Structura proteinelor

Elucidarea structurii proteinelor a reprezentat si continua sa reprezinte una din problemele principale ale
biochimiei aplicate. Fiecare proteina nativa reprezinta un edificiu tridimensional complex a carui conformatie
depinde de dispozitia spatiala a catenelor polipeptidice din care este formata. Orientarea n spatiu a catenelor
polipeptidice componente poarta denumirea de conformatie.

Comparativ cu celelalte biomolecule, proteinele prezinta o structura chimica mult mai complexa de care
depind n mod direct functiile lor biologice si care se caracterizeaza prin existenta a patru nivele de organizare
numite structura primara, secundara, tertiara si respectiv cuaternara.

I.4.1. Structura primara a proteinelor

Este data de numarul, natura si succesiunea resturilor de aminoacizi n catenele polipeptidice ce intra n
structura acestora.

n structura primara, resturile de aminoacizi sunt unite prin legaturi peptidice identice cu cele ntlnite n
structura peptidelor:

La nivelul legaturilor peptidice se ntlneste izomeria de tip trans, iar rotatia libera este permisa numai la
nivelul celorlalte legaturi covalente. Orientarea spatiala a catenelor polipeptidice este datorata, n principal, acestor
rotatii libere n jurul legaturilor mentionate:

Proteinele formate din mai multe catene polipeptidice se numesc proteine oligomere, iar polipeptidele
componente se numesc protomeri). Protomerii se unesc ntr-o molecula oligomera prin legaturi covalente, dar nu
de natura peptidica. Cel mai adesea, protomerii se leaga prin punti disulfidice intercatenare, adica realizate de
resturi de cisteina localizate n catene polipeptidice diferite.

Prima proteina careia i s-a determinat structura primara (n 1955) a fost insulina care are o masa
moleculara de 6.000 Da. Ctiva ani mai trziu s-a stabilit structura primara a ribonucleazei (M = 13.000 Da), iar n
prezent sunt cunoscute structurile primare ale multor proteine cu mase moleculare mult mai mari si care sunt
formate din sute sau chiar mii de resturi de aminoacizi.

Molecula insulinei contine doua catene polipeptidice: catena A cu 21 resturi de aminoacizi ce contine o
punte disulfidica intracatenara formata de resturile Cys6 si Cys11 si catena B alcatuita din 30 resturi de aminoacizi.
Cele doua catene polipeptidice sunt legate ntre ele prin doua punti disulfidice formate de resturile de cisteina A7 -
B7 si respectiv A20 - B19:
 I.4.2. Structura secundara a proteinelor.

Modelul helicoidal. Studiul proteinelor fibrilare din clasa scleroproteinelor prin metoda difractiei razelor X
a evidentiat faptul ca acestea se caracterizeaza prin prezenta unor regularitati structurale ale moleculei, prin unitati
care se repeta si care sunt dispuse de-a lungul unui ax imaginar al moleculei.

Aceste regularitati n structura moleculei au fost numite perioade de identitate si ele difera de la o
proteina la alta.

n functie de marimea perioadelor lor de identitate, proteinele se mpart n 3 grupe:

- grupa -keratinei, miozinei si fibrinogenului

- grupa -keratinei si fibroinei

- grupa colagenului

Efectund experimente pe cristale peptidice, Pauling si Corey au stabilit cu rigurozitate conditiile formarii
catenelor polipeptidice si au constituit modele experimentale care sa ilustreze modul n care catenele polipeptidice
sunt orientate n spatiu n functie de natura si numarul legaturilor peptidice, precum si de dimensiunile lor. Autorii
au stabilit de asemenea, urmatoarele criterii care stau la baza formarii catenelor polipeptidice:

- aminoacizii constituenti trebuie sa prezinte configuratie L si au n structura proteinelor aceeasi valoare,

deoarece catenele lor laterale nu influenteaza structura secundara;

- distantele interatomice si unghiurile de valenta trebuie sa prezinte aceleasi valori, indiferent de marimea
catenei polipeptidice;

- atomii participanti la legatura peptidica trebuie sa fie coplanari, aceasta asezare fiind favorizata
energetic;

- modelul experimental elaborat pe baza datelor de laborator trebuie sa permita formarea unui numar
maxim posibil de legaturi de hidrogen.

