Sunteți pe pagina 1din 22

Enzime cu nichel

Pentru mult timp nichelul a fost singurul metal 3d pentru care rolul biologic nu a putut fi stabilit
definitiv. Motivele acestei scpri au fost variate: ionii de nichel nu au absorbii caracteristice n prezena
liganzilor fiziologici
importani, spectrele Mossbauer nu sunt accesibile izotopilor nichelului. Ni(I) cu
configiiratia d9 i Ni(III) cu configuraia d7 paramagnetici, nu pot fi detectai prin spectroscopia RPE datorit
lipsei scindrii hiperfine (abundenta natural a 61Ni cu I = 3/2 este de numai 1,25%. S-a artat ca nichelul
este adesea singurul metal component al unor enzime complexe care mai dein drept coenzime alte
substane anorganice. Centrii cu nichel au rmas nedetectabili mult timp datorit mascrii de catreclusterii
Fe-S. Aplicnd metode de detective mai sensibile cum ar fi spectroscopia de absorbie i de emisie
atomic (AAS i AES), msurtori magnetice (SQUID) sau spectroscopia RPE asupra izotopului 61Ni
mbogit s-au putut stabili caracteristicile ctorva enzime ce confin Ni din plante i microorganisme.
Nichelul, n mod particular, nu este un element rar n litosfera sau hidrosfera unde se gsete dizolvat c
Ni2+ iar n organisniele vii se gsete n cantiti mici, greu detectabile i dup prerea
specialitilor(Wolfgang Kaim i Brigitte Schwederski) neeseniale,nefiind raportat niciun simptom al carentei
nichelului(Ni2+ este un toxic,responsabil al alergiei la nichel).Totui chiar nichelul din otelurile inoxidabile a
fost mobilizt de anumite microorganisme pentru a i satisfice necesarul corespunztor enzimelor
eseniale.Dup prerea altor specialist,una din ipotezele disparitfei dinozauriJor i a altor creaturi de la
sfritul cretacicului ar fi "otrvirea cu niche care provenea din materiale rneteorice.
Trziu, n 1960, nichelul este considerat component necesar pentru creterea unor bacterii
anaerobe; n 1975 metalul a fost evideniat drept component al ureazelor din plante. n concordan cu
nivelul de cunoatere actual, nichelul este prezent n patru tipuri de enzime eseniale n stri de oxidare
diferite cu o coordinare caracteristic mediului.Ureazele conin Ni(II) penta sau hexacoordinat de liganzi cu
atomi de N sau O donori, hidrogenazele mai multor bacterii anaearobe conin nichel n principal coordinat
de liganzi cu sulf( bacteria Knallgeas , CO-dehidrogenaza utilizat n sinteza bacterial a acetil-coenzimei
A). Metil coenzima M reductaza bacterid metanogene, prezint un complex al nichelului cu inelul
tetrapirolic ca grupare prostetica denumit coenzima F430. Un alt complex tetrapirolic cu o funcfie
nespecificata, ar fi tuniclorinul care conine nichel, izolat din tunicate.
1. Glioxilaza I((EC4.4.1.5)(lactilglutationa liaza)) lactoylglutathione lyase
Glioxalaza I i Glioxalaza I catalizeaz conversia metilglioxalului,o specie toxic care
formeaz legturi covalente cu DN,la lactat(lactate).Singurul ion de nichel se afla ntr o
coordinatie octaedrica i se comport ca un acid Lewis.Acesta rmne n stare de oxidare 2+
n timpul reaciei de izomerizare,ceea ce include i utilizarea Zn la glioxilaza I n unele
organisme,incluziv al omului.Ionul de Ni2+ se leag hemoacetotiolic( binds the
hemithioacetal adduct) ntre metilglioxal i GSH,nlocuind un ligand de ap.Baza general a
catalizei duce la separarea unui proton din substrat(deprotonare),formnd un intermediar
coordinat enantiolat.Protonarea la C-2 iniiaz generarea de produi S-dlactilglutationati( promotes generation of the product S-d-lactoylglutathione),care sufer o
hidroliza la lactat i GSH ntr o reacie separat catalizata de Glioxilaza II.
Reacie:
glutationa+metilglioxal

Mecanism:

hemitioacetal (adduct)

(R)-S-lactilglutationa

2.Acireductona deoxigenaza(EC1.13.11.53) este o metaloenzima care catalizeza reacia


chimic:
1,2-Dihidroxi-3-oxo-5-(metiltio)pent-1-en+ O2

HCOOH + metiltiopropionat + CO

Structura cristalografica cu centrul active de Ni(II):

ARD este un membru al clasei structurale a proteinelor cunoscute sub numele cupins, sau
"jellyrolls." Nucleul structurii cupin este un (5-helix format din dou antiparalele (i-fire). Dac
s-ar rsuci un ac de pr ntr-o spiral, s-ar obine topologia-pliere cupin.
Structura metaloenzimei dezvluie o coordinatie octaedrica cu centrul active
Ni(II),hexacoordinat de 3 liganzi de histidina,unul de acid aspartic i 2 liganzi de ap.Nichelul
nu sufer mudificari redox dar nici nu leag O2,n schimb substratul acireductonei(1,2dihidroxi-3-oxo-5-(metiltio)pent-1-en) reacioneaz direct cu O2 formnd speciile peroxidice
(B).Ni rmne pe tot parcurul reaciei n starea de oxidare +2.Ni acioneaz ca un acid Lewis
promovnd atacul intermediarului peroxola gruparea ligandului carbonil pentru a genera un
intermediary cyclic(D),care se descompune ulterior n CO,acid formic i acid carboxilic.
Mecanism:

3.Ni-Superoxid dismutaza
Irwin Fridovich and Joe McCord at Duke University au descoperit activitatea enzimatic a
SOD n 1968.
Ni-Superoxid dismutaza(EC 1.15.1.1) este o enzim care catalizeaz dismutatia(divizarea)
radicalului superoxid (O2-) ntr o molecule obinuit de oxigen(O2) sau peroxid de
oxigen(H2O2).Superoxidul este un produs secundar al metabolismului oxigenului i dac nu
este reglementat acesta cauzeaz deteriorarea multor tipuri de celule.Peroxidul de hidrogen
este de asemenea duntor,dar mai puin dect cel din urm i poate fi degradat de ctre
alte enzyme,cum ar fi catalaza.Astfel,SOD este un antioxidant de aprare important n
aproape toate celulele vii expuse la oxigen.
Descriere:
Superoxid dismutaza (SOD) este o enzim ce revitalizeaz celulele i reduce rata distrugerii
lor de ctre radicalii liberi. Neutralizeaz cei mai obinuii i poate cei mai periculoi radicali

liberi- radicalii superoxid. Radicalul superoxid produce deficitul de fluid sinovial, important
lubrifiant pentru ncheieturile corpului, ceea ce duce la frecare i n cele din urm la inflamaii.
SOD (Superoxid dismutaza) acioneaz sinergetic cu enzima catalaza, care se gsete din
abunden n organism. Catalaza transform hidrogenul peroxid din subprodusele sale
create de reacii SOD.
SOD ajuta la asimilarea zincului, cuprului i manganului. Nivelul tinde s scad odat cu
vrsta, ceea ce crete formarea de radicali liberi. Potenialul ca tratament antiimbatranire se
afla nc n studii de cercetare.
Din punct de vedere chimic, exist dou forme din aceast enzim. Forma cupru/zinc
(cunoscut Cu/Zn SOD) i exercita calitile de antioxidant n citoplasm celulelor. Acesta
este un fluid apos care nconjoar toate celalalte component celulare.
Forma mangan (Mn SOD)este activ n mitocondrii, stucturi din celule n care se produce
energia. Producerea energiei celulare duce la crearea radicalilor liberi i forma nichel(Ni
SOD).
Utilizri medicale
SOD (Superoxid dismutaza) este utilizat pentru a trata artrit, probleme de prostat, ulcere,
arsuri, boli inflamatorii, dar i intoxicaii de la expunerea la fum i radiaii, i pentru a preveni
efectele secundare ale medicamentelor mpotriva cancerului. Mai poate ajuta i la reducerea
ridurilor faciale, la cicatrizarea i vindecarea rnilor i arsurilor.
SOD face ca fiecare celul a corpului s fie mai rezistent mpotriva atacurilor radicalilor
liberi i a altor substane nocive. Puterea antioxidant a SOD o depete pe cea a celor mai
cunoscui antioxidani: flavonoide, carotenoide, vitamina A, C i E, mai mult, nici chiar
coenzima Q10, glutation peroxideaza i catalaza nu ating puterea acestuia. Cteva studii
legat de procesul de mbtrnire au remarcat faptul c animalele care produc cel mai mare
nivel de SOD au i cea mai mare durat de via.
Surse
SOD exista, n mod natural n: orz, broccoli, varza de Bruxelles, varza, germeni de gru i
multe alte plante verzi.
Administrarea suplimentelor de SOD
SOD este o molecul fragil ce este distrus uor n stomac, astfel tabletele trebuie s fie
comprimate filmate - adic acoperite cu o substan protectoare care ajuta tableta s treac
intact prin acidul din stomac pn n intestinal subire unde poate fi absorbit la ntreaga
potenta.
Reacii:
Ni

3+-SOD + O2- Ni2+-SOD + O

2
22+
+
3+
Ni -SOD + O + 2H Ni -SOD + H2O2.

Structura:

n procariote.Aceasta enzim are structura hexamerica(6 copii),cu 4 helixuri,fecare coninnd


crlige chelate la ionul de Ni.

Aciunea superoxid dismutazei (SOD) n organism:


1. mpiedica producerea agenilor liberi nocivi
2. antioxidant natural
3. eficient n cazul bolilor cronice
4. apar organismul mpotriva impactului radicalilor liberi
5. ncetinete mbtrnirea i apra mpotriva radiaiilor UV
6. ajut n strile de convalescen i mpotriva dependenei de droguri
7. confer protecie mpotriva radiaiilor solare, poluare i pentru utilizatorii de
calculatoare
8.combate radicalii liberi i substanele cancerigene.
4.Ureaze
Ureaz (E.C.3.5.1.5.) este o metaloenzim dependent de Ni care catalizeaz hidroliza
ureei la amoniac i dioxid de carbon. Este produs de plante, fungi i bacterii, dar nu i de
animale; ureazele prezint omologii semnificative i mecanisme similare de catalizare, dar
difer n structurile cuaternare. n timp ce ureazele produse de plante i fungi sunt proteine
homo-oligomerice de 90 kDa, cele produse de bacterii sunt multimere de dou (ex.
Helicobacter pylori) sau trei complexe de subuniti. S-a emis teoria cum c n plante aceste
enzime sunt implicate n obinerea azotului i n protec ia mpotriva factorilor patogeni.
Structura:

Studii anterioare relevau faptul c ureazele din plante au chiar o activitate insecticid.
Ureazele pot fi izolate din bacterii sau plante ,cum ar fi o specie de fasole i au o
istorie interesant.Ureaz din Canavalia ensiformis, contrar opiniei lui Richard Willstatter a fost
prima enzim obinut n stare cristalin pur. Totui dear 50 de ani mai trziu a fost
determinat coninutul de nichel al acestei enzime.Ureazele catalizeaz degradarea ureei la
dioxid de carbon i amoniac. Ureea este o molecul foarte stabil care n mod normal
hidrolizeaz foarte ncet obinndu-se acid izocianic i amoniac. Durata reaciei necatalizate
este de 3.6 ani la 38C.
H2N-CO-NH2 + H20

[H2N-COO" + NH4+]]

H2N-CO-NH2 + H20

-NH3 +H20+ H-N=C=0

2NH3 + CO2

Activitatea catalitic a enzimei determina o cretere a vitezei de reacie de aproape 10 14 ori


asemenea accelerare poate fi explicate doar prin schimbarea mecanismului de reacie . n
timp ce reacia necatalizata implica o eliminare direct a moleculei de amoniac, enzima
probabil catalizeaz o reacie hidrolitic cu ionul carbamat ca prim intermediar. Realizarea
unei legturi Ni-substrat faciliteaz ultima reacie amecanismului. O dovad n plus pentru legarea
metalului de substrat este faptul c activitatea enzimei este inhibata prin Iegarea nichelului de un derivat
fosfat.

