Documente Academic
Documente Profesional
Documente Cultură
AA Si Proteine Modificat 2015
AA Si Proteine Modificat 2015
Plan de lectie
1. Aminoacizi
1.1 Definitie, structura, nomenclatura
1.2 Proprietati fizice si chimice
2. Proteine
2.1Structura
2.1.1Structura primara
1.1.2.Structura secundara
2.1.2Structura tertiara
2.1.3Structura cuaternara
2.2 Relatie functie structura
2.2 Proprietati, exemple
1. Aminoacizi
1.1Generalitati definitie
Aminoacizii sunt molecule mici care contin doua grupari functionale si anume gruparea
amino (-NH2) si gruparea acida (carboxil -COOH) de unde provine si denumirea lor. Din
marea clasa a aminoacizilor pentru organismele biologice sunt importanti aminoacizii.
Acestia au atat gruparea amino cat si gruparea acid carboxil legate la acelasi atom de
carbon numit si carbon .
Desen
R CH COOH
NH2
Gruparea carboxil legata de carbonul alfa este denumita si carboxil, similar gruparea
NH2; legata la C alfa poarta denumirea de grupare amino .
1. 2 Structura:
Dintre toti aminoacizii cunoscuti, doar 20 intra in alcatuirea proteinelor motiv pentru
care sunt denumiti si aminoacizi proteinogeni. Doar acesti 20 de aminoacizi sunt
specificati de codul genetic si utilizati de organismele vii pentru sinteza proteinelor
proprii. Alti aminoacizi care ar putea fi intilniti in proteine provin din modificarea
chimica a unuia din cei 20 aminocizi.
Toti cei 20 aa prezinta o structura comuna si anume carbonul la care sunt atasate
gruparile NH2, COOH si atomul de H, si un radical (notat R, care satisface cea de a 4-a
valenta a atomului de carbon) si care difera la fiecare dintre ei. Astfel aminoacizii pot fi
clasificati dupa structura radicalului R in: aminoacizi alifatici (cu caracter nepolar),
aminoacizi cu caracter polar, fara sarcina electrica, aminoacizi cu caracter polar purtatori
de sarcina electrica (pozitiva-bazici, negativa-acizi), aminoacizi ce contin la radical
atomul de S, aminoacizi cu radical aromatic.
1.3 Proprietati
Proprietatile fizice si chimice ale aminoacizilor sunt dictate de structura lor chimica.
Dintre proprietatile fizice vor fi prezentate : a) izomeria sterica iar dintre proprietatile
chimice vor fi prezentate b) ionizarea si c) reactia de condensare care duce la formarea
legaturii peptidice.
a) Izomeria sterica.
b) Ionizarea
Prin ionizare se intelege fenomenul in urma caruia o molecula sau un atom (neutru
din punct de vedere electric) se incarca cu o sarcina pozitiva sau negativa ca urmare a
transferului unei particule purtatoare de sarcina electrica (ion) sau a unui electron.
Toti aminoacizii contin in structura lor o grupare carboxil si amino care (ambele)
sunt ionizabile; adica in anumite conditii(de pH) pot exista atat in forma ionica
(incarcate cu sarcina electrica) cat si in forma neutra, moleculara, (fara sarcina
electrica).
Gruparea COOH are caracter acid in timp ce gruparea NH2 are caracter bazic.
Prin caracter acid se intelege capacitatea unei substante de a ceda un proton (H+).
Prin caracter bazic se intelege capacitatea unei substante de a accepta un proton.
Caracterul acid nu se manifesta cu aceeasi intensitate la toti acizii (lucru valabil si
pentru caracterul bazic), ci difera de la un acid la altul functie de structura chimica a
acestuia. Astfel intilnim acizi tari si acizi slabi, in mod asemantor baze tari si baze
slabe.
Prin caracter acid tare se intelege capacitatea unei substante de a ceda total,
ireversibil, protonul. Din aceasta categorie fac parte acizii minerali HCl, H2SO4.
