Conformaia proteinelor

structura superioar, spaial a proteinelor este rezultatul legturilor stabilite ntre catenele laterale ale aminoacizilor componeni. nivele de organizare: structura secundar, teriar i cuaternar, nivele ce alctuiesc conformaia proteinei. Trecerea la conformaia spaial se datoreaz tendinei proteinei de a avea G minim n condiiile particulare ale mediului n care se afl: pH, trie ionic, temperatur, solvent. Conformaia este dependent de structura primar i este rspunztoare pentru funcia biologic specific a proteinei. Orice modificare conformaional va afecta funcia biologic specific a proteinei, acest lucru constituind un aspect important n etiologia a numeroase maladii.

Structura secundar
Este o organizare regulat, repetitiv, realizat prin legturi de hidrogen ntre componentele legturilor peptidice (ntre hidrogenul gruprii NH- i oxigenul gruprii carbonil). Legturile pot fi intra sau intercatenare. Unghiurile i ale legturilor peptidice vor avea valori egale n toate legturile peptidice din segmentul cu structur secundar regulat. Proteinele cu structur secundar prezint variante sau modele de realizare a structurii: - helix foaie pliat (structur ) bucle de legtur (cot ) superhelix (colagenic)

Modelul -helix
spiral cu nfurare spre dreapta, acest tip de nfurare fiind mai stabil. Confomaia este realizat prin legturi de hidrogen ntre componentele legturilor peptidice provenind de la un rest de aminoacid i cel de-al patrulea care l urmeaz n caten:
O C (NH CH R C O) 3 H N

Legturile de hidrogen sunt paralele cu axul spiralei, iar radicalii resturilor de aminoacizi sunt ndreptai ctre exterior, proteina intrnd n interacie cu solventul. destabilizat de resturilor de prolin (nu au grupare NH-), de prezena radicalilor voluminoi (Val, Ile) sau cu potenial de a forma legturi de hidrogen ntre catenele laterale (Ser, Asp). Modelul -helix este comun att proteinelor fibroase (miozin, tropomiozin, -keratin) ct i globulare (globinele din hemoglobin). -Keratina component major al prului, pielii, unghiilor - este constituit aproape n ntregime din structuri -helix.

H O H C R H N R C N HO C C C

O C N R H O H N H N C C R H
3,6 resturi de aminoacizi 5,4

H R

Modelul foaie pliat (structur )

Structura mai afnat, fiecare aminoacid avnd 3,5. legturile de hidrogen sunt perpendiculare pe axa polipeptidului i se stabilesc ntre catene diferite sau segmente ale aceleiai catene, dispuse paralel. sunt preferai aminoacizi cei cu caten lateral redus: Gli, Ala - se orienteaz de o parte i de alta a planului structurii. Structurile obinute pot fi pliate paralel (catenele au extremitatea N-terminal n aceeai parte) sau antiparalel cnd catenele au direcii opuse.

R C H C O H N H C R O C N H R C H C O H N

H H N

C R

C O R C H N H O C H C R H N C O

R C H C O H N H C R O C N H R C H C O H N

H C O

H N H C O C N R C C H N

R H H O

Se ntlnete att la proteine fibroase ct i globulare, un exemplu caracteristic fiind -keratina din firele de mtase unde o secven repetitiv Ser-Gli-Ala-Gli formeaz o structur antiparalel -pliat. Un exemplu ce arat dependena tipului de conformaie de mediul nconjurtor este transformarea:
cldur, umezeal, traciune

alfa Keratina

- keratina

La cald, legturile rigide din modelul -helix se rup, formndu-se legturi mai extinse caracteristice modelului .

La rece, are loc reacia invers, plierea catenelor fiind impus de considerente sterice cum sunt mrimea i structura radicalului R.

