Documente Academic
Documente Profesional
Documente Cultură
Aminoacids and Proteins Courses For Medical School
Aminoacids and Proteins Courses For Medical School
Plan de lectie
1. Aminoacizi
1.1 Definitie, structura, nomenclatura
1.2 Proprietati fizice si chimice
2. Proteine
2.1Structura
2.1.1Structura primara
1.1.2.Structura secundara
2.1.2Structura tertiara
2.1.3Structura cuaternara
2.2 Relatie functie structura
2.2 Proprietati, exemple
1. Aminoacizi
1.1Generalitati definitie
Aminoacizii sunt molecule mici care contin doua grupari functionale si anume gruparea
amino (-NH2) si gruparea acida (carboxil -COOH) de unde provine si denumirea lor. Din
marea clasa a aminoacizilor pentru organismele biologice sunt importanti aminoacizii.
Acestia au atat gruparea amino cat si gruparea acid carboxil legate la acelasi atom de
carbon numit si carbon .
Desen
R CH COOH
NH2
Gruparea carboxil legata de carbonul alfa este denumita si carboxil, similar gruparea
NH2; legata la C alfa poarta denumirea de grupare amino .
1. 2 Structura:
Dintre toti aminoacizii cunoscuti, doar 20 intra in alcatuirea proteinelor motiv pentru
care sunt denumiti si aminoacizi proteinogeni. Doar acesti 20 de aminoacizi sunt
specificati de codul genetic si utilizati de organismele vii pentru sinteza proteinelor
proprii. Alti aminoacizi care ar putea fi intilniti in proteine provin din modificarea
chimica a unuia din cei 20 aminocizi.
Toti cei 20 aa prezinta o structura comuna si anume carbonul la care sunt atasate
gruparile NH2, COOH si atomul de H, si un radical (notat R, care satisface cea de a 4-a
valenta a atomului de carbon) si care difera la fiecare dintre ei. Astfel aminoacizii pot fi
clasificati dupa structura radicalului R in:
-aminoacizi alifatici (cu caracter nepolar),
-aminoacizi cu caracter polar, fara sarcina electrica,
-aminoacizi cu caracter polar purtatori de sarcina electrica (pozitiva-bazici, negativaacizi),
-aminoacizi ce contin la radical atomul de S,
-aminoacizi cu radical aromatic.
1.3 Proprietati
Proprietatile fizice si chimice ale aminoacizilor sunt dictate de structura lor chimica.
Dintre proprietatile fizice vor fi prezentate : a) izomeria sterica iar dintre proprietatile
b) Ionizarea
Prin ionizare se intelege fenomenul in urma caruia o molecula sau un atom (neutru
din punct de vedere electric) se incarca cu o sarcina pozitiva sau negativa ca urmare a
transferului unei particule purtatoare de sarcina electrica (ion) sau a unui electron.
Toti aminoacizii contin in structura lor o grupare carboxil si amino care (ambele)
sunt ionizabile; adica in anumite conditii(de pH) pot exista atat in forma ionica
(incarcate cu sarcina electrica) cat si in forma neutra, moleculara, (fara sarcina
electrica).
Gruparea COOH are caracter acid in timp ce gruparea NH2 are caracter bazic.
Prin caracter acid se intelege capacitatea unei substante de a ceda un proton (H+).
Prin caracter bazic se intelege capacitatea unei substante de a accepta un proton.
Caracterul acid nu se manifesta cu aceeasi intensitate la toti acizii (lucru valabil si
pentru caracterul bazic), ci difera de la un acid la altul functie de structura chimica a
acestuia. Astfel intilnim acizi tari si acizi slabi, in mod asemantor baze tari si baze
slabe.
Prin caracter acid tare se intelege capacitatea unei substante de a ceda total,
ireversibil, protonul. Din aceasta categorie fac parte acizii minerali HCl, H2SO4.
