BIOCHIMIA

Conf. Dr. Elena Petrescu

1
 Ce este Biochimia?
• Știința care studiază constituenții chimici ai celulelor vii și reacțiile și procesele în
care aceștia sunt implicați – o abordare la nivel molecular
• Proprietățile remarcabile ale organismelor vii apar prin interacțiunea dintre miile
de biomolecule lipsite de viață, care se supun legilor fizice și chimice ce
guvernează materia

• Interrelații între biochimie și alte științe biologice: biologie moleculară, genetică,

fiziologie, imunologie, farmacologie, etc.

• Abordări biochimice – utilizate pentru a studia aspecte fundamentale ale

patologiei: inflamația, lezarea celulară, cancerul, etc.
• Relație între biochimie și medicină – majoritatea bolilor reprezintă manifestări ale
anomaliilor apărute la nivelul biomoleculelor, al reacțiilor sau proceselor
biochimice

2
Niveluri de organizare structurală în organismul uman

3
 Celula – unitatea structurală a sistemelor vii
• Membrana plasmatică – separă conținutul celulei de mediul extracelular
- proteine transportoare permit pasajul anumitor molecule și ioni
- proteine receptoare transmit semnale în interiorul celulei

• Nucleul – conține genomul (setul complet de gene: ADN care înmagazinează și

transmite informația genetică)

• Citoplasma – constituită din citosol: o soluție apoasă ce conține variate substanțe

chimice
- conține organitele celulare:

• Mitocondria – sediul proceselor oxidative ale combustibililor metabolici →

producere de energie sub formă de ATP
• Reticulul endoplasmic (RE):
- RE neted – sediul sintezei lipidelor și al metabolizării xenobioticelor
- RE rugos (ribozomi atașați de RE) – sediul sintezei proteice
• Complexul Golgi – procesarea, împachetarea și dirijarea proteinelor spre alte
organite sau spre exportul în afara celulei
• Lizozomi – enzime hidrolitice degradative
4
5
 Biomolecule:
compuși ai carbonului conținând o varietate de grupări functionale

• Toate organismele vii sunt constituite din compuși organici – conțin carbon,
hidrogen, oxigen, azot (± sulf, fosfor), uniți prin legături covalente
• Carbon – elementul cheie - formează patru legături covalente cu alți atomi

6
 Geometria legăturilor atomului de carbon

• (a) Cele patru legături ale atomui de C au o aranjare tetraedrică

• (b) Legăturile simple carbon–carbon au libertate de rotație
• (c) Legăturile duble sunt mai scurte și nu permit rotația liberă

7
 Compuși alifatici și aromatici

• Atomii de carbon ai biomoleculelor se leagă covalent pentru a forma:

- compuși alifatici – cu catenă lineară sau ramificată
- compuși ciclici – incluzând structuri aromatice și heterociclice

8
 Grupări funcționale

• Grupările funcționale atașate scheletelor de carbon → conferă proprietăți chimice

specifice moleculelor respective

9
Grupări funcționale

10
 Polaritatea legăturilor

• Legături covalente polare – între atomi cu electronegativitate diferită: oxigenul și

azotul au electronegativitate mai mare față de hidrogen
• Electronii care formează legătura nu sunt împărtășiți în mod egal, ci sunt atrași mai
mult spre atomul mai electronegativ → acest atom va purta o sarcină parțială
negativă, iar atomul de hidrogen va avea o sarcină parțială pozitivă

• Legături nepolare – diferența de electronegativitate este mică sau nulă →

electronii sunt împărtășiți în mod egal între cei doi atomi (ex: legăturile C−H și C−C)

11
 Grupări funcționale încărcate (ionizate)

• Grupări cu caracter acid – pot disocia și pierde un proton (H+) → restul moleculei
rămâne sub formă de anion (sarcină negativă)
• Ex: grupările carboxil, fosfat, sulfat

• Grupări cu caracter bazic – pot accepta un proton → vor deveni cationi (sarcină
pozitivă)
• Ex: grupări conținând azot (gruparea amino ș.a.)

12
 Biomoleculele din celulă

• 1. Molecule organice mici – dizolvate în faza apoasă (citosolul) celulelor

- o celulă conține a colecție de aprox. 1000 de molecule diferite
- acestea sunt metaboliții implicați în diferitele căi metabolice care au loc în celulă
- ex: aminoacizi, nucleotide, zaharuri, lipide, acizi carboxilici, etc.
- aceste molecule sunt, în majoritate, polare sau încărcate și sunt hidrosolubile

• 2. Macromolecule – polimeri cu greutate moleculară mare constituiți din

precursori relativ simpli (piesele de construcție)
- constituenți majori ai celulelor
- numărul de unități polimerizate variază între câteva zeci - milioane
- ex: - proteine → aminoacizi
- polizaharide → zaharuri simple (monozaharide)
- acizi nucleici (ADN, ARN) → nucleotide

13
Niveluri structurale în organizarea moleculară a celulelor

14
 Proteine

Hemoglobina
(proteină citosolică)
Receptorul insulinic
(proteină membranară)

15
Glucide (carbohidrați)

Glicogenul
16
 Lipide

Triglicerid
(lipid de stocare)

Lecitina Colesterol
(lipid membranar) (lipid membranar)
17
 Acizi nucleici

ADN

18
APA

19
 Conținutul de apă al corpului uman
• Apa este cea mai abundentă substanță din organismele vii (peste 70% din
greutatea acestora)
• 60% - intracelular
• 40% - extracelular (plasma sanguină + spațiul interstițial)

• Apa este solventul pentru o gamă largă de molecule organice și anorganice

• Multe reacții chimice din organism au loc în mediu apos
• Molecula de apă este un participant în unele reacții chimice ale biomoleculelor
20
 Proprietățile apei
➢ Apa este un solvent biologic ideal
• Molecula apei este un dipol – cele două legături O−H ale apei sunt polare →
sarcină parțial negativă pe oxigen și sarcini parțial pozitive pe cei doi atomi de H

• O legătură de hidrogen se formează între atomul de O al unei molecule de apă și

un atom de H al altei molecule de apă → asocierea moleculelor de apă între ele,
într-o aranjare ordonată

• Această proprietate permite apei să dizolve multe biomolecule organice care

conțin grupări funcționale ce pot participa la formarea de legături de hidrogen

21
 Interacțiuni slabe (necovalente)
în sisteme apoase
• Sunt modalitățile cheie prin care biomoleculele interacționează între ele:
- enzime - substrate
- hormoni - receptori specifici
- anticorpi - antigene

• Interacțiunile necovalente sunt slabe individual, dar împreună au o influență foarte

semnificativă asupra structurii tridimensionale a proteinelor, acizilor nucleici,
polizaharidelor, lipidelor membranare

• Între grupări polare, ± ionizate:

- legături de hidrogen
- interacțiuni electrostatice

• Între grupări nepolare:

- interacțiuni hidrofobe

22
 1. Legături de hidrogen
• Legăturile O−H și N−H sunt polare → atomul de H are o sarcină parțial pozitivă →
aceasta poate interacționa cu o pereche de electroni neparticipanți de pe un alt
atom, electronegativ (O sau N)
• Această atracție slabă dintre două sarcini parțiale opuse = legătură de hidrogen
• Cei trei atomi implicați (donorul de hidrogen, hidrogenul și acceptorul de hidrogen)
sunt coliniari

23
 Legături de hidrogen

• Legăturile de hidrogen pot fi formate între:

- două molecule organice polare
- molecule organice polare și apă → aceste molecule sunt hidrofile și
hidrosolubile (moleculele apei slăbesc legăturile de hidrogen dintre moleculele
polare, concurând cu acestea ca partenere pentru legăturile de H)

• Energia legăturii de hidrogen este de 1-5 kcal/mol, comparativ cu energia legăturilor

covalente (80-100 kcal/mol)

• Moleculele nepolare nu pot forma legături de hidrogen cu apa → sunt hidrofobe și

insolubile în apă

• Molecule amfipatice – conțin atât grupări polare, cât și grupări nepolare

24
 2. Interacțiuni electrostatice (ionice)
• Interacțiuni între grupări încărcate electric
• Atracție (numite și punți saline) sau respingere
• Energie: 1-3 kcal/mol

3. Interacțiuni hidrofobe
• Formate între grupări nepolare (hidrofobe), care tind să se asocieze între ele
pentru a evita contactul cu apa (pentru a reduce suprafața expusă mediului apos)
• Formarea interacțiunilor hidrofobe minimizează interacțiunea grupărilor nepolare
cu moleculele apei → este favorabilă energetic
• Energie: 1-3 kcal/mol

25
Exemplu de interacțiune favorabilă prin legături slabe,
necovalente

26
 Ce vom studia în cursul acestui an academic?

❑ Structura proteinelor

❑ Enzime

❑ Energetică biochimică
❑ Metabolismul - glucidelor
- lipidelor
- aminoacizilor
❑ Hemul și bilirubina
❑ Metabolismul nucleotidelor
❑ Acizi nucleici (ADN, ARN) - replicare, transcripție, translație

❑ Aspecte biochimice ale hormonilor

27
PROTEINE (1)

28
 Trăsături generale ale proteinelor
• Proteinele sunt cele mai abundente macromolecule biologice – se găsesc în toate
celulele (> 50% din masa uscată a acestora) și în spațiul extracelular
• Există o mare diversitate de proteine – mii de tipuri diferite, având dimensiuni
variabile (de la peptide mici la polimeri cu masa moleculară considerabilă)

