Cursul 2 3. Clasificarea enzimelor. Nomenclatura Clasificarea enzimelor n funcie de reacia pe care o catalizeaz este prezentat n Tabelul 3.1.

Tabelul 3.1: Clasificarea enzimelor n funcie de tipul reaciei pe care o catalizeaz Numele enzimei Dehidrogenaze Reacia catalizat Dehidrogenarea unui substrat cu transferul hidrogenului la o molecul diferit de oxigen Hidroxilarea unui substrat la care particip oxigen molecular ca donor Transferul unei grupe fosfat de la o trifosfatnucleotid (ATP) la un substrat Migrarea unei grupe fosfat de la o poziie la alta n aceeai molecul Oxidarea unui substrat cu oxigen molecular ca donor Incorporarea unei molecule de oxigen cu ruperea oxidativ a unei legturi C - C Hidroliza unui ester fosforic Condensarea a dou molecule simultan cu hidroliza unei trifosfonucleotide (ATP) Transferul unei grupe funcionale de la un substrat la altul

Hidroxilaze Kinaze Mutaze Oxidaze Oxigenaze Fosfataze Sintetaze Transferaze

Nomenclatura enzimelor se face n mai multe moduri: a) Denumire comun Se pstreaz denumirile comune dei acestea nu precizeaz aciunea enzimei ntr-un anumit tip de reacie. Exemplu: pepsina, tripsina, ureaza, etc. b) O alt denumire puin mai precis const n folosirea numelui substratului + numele reaciei catalizate + sufixul az: Exemplu: malatdehidrogenaza
18

c) In 1961 Comisia de Enzime a Uniunii Internaionale de Biochimie i Biologie Molecular a stabilit o clasificare i o nomenclatur sistematic a enzimelor, mult mai riguroas, care cuprinde ase clase, divizate n subclase, care la rndul lor sunt mprite n sub-subclase. Fiecare enzim are un numr de cod format din patru cifre: EC a b c d, unde: a = clasa; b = subclasa; c = sub-subclasa; d = numrul de ordine al enzimei respective n sub-subclas (nr. propriu pentru fiecare enzim).
http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/enzyme - clasificarea enzimelor Web Version of Enzyme Nomenclature 1992 Nomenclature Committee of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology

1. Oxido- reductaze (catalizeaz procese de oxido-reducere) 1.1 Acioneaz asupra R2CH -OH Exemplu: EC 1.1.1.1 (alcool dehidrogenaza) este enzima care catalizeaz oxidarea etanolului, acceptorul de hidrogen fiind NAD+:
CH3CH2OH + NAD
+

1.1.1 cu NAD+ sau NADP+ ca acceptor de hidrogen

CH3CHO + NADH, H

Aceast enzim nu este specific pentru etanol, ea putnd oxida i ali alcooli. EC 1.1.1.27 (L-lactat-NAD-oxidoreductaza sau L-lactat dehidrogenaza) este enzima care catalizeaz transformarea Llactatului n piruvat: _ _ + CH3CHCOO + NAD CH3COCOO + NADH + H+

OH 1.2 Acioneaz asupra grupei carbonil ( C =O)

1.3 Acioneaz asupra grupei CH CH
19

1.4 Acioneaz asupra grupei CH NH2 1.5 Acioneaz asupra grupei CH NH, etc.
EC 1.98 Enzymes using H2 as reductant EC 1.98.1.1 now EC 1.18.99.1 EC 1.99 Other enzymes using O2 as oxidant

2. Transferaze (catalizeaz transferul unor grupe funcionale) 2.1

Tranfer grupe monocarbonate

2.1.1 Metiltransferaze 2.1.2 Hidroximetiltransferaze

2.2 2.3 2.4 2.5

Transfer grupe aldehidice sau cetonice Aciltransferaze Glicoziltransferaze Alchiltransferaze

2.6 Transfer grupe azotate

Exemplu: - EC 2.6.1.2 (alanin aminotransferaza) este enzima care transfer grupa amino de la alanin la -cetoglutarat:
COO + H3N C _ + _ COO CO (CH2)2 _ COO COO CO CH3 _ + + H3N C H (CH2)2 _ COO COO _

CH3

2.7

Fosforiltransferaze

3. Hidrolaze (catalizeaz reacii de rupere a unor legturi cu

ajutorul apei)

3.1

Scindeaz legturi esterice

3.1.1 Scindeaz esteri ai acizilor carboxilici

20

Exemplu:

- EC 3.1.1.3 (glicerol-esterhidrolaza) sau lipaza; 3.2

Scindeaz legturi glicozidice Exemplu:

- EC 3.2.1.1 (-1,4-glucan glucanohidrolaza) sau -amilaza 3.3 Actioneaza asupra legaturilor eterice 3.4 Scindeaz legturi peptidice
Exemplu:

- EC 3.4.21.4 sau tripsina EC 3.4.23 cuprinde poteinaze acide care acioneaz la pH <5: - pepsina ( EC 3.4.23.1) care acioneaz la pH = 1.5 2 -renina (EC 3.4.23.4) din stomacul ierbivorelor este implicat n coagularea laptelui.