Pe baza acestor postulate, Pauling si Corey gasesc ca cel mai simplu aranjament corespunzator acestor
cerinte este modelul helicoidal sau spiralat, denumit -helix. Acesta rezulta prin spiralizarea catenei
polipeptidice n jurul unui cilindru imaginar.

n functie de directia de spiralizare, -helixul poate sa apara teoretic sub doua forme:

- -helixul de dreapta are sensul unui surub cu pasul spre dreapta;

- -helixul de stnga are sensul unui surub cu pasul spre stnga.

 Catenele laterale ale resturilor de aminoacizi ies n afara corpului propriu-zis al -helixului si pot
interactiona ntre ele sau cu solventul n care este dizolvata proteina.

Dintre toti aminoacizii proteinogeni, prolina, hidroxiprolina si chiar glicocolul nu se ncadreaza perfect n -
helix, determinnd o deranjare a structurii regulate a -helixului.

Aceasta asezare spatiala, care confera moleculei o arhitectura structurala speciala, este mentinuta datorita formarii
unui mare numar de punti de hidrogen intracatenare la care participa oxigenul carbonilic din vecinatatea unei
legaturi peptidice si hidrogenul iminic din vecinatatea alteia, situata la o distanta de 4 resturi de aminoacizi.

Modelul straturilor pliate. Datorita structurii lor chimice, prolina si hidroxiprolina nu se nscriu n
structura -helicoidala. Acesti doi aminoacizi heterociclici, dar si glicocolul, tind sa confere catenelor polipeptidice
un alt tip de structura secundara, denumita -conformatie, care corespunde modelului straturilor pliate.

Conform acestui model, doua sau mai multe catene polipeptidice, sau fragmente ale aceleiasi catene se
orienteaza spatial sub forma pliata, n zig-zag.

Modelul straturilor pliate se poate prezenta n doua variante:

- modelul straturilor pliate paralele (caracteristic de exemplu pentru -keratina) se ntlneste atunci
cnd la o extremitate a moleculei sunt orientate capetele C-terminale, iar la cealalta capetele N-terminale ale
catenelor polipeptidice;

- modelul straturilor pliate antiparalele (ntlnit de exemplu la fibroina) se caracterizeaza prin faptul
ca la ambele extremitati ale moleculei capetele C-terminale ale catenelor polipeptidice alterneaza cu cele N-
terminale. n mod automat, atunci cnd structura -pliata este formata de diferite fragmente ale aceleiasi catene
polipeptidice, aceasta va fi de tip antiparalel.

Structura -pliata este stabilizata de punti de hidrogen care se formeaza n mod similar ca n cazul
structurii helicoidale, dar care sunt intercatenare si perpendiculare pe axul moleculei. Daca la -helix radicalii
laterali ai resturilor de aminoacizi sunt orientati spre exterior, n structura -pliata ei se orienteaza de o parte si de
alta a planului legaturii peptidice, perpendicular pe acesta.

De regula, punctele de trecere de la fragmentele helicoidale la cele pliate si invers sunt reprezentate de
resturile de prolina si hidroxiprolina si uneori de cele de glicina.

- Modelul tropocolagenului. Structurile -helicoidala si -pliata sunt caracteristice marii majoritati a

proteinelor. Exista nsa unele proteine, dintre care cea mai importanta este colagenul, care prezinta o structura
secundara caracteristica ce a fost denumita modelul structural al colagenului. Studiile de difractie a razelor X
indica n colagen o structura secundara cu o perioada de identitate de 2,86 , paralela cu axul fibrei.
 Ponderea mare a resturilor de prolina si hidroxiprolina (pna la 25%) din molecula colagenului fac
imposibila structura helicoidala sau pliata, acesti aminoacizi formnd un numar mic de punti de hidrogen. Molecula
colagenului este alcatuita din 3 catene polipeptidice, fiecare avnd o masa moleculara de 95.000 Da si cte 1.000
resturi de aminoacizi. Cele 3 catene ale colagenului sunt strns legate ntre ele prin punti de hidrogen, dnd
nastere tropocolagenului

I.4.3. Structura tertiara a proteinelor

Majoritatea proteinelor native au o structura spatiala compacta determinata de dimensiunile si polaritatea

resturilor de aminoacizi precum si de succesiunea acestora n catenele polipeptidice componente. Acest nivel de
organizare structurala reprezinta deci rezultatul interactiunilor dintre resturile aminoacizilor din catenele
polipeptidice. Structura tertiara este definita ca fiind forma structurala ce rezulta prin superspiralizarea a doua sau
mai multe catene polipeptidice ce contin fragmente -helicoidale si -pliate ntr-o arhitectura spatiala complexa sub
forma de ghem sau globula.

