Peptide si proteine

Conf. Dr. Elena Petrescu

Șef lucr. Dr. Mărculescu Afrodita
Protein - Structure Of Protein - What Is
Protein Made Of - Structure Of Amino
Acids Building Blocks

• https://www.youtube.com/watch?v=1peFJ_-N7V8

2
 PROTEINE - roluri

Proteinele sunt constituenti esentiali ai organismelor ce

indeplinesc diferite roluri cum ar fi:
•rol catalitic - enzimele
•rol structural – proteinele structurale precum colagenul
•rol locomotor – proteine contractile actina miozina
•rol de transport si depozitare - hemoglobina respectiv
mioglobina
•rol de reglare si control –hormonii
•rol de aparare - anticorpii
3
 Peptide
• Conțin doi sau mai mulți aminoacizi uniți prin
legături peptidice: legături de tip amidic
formate prin eliminarea unei molecule de apă
între gruparea α-carboxil a unui aminoacid și
gruparea α-amino a aminoacidului vecin

4
 PEPTIDE

• Peptidele și proteinele naturale variază în lungime, conținând între două și

câteva mii de resturi aminoacidice (ex: apolipoproteina B-100 conține aprox.
4500 AA)
- lanturile cu un numar mai mic de 10 aa se numesc oligopeptide (tripeptidul
glutationul (GSH)
- lanturile cu un numar de aa cuprins intre 10 si 100 aa se numesc polipeptide
- lanturile cu un numar mai mare de 100 aa se numesc proteine

5
 Peptide
• Peptidele au două caracteristici importante:
• un lant plipeptidic incepe conventional cu gruparea NH2 si se termina cu
gruparea COOH deci adaugarea urmatorului aa se face intotdeauna la capatul
COOH (direcție )
• gruparea NH2 a primului aa si gruparea COOH a ultimului aa poarta
denumirea de grupare “amino” respectiv “carboxi” terminala – doua
extremități diferite (polaritate)

6
 Peptide
• Denumirea peptidelor mici:

Seril-glicil-tirozil-alanil-leucina
7
 Exemple de peptide biologic active
• Hormoni:

- oxitocina (9 AA) – secretată de lobul posterior al hipofizei; stimulează

contracțiile uterine în momentul declanșării nașterii

- vasopresina (ADH - hormon antidiuretic, 9 AA) – secretat de hipofiza

posterioară; stimulează reabsorbția apei în porțiunea finală a tubilor renali
(ambii hormoni sunt sintetizați în nuclei specifici din hipotalamus → ajung pe
cale axonală în lobul posterior al hipofizei, unde sunt depozitați temporar până
în momentul secreției în sânge)

8
 Peptide biologic active
• Neuropeptide: encefalinele (5 AA) și endorfinele (16-31 AA) – produse în
creier; analgezice endogene, endorfinele generează și o stare psihică plăcută

• Peptide vasoactive: bradikinina (9 AA) – determină vasodilatație, rol în

inflamație

• Peptide antioxidante: glutation (GSH: γGlu-Cys-Gly) – intervine în

descompunerea H2O2 → implicat în protecția celulelor față de stresul oxidativ

• Unele antibiotice au structură peptidică: polimixinele, bacitracinele, etc.

9
 STRUCTURA
PROTEINELOR
10
Patru niveluri structurale ale proteinelor

11
 Structura primară a proteinelor
• Reprezintă secvența (ordinea) aminoacizilor în cadrul lanțului polipeptidic, uniți
prin legături peptidice (este numită uneori și ”structura covalentă a proteinelor”)

• Legătura peptidică are caracter parțial de legătură dublă: există un efect de

rezonanță a electronilor între oxigenul carbonilic și azotul amidic → legătura
peptidică este mai scurtă decât o legătură simplă și este rigidă → previne rotația
liberă la nivelul legăturii C–N

• Cei patru atomi ai grupărilor C=0 și N−H sunt coplanari

• Toate legăturile peptidice din proteine sunt în configurație trans (mai stabilă)
• Grupările C=O și N–H au caracter polar → sunt implicate în formarea de legături
de hidrogen care stabilizează structura secundară a proteinelor
12
 Structura primară a proteinelor
• Polipeptidele conțin o coloană vertebrală uniformă
(−NH−CαH−CO−)n și catene laterale variabile, care alternează de o
parte și de alta a coloanei vertebrale
• Rotația liberă este permisă la nivelul legăturilor N−Cα și Cα−C
• Coloana vertebrală a unui lanț polipeptidic poate fi vizualizată ca o
succesiune de planuri rigide, între fiecare două planuri consecutive
existând un punct comun de rotație la nivelul atomului C-α