Caracter slab pentru un acid semnifica faptul ca acesta cedeaza partial, reversibil,
protonul si este cazul acizilor organici (a caror structuta generala este R-COOH)
inclusiv a gruparii carboxil apartinand aminoacizilor. Fenomenul de ionizare al
gruparii COOH apare atat atunci cand gruparea este legata de C cat si atunci cand
gruparea COOH este situata la radical.
Prin cedarea partiala a protonului se intelege faptul ca un acid slab cedeaza reversibil
protonul, adica din numarul total de molecule unele cedeaza protonul in timp ce altele
La un anumit pH proportia dintre forma moleculara si cea ionica este egala (50%
forma moleculara si 50% forma ionica, simultan). Acest pH a fost numit pKa (Ka
reprezinta constanta de disociere pentru acid).
pK pentru gruparea COOH este aproximativ 2.
La valori ale pH-ului mai mici ca 2 toate gruparile COOH va fi prezente in forma
moleculara protonata (COOH).
La valori ale pH-ului = cu 2, jumatate(50%) din molecule vor fi in forma moleculara
nedisociata(COOH) si jumatate (50%) vor fi in forma ionica, disociata(COO-). Cu
alte cuvinte la pK=2 cele doua forme vor coexista in cantitati egale.
La valori ale pH-ului mai mari ca 2, gruparile COOH va fi in forma ionica,
neprotonata (COO-). Prin urmare la pH fiziologic (7,4) majoritatea gruparilor
COOH (99%) vor avea forma ionica.
Aceleasi afirmatii se poate face si despre gruparea amino.Gruparea amino are caracter
slab bazic (caracterul bazic este este conferit de perechea de electroni neparticipanti
apartinand atomului de azot). Aceasta insemna ca gruparea amino poate capta un
proton, insa in mod reversibil.
Cu alte cuvinte molecula unei baze slabe poate exista in functie de conditii (pH,
temperatura) nu numai in forma moleculara. neprotonata ci si in forma ionica
protonata. Fenomenul de ionizare al gruparii NH2 apare atat atunci cand gruparea NH2
este legata de C cat si atunci cand gruparea NH2 este situata la radical.
La valori ale pH-ului = cu 9,5, jumatate(50%) din molecule vor fi in forma ionica
protonata (NH3+) si jumatate (50%) vor fi in forma moleculara neprotonata (NH2).
Cu alte cuvinte la pK=9,5 cele doua forme vor coexista in cantitati egale.
La valori ale pH-ului mai mari ca 9,5, gruparile NH2 vor fi in forma ionica,
protonata (NH3+). Prin urmare la pH fiziologic (7,4) majoritatea (99%) gruparilor
NH2 vor avea forma ionica.
Ca urmare a proprietatii de ionizare a acizilor si bazelor slabe, in organism, la pH
fiziologic (pH =7,4) un aminocid se va prezinta sub forma de amfion (ion dipolar sau
zwiterion), incarcat in acelasi timp cu o sarcina pozitiva si una negativa fiind neutru
d.p.d.v. electric.
Gruparea deprotonata care a pierdut un proton este gruparea carboxil care se incarca
cu o sarcina negativa in timp ce gruparea protonata care accepta un proton este
gruparea amino care se incarca cu o sarcina pozitiva.
Prin urmare compusul rezultat in urma reactiei dintre doi aminoacizi poarta numele
de dipeptid si contine o legatura peptidica.
Adaugarea unui nou aa la un dipeptid duce la formarea unui tripeptid.
structura tertiara este generata de legaturi slabe (de hidrogen, ionice, Van
der Waals) si/sau legaturi puternice (legaturi disulfidice) ce se stabilesc
intre radicalii apartinand aceluiasi lant polipeptidic.
structura cuaternara este generata de legaturi slabe (de hidrogen, ionice,
Van der Waals) si (in cazuri particulare) de legaturi puternice (legaturi
disulfidice) ce se stabilesc intre radicalii apartinand la lanturi
polipeptidice diferite.
Structura primara
Structura primara este reprezentata de secventa de aminocizi din lantul proteic.
