Organizarea genomului uman

http://dgilber2.files.wordpress.com/2008/02/human-genome.jpg

Organizarea genomului uman

GENOM totalitatea informaiei genetice din celul. Genom nuclear 99,995% din genomul unei celule Genom extranuclear (ADN mitocondrial sau plastidial) 0,005% Genomul uman nuclear este distribuit n cei 24 de tipuri de cromozomi din nucleu. Nucleul celulelor somatice conine 22 de perechi de autozomi i 2 cromozomi sexuali (XX sau XY). Cromozomii sunt clasificai n dependen de mrimea lor, poziia centromerului, comform modelului benzilor rezultate n urma diferitor tipuri de colorare a cromozomilor. Caracteristica cea mai important a genomului uman este prezena ADN necodant, acesta ocupnd peste 90%.

Organizarea genomului uman

AD mt
ADNmt deine doar o mic parte din informaia genetic din celul 0,005%. n genomul mitocondrial sunt: 2 gene pentru ARNr, 22 gene pentru ARNt i 13 gene care codific polipeptide, care nu sunt suficiente pentru funcionarea independent a mitocondriei. Marea majoritate a genelor ce codific enzime necesare funcionrii mitocondriei se afl n genomul nuclear, acestea sunt transcrise n nucleu, traduse n citoplazm i apoi importate n mitocondrie. Genomul mitocondrial (secvena stabilit de Anderson i col, 1981) are 16 569pb, este alctuit dintr-o singur molecul circular de ADN i const 44% din G+C. Cele dou catene ale ADNmt: - Catena grea (heavy H), bogat n G - Catena uoar (light L) bogat n C

Organizarea genomului uman

http://a248.e.akamai.net/7/248/430/20080327144032/www.mercksource.com/ppdocs/us/common/dorlands/dorland/images/map_gene%20m.(1).jpg

Organizarea genomului uman

Heteroplasmie prezena mai multor tipuri de genomuri mitocondraile ntr-o celul.

http://www.nature.com/nrg/journal/v6/n5/images/nrg1606-f3.jpg

Organizarea genomului uman

ADNmt are o poriune triplucatenar regiunea 7S, cauza este replicarea dubl a unei poriuni din catena H. ADNmt reprezint 1/8000 dintr-un cromozom de mriem medie, dar ADNmt din toate mitocondriile unei celule somatice poate alctui 0,5% din ADN total al celulei. Spermatozoizii contribuie cu 50% la formarea genomul nuclear al zigotului, dar nu i la alctuirea genomului mitocondrial. Zigotul motenete mitocondriile doar din ovul, deci exclusiv pe cale matern. Att brbaii ct i femeile motenesc mitocondriile de la mam, dar brbaii nu particip la transmiterea acestora urmailor. Mitocondriile sunt mprite randomic n timpul diviziunilor mitotice. Genomul mitocondrial conine 37 gene, dintre care 28 sunt codificate de catena H i 9 de cea L. 24 de gene din cele 37 codific ARN funcional (ARN transcris care nu este tradus). Genele mitocondriale pentru ARNr: -ARNr 16S i ARNr 12S

Organizarea genomului uman

13 gene mitocondriale ce codific polipeptide sunt transcrise i ARNm este tradus de ribosomii mitocondriali. Proteinele rezultate fac parte din complexul respirator, particip la producerea de ATP. n sistemul oxidativ de fosforilare al mitocondriei particip aproximativ 100 de proteine, deci marea majoritate a genelor codificatoare se afl n nucleu. Pentru traducerea ARNm, mitocondria i poate asigura ARNt i ARNr, iar celelalte componente sunt importate din citoplazm (proteinele din ribosomi, amino-acil ARNt sintetazele etc). Cei 22 de tipuri de ARNt sunt capabili s recunoasc toi codonii din ARNm mitocondrial, deci unii dintre ei recunosc mai multi codoni. ARNt: -8 tipuri de ARNt recunosc familii de codoni alctuii din 4 codoni care difer numai prin al 3-lea nucleotid -14 tipuri de ARNt recunosc perechi de codoni, care au primele dou nucleotide identice, iar a 3-ea este fie o purin fie o pirimidin Cele 22 de tipuri de ARNt pot recunoate astfel 60 de codoni (84 + 142), ceilali 4 codoni nu codific nimic i acioneaz ca i codoni stop (UAG, UAA, AGA, AGG)