13
 Structura secundară a proteinelor
• Structura secundara este generata de legaturile de hidrogen in care sunt
implicati atomul de O si H ce apartin diferitelor legaturi peptidice.
• Din cauza polarizarii legaturii primare, pot apare legaturi de hidrogen care
fac ca lantul polipeptidic sa adopte diferite configuratii spatiale si sa nu pastreze
forma liniara care ar rezulta din insiruirea aminoacizilor unul dupa celalalt.
Rotirea, indoirea, curbarea lantului polipeptidic, mai ampla sau mai stransa sunt
determinate de secventa de aminoacizi, de posibilitatea de rotatie la nivelul
C si de prezenta interactiunilor chimice (leg de H)

• Cele mai intilnite forme ale structurii secundare sunt structura:

- α-helix
- β (β-foaie pliată, β-sheet)
14
 1. Structura α-helix
• Lanțul polipeptidic este răsucit în spirală în jurul unui ax longitudinal imaginar
• Catenele laterale ale aminoacizilor proemină la exteriorul spiralei

• Unitatea repetitivă este o tură a α-helixului, având dimensiunea de 5,4 Å de-a

lungul axului (pasul spiralei) și conținând 3,6 resturi aminoacidice

• Structura α-helix este stabilizată prin legături de hidrogen formate între gruparea
N−H a unei legături peptidice și gruparea C=0 a unei alte legături peptidice formată
de cel de al patrulea aminoacid pe direcția de înaintare a lanțului (pozițiile n și n+4)
• Legăturile de hidrogen sunt aproximativ paralele cu axul α-helixului
• Toate legăturile peptidice dintr-un segment α-helicoidal participă la formarea de
legături de H (atomii fiecărei legături peptidice formează două legături de H: una
spre capătul N-terminal și cealaltă spre capătul C-terminal − cu excepția celor situate
la cele două extremități ale α-helixului) 15
α-Helixul

16
α-Helixul

17
 Factori care afectează stabilitatea α-helixului
• Nu toate polipeptidele pot adopta structura de α-helix – interacțiuni între catenele
laterale ale AA (pozițiile n și n+3/n+4, care sunt apropiate spațial) pot stabiliza sau
destabiliza această structură
• Interacțiuni stabilizante – când între catenele laterale se pot forma interacțiuni
necovalente favorabile

• Interacțiuni destabilizante între catenele laterale adiacente:

- catene laterale încărcate (cu sarcini de același semn: Asp/Glu sau Lys/Arg) →
respingere electrostatică
- catene laterale voluminoase (Trp, Ile etc )→ respingere sterică

• Prolina împiedică formarea α-helixului:

- atomul de azot face parte dintr-un ciclu rigid → rotația la nivelul legăturii N−C
este împiedicată → resturile de Pro determină întreruperea structurii α-helicoidale și
îndoirea lanțului polipeptidic (schimbarea direcției)
- atomul de azot al unui rest de Pro aflat în legătură peptidică nu are atom de H care
să participe la formarea de legături de H cu alte resturi de AA
- resturile de Pro se găsesc adeseori între două segmente α-helicoidale
18
Destabilizarea structurii α-helix

19
 2. Structura β (β-foaie pliată)
• Lanțul polipeptidic este aranjat sub formă de
zig-zag și este mai extins comparativ cu α-
helixul (care este o structură mai compactă)
• Două sau mai multe segmente cu structură β
aflate în vecinătate → aspectul unei ”foi pliate”:
- fiecare fâșie conține planul unei legături peptidice
- atomii de C-α se găsesc la nivelul muchiilor de
pliere
- catenele laterale R sunt orientate alternativ de o
parte și de alta a foii pliate

• Legături de hidrogen stabilizează structura β-

pliată: se formază între segmente cu structură β
adiacente (între grupările N−H și C=O ale
legăturilor peptidice) – acestea sunt aproximativ
perpendiculare pe direcția catenelor β

20
 Structura β (β-foaie pliată)
• Există două tipuri de
structură β-foaie pliată, în
funcție de orientarea
segmentelor adiacente:
- paralel – catenele β se
derulează în același sens
N→C
- antiparalel – se derulează
în sensuri opuse

