Documente Academic
Documente Profesional
Documente Cultură
Plan de lectie
1. Aminoacizi
1.1 Definitie, structura, nomenclatura
1.2 Proprietati fizice si chimice
2. Proteine
2.1Structura
2.1.1Structura primara
1.1.2.Structura secundara
2.1.2Structura tertiara
2.1.3Structura cuaternara
2.2 Relatie functie structura
2.2 Proprietati, exemple
1. Aminoacizi
1.1Generalitati definitie
Aminoacizii sunt molecule mici care contin doua grupari functionale si anume gruparea
amino (-NH2) si gruparea acida (carboxil -COOH) de unde provine si denumirea lor. Din
marea clasa a aminoacizilor pentru organismele biologice sunt importanti aminoacizii.
Acestia au atat gruparea amino cat si gruparea acid carboxil legate la acelasi atom de
carbon numit si carbon .
Desen
R CH COOH
NH2
Gruparea carboxil legata de carbonul alfa este denumita si carboxil, similar gruparea
NH2; legata la C alfa poarta denumirea de grupare amino .
1. 2 Structura:
Dintre toti aminoacizii cunoscuti, doar 20 intra in alcatuirea proteinelor motiv pentru
care sunt denumiti si aminoacizi proteinogeni. Doar acesti 20 de aminoacizi sunt
specificati de codul genetic si utilizati de organismele vii pentru sinteza proteinelor
proprii. Alti aminoacizi care ar putea fi intilniti in proteine provin din modificarea
chimica a unuia din cei 20 aminocizi.
Toti cei 20 aa prezinta o structura comuna si anume carbonul la care sunt atasate
gruparile NH2, COOH si atomul de H, si un radical (notat R, care satisface cea de a 4-a
valenta a atomului de carbon) care difera la fiecare dintre ei. Astfel aa pot fi clasificati
dupa structura radicalului R in: aa cu radical alifatic, aa cu grupare OH, aa ce contin
atomul de S, aa cu doua grupari COOH, aa cu doua grupari NH2, aa aroamtici, aa cu
structura particulara.
1.3 Proprietati
Proprietatile fizice si chimice ale aa sunt dictate de structura lor chimica. Dintre
proprietatile fizice vom discuta : a) izomeria sterica iar dintre proprietatile chimice vom
discuta b) ionizarea si c) reactia de condensare care duce la formarea legaturii peptidice.
a) Izomeria sterica.
AA prezinta izomerie sterica numita si stereoizomerie. Aceasta proprietate este
conditionata de existenta unui carbon asimetric. Carbonul asimetric este acel C care are 4
substituenti diferiti. Acestia se aranjeaza in jurul atomului de C astfel incat pot da nastere
la doua conformatii spatiale care sunt imaginea in oglina una fata de cealalta. Cele doua
structuri spatiale numite izomeri optici sau enantiomeri sau stereoizomeri pot avea
conformatia D sau L.
La izomerul D gruparea voluminoasa, NH2, este pozitionata in partea dreapta (atunci cand
gruparea COOH este situata la varful structurii) in timp ce la izomerul L ea este
pozitionata in partea stanga. Tinand cont ca proteinele au o forma spatiala apare evident
ca structura D sau L a unui aminoacid influenteaza aranjamentul tridimensional si
implicit functia acesteia. La mamifere inclusiv om aa proteinogeni apartin seriei L
b) Ionizarea
Prin ionizare se intelege fenomenul in urma caruia o molecula sau un atom (neutru d
p d v electric) se incarca cu o sarcina pozitiva sau negativa ca urmare a transferului
unei particule purtatoare de sarcina electrica (ion) sau a unui electron.
Toti aminoacizii contin in structura lor o grupare carboxil si amino care ambele
sunt ionizabile adica in anumite conditii pot exista atat in forma ionica (incarcate cu
sarcina electrica) cat si in forma neutra, moleculara, (fara sarcina electrica).
Gruparea COOH are caracter acid in timp ce gruparea NH2 are caracter bazic.
Prin caracter acid se intelege capacitatea unei substante de a ceda un proton (H+).
Prin caracter bazic se intelege capacitatea unei substante de a accepta un proton.
Caracterul acid nu se manifesta cu aceeasi intensitate la toti acizii (lucru valabil si
pentru caracterul bazic) ci difera de la un acid la altul functie de structura chimica a
acestuia. Astfel intilnim acizi tari si acizi slabi (in mod asemantor baze tari si baze
slabe).
