Sunteți pe pagina 1din 73

BIOCHIMIA

DESCRIPTIVĂ

AMINOACIZII: STRUCTURA,
CLASIFICAREA, ROLUL
BIOLOGIC

Silvia Stratulat
Conferențiar universitar
Obiectivele:
• Aminoacizii – rolul în organismele vii. Proprietățile
aminoacizilor: stereoizomeria, solubilitatea, proprietățile
acido-bazice.
• Clasificarea aminoacizilor după structura chimică,
proprietățile fizico-chimice, principiul biologic.
• Proprietățile chimice ale aminoacizilor: reacțiile de
carboxilare și decarboxilare, hidroxilare și transaminare.
• Structura primară a proteinelor. Proprietățile legăturii
peptidice. Notarea şi citirea aminoacizilor în peptide şi
proteine. Aminoacizii N- și C-terminali
• Metodele de determinare a compoziției și succesiuni
aminoacizilor în lanțul polipeptidic.
• .
Biochimia:

• pentru prima dată ca termen a fost


introdus in 1903 de către Carl Neiberg.
• “bios” - înseamnă viaţă
• ştiinţa despre structura şi
transformarea substanţelor chimice
în organism, proceselor fizico-
chimice care stau la baza activităţii
vitale.
Deosebim:

• Biochimia statică (structurală,descriptivă) -


prezintă structura chimică a materiei vii (P, G; L;
AN) , proprietăţile și rolul lor.
• Biochimia dinamică (metabolică) – prezintă
metabolismul P; G, L; AN şi reglarea hormonală
sau enzimatică ale proceselor metabolice în
organism.
• Biochimia funcţională (clinică)– cercetează
procesele chimice ce stau la baza diferitelor
manifestări ale vitalităţii.
BIOCHIMIA STRUCURALĂ
(compartimente)
• Bioelementele, unități constituiente și
macromolecule
• Apa. Sistemele tampon
• Aminoacizii
• Proteine
• Vitamine și coenzime Structura,
• Acizi nucleici Proprietăți
• Glucide Rolul
• Lipide
Compoziţia chimică şi
organizarea materiei vii:

• Din cele cca. 100 elemente chimice


întâlnite în litosferă şi atmosferă, un număr
relativ mic participă la alcătuirea materiei
vii. Acestea se numesc bioelemente.
Compoziţia chimică şi
organizarea materiei vii:
• Din ele circa 28 se găsesc în mod constant în toate
organismele vii:
• 13 nemetale:C,H,O,N,S,P,Cl,F,Br,I,As,Si,B
• 15 metale:Ca,Na,K,Mg,Fe,Zn,Cu,Ni,Co,Mn,Al,Pb,Ti,
Mo,Sn
• După ponderea lor, bioelementele se clasifică în:
• Macroelemente: reprezintă 99,9% din total, şi ca
elemente majore sunt:C, O, H, N
• Microelemente:0,09% din total, si ca ex: P, Ca, S,
Cl, Mg, Na, K
• Oligoelemente:0,01% din total, I, Al, Si, Mn, Se etc
Compoziţia chimică generală a
organismelor vii:
• Biomolecule
1. anorganice: apa şi sărurile minerale;
2. organice: proteine, lipide, glucide,
enzime, hormoni etc.
Constituienți fundamentali
ai materiei vii
PARTICULARITĂȚILE
MATERIEI VII
PARTICULARITĂȚILE
MATERIEI VII
PARTICULARITĂȚILE MATERIEI
VII
• Gradul superior de organizare structurală
(caracterizat prin structura compusă şi
diversitatea de molecule)
• Funcţia strict determinată şi sensul său specific
pentru fiecare parte componentă.
• Capacitatea de a transforma şi a utiliza energia
• Schimbul de substanţe cu mediul înconjurător şi
autoreglarea transformărilor chimice.
• Capacitatea de autoreplicare sau transmitere a
informaţiei genetice.
Aminoacizii (AA)
• unităţi fundamentale ce participă la sinteza unei
proteinelor
• sunt de tip -aminoacizi.
• au în structura lor o grupare amino, o grupare
carboxil, un atom de hidrogen şi o catenă
“ataşată” (R), toate acestea legate la un atom
de carbon (C)
• in categoria aminoacizilor naturali sunt cuprinşi
peste 300 de aminoacizi, dar proteinogeni sunt
doar 20 dintre aceştia.
Stereoizomeria
aminoacizilor
• Toţi reprezentanţii -aminoacizilor cu excepţia
glicinei conţin atomul de carbon α-chiralic şi
formează stereoizomeri (enantiomeri) – L și D.