21
 Structura β-turn
• În proteinele globulare, lanțul polipeptidic trebuie să-și schimbe direcția în
mod repetat (să se plieze), pentru a adopta o structură compactă → curbe sau
bucle conectează segmente succesive cu configurație α-helix sau β (până la 1/3
din AA unei proteine globulare se află în asemenea structuri)
• Structura β-turn – buclă ”în ac de păr” care conectează capetele a două
segmente adiacente cu structură β antiparalelă (deci determină schimbarea cu
180o a direcției lanțului)
• β-turn implică patru resturi aminoacidice, gruparea C=O a primului rest
formând o legătură de H cu gruparea N−H a celui de al patrulea rest
• Resturile de Gly și Pro se găsesc deseori în structurile β-turn (Gly este un
reziduu mic si flexibil iar Pro este necesara pentru ca poate adopta forma cis
favorabila indoirii)

22
 Structuri secundare neregulate, nerepetitive
• Lanțul polipeptidic al unei proteine globulare este doar parțial organizat sub
formă de structuri regulate, repetitive (α-helixuri și β-foi pliate)
• Restul lanțului polipeptidic constă din structuri nerepetitive, în care lanțul se
îndoaie sau se pliază, schimbându-și direcția
• Segmentele neregulate sunt, de obicei, flexibile
→ adesea formează regiuni ”balama” care permit mișcarea
unor porțiuni ale proteinei în raport cu altele, în urma legării
unui ligand sau a interacțiunii cu o altă moleculă

23
 Structura terțiară a
• protein
Se referă la aranjarea lanțului elor
polipeptidic într-o conformație
tridimensională, compactă
• Presupune schimbări repetate de direcție (plieri) ale lanțului
polipeptidic, la nivelul regiunilor cu structură secundară neregulată
aflate între segmentele cu structură α-helix și β (care nu se pot plia)

24
 Stabilizarea structurii tertiare
• Structura terțiară este stabilizată prin interacțiuni formate între grupări
chimice din catenele laterale (radicali) ale aminoacizilor localizați în
segmente diferite ale lanțului polipeptidic (aflați la distanță în cadrul
structurii primare)

25
 Interacțiuni care stabilizează
structura terțiară
Interacțiuni necovalente
1. Legături de hidrogen
- formate între grupări polare: o grupare conținând un atom de H legat la O sau N (ex. gruparea
hidroxil a Ser/Thr sau gruparea amino/guanidino a Lys/Arg) și o grupare ce conține un atom cu
densitate electronică mare (ex. gruparea carboxil a Asp/Glu sau gruparea amido a Asn/Gln)
2. Interacțiuni ionice
- atracții electrostatice între grupări încărcate având sarcini opuse: ex. o grupare carboxil (-COO-) a
Asp/Glu și o grupare amino (-NH3+) a Lys sau =NH2+ a Arg
-se mai numesc punți saline
3. Interacțiuni hidrofobe
- formate între grupări nepolare, care tind să se asocieze pentru a evita contactul cu moleculele apei
- formarea interacțiunilor hidrofobe minimizează interacțiunea resturilor aminoacidice nepolare cu
solventul apos → este favorabilă energetic

26
 Interacțiuni care stabilizează structura
terțiară
Legături covalente
• Legătura disulfidică formată între grupările sulfhidril (-SH) a două resturi de
cisteină
- cele două resturi de Cys pot fi situate la distanță mare în structura primară
- aceste legături sunt puternice și au o contribuție majoră la menținerea structurii
tridimensionale a proteinelor

27
Distribuția aminoacizilor în proteinele globulare
• Proteinele aflate în mediu apos → catenele laterale polare (hidrofile) sunt
situate, în general, pe suprafața moleculei, formarea legăturilor de H cu
moleculele apei asigurând hidrosolubilitatea proteinei; catenele laterale
nepolare (hidrofobe) sunt situate în interiorul moleculei proteice
• Proteinele transmembranare conțin resturi nepolare pe suprafață, în contact cu
bistratul lipidic

28
 Domenii în structura terțiară
• Unele proteine globulare complexe sunt organizate sub forma a două sau mai
multe regiuni independente fizic numite domenii structurale (adesea cu funcții
diferite)
• Lanțul polipeptidic al fiecărui domeniu este pliat într-o structură tridimensională
independent de restul proteinei
• Două domenii învecinate sunt conectate printr-o structură simplă – o buclă, uneori
o regiune balama (flexibilă, permite deplasarea unui domeniu în raport cu cel
vecin)