Organizarea genomului uman

Codul genetic al mitocondriei are civa codoni diferii de codul genetic universal: - codonul standard stop UGA este codonul pentru Trp - codonii standard pentru Arg, AGA, AGG sunt codoni STOP - codonul standard AUA pentru Ile este un codon pentru Met Codul genetic mitocondrial are 2 codoni pentru Trp i 2 pentru Met (codul universal include cte un codon pentru fiecare aminoacid). Pe catena H ce conine gena pentru ATP-az subunitile 6 i 8 se suprapun parial i au cadru diferit de citire. ADNmt este foare compact, 93% din genom reprezint secvene codificatoare. Toate genele sunt lipsite de introni, unele gene sunt separate ntre ele doar prin 1-2 nt. Unele gene sunt lipsite de codoni stop, ei fiind introdui doar dup transcriere. ADNmt are 2 origini de replicare, OH i OL pentru fiecare caten n parte. n timpul replicrii se formeaz o structur de tip D. Replicarea ncepe la una din originile de replicare i dup ce este copiat aproape toat molecula de ADNmt, ncepe sinteza celeilate catene de la a doua origine de replicare, formndu-se o structur asemntoare literei D. Boli mitocondriale: neuropatii, deficiene ale auzului, scleroz multipl.

Organizarea genomului uman

Genele umane sunt distribuite neuniform n genom, fiecare cromozom conine regiuni cu o densitate mai mare sau mai mic de gene. Aceast densitate variabil coreleaz cu benzile cromozomilor i cu coninutul de GC.

Bandarea cromozomilor se efectueaz n metafaza mitozei cnd cromozomii sunt peternic condensai. Cromozomii sunt mai nti tratai cu tripsin, urmat de colorare Giemsa. Tripsina are rolul de a reduce din proteinele din cromozomi. Benzile mai intens colorate sunt bogate n A i T. Bandarea cromozomilor contribuie la depistarea unor modificri structurale cromozomale. Colorantul Giemsa este specific pentru gruprile fosfat ale ADN. Colorantul const dintr-un amestec de albastru de metilen i eozin.
http://www.glowm.com/resources/glowm/graphics/figures/v5/0730/002f.jpg

Organizarea genomului uman

Genomul uman conine circa 23 000 de gene codificatoare de proteine, care reprezint 1,5%, restul fiind ADN reglator, introni, gene pentru ARN i ADN necodant care nu are aparent o funcie important. Numrul de gene este doar de 2 ori mai mare dect cea la musculia de oet, o surs suplimentar de variabilitate proteic se datoreaz procesrii alternative a ARNm. Genomul uman conine mii de gene pentru ARN funcional: ARNr, ARNt, microARN. Pe lng cele 22 gene pentru ARNt din mitocondrie, n genomul nuclear au fost identificate 497 gene pentru ARNt citoplasmatic i 324 pseudogene pentru ARNt. Genele pentru ARNt se afl pe toi cromozomii cu excepia cromozomilor 22 i Y. Cea mai mare parte a genelor pentru ARNt sunt pe cromozomul 1 i 6 (140). Aceste gene sunt transcrise de ARN polimeraza III. n genomul uman exist 5 regiuni ce cuprind genele pentru ARNr:13,14, 15, 21 i 22. Genele pentru ARNr 5S sunt transcrise de ARN polimeraza III, iar celelalte de ARN polimeraza I. Genele pentru ARNr 28S, 5,8S i 18S sunt grupate i sunt transcrise ntr-o singur molecul de ARN. Aceste gene grupate n 5 grupuri se gsesc n mai multe copii 30-40 fiecare. Genele pentru ARNr 5S se afl pe cromozomul 1 (1q41-42 ) i sunt 200-300 copii. Secvenele reglatoare se afl n apropierea genelor i particip la reglarea lor.

Organizarea genomului uman

Alte componente ale genomului uman sunt: ADN repetitiv n tandem (ADN satelit minisatelii i microsatelii) ADN repetitiv eterogen (LINEs i SINEs) Transpozoni Pseudogene

AD satelit secvene scurte nulceotidice care se repet. n dependen de numrul de nucleotide din unitatea repetitiv, ADN satelit poate fi mprit n minisatelii sau microsatelii.

Microsatelii au unitatea repetitiv alctuit doar din cteva nucleotide.

Organizarea genomului uman

Minisateliii au unitatea repetitiv alctuit din 10-60nt. Exist mai mult de 1000 de loci pentru minisatelii n genomul uman. Unii satelii conin o secvena central GGGCAGGA G, unde N este orice nucleotid. Se presupune c aceti minisateliii favorizeaz schimbarea ADN. Datorit poliformismului ridicat la nivelul minisateliilor, ei au fost intens studiai pentru utilizarea lor n analize de nlnuire a genelor i n calitate de markeri genetici. S-a constatat c minisateliii au rol n reglarea transcrierii unor gene. Minisateliii hipervariabili au unitatea central (repetitiv) alctuit din 9-24pb i se afl in regiunile centromerice. Minisateliii telomerici constau din 6pb repetitive. 90% din minisateliii din genomul uman se afl n regiunile subtelomerice.

Organizarea genomului uman

Microsateliii sunt secvene simple repetitive (Simple Sequence Repeats SSR ), unitatea repetitiv a crora const din 1-6pb. Locii pentru microsatelii sunt polimorfi i pot fi att nucleari ct i mitocondriali. Microsateliii sunt neutri, codominani i sunt utilizai n cercetrile de genetica populaiilor.

Un exemplu de microsatelit este (CA)n, unde n este numrul de repetiii i variaz ntre alele. Secvenele repetitive pot fi alctuite din 2, 3, 4 nucleotide, iar numrul de repetiii poate fi de la 10 la 100.

La nivelul microsateliilor se pot observa o rat mare a mutaiilor, o cauz fiind alunecarea catenelor n timpul replicrii.

Microsateliii se pot ntlni n secvenele necodificatoare, introni, transpozoni sau chiar exoni.

Organizarea genomului uman

Amprenta genetic 99,9% din genom este identic ntre persoane diferite. Diferenierea persoanelor din punct de vedere genetic se poate realiza cu ajutorul amprentei genetice, alctuite din secvene repetitive numeric variabile (Variable umeric Tandem Repeats VNTRs). Amprenta genetic uman a fost propus de Alec Jeffreys n 1985. n 1986 amprenta genetic a fost folosit pentru prima dat ca dovad n instan, devenind n continuare o metod sigur i eficient n medicina legal.

Acordul general este c cei 13 loci utilizai n crearea amprentei genetice umane sunt loci STR (Short Tandem Repeats) secvene scurte repetitive, majoritatea lor conin secvene repetitive alctuite din 4nt.

http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/7/7a/Codis_profile.jpg/350px-Codis_profile.jpg

Organizarea genomului uman

Mrimea produilor PCR al locilor utilizai n identificarea de persoane. Fiecare produs PCR este marcat fluorescent. http://www.cstl.nist.gov/div831/strbase/str_fact.htm - toate informaiile despre locii STR

http://www.cstl.nist.gov/div831/strbase/kits/Identifiler.JPG

Organizarea genomului uman

Pentru identificare uman mai sunt utilizai loci mitocondriali sau loci de pe cromozomul Y. Locii mitocondriali urmresc linia matern de motenire, iar cei de pe Y transmiterea exclusiv patern. Att locii mitocondriali ct i cei Y sunt de tip STR. Atunci cnd ADN este vechi i degradat este mai dificil obinerea unor amplificri pentru toii locii nucleari. n aceste cazuri se utilizeaz loci STR mitocondriali (ADNmt este mai mic i este suficient prezena unei singure molecule). Locii mitocondriali sunt din regiunea HV1 i HV2. Astfel pentru identificarea rmielor este suficient o cantitate mic de ADN i este necesar un ADN de control de la urmaii ce au motenit acelai ADN mitocondrial pe linie matern. Dificultile n cazul locilor mitocondriali sunt rata mare a mutaiilor, datorit faptului c mitocondria nu dispune de un sistem reparator al ADN. ADNmt a fost utilizat la identificarea Annei Anderson ca impostoare a arinei Anastasia.

Organizarea genomului uman

Secvene repetitive eterogene din aceast clas cele mai cunoscute elemente sunt transpozonii. Un transpozon este o secven de ADN care poate s-i schimbe poziia n genomul aceleliai celule. Transpozonii fac parte din clasa elementelor genetice mobile.

Clasa I de elemente gentice mobile cuprinde retranspozonii. Retrotranspozonii i schimb poziia prin: transcriere, reverstranscriere i inserare la un locus nou n genom.

Clasa II de elemente genetice mobile i schimb poziia n genom prin tierea de la locul iniial i inserarea la un locus nou (mecanism de tip cut-paste). Aceast schimbare are loc datorit participrii la transpoziie a enzimelor numite transpozaze.