Caracter slab pentru un acid semnifica faptul ca acesta cedeaza partial, reversibil,
protonul si este cazul acizilor organici (a caror structuta generala este R-COOH)
inclusiv a gruparii carboxil apartinand aminoacizilor. Fenomenul de ionizare al
gruparii COOH apare atat atunci cand gruparea este legata de C cat si atunci cand
gruparea COOH este situata la radical.
Prin cedarea partiala a protonului se intelege faptul ca un acid slab cedeaza reversibil
protonul, adica din numarul total de molecule unele cedeaza protonul in timp ce altele
recapteaza protonul refacand configuratia initiala a acestuia intr-un proces dinamic
care are loc pana la stabilirea unui echilibru.
Cu alte cuvinte molecula unui acid slab poate exista in functie de conditii (pH,
temperatura) nu numai in forma moleculara ci simultan si in forma ionica.
La un anumit pH proportia dintre forma moleculara si cea ionica este egala (50%
forma moleculara si 50% forma ionica, simultan). Acest pH a fost numit pKa (Ka
reprezinta constanta de disociere pentru acid).
pK pentru gruparea COOH este aproximativ 2.
La valori ale pH-ului mai mici ca 2 toate gruparile COOH va fi prezente in forma
moleculara protonata (COOH).
La valori ale pH-ului = cu 2, jumatate(50%) din molecule vor fi in forma moleculara
nedisociata(COOH) si jumatate (50%) vor fi in forma ionica, disociata(COO-). Cu
alte cuvinte la pK=2 cele doua forme vor coexista in cantitati egale.
La valori ale pH-ului mai mari ca 2, gruparile COOH va fi in forma ionica,
neprotonata (COO-). Prin urmare la pH fiziologic (7,4) majoritatea gruparilor
COOH (99%) vor avea forma ionica.
Aceleasi afirmatii se poate face si despre gruparea amino.Gruparea amino are caracter
slab bazic (caracterul bazic este este conferit de perechea de electroni neparticipanti
apartinand atomului de azot). Aceasta insemna ca gruparea amino poate capta un
proton, insa in mod reversibil.
Cu alte cuvinte molecula unei baze slabe poate exista in functie de conditii (pH,
temperatura) nu numai in forma moleculara. neprotonata ci si in forma ionica
protonata. Fenomenul de ionizare al gruparii NH2 apare atat atunci cand gruparea NH2
este legata de C cat si atunci cand gruparea NH2 este situata la radical.
La valori ale pH-ului mai mici ca 9,5 toate gruparile NH2 vor fi prezente in forma
ionica protonata (NH3+).
La valori ale pH-ului = cu 9,5, jumatate(50%) din molecule vor fi in forma ionica
protonata (NH3+) si jumatate (50%) vor fi in forma moleculara neprotonata (NH2).
Cu alte cuvinte la pK=9,5 cele doua forme vor coexista in cantitati egale.
La valori ale pH-ului mai mari ca 9,5, gruparile NH2 vor fi in forma ionica,
protonata (NH3+). Prin urmare la pH fiziologic (7,4) majoritatea (99%) gruparilor
NH2 vor avea forma ionica.
Ca urmare a proprietatii de ionizare a acizilor si bazelor slabe, in organism, la pH
fiziologic (pH =7,4) un aminocid se va prezinta sub forma de amfion (ion dipolar sau
zwiterion), incarcat in acelasi timp cu o sarcina pozitiva si una negativa fiind neutru
d.p.d.v. electric.
Gruparea deprotonata care a pierdut un proton este gruparea carboxil care se incarca
cu o sarcina negativa in timp ce gruparea protonata care accepta un proton este
gruparea amino care se incarca cu o sarcina pozitiva.
Prin urmare compusul rezultat in urma reactiei dintre doi aminoacizi poarta numele
de dipeptid si contine o legatura peptidica.
Adaugarea unui nou aa la un dipeptid duce la formarea unui tripeptid.