Formarea legturii Ni-substrat:

Secvenele de aminoacizi ale diferitelor ureaze sunt cunoscute dar informaiile privind structurai
activitatea centrilor de nichel sunt puine. Haloenzima ureazei din fasole este format din ase uniti
identice, fiecare subunitate (91kDa) coninnd doi ioni de nichel n poziii apropiate i aparent diferii.

Msurtorile EXAFS au evideniat prezenta azotului i oxigenului n prima sfer de coordinare i au


sugerat numrul de coordinare cinci sau/i ase, n concordan cu masurato rile magnetice spectroscopia
de absorbfie. Msurtorile de succeptibilitate magnetic au evdentiat existena unui echilibru ntre strile
spin-inalt (S=1) i spin- sczut (S=0), ceea ce ar fi tipic pentru coordinarea 5 sau 6 de octaedru deformat a
Ni(ll) datorit diferenelor mici i variabile de energie dintre orbitalii dz2 i dx2-y2. Mecanismul propus implica
un atac electrofil al unuiadintre centrii nichelului la atomul de oxigen al gruprii carbonil, i un atac nucleofil
al specie nichel hidroxo asupra atomului de carbon din gruparea carbonil (mecanism push-pull).
Ipoteze similare exist i pentru mecanismul de funcionare a enzimelor hidrolitice ce conin zinc,
unde protonii funcioneaz adesea ca specii electrofile,. Enzimele hidrolitice cu zinc necesita astfel numai
un centru metallic care s furnizeze hidroxidul nucleofil prin activarea intr- una din etape a unei molecule
de ap.
Nu este evident de ce centrii activi hidrolitici de Ni sunt prezeni doar n ureaze. Prin substituia Zn cu Ni
n carboxipeptidaza A (CPA) nu sc modifica semnificativ activitatea enzimei.

Schema mecanismului de degradare a ureei sub aciunea catalitic a ureazelor ce conin


nichel(mecanism push-pull)

Poate c ceriele mai puin stringente privind selectivitatea numrul mare de


heteroatomi coordinai din ureaze favorizeaz Ni(II) fa de Zn(II) care prezint compui cu
numere de coordinare mici. n concordan cu acestea avem legarea ureei de gruparea
guanidin din arginina favorizat de prezena catalitica a hidrolazelor dinucleare cu Mn(II).

5.Hidrogenaze
Hidrogenazele sunt enzime care catalizeaz oxidarea
molecular cu implicarea n proces a doi electroni:
H2

reversibil a hidrogenului

2H+ (aq) + 2eAceast reacie joac un rol important n cursul fixrii dinitrogenului,
n fosforilarea microbiala sau fermentaia substanelor biologice la

metan. Microorganismele anaerobe i cteva aerobe conin


hidrogenaze; hidrogenul poate servi ca sursa de energie n locul
NADH-ului sau poate fi un produs final al proceselor de reducere.
Majoritatea dar nu toate hidrogenazele conin clusteri Fe-S. Enzimele
"numai-Fe" ce conin uniti [4Fe-4S] n special "clusterii-H" catalitici
(6Fe) nu cer alte metale sau coenzime. n funcie de prezena altor
grupri prostetice, de exemplu flavinele sau elemente "anorganice"
neuzuale, hidrogenazele sunt mprite n: Ni/Fe-hidrogenaze, cea
mai cunoscut forma i Ni/Fe/Se-hidrogenaze. Ni/Fe-hidrogenazele
conin un atom de Ni n plus nafara clusterului Fe-S;
Ni/Fe/Se-enzimele prezintaNi i Se (Ni este coordinat de
selenocisteina) n raport echimolecular cu cel al clusterilor Fe-S.
Nitrogenazele au i o activitate diferit de a hidrogenazelor mai ales
c n substratul primar de N 2 lipsete. Catalizaiea reaciei este
necesar din cauza transferului simultan al celor doi electroni.
Reducerea unui proton, cu transferul unui singur electronsi obinerea
unui atom de hidrogen ar necesita mai multe poteniale negative, mai
mici ca valoare dect -2V. Aceste condiii nu se ntlnesc n mediul
fiziologic.Componentele anorganice ale hidrogenazelor ndeplinesc
rolul de rezervor de eiectroni i de centri catalitici.
Dispunerea centrului proteic ce conine hidrogenaze n ciano
bacteria Anacystis Nidularis.

La un numr mare de bacterii fotosintetic active i alge, s-a observant c activitatea unor
hidrogenaze depinde de un sens preferat al reaciei,astfel putem distinge hidrogenaza
unidirecional (H2 -2H+)
dintre enzimele bidirecionale reversibile. Majoritatea hidrogenazelor sunt de mrime medie
(40-100 kDa) i de regul au funciuni revesibile. Cu toate acestea, potenialele de transfer
electronic dintre clusterii Fe/S i componentele flavinice sunt adesea apropiate ca valoare de
potenialele proceselor ct izate preferenial ntr-o singur direcie, valoare inferioar celei
ce caracterizeaz mediile fiziologice. Obinerea hdrogenului molecular are loc doar n condiii
strict anaerobe n timp ce oxidarea hidrogenului are loc att n condiii aerobe ct i
anaerobe.
Cteva organisme printre care i Desulfovibrio gigas, pe lng hidrogenazele dizolvate n
citoplasm, mai conin
altele la marginea membranei care sunt implicate n reducerea CO 2,
NO3 ,O2 sau O42- n condiii anaerobe.
n acest caz, forma solubila catalizeaz reducera NAD + cu H2 iar electronii rezultai din
procesul de oxidare la nivelulul membranei a hidrogenului molecular sunt captai de caten
respiratorie i contribuie la formarea fosfailor cu legturi macroergice.