Bucle de legtur (cot )

structur format din patru resturi de aminoacizi (acetia pot fi: Gli, Pro, Asp, Asn, Ser) ntre care se formeaz o legtur de hidrogen ntre AA1 i AA3, care permite schimbarea brusc de direcie a catenei polipeptidice Face legtura ntre segmentele cu structur regulat -helix sau foaie pliat

Modelul superhelix
Se mai numete i colagenic, colagenul, cea mai rspndit protein din organism. 74% din piele, 23% din oase, 64% din cornee, 50% din cartilaje, 12-24% din aorte, 10% din plmni, 4% din ficat. colagenul are un coninut ridicat de glicin (33%), prolin (13%),aminoacizi derivai (10%), ca 4hidroxiprolin i 5-hidroxilizin, Prezena aminoacizilor derivai permite formarea de legturi O-glicozidice cu diverse glucide. constituit din trei catene polipeptidice nfurate ntr-un superhelix cu rsucire stnga, aspect de funie mpletit. De exemplu, molecula de colagen tip I se prezint ca cilindru cu lungimea de 3000 i limea de 15 . caracteristic comun este prezena glicinei din trei n trei aminoacizi i repetarea de sute de ori, uneori n tandem, a secvenelor Gli-Pro-Y, Gli-XHO-Pro

 n colagen se gsesc, de asemenea, covalene ntre lizin i lizina modificat numit allizin. Allizina se formeaz din lizin prin aciunea unei enzime ce transform gruparea -amino a lizinei n grupare aldehidic.
Gruparea aldehidic sufer imediat o reacie de adiie nucleofilic fie a gruprii amino a resturilor de lizin, fie a gruprii -aldehidice a altei molecule de allizin, formnd cu acestea legturi covalente.

O singur molecul de colagen Lan Triplu helix

Fibrila de colagen
67 nm

Legturi covalente

Structura supersecundar (organizarea domenial)

Elementele de structur secundar ce pot realiza combinaii comune, adic motive structurale. Pot fi, de exemplu:
helix-bucl-helix fermoar de leucin bucl de legare pentru calciu aflat ntre dou helixuri deget de zinc structur cheie greceasc --

Termenul motiv este utilizat sub dou aspecte diferite n biologia structural: - n primul caz, prin acest termen se nelege o secven particular de aminoacizi caracteristic pentru o funcie biochimic specific. Un astfel de exemplu este aa numitul motivul degetul de Zn, ntlnit ntr-o familie de proteine variate, care leag ADN.
Aceste motive secveniale pot fi recunoscute i detectate n secvena de aminoacizi, furniznd astfel dovezi importante despre funcia biochimic. - n al doilea caz, prin motiv se nelege un grup de elemente adiacente ale structurii secundare care, fie c au o semnificaie funcional particular, fie definesc o poriune a unui domeniu pliat independent. Un astfel de exemplu ar fi motivul celor dou helixuri nfurate, ntlnit la multe proteine care leag ADN. Acesta este un motiv structural, care exist ca i domeniu stabil numai dac este exprimat n contextul proteinei din care face parte, dar dac este detectat ntr-o protein care leag ADN poate fi un element important de recunoatere.

Domenii structurale
Motivele structurale se pot asocia dnd structuri supersecundare, stabile, tridimensionale, numite domenii (module proteice). Domeniile sunt entiti distincte ca i conformaie i proprieti biologice, proteinele mai mari formeaz, de regul, dou sau mai multe domenii structurale. Acestea sunt regiuni compacte din structura proteinei, care de obicei, dar nu ntotdeauna, sunt formate dintr-un segment continuu de secvene de aminoacizi i sunt capabile s formeze o structur pliat cu stabilitate proprie n soluii apoase. Nu toate domeniile structurale sunt formate din poriuni polipeptidice continue; n unele proteine un domeniu este ntrerupt de un bloc de secvene care se pliaz ntr-un domeniu separat, dup care domeniul iniial se continu (de exemplu n cazul enzimei alaninracemaza). O structur polipeptidic cu caten foarte lung se structureaz deseori n mai multe domenii. n general, un domeniu are 100-250 aminoacizi, avnd un miez hidrofob i un exterior hidrofil. Pn n prezent, cel mai mare numr de domenii gsit ntr-o protein este de 13.