Prin secventa se intelege felul si ordinea aminoacizilor in lant. Structura primara este
realizata de legatura peptidica ce se formeaza intre gruparea COOH a unui aa si
gruparea NH2 a urmatorului aa. Fiecare aminoacid din lantul polipetidic mai poarta
denumirea si de reziduu sau rest. Inlocuirea accidentala (genetic sau ca urmare a unei
mutatii) a unui singur aminoacid in structura primara poate altera functia proteinei (vezi
anemia cu celule in forma de secera sau siclemia)
Caracteristicile legaturii peptidice:
Lantul polipeptidic obtinut prin unirea mai multor aa prezinta polaritate si sens. Cele
doua notiuni au urmatoarea semnificatie:
- in afirmatia de mai sus notiunea de polaritate (poate induce confuzie) se refera la
faptul ca lantul polipeptidic are doua capete, ), doi poli (la capatul de start se
gaseste gruparea NH2, iar la capatul terminal gruparea COOH. Folosita in acest
context ea este diferita de notiunea de polaritate care se refera la sarcina
electrica. Notiunea de polaritate este folosita in descrierea pozitiei pe care o pot
adopta la un moment dat portiuni ale lanturilor polipeptidice unele fata de altele
(o portiune Aare directia COOH ->NH2 in timp ce o portiune B are directia
a.
b.
c.
Caracteristici:
- legaturile de hidrogen sunt aproape perpendiculare pe axul lantului
- radicalii sunt plasati de o parte si de alta a foii
- existenta structurii beta pliate este conditionata de aparitia unei indoiri in ac de
par a lantului polipeptidic (caracterizat de schimbarea directiei de inaintare a
lantului peptidic cu 180), indoire stabilizata de legaturile de H. Cel mai intilnit
tip de ac de par se numeste beta-turn (desen b). Un beta- turn este generat de 4
reziduuri dintre care in mijloc (pozitia 2 si 3) se gaseste Gly respectiv Pro. Gly si
Pro participa de regula la formarea acelor de par deoarece Gly este un reziduu mic
si flexibil iar Pro este necesara pentru ca poate adopta forma cis favorabila
indoirii (desen c). In structura de ac de par gruparea CO din primul reziduu
formeaza o legatura de H cu gr NH din cel de al patrulea reziduu, elementele
legaturii peptidice ale rezidiilor din mijloc neformand legaturi de H.
- pot exista doua tipuri de structuri beta foaie pliata: paralela si antiparalela
- in structura paralela ambele portiunile se aliniaza in aceeasi directie de la capatul
NH2 spre capatul COOH (desen d).
- in structura antiparalela capatului NH2 a unei portiuni ii corespunde capatul
COOH a portiunii paralele.
b.
c.
Strutura betaturn permite indoirea lantului polipeptidic in vederea unei impachetari cat
mai compacte cerute de forma globulara a unui tip de proteine numite proteinelor
globulare.
Structurile beta-turns sunt localizate de regula la suprafata proteinelor unde elementele
legaturilor peptidice ale rezidiilor centrale (din mijloc) pot forma legaturi de hidrogen cu
apa.
Structura -helix si -pliat sunt intilnite in specificial in proteinelor globulare, solubile.
Structura tertiara
Structura tertiara este generata de legaturi slabe (de hidrogen, ionice, Van der Waals)
si/sau legaturi puternice (legaturi disulfidice) ce se stabilesc intre radicalii apartinand
aceluiasi lant polipeptidic.
Functie de secventa de aa din structura primara un lant polipeptidic poate adopta pe
anumite portiuni structura -helix, pe alte portiuni -pliat sau zone cu arhitectura
neregulata fata de cele anterioare. Aceasta face ca portiuni situate la distanta intr-un lant
polipeptidic sa ajunga in imediata vecinatate. In consecinta radicalii diferitelor rezidii
ajunsi astfel in apropiere pot interactiona stabilind legaturi intre ei, functie de structura
lor. Rezultanta tuturor acestor interactii genereaza o anumita impachetare a lantului
polipeptidic. Cu alte cuvinte impachetarea unui lant polipeptidic depinde de structura
primara si secundara si de interactiile dintre radicalii apartinand lantului respectiv.
pentru asamblarea protomerilor sunt acelelasi care actioneaza in cadrul structurii teriare,
cu deosebirea c, n acest caz, legturile se stabilesc ntre protomeri sau subunitati .