Prin caracter acid tare se intelege capacitatea unei substante de a ceda total (unei alte
substante) protonul. Din aceasta categorie fac parte acizii minerali HCl, H2SO4.
Caracter slab pentru un acid semnifica faptul ca acesta cedeaza partial protonul si este
cazul acizilor organici (a caror structuta generala este notata R-COOH) inclusiv a
gruparii carboxil apartinand aminoacizilor.
Prin cedarea partiala a protonului se intelege faptul ca un acid slab cedeaza reversibil
protonul, adica din numarul total de molecule unele cedeaza protonul in timp ce altele
recapteaza protonul refacand configuratia initiala a acestuia intr-un proces dinamic
care are loc pana la stabilirea unui echilibru.
Cu alte cuvinte molecula unui acid slab poate exista in functie de conditii (pH,
temperatura)nu numai in forma moleculara ci si in forma ionica.
Fenomenul de ionizare prezent la gruparea COOH apare si atunci cand aceasta este
situata la radical.
Aceleasi afirmatii se poate face si despre gruparea amino.Gruparea amino are caracter
slab bazic (caracterul bazic este este conferit de perechea de electroni neparticipanti
apartinand atomului de azot). Aceasta insemna ca gruparea amino poate capta un
proton insa in mod reversibil.
Cu alte cuvinte molecula unei baze slabe poate exista in functie de conditii (pH,
temperatura) nu numai in forma moleculara ci si in forma ionica
Fenomenul de ionizare prezent la gruparea ruparii NH2 apare si atunci cand aceasta
grupare este situata la radical.
Ca urmare a proprietatii de ionizare a acizilor si bazelor slabe, in organism, la pH
fiziologic (pH =7,4) un aminocid se prezinta sub forma de amfion (ion dipolar sau
zwiterion), incarcat in acelasi timp cu o sarcina pozitiva si una negativa fiind neutru
d.p.d.v. electric.
Gruparea deprotonata care a pierdut un proton este gruparea carboxil care se incarca
cu o sarcina negativa in timp ce gruparea protonata care accepta un proton este
gruparea amino care se incarca cu o sarcina pozitiva.
Exista un aa special si anume Hys care la pH fiziologic se gaseste in egala masura atat
in forma moleculara cat si in forma ionica. Acest comportament are consecinte
fundamentale Hys fiind situata in centrul activ al unor proteine importante cum ar fi
enzimele.
c) Reactia de condensare
O proprietate chimica esentiala pentru organismele vii este capacitatea aminoacizilor
de a reactiona intre ei prin intermediul gruparilor functionale situate la Carbonul alfa.
In urma reactiei (de condensare = eliminare de apa) dintre gruparea COOH a unui
aa si gruparea NH2 a altui aa se formeaza o legatura numita peptidica.
Prin urmare compusul rezultat in urma reactiei dintre doi aminoacizi poarta numele
de dipeptid si contine o legatura peptidica.
Adaugarea unui nou aa la un dipeptid duce la formarea unui tripeptid.
Lantul polipeptidic obtinut prin unirea mai multor aa prezinta polaritate si sens. Cele
doua notiuni au urmatoarea semnificatie:
- in afirmatia de mai sus notiunea de polaritate (poate induce confuzie) se refera la
faptul ca lantul polipeptidic are doua capete, ), doi poli (la capatul de start se
gaseste gruparea NH2, iar la capatul terminal gruparea COOH. Folosita in acest
context ea este diferita de notiunea de polaritate care se refera la sarcina
electrica. Notiunea de polaritate este folosita in descrierea pozitiei pe care o pot
adopta la un moment dat portiuni ale lanturilor polipeptidice unele fata de altele
(o portiune Aare directia COOH ->NH2 in timp ce o portiune B are directia
NH2-> COOH fata de A ). Deci notiunea de polaritate poate fi folosita in cele
doua sensuri diferite
- Notiunea de sens se refera la faptul ca directia corecta de citire a unui lant
polipeptidic este de la gruparea NH2 catre gruparea COOH.
Exemplu de citire:
Gly-Ala-Pro este diferit de Pro -Ala-Gly
Structura secundara
Structura secundara este generata de legaturile de hidrogen in care sunt implicati atomul
de O si H ce apartin diferitelor legaturi peptidice.
