Documente Academic
Documente Profesional
Documente Cultură
GENOMULUI UMAN
Termenul de genom a fost creat (Winkler, 1920) pentru a denumi setul haploid de
cromozomi din gameţii eucariotelor. Ulterior el a fost folosit pentru a desemna ansamblul
genelor unui organism, dar descoperirea ADN necodant, diferitelor clase de ADN repetitiv şi
altor elemente de “anatomie”, au dus la semnificaţia actuală a genomului, conceput ca
ansamblul complex al secvenţelor de ADN ale unui individ sau specii.
Cunoştinţele despre genomul uman au fost dependente în timp de metodele folosite.
Descoperirea tehnologiei ADN recombinant a marcat începutul unei perioade revoluţionare
pentru biologie în general şi medicină în special. În 1980 a apărut ideea Proiectului Genom
Uman, care treptat a început să prindă contur, devenind în 1990 un important proiect
internaţional destinat să stabilească harta fizică şi genetică a genomului uman şi, în final, să
determine întreaga secvenţă a ADN uman. Coordonarea cercetărilor a fost realizată de Human
Genome Organization (HUGO), care după descoperirea hărţii genetice a omului (1995) a
propus descifrarea întregii secvenţe a genomului uman. Proiectul a demarat însă abia în 1999
şi doi ani mai tîrziu, la 15 februarie 2001, International Human Genome Sequencing
Consortium (IHGSC) şi compania privată Celera Genomics au publicat prima schiţă a
secvenţei genomului uman, ce acoperea 96% din partea eucromatică (activă) a genomului
uman; heterocromatina este greu de clonat datorită structurii sale repetitive şi se consideră că
nu are, sau are doar câteva gene. Proiectul Genom Uman a fost finalizat în anul 2006
(stabilirea secvenţei continue, unice, pentru cei 24 de cromozomi umani şi a poziţiei precise a
tuturor genelor).
DATE GENERALE
Cantitatea totală de ADN din celulele umane diploide a fost apreciată la 7 picograme
sau 3,5 picograme per genom haploid, ceea ce corespunde teoretic la circa 3.3 miliarde de
perechi de baze (pb). Mărimea genomului haploid este constantă la fiecare specie şi se mai
numeşte valoare C; ea prezintă evident variaţii în cursul ciclului celular: 2C la sfârşitul
diviziunii şi faza G1, 4C după replicarea ADN în faza S şi în G2.
Mărimea totală estimată a genomului uman, apreciată de IHGSC în 2005, este
de 3,23 Gb (gigabaze = miliarde de baze); din acestea 2.95 Gb reprezintă eucromatina,
segmentul “funcţional” al genomului, iar restul heterocromatina inactivă. Secvenţele codante
reprezintă mai puţin de 5% din genom (numai 1,1% -1,4% sunt secvenţe ce codifică proteine),
iar numărul de gene este de aproximativ 25.000. Genomul nu poate fi considerat o succesiune de
gene pe cromozomi, ci o structură cu arhitectură complexă, în care genele (fragmentate) sunt
dispersate pe cromozomi şi separate prin largi regiuni intergenice, necodante.
Genomul uman este alcătuit dintr-un genom nuclear complex, ce conţine marea
majoritate a ADN-ului celular (3,23 Gb) şi un genom mitocondrial simplu şi mic (16,6 Kb).
GENOMUL NUCLEAR
FRAGMENTAREA GENOMULUI UMAN
Nucleul celulelor umane conţine peste 99 % din ADN celular. Această cantitate
enormă de ADN este fragmentată în 24 de tipuri distincte de molecule lineare de ADN care,
prin asociere cu proteine histonice şi nehistonice, formează cromozomii: 22 de tipuri distincte
de autozomi şi doi cromozomi sexuali, X şi Y. Mărimea lor variază de la 244 Mb pentru
cromozomul 1, la 44 Mb pentru cromozomul 21, iar structura lor este neuniformă, prin
compoziţie nucleotidică şi densitate de gene.
HETEROGENITATEA SECVENŢELOR NUCLEOTIDICE ALE ADN.
