Metenteronul da nastere treimii distale a colonului transvers,
colonul descendent, colonul sigmoid, rectului si portiunii superioare a canalului anal. Segmentul terminal al metenteronului patrunde in regiunea posterioara a cloacei care reprezinta canalul analo-rectal primitiv; alantoida patrunde in portiunea anterioara care reprezinta sinusul uro- genital.
Alantoida este separata de de metenteron printr-un strat de
mezoderm - septul uro-rectal. Pe masura ce embrionul creste, varful septului uro-rectal se apropie de membrana cloacala dar cele 2 structuri nu vor intra niciodata in contact.
In sf sapt 7, membrana cloacala se perforeaza si formeaza orificul
anal al intestinului posterior si orificiul ventral al sinusului urogenital. Intre cele 2 orificii, septul uro-rectal formeaza corpul perineal. Proliferarea ectodermului conduce la inchiderea canalului anal. Ulterior se realizeaza repermeabilizarea acestuia.
Asadar, portiunea caudala a canalului anal are origine ectodermica
si este vascularizata de arterele rectale inferioare provenite din arterele rusinoase interne iar poriunea craniala este de origine endodermica si este irigata de arterele rectale superioare provenite din mezenterica inferioara (artera care iriga intestinul posterior). La jonctiunea celor 2 structuri se gaseste linia pectineala, imediat inferior de coloanele anale Morgagni.