O protein alctuit din mai multe domenii structurale se dezvolt prin fuziunea genelor care au codificat anterior proteine distincte. fiecare domeniu n parte are o anumit funcie biochimic specific, iar funcia ntregii proteine este determinat de suma proprietilor individuale ale domeniilor. Proteinele implicate n controlul ciclului celular i n transducia semnalelor sunt construite n aceast manier. ordinea lor de apariie n structura polipeptidic nu este ntotdeauna important. se poate realiza o clasificare a proteinelor n familii pe baza structurii domeniilor pe care le conin Familiile structurale nu au ntotdeauna aceeai funcie i, n mod similar, proteinele care au aceeai funcie biochimic nu au ntotdeauna aceleai domenii structurale, aa cum este cazul transaminrii aminoacizilor: enzime diferite catalizeaz acelai tip de reacie, dar nu au asemnri structurale ntre ele nici la nivelul secvenelor de aminoacizi i nici la nivelul structurii teriare; doar situsurile active sunt foarte asemntoare. n proteinele multifuncionale, cu peste trei sute resturi de aminoacizi, deseori proteina este constituit din mai multe domenii, fiecare asociat cu o funcie a proteinei. De exemplu acid gras sintetaza are 7 funcii catalitice ndeplinite de domenii diferite ce fac parte din aceeai caten polipeptidic.

Structura teriar
Conformaia proteinei este dependent de structura primar Aranjamentul variatelor structuri secundare ntr-o structur compact, spaial alternana unor poriuni cu structur regulat i rigid ( helix i pliat) cu poriuni neordonate, flexibile, nfurate aparent aleatoriu

nfurarea are loc spontan pe baza legturilor stabilite ntre catenele laterale R ale resturilor de aminoacizi:

Interaciuni hidrofobice i van der Waals

principal hidrofobe, hidrogen, esterice, ionice, puni disulfidice

CH2 O H H3C H3C

Lan CH CH3 CH3 CH OH CH2 S S CH2 polipeptidic

Legtur de hidrogen O C CH2

Structura secundar i teriar induc moleculei

stereospecificitate, responsabil de reactivitatea chimic i biologic a proteinelor

Punte disulfidic O CH2 CH2 CH2 CH2 + NH3 O C CH2

Legtur ionic

Structura teriar este labil fa de aciunea agenilor denaturani, fizici i chimici, care denatureaz proteina concomitent cu pierderea proprietilor acesteia Pe baza structurii teriare proteinele se mpart n dou categorii: Globulare, care au segmente helix i foaie pliat ce alterneaz cu bucle de legtur sau coturi . Se mpart n dou categorii: intracelulare solubile i membranare insolubile (canale intramembranare). Exemplu: ribonucleaza are 124 resturi de aminoacizi, 4 puni S-S, un domeniu helix i un pliat antiparalel. Fibrilare, n care un tip de structur secundar este extins pe o poriune foarte mare din molecul. Coninutul mare de Gli, Pro, HO-Pro, le face insolubile. Au localizare structural.

Modificri covalente pentru a le modifica funcia:

legarea gruprilor acetil de captul amino-terminal al multor proteine, modificare care le face mai rezistente la degradare; legarea gruprilor hidroxil de resturile de prolin stabilizeaz fibrele de colagen nou sintetizat; scorbut, formarea -carboxiglutamatului vitamina K, hemoragie; legarea unitilor de carbohidrai la nivelul resturilor de asparagin, ceea ce le face mai hidrofile i, astfel, capabile s participe la interaciuni cu alte proteine; fosforilrii aminoacizilor hidroxilici (Ser i Thr, n cazul adrenalinei, respectiv Tir, n cazul insulinei); comutatoare n procesele de reglare celular. Pe lng modificrile precedente, care s-au realizat prin legarea la aminoacizi a unor grupri speciale, mai sunt posibile i alte modificri, realizate prin reorganizarea catenelor laterale i, uneori, chiar a catenei peptidice de baz. Scindri i modificri dup sintez enzimele digestive, fibrinogenului solubil la fibrin insolubil, hormoni