• În organismele vii în structura proteinelor se


utilizează doar L-α-aminoacizii.
Clasificarea AA
a. după proprietățile fizico-
chimice ale radicalului
• 1. Cu radical nepolar (hidrofob): glicina, alanina, valina, leucina,
izoleucina, prolina, fenilalanina, triptofanul şi metionina. Toţi sunt mai
puţin solubili în apă decât aminoacizii polari;

• 2. Cu radical polar (hidrofil) neutru (la pH=6): serina, treonina,


cisteina, tirozina, asparagina, glutamina. Aceşti aminoacizi sunt mai
solubili în apă decât cei nepolari, deoarece catena poate stabili
legături de hidrogen cu apa, datorită grupărilor –OH, -NH2 amidice şi -
SH pe care le conţine;

• 3. Cu radical polar (hidrofil) încărcat negativ (la pH=6): acidul


aspartic şi acidul glutamic;

• 4. Cu radical polar (hidrofil) încărcat pozitiv (la pH=6): lizina,


arginina, histidina.
• STRUCTURA CHIMICĂ A AA
AA cu radical nepolar (hidrofob):
Glicina

Alanina

Valina
AA cu radical nepolar
(hidrofob):

Leucina
Izoleucina
AA cu radical nepolar
(hidrofob):

Fenilalanina Triptofan
AA cu radical nepolar
(hidrofob):

Metionina Prolina
AA cu radical polar (hidrofil) neutru

Serina Treonina

Tirozina
Cisteina
AA cu radical polar (hidrofil) neutru

Asparagină Glutamină
AA cu radical polar (hidrofil) încărcat
negativ – AA acizi

Acid aspartic
(aspartat) Acid glutamic
(glutamat)
AA cu radical polar (hidrofil) încărcat
pozitiv – AA bazici

Lizina

Arginina

Histidina
Clasificarea: b. după rolul biologic:
Aminoacizi

Esențiali Neesențiali
(dispensabili):
indispensabili: Glicina
Valina* Semiesențiali Alanina
Leucina* (semi- Prolina
Izoleucina* indispensabili): Serina
Fenilalanina* Tirozina
Triptofanul* Arginina* Cisteina
Asparagina
Metionina* Histidina*
Glutamina
Treonina*
Acidul aspartic
Lizina* Acidul glutamic
Nu se sintetizează în Se sintetizează în organism,
organism, e necesar sa-i dar în cantități insuficiente, Se sintetizează în organism
primim cu alimentele e necesar sa-i primim cu
alimentele
Clasificarea:
c. după structura chimică a
radicalulului:
Exemple:

• după numărul grupărilor –COOH şi –NH2:

Exemple:
Clasificarea după structura
chimică:
• după prezenţa în catenă a altor grupări
funcţionale –

Exemple:

• Iminoacizi-
După structura R lateral
După structura R lateral
Clasificarea aminoacizilor după
prezența în proteine și
codificarea genetică
Aminoacizi

Proteinogeni – intră Neproteinogeni –


în componența nu intră în
proteinelor componența
proteinelor

Codificați genetic – cei 20 Necodificați (modificați


de aminoacizi, care posedă posttranslațional)- nu au codoni,
codoni în codul genetic sunt sintetizați din cei
proteinogeni
Aminoacizi proteinogeni
necodificați (modificați
posttranslațional)
Aminoacizi neproteinogeni –
nu intră în componența
proteinelor:
Proprietăţile acido-bazice ale -
aminoacizilor

În condiții de pH fiziologic, în soluţii apoase -aminoacizii


există în formă de ioni bipolari(amfiioni):
• gruparea amino este protonată (-NH3+ ) – are proprietăti
bazice – este acceptor de protoni;
• gruparea carboxil este disociată (deprotonată) (-COO- )
– are proprietăți acide – este donor de protoni;
Astfel, aminoacizii posedă proprietăți amfotere - și de bază, și
de acid.
Proprietăţile acido-bazice ale -
aminoacizilor

În soluție acidă (pH <7) un aminoacid este protonat și


există ca un cation;
în soluție bazică (pH>7), un aminoacid este
deprotonat și există ca un anion.
Proprietăţile acido-bazice ale -
aminoacizilor

Astfel, la un pH intermediar, aminoacidul trebuie să fie


echilibrat exact între formele anionice și cationice și există ca
un ion neutru, bipolar. Acest pH se numește punct izoelectric
(pI).