Schema general de degradare a hidrogenului molecular sub aciunea catalitic a


hidrogenazelor

Hidrogenazele catalizeaz degradarea hidrogenului molecular liber obinut n urma


reaciilor de reducere care poate fi periculos pentru organisme, iar reacia catalizat de
hidrogenaza din Knallgas apara formele de via anaerobe procesnd resturile de oxigen prin
dezactivare, de exemplu n timpul fixrii N 2.
Hidrogenazele au fost studiate atent datorit posibilei lor implicri Indegradarea
microbiala controlat a materiei organice cu obinere de CH4 sau H 2 pentru energie.
Caracterizarea lor structuralaestedificila, hidrogenazele fiind sensibile i labile. Din analiza
ctorva Ni/Fe-hidrogenaze a rezultat o analogie a aminoacizilor, n special n ceea ce
privete gruparea cisteinica. Enzimele ce conin nichel sunt mai bine caracterizate, ele fiind
mai puin sensibile dect hidrogenazele numai-Fe care au o activitate mai mare.
Informaii privind structura i activitatea catalitic a centrului activ de nichel din Ni/Fe
hidrogenaze.
Spectrele RPE obinute pentru oxidarea hidrogenazelor de la marginea membranei
pot fi interpnetate doar prin presupunerea prezenei Ni(III) paramagnetic (spin sczut d7
,S = 1/2). Prezena nichelului paramagnetic a fost confirmat i de experimentele cu
hidrogenaze ce conin 61Ni marcat, cnd n spectroscopia RPE s-au obinut scindri ale
spinului nuclear la I = 3/2.
Geometria centrilor activi de nichel a fost investigate prin XANES i EXAFS. Conform
datelor obinute nichelul este nconjurat de 2 1 liganzi cu sulf iar lungimea medie a
legturilor Ni-S este de 223 pm 3 1 din atomii de coordinare pot fi oxigen sau azot
Distana dintre nichel i cel mai apropiat ion de fier a fost estimat de unii specialiti la
430 pm. Coordinarea
i geometria pentra strile de oxidare invocate: Ni(I), Ni(II), Ni(III)
cu configuraiile d9, d8 respectiv d7 nu sunt determinate fr ambiguiti. Pentru Ni/Fe
hidrogenaze se presupune existenta n sfera de coordinare a cinci sau ase liganzi
dispui dup o geometric de dipiramida trigonala sau de octaedru deformat.
Mecanismul catalizei Ni/Fe-hidrogenazei precum i natura speciilor participante i strile
lor de oxidare sunt n curs de investigare.Apariia sau dispariia semnalelor RPE indica
modificarca strii de oxidare a nichelului n timpul activitii reductive a catalizatorului.
Studiul spectroscopic ENDOR a unei forme active a enzimei arata interaciunea 1H/ spin
- electron ce implic probabil i un proton din gruparea (beta - CH 2 a cisteinei i unul din
substratul H2. Rezultatul nu este cert ntruct nu s-a dovedit c nichelul poate coordina
H2 dup descoperirea hidrogenazelor care nu conin Ni. S-a verificat accesibilitatea
gazelor inerte i de reacie la centrul activ al hidrogenazei din Desulfovihrio gigas
efectuad analize cu raze X asupra cristalelor unor compui model n atmosfeara de Xe
la presume ridicat. Astfel de date obinute pentru cristale ce conin nichel n diferite
stri de oxidare (|), (II),(III) permit interpretri ale mecanismelor de reacie.
Specroscopia RPE pentru Ni(II) din form oxidata (inactiv) a enzimei prezint alte
semnale atribuite Ni(I) sau N(III). Absena semnalelor ar putea fi atribuit Ni(II) cu numr par
de electroni to subnivelul "d" sau cuplrii puternic antifearomagnetice dintre un atom de
nichel cu S=l/2 i forma redus a clusteului [4Fe-4S).
0 compoziie tipic n componente anorganice a fost gsit n hidrogenaza cu masa 88
kDa din bacteria Desulfovibrio gigas. Aceasta este o protein periplasmatica hetrodimerica

formats din dou subuniti de 28 kDa i 60 kDa. Pe lng ionul de nichel, hidrogenaza mai
conine un cluster stabil [3Fe-4S] i dou cluster [4Fe-4S] mai puin ntlnite, care particip
la transferul celor doi electroni.

Structura i geometria clusterlui [3Fe-4S] din bacteria Desulfovibrio gigas


Pentru forma activat (redus) a ezimei se indica prezena Ni(l) a unui cluster [3Fe-4S]
redus. Este unanim acceptat de specialiti existenta a 12 1 atomi de fier intro molecul
de enzim, deci apare posibilitatea de a avea un atom de Fe suplimentar, care nu aparine
nici unui cluster Fe-S i care poate fi al doilea centru activ metalic al enzimei. Existena lui
crete posibilitatea legrii hidrogenului molecular prin realizarea unui complex metalic cu
hidrogen n punte, n care Fe este nconjurat octaedric sau plan ptratic iar nichelul
piramidal-patratic.
Prezena H2 face ca semnalul RPE s se piard (poate
datorit formrii Ni(II)-H 2),
1
urmat
de
apariia
altei
specii
RPE
active
cu
formula
Ni(l))-Hsau
form de rezonan Ni(I)H+1. Pe baza acestor studii, fr a cunoate exact mediul de reacie n care are loc
coordinarea, nu puten face distincia net ntre Ni(I) i Ni(III). Studiile asupra fermelor
inactive de Ni(III) au demonstrat c potenialele de reducere Ni(III)/Ni(II) sunt surprinztor de
mici. Poteniale de reducere mici s-au obinut pentru
complecii model NiS4, NiS4N2 sau NiN6 n mediul de coordinare. Mecanismul trebuie s in cont i de
faptul c aceasta enzim accelereaz schimbul H/D n ap conform reaciei:
H2 + D2O

HD + HDO

Viteza reaciei de descompunere fotochimic este mult micorata n ap deuterata (D20) ceea ce ne
ndreptete s presupunem c speciile fotolitice sunt sub form de hidruri ale Ni(I) sau Ni(II). Mecanismul
implica ruperea heterolitica a H2, ionul hidrura (H-) rmnnd pe ionul metalic, n timp ce componenta
protica (H+) se leag de un atom de sulf coordinat la metal, reacia producnd nc un centru bazic n
interiorul proteinei. Natura presupusei legturi dintre hidrogen i nichelul catalitic prezint un interes deosebit,
hidrurile de nichel fiind binecunoscute n chimia organo-metalica. A fost discutat i posibilitatea unei
coordinri "side-on".
Fe/Ni hidrogenazele prezint o competiie n realizarea legturii cu H2 i CO2 ; reaciile de scindare
fotochimic ale complexului carbonilic genereaz intermediari catalitici care au fost studiatf prin cinetic cu
schimb izotopic. Efectul izotopic de schimb H/D este mai pronunat n cazul complexului format de enzime
cu hidrogenul, ceea ce confirm ipotezele n legtur cu mecanismul de reacie.

Modelul legrii i scindrii heterolitice a H2 la compuii de coordinatie ai nichelului cu liganzi


de sulf.
Msurtorile RPE i XAS efectuate pe hidrogenaza din Desulfovibrio baculatus au
indicat o coordinare a selenocistcinei la atomul de nichel (distana Se-Ni este 244
pm); astfel liganzi care conin sulf se afla la o distan de 217 pm, iar trei sau patru
atomi de oxigen (sau azot) la o distan de 206 pm de metal. Ni/Fe/Se hidrogenazele
ntlnite ntr-o serie de microorganisme au o mare afinitale pentru reinerea
hidrogenului (H2) dar prezint o scdere a posibilitii de schimb H/D, u gernd rolul
de baz al anionului de seleniu n scindarea heterolitica a H 2.
6.Metil coenzima m reductaza

Metil-coenzima M reductaz (MCR),este enzima responsabil pt formarea microbian a


metanului, este o protein de 300 kilodaltoni organizat ca un hexamer ntr-un aranjament
222.n enzimologie, coenzima-B sulfoetiltiotransferaza, de asemenea, cunoscut sub
numele de metil-coenzima M reductaz (MCR) sau mai sistematic ca 2- (metiltio)
etansulfonat: N-(7-tioheptanoil) -3-O-fosfotreonin S- (2-sulfoetil) tiotransferaza este o
enzim care catalizeaz etapa final n formarea de metan. Ea face acest lucru prin
combinarea hidrogenului donor al coenzimei B i metilul din coenzima M. Prin aceasta
enzim,se produce cea mai mare partea gazelor naturale de pe pmnt. Rumegtoarele (de
exemplu, vaci) produc metan, deoarece stomacul lor con ine procariote metanogene
(Archaea) ,care codific i exprim un set de gene de acest complex enzimatic.
Enzima are dou zone active, ocupate de fiecare con innd nichel F430 drept cofactor.

2- (metiltio) etansulfonat (metil-CM) + N- (7-mercaptoheptanoyl) treonin 3-O-fosfat


(coenzima B) (reversibil)CoM-SS-DA + metan.
Astfel, cele dou substraturi ale acestei enzime sunt 2- (metiltio) etansulfonat i N- (7mercaptoheptanoil) treonin 3-O-fosfat, n timp ce cele dou produsele sale sunt CoM-SSDA i metan.
La unele
specii, enzima reacioneaz n sens invers (-un proces numit metanogeneza invers),
cataliznd oxidarea anaerob a metanului, prin urmare, eliminarea din mediu. Aceste
organisme sunt metanotrope.
Aceast enzim
aparine familiei de transferaze,mai exactl cele care transfera grupuri tio.

Aceast enzim particip la biosinteza de acid folic .

Ruperea din bacteria metanogen a metil-ceoenzimei M (2- metiletansulfonat), cu


eventuala formare i eliberare a metariului, este catalizata de metil coenzima M reductaza. n

figur este reprezentat ultima etap n producerea energiei sintetiznd CH 4 din CO2 de
ctre arheobacterii autotrofe, cum ar fi Metanobactenum termoautotroficum.

Bacteriiie metanogene participa la degradarea microbiaia anaeroba a componentelor


organice din plante, proces care prin volum este considerat ca fiind unul dintre cele mai
importante procese biotehnologice. Producerea metanului prin degradare microbian are loc
n sedimente (se obin gaze naturale), n timpul cultivrii orezului i n sistemul digestiv al
rumegtoarelor. n ultimul timp s-a acordat mult atenie urmelor de metan din atmosfera
datorit contribuiei lor la efectul de ser. Dei cea mai mare parte a metanului biogenic
rezulta prin degradarea radicalului acetat, formarea sa din C0 2 este mult mai interesant din
punct de vedere chimic.

Ultima etap n procesul de obinere a metanului


Procesul. global necesit 8 electroni i prezena mai multor enzime eseniale.
"Metanofuranul permite fixarea CO2- ului i transformarea funciunii -COOH n timpul primei
reduceri, cu implicarea a doi electroni.
Gruparea formil rezultat este transferat tetrahidrometanopterinei care funcional se
aseamn cu acidul tetrahidrofolic din eucariote. Dup alte dou etape de transfer a cte doi
electroni (formil -> hidroximetil -> metil), gruparea metil rezultat este transferat coenzimei
M care pune n libertate metanul printr-o reacie catalizat de metil-coenzima M reductaza.
Fora motrice a acestui proces este formarea legturii S-S ntre coenzima M i HS-HTP.
Electronii necesari diferitelor etape ale reducerii sunt obinui direct prin oxidarea hidrogenului
molecular, proces catalizat de diferite hidrogenaze.
Metil-coenziina M reductaza este o enzim complex i foarte sensibil. Dimerul proteic are
o mas molecular de aproximativ 300 kDa i este format din trei subuniti cu diferite de
68,47 i 38 kDa.
Din enzima a fost izolat o substan ce conine Ni, de culoare galben, cu masa molecular
mic, care prezint absorbie maxim la 430 nm i care a fost denumit F430.
Structura acestei prime coenzime biogene a fost stabilit n urma unor biosinteze de
laborator i a aplicrii metodelor spectroscopice de studiu (RMN). Ea prezint un ciclu
porfirinic nalt hidrogenat condensat cu gama-lactama i ciclohexanona. Structura ciclica a
fost denumit hidrocorfin pentru a arta asemfinarea ei structural, cu porfirina i nu cu
ciclul conjugal corinic (F430 are o legtur lips n inelul tetrapirolic).