Din punct de vedere chimic insa proteinele nu sunt altceva decat lanturi de aminoacizi
legati intre ei prin legatura peptidica si care prezinta diferite aranjamente spatiale mai
simple sau mai complicate. Structura tridimensionala pe care o proteina o adopta,
serveste, de regula, scopului destinat proteinei respective. Cum functiile proteinelor sunt
complexe apare evident ca si structura acestora va fi una complexa.
Studierea arhitecturii proteinelor a relevat existenta a 4 nivele de organizare numite:
structura primara, secundara, tertiara si cuaternara. Aceste 4 tipuri de structuri sunt
generate de tipuri de legaturi chimice diferite care se stabilesc intre grupari functionale
diferite astfel:
structura primara este generata de legatura peptidica ce se formeaza intre
gruparea COOH a unui aa si gruparea NH2 a altui aa.
structura secundara este generata de legaturile de hidrogen ce se stabilesc
intre atomii ce alcatuiesc legatura peptidica (elementele chimice ale
legaturii peptidice)
structura tertiara este generata de legaturi slabe (de hidrogen, ionice, Van
der Waals) si/sau legaturi puternice (legaturi disulfidice) ce se stabilesc
intre radicalii apartinand aceluiasi lant polipeptidic.
structura cuaternara este generata de legaturi slabe (de hidrogen, ionice,
Van der Waals) si (in cazuri particulare) de legaturi puternice (legaturi
disulfidice) ce se stabilesc intre radicalii apartinand la lanturi
polipeptidice diferite.
Structura primara
Structura primara este reprezentata de secventa de aminocizi din lantul proteic.
Prin secventa se intelege felul si ordinea aminoacizilor in lant. Structura primara este
realizata de legatura peptidica ce se formeaza intre gruparea COOH a unui aa si
gruparea NH2 a urmatorului aa. Fiecare aminoacid din lantul polipetidic mai poarta
denumirea si de reziduu sau rest. Inlocuirea accidentala (genetic sau ca urmare a unei
mutatii) a unui singur aminoacid in structura primara poate altera functia proteinei (vezi
anemia cu celule in forma de secera sau siclemia)
Caracteristicile legaturii peptidice:
Atomii O si H sunt pozitionati in configuratie trans fata de leg C-N (de o parte si
de alta a acesteia)
O si H apartinand legaturii peptidice nu accepta si nu cedeaza proton, nu sunt
implicati in activitatea de tamponare
Lantul polipeptidic obtinut prin unirea mai multor aa prezinta polaritate si sens. Cele
doua notiuni au urmatoarea semnificatie:
- in afirmatia de mai sus notiunea de polaritate (poate induce confuzie) se refera la
faptul ca lantul polipeptidic are doua capete, ), doi poli (la capatul de start se
gaseste gruparea NH2, iar la capatul terminal gruparea COOH. Folosita in acest
context ea este diferita de notiunea de polaritate care se refera la sarcina
electrica. Notiunea de polaritate este folosita in descrierea pozitiei pe care o pot
adopta la un moment dat portiuni ale lanturilor polipeptidice unele fata de altele
(o portiune Aare directia COOH ->NH2 in timp ce o portiune B are directia
NH2-> COOH fata de A ). Deci notiunea de polaritate poate fi folosita in cele
doua sensuri diferite
- Notiunea de sens se refera la faptul ca directia corecta de citire a unui lant
polipeptidic este de la gruparea NH2 catre gruparea COOH.
Exemplu de citire:
Gly-Ala-Pro este diferit de Pro -Ala-Gly
Structura secundara
Structura secundara este generata de legaturile de hidrogen in care sunt implicati atomul
de O si H ce apartin diferitelor legaturi peptidice.