Formarea unei structuri globulare native, caracteristica pentru o proteina data este un proces complex ce
are la baza formarea unei multitudini de legaturi slabe, necovalente. Principalele proteine ale caror structuri tertiare
au fost bine studiate sunt hemoglobina, mioglobina, muramidaza, ribonucleaza, papaina, chimotripsinogenul,
carboxipeptidaza A, subtilizina si altele. Mentinerea si stabilizarea structurii tertiare se realizeaza prin fortele de
atractie ce apar ntre radicalii aminoacizilor componenti care se pot orienta n asa fel nct sa ajunga n pozitii
favorabile formarii diferitelor tipuri de legaturi. Dintre acestea, cele mai importante sunt urmatoarele:

- legaturile de hidrogen se formeaza ntre gruparile fenolice ale resturilor de tirozina si respectiv
grupele -COOH apartinnd resturilor de acid aspartic si glutamic, sau ntre nucleul imidazolic al histidinei si grupa -
OH a serinei;

- legaturile ionice se formeaza ntre grupele -COOH ale acizilor aspartic si glutamic si grupele -NH2 ale
lizinei si argininei. Numarul legaturilor ionice este relativ mic, deoarece majoritatea grupelor functionale ionizate
interactioneaza cu dipolii apei. Conformatia proteinelor n solutie este de asa natura nct un numar ct mai mare
de grupari polare sa fie expuse la suprafata arhitecturii moleculare, iar gruparile hidrofobe sunt orientate de regula
spre interiorul moleculei;

- legaturile van der Waals se formeaza ntre resturile hidrocarbonate ale aminoacizilor. Aceste
interactiuni sunt date, n principal, de resturile de alanina, fenilalanina, leucina, valina, izoleucina etc. Majoritatea
radicalilor nepolari, hidrofobi ai acestor aminoacizi se orienteaza spre interiorul moleculei asigurnd stabilitatea
structurii acestora. Radicalii polari, ionizati, ai unor aminoacizi (n primul rnd cei de arginina, lizina, acid aspartic si
acid glutamic) sunt orientati spre exteriorul moleculei proteice unde interactioneaza cu dipolii apei din mediu.

Datorita aparitiei interactiunilor enumerate mai sus este asigurata pe de o parte nu numai stabilitatea
structurii tridimensionale ci si conformatia optima din punct de vedere termodinamic. Pe de alta parte, diversitatea
tipurilor de legaturi ntlnite n structura tertiara a proteinelor, precum si valorile energiilor de legatura, explica
marea labilitate a proteinelor sub actiunea diversilor factori fizico-chimici cum ar fi pH-ul mediului, temperatura,
presiunea osmotica, prezenta sau absenta unor substante chimice etc.

Dezorganizarea structurii tertiare, care este foarte complexa si variata, determina pierderea proprietatilor
biologice ale proteinelor!

Deseori se pot produce modificari foarte mici n conformatia determinata de structura tertiara prin legarea
ntr-un mod oarecare (de exemplu adsorbtie) a unui compus chimic cu masa moleculara mica. Aceste modificari
conformationale poarta numele de efect alosteric si joaca un rol extrem de important n reglarea activitatii
enzimelor.
 n ceea ce priveste forma moleculelor proteice care este data de structura secundara si tertiara a
acestora, se cunosc doua tipuri extreme (proteine fibrilare si respectiv proteine globulare), majoritatea proteinelor
avnd nsa structuri intermediare. Forma moleculelor proteice nu depinde numai de factorii ce tin de nsasi
structura proteinelor ci si de factorii de mediu.

Replierea si superspiralizarea catenelor polipeptidice depind de pH-ul mediului, de salinitatea acestuia, de

prezenta sau absenta anumitor compusi chimici, de presiune osmotica de temperatura etc., ceea ce explica marea
variabilitate functionala a proteinelor n raport cu mediul de reactie, precum si faptul ca unele proteine fibrilare pot
trece n forma globulara si invers, odata cu modificarea caracteristicilor mediului.

