Cataliza enzimatica

Enzime
Caracteristici, clasificare si mod de actiune
 Subiecte ce vor fi tratate
 Ce sunt enzimele?
 Caracteristici generale ale enzimelor
 Clasificarea enzimelor
 Structura enzimelor
 Specificitatea enzimelor
 Mecanismul catalizei enzimatice
 Cinetica enzimatica
 Cofactori (coenzime, grupari prostetice).
 Nomenclatura enzimelor
 Subiecte ce vor fi tratate
 Ce sunt enzimele?
 Caracteristici generale ale enzimelor
 Clasificarea enzimelor
 Structura enzimelor
 Specificitatea enzimelor
 Mecanismul catalizei enzimatice
 Cinetica enzimatica
 Cofactori (coenzime, grupari prostetice).
 Nomenclatura enzimelor
 Enzime-definitie

 Enzimele sunt catalizatori biologici (fermenti)

 Enzimele sunt in general proteine cu rol
biocatalitic
 >100 aminoacizi, >10kDa
 Au structura primara, secundara, tertiara,
cuaternara
Tehnici: cristalografie cu raze X, spectrometrie de
masa, fluorescenta, tehnici imunochimice, etc
 ARN nuclear cu masa moleculara mica
(ARNsn) =rol catalitic
 La eucariote, in urma procesului de transcriere, rezulta un ARNm
primar care contine exoni (secvente informationale ce se vor exprima
in proteine) si introni (nu vor fi tradusi in proteine). Acest ARNm
primar sufera un proces de excizare a intronilor si legare a exonilor
numit splicing. Acest proces este catalizat de catre complexe
formate din proteine si molecule mici de ARN nuclear (ARNsn) (din
engl.small nuclear RNAs (snRNAs)) numite spliceosomes sau
structuri ribonucleoproteice cu masa moleculara mica, snSNP (din
engl. small nuclear ribonucleoprotein particles). Fiecare complex
contine ARN nuclear cu masa mica (ARNsn) format din 100 to 200
nucleotide. In nucleii eucarioti exista 5 tipuri de ARNsn notate cu U1,
U2, U4, U5, si U6 implicate in reactiile de excizie a intronilor si legare
a exonilor.
 ARNsn si proteinele din snSNP sunt inalt conservate la eucariote, de
la drojdii la oameni.
 Excizarea intronilor si legarea exonilor in
ARNm la eucariote

 Aceasta masinarie
enzimatica recunoaste ARNm primar
situsurile de excizie a
intronilor. Intronii in general
incep cu GU si se termina Gruparea 3’OH a guanozinei
actioneaza ca o molecula
cu AG. Aceste secvente nucleofila atacand fosfatul 5’ la
nivelul situsului de excizare
sunt semnale pentru
procesul de splicing.
ARNm intermediar

Gruparea 3’OH a exonului dinspre

extremitatea 5’ actioneaza ca o
molecula nucleofila finalizand
excizia intronului

ARNm fara introni

 ARNr 23 S
sinteza proteica (procesul de traducere)
 Faza de formare a legăturii peptidice are
loc cu participarea unei peptidil-transferaze
(numită şi peptidil-sintetază sau peptidil-
polimerază). ARNr 23 S (din subunitatea
mare 50S) = peptidil-transferaza are rolul de a
transfera formil-metionina (şi ulterior formil-di-,
-tri-, …, formil-(poli)-peptidul) de pe ARNt din
locusul peptidil, pe aminoacil-ARNt din
locusul aminoacil. Peptidil-transferaza
catalizează formarea legăturii peptidice între
gruparea carboxil a aminoacidului legat
anterior de ARNt din locusul peptidil (P) şi
gruparea aminică liberă a aminoacidului legat
de ARNt din locusul aminoacil (A). În locusul
peptidil a rămas un ARNt descărcat, iar în
locusul aminoacil se găseşte acum un formil-
dipeptidil-ARNt1 (şi ulterior, în etape mai
avansate, un formil-peptidil-ARNt, de fiecare
dată mai lung).
 Subiecte ce vor fi tratate
 Ce sunt enzimele?
 Caracteristici generale ale enzimelor
 Clasificarea enzimelor
 Structura enzimelor
 Specificitatea enzimelor
 Mecanismul catalizei enzimatice
 Cinetica enzimatica
 Cofactori (coenzime, grupari prostetice).
 Nomenclatura enzimelor
 Caracteristici generale ale enzimelor