• Funcțiile proteinelor – virtual toate procesele biologice depind de această clasă de

molecule:
- o rețea intracelulară de proteine (citoscheletul) menține forma și integritatea
fizică a celulelor
- receptorii – permit celulelor să răspundă la semnale extracelulare
- proteine membranare – transportă diverse molecule și ioni
- actina și miozina din mușchi – proteine contractile care generează mișcarea
- hormoni – poartă semnale de la sistemul endocrin către diverse țesuturi
- proteine transportoare – pentru compuși hidrofobi din sânge, pentru oxigen (Hb)
- anticorpi – asigură apărarea imună a organismului
- enzime – măresc viteza reacțiilor biochimice

29
 Piesele de construcție ale proteinelor

• Proteinele din toate speciile de organisme (de la bacterii până la om) sunt
constituite din același set ubicuitar de 20 aminoacizi, specificați de codul genetic

• Aceiași 20 de aminoacizi sunt legați covalent în multe combinații și secvențe

diferite, dând naștere unei game largi de proteine având proprietăți și funcții
remarcabil de diferite

• Acest grup de 20 piese de construcție = ”alfabetul” cu care este scris ”limbajul”

proteinelor

• Aminoacizii îndeplinesc și alte roluri importante:

- precursori ai unor neurotransmițători
- participă la sinteza hemului, a nucleotidelor, a ureei, etc.

30
 AMINOACIZI
• α-Aminoacizi – molecule care conțin o grupare carboxil și o grupare amino legate
covalent la același atom de carbon (C-α)
• Atomul de carbon alfa mai conține doi substituenți: un atom de hidrogen și o
grupare chimică numită catenă laterală (radical, –R), care este diferită la fiecare
aminoacid

• Atomii de carbon ai aminoacizilor pot fi desemnați cu cifre arabe sau cu litere

grecești

31
 Clasificarea aminoacizilor (AA) în funcție de
structura chimică a catenei laterale
1. AA cu radical alifatic (conținând numai C și H)

32
2. AA cu radical conținând grupări hidroxil

3. AA cu radical conținând atomi de sulf

33
4. AA cu radical conținând grupări acide (carboxil) și amidele lor

34
5. AA cu radical conținând grupări bazice (cu azot)

35
6. AA cu radical conținând nucleu aromatic

7. Iminoacizi

36
 Clasificarea aminoacizilor în funcție de
polaritatea catenei laterale

I. AA cu radical nepolar

37
II. AA cu radical polar

II.1. AA cu radical polar, neîncărcat

38
 II.2. AA cu radical polar, încărcat
(la anumite valori de pH – inclusiv pH fiziologic: 7,4)

II.2.1. Radical încărcat negativ (acid)

II.2.2. Radical încărcat pozitiv (bazic)

39
 Aminoacizi mai puțin comuni existenți în proteine

• Unele proteine conțin aminoacizi creați prin modificări posttranslaționale:

- hidroxiprolina și hidroxilizina – în colagen (proteină fibrilară din țesutul conjunctiv)
- metil-lizina – constituent al miozinei (proteină contractilă din mușchi)
- gama-carboxi-glutamat – în unii factori ai coagulării, rol de a lega ionii de calciu
• Selenocisteina – se găsește în unele enzime (ex. glutation peroxidaza); rezultă prin
modificarea serinei, în cursul sintezei proteice

40
 Aminoacizi mai puțin comuni care nu se găsesc în proteine

• Ornitina și citrulina – intermediari-cheie în biosinteza ureei

• Homocisteina – intermediar metabolic format în cursul metabolismului metioninei
→ nivelul seric crescut este considerat un factor de risc cardiovascular
• Beta-alanina – intră în constituția acidului pantotenic (o vitamină - parte a
coenzimei A, care joacă rol esențial în metabolism)

41
 Bibliografie

• Richard A. Harvey, Denise R. Ferrier. Lippincott’s Illustrated Reviews – Biochemistry. 5th

edition, 2011. http://www.uobabylon.edu.iq/eprints/paper_11_9137_715.pdf
• Robert K. Murray, David A. Bender, Kethleen M. Botham, Peter J. Kennelly, Victor W. Rodwell.
Harper’s Illustrated Biochemistry. 29th edition, 2012.
• Colleen Smith, Allan D. Marks, Michael Lieberman. Marks’ Basic Medical Biochemistry: A
Clinical Approach. 2nd edition, 2004.
• David L. Nelson, Michael M. Cox. Lehninger Principles of Biochemistry. 6th edition, 2013.
• Reginald H. Garrett, Charles M. Grisham. Biochemistry. 2nd edition, 1999.
• Mary K. Campbell, Shawn O. Farrell. Biochemistry. 6th edition, 2007.

42