I.4.4.Structura cuaternara a proteinelor

Aceasta reprezinta nivelul de organizare cel mai nalt al proteinelor si este rezultatul interactiunilor dintre
catenele polipeptidice independente, fiecare cu structura sa primara, secundara si tertiara caracteristica.

Acest tip de structura nu se ntlneste la toate proteinele. El este caracteristic, n principal, proteinelor
globulare a caror masa moleculara este mai mare de 50.000 Da si sunt proteine oligomere, adica au molecula
formata din mai multi protomeri. Subunitatile proteinelor oligomere pot fi foarte diferite n functie de complexitatea
structurilor primara, secundara si tertiara. Unele proteine oligomere formeaza structuri cuaternare prin asocierea
subunitatilor globulare (cum se ntmpla n cazul hemoglobinei) sau a unor subunitati spiralate, filiforme (ca de
exemplu la proteina virusului mozaicului tutunului - VMT).

Un exemplu concret de proteina oligomera cu structura cuaternara este insulina, n formarea careia, un rol
extrem de important l joaca diferiti parametri fizico-chimici. Structura primara a insulinei este cunoscuta, cea
secundara este de tip -helix, iar structura tertiara nu este nca pe deplin elucidata. Structura cuaternara rezulta
prin polimerizare si depinde de pH, temperatura, concentratia insulinei n mediu si de prezenta ionilor de Zn 2+. n
conditii obisnuite, insulina este un tetramer cu masa moleculara de 24.000 Da. Insulina cristalizata poate exista
sub forma de dimer dau hexamer, nsa uneori este prezenta exclusiv sub forma de monomer.

n proteinele native se formeaza att legaturi puternice, covalente, ct si legaturi si interactiuni slabe,
fiecare dintre acestea ndeplinind anumite functii care asigura exercitarea rolului biologic specific fiecarei proteine n
parte.

a) Legaturile covalente. n structura tuturor proteinelor native exista doua tipuri de legaturi covalente:
legaturi peptidice si legaturi (punti) disulfidice. Legaturile peptidice sunt identice cu cele de la peptide, avnd
acelasi caracter partial de legatura dubla si servesc la ncatenarea resturilor de aminoacizi cu formarea cetenelor
polipeptidice si a proteinelor, iar puntile disulfidice iau nastere prin oxidarea enzimatica a resturilor de cisteina cu
formarea cistinei Legaturile disulfidice joaca un rol extrem de important n stabilizarea structurii spatiale a
proteinelor. Atunci cnd resturile de cisteina implicate apartin aceleiasi catene polipeptidice se formeaza punti
disulfidice intracatenare, dar daca resturile de cisteina sunt situate n catene diferite ele formeaza puntile
disulfidice intercatenare.

b) Legaturile necovalente joaca, de asemenea, un rol important n stabilizarea conformatiei

macromoleculelor proteice. Dintre acestea, cele mai importante sunt interactiunile hidrofobe, puntile de hidrogen,
legaturile ionice etc.
 - Interactiunile hidrofobe iau nastere ntre resturile alchil sau aril cu caracter hidrofob ale diferitilor
aminoacizi (alanina, valina, leucina, izoleucina, fenilalanina si triptofan). Procesul de formare a interactiunilor
hidrofobe se poate reprezenta ca fiind rezultatul deplasarii radicalilor nepolari (metil, etil, fenil etc.) ai catenelor
polipeptidice din mediul apos ntr-o zona hidrofoba formata ca urmare a interactiunii dintre aceste grupari. Asa se
explica faptul ca la proteinele globulare, solubile, suprafata moleculelor este preponderent hidrofila, iar interiorul
are n general caracter hidrofob.

- Legaturile de hidrogen se formeaza ntre atomi de hidrogen legati covalent de atomi ce au o pereche de
electroni neparticipanti si diversi atomi cu caracter electronegativ cum a fi atomii de oxigen, azot etc. n polipeptide
si proteine, puntile de hidrogen pot fi att intercatenare (asa cum se ntmpla de exemplu n -helix) ct si
intracatenare (ca n structura -pliata).

- Legaturile ionice se formeaza preponderent ntre grupele carboxilice libere ale resturilor de acid aspartic
si glutamic si respectiv grupele aminice libere ale resturilor de lizina si arginina.

a - legatura peptidica
b - legatura ionica
c - punti de hidrogen
d - interactiuni hidrofobe
e - punti disulfidice