Printre proteinele cu structura cuaternara se numara si hemoglobina, care este alcatuita
din 4 lanturi polipeptidice asociate prin legaturi slabe.
Concluzie:
Structura tertiara inglobeaza structurile primara si secundara si este o structura pe care o
au toate proteinele.
Structura cuaternara inglobeaza structurile primara secundara si tertiara si pe care o au
doar proteinele alcatuite din mai multe lanturi polipeptidice.
2. 2 Proprietatile proteinelor, relatia structura functie, exemple.
Structura chimica a aa determina proprietatile fizico-chimice ale proteinelor, in alcatuirea
carora intra, configuratia spatiala a acestora si in final conditioneaza functia lor.
Dintre proprietatile fizico-chimice ale proteinelor vor fi prezentate: denaturarea,
solubilitatea, cu implicatiile directe in relatia structura- functie, precum si clasificarea
proteinelor functie de compozitia lor.
Denaturarea si hidroliza proteinelor.
Structura proteinelor este realizata prin intermediul a doua tipuri generale de legaturi si
anume: legaturi puternice covalente (legatura peptidica) si legaturi slabe necovalente.
Distrugerea acestor legaturi produce despachetarea sau chiar dezintegrarea structurii
proteinelor.
Denaturarea este determinata de ruperea legaturilor slabe: de H, ionice sau hidrofobe si
determina pierderea structurilor secundara, tertiara si cuaternara. Prin urmare proteinele
se depliaza si isi pierd structura spatiala si prin urmarea si capacitatea functionala.
Denaturarea nu afecteaza structura primara a proteinelor, legaturile peptidice ramanand
intacte.
Denaturarea proteinelor este cauzata de agenti denaturanti ca:
- cresterea temperaturii care poate determina ruperea legaturile de hidrogen
modificarea pH-ului care prin protonarea sau deprotonarea radicalilor poate
intrerupe legaturile ionice
- agentii reducatori care pot rupe puntile disulfidice
In majoritatea cazurilor denaturarea este reversibila.
Hidroliza proteinelor este realizata de ruperea legaturii peptidice ceea ce duce la
dezintegrarea structurii primare a proteinei pana la stadiul de aminoacizi. Acest fenomen
este unul ireversibil.
Hidroliza proteinelor poate fi cauzata de agenti chimici (acizi si baze la temperaturi
ridicate) sau in organism de enzime proteolitice sau peptidaze (tripsina, chemotripsina,
pepsina)
Solubilitatea proteinelor
Structura fiecarui lant este asemanatoare cu str. -helix numai ca elicea este mai deschisa,
mai relaxata cu rasucire spre stanga. In plus secventa fiecarui lant este una specifica
deoarece contine intr-o proportie semnificativa doi aminoacizi: glicina (in proportie de
30% adica fiecare al treilea aminoacid, figurata cu o bulina neagra) si prolina.
Prezenta glicinei aminoacid mic ca dimensiuni permite apropierea maxima intre cele trei
lanturi fapt care confera rezistenta considerabila acestuia.
Prolina permite formarea unui numar mare de legaturi de hidrogen pe intreaga lungime a
lantului datorita formei ei hidroxilate de hidroxiprolina. Hidroxilarea prolinei( atasarea
unei grupari hidroxil) are loc in prezenta vitaminei C. Lipsa acesteia din alimentatie duce
la aparitia scorbutului boala caracterizata de prezenta unui unui colagen friabil.
Colagenul se asociaza diferit cu alte molecule asememea lui in diferite tesuturi functie de
rolul structural pe care acestea il au.
In matrixul extracelular sau in umoarea vitroasa a ochiului aceste molecula formeaza un
colagen asemanator unui gel cu rol in sustinere.
In tendoane aceste molecule formeaza pachete stranse de fibrile paralele care confera
rezistenta .