Din cauza polarizarii legaturii primare, pot apare legaturi de hidrogen care fac ca lantul
polipeptidic sa adopte diferite configuratii spatiale si sa nu pastreze forma liniara care ar
rezulta din insiruirea aminoacizilor unul dupa celalalt. Rotirea, indoirea, curbarea lantului
polipeptidic, mai ampla sau mai stransa sunt determinate de secventa de aminoacizi, de
posibilitatea de rotatie la nivelul C si de prezenta interactiunilor chimice (leg de H)
Cele mai intilnite forme ale structurii secundare sunt structura a)-helix si b)structura pliat
a) Structura -helix
Apare prin rasucirea lantului polipeptidice in jurul unui cilindru imaginar, rezultand o
structura asemanatoare cu un arc in spirala sau cu o elice ce are urmatoarele caracteristici:
- pasul elicei (distanta dintre doua puncte situate in planuri diferite dar echivalente
pe verticala,) este de 5.2 A si cuprinde 3, 6 aa
- sensul rasucirii elicei este de regula spre dreapta
- conformatia elicei este stabilizata de legaturile de H ce se stabilesc intre O-ul
carbonilic apartinand unui aa si H-ul de la gruparea NH apartinand celui de al
patrulea aa situat pe directia de inaintare a lantului polipeptidic. Aceasta arata ca
structura -helix apare intre aa vecini in lantul polipeptidic
- legaturile de hidrogen sunt paralele cu axul cilindrului imaginar
- radicalii sunt proiectati in afara cilindrului (asemanator unor tepi de cactus)
b.
c.
Caracteristici:
- legaturile de hidrogen sunt aproape perpendiculare pe axul lantului
- radicalii sunt plasati de o parte si de alta a foii
- existenta structurii beta pliate este conditionata de aparitia unei indoiri in ac de
par a lantului polipeptidic (caracterizat de schimbarea directiei de inaintare a
b.
c.
Strutura betaturn permite indoirea lantului polipeptidic in vederea unei impachetari cat
mai compacte cerute de forma globulara a unui tip de proteine numite proteinelor
globulare.
Structurile beta-turns sunt localizate de regula la suprafata proteinelor unde elementele
legaturilor peptidice ale rezidiilor centrale (din mijloc) pot forma legaturi de hidrogen cu
apa.
Structura -helix si -pliat sunt intilnite in specificial in proteinelor globulare, solubile.
Structura tertiara
Structura tertiara este generata de legaturi slabe (de hidrogen, ionice, Van der Waals)
si/sau legaturi puternice (legaturi disulfidice) ce se stabilesc intre radicalii apartinand
aceluiasi lant polipeptidic.
Functie de secventa de aa din structura primara un lant polipeptidic poate adopta pe
anumite portiuni structura -helix, pe alte portiuni -pliat sau zone cu arhitectura
neregulata fata de cele anterioare. Aceasta face ca portiuni situate la distanta intr-un lant
polipeptidic sa ajunga in imediata vecinatate. In consecinta radicalii diferitelor rezidii
ajunsi astfel in apropiere pot interactiona stabilind legaturi intre ei, functie de structura
lor. Rezultanta tuturor acestor interactii genereaza o anumita impachetare a lantului
polipeptidic. Cu alte cuvinte impachetarea unui lant polipeptidic depinde de structura
primara si secundara si de interactiile dintre radicalii apartinand lantului respectiv.
Structura fiecarui lant este asemanatoare cu str. -helix numai ca elicea este mai deschisa,
mai relaxata cu rasucire spre stanga. In plus secventa fiecarui lant este una specifica
deoarece contine intr-o proportie semnificativa doi aminoacizi: glicina (in proportie de
30% adica fiecare al treilea aminoacid, figurata cu o bulina neagra) si prolina.
Prezenta glicinei aminoacid mic ca dimensiuni permite apropierea maxima intre cele trei
lanturi fapt care confera rezistenta considerabila acestuia.
Prolina permite formarea unui numar mare de legaturi de hidrogen pe intreaga lungime a
lantului datorita formei ei hidroxilate de hidroxiprolina. Hidroxilarea prolinei( atasarea
unei grupari hidroxil) are loc in prezenta vitaminei C. Lipsa acesteia din alimentatie duce
la aparitia scorbutului boala caracterizata de prezenta unui unui colagen friabil.
Colagenul se asociaza diferit cu alte molecule asememea lui in diferite tesuturi functie de
rolul structural pe care acestea il au.
In matrixul extracelular sau in umoarea vitroasa a ochiului aceste molecula formeaza un
colagen asemanator unui gel cu rol in sustinere.
In tendoane aceste molecule formeaza pachete stranse de fibrile paralele care confera
rezistenta .
In oase aceste molecule se aranjeaza in fibre ce formeaza unghiuri intre ele astfel incat
rezistenta mecanica sa se poata manifesta in toate directiile .
b) Proteine solubile
Proteinele solubile indeplinesc in general rol functional si mai putin rol structural.
In mediu biologic se intalnesc doua tipuri de solubilitati:
- hidrosolubilitatea* care se refera la solubilitatea intr-un mediu apos (ex mediu sanguin ,
intracelular sau extracelular etc)
- liposolubilitatea** care se refera la solubilitatea in mediu lipofil /hidrofob (cum este
membrana celulara).
Si intr-un caz si in celalalt pozitionarea aminoacizilor este de asa natura incat sa
serveasca functiei proteinei astfel:
b.1 Proteinele hidrosolubile numite si globulare indeplinesc rol de transport (albumina,
hemoglobina, mioglobina), rol catalitic (enzimele), rol de aparare (anticorpi).
La proteinele hidrosolubile pozitionarea radicalilor apartinind lantului polipeptidic este
urmatoarea:
- radicalii polari hidrofili sunt dispusi la suprafata moleculei proteice unde pot
interactiona cu moleculele de apa.
- radicalii nepolari care sunt hidrofobi (resping si sunt respinsi de apa) se atrag
reciproc si tind sa se aglomereaze si sa se pozitioneze in interiorul moleculei.
In consecinta partea hidrofoba este izolata departe de apa, in timp ce gruparile polare
hidrofile sunt lasate la suprafata proteinei favorizand solubilizarea acesteia (desen).
Astfel aceasta structura in care zona hidrofila si hidrofoba sunt localizate adecvat serveste
functiei de transport.
b.2 Proteinele liposolubile sunt localizate in general in membrana celulara (care dpdv
structural este un dublu strat fosfolipidic) cu caracter hidrofob. In aceasta categorie se
inscriu proteinele membranare (canale sau pori) si proteinele transmembranare
(receptori).
Un lant de tip si unul de tip sunt strans unite prin legaturi hidrofobe (semnificative
ca numar si deci puternice datorita numarului mare si nu datorita tariei legaturii
individuale) ce se stabilesc intre ele. Rezulta astfel doi dimeri ()1 si ()2. Cei doi
dimeri sunt tinuti impreuna prin legaturi slabe polare. Legaturile slabe polare dintre cei
doi dimeri permit deplasarea usoara a acestora unul fata de altul astfel incat ei pot ocupa
doua pozitii relativ diferite in starea oxigenata fata de starea deoxigenata:
- in starea deoxigenata cei doi dimeri sunt tinuti relativ apropiati unul de celalalt de
catre legaturile polare ce impiedica miscarea lor unul fata de celalalt. In aceasta
aranjare se realizeaza numarul maxim de legaturi polare posibile, rezultand o
structuta compacta numita T (tight, tense) care are afinitate scazuta pentru oxigen.
- in starea oxigenata, fixarea oxigenului forteaza si prin urmare a rupe o parte din
aceste legaturi polare. Se formeaza astfel o structura afinata numita R (relaxed)
care favorizeaza difuzia oxigenului si prin urmare fixarea lui. Forma R are deci o
afinitate marita pentru oxigen.
Cu alte cuvinte aceasta structura mobila face posibila fixarea reversibila a oxigenului fara
a modifica starea de oxidare a fierului .
Acest comportament este posibil datorita faptului ca legarea hemului de partea proteica se
face diferit la citocromi fata de mioglobina/hemoglobina adica la nivelul radicalilor
hemului si nu la nivelul fierului din hem.