FC este celălalt biomarker inflamator fundamental utilizat în
prezent pentru a evalua diagnosticul și a monitoriza răspunsul la tratament în IBD Calprotectina este prezentă predominant în granulele de neutrofile și are o funcție antimicrobiană Deși se găsește în diferite fluide corporale, concentrația sa în fecale este de 6 ori mai mare decât cea din sânge la indivizii sănătoși . la indivizii sănătoși ramane stabila in materii fecale o saptamana la temperatura camerei În majoritatea laboratoarelor, limita superioară a normalului este stabilită la 50 μg/g, în concordanță cu rezultatele unei meta-analize a 1.062 de pacienți, în care s-a constatat că un pacient cu simptome asemănătoare IBS și un nivel FC <40 μg /g a avut o șansă de 1% sau mai puțin de a avea IBD. În special, nivelurile FC cresc la pacienții cu IBD activă FC poate fi considerat un marker surogat de încredere al activității endoscopice în IBD (în special în CU), un predictor al recidivei clinice și endoscopice în UC, CD și un instrument util pentru diferențierea dintre IBS și IBD Cu toate acestea, în gastroenterologia generală, acest marker îi lipsește specificitatea, deoarece poate crește în multe alte afecțiuni intestinale, cum ar fi boala celiacă, cancerul de colon, diverticulita, utilizarea medicamentelor antiinflamatoare și infecțiile intestinale