Translatia Transducia const n citirea ARNm de ctre ribozomi.

Aceasta se realizeaza prin dou mecanisme principale: transcripia sau copierea ADN cu formarea ARNm Translatia sau transductia, citirea ARNm de ribozomi cu formarea proteinelor

Fig. Transcripia i transducia.

Translatia se realizeaza n: - citoplasma celulelor urmata de eliberarea proteinelor in citoplasma; -organitele celulei n RE, apoi proteinele sunt transferate la AG cu destinatii diferite: membrana celular, lizozomal, mitocondrial, nucleara sau sunt exocitate. Proteinele sunt polimeri ai aminoacizilor. Aminoacizii sunt grupati in functie de polaritatea lor (tendinta de a interactiona cu apa la un pH 7) dupa cum urmeaza: nepolari, incarcati negativ polar si incarcati pozitiv polar.

Proprietatile aminoacizilor ce alcatuiesc o proteina determina forma si natura biochimica a proteinei. Ea poate fi puternic incarcata, hidrofila sau hidrofoba. Osingura proteina poate avea domenii separate cu proprietati diferite. De exemplu, proteinele transmembranare pot avea cateva prelungiri de amino acizi hidrofobi care vor ocupa loc in stratul bimolecular de lipide a plasmalemei; ar putea avea de asemenea domenii hidrofile sau incarcate polar (Fig. 3-2).

Gruparile terminale carboxyl si amino ale aminoacizilor sunt unite de o legatura peptidica pentru a forma scheletul sau structura primara a proteinei (Fig.). Aceasta secventa este structura primara a proteinei si este citita prin conventie de pe capatul amino la capatului carboxyl. Doi aminoacizi uniti de o legatura peptidica alcatuiesc o dipeptida. Peptidele cu unitati in plus sunt tri-, tetra-, pentapeptide, depinzand de numarul aminoacizilor atasati. Datorit numrului relativ mic de aminoacizi care intr n structura proteinelor, teoretic ar trebui s se formeze proteine cu masa molecular n jur de 4200. ns n realitate masele moleculare ale proteinelor au valori de peste 10 000 ceea ce a dus la concluzia c cel puin o parte de aminoacizi se repet de mai multe ori n cadrul unei molecule. A fost descoperit al 21-lea aninoacid neconventional, selenocisteina, este un component al selenoproteinelor. La mamifere sunt cunoscute 25 de selenoproteine. Selenocisteina este cisteina cu atomul de sulf inlocuit de seleniu. 31 Selenocisteina este codata de codonul UGA. Secventa aminoacizilor intr-o proteina determina natura si activitatea acelei proteine. Schimbari minore in structura primara pot altera serios activitatea acelei proteine. Un singur aminoacid substituit determina producerea hemoglobina S in anemia falciforma. Modificari minore in structura primara pot avea efecte drastice pentru organism deoarece amino acizii trebuie sa coopereze unul cu celalalt pentru a determina functia si structura proteinei. Peptidele pot avea si activitate biologica. Hormoni cum ar fi insulina, glucagon, corticotropina, oxitocina, bradikinina, si tireotropina sunt exemple de peptide (lungi de 940 amino acizi) cu o activitate biologica intensa. Cateva antibiotice cum ar fi penicilina si streptomicina sunt de asemenea peptide.

Structura secundar se refer la forma i la lungimea lanurilor polipeptidice, proprieti induse de legturile de hidrogen. Cele mai ntlnite tipuri de structura secundar sunt alpha helixul i lanurile beta. Structurile proteice helix alfa si lanturile beta (Fig. 3-5) au fost prima data descrise de catre Linus Pauling si Robert Corey in 1951. 2-5 Unele proteine, in special proteinele structurale, sunt alcatuite aproape in intregime din helixuri alfa si lanturi beta. Proteinele globulare au cantitati variate de helixuri alfa sau lanturi beta. Structura tertiara a proteinelor. Prin intermediul cristalografiei cu raze X s-a dovedit faptul c macromoleculele proteice au o conformaie tridrimensional, realizat de obicei prin intermediul cuplrii mai multor lanuri polipeptidice scurte ntre ele, cuplare care duce la formarea fibrelor proteice; legturile intercatenare pot fi principale sau secundare.

Structura cuaternar Structura cuaternar se refer la modul n care se unesc subunitile proteice. Enzimele care catalizeaz asamblarea acestor subuniti poart denumirea de holoenzime, n care o parte poart denumirea de subuniti reglatoare i subuniti catalitice.

Vedere 3 D a hemoglobinei cele 4 subuniti rou i galben, iar unitatea hemic verde.numele de hemoglobin vine este format din hem i globin, denumire ce denot faptul c hemoglobina are la baz proteine globulare cuplate cu o grupare hem . Proteine care au structura cuaternar sunt:hemoglobina, ADN polimeraza, canalele ionice, nucleozomii i nanotubulii, care sunt complexe multiproteice. Fragmentele proteice pot suferi transformri n structura cuaternar, transformri care se reflect fie n structurile individuale fie n reorientrile fiecrei subuniti proteice. Celulele consuma multa energie in coordonarea sintezei proteinelor in asa fel incat proteinele corecte sunt disponibile la momente specificie si in cantitati bine stabilite. Pierderea acestei expresii controlate va determina fenotipuri anormale. Totalitatea proteinelor produse de un genom formeaza un proteom. Proteomul uman este de 10 ori mai mare decat genomul acestuia. 1 Motivul este ca o singura gena poate da nastere mai multor proteine datorita lipirii alternative si a altor modificari posttranscriptionale sau posttranslationale.

Tipuri de proteine
n funcie de compoziia lor chimic ele pot fi clasificate n:

Holoproteine cu urmtoarele clase de proteine o Proteine globulare (sferoproteine) sunt de regul substane solubile n ap sau n soluii saline: protaminele, histonele, prolaminele, gluteinele, globulinele, albuminele. o Proteinele fibrilare (scleroproteinele) caracteristice regnului animal, cu rol de susinere, protecie i rezisten mecanic: colagenul, cheratina i elastina.

Heteroproteinele sunt proteine complexe care sunt constituite din o parte proteic i o parte prostetic (parte dintr-o molecula de *heteroproteina care nu este compusa din aminoacizi); n funcie de aceast grupare se pot clasifica astfel: o Glicoproteine o Lipoproteine o Nucleoproteine

Codul genetic

Natura unei gene si descifrarea codului genetic a fost clarificata de catre Francis Crick, Marshall Nirenberg, Philip Lender, Gobind Khorana si Sydney Brenner.(8-10). Codul genetic nu este in sine o informatie dar este un dictionar pentru traducerea secventei realizata prin combinarea celor 4-nucleotide ale ADN, corespunzatoare celor 20-aminoacizi ce structureaza proteinele. Relaia triplet/aminoacid poart numele de cod genetic Pana in 1965, toti cei 64 de tripleti sau codoni au fost repartizati aminoacizilor (Fig.3-7). Limbajul nucleic se scrie cu 4 litere (A,G,C,T). Dac o liter nucleic s-ar traduce printr-un aminoacid ar rezulta 4 aminoacizi. Grupnd literele nucleice n cuvinte de cte 2 litere se vor forma 16 cuvinte ce codifica 16 aminoacizi. Grupnd literele cte 3 n cuvinte vor rezulta 64 cuvinte ceea ce permite exprimarea celor 20 de aminoacizi i a semnelor de punctuaie Principala caracteristica a codului genetic este redundanta (mai multi codoni codifica un aminoacid), exceptie fac metionina si triptofanul care sunt codificati de un singur codon. Exist mai muli codoni n codul genetic dect aminoacizi i semne de punctuaie. Tripletii ce codifica acelasi AA au primele doua baze similare, diferenta o face cea de/a treia. Codonul AUG codifica metionina si da startul translatiei. Toi codonii n care a II-a liter este U corespund aminoacizilor hidrofili, deci au proprieti fizice apropiate.. Trei codoni, UAG, UAA si UGA ce termina sinteza proteinelor sunt denumiti codoni nonsens sau STOP. Cel mai apropiat codon STOP este cel al triptofanului. O schimbare a oricruia sau a celor 2 guanine determin formarea codonului STOP i deci se oprete transducia. Dar acest codon corespunde unui aminoacid foarte rar ntnlit n structura proteinelor obinuite. Mutatiile in secventa ADN-ului vor avea efecte diferite asupra fenotipului in functie de modificarile rezultate in secventa AA. In consecinta, mutatiile variaza de la nesemnificative la drastice in privinta efectelor asupra fenotipului.