3.5

Scindeaz alte legturi: C = N

Exemplu:

- EC 3.5.1.5 (ureo-amidohidrolaza) sau ureaza. 4. Liaze sau sintaze(catalizeaz reacii de adiie sau de eliminare) 4.1
Liaze pentru legaturi C - C

4.2 Liaze pentru legaturi C - O

Exemplu:

- EC 4.2.1.1 (anhidraza carbonic): este enzima care catalizeaz

transformarea acidului carbonic in CO2 si apa, precum si hidratarea dioxidului de carbon n celula vie H2CO3 = CO2 + H2O sau

CO 2 + H2O

H2CO3

4.3 Liaze pentru legturi C N, etc.

21

5. Izomeraze (catalizeaz reacii de izomerizare) 5.1 Racemaze si epimeraze (enzime care catalizeaz procese de
racemizare sau epimerizare): Exemplu: - EC 5.1.1.1 (alanin racemaza) catalizeaza transformarea L- alaninei in D-alanina - EC 5.1.2.1 (lactatracemaza) care catalizeaz reacia de transformare a L-lactatului n D-lactat si invers:
COO HO C _ COO H C _

OH

CH3

CH3

5.2

Izomeraze cis trans

Exemplu: EC 5.2.1.1 maleat cis-trans izomeraza:

H C H C

COO

OOC C C

H _

COO

COO

5.3 Cetoizomeraze intramoleculare

Exemplu: EC 5.3.1.1 triose-phosphate isomerase
CH=O H C OH CH2OPO3
2_

CH2OH CO CH2OPO3
2_

gliceraldehid-3-fosfat

dihidroxiacetonfosfat

6. Ligaze sau sintetaze (catalizeaz reacii de sintez prin

condensarea a dou molecule simultan cu hidroliza unei legturi

22

fosforice din ATP sau din alt compus macroergic din care rezult energia necesar desfurrii acestei reacii)

6.1 Formare de legturi C O 6.2

Formare de legturi C S Exemplu: EC 6.2.1.1 (acetat-CoA-ligaza) sau acetil-CoA sintetaza :
ATP + acetate + CoA = AMP + diphosphate + acetyl-CoA

6.3 6.4

Formare de legturi C N Formare de legturi C C

Exemplu: EC 6.4.1.1 (piruvat-CO2-ligaza) sau piruvat carboxilaza.

ATP + pyruvate + HCO3- = ADP + phosphate + oxaloacetate

Aceasta clasificare functioneaza partial in practica deoarece toleranta fata de substrate nenaturale este comuna mai multor clase de enzime (fapt important pentru aplicatiile practice in sinteze organice). Utilitatea enzimelor din punct de vedere practic este prezentata in Tabelul 3.2.

3.1

Analiza cantitativ a activitii enzimatice

In Sistemul International, activitatea catalitica se masoara in

katal = cantitatea de enzima care transforma un mol de substrat intr-o

secunda: 1 kat = 1 mol s-1 Pentru ca marimea acestei unitati este prea mare, se foloseste

unitatea internationala care reprezinta cantitatea de enzima care

transforma un mol de substrat intr-un minut. 1 U = 1 mol minut-1. In practica se folosesc si subuniti ale katalului:

kat - microkatal (10-6 kat); nkat - nanokatal (10-9 kat); pkat - picokatal
(10-12 kat), precum si nmol/min sau nmol/h.

23

Tabelul 3.2: Utilitatea tipurilor de enzime in biotransformari organice

Clasa de enzime 1. Oxidoreductaze 2. Transferaze 3. Hidrolaze Numarul enzimelor Clasificate Disponibile 650 720 90 90 Tipul de reactie/Utilitatea in sinteze* Oxidarea legaturilor C-H, C-C, C=C +++; 25% Transfer de grupe: aldehidice, cetonice, acil, glicozil, fosforil sau metil +; 5% Hidroliza/formarea esterilor, amidelor, lasctonelor, lactamelor, epoxizilor,nitrililor,anhidridelor, glicozidelor; +++ 60% Aditie/eliminarea unor molecule mici la legaturi duble C=C, C=N, C=O ++; ~7% Izomerizari: racemizari, epimerizari, rearanjari de schelet +; ~2% Formare/rupere a unor legaturi simple: C-O, C-S, C-N, C-C cu aport de energie chimica stocata in adenozintrifosfat (ATP) +; ~1%