Structur cuaternar
Reprezint nivelul cel mai nalt de organizare, fiind rezultatul interaciunilor dintre catene polipeptidice independente ce sunt organizate la nivelul structurii primare, secundare i teriare. caracteristic proteinelor globulare cu mas molecular de peste 60000 Da i care prezint o structur oligomer cuprinde mai multe uniti monomere (protomeri) este foarte labil

Alosteria
- modificarea conformaiei unei proteine sub aciunea unor factori chimici exteriori - se leg de situsuri specifice (situs alosteric) i produc modificarea radical a conformaiei proteinei - efector pozitiv sau activator, efector negativ sau inhibitor - Alosteria este reversibil

Alosteria

Baza structural a funciilor proteinelor

Exist 4 funcii principale ale proteinelor : stabilirea de interaciuni cu diferite elemente funcionale; au rol catalitic ; au rol comutator ; sunt elemente structurale

Localizarea situsurilor de legare a proteinelor

Recunoaterea specific a unei macromolecule de ctre o protein implic de obicei interaciuni pe o suprafa ntins, continu, sau pe mai multe regiuni distincte cu molecule mici, cum ar fi liganzii, de exemplu : - substraturile pentru cataliza enzimatic ; - cofactorii enzimatici se leag de situsurile active i contribuie la cataliz ; - efectorii alosterici se leag n alt parte dect centrul activ i moduleaz activitatea enzimei.

Proprietile proteinelor
Masa molecular: Are valori cuprinse ntre 5000 i 4200000 Da Metode chimice Ultracentrifugare Cromatografie de gel-filtrare Determinarea vscozitii soluiilor proteice Determinarea presiunii osmotice Solubilitatea - Mas molecular mare soluii coloidale presiune osmotic - Scderea cantitii de proteine plasmatice duce la intrarea apei n esuturi, fenomen cunoscut sub numele de edem. - Solubilitatea n ap depinde de concentraia n sruri a soluiei - pH izoelectric (pHi sau pI)

Proprieti legate de sarcina electric: - Numrul i felul gruprilor ionizabile - pH-ul soluiei - Sarcina electric a proteinei este responsabil, la valoarea fix de pH = 7,4 0,05 (pH fiziologic), de conformaia i activitatea biologic a proteinei - Electroforeza - metod de separare, identificare, determinare M Absorbia radiaiei UV - nu absorb lumina vizibil - Absorb n UV la 190 i 280 nm
Absorbie Acizi nucleici

Proteine

220

240

260

280

300

Lungime de und

Hidroliza proteinelor
reprezint scindarea legturilor peptidice din constituia proteinei, cu ajutorul apei n organism: Hidroliza (digestia) proteinelor alimentare n segmentele tractului digestiv. Hidroliza proteinelor proprii organismelor, n procesul de catabolism sau regenerare Hidroliza chimic const n fierberea soluiilor proteice n mediu puternic acid sau bazic.