Schema de obinere a metanului biogenic din CO2


Caracterul parial sturat al macrociclului precumn i condensarea suplimentar cu cicluri sturate,
determin apariia unei flexibiliti a stucturii, n special n sensul plierii ciclului tetrapirolic dup direcia axei
S4 .

Devieri de la geometria tipic a compuilor macrociclici cu inel tetrapirolic

O consednta important a acestui fapt este modificarea strii de spin. Astfel Ni(II) S = 0 spin sczut sufer o
tranziie d9, facilitnd o alt orientare neaxiala a Ni(II) spin nalt cu S = 1. O configuraie d8 spin sczut (spinii
sunt mperecheai) rezult doar n urma unei distorsiuni a cmpului octaedric al liganzilor, degenerarea
orbitalului eg, care defavorizeaz mperecherea spinilor, joac n acest caz un rol important. Cum este de
ateptat, pentru speciile Ni(I) = d9, spectrul RPE al F430 reduse indic un orbital dx2-y2 semiocupat,
delocalizat peste atomii de azot din planul ecuatorial i un centru nucleofil putenic, dat de perechea de
electroni din orbitalul dz2.
Pentru o reacie de adiie oxidativ, ambele coordinri ale Ni(II) i Ni(I) spin sczut cu liganzii nesaturai, sunt
importante pentru activarea metil-derivatilor E - CH3. Totui, din cauza flexibilitii geometriei ligandului
macrociclic, parametrii legturilor sunt diferii: spin nalt Ni(II) - N = 210 pm, spin sczut Ni(II) - N =190 pm i
Ni(I) - N aproximativ 200 pm. La fel ca ali liganzi tetrapirolici, sistemul conjugat corfinic poate accepta un
electron mai ales atunci cnd prezint o grupare carbonil conjugat cu inelul ciclohexanonei.
Pentru reducerea complexului trebuie creat o ambivalent, n sensul reducerii alternative
a metalului sau ligandului; o ambivalent similar ntlnim i n Fe- porflirine. O alt
particularitate este prezena unei singure sarcini negative n interiorul macrociclului
hidrocorfinic care fixeaz metalul, contrar ligandului porfirinic care coordineaz dou specii
deprotonate.

Schema ipotetic a mecanismului de funcionare a Ni ca centru active n enzima ce leag


cofactorul F430
Detaliile despre mecanismul de funcionare a nichelului ca centru activ n enzima ce leag
cofactorul F430 nu sunt complete. n schema ipotetic din figura nichelului i se atribuie un rol
n transferul electronului i un rol n coordinarea radicalului CH 3. n scurta sa via
(intermediar organo-metalic). Legarea direct de substrat a tioeterului sau a centrilor ce
conin S, este una diritre posibilele funcii ale ionului de nichel. Scindarea legturii alchil-tiol
( C-S) prin intermediarul speciilor active cu nichel este o tehnic cunoscut de la Ni Raney i
catalizarea similar a reaciei de desulfatare.
7. CO Dehidrogenaza = CO Oxidoreductaza = Acetil-CoA Sintetaza
Multe bacterii metanogene i acetogene (care produc metan i acid acetic) conin CO
dehidrogenaza, enzima ce catalizeaz oxidarea CO/C0 2. n biochimie oxidarea este
prezentat ca fiind o dehidrogenare, totui CO nu conine hidrogen, iar termenul de CO
oxidoreductaza pare mai potrivit.
CO + H20
CO2 + 2H+ +2e
Reacia enzimatic este reversibil i de aceea poate servi ca modalitate altenativa de fixare
(asimilare) a C02 de ctre bacteria activa n procesul de fotosintez. Cealalt funcie
biologic a enzimei este s catalizeze formarea reversibil a acetil-coenzimei A prin
combinarea coenzimei A c u o sursa de metil. Proteinele corinoide cu funcionalitate CH 3-[Co]
ale metil transferazei i disulfit reductazele ce conin Fe/S, contribuie de asemenea la
aceast reacie.
CH3-[Co] + CO + HS-CoA
CH3-C(O)S-CoA + H+ + [Co]co2

Acetil-CoA rezultat (acid acetic activat) poate fi carboxilata de ctre bacterii anaerobe la
piruvat CH3C(O)COO. n bacteriile metanogene degradarea acidului acetic la C0 2 i CH4
decurge probabil cu obinerea ca intermediar a CO.
Este cunoscut c, CO dehidrogenazele din bacteriile a aerobe conin nichel n timp ce
speciile aerobe necesita molibdenopterine.
A fost studiat CO dehidrogenaza bacteriei acetogene Clostridium thermoaceticum care
este sensibil la prezena oxigenului. Ea este alctuit din 3x2 subuniti ( )3 de mrime 82
i 73 kDa. Nu este nc stabilit identitatea metalului coninut.S-au gsit cantiti mici de
nichel (un atom de Ni pentru fiecare unitate hexamera de protein) i cantiti mari de fier i
sulf (mai mult de 10 atomi / ( ) dimer) precum i diferite cantiti de zinc.
Datele privind structura centrului activ care conine Ni au fost obinute n cea mai mare
msur prin metoda RPE, spectroscopie Mossbauer i EXAFS. Datele RPE, S = 1/2 indica
interacia electronului cu trei sau mai muli atomi de fier, cu un atom de nichel i un atom de
carbon (pentru studiul scindrii hiperfine se folosesc izotopi mbogii: 61Ni, 57Fe i13CO).
Datele EXAFS sugereaz pentru nichel coordinarea a patru liganzi cu S aflai la o distan
de aproximativ 216 pm
Conform spectroscopiei Mossbauer distant Ni-Fe este estimate la 325 pm i indic
interacrtia nichelului cu un cluster Fe/S.
Studii, recente structureaz enzima n patru subuniti: un cluster A ce cuprinde atomi de
Ni,i uniti Fe-S active n sinteza acetil coenzimei A ; un cluster C care reprezint partea
activa n oxidarea CO; un cluster [Fe 4S4] 2+/1+ i o component feroas.
Enzima cu structura cuaternara de tipul

la tratare cu cantiti mici de detergent SDS

sufer o descompunere ntr-o unitate metalic alfa i una 1 2 care prezint activitate
oxidant asupra CO.
Subunitatea metalic alfa conine un atom de nichel i patru atomi de fier. Ni este
coordinat la liganzi ce conin doi atomi de sulf i doi atomi de oxigen sau azot, geometria
nichelului fiind de plan-patrat deformat, iar Fe este dispus ntr-un cluster [Fe 4S4]2+/1+ care n
stare redus are S=3/2.
n experimentele de laborator carbonilarea CO dehidrogenazei s-a dovedit a fi reversibila,
schema mecanismului de reactfe putnd explica rezultatul coordinrii reversibile a CO la Ni.