636

150

4. Liaze 5. Izomeraze

255

35

120

80 6. Ligaze

Utilitatea estimata pentru folosirea enzimelor pentru transformarile substantelor nenaturale : +++ (foarte utile), ++ (utile), + (putin utile), valorile procentuale fiind observate in perioada 1987 2003. O unitate de activitate enzimatic este egal cu 16,67 nkat,
valoare care se deduce astfel: 106 mol 1 kat = 1 mol/s = -------------- = 60 x 106 U min/60 Deci, U = 1 kat/ (60 x 106) = 106 kat/ (60 x106) = 1/ 60 kat U = 1000/ 60 nkat = 16.67 nkat.
24

Este de remarcat faptul ca activitatile care se observa cand sunt

transformati compusi organici nenaturali sunt adesea mult mai mici decat valorile observate pentru substrate naturale.
Pentru a face o comparatie intre activitatile unei enzime trebuie folosita aceeasi cale de reactie atat pentru substratul natural, cat si pentru cele nenaturale. Puterea catalitica a (bio)catalizatorului poate fi descrisa foarte bine de frecventa turnover (TOF), care reprezinta numarul de molecule de substrat care este transformat de un singur situs catalitic intr-o secunda (pentru reactii biochimice) sau intr-un minut pentru catalizatorii chimici. Pentru reactiile biocatalizate TOFs = 10 1000s-1. Productivitatea (bio)catalizatorilor este caracterizata prin numarul

turnover (TON), care reprezinta numarul de molecule de substrat

transformate de un singur situs activ in timpul vietii sale.

Numarul turnover este o masura a durabilitatii sistemului catalitic.

Eficienta transformarilor microbiene (in care activitatea catalitica a enzimelor implicate nu poate fi masurata) se exprima prin asa numitul numar de productivitate (PN): PN = gprod / muscat . t unde: gprod reprezinta cantitatea de produs; muscat cantitatea de celule uscate; t timpul transformarii. Acest numar arata atat activitatea specifica pentru o enzima pura, dar poate include si alti factori importanti: inhibitia, concentratia, fenomene de transport.

Un PN mare pentru o biotransformare data indica un proces eficient.

25

4. PROPRIETILE ENZIMELOR 4.1 introducere

Enzimele prezint situsuri caracterizate de activitate biologic (catalitic).

Situsul catalitic este o parte a moleculei proteinei (loc geometric)

format din cteva resturi de aminoacizi (de regul neconsecutivi) care sunt responsabili de trasformarea propriu-zis a substratului.

Situsul alosteric este acea parte a proteinei care, n urma legrii

specifice a unui modulator (efector alosteric) extern, modific activitatea caracteristic a proteinei (care este determinat de situsul catalitic). n cazul unei enzime, activitatea enzimatic este controlat n mod direct de situsul catalitic i indirect de situsul alosteric (de care se leag un efector care poate mri sau micora activitatea catalitic). O enzim (E) acioneaz asupra unui substrat (S) cu care poate forma un complex (ES) prin legarea specific de situsul su catalitic:
E + S ES P + E

Acest complex se va transforma ulterior n produsul de reacie (P) punnd n libertate enzima netransformat (E). Substratul trebuie s ndeplineasc urmtoarele condiii: - s aib o conformaie bine definit care s-i permit accesul la situsul catalitic; - s aib particulariti structurale care s satisfac necesitatea de specificitate a enzimei; - s se asocieze cu enzima pe baza unei orientri strict specifice. Enzima trebuie s aib proprietile unui catalizator: - s se regseasc neschimbat la sfritul reaciei;

26

- s nu modifice natura (echilibrul sau bilanul termodinamic) reaciei pe care o catalizeaz; - s permit atingerea echilibrului ntr-un timp foarte scurt, mrind vitezele ambelor reacii care au loc simultan, dar n direcii opuse; Enzimele au i proprieti care le deosebesc de catalizatorii obinuii: - acioneaz, n general, n condiii blnde, la temperaturi de ~ 37oC i pH neutru. Exist ns i enzime care acioneaz la temperaturi ridicate (n bacteriile termofile) sau la pH-uri acide (pepsina) sau bazice (tripsina, chimotripsina). - scad mai mult energia de activare a unei reacii comparativ cu catalizatorii obinuii. Exemplu: Descompunerea apei oxigenate:

- energia de activare fr catalizator : 18 kcal/mol

- energia de activare n prezena platinei coloidale: 11,7 kcal/mol - energia de activare n prezena catalazei (EC 1.11.1.6): 2 kcal/mol. O molecul de catalaz descompune 5x106 molecule de ap oxigenat ntr-un minut n condiii optime de temperatur i pH. - sunt de natur proteic i prezint o specificitate foarte mare deoarece situsul catalitic are o geometrie bine determinat care-i permite fixarea unui substrat cu structur complementar; - activitatea lor poate fi reglat i autoreglat; - acioneaz n concentraie foarte mic (~10-6 moli); - timp de reacie foarte scurt (cele mai rapide reacii fiind de ordinul picosecundelor,10-12 s); - randamentul reaciilor catalizate enzimatic este de 100%. Enzimele pot aciona singure sau n prezena unor cofactori, care le determin specificitatea.
27