 Diferente dintre enzime si catalizatori chimici:

 Enzimele sunt in general proteine
 Enzimele au specificitate pentru un substrat
 Specificitatea poate fi “ingusta” pentru un singur fel de substrat (ex.
D-Glucoza) sau poate fi “larga” pentru o multitudine de substrate (ex.
Hexoze)
 Au o ToC si pH optim de functionare
 Nu sunt produse sau consumate in timpul unei reactii
chimice
 Nu declanseaza o reactie chimica ci intensifica viteza
reactiei chimice
 Enzimele modifica viteza reactiei dar nu constanta de
echilibru a reactiei catalizate.
Cat timp decurge o reactie catalizata enzimatic?
 Subiecte ce vor fi tratate
 Ce sunt enzimele?
 Caracteristici generale ale enzimelor
 Clasificarea enzimelor
 Structura enzimelor
 Specificitatea enzimelor
 Mecanismul catalizei enzimatice
 Cinetica enzimatica
 Cofactori (coenzime, grupari prostetice).
 Nomenclatura enzimelor
 Clasificarea enzimelor

• 2 criterii majore:
Solubilitate
Structura
 Dupa solubilitatea (localizarea) enzimelor
 Enzime hidrosolubile (ex. Enzimele cu localizare
citosolica, lumenala sau matriceala)

 Enzime partial hidrosolubile sau insolubile in apa(ex.

cu localizare membranara, periferica sau
transmembranara)
 Dupa criteriul structural

2 categorii de enzime:

1) Enzime numai de natura proteica:

Ex: ribonucleaze, hidrolaze
2) Enzime alcatuite dintr-o parte proteica si una
neproteica
 Subiecte ce vor fi tratate
 Ce sunt enzimele?
 Caracteristici generale ale enzimelor
 Clasificarea enzimelor
 Structura enzimelor
 Specificitatea enzimelor
 Mecanismul catalizei enzimatice
 Cinetica enzimatica
 Cofactori (coenzime, grupari prostetice).
 Nomenclatura enzimelor
 Structura unei enzime

Parte neproteica-
Parte proteică Cofactor (coenzimă,
coferment, sau agon)
(apoenzimă, apoferment sau feron)

(Holo)enzima (holoferment sau simplex).

 Structura unei enzime

 Componenta proteică a enzimei

 determină caracterul de izoenzimă,
 determină specificitatea de substrat
 dirijează specificitatea de acţiune.

 Componenta neproteică
 micromoleculară şi termostabilă
 joacă rolul de coenzimă sau grupare prostetica şi este implicată în
mecanismul catalitic.
 Centrul activ al enzimelor

 Centru activ= totalitatea gruparilor chimice din molecula

enzimei care recunosc, leaga specific si transforma
molecula de substrat
 Confera specificitate enzimelor pentru substrat
 Centrul activ al enzimelor

 Confera specificitate enzimelor pentru

substrat
 Centru activ= totalitatea gruparilor chimice
din molecula enzimei care recunosc, leaga
specific si transforma molecula de substrat
 Are un caracter hidrofob
 Cum se poate mentine intacta functia
enzimei?
Interactiunea centru activ substrat

2 modele:
 Mecanismul cheie-broasca- Emil Fischer, 1890
 Mecanismul potrivirii induse- Daniel E. Koshland,Jr., 1958
 Interactiunea centru activ substrat

 Mecanismul cheie-broasca- Emil Fischer, 1890

 Interactiunea centru activ substrat

 Mecanismul potrivirii induse- Daniel E. Koshland,Jr., 1958

 Subiecte ce vor fi tratate
 Ce sunt enzimele?
 Caracteristici generale ale enzimelor
 Clasificarea enzimelor
 Structura enzimelor
 Specificitatea enzimelor
 Mecanismul catalizei enzimatice
 Cinetica enzimatica
 Cofactori (coenzime, grupari prostetice).
 Nomenclatura enzimelor
 Specificitatea enzimelor
• Specificitate de actiune
Este determinata de partea proteica a enzimei
Piridoxalfosfat-coenzima a transaminazelor, decarboxilazelor,
liazelor, sintetazelor
Arg
 Specificitate de substrat Lys
 specificitate de legatura: enzimele
recunosc un anumit tip de legatura
chimica
Ex: Esterazele recunosc legaturile de tip
esteric
Tripsina recunoaste legatura dintre Arg-
Lys
Trombina recunoaste legatura dintre Arg-
Gly
 stereospecificitate

Ex: L-aminoacid-oxidazele : numai L-aminoacizi !!!

 Specificitatea enzimelor

• Specificitate absoluta: enzimele recunosc un anumit

tip de legatura chimica si un anumit component chimic
Exemplu: Ureaza degradeaza numai ureea
Exemplu: Hexokinaza metabolizeaza D-glucoza dar nu si 2-
18F-dezoxi-D-glucoza –utilizare in tehnici de imagistica
 Tomografia prin emisie de positroni
(din engl Positron emission tomography (PET) )

aplicatii in diagnosticarea si tratamentul

cancerului si a bolilor inflamatorii
Aorta
 Izoformele enzimelor

 Izoenzime sau izozime

 Sunt enzime localizate în aceeaşi celulă sau în celule
diferite, care îndeplinesc funcţii catalitice identice, dar
diferă prin unele proprietăţi cum ar fi afinitate pentru
substrat, termostabilitate, sarcină electrică etc.
Izoformele lactat dehidrogenazei (LDH)
 LDH-1 (4H) - in inima
 LDH-2 (3H1M) - in sistemul reticuloendotelial
 LDH-3 (2H2M) - in plamani
 LDH-4 (1H3M) - in rinichi
 LDH-5 (4M) - in ficat si muschiul striat
(H este tipul de monomer intalnit in inima, iar M este monomerul caracteristic
izoenzimei hepatice si musculare)

Rol in diagnosticul medical

indicand distrugeri celulare
 Enzime cu dubla localizare

 În aceeaşi celulă, dar în compartimente diferite, pot

exista enzime cu aceeaşi specificitate de substrat, dar cu
proprietăţi fizice şi chimice diferite
 Enzime biloculare – mitocondriale şi citosolice:
 aspartat-aminotransferaza (GOT)
 malat-dehidrogenaza,
 izocitrat-dehidrogenaza,
 -glicerofosfat-dehidrogenaza.
 Complexe enzimatice
 Enzimele pot fi organizate in complexe enzimatice atunci cand
produsul unei reactii este rapid preluat si transformat de o alta
enzima
 Diferite grade de organizare:
Exemple: acid-gras sintetaza cu localizare citosolică. Acest sistem
enzimatic, descoperit de Lynen în drojdie, apare ca fiind format din 6
enzime diferite, grupate în jurul unei proteine centrale purtătoare de
radical acil. Întregul sistem enzimatic are masa moleculară de 2300
kDa

Complexe multienzimatice: enzime asociate cu ribozomii, enzimele

lantului respirator
Catene polipeptidice formate din domenii cu
activitati enzimatice diferite
 La mamifere, acid gras sintetaza este un dimer cu subunităţile
identice. Fiecare subunitate este asamblată din trei domenii, unite
între ele prin regiuni flexibile. Domeniul I, reprezentând unitatea de
intrare a substratului, conţine: acetil transferaza, malonil transferaza
şi β-cetoacil sintetaza (enzima de condensare). Domeniul II
reprezentând unitatea de reducere, conţine: ACP, β-cetoacil
reductaza, enzima de deshidratare şi enoil reductaza. Domeniul III
este unitatea de eliberare a palmitatului şi conţine tioesteraza.
 Subiecte ce vor fi tratate
 Ce sunt enzimele?
 Caracteristici generale ale enzimelor
 Clasificarea enzimelor
 Structura enzimelor
 Specificitatea enzimelor
 Mecanismul catalizei enzimatice
 Cinetica enzimatica
 Cofactori (coenzime, grupari prostetice).
 Nomenclatura enzimelor
 Mecanismul catalizei enzimatice
Caracteristici generale
 Enzimele sunt catalizatori biologici (fermenti)
 Nu sunt produse sau consumate in timpul unei reactii
chimice
 Nu declanseaza o reactie chimica ci intensifica viteza
reactiei chimice

(Enzimele modifica viteza reactiei dar nu

constanta de echilibru a reactiei catalizate)
 Mecanismul catalizei enzimatice

 Energia libera a unei reactii (∆G)

 Energia de activare: necesara energizarii unui

substrat pentru a atinge o stare de tranzitie in
care exista o mare probabilitate ca o legatura
chimica sa se formeze sau sa se rupa in substrat

 Enzimele reduc energia de activare fara sa

afecteze energia libera a reactiei (G) Astfel,
enzimele cresc viteza de reactie
 S + E ↔ E-S → E + P

Energia de activare a reactiei necatalizate

Energie

S Energia de activare a reactiei catalizate

G P

Progresul reactiei

Enzimele reduc energia de activare fara sa afecteze energia libera a

reactiei (G). Astfel, enzimele cresc viteza de reactie.
 Rolul metalelor in cataliza enzimatica

- Sunt componente esentiale ale centrului catalitic

(activ);
- Intermediaza formarea complexului ES;
- Necesar in mentinerea structurii 3D a enzimei;
- Participa in reactii de transfer de electroni
 Mecanismul catalizei enzimatice

Metaloenzime:
- Fe-enzime: grup prostetic hem (citocromi,
catalaze, peroxidaze);
- Cu-enzime: citocromoxidaza, superoxid-
dismutaza, tiroxin-hidroxilaza;
- Mn-enzime: peptidaza, arginaza, izocitrat-
dehidrogenaza;
- Co-enzime: cobalamin-enzime;
- Se-enzime: glutationperoxidaza
 Mecanismul catalizei enzimatice

 Enzimele nu acţionează toate după un

singur mecanism de reacţie universal
valabil
 Dintre numeroasele mecanisme de
acţiune propuse, cele mai importante sunt:
 cataliza acido-bazică,
 cataliza covalentă
 cataliza prin distorsiune.
 Cataliza acido-bazica

 Este cel mai frecvent mecanism întâlnit în

cataliza enzimatică
 Consta in procese de transfer de protoni intre
gruparile acido-bazice ale enzimei si cele ale
substratului
 În calitate de catalizatori acido-bazici generali
pot funcţiona grupările carboxilice sau aminice
libere ale resturilor aminoacizilor acizi sau
bazici; gruparea tiol a cisteinei, gruparea imidazol a
histidinei şi gruparea hidroxil a tirozinei.
 Cataliza covalenta

 Formarea complexului enzimă-substrat

presupune formarea unei legături
puternice, de tip covalent (punere in
comun a electronilor), între S şi E
 Cataliza prin deformare (distorsiune)

 Se aplică în special la enzimele hidrolitice

 Accelerarea vitezei de reacţie prin acest
mecanism s-ar datora inducerii unei tensiuni în
molecula substratului, ceea ce ar determina
“activarea” sa.
 Se presupune astfel că legarea specifică a
substratului de molecula enzimei induce apariţia
unei tensiuni sau a unei deformări în legătura
ce urmează a fi scindată.
 Deformarea survenită permite complexului
enzimă-substrat să fie mai reactiv decât
substratul singur şi să se transforme mai rapid în
produşii de reacţie.