Modelul mecanismului de coordinare reversibil a CO la nichel


Dup demonstrarea existenei a doi centri activi metalici unul de Ni i unul de Fe, M. Kumar propune un
mecanism bimetalic pentru sinteza acetil coenzimei A n care att Fe ct i Ni au roluri catalitice. Pentru
transferul gruprii metil de la metil-Co3+ (Co= coenzima) din C/Fe-SP la CO dehidrogenaza (CODH) s-a
propus urmtoarea reacie:
CH3 - Co3+ -C/Fe-SP + Ni-CODH

Co1+-C/Fe-SP + CH3-Ni-CODH.

De vreme ce produsul este Co1+,reacia trebuie s implice o deplasare nucleofil ntre gruparea CH3-Co 3+
i Ni1+ pentru a forma CH3-Ni 3+ care apoi poate accepta un electron pentru a forma o specie mai stabil
CH3- Ni 2+ .

Compus model pentru funciunile Ni(II)-Me,Ni(II)-COMe,Ni(II)-H i Ni(I)-CO


Compui model
Atunci cnd concepem un compus de modielare a centrului activ metalic, nu este suficient
caracterizarea Ni-proteinei deoarece apar i alte probieme, cum ar fi aparenta stabilitate a
unor stri de oxidare exotice sau surprinztoare. n compuii organo-metalici nichelul se
afla frecvent n stri joase de oxidare +1 sau zero, care sunt importante n tehnica catalitic a
hidrogenrilor (hidrogenaze), desulfurizri (metil-coenzima M reductaza) i n reacii de
carbonilare (CO dehidrogenaza sau CO oxidoreductaza).
Pe de alt parte Ni(III) a fost considerat mult timp ca fiind ntr-o stare de oxidare improprie
lumii vii. Totui, pot fi sintetizai un numr mare de compui de coordinatie ai Ni(III) cu liganzi
ca : amidele chelatizante, peptidele deprotonate, oxime i tioli, sau poate fi stimulat cel puin
detecia Ni(III) ,dac nu este necesar enzima activ.
Un aspect important n modelaiea Ni(III) este geometria coordinatiei care s-a dovedit a fi
restrictiva. De exemplu, pentru aceeai liganzi chelatizanti configuraiile electronice d 8 (Ni(II))
i d7 (Ni(III)) manifest preferine pentru geometrii diferite. Aplicnd aceasta strategic i
folosind liganzi donori bogai n electroni, de tipul RS , S 2- sau amide R2N- , a fost posibil
micorarea potenialului de oxidare a Ni(II)/Ni(III) astfel c speciile Ni(III) devin stabile chiar i
n condiii fiziologice.

Compus model al Ni(III) cu Gly-Gly-Gly3Printre compuii de coordinate cu Ni(III) stabili sunt i compuii cu peptidele deprotonate de
dimensiuni mici. Centrul Ni(III) n complexul din figura este localizat n planul format de
tripeptida n timp ce pozitfile axiale sunt ocupate de molecule de ap slab coordinate.
Asemenea compui pot fi uor preparai prin oxidarea electrochimic a compuilor cu Ni(II)
corespunztori. Ca i tiolatii, peptidele deprotonate la azot (carboxiamidele) sunt putenic
donoare att ct i i sunt capabile sastabilizeze strile nalte de oxidare ale metalului.
Pentru trecerea NiII/III complexul prezentat are un potenial redox relativ mare, scderea
semnificativ a acestei valori ntlnindu-se n hidrogenaze i alte enzime cu nichel,fiind
datorat probabil multitudinii de liganzi cisteinici.
Modelarea Ni-hidrogenazelor
Dup cum s-a artat, hidrogenazele catalizeaz oxidarea reversibil a moleculei de hidrogen
permind celulelor s genereze sau s elibereze n timpul respiraiei echivaleni de
reducitori:
H2
2H++2ePublicarea recent a unui studiu de analiza cu raze X asupra structurii cristaline a centrului
activ din enzim, deschide noi perspective n elucidarea i modelarea hidrogenazei din
Desulfovibrio gigas.

Structura prezint un atom de Ni coordinat prin intermediul sulfului de 4 grupri cisteinice,


dou din ele formnd o punte cu un al doilea metal, presupus a fi Fe. Modelul structural va
permite apoi stabilirea mecanismului de reacie i a activitii redox a proteinei. Pentru
aceasta trebuiesc sintetizai compui mononucleari ai Ni cu grupe tiol, cum ar fi compusul de
coordinatie ai Ni(II) cu N,N-dimetil-N,N-bis(P- mercaptoetil) etilendiamina,n solventfi
aprotici, care s formeze prin puni de sulf compui heterodinucleari, prin reacia cu compui
coordiriativi mononucleari ai fierului (este preferata sintez n situ) n solveni protici. Similar
sinteza decurge plecnd de la ditioli prin condensare cu baze Schiff n prezena Ni(II) (reacie
templata).

