Mecanismul de apariţie al endometriozei nu este încă pe deplin cunoscut însă
există mai multe teorii care încearcă să explice etiopatogenia bolii. 1. Teoria menstmaţiei retrogmde- QpamXB'in anii 20, cea mai acceptată în prezent. Această teorie susţine ideea de flux menstrual retrograd, care transportă fragmente viabile de endometru din cavitatea uterină prin trompele uterine, în cavitatea abdominală. Ajunse aici fragmentele de endometru aderă la organele abdominale, determinând apariţia leziunilor. Deşi parţial adevărată, această teorie nu explică de ce multe paciente care au un flux menstrual retrograd dovedit nu dezvoltă endometrioza, precum şi rarele cazuri de endometrioza apărute în plămâni sau fose nazale. 2. Teoria metaplastică - la câteva paciente suferind de endometrioza precum şi doi pacienţi la care s-a raportat apariţia unor astfel de leziuni, au fost găsite nivele anormal de ridicate ale estrogenilor în cavitatea abdominală. Acest fapt sugerează că celulele organelor pelviene îşi pot modifica caracteristicile (metaplazie) ca răspuns la acţiunea unor stimul ca hormoni, agenţi infecţioşi, etc. 3. Teoria cliirurgicală - împlânte de endometru viabil pot fi însămânţate în timpul intervenţiilor chirurgicale, explicând apariţia leziunilor în plăgile post-operatorii. Oricum aceste două teorii nu explică apariţia leziunilor la pacientele cu nivel normal de estrogeni şi acolo unde nu au existat intervenţii chirurgicale. 4. Teoria diseminării pe caie iimfatică - sugerează posibilitatea transportării ce\u\e\ov endO'i^etTlate de la uter îa alte localizări din organism. Teoria nu explică de ce endometrioza nu apare la toate femeile. Femeile cu endometrioza au un răspuns imun modificat cu deficienţă autoimună; femeile cu endometrioza au un nivel ridicat al anticorpilor, ele nu resping ţesutul endometrial ectopic. Teoria deficitului autoimun poate lega teoriile de mai sus. Există un factor ereditar atât în cazul deficitelor imune cât şi în cazul endometriozei: o femeie cu rude apropiate care au endometrioza prezintă un risc de 7 ori mai mare de a face boala decât media.