Denaturarea
Procesul de dezorganizare al structurii spaiale a proteinelor, fr afectarea structurii primare
Legturile disulfidice S S pot fi rupte de ageni reductori (de exemplu -mercaptoetanol) Interaciunile moleculare, mult mai slabe dect legturile covalente, pot fi distruse prin simpl nclzire. Majoritatea proteinelor sufer denaturare termic n cteva minute la temperaturi cuprinse ntre 50 i 80C. Din acest motiv, creterea temperaturii corpului cu 5-6C este fatal Reversibil sau ireversibil

Ali ageni denaturani pot fi: Ageni chimici ca: detergeni, solveni organici ce rup legturile hidrofobe sau acizii i bazele ce modific sarcina electric a proteinei. Ioni ai metalelor grele (Pb, Cd, Hg) se leag de gruprile carboxilat i sulfidril. Ureea n concentraie 8M sau clorhidratul de guanidin n concentraie 6M sunt cei mai utilizai ageni de denaturare n studiul proteinelor. Acetia sunt ageni hidrofilici ce rup legturile de hidrogen dintre moleculele de ap, reducnd astfel i legtura apei cu proteina, fapt ce duce la precipitarea acesteia. Ageni fizici ca radiaiile X, UV, ultrasunete, agitarea puternic. Macroscopic, denaturarea modific urmtorii indicatori ai integritii conformaionale a proteinei: Crete entropia Structura ordonat devine dezordonat Scade solubilitatea, antrennd de obicei precipitarea proteinelor Se modific valoarea pH-ului izoelectric i vscozitatea soluiei proteinei Creterea susceptibilitii la hidroliza enzimatic. Acest aspect este utilizat de organism n digestia proteinelor la nivel gastric. Aici mai nti proteinele sunt denaturate prin aciunea acidului clorhidric 0,01M (pH=2), dup care are loc hidroliza enzimatic sub aciunea pepsinei.

Clasificarea proteinelor
Origine Conformaie: globulare i fibrilare Compoziie Simple numai parte proteic (holoproteine) Conjugate (heteroproteine) - protein (apoprotein) - grup prostetic: metaloproteine, glicoproteine, lipoproteine, fosfoproteine, cromoproteine i nucleoproteine

Holoproteine globulare animale

Dou subclase: Protamine i histone: proteine cu localizare n nucleu, bogate n (Arg, Lis, His), ceea ce le confer un caracter puternic bazic. Acest lucru le permite formarea de complexe nucleo-proteice cu acizii nucleici. Au n general mase moleculare mici: 5000 10000 Da protaminele i 10000 - 20000 Da histonele. Albuminele i globulinele plasmatice: proteinele plasmatice (6-8 g/100 ml plasm) sunt un amestec de proteine ce cuprind 10-15 tipuri principale i 10000 - 20000 alte componente minore. Roluri principale: Meninerea presiunii osmotice (albumine); Legare i transport a altor molecule (transcobalamin, lipoproteine, globulina de legare a tiroxinei, transferina, etc.); Inhibitori de proteaze eliberate n cursul diferitelor procese (1antitripsin, 2-macroglobulina, 1-antichimotripsina, antitrombina); Anticorpi (imunoglobuline sau gamaglobuline); Factori de coagulare. Electroforez 5 fraciuni de migrare : albumine 52-59% i patru tipuri de globuline (1 3-5%; 2 8-10%, 12-14% i 1620%),

Albumina seric
reprezint 60% din proteinele plasmatice. Este sintetizat n ficat (12 g / zi) i are T1/2 = 17 zile. este globular, format dintr-o singur caten polipeptidic ce conine 585 resturi de aminoacizi. Are masa molecular egal cu 66000 Da. Este prezent n lichidul interstiial i n limf, dar la o concentraie mai sczut dect n plasm. Are capacitatea de a trece din snge n limf. Albumina realizeaz 80% din presiunea coloidal a plasmei. Dac concentraia albuminei scade accentuat, apa se acumuleaz n spaiul interstiial, rezultnd edeme. Albumina are situsuri de legare pentru foarte multe molecule ce circul ataate de ea: acizi grai, tiroxin, cortizol, hem, bilirubina, calciu, substane exogene (medicamente), etc.