In oase aceste molecule se aranjeaza in fibre ce formeaza unghiuri intre ele astfel incat
rezistenta mecanica sa se poata manifesta in toate directiile .
b) Proteine solubile
Proteinele solubile indeplinesc in general rol functional si mai putin rol structural.
In mediu biologic se intalnesc doua tipuri de solubilitati:
- hidrosolubilitatea* care se refera la solubilitatea intr-un mediu apos (ex mediu sanguin ,
intracelular sau extracelular etc)
- liposolubilitatea** care se refera la solubilitatea in mediu lipofil /hidrofob (cum este
membrana celulara).
Si intr-un caz si in celalalt pozitionarea aminoacizilor este de asa natura incat sa
serveasca functiei proteinei astfel:
b.1 Proteinele hidrosolubile numite si globulare indeplinesc rol de transport (albumina,
hemoglobina, mioglobina), rol catalitic (enzimele), rol de aparare (anticorpi).
La proteinele hidrosolubile pozitionarea radicalilor apartinind lantului polipeptidic este
urmatoarea:
- radicalii polari hidrofili sunt dispusi la suprafata moleculei proteice unde pot
interactiona cu moleculele de apa.
- radicalii nepolari care sunt hidrofobi (resping si sunt respinsi de apa) se atrag
reciproc si tind sa se aglomereaze si sa se pozitioneze in interiorul moleculei.
In consecinta partea hidrofoba este izolata departe de apa, in timp ce gruparile polare
hidrofile sunt lasate la suprafata proteinei favorizand solubilizarea acesteia (desen).
Astfel aceasta structura in care zona hidrofila si hidrofoba sunt localizate adecvat serveste
functiei de transport.
b.2 Proteinele liposolubile sunt localizate in general in membrana celulara (care dpdv
structural este un dublu strat fosfolipidic) cu caracter hidrofob. In aceasta categorie se
inscriu proteinele membranare (canale sau pori) si proteinele transmembranare
(receptori).
Se genereaza astfel structuri care permit circulatia compusilor polari prin membrana
celulara (este cazul canalelor ionice) (desen). In aceasta situatie pozitionarea inversa a aa
serveste funtiei de transport prin membrana celulara a acestei clase de compusi.
Un model de proteina diferit de cele prezentate mai sus si in care pozitionarea
aminoacizilor permite comunicarea dintre spatiul extracelular si cel intracelular este
receptorul beta-adrenergic (care fixeaza adrenalina***).
Receptorul -adrenergic este alcatuit dintr-un singur lant polipeptidic care traverseaza de
7 ori membrana celulara generand o structura serpuita motiv pentru care acest receptor se
mai numeste si receptor serpentina. Cele 7 portiuni situate in membrana au o structura helix si contin aa cu radicali nepolari care formeaza legaturi nepolare cu stratul dublu
lipidic al membranei celulare. Acestea sunt legate intre ele de portiuni ce contin aa cu
radical polar si care sunt situate de o parte si de alta a membranei in spatiul extra
respectiv intra celular.
Un lant de tip si unul de tip sunt strans unite prin legaturi hidrofobe (semnificative
ca numar si deci puternice datorita numarului mare si nu datorita tariei legaturii
individuale) ce se stabilesc intre ele. Rezulta astfel doi dimeri ()1 si ()2. Cei doi
dimeri sunt tinuti impreuna prin legaturi slabe polare. Legaturile slabe polare dintre cei
doi dimeri permit deplasarea usoara a acestora unul fata de altul astfel incat ei pot ocupa
doua pozitii relativ diferite in starea oxigenata fata de starea deoxigenata:
- in starea deoxigenata cei doi dimeri sunt tinuti relativ apropiati unul de celalalt de
catre legaturile polare ce impiedica miscarea lor unul fata de celalalt. In aceasta
Acest comportament este posibil datorita faptului ca legarea hemului de partea proteica se
face diferit la citocromi fata de mioglobina/hemoglobina adica la nivelul radicalilor
hemului si nu la nivelul fierului din hem.