Exemplu de reactive template pentru modelarea centrului active cu Ni din hidrogenaza


n ultimii ani s-au sintetizat liganzi N i S donori cum ar fi:

Liganzi model pentru simularea structurii i funcionalitii hidrogenazelor pe baz de Ni


Cu L1 au puitut fi izolai mai muli compui ai nichelului. Cnd anionul este [BF4]- sau [B(Ph)4]- complexul
trinuclear are formula [Ni3(L1)4](anion)2 i poate fi izolat. Exist indicaii biliografice privind existena unui
compus mononuclear [Ni(L1)2] dar nu s-au putut separa cristale. Reducerea chimic a unei soluii de
compus trinuclear cu un echiyalent de [BF4]- da spedi detectabile RPE.Reducerea electrochimic este
ireveisibila i se realizeaz cu Ag/AgCl. n atmosfera de hidrogen se observe oxidarea catalitic a H2.
Cu ligandul L2 s-au obinut cristalele unui compus cu formula [Ni(L2)] [BF4]. Structurile acestor compui sunt
cunoscute, reactivitatea lor este nc n studiu.
Eforturi considerabile s-au fcut de ctre A.Berkessel i col. n sensul imitrii activitii catalitice a [Ni,Fe]hidrogenazelor de ctre chelati ai Ni cu mase moleculare mici. Liganzii implicai sunt: tiosemicarbazona
plana , derivat din compui carbonilici aromatici orto- hidroxi-substituiti (1) i sisteme N, O, S - tripodal (2)
cum ar fi rac 2.

Liganzi chelatizanti;modele pentru hidrogenaza.


R3i-H + H-O-R
H2 + R3 i-O-R
Compusul Ni(II) cu tiosemicarbazona i liganzi de tipul (1) activeaz legtura i-H din silani
favoriznd un atac nucleofil ca n reacia de alcooliza a silanilor. Pentru a elucida mecanismul
acestei reacii, care este corelat cu activarea moleculei de hidrogen de ctre hidrogenaze,
trebuie luate n considerare, mrimea liganzilor ai ionului metalic central i condiiile de
reacie.
n cazul liganzilor de tip tripodal rac-2 noul cluster Ni3N3S4 rac- 3 rezult din reacia dintre tiol
rac-2a cu acetatul de Ni(II). Benzilul i trimetil- sililtioeterul rac-2b, permit amndoi pentru
numrul de coordinare 4 geometria plan-patratica, iar pentru numrul de coordinare 6
geometria pseudooctaedrica impuse de condiiile de reacie.

Structura compusului rac-3= Ni3N3S4


Au fost sintetizai compui ai Ni(II) prin reacia clorurii de nichel cu o serie de derivai ai
bazelor Schiff obinute prin condensarea P,P-bis- 3(4-amino-5-mercapto-1,2,4-triazolil)
benzen cu salicil aldehide substituite. La un raport stoechiometric 1:1 compusul este de tipul
NiL.2H20. Valorile molare ale conductibilitii n DMF sunt prea mici pentru a putea fi luate n
considerare n procesul de disociere a compusului. Aceti compui funcioneaz ca filtru cu
activitate antibacterian i antifungica mpotriva bacteriilor Escherichia coJi, B. cirrafigellosus i
citipercilor C. albican i A. niger.
U. Gauding i coL au sintetizat un numr mare de compui model pentru Ni-hidrogenaze de
tipul celor din figura, n care L poate fi imidazol, piridina sau fosfina; X este oxigen sau sulf,
gruprile R1, R2 i R avnd diferite efecte electronice:

Tipuri de liganzi tridentati [ONS]2Aceti compui sunt diferii n ceea ce privete structur, reactivitatea i mecanismul lor
de aciune. n prezenfa solventului s-a pus n evident un dimer cu oxigen sau sulf, numrul
de coordinare formal fiind 3. n solveni care nu coordineaz la Ni s-au obinut oligomeri
superiori care sunt n echilibru cu dimerii. Pentru diferii liganzi L avem:
monomeri plani tip aduct 1:1 pentru L = baze cu azot, fosfine;
dimeri pentacoordinati aduct 1:1 pentru L = piridina;
tetrameri octaedrici aduct 1:1 pentru L = MeOH iar X = O;
monomeri octaedrici aduct 1:3 pentru L=piridina.
n funcie de natura atomilor donori i substituenii ligandului tridental chelatant.
Echilibrele de substitute a ligandului care pot fi examinate spectrofotometric, indica clar c
compuii, coordinativi ce conin X = S i/sau R = 1,2 fenilen sunt mai moi dect cei cu X = O
i/sau R = etilen. Activitatea catalitic a acestor compui a fost testat pe reacia de alcooliza
a trietilsilanilor:
Et3i-H + HO-R

H2 + Et3i-OR

R. Crabtree a afirmat c aceast reacie este un test potrivit pentru modelarea


hidrogenazelor. Doar compuii cu X = S i R = 1,2 fenilen au activitate catalitic bun i ea
crete n seria: 1f < 1e < 1d < 1a

1b < 1c. Toi compuii cu R = etilen i X = 0 sunt inactivi.

Pentru caracterizarea ct mai exact a geometriei nichelului i naturii legturii lui cu


substratul enzimatic Paul K.Ross a efectuat un studiu asupra a trei serii de compui model cu
Ni(III), folosind o combinaie a metodei dicroismului magnetic circular (DMC) la temperatura
variabil cu spectroscopia RPE. Prima serie este reprezentat de [Ni(III)(PS3*)(tbutilpiridina)] i [Ni(III)(PS3*)(N-metilimidazol)] sintetizai de Millar pe baza mpiedicrilor
sterice din ligandul PS3*= tri(6-feni]-2-mercaptofenil)fosfina. Aceti compui au o geometrie
de bipiramid trigonala, cu atomii de sulf plasai ecuatorial. Spectrele DMC prezint tranziii
caracteristice S-Ni i P-Ni dar nu s-a evidetiat nici o tranziie d-d. Al doilea grup conine
[Ni(siclam)(SO4)](ClO4) i [Ni(siclam)(Cl2)](ClO4) cu geometrie de plan-patrat, n planul
ecuatorial fiind coordinai atomii de N. Spectrele DMC ale acestor compui dau o tranziie d-d
la 690 nm pentru compusul cu clor i la 810 nm pentru cel cu sulfat. Ultima serie consta din
[Ni(tacn)2](ClO4) i [Ni(tacn)2](ClO4)3 compui n care Ni are o geometrie octaedric i un
numr de coordinare 6, fiind coordinai tioeteri.