Organizarea genomului uman

Retrotranspozonii conin gena pentru transcriptaz invers necesar transpoziiei. Retrotranspozonii au o structur similar retrovirusurilor, cum ar fi HIV, ceea ce a condus la ipoteza despre originea acestor virusuri. Retrotranspozonii sunt mprii n 3 clase: - de tip viral, au gena pentru transcriptaz invers, au secvene repetitive lungi (LTR) i prezint asemnri cu virusurile - LI Es, codific transcriptaza invers, sunt absente LTR, sunt transcrise de ARN polimeraza II - de tip nonviral, nu codific reverstranscriptaza i sunt transcrise de ARN polimeraza III Transpozonii ADN difer de retrotranspozoni prin faptul c pentru transpoziie nu necesit transcriere. Transpozazele sunt enzimele responsabile de teirea ADN i religarea lui n alt locus. Clasa I i II de transpozoni pot sa-i piard capacitatea de transpoziie datorit mutaiilor, dar alte elemente genetice mobile pot produce transpozaze sau reverstranscriptaze necesare transpoziiei.

Organizarea genomului uman

Tipul I de transpozoni retrotranspozonii sunt numeroi n genomul uman datorit mecanismului de transpoziie. Elementul non-LTR LINE1 ocup 17% din genomul uman. ADN transpozonii au la capete secvene terminale repetitive inversate (Terminal Inverted Repeats ). Att retrotranspozonii ct i ADN transpozonii pot fi clasificai n elemente autonome sau neautonome. Elementele neautonome sunt nite transpozoni ancestrali, care au suferit mutaii.

http://www.nature.com/nrg/journal/v8/n4/images/nrg2072-i1.jpg

Organizarea genomului uman

Elementele neautonome n cele mai dese cazuri sunt nite transpozoni redui, care constau doar din regiunile TIR terminale, care flancheaz un fragment de ADN deseori copiat dintr-o regiune codificatoare. Unele elemente neautonome numite MITES (Miniature Inverted-Repeat Transposable Elements) constau doar din 2 regiuni TIR. Numrul de elemente neautonome depete numrul celor autonome. Numrul de elemente repetitive Alu este estimat la 1,2 mln n genomul uman. Elementele Alu sunt nonLTR-retrotranspozoni neautonomi. Transpozonii pot crea mutaii. Aceste mutaii se datoreaz transpoziiei elementelor n regiunile codificatoare ale genelor. Dup transpoziia unui element n alt locus, acesta nu va fi corect reparat. Secvenele repetitive multiple pot contribui la un crossing-over inegal n timpul meiozei (secvenele Alu spre exemplu). Maladii cauzate frecvent de elemente transpozabile sunt hemofilia A i B, porfiria, predispoziiile pentru cancer, distrofia muscular Duchenne. Unii transpozoni au propriii promotori care contribuie la transcrierea transpozazelor. Aceti promotori pot infleuna i transcrierea genelor adiacente.

Organizarea genomului uman

Pseudogenele sunt gene care i-au pierdut activitatea, nu sunt transcrise i traduse. Unele pseudogene nu au introni i nici promotori i sunt numite pseudogene procesate. Originea lor se presupune a fi prin inserarea ARNm n cromozomi. Unele din aceste gene au caracteristici comune genelor cum ar fi promotori, situsuri de procesare, dar sunt considerate nefuncionale din cauza absenei unor elemente importante cum ar codonii STOP, modificarea cadrului de citire, lipsa transcrierii. Pseudogenele sunt considerate ADN inutil. Pseudogenele ofer o informaie foarte important din punct de vedere evolutiv, deoarece au o origine comun cu genele funcionale. Pseudogenele se caracterizeaz prin omologie i nefuncionalitate. Ele prezint o asemnare cu unele gene funcionale, dar sunt incapabile de a avea un produs (incapabile de transcriere).

Organizarea genomului uman

Principalele tipuri de pseudogene: - procesate (retrotranspuse) prin intermediul retrotranspozonilor, care s-a dovedit c in vitro au proprietatea de a retrotranspune i gene ntregi. O caracteristic a acestui tip este lipsa intronilor i prezena cozii poli-A. Deoarece aceste pseudogene sunt lipsite de promotor, ele devin inactive imediat dupa transpunere. - neprocesate (sau duplicate), cauza este duplicarea genelor n cromozom, aceste gene sunt identice cu cele funcionale au aceeai structur de introni/exoni i au promotor. Aceste gene devin nefuncionale dup achiziia unor mutaii. - inerte sau unitare, diverse mutaii pot opri transcrierea sau traducerea i o gen poate deveni nefuncional dac o asemenea mutaie se stabilete n populaie. Se presupune c pseudogenele contribuie la reglarea transcrierii, siARN (small interfering RNA) este derivat din pseudogene.