 Figura 3-7 Codul genetic. Codonii sunt cititi ca nucleotidele in coloana stanga, apoi randul de sus, apoi coloana din dreapta. De notat cum sunt pana la 6 codoni pentru un singur AA. Doar metionina si triptofanul au un singur codon. Codonul UGA codifica selenocisteina. Selenoproteinele au codoni UGA in mijlocul regiunilor lor de codificare. In absenta seleniului, sinteza proteinelor se opreste prematur in aceste gene.

Codul genetic este acelai pentru toate vieuitoarele biosferei (universal). Exist cteva variaii (codoni responsabili de biosinteza proteinelor din mitocondrii). Cu mici exceptii repertoriul AA este limitat la 20 in toate organismele, indiferent de mediul de cresterea. Organisnele termofilice si criofile sunt adaptate pentru cresterea la 1000C si respectiv temperaturi sub 00C, nu prin folosirea AA structural diferiti ci prin varietatea de combinatii de AA. Studiile recente au aratat ca este posibila manipularea codului genetic pentru introducerea de AA modificati (13,14).

Translatia Sinteza proteinelor incepe cu activarea AA Aminoacizii liberi din citoplasm sunt substraturi pentru sinteza proteinelor. Activarea aminoacizilor este catalizat prin enzime specifice: aminoacyl-ARNt sintetaze. Exist cel puin una pentru fiecare din cei 20 aminoacizi. Aceste enzime au o dubl specifictate: -ele recunosc specific un aminoacid i -un ARNt specific, nencrcat corespondent aminoacidului.

Fig. Activarea aminoacizilor Aminoacil ARNt-sintetaza hidrolizeaz un ATP n AMP apoi activeaz aminoacidul legnd fraciunea acid la fosfatul AMPc. Pirofosfatul este distrus n totalitate de o pirofosfataz. Aminoacidul astfel activat este transferat cu legtura sa bogat n energie, pe una din funciunile alcool secundare ale ribozei AMP3 dand nastere unui ARNt ncrcat. Acesta se leag, apoi de ribozomi pentru a sintetiza proteinele (Fig.47). . . Aminoacil ARNt-sintetaza sunt impartite in doua clase, I si II. Ele interactioneaza prin deschiderea mare cu aminoacidul si prin deschiderea mica cu bratul tARN acceptor. Ambele clase recunosc deasemenea tARN-urile prin secventa anticodon, iar AA datorita lanturilor laterale. Doar tARN-urile potrivite si AA se vor integra in aminoacil ARNt sintetaza cu aceeasi origine (Fig.). Un AA legat intamplator la o aminoacil-ARNt-sintetaza va disocia rapid inaintea schimbarii conformatiei si inainte ca incarcarea sa se produca. La un alt nivel de editare, tARNurile aminoacilate incarcate sunt hidrolizate la punctul de eliberare din enzime (16). Odata ce AA este esterificat in tARN, nu se face nici o diferenta in specificitatea adaugarii la proteina. Fidelitatea translatiei este determinata de anticodonul (trei baze complementare codonului specific AA) tARN cu rol de adaptor intre mARN si proteina in dezvoltare.

Sinteza proteinelor Translatia are loc in ribozomi, ribonucleoproteine mici observate initial cu ajutorul microscopiei electronice pe celule animale. In anii 50, Zamecnick a demonstrat ca aceste particule sunt locatia sintezei proteinelor la bacterii(17). Sunt aproximativ 20.000 de ribozomi intr-o celula de E.coli, insumand aproximativ 25% din greutatea umeda celulei. Structura ribozomala este similara la procariote si eucariote (Fig.). La procariote, ribozomii 70S sunt asamblati dintr-o subunitate mica 30S si o subunitatea mare 50S, in asociere cu mARN-ul si factorii de initiere. (S vine de la unitati de sedimentare in centrifugarea pentru gradientul de densitate, metoda folosita in determinarea marimii proteinelor si complexurilor de proteine). Subunitatea 30S (1 milion daltoni) este compusa din 16s ARN ribozomal si 21 de proteine ribozomale. Subunitatea 50S (1.8 milioane daltoni) este compusa din 5S rARN, 23S rARN si 34 de proteine ribozomale. Ribozomii eucariotelor sunt putin mai mari (80S) cu structura mai complexa cu o subunitate mica (40s 1.3 mil. daltoni) si o subunitate 60S (2.7 mil. daltoni). Subunitatea 40S este alcatuita

dintr-un rARN 18S si aproximativ 30 de proteine ribozomale. Unitatea 60S contine un rARN 5S, un rARN 5.8S, unul 28S si aproximativ 40 de proteine ribozomale. Sinteza proteinelor in ribozom incepe aproape intotdeauna cu metionina AA la eucariote si Nformilmetionina la bacterii, mitocondrii si cloroplaste. Factorii de initiere ce participa in formarea complexului ribozomal, diferentiaza tARN-urile metionil initiatoare de acele care adauga metionina in interiorul proteinelor.

In translatia proteinelor, subunitatea ribozomala mica se leaga initial la factorul de initiere (IF-3) si apoi la secventa specifica langa terminatia 5 a mARN-ului, locatia de legatura ribozomala (ribosomal binding site). Aceasta ghideaza codonul AUG (codonul de Start) spre locatia corecta in subunitatea ribozomala. Un alt factor initiator, IF-2 se leaga de GTP si tARNMET sau tARN fMET , apoi se alatura complexului. (Fig. 3-9). Unitatea mare ribozomala se asociaza cu subunitatea mica; prin hidroliza GTP se elibereaza GDP si fosfat, ARNt MET se leaga de IF-2 si IF-3. Ribozomul 70S si 80S rezultat este functional si reprezinta complexul de initiere. In acest complex, tARNMET sau tARN fMET sunt situate in locatia peptidil (P site) a ribozomului functional. tARNMET sau tARN fMET se pot lega doar la locatia P a ribozomului, formata din ambele subunitati functionale. In contrast, toate celelalte tARN-uri se leaga la o locatie adiacenta, locatia aminoacil (locatia A) a ribozomului. Sinteza incepe in etapa de elongare unde tARN-ul ce poarta urmatorul AA se leaga la locatia A a ribozomului intr-un complex cu factorul de elongare Tu (Ef-Tu) si GTP (Fig. 310). Potrivirea tARN are loc prin recunoasterea si apoi corectarea perechilor de baze codon-

anticodon. Hidroliza GTP de catre Ef-Tu intervine intre acesti doi pasi(18). EF-Tu-GDP este eliberat iar EF-Tu-GTP este regenerat de catre alt factor de elongare, EF-Ts. Desi aceste interactiuni asigura imperecherea precisa a pozitiilor primilor doi codoni, imperecherea la pozitia a treia nu este asa stricta, reprezentand zigzagul din codul genetic (19). Prima legatura peptidica este formata intre AA in locatiile A si P prin transferul gruparii Nformilmetionil la gruparea amino a AA secundar, lasand un tARN-dipeptil in locatia A. Acest pas este catalizat de activitatea enzimatica din subunitatea mare, peptidil transferaza.

Figura 3-9 Ansamblul subunitatii ribozomale mici cu mARN, apoi subunitatea ribozomala mare si incarcata tARN initiind sinteza (initiere).

Protein Synthesis
AMINE H H N C
ANYTHING

O C

ACID OH H H C H H

Alanine
O C C OH H H H

Serine
O C C C HO H OH

Amino Acid

H
H

H2 O
H H

H
N C C

O C H H

H
N C C

O C OH

HO

Legarea tARN-urilor incarcate si formatia legaturii peptidice produc polipeptida crescatoare (elongare). Cativa ribozomi pot citi simultan un singur mARN (complex poliribozomal). Cand complexul intalneste un codon nonsens, sinteza proteinelor se opreste, iar componentele sunt reciclate. Aceasta activitate poate fi mediata in intregime prin intermediul ARN, deoarece nu exista nici o proteina in vecinatatea locatiei active a ribozomului unde apare formatiunea de legare a peptidelor(20).

Fig.53 Incorporarea unui aminoacid.

Figura 3-10 tARN-urile incarcate care vin, se leaga la locatia A a ribozomului, ghidate de complementaritatea bezelor codon-anticodon. Dupa formarea legaturilor peptidice dintre AA-ul sosit si peptida in crestere, ribozomul se misca spre codonul urmator in mARN, translocand peptida catre locatia P si creand alta locatia A pentru urmatorul tARN. Dupa formarea legaturii peptidice, ribozomul se misca, schimband tARN-ul-dipeptidil din locatia A la P si eliberarea tARN fara aminoacid din loctia E a ribozomului. Aceasta miscare (translocatia) tARN pe o distanta de 20 angstromi de la locatia A la P si 28 angstromi de la P la E, necesita factorul de elongare EF-G. Cum complexul ribozomal se misca de-a lungul mARN, lantul peptidic in crestere este intotdeauna atasat la AA ce vine. Doua GTP sunt hidrolizate in GDP cu adaugarea fiecarui AA. Aceasta translocare dependenta de energie apare cu schimbarea si rotatia subunitatilor ribozomale (Fig. 3-11)(21). In timpul translatiei, polipeptidele crescande incep sa se plieze in forma matura. Acest proces este asistat de chaperonii moleculari (molecular chaperones)(22), proteine specializate care se leaga la subunitatea ribozomala mare, formand un buzunar hidrofobic ce retine polipeptidele emergente (Fig. 3-12). Chaperonii protejeaza aparent regiunile hidrofobe ale peptidelor neterminate pana cand pot fi asociate in cadrul proteinei. In absenta acestei activitati, proteinele neterminate se pot lega intre ele si forma agregate nonfunctionale. Chaperonii stabilizeaza lanturile de polipeptide in timpul transportului in interiorul intracelular mai exact in organite. Proteina ADNK a E. coli poate deasemenea sa se comporte ca un chaperon prin legarea la regiunile hidrofobice ale polipeptidelor emergente(23). Partea terminala a lantului AA este semnalizata de unul dintre acesti trei codoni non sens sau terminali, UAA, UAG sau UGA care nu sunt incarcate cu AA. Cand ribozomulul intalneste un codon terminal sau factorul de eliberare (R1, R2 si S in E.coli), provoaca: hidroliza polipeptidelor terminate din tARN-ul final, cu eliberarea tARN-ului respectiv din ribozom si disocierea subunitatilor mari si mici. La eucariote, codonul STOP se leaga cu factorii de eliberare din lantul polipeptidic (eRF1 si eRF3) care declanseaza hidroliza tARN-peptidil printr-o peptidiltransferaza situata in centrul ribozomului (24,25). E coli poate sintetiza o proteina cu greutate de 300-400 in 10-20 secunde. Deoarece proteina ia forma secundara dupa ce este sintetizata, aceasta are deja conformatia finala atunci cand este eliberata din ribozom. La bacterii, translatia si transcriptia intervin simultan.

In celulele nucleate, majoritatea translatiilor apar in citoplasma. Cercetari recente sugereaza ca translatia s-ar putea desfasura si in nucleu. S-a constatat ca nucleii contin factori necesari pentru translatie (26,27). Nucleii izolati pot aminoacila tARN-urile si incorpora AA in proteine. Un alt suport pentru translatia nucleara este acela ca degradarea ARNmmediata de codonii nonsens (nonsense-mediated decay)NMD. Degradarea ARN-urilor mesager prin codoni de terminare prematura, a fost evidentita si in nucleii mamiferelor. Mai multe investigatii, au aratat ca NMD pot sa nu apara in nucleii eucariotelor inferioare (28). Ca si la procariote, translatia nucleara poate necesita transcriptie concurenta. (29,30)

Figura 3-12 Chaperoni moleculari prind peptidele in crestere odata ce acestea emerg din locatia activa. Peptidele trec prin stadiile retinere (stanga), pliere (centru), eliberare (dreapta). Cand proteina este sintetizata si eliberata complet din ribozom, ar trebui sa fie in starea de pliere. Cadrul de citire Cadru de citire al ARNm Poziionarea mesagerului n raport cu ARNt de la metionina iniial determin cadrul de citire a transduciei. ARNt a metioninei ocup unul din cele dou situsuri de fixaie a ARNt pe ribozom: situsul P (el conine peptide n curs de sintez). Codonul AUG a mesagerului se hibrideaz n sistusul P cu anticodonul complementar din ARNt al metioninei plasnd mesagerului codonii urmtori (N1, N2, N3) s apar n celelalte situsuri de fixare (situsul A sau aminoacizi) ntruct va servi la fixarea noilor aminoacizi ncorporai, Nucleotidul N1 va fi tot timpul primul al fiecrui codon (Fig. 51).

Fig. 51. Cadru de citire.

Peptide semnal Peptidele semnal sunt lanuri formate din civa aminoacizi (15-20) situai la extremitatea NH2 terminal a proteinelor traduse, semnalnd locul unde trebuie s fie excretat proteina din celul. Atunci cnd o protein este sintetizat, structura sa secundar sau teriar se construiete din nou i pe msura transduciei este eliberat n citoplasm.

Dac aceast protein este destinat membranei sau organitelor celulare, partea codant a ARNm ncepe printr-o secven de civa aminoacizi ca adres pentru ncorporarea ei. Aceste peptide orienteaz destinaia proteinelor; ncorporarea n membran (RE, AG, plasmalem, lizozomi) n mitocondrii sau in vezicule condensate pentru exocitoza. Pentru c funcia sa este de a penetra prin membrana RE structura sa este bogat n aminoacizi hidrofobi (Phe, Leu, Ile, Met, Val). Fiecare organit prezint un mecanism de recunoatere i ncorporare numai a proteinelor necesare i specifice lui. Aceast recunoatere se realizeaz datorit unei secvene de aminoacizi pe care o conine proteina respectiv, secvena semnal, i a unui receptor specific care recunoate proteina i o internalizeaz. Dup ce proteina a ajuns la destinaie, secvena semnal este eliminat prin digestie proteolitic, iar n cazul receptorului, acesta este eliberat i reciclat. Poliribozomii i peptidele semnal Poliribozomii care se formeaz pe un mesager coninnd o peptid semnal, au o evoluie uor diferit. Transducia se oprete cu puin dup sinteza peptidei semnal. Se tie c peptida semnal interacioneaz direct cu membrana reticulului endoplasmatic. Acest lucru este posibil datorit particulei de recunoatere a semnalului SRP. SRP este constituit din diferite proteine i un ARN 7S.

Fig. Structura particulei de recunoatere a semnalului.

Imediat ce interaciunea peptidei semnal cu SRP are loc n afara structurii ribozomilor, i se leag, acesta inhib elongaia (Fig. 57) Traducerea se oprete pn cnd SRP este recunoscut de un receptor al membranei RE. Imediat ce aceast legtur este stabilit ribozomul este legat de ribozomii din membrana RE lng un complex proteic. Acesta contribuie la formarea unui canal apos de transport al proteinelor cunoscut sub numele de translocon, prin care proteina nou format trece n lumenul, apoi n cisternele RE. Deci canalul se deschide i elongaia se reia. La faa intern a membranei RE o endopeptidaz specific sau peptidaza semnal va seciona peptida semnal i sinteza se va desfura pn la terminare. SRP se elibereaz n citosol i traducerea este ncheiat.

Fig. Sinteza proteinelor la nivelul RER. Proteina n final poate fi ncorporat ntr-o membran datorit secvenei semnal de ancorare (fig. ) sau exportat pentru traversarea AG ctre exteriorul celulei.

Fig. Proteine sintetizate i ncorporate n membrane datorit secvenei semnal de ancorare.

Adresarea proteinelor ctre mitocondrii face apel la un alt tip de peptid de adresare care conduce peptidele prin traversul membranei mitocondriale n matrice sau n endomembrane. Produii primari de traducere coninnd peptide semnale sunt denumii preproteine, de exemplu preproinsulina, hormonul preproparotidian, etc.

Modificri posttransducionale Numeroase modificri chimice se produc dup ncorporarea aminoacizilor n structura primar a proteinei (transducia); ele se numesc modificri posttransducionale. Se disting i modificri cotransducionale care se produc atunci cnd transducia se desfoar i cnd peptidele formate sunt nc ataate la ribozom n celul, n organite sau n afara celulei. Astfel de modificri sunt: 1. Proteoliza: fragmentarea peptidei semnal. Proteoliza este o etap important in maturarea multor proteine. Sunt implicate in clivarea a lantului polipeptidic a secvenei semnal. Secventa semnal sau tinta este secretat i va fi recunoscut de receptori din plasmalema membranei bacteriiilor sau a reticulului celulelor eucariote in timp ce translatia se desfasoara. Peptidaza semnal este o proteaza membranara specifica care cliveaza secventa semnal dupa ce lantul de polipetide trece prin canalul membranar in timpul translatiei. Enzimele active sau hormonii, ex. insulina se formeaza prin clivarea dintr-un precursor mai mare.

Glicosilarea este un proces prin care mai multe proteine in special din celule eucariote sunt modificate prin aditia de carbohidrati. Glicoproteinele sunt proteine la care adera lanturi de carbohidrati. Glicoproteinele sunt clasificate ca N likate sau Olikate in functie de situsul atasare a lantului de carbohidrati, ex. SerO, AsnN.

Ataarea lipidelor sau acilare N miristilare este un proces prin care acidul miristic este atasat la un reziduu glicine amino terminal.

: - tipuri specifice de lipide sunt atasate la atomi de sulf in interiorul lantului de cisteina este localizat langa C terminal al lantului de polipeptide.

- Palmitilarea este un tip de modificare a acizilor grasi in care acidul palmitic adera la atomii de sulf din interiorul sau a rezidurilor interne de cisteina.

 Unele proteine din celule eucariote sunt modificate prin atasarea lipidelor la lanturile de polipeptide. Glicolipidele sunt lipide care sunt legate de oligozaharide si apoi se aduga grupul C carboxi terminal, al unor proteine care servesc la atsarea sau ancorarea proteinelor la partea externa a membranei celulare. Glycosylphosphatidylinositol, sau ancorare GPI anchors, sunt glicolipide care sunt atasate la proteine ce contin fosfatidilinozitol.

Fosforilarea proteinelor. Protein kinazele catalizeaz fosforilarea proteinelor prin transferul grupului fosfat de la ATP la grupul hidroxil al reziduurilor din interiorul lanturilor de serina, treonina sau tirosina.

 Protein-serine/threonine kinases sunt protein kinaze care fosforileaza reziduuri de serina si treonina Protein-tyrosine kinases sunt proteikinaze care fosforileaza rezidurile de tirozina.. Protein phosphatases actioneaza ca reversprotein-fosforilaze si catalizeaza hidroliza sau fosforilarea reziduurilor de aminoacizi.

Hidroxilare (OH-Pro; OH-Lys; OH-Asp. Metilare (CH3-His) carboxilare CO2-Glu; Dezaminarea citozinei Fosforilare: P-Sev, P-Thr, P-Tyr, P-His Legarea unui cofactor: Metal, Flavine, Hem Blocajul extremitilor pyroGlu; carboxihemide . Plierea proteinelor. Protein disulfid isomeraza sau PDI, catalizeaz formarea legturilor disulfhidrice si joaca un rol important prin promovarea schimbului rapid intre acestea. Peptidyl prolyl isomerase este o enzima catalitic care joaca un rol important in plierea unor proteine.

2. 3. 4. 5. 6.

7. Se numete protein matur, forma chimic definitiv pe care proteina n momentul n care i ndeplinete funcia n organism. Organizarea structural a proteinelor Lanurile polipeptidice ale proteinelor se pliaz n diferite moduri att n cadrul propriului lan dar i ntre lanurile vecine adic intracatenar i intercatenar. n funcie de plierea lanuril or se disting proteine cu structur secundar, teriar i cuaternar (fig.).

Fig. Proteine cu structur primar, secundar, teriar i cuaternar. Acest mod de pliere este esenial pentru activitatea biologic a proteinelor i aceast organizare complicat este cea care trebuie conservat pe parcursul procedurilor implicate n purificarea proteinelor. Mult timp s-a considerat c modurile de pliere ale lanurilor polipeptidice sunt determinate numai de secvena aminoacizilor din lan. Astzi s-a stabilit c proteinele avnd aceeai secven a aminoacizilor pot exista n forme diferite de mpachetare i c astfel de plieri pot fi influenate de prezena altor proteine cunoscute sub numele de molecule supraveghetoare tip scufi chaperones.

Fig. Proteine supraveghetoare tip scufi chaperones. Denaturarea i renaturarea proteinelor O protein care posed o proprietate biologic proprie, unic, se numete protein nativ i ea se deosebete de proteina ce i-a pierdut aceast proprietate i pe care o numim de aceea denaturat. O protein denaturat i-a pierdut structura tridimensional sau n ali termeni conformaia sa.

Fig. Denaturarea reversibil a proteinelor. Denaturarea poate fi reversibil sau ireversibil. Un exemplu de denaturare ireversibil este cea termic aplicat la fierberea unui ou; albuul oului (albumina) se coaguleaz astfel ireversibil. De fapt acesta este un eveniment obinuit n timpul gtitului care face ca proteinele s fie mult mai uor atacabile de ctre enzimele proteolitice dup ingestia mncrurilor. Denaturarea reversibil se poate realiza prin folosirea atent a unor reactivi ca ureea i mercaptoetalonul. Ureea distruge structura apei i de aceea limiteaz interaciunile hidrofobe ale catenelor laterale R i a resturile de aminoacizi, ceea ce duce la deplierea i la disocierea

moleculelor proteice. Mercaptoetanolul reduce legturile S-S. De aceea la ndeprtarea ureei i a mercatoetanolului, proteina s-ar putea renatura.

Fig. Denaturarea reversibil sub aciunea mercatoetanolului reduce legturile S-S. Renaturarea este interpretat ca o dovad n sprijinul ipotezei c o protein avnd o structur primar corect se va plia n mod spontan conducnd la structura unic responsabil pentru activitatea sa biologic. Acest fenomen este denumit autoansamblare a proteinei. Astzi se tie c renaturarea proteinelor poate fi produs pe dou ci. Una implic proteina disulfid izomeraza o enzim care are rolul de a corecta legturile S-S greit formate. A doua cale implic structurile tip chaperone moleculare la care s- a mai fcut deja referire. Ele se pot defini ca o familie de proteine din clase nenrudite care mediaz asamblarea corect a altor polipeptide dar care nu sunt componente ale structurilor funcionale asamblate. Degradarea proteinelor Degradarea intracelular a proteinelor se realizeaz prin dou sisteme generale: sistemul lizozomal i sistemul ubiquitinei. Sistemul ubiquitinei. Ubiquitina este o polipeptid acid de 76 aminoacizi care este prezent efectiv n toate tipurile celulare, de unde i numele su. Ubiquitina este activat prin interaciunea ATP cu 2 enzime. Complexul rezultat se ataeaz de proteina int ce urmeaz a fi degradat. Nu se tie n totalitate modul cum sunt selectate proteinele-int pentru degradare, dar s-a constatat o corelaie strns ntre natura aminoacidului N-terminal i a acelora care l urmeaz, cu timpul de supravieuire a unei proteine ntr-o celul. Figura. arat distrugerea programat a proteinelor citosolice prin sistemul de reperare al ubiquitinei. Aceste evenimente au loc ntr-un complex multiproteic numit proteazom (proteasome), a crui structur este acum cunoscut.

Fig. Degradarea proteinelor de ctre ubiquitinei.