29
 Structura cuaternară
• Unele proteine sunt alcatuite din mai multe lanturi polipeptidice - au structura cuaternara.
• Lanţurile individuale se numesc protomeri sau subunităţi, fiecare având structură primară,
secundară şi terţiară proprie.
• Subunitatile sunt tinute impreuna de interactiunile ce se stabilesc intre resturile de aminoacizi
de pe segmente apartinand diferitelor lanturi si care ajung unele in vecinatatea celorlalte.
• Fortele ce actioneaza pentru asamblarea protomerilor sunt acelelasi care actioneaza in cadrul
structurii terţiare, cu deosebirea că, în acest caz, legăturile se stabilesc între protomeri sau
subunitati .

30
 PROTEIN FOLDING

• https://www.youtube.com/watch?v=Gi9A56nu01E

31
 Proteine simple și proteine conjugate
 Proteine simple – alcătuite exclusiv din aminoacizi

 Proteine conjugate (heteroproteine) – conțin două părți componente:

- apoproteina - alcătuită din aminoacizi
- grupare prostetică - structură neproteică, este asociată permanent cu apoproteina; de
obicei joacă un rol important în funcția biologică a proteinei

• Clase de proteine conjugate:

- lipoproteine - conțin lipide
- glicoproteine - conțin grupări glucidice
- metaloproteine - conțin un metal specific
- cromoproteine - conțin o grupare colorată (hemoproteine, flavoproteine)
- fosfoproteine - conțin grupări fosfat
- nucleoproteine - conțin acizi nucleici
32
 Proteine insolubile
Proteinele fibrilare au de regula rol structural.
Acestea sunt insolubile si intra in alcatuirea tesutului conjunctiv, a muschilor si a
tendoanelor.
Unitatea structurală = un element repetitiv de structură secundară
• Ex: - colagen (în țesutul conjunctiv)
- keratina (în unghii, firul de păr)
- elastina (în plămâni, peretele arterial)

33
 Colagenul
• Se găsește în piele, țesutul osos, ligamente, tendoane, pereții vasculari, etc.
• Este un triplu helix:
helix trei lanțuri polipeptidice (răsucite spre stânga) se înfășoară unul
în jurul celuilalt (cu răsucire spre dreapta) → structură foarte rezistentă
• Helixurile sunt mai extinse decât α-helixul din proteinele globulare
• Conținut ridicat de glicină și prolină;
prolină fiecare al treilea rest aminoacidic este glicina:
moleculă foarte mică → permite apropierea maximă între cele trei lanțuri
• Conține doi aminoacizi particulari: hidroxiprolina și hidroxilizina – obținuți prin
modificare posttranslațională: hidroxilarea Pro și Lys, dependentă de vitamina C
• Triplul helix este stabilizat prin legături de hidrogen intercatenare (resturile de OH-
Pro și OH-Lys au o contribuție importantă la formarea acestor legături)

34
 Colagenul
• Moleculele de colagen individuale se asociază într-o
manieră paralelă și decalată, pentru a forma fibrilele de
colagen
• Unele resturi de Lys și OH-Lys din moleculele de colagen
sunt oxidate (grupările ε-amino sunt oxidate la grupări
aldehidice) → sunt implicate în formarea de legături
covalente încrucișate între moleculele de colagen
învecinate → generarea fibrelor de colagen mature,
caracterizate prin rezistență remarcabilă

35
 Deficienta vitaminei C
• Acidul ascorbic (vitamina C) este un agent reducator si participa la
multe reactii de hidroxilare in organism.
• Roluri importante – ex. sinteza colagenului, carnitinei, catecolaminelor,
acizilor biliari precum si in absorbtia fierului la nivel interstinal
• Boală cauzată de deficitul de vitamin C se numeste scorbut - fragilitate
capilară (echimoze), căderea dinților, degenerare a țesutului osos,
vindecare defectuoasă a plăgilor prin scăderea rezistenței fibrelor de
colagen din țesutul conjunctiv

