acestea Apusul a fost ferit de invazia turcă pentru că la mijlocul secolului XVI a început declinul Imperiului. Creştinii au fost persecutaţi până în secolul XVIII când în urma mai multor războaie ruso-turce s-a încheiat pacea de la Cuciuc-Cainargi în 1774, iar în actele semnate s-a menţionat libertatea religiei creştine. Si în secolul XIX au mai existat cazuri în care creştinii au fost prigoniţi, de exemplu cazul Patriarhului Grigorie al V-lea, care în 1821 a fost spânzurat în ziua de Paşti. Situaţia creştinilor s-a îmbunătăţit după Razboiul de Independenţă (1877-1878) dar mai ales în secolul XX.