Din cauza polarizarii legaturii primare, pot apare legaturi de hidrogen care fac ca lantul
polipeptidic sa adopte diferite configuratii spatiale si sa nu pastreze forma liniara care ar
rezulta din insiruirea aminoacizilor unul dupa celalalt. Rotirea, indoirea, curbarea lantului
polipeptidic, mai ampla sau mai stransa sunt determinate de secventa de aminoacizi, de
posibilitatea de rotatie la nivelul C si de prezenta interactiunilor chimice (leg de H)
Cele mai intilnite forme ale structurii secundare sunt structura a)-helix si b)structura pliat
a) Structura -helix
Apare prin rasucirea lantului polipeptidice in jurul unui cilindru imaginar, rezultand o
structura asemanatoare cu un arc in spirala sau cu o elice ce are urmatoarele caracteristici:
- pasul elicei (distanta dintre doua puncte situate in planuri diferite dar echivalente
pe verticala,) este de 5.2 A si cuprinde 3, 6 aa
- sensul rasucirii elicei este de regula spre dreapta
- conformatia elicei este stabilizata de legaturile de H ce se stabilesc intre O-ul
carbonilic apartinand unui aa si H-ul de la gruparea NH apartinand celui de al
b.
c.
Caracteristici:
- legaturile de hidrogen sunt aproape perpendiculare pe axul lantului
- radicalii sunt plasati de o parte si de alta a foii
- existenta structurii beta pliate este conditionata de aparitia unei indoiri in ac de
par a lantului polipeptidic (caracterizat de schimbarea directiei de inaintare a
lantului peptidic cu 180)., indoire stabilizata de legaturile de H. Cel mai intilnit
tip de ac de par se numeste beta-turn (desen b). Un beta- turn este generat de 4
reziduuri dintre care in mijloc (pozitia 2 si 3) se gaseste Gly respectiv Pro. Gly si
Pro participa de regula la formarea acelor de par deoarece Gly este un reziduu mic
si flexibil iar Pro este necesara pentru ca poate adopta forma cis favorabila
indoirii (desen c). In structura de ac de par gruparea CO din primul reziduu
formeaza o legatura de H cu gr NH din cel de al patrulea reziduu, elementele
legaturii peptidice ale rezidiilor din mijloc neformand legaturi de H.
- pot exista doua tipuri de structuri beta: paralela si antiparalela
- in structura paralela ambele portiunile se aliniaza in aceeasi directie de la capatul
NH2 spre capatul COOH (desen d).
- in structura antiparalela capatului NH2 a unei portiuni ii corespunde capatul
COOH a portiunii paralele.
b.
c.
Strutura betaturn permite indoirea lantului polipeptidic in vederea unei impachetari cat
mai compacte cerute de forma globulara a unui tip de proteine numite proteinelor
globulare.
Structurile beta-turns sunt localizate de regula la suprafata proteinelor unde elementele
legaturilor peptidice ale rezidiilor centrale (din mijloc) pot forma legaturi de hidrogen cu
apa.
Structura -helix si -pliat sunt intilnite in specificial in proteinelor globulare, solubile.
Structura tertiara
Structura tertiara este generata de legaturi slabe (de hidrogen, ionice, Van der Waals)
si/sau legaturi puternice (legaturi disulfidice) ce se stabilesc intre radicalii apartinand
aceluiasi lant polipeptidic.
Functie de secventa de aa din structura primara un lant polipeptidic poate adopta pe
anumite portiuni structura -helix, pe alte portiuni -pliat sau zone cu arhitectura
neregulata fata de cele anterioare. Aceasta face ca portiuni situate la distanta intr-un lant
polipeptidic sa ajunga in imediata vecinatate. In consecinta radicalii diferitelor rezidii
ajunsi astfel in apropiere pot interactiona stabilind legaturi intre ei, functie de structura
lor. Rezultanta tuturor acestor interactii genereaza o anumita impachetare a lantului
polipeptidic. Cu alte cuvinte impachetarea unui lant polipeptidic depinde de structura
primara si secundara si de interactiile dintre radicalii apartinand lantului respectiv.