Globulinele
Se separ n 4 mari fracii electroforetice: 1, 2, i . Fraciunile 1, 2 i cuprind proteine globulare cu roluri diverse: Globuline de transport: 1-lipoproteina, ceruloplasmina, 2-proteina de legare a retinolului, transferina, -transcobalamina Globuline antiproteaze: 1-antitripsina, 2monoglobulin. Enzime: 2-colinesteraz, -plasminogen Factori de coagulare: 2-protrombin, -factorii V, VII, IX, X, XI, XII, XIII

Imunoglobuline: gama-globuline
complexe antigen anticorp specificitate antigenic unic este constituit din dou catene identice grele (H) i dou catene identice uoare (L), legate prin puni S-S Prezint domenii: variabile (capt NH2) si relativ constante (capt COOH)

Subclase de imunoglobuline i proprietile lor

Clasa Masa molecular 150000 170000720000 160000 190000 950000 Tipul CH 53000 64000 58000 75000 70000 %glucide Concentraia n ser (mg) 600-1800

IgG

2-3

IgA

7-12

90-420

IgD IgE IgM

10-12 10-12

0,3-40 0,01-0,1 50-190

Holoproteine fibrilare solubile

Fibrinogenul. Este precursorul fibrinei din coagulul sngelui. Este o
protein mare, M = 340000 Da, format din trei perechi de catene polipeptidice A, B i , cu structur -helix, legate ntre ele prin puni de

sulf. Cele trei catene sunt legate de trei domenii globulare.

Miozina. Este o component a filamentelor groase de muchi striat.

Este format dintr-o pereche de catene grele i 2 perechi de catene uoare diferite. Capetele C-terminale ale celor dou catene grele sunt legate printr-o structur elicoidat lax. Capetele N-terminale formeaz capete globulare.

 Tropomiozina. Este component a filamentelor subiri din

muchiul striat. Este format din 2 subuniti cu structur -helix ce se rotesc una n jurul celeilalte, genernd o structur superhelicoidal. Cele 2 catene se leag ntre ele pe sistemul cap coad.

Holoproteine fibrilare insolubile

Scleroproteinele. Sunt proteine din esutul conjunctiv i cel epitelial, unde ndeplinesc roluri de susinere, protecie, rezisten mecanic. Sunt insolubile, rezistente la hidroliz. Din punct de vedere chimic au un procent mai ridicat de oxigen i un numr mare de resturi de glicin, prolin i cistein. Principalele scleroproteine sunt: colagenele, elastinele i keratinele.

 Colagenele. n afara principalului reprezentant, tropocolagenul, mai amintim reticulina din ganglionii limfatici i vitrozina din umoarea vitroas.

Elastinele
confer esuturilor i organelor capacitatea de a se ntinde fr a se rupe, constituind fibre elastice n ligamente, pereii vaselor, etc. au un coninut mai mic de prolin i hidroxiprolin dect colagenul i un coninut ridicat de allizin; 3 resturi de allizin i unul de lizin formeaz structuri ciclice de desmozin sau orodesmozin ce leag catenele polipeptidice n fibrele de elastin. nu au secvene repetitive de Gly-Pro sau Gly-X-Hyp i nu formeaz superhelixuri. nu are o structur secundar ordonat, conine structuri dezordonate n care resturile de aminoacizi sunt foarte mobile, ceea ce confer proteinei o elasticitate de tip cauciuc.

 Keratinele. Sunt proteine fibroase din pr, piele i unghii. Au o mare rezisten chimic i mecanic. Sunt formate dintr-un singur tip de structur secundar: -helix (-keratina), -foaie pliat (-keratina). Structura lor conine un segment de 7 aminoacizi repetat n tandem de tipul (a b c d e f g)n , unde a i d sunt aminoacizi hidrofobi, iar e i g sunt aminoacizi polari ionizai, realizndu-se astfel o structur helicoidal cu trei catene. Pe cealalt parte se vor alinia aminoacizi polari ce vor forma legturi cu apa, stabiliznd triplul helix.