In genomul uman există mai multe “clase” de ADN, diferite prin repetiţia secvenţelor
nucleotidice: ADN nerepetitiv, ADN moderat repetitiv şi ADN înalt repetitiv.
a. ADN nerepetitiv
ADN nerepetitiv (60%) este alcătuit din secvenţe unice per genom sau în număr foarte mic
de exemplare (formând familii multigenice); se găseşte mai frecvent în regiunile cromozomiale
active transcripţional, mai puţin condensate, cunoscute sub numele de eucromatină. Doar o mică
parte (2%) din ADN nerepetitiv alcătuieşte regiunile codante ale genelor ce codifică proteine
(exonii). Ele sunt transcrise de ARN polimeraza II şi, de aceea, se numesc “gene de clasă II”. Restul
ADN-ului nerepetitiv este necodant şi are funcţii încă necunoscute; se găseşte în interiorul genei
(introni) şi în regiunile ce separă genele.
ADN moderat repetitiv (30%) este alcătuit din secvenţe scurte, de 300-1.000 pb (rar
mai mari), repetate de zeci şi sute de mii de ori şi dispersate în genom; majoritatea secvenţelor
moderat repetitive sunt transcrise în ARN şi formează frecvent “familii” de secvenţe înrudite,
unele cu funcţie cunoscută (codante pentru ARNr şi ARNt), altele cu funcţie necunoscută
(secvenţele SINEs sau LINEs).
Genele ribozomale, pentru ARNr, sunt transcrise de ARN polimeraza I (şi numite
“gene de clasă I”). Ele se găsesc în unităţi repetate în tandem ce formează 150-200 copii,
localizate pe braţele scurte ale cromozomilor acrocentrici, în regiunile “organizatorilor
nucleolari”, care formează nucleolii în nucleul interfazic; excepţie fac genele pentru ARNr 5S
situate pe cromozomul 1q42, aproape de telomer.
Genele pentru ARNt (şi alte molecule mici de ARN), transcrise de ARN polimeraza III
(“gene de clasă III”) sunt organizate în grupe de gene repetate în tandem şi localizate în diferiţi
cromozomi (mai ales 1 şi 6).
Secvenţele SINEs (“short interspersed nuclear elements”) sunt secvenţe scurte de 100-
400 p.b., existente în circa 500.000 de copii (3-5% din genom), dispersate în cromozomi; ele
sunt reprezentate în special de familia Alu. Funcţia lor nu este cunoscută; s-a presupus că ar
avea un rol în iniţierea replicării în diferite puncte ale ADN. Secvenţele Alu pot acţiona ca
elemente transpozabile.
Secvenţele LINEs (“long interspersed repeated sequences”) au lungimea de 6-7 kb și
se află în circa 100.000 copii, dispersate în genom. Mai cunoscute sunt familia L1 (sau Kpn 1)
şi The 1, care ca şi secvenţele Alu par să multiplice prin retrotranspoziţie. Secvenţele LINEs
au foarte probabil rol în împerecherea corectă a cromozomilor omologi în meioză, condiţie
esenţială pentru schimbul egal de segmente cromozomiale. Se consideră că prin împerechere
incorectă între secvenţe identice, dar din poziţii şi uneori cromozomi diferiţi, se pot produce
(prin crossing-over inegal) recombinări aberante care generează mutaţii şi deci boli genetice.
c. ADN înalt repetitiv
ADN înalt repetitiv (10 % din genom) este alcătuit din secvenţe foarte scurte (2-200 p.b.),
repetate în tandem (→ → → →), de milioane de ori; ele nu sunt transcrise. Unele secvenţe de
ADN înalt repetitiv, numite și ADN satelit (α, β, 1, 2, 3) alcătuiesc blocuri mari de heterocromatină
constitutivă în anumite regiuni cromozomiale: centromer, telomere, constricţii secundare, benzile G,
etc; ele au evident un rol structural. Alte secvenţe foarte scurte (14-65 p.b.) şi repetate în tandem
sunt dispersate în toţi cromozomii (excepţie X şi Y), ocupând anumite situsuri precise; aceste
secