Tema pentru perioada

23-27.03.2020
De rezolvat pâna pe 24.03.2020 (data din ziua seminarului)
 Universitatea de Stat de Medicină și Farmacie
”Nicolae Testemițanu”

Catedra de biochimie și biochimie clinică

BIOCHIMIE

Ghid de lucrări practice

pentru studenții Facultății Medicină

Student: Stici Vlada

Grupa: M1809

Profesor: Simionică Eugeniu

 Bibliografia recomandată

A. Obligatorie
1. Lîsîi L. Biochimie medicală (ediţia a doua). Chişină u, 2007.
2. Champe P.C., Harvey R.A., Ferrier D.R. Biochimie ilustrată . Ed. 4-a. București. Editura
medicală Calisto, 2010.
3. Dinu V., Truţia E., Popa-Cristea E., Popescu A. Biochimie medicală . Mic tratat. Bucureşti,
1996.
4. Lîsîi L. Biochimie. Teste. Test-minim. Chişină u, 2008.
5. Lîsîi L. şi alţii. Biochimie. Lucră ri practice. Chişină u, 2002.
6. www.biochimie.usmf.md. (Indicaţii metodice, suport teoretic).

B. Suplimentară
1. Nelson D.L., Cox M.M. Lehninger A. Principles of Biochemistry. Sixth Edition. 2012.
2. Bhagavan  N.V., Ha Chung-Eun. Essentials of Medical Biochemistry: With Clinical Cases.
Academic Press; 1st edition, 2011.
3. Campbell P.N. Smith A.D. Biochemistry illustrated. Internatinal edition, 2000
4. Murray R.K., Granner D.K., Mayer P.A., Rodwell V.W. Harper’s illustrated Biochemistry.
26-th international edition, 2003
5. Champe Pamela C., Harvey Richard A. Biochemistry. Lippincott’s Illustrated Reviews.
Gavriliuc Ludmila. Biochemistry. Lectures for student of Medical Departments. 2009.
6. Lehninger A.L. Principles of Biochemistry The Johns Hopkins University School of
Medicine, Worth Publishers Inc., 2007.
7. Metzler D.E. Biochemistry. The chemical reactions of living cells. Second edition, vol.1-2.
Academic Press, 2003
8. Marshall W.J. Clinical Chemistry. 4th edition, Mosby press, UK, London, 2000
9. Stryer L. Biochemistry. Freeman and Company, San-Francisco, USA, 2000.
10. Березов Т.Т. Коровкин Б.Ф. Биологическая химия. Издание второе. Москва, 1998.
11. Николаев A. Биологическая химия. Москва, 1989. www.biochemistry.ru. Северин
Е.С. Биохимия. Учебник для вузов. 2-е издание. Москва, 2004.
12. www.biochemistry.ru. Березов Т.Т. Коровкин Б.Ф. Биологическая химия. Издание
третье. Москва, 1998.
13. www.biochimie.usmf.md
 Capitolul VI. Metabolismul nucleoproteinelor
23-27.03.2020
Tema nr. 23
Biosinteza ADN – replicarea. Reparaţia ADN şi mutaţiile.
Mecanismele biochimice ce stau la baza expresiei genelor – transcripţia

Nivel iniţial de cunoștințe

1. Tipurile de acizi nucleici, funcţiile şi repartizarea lor în celulă .
2. Constituenţii acizilor nucleici: bazele azotate, pentozele, acidul fosforic.
3. Nucleotidele: structura, rolul. Lanţurile polinucleotidice. Legă tura fosfodiesterică .
4. Dogma centrală a biologiei (geneticii) moleculare.
5. Structura genelor la procariote şi eucariote.

Subiecte pentru discuție la seminar (dați răspuns succint la întrebările marcate)

1. Replicarea ADN la procariote – matrița, substraturile, enzimele şi factorii proteici.

Mecanismul biochimic şi etapele biosintezei ADN. Inhibitorii replicării – mecanismul
de acțiune și rolul biomedical (aciclovir, foscarnet, doxorubicina).
Particularităţi:
Locul: În nucleoid
Matriţă: ADN bicatenar
Substraturi: dezoxiribonucleozid trifosfaţii: dATP, TTP, dGTP, dCTP;
ribonucleozid trifosfaţii: ATP, GTP, CTP, UTP
Enzimele şi factorii proteici: Helicaza ( Proteina DnaB), Single stranded proteins
(SSBs), Topoisomerazele - I şi II, Primaza, ADN polimeraza ( ADNp I, II, III, IV,V,
ADN ligaza.
Mecanismul biochimic: 3 etape 1. Iniţierea Formarea furcii de replicaţie-
participă helicazele şi primazele
Sinteza primerului- participă primaza
2. Elongare - participă ADN polimeraza III,I, ADN ligaza;
- necesită NAD;
-decurge în direcţia 5’- 3’
3. Terminarea-Situsurile Ter forţează cele două bifurcaţii de replicare să se întîlnească
într-un punct specific, sunt locurile de legare ale proteinei Tus. Tus poate inhiba
progresiunea bifurcaţiei de replicare direct prin legarea de DnaB helicază, inhibând
dezrăsucirea helixului.
Inhibitorii replicării:
1.Acyclovir - este un analog structural al dezoxiguanozinei.
 Mecanism de acţiune:
Fosforilat de timidin kinaza virală- kinzele celulei gazde => Acyclovir -GTP = forma
activa.
Este utilizat de ADN polimeraza virală ca substrat pentru sinteza ADN-ului.
se incorporeaza în ADN –ul viral, în locul guanidinei, rezultând un ADN nefuncţional.
Blocheaza ireversibil ADN polimeraza virală. Rol medical - Tratamentul herpesului
2.Foscarnet(acidul fosfonoacetic)
Mecanism de acţiune:
Se ataşează direct la ADN si ARN polimerazele virale în situs-urile de legare ale
pirofosfatului (inhibă legarea ADN-polimerazelor şi a reverstranscriptazei de substrat).
Se administrează intravenos.
Rol Medical:
Tratamentul herpesului
- infecţii herpetice din SIDA, rezistente la Acyclovir
- retinite determinate de virusul citomegalic în SIDA
3.Dexorubicina
Mecanism de acţiune:
Interactionează cu ADN intercalându-se și impiedică funcționarea topoizomerazei II,
relaxează supetorsiunile in DNA astfel stopează replicarea . 
Doxorubicin mai induce evacuarea histonelor din cromatină. Și ca resultat,  raspuns
inadecvat la reglarea transcripției, epigenomul și transcriptomul dereglat ăn celulele
expuse la doxorubicină.
Rol medical: Administrată în chimioterapia tumorilor: cancerului mamar metastatic, la
paciente cu risc cardiac crescut, cancerului ovarian în stadiu avansat, mielomului multiplu
progresiv, sarcomului Kaposi (SK) corelat cu SIDA.

2.Particularită ţile replică rii la eucariote. Telomerele şi telomeraza. Structura

telomerazei. Rolul biomedical al telomerazei.
Particularităţi:
Prezenţa telomerazei.
ADN polimerazele: αβγδ
 α- implicată în replicarea ADN nuclear- responsabilă de sinteza catenei întârziate –
sinteza primerilor
 δ – răspunde de sinteza catenei lider. Ea manifestă acţiune exonucleazică
 β – implicată în reparaţia ADN
 γ - implicat în replicarea ADN mitocondrial, acţiune exonucleazică
Telomerul – sunt segmente de ADN repetitiv GGGTTA
Telomeraza - E specifică ce replică telomerele, reprezintă o ribonucleoproteidă:
ARN şi proteină.
Rolul biomedical: Determină numărul telomerilor iar aceştia la rândul lor durata de viaţă
a fiecărei cellule şi condiţionează reducerea critică a numărului lor, induce moartea
programată a celulei deci pierderea motivelor telomerice este cauza imbătrînirii

3.Mecanismele biochimice ale reparaţiei ADN. Enzimele implicate.

Repararea defectelor de împerechere a bazelor (prin excizia nucleotidelor)- proteinele MUT
Repararea defectelor cauzată de lumina UV (dimerii de timină)
Corectarea defectelor BA (excizia bazelor)
Repararea rupturilor bicatenare
Enzimele implicate:
• ADN -glicozidazele
• Endonucleazele
 • Polimerazele
• ADN-ligazele

4. Mecanismele biochimice ale genezei mutaţiilor punctiforme. Rolul biomedical al

mutaţiilor. Patologii determinate de mutații (anemia falciformă, fenilcetonuria).

Mutatiile punctiforme: pot decurge prin:

l. Substituţie – înlocuirea unei baze azotate cu alta 5’ TACCAG 3’ 5’TA GGTC3’
2. Inserţie - adăugarea unei baze azotate suplimetare 5’ TACCAG 3’ 5’TAC GGTC3’
3. Deleţie - pierderea uneia sau a mai multor baze azotate 5’TACCAG 3’ 5’TGGTC3’

Anemia falciformă – maladie ereditară autozomală semidominantă, ce se descrie prin

forma anormală a hematiilor. Mutaţia are loc în gena hemoglobinei în lanţul β- globinei al
Hb înlocuind în poziţia 6 acidul glutamic (hidrofil) cu aminoacidul valină ( hidrofob).
Gena β- globinei se găseşte în crs 11. Asocierea a 2 lanţuri de α- globină cu 2 lanţuri
mutante de β-globină rezultă în formarea hemoglobinei S. În condiţii de hipoxie lipsa unui
aminoacid polar în poziţia 6 în lanţul β- globinei duce la agregarea moleculelor de Hb, care
denaturează structura hematiilor, trecând la forma de disc biconcav în forma de seceră.
Astfel va scădea elasticitatea hematiilor.

Fenilcetonuria reprezintă o boală metabolică genetică în care enzima

fenilalaninhidroxilaza lipseşte sau are un nivel foarte scăzut în sânge. Ea este necesară
pentru metabolizarea fenilalaninei ce este aminoacid indispensabil.

5. Particularită ţile structurii genelor la procariote. Genele structurale şi reglatoare.

Fiecărei gene îi corespunde un lanţ polipeptidic
GS- genele ce codează polipeptide şi ARN.
Porţiunele GS ce conţin inf.( transductibile) – exoni; iar secvenţele ce nu sunt traduse în
ARNm- introni
Importanţa:
- Semnale ce ne arată începutul şi sfârşitul GS
- Participă în iniţierea şi terminarea transcripţiei GS.

6. Transcripţia la procariote: matrița, substraturile, enzimele, mecanismul biochimic.

Inhibitorii transcripţiei (rifampicina, acidul nalidixic, α-amanitina).
Transcripţia - biosinteza ARN pe matriţă de ADN
Particularităţi:
Matriţă - ADN dublu helicoidal (prezenţa catenei anticodogene de ADN) (catena+),
Substrat - ribonucleozidtrifosfaţi (ATP, GTP, CTP, UTP)
Sinteza are loc în direcţia 5’®3’
Este asimetrică – copierea catenei necodificătoare
Este incompletă –are loc copierea doar a unei porţiuni de ADN (transcripton: promotor,
operator, GS, terminator)
Forţa motrice a procesului e hidroliza PP
Enzima - ARN polimeraza este oligomer din 5 protomeri (2a, b, b 1 şi sigma σ).

Inhibitorii transcripţiei
RIFAMPICINA – inhibă inițierea transcripției prin legarea de subunitatea β a ARN polimerazei
procariote și astfel împedică formarea primei legături fosfodiester
 Este utilizată în tratamentul tuberculozei

ACIDUL NALIDIXIC – inhibă giraza (infecții urinare)

α AMANITINA – o toxină puternică produsă de ciuperca otrrăvitoare Amanita phalloides

(”pălăria morții” –inhibă ARN –polimeraza II – având ca efect inhibarea sintezei ARNm și
implicit a proteinei (la pacienți se dezvoltă o insuficiență hepatică și renală).

7. Particularită ţile transcripţiei la eucariote. Modificările post-transcripţie ale ARNm.

Particularităţi:
1.ARNp alcătuită din 9-11 subunităţi
2.Folosesc mai multe tipuri de ARN p
3.P la eucariote:
 GC casete GGGCG (-90)
 CAAT casete – 5-GGCCAATCT -3 (-75)
 Caseta Hogness –TATAT/AT (-35)
Primele 2 sunt responsabile de frecvenţa transcripţiei (când începe), a 3 - - implicată
în iniţiere – semnal (unde).
4. Secvenţele alcătuite din 10-20 nucleotide “enhancers” şi “silencers” – cresc şi scad
respectiv V transcrierii.
Toţi precursorii de ARNm în nucleu trec etapa de maturizare posttranscripţională. Pe
parcursul procesingului - pre-ARN se transformă în ARN matur. Procesingul înclude:
1. Modificarea fragmentelor terminale 5’ şi 3’ ale ARN ce include caparea si
adaugarea poli A
2. Splisingul - excizia intronilor şi sudarea exonilor ce are loc în nucleul celulei

8. Mecanismele biochimice care asigură reglarea expresiei genelor la procariote şi

eucariote.
Expresia genelor reprezintă ansamblul mecanismelor care conduc la producerea unui
ARNm sau a unei proteine.
Factorii reglatori ai expresiei genice:
- CIS- genici;
- Trans -genici;
- Epi – genici;
9. Transcripţia inversă . Mecanismul biochimic şi rolul biomedical.
 Reprezintă - sinteza ADN pe catena de ARN
 Matriţă – ARN
 Substrat – dRNTP: dATP, dGTP, dCTP, dTTP.
Mecanismul:
a. Revers transcriptaza sintetizează pe ARN viral catena de ADN- hibrid: ADN_ARN
b. Scindarea ARN viral de o nuclează
c. Autoreplicarea ADN – cu formarea unui duplex de ADN
Rol medical - nu se formează ARN si nu are loc transferul de inf genetică.
 Itemi pentru lucrul individual
1. Care sunt mecanismele ce asigură fidelitatea replicării moleculei de ADN? Care
este importanţa biologică şi medicală a asigurării fidelităţii replicării ADN?
Fidelitatea replică rii este asigurată de 2 factori:
Respectarea principiului complementarită ţii
Respectarea activită ţii exonucleazice ADN pol
Respectarea strict a ordinii nucleotidelor ce nu va permite formarea de protein defecte,
astfel nu au să existe devieri la nivel genetic.

2. În procesul de replicare, o catenă a moleculei de ADN este sintetizată cu întârziere

din cauză că orientarea catenei date nu coincide cu direcţia mişcării furcii
replicative. ADN polimeraza sintetizează ambele catene doar în direcţia 5'→ 3' , pe
când, în cazul catenei întârziate care are orientare opusă mişcării furcii direcţia
sintezei ar trebui să fie 3'→5'. Explicaţi şi ilustraţi cum are loc soluţionarea acestui
impediment?
Ordinea de citire şi deplasare a furcii de replicare pe catena lider e aceeaşi. Catena
întâ rziată ca să fie sintetizată atunci sinteza are loc invers deplasă rii furcii de replicare

Cat lider

3. Care este mecanismul molecular al dezvoltării fenilcetonuriei și manifestările

biochimice?
Fenilcetonuria e o boală genetică la care lipseşte sau este deficienţă de enzima
fenilalaninhidroxilaza. Aceasta este enzima cheie in convertirea fenilalaninei in tyrozină .
Ca şi simptome avem Prezența unui miros neplă cut în respirația sau urina bolnavului, cauzată
de
prea multă fenilalanină în organism, afecţiuni SNC, dezvoltare întâ rziată , scă dere în
Greutate, fotosensibilitate, crize epileptic( forma benignă )
Deficit de dihidropeptidin- reductaza - malignă
Se acumulează fenilpiruvat- toxic
Manifestă ri clinice: sinteză scă zută de DOPA-melanină , serotonină
Se recomandă dietă strictă .

4. Numiţi asemă nă rile şi deosebirile dintre transcripţie şi replicare. Indicaţi în tabelul de

mai jos prezenţa sau lipsa anumitor componente sau mecanisme necesare desfă şură rii
acestor două procese:
Transcripţie Replicare
Matrița ADN dublu helix
ADN dublu helix
Substraturile Ribonucletid trifosfat ATP GTPCTP Ribonucletid trifosfat
UTP Dezoxiribonucleotid trifosfat

Enzimele ARN polimiraza Sistem multienzimatic complex

Primeri - +

Direcţia 5’ 3’ 5’ 3’
sintezei
Etapele  iniţierea,  iniţierea,
 elongarea,  elongarea,
 terminarea  terminarea

Fidelitatea complimentaritate complimentaritate

mai mică activ exonuclear ADN pol
Erori O greşeală la 104-5 nucleotide Mai rar de 105ori
 Rol biologic Asigură semiconservarea Formează ARNm form
proteine
5. Căror organisme le este specifică transcripţia inversă? Care ar fi explicaţia biochimică a faptului că aceste
organisme folosesc doar transcripţia inversă?
Transcripţia inversă le este caracteristică virusurilor oncogeni. Au capacit de a utiliza ca
matriţă ARNviral astfel formâ nd ADN hibrid.

6. Cum se explică faptul că mecanismele biochimice ce stau la baza reglării expresiei genelor la procariote şi
eucariote sunt diferite?
ARNm este diferit la procariote molecula este continuă , deci întreaga info poate fi folosită
pentru sinteza proteinelor. La eucariote s-a observat prezenţa proteinelor repetitive
ce nu deţin informaţie necesită procesing

7. În secția de terapie intensivă a fost internat un pacient cu grețuri, vomă (10-12 ori timp de 24 ore), diaree (6-8
episoade în 24 ore), crampe și dureri abdominale. Investigațiile biochimice au stabilit creșterea activității
enzimelor hepatice (AlAT și AsAT). Din anamneză s-a stabilit că bolnavul a consumat ciuperci culese din
pădure. Investigația a stabilit că printre ele au fost și amanitele (mai numite și pălăria șarpelui sau muscărița).
Care este mecanismul toxicității acestor ciuperci?
Amanitele conţin o toxină – α amanitină aceasta dereglează transcripţia. Această inhibă
ARNpol II nu se sintetizează ARNm
e blocată sinteza proteinelor
Se dezvoltă insuficienţa renală şi hepatică .

Teste pentru autoevaluare (marcați cu roșu răspunsurile corecte)

1. Referitor la replicare sunt corecte afirmaţiile:

a) la eucariote sediul este nucleul
b) direcţia creşterii catenei este 3’  5’
c) replicarea merge numai într-o singură direcţie
d) replicarea decurge în ambele direcţii cu aceeaşi viteză
e) angajează simultan întregul cromozom

2. Complexul DNA-replicaza cuprinde:

a) RNA-polimerazele I, II, III
b) decarboxilaza
c) topoizomerazele
d) DNA-polimeraza
e) DNA-ligazele

3. Fragmentele Okazaki:
a) necesită praimer pentru sinteză
b) sunt reunite de DNA-ligaze
c) se formează de RNA-polimeraze II
d) iau naştere la acţiunea revers-transcriptazelor
e) reunirea fragmentelor necesită consum de ATP

4. DNA-polimeraza (III):
a) prezintă un complex multienzimatic
b) sinteza catenei e procesivă
c) poseda câ teva situsuri - pentru DNA, dRTP şi catalitic
d) sintetizează catena în direcţia 3'  5'
e) polimerizarea e asigurată de hidroliza ATP

5. DNA-polimeraza (I) – ce afirmații o caracterizează?

a) îndepă rtează primerii prin activitatea sa 5'→3' exonucleazică
b) adaugă dezoxiribonucleotide prin activitatea sa polimerazică
c) posedă acţiune de sudare cu consum de ATP
d) nu posedă funcţie de autocontrol
e) catalizează o copiere a ADN identică cu cea matriceală

6. Selectați maladiile cauzate de mutații punctiforme:

a) sindromul Down c) anemia falciformă e) fenilcetonuria
b) sindromul Klinefelter d) talasemia

7. Transcrierea - afirmaţiile corecte:

a) angajează simultan întregul cromozom
b) vizează numai anumite porţiuni din DNA
c) informaţia se citeşte de pe o singură catenă
d) necesită prezenţa RNA polimerazei
e) informaţia se citeşte de pe ambele catene simultan

8. Biosinteza RNA - afirmaţiile corecte:

a) ca substrat servesc ribonucleozidtrifosfaţi
b) este un proces procesiv
c) forţa motrica a transcrierii e hidroliza pirofosfatului
d) mecanismul elongaţiei diferă de cel al replică rii
e) RNA-transcris conţine cantită ţi echimoleculare de A şi T
9. RNA polimeraza la procariote:
a) prezintă o holoenzimă
b) posedă proprietă ţi nucleazice
c) pentru sinteză necesită praimer
d) posedă capacitate de autocontrol
e) cu sigma subunitatea recunoaşte promotorul

10. Afirmaţiile corecte referitoare la RNAp la procariote sunt:

a) prezintă un pentamer compus din σα2ββ"
b) iniţierea sintezei necesită prezenţa holoenzimei
c) posedă centre catalitice (2), de fixate a DNA şi a substraturilor
d) tetramerul α2ββ′al cor-enzimei determină iniţierea procesului
e) coenzima determină elongarea transcrierii

11. RNApolimeraza (RNAp) eucariotelor - afirmaţii corecte:

a) RNApI sintetizează RNA ribozomal (28S şi 18S)
b) RNApII sintetizează RNAm
c) RNApIII sintetizează RNAt, RNAr 5S şi molecule mai mici
d) copiază catena DNA-antisens în direcţia 3'  5'
e) copiază ambele catene de DNA în direcţia 3'  5'
12. Activitatea RNApolimerazei - afirmaţiile corecte:
a) sigma-subunitatea recunoaşte locul de iniţiere a transcripţiei
b) sigma-subunitatea micşorează afinitatea enzimei faţă de promotor
c) sigma-subunitatea ia parte în desfacerea DNA dublu catenar
d) sigma-subunitatea determină procesul de elongare
e) sigma-subunitatea se fixează rigid de DNA matriţă

13. Factorul proteic rho (  ):

a) se fixează rigid în secvenţa promotor
b) participă la iniţierea corectă a transcrierii
c) utilizează pentru exercitarea funcţiei sale ATP
d) întrerupe acţiunea enzimei - RNAp
e) se mişcă în direcţia 3'  5' împreună cu RNAp

14. RNA procesingul (maturarea) constă în:

a) sudarea fragmentelor Okazaki
b) adiţionarea la cap5' al 7 - metil - guanozinei
c) maturarea are loc în nucleul celulei
d) RNA sintetizat este funcţional activ
e) este un proces enzimatic

15. Maturarea RNAm la eucariote presupune:

a) ataşarea fermentativă la capă tul 3' a unei secvenţe - poly A
b) excizia intronilor
c) excizia intronilor are loc prin intermediul unui RNA nuclear cu masa moleculară mică
d) excizia exonilor
e) ataşarea fermentativă la capă tul 3' al 7-metil-guanozinei

16. Biogeneza RNAr include următoarele:

a) sinteza sub formă de RNA preribozomal
b) RNAr sunt sintetizaţi de RNA-polimeraza II
c) RNAr se formează direct în citozol
d) RNAr cu M mică sunt sintetizaţi de RNApIII
e) RNA transcriptul pă ră seste nucleul celular

17. DNA-polimeraza-RNA-dependentă – afirmaţiile corecte:

a) este numită şi reverstranscriptază
b) necesită o catenă templată de DNA
c) sintetizează DNA pe matriţă de RNA
d) se utilizează în ingineria genetică pentru sinteza DNAc
e) permite includerea informaţiei virale în genomul uman