Structura hem
Un lant de tip si unul de tip sunt strans unite prin legaturi hidrofobe (semnificative
ca numar si deci puternice datorita numarului mare si nu datorita tariei legaturii
individuale) ce se stabilesc intre ele. Rezulta astfel doi dimeri ()1 si ()2. Cei doi
dimeri sunt tinuti impreuna prin legaturi slabe polare. Legaturile slabe polare dintre cei
doi dimeri permit deplasarea usoara a acestora unul fata de altul astfel incat ei pot ocupa
doua pozitii relativ diferite in starea oxigenata fata de starea deoxigenata:
- in starea deoxigenata cei doi dimeri sunt tinuti relativ apropiati unul de celalalt de
legaturi polare ce impiedica miscarea lor unul fata de celalat. In aceasta aranjare
se realizeaza numarul maxim de legaturi polare posibile, rezultand o structuta
compacta numita T (tight, tense) care are afinitate scazuta pentru oxigen.
- in starea oxigenata, fixarea oxigenului forteaza si prin urmare a rupe o parte din
aceste legaturi polare. Se formeaza astfel o structura afinata numita R (relaxed)
care are deci o afinitate marita pentru oxigen favorizand fixarea urmatoarelor
molecula a acestuia.
Cu alte cuvinte prin favorizarea unor structuri mobile este posibila fixarea reversibila a
oxigenului.
Acest comportament este posibil datorita faptului ca legarea hemului de partea proteica se
face diferit de fata de mioglobina si hemoglobina nu la nivelul fierului din hem ci la
nivelul radicalilor hemului.
Proteine fibrilare
Vezi structura colagenului
Colagenul este proteina cea mai abundenta in organism [Pamela]. Molecula de colagen
este o molecula cu o forma lunga rigida alcatuita din trei lanturi polipeptidice infasurate
unul in jurul celuilalt intr-o structura asemanatoare unei franghii.
Aceasta molecula se asociaza diferit cu altele asememea ei in diferite tesuturi functie de
rolul structural pe care acestea il au.
In matrixul extracelular sau in umoarea vitroasa a ochiului aceste molecula formeaza un
colagen asemanator unui gel cu rol in sustinere.
In tendoane aceste molecule formeeaza pachete stranse de fibrile paralele care confera
rezistenta .
In oase aceste molecule se aranjeaza in fibre ce formeaza unghiuri intre ele astfel incat
rezistenta mecanica sa se paota manifesta in toate directiile .
Formula structurala
Numele uzual
Numele tiinific
R CH COOH
Acid aminoacetic
Alanina
Ala (A)
Acid -amino-propionic
NH2
H CH COOH
NH2
CH3 CH COOH
NH2
CH3 CH CH COOH
CH3 NH2
Valina
Val (V)
Acid -amino-izovalerianic
Leucina
Leu (L)
Acid -amino-izocaproic
Izoleucina
Ile (I)
Acid -amino--metilvalerianic
CH3
CH CH2 CH COOH
CH3
CH3
NH2
CH2 CH CH COOH
CH3 NH2
Acid glutamic
Glu (E)
Acid -amino-glutaric
HOOC CH2 CH2 CH COOH
NH2
Glutamina
Gln (Q)
HN C
H2N
Lizina
Lys (L)
Acid ,-diamino-carpoic
CH2
(CH2)3 CH COOH
NH2
H2N
Hidroxilizina
Hyl
Acid --diamino--hidroxi-ncarpoic
CH2
H2N
CH
(CH2)2 CH COOH
OH
NH2
Histidina
Hys (H)
Acid -amino--imidazolpropionic
OH
Acid -amino--hidroxi-nbutiric
NH2
CH3 CH CH COOH
OH NH2
CH2 CH COOH
SH
Metionina
Met (M)
NH2
CH2 CH COOH
CH2 CH COOH
Acid --ditio-(-aminopropionic)
NH2
CH2 CH COOH
NH2
S CH2 CH COOH
NH2
Acid -amino--metil-tio-nbutiric
S
CH3
Tirozina
Tyr (Y)
HO
CH2 CH COOH
NH2
CH2 CH COOH
NH2
Triptofan
Trp (W)
Acid -amino--3indolpropionic
CH2 CH COOH
NH2
Fenilalanina
Phe (F)
Acid -amino--fenilpropionic
CH2 CH COOH
NH2
Acid 4-hidroxi-pirolidin-2carboxilic
N
H
COOH
HO
N
H
COOH