În punctul izoelectric amfiionul are sarcina sumară = 0 și se


află în stare izoelectrică.
Proprietăţile acido-bazice ale -
aminoacizilor

În caz dacă radicalul este hidrofob sau hidrofil neutru – el nu va


influența asupra sarcinii electrice totale a aminoacidului și
asupra proprietăților sale acide sau bazice.
Radicalii hidrofili acizi în mediu neutru vor conferi
aminoacidului sarcină sumară negativă (anioni),
iar cei bazici – sarcină sumară pozitivă (cationi).
Pentru a aduce astfel de aminoacizi în strare izoelectrică este
necesar de a modifica pH-ul mediului.
Astfel, punctul izoelectric al aminoacizilor va varia de la valori scăzute (pI<7)
pentru aminoacizi acizi (pI=2,87 pentru acidul aspartic) la valori ridicate (pI>7)
pentru aminoacizi bazici (pI=10,8 pentru arginină). Aminoacizi neutri nu au
punctul izoelectric la pH neutru, așa cum ar fi de așteptat, dar în mediu alb acid
pI=punctul izoelectric
• Reprezinta pH-ul la carea sarcina neta a
minoacidului este nula
• La pH=pI solubilitatea aminoacizilor este minima
• pI=(pKa1+pKa2)/2
• pI pt aminoacizii monoamino-monocarboxilici ~6
• pI pt aminoacizii monoamino-dicarboxilici ~3
• pI pt aminoacizii diamino-monocarboxilici ~10
Valorile pK şi pI ale aminoacizilor

Aminoacid pK1 pK2 pKR PI


1. Glicocol 2,34 9,60 5,97
2. Alanina 2,35 9,69 6,02
3. Valina 2,32 9,62 5,97
4. Leucina 2,36 9,60 5,98
5. Izoleucina 2,36 9,68 6,02
6. Fenilalanina 1,83 9,13 5,98
7. Prolina 1,99 10,60 6,10
8. Triptofan 2,38 9,38 5,88
9. Serina 2,21 9,15 5,68
10.Treonina 2,63 10,43 6,53
11.Tirozina 2,20 9,11 10,07 5,65
12.Cisteina 1,71 10,78 8,33 5,02
13.Metionina 2,28 9,21 5,75
14.Asparagina 2,02 8,80 5,41
15.Glutamina 2,17 9,13 5,65
16.Acid aspartic 2,09 9,82 3,86 2,97
17.Acid glutamic 2,19 9,67 4,25 3,22
18.Histidina 1,82 9,17 6,00 7,58
19.Lizina 2,18 8,95 10,53 9,74
20.Arginina 2,17 9,04 12,48 10,76
Reacţiile -aminoacizilor cu
importanţă biologică
1. Transaminarea -aminoacizilor.
Reacţia de transaminare constă în transferarea
aminogrupei de la aminoacidul donor la un -
cetoacid – acceptor de amino-grupă. În această
reacţie -aminoacidul se transformă în
cetoacid, iar cetoacidul se transformă în
aminoacid:
TRANSAMINAREA
TRANSAMINAREA
Reacţiile -aminoacizilor cu
importanţă biologică
2. Decarboxilarea -aminoacizilor
În reacţiile de decarboxilare -aminoacizii pierd
grupa carboxilică din poziţia - şi se transformă în
amine biogene:
Reacţiile -aminoacizilor cu
importanţă biologică
2. Decarboxilarea -aminoacizilor

De exemplu:
a) decarboxilarea acidului glutamic cu formarea acidului gama-
aminobutiric:
b) decarboxilarea histidinei cu formarea
histaminei:

C) decarboxilarea 5-hidroxitriptofanului cu formarea


serotoninei:
3. Hidroxilarea -aminoacizilor:
3. Hidroxilarea -aminoacizilor:

4. Carboxilarea aminoacizilor:
Legătura peptidică se formează între grupa α-carboxil al unui aminoacid
și grupa α-amino a aminoacidului următor:
Proprietățile legăturii peptidice:

• Legătura peptidică clasică este o legătură covalentă trainică și are


proprietăți de legătură parțial dublă.

• Legătura peptidică este coplanară – toți atomii grupării peptidice se află


în același plan.
Proprietățile legăturii peptidice:
• Legătura peptidică clasică are conformație trans.

• Are 2 forme de rezonanță – ceto și enol:


Proprietățile legăturii peptidice:
• Fiecare legătură peptidică clasică este capabilă să
formeze 2 legături de hidrogen cu alți atomi polari.

• Prolina formează legătură peptidică atipică:


Produsele policondensării a α-aminoacizilor,
legați prin legături peptidice se numesc
peptide:

• O peptidă, ce conține 2 aminoacizi se numește


dipeptidă; care conține 3 aminoacizi-
tripeptidă; etc.

• Catena, ce conține până la 50 de aminoacizi,


se numește oligopeptidă; care conține 50-100
aminoacizi – polipeptidă;

• Dacă numărul de aminoacizi este mai mare de


100, polipeptida se numește proteină.
• Capătul catenei peptidice, la care se găsește gruprea amino
-NH2 se numește capăt N-terminal, considerat începutul catenei,
iar capătul la care se află grupa carboxil -COOH se numește
capăt C-terminal.
Conformația unui lanț peptidic – are forma unui zig-zag:

• "R" – radicalii aminoacizilor constituienți - sunt maximal


depărtați în spațiu unul de altul.
• Fiecare proteină are o secvență specifică de aminoacizi, care
este determinată genetic și se asamblează sub controlul acizilor
nucleici.
Nomenclatura peptidelor
Toţi aminoacizii situaţi la stânga în catena polipeptidică faţă de cel C-terminal
capătă terminaţia -il, iar cel C-terminal îşi păstrează denumirea sa trivială. De
exemplu: tripeptidul Gli-Ala-Ser se va numi glicil-alanil-serină.
Gradele de organizare ale
moleculei proteice
Structura:
primară secundară terţiară cuaternară
Structura proteinelor
Secvența aminoacizilor în proteină se numește:

structura primară a proteinei


Structura primară
• succesiunea AA din
lanţul polipeptidic
• determinată genetic.
• este stabilizată de
legăturile peptidice
covalente, care se
formează la
interacţiunea grupei -
carboxilice a unui AA cu
-aminogrupa
următorului AA.
Fragment al structurii
primare
Determinarea structurii primare

• 2 etape:
• A. determinarea compoziției AA
• B. determinarea succesiunii AA
Determinarea compoziției
AA în proteină
1. Hidroliza acidă completă
2. Separarea AA (cromatografia pe hîrtie,
schimb de ioni)
3. Determinarea cantitativă a fiecărui
fragment (spectrofotometric).
• În etapa a 2 și a 3 – se folosește
secvențiatorul AA
Determinarea structurii primare a proteinelor
• Compoziţia aminoacidică se determină prin analiza hidrolizatelor proteice.
Hidroliza totală se poate efectua prin fierberea proteinei în soluţie de acid
clorhidric cu concentraţia 6M sau enzimatic. Se scindează toate legăturile
peptidice. De exemplu:

• Determinarea fiecărui aminoacid în hidrolizat se efectuează prin cromatografie.


În prezent o astfel de analiză se realizează în mod automat cu ajutorul unor
aparate speciale numite analizatoare de aminoacizi.
PRINCIPIILE DE DESCIFRARE A
SUCCESIUNII AA-ETAPELE:
• Determinarea acidului N și C terminal

• hidroliza selectivă a proteinei (prin metodele


enzimatice (tripsina, chimotripsina, pepsina) sau
chimice (cu bromura cianidică)

• identificarea succesiunii AA în fragmentele obţinute


prin metoda Edman.

• restabilirea structurii primare a proteinelor prin


suprapunerea diferitor segmente de peptide
stablindu-se astfel segmentele de coincidenţă
(metoda “amprentelor digitale” sau ” metoda hărţilor
de peptidă”
suprapunerea diferitor
segmente de peptide
Principiile de descifrare a AA N
şi C terminal:
La determinarea AA N-terminal se utilizează:
1. -metoda Sandger (cu fluordinitrobenzol)
2. - metoda Edmann (cu fenilizotiocianat)
3. -metoda cu dansyl
4. - metoda enzimatică (cu aminopeptidaza)
Determinarea AA C-terminal se efectuează prin:
1. metoda chimică cu hidrazina (metoda Acabori)
2. metoda enzimatică (carboxipeptidază)
3. folosind reducători: NaBH4 sau LiBH4
Metoda Edman
- constă în interacţiunea aminoacidului N-terminal cu
fenilizotiocianat în mediu slab bazic.
- La o tratare ulterioară cu un acid slab fără încălzire se
. produce scindarea aminoacidului N-terminal sub formă de
derivat feniltiohidantoinic, care se identifică în continuare
prin metoda cromatografică. Acest procedeu se repetă de
mai multe ori până la scindarea completă a fragmentului de
peptidă:

Metoda Edman s-a dovedit a fi utilă pentru


reproducere într-un aparat automat numit
secvenator cu ajutorul căruia pot fi realizate
40–50 etape de scindare.
Metoda lui Edman
Metoda Edmann

• Repetarea metodei: 30-40


AA
• Metoda a fost
automatizată cu ajutorul
secvențiatorului Edmann.
Metoda lui Acabori