36
 Proteine solubile
Proteine globulare
•Au formă aproximativ sferică; lanțul polipeptidic este pliat într-o manieră
compactă
•Proteinele citosolice și proteinele plasmatice sunt globulare
•Aminoacizii cu radical nepolar (hidrofob) sunt dispuși în interiorul moleculei, iar
cei cu radical polar (hidrofil) sunt localizați la exterior, în contact cu mediul apos
→ proteinele globulare sunt, în general, hidrosolubile
•O proteină globulară poate avea structură secundară:
- exclusiv de tip α-helix
- exclusiv de tip β-foaie pliată
- mixtă: segmente cu structură α-helicoidală și segmente cu structură β

37
 Exemple de proteine globulare

• 1. Proteine citoplasmatice – hemoproteinele:

hemoproteinele
a. Mioglobina
b. Hemoglobina
c. Citocromii
Mioglobina, hemoglobina, citocromii – proteine conjugate care conțin hem,
situate în citoplasma celulelor (mediu apos)

• 2. Proteine membranare – receptorul β2-adrenergic

(prezinta “solubiliate” mixta adica portiuni cu caracter hidrofil si portiuni cu
carater lipofil)
38
 Mioglobina
• Proteină globulară monomerică (conține un singur lanț polipeptidic) –
are structură primară, secundară și terțiară
• Se găsește în țesutul muscular → are rolul de a stoca oxigenul,
ul pentru a-l
elibera în condițiile hipoxiei musculare (exercițiu fizic intens și
prelungit)
• Proteină conjugată alcătuită din: - parte proteică = globina
- grupare prostetică = hemul

39
 Mioglobina
Globina:
• Lanț polipeptidic cu 153 aminoacizi
• Structura secundară: 8 segmente α-helicoidale, notate de la A la H
• Aprox. 75% din resturile aminoacidice se găsesc în segmentele α-helicoidale
• În unele din regiunile inter-helicoidale se găsesc resturi de prolină
• Aminoacizii cu radical polar se găsesc preponderent la exteriorul moleculei, iar
în interior predomină aminoacizi cu radical nepolar (între aceștia se formează
interacțiuni hidrofobe)

40
 Mioglobina
Hemul:
• Conține o grupare organică (protoporfirina IX)
IX + un ion
metalic (Fe2+)
• Situat intr-o cavitate îngustă formată în interiorul lanțului de
globină (”buzunarul” hemului) → menținut în poziție prin
interacțiuni hidrofobe între inelul porfirinic și catene laterale M: −CH3 metil
nepolare ale aminoacizilor din buzunarul hemului (importante V: −CH=CH2 vinil
deoarece previn pătrunderea moleculelor de apă) P: −CH2−CH3–COO−
propionil
• Buzunarul hemului conține și două resturi de histidină (cu
caracter polar):
- His F8 (His proximală) – legată covalent la fierul grupării hem
- His E7 (His distală) – nu se leagă la fier, dar este implicată în
stabilizarea legării oxigenului la Fe2+

41
 Mioglobina
• Protoporfirina IX:
IX patru inele de pirol unite
prin punți metinice (=CH−)
• Ionul Fe2+ are șase poziții de coordinare:
- patru sunt ocupate de atomii de azot ai
nucleelor pirolice
- a cincea este ocupată de un atom de azot
al His proximale
- molecula de oxigen se leagă reversibil la a
șasea poziție de coordinare a fierului (His
distală este situată în vecinătate) – numai
Fe2+ poate lega O2 (Fe3+ nu poate)

• Legătura cu His proximală, respectiv cu O2

sunt perpendiculare pe planul hemului, de o
parte și de alta a acestuia

42
 Bibliografie
• Curs studenți - Biochimie – Conf. Dr. Elena Petrescu Dănilă
• Richard A. Harvey, Denise R. Ferrier. Lippincott’s Illustrated Reviews – Biochemistry. 5th
edition, 2011. http://www.uobabylon.edu.iq/eprints/paper_11_9137_715.pdf
• Robert K. Murray, David A. Bender, Kethleen M. Botham, Peter J. Kennelly, Victor W. Rodwell.
Harper’s Illustrated Biochemistry. 29th edition, 2012.
• Colleen Smith, Allan D. Marks, Michael Lieberman. Marks’ Basic Medical Biochemistry: A
Clinical Approach. 2nd edition, 2004.
• David L. Nelson, Michael M. Cox. Lehninger Principles of Biochemistry. 6th edition, 2013.
• Reginald H. Garrett, Charles M. Grisham. Biochemistry. 2nd edition, 1999.
• Mary K. Campbell, Shawn O. Farrell. Biochemistry. 6th edition, 2007.

43