Cum determina proprietatile

fizico-chimice ale atomilor

structura si functia
biomoleculelor?

Viata s-a dezvoltat in mediu

apos
Apa este o molecula cu proprietati
speciale care are influenta deosebita
asupra biorganismelor
~ 70-80% din greutatea celulelor
specia moleculara cea mai
abundenta
~ 7% ioni anorganici si molecule mici
(amino acizi = baza constitutiva a
proteinelor), nucleotide (--acizi nucleici),
lipide (--membrane), glucide (--celuloza)
Restul: macromolecule si agregate
macromoleculare

- Hidrofil
Molecule care se
dizolva in apa
(glucide)

Molecule care
prefera apa

Hidrofo
care
b Molecule
nu se dizolva

in apa (lipide,
grasimi)

Molecule care
evita apa

Molecule amfifile
(amfipatice)
Cam schizofre!
Contin regiuni hidrofobe si regiuni
hidrofile
Exemplu: fosfolipidele (componente de baza ale
membranelor)

Chimia unor molecule

foarte mici
poate fi importanta pentru
viata

Exemplu: Ionul de hidrogen, H+ (1

Da) este foarte important pentru
structura/functia unei molecule cu
masa de 1011 Da (ADN din
cromozomul 1)

Un numar mic de principii de

baza din chimie (fizica?)
este suficient pentru
intelegerea proceselor de la
nivel molecular la nivel
celular

Super glue in lumea

vie?

Interactiuni (forte) de atractie dintre

atomi molecule ansambluri
supramoleculare

Forte puternice: legaturi covalente

(simple, duble, triple); sunt implicate o
pereche, doua, trei de electroni
Forte atractive slabe: interactiuni
necovalente.
Determina structura/functia

Tipuri de interactiuni
slabe

Ionice
Legatura de hidrogen
Van de Waals
Efectul hidrofob

Scara energiilor in biologie

0.6
kcal/mol

Atractia dintre sarcini de

semn opus

Legatura de
hidrogen

http://www.northland.cc.mn.us/biology/Biology1111/animations/hydr
ogenbonds.html

Energia legaturii de
hidrogen

In procese catalitice
poate ajunge si la 20
kcal/mol

Rotatie libera in jurul

legaturii simple de simple

Flexibiliatea, dinamica
biomoleculelor

Nu exista rotatie in jurul

legaturii duble

Repulsia sterica

Potential LennardJones

 Doua

obiecte nu pot
ocupa in acelasi timp
aceeasi regiune din
spatiu

Principiul lui Pauli: doi

electroni nu pot avea
aceeasi stare cuantica

Crestere rapida a energiei la

intrepatrunderea norurilor electronice

Exponentiala


ro

 Cum se estimeaza
razele Van der Waals?

Se considera atomii ca doua sfere

rigide de anumite dimensiuni, sfere
care nu se pot intrepatrunde

http://
webhost.bridgew.edu/fgorga/prote
ins/van_der_walls.htm

La distanta mica miscarea

sincronizata a electronilor se extinde
la un numar foarte mare de molecule

http://www.chemguide.co.uk/atoms/bonding/vdw.html

Gaz
heliu
neon
argo
n
cript
on
xeno
n
rado
n

Tf
(C )
-269
-246
-186
-152
-108
-62

Ne

Xe
+

Forma moleculelor este

importanta

CH3-CH2-CH2-CH3

CH3-CH-CH3
|
CH3

-0,5o
C

-11,7o
C

Formula

Lipide saturate
Nume (acid)

CH3(CH2)10CO2H

lauric

Tm(0
C)
45

CH3(CH2)12CO2H

miristic

55

CH3(CH2)14CO2H

palmitic

63

CH3(CH2)16CO2H

stearic

69

CH3(CH2)18CO2H

arahidic

76

http://www.cem.msu.edu/~re
usch/VirtualText/lipids.ht
m#lipid1b

Lipide nesaturate
Formula

CH3(CH2)5CH=CH(CH2)7CO2H
CH3(CH2)7CH=CH(CH2)7CO2H

Nume
(acid)

Tm
(0
C)
palmitol 0
eic
oleic
13

CH3(CH2)4CH=CHCH2CH=CH(CH2) linoleic
7CO2H

-5

CH3CH2CH=CHCH2CH=CHCH2CH linolenic 11
=CH(CH2)7CO2H
CH3(CH2)4(CH=CHCH2)4(CH2)2CO2
H

arahidon ic
49

www.
science
cartoon
splus.
com

Structuri biologice:
aspecte generale
Pentru biolog:
Organizarea macroscopica sau
microscopica vizibila a unui
organism

Exemple

Structu
ra
scheletu
www.enchantedle
arning.com/.../skel
lui
color.GIF

Structura celulei

http:/
/www
.cells
alive.
com/

Structura
mitocondriei

http://micr
o.magnet.f
su.edu/cell
s/mitochon
dria/image
s/mitochon
driafigure1
.jpg

In biofizica

Termenul de structura are o

definitie mai larga

Se aplica si la:

Structura atomilor

http://molaire1.club.fr/e_atomequan1.gif

Marimi dependente de
timp

Electrocardiograma
normala

Sonograma radarului
la lilieci

Retele metabolice

Ecosistem

Matematica

Sistem: agregat de elemente cu o

anumita interelatie dintre ele

Structura sistemului: totalitatea

interelatiilor

In biofizica

Sisteme
Relatiile
dintre
elemente

DINAMICE

INTERACTIU
NI

Retele metabolice
Elemente
le
sistemulu
i: metabolitii
Interactiunile:
reactiile

Ecosiste
m
Interactiun
e dintre

indivizii populatiei

Macromolecule biologice
ca sisteme

Exista patru nivele de organizare

Structura primara
Secventa liniara a monomerilor
elementelor) dintr-un lant
monomer liniar (sistem)

Structura secundara

pozitionarea in spatiu a monomerilor

(elementelor) intr-o parte a moleculei
(sistemului) unul relativ la celalalt

Structura tertiara

pozitionarea in spatiu a
regiunilor omogene de
structuri secundare
(elemente) dintr-o molecula
(sistem)

Structura cuaternara
http://pqs.ebi.ac.uk/
pozitionarea in spatiu a
macromoleculelor
(elemente) intr-un complex
supramolecular (sistem).

Structuri periodice
(cristale)
Structuri neperiodice
(structuri biologice)
cristale aperiodice:
structura inalt organizata
de elemente care nu se
repeta periodic

Procesele de formare a
structurilor biologice (dezvolare
a vietii, reproducere, )

Entropia
SCADE

PARE sa fie in contradictie

cu principiul al doilea al
termodinamicii
Procese spontane din
sisteme IZOLATE se produc
cu o crestere a entropiei
In sisteme IZOLATE
entropia atinge maximul

Nici un sistem biologic (chiar

ecosistem!) incluzind si mediul
NU poate fi considerat izolat

Pamantul NU este un
sistem izolat
Primeste energie de la
Soare
Emite (iradiaza) energie

Flux permanent de
energie (substanta)

Sistemele biologice sunt

sisteme dinamice la
neechilibru

Structuri la echilibru:

Cristale de sare obtinute prin

evaporarea apei

Structuri la neechilibru (disipative)

Autoasambalarea
(autooraganizarea)

Plierea spontana a proteinelor

Aranjarea in structuri
supramoleculare (complexe
enzimatice)

Entropie
Masura

a ordinii

Masura

a dezordinii (lipsei
de ordine)

Un sistem cu maxim de dezordine

maximul de

Entropia este un
parametru extensiv
Entropiile S1 si S2 a
doua subsisteme se
pot suma
S=S1+S2

Rotatie libera in jurul

legaturii simple de simple

Flexibiliatea, dinamica
biomoleculelor

Nu exista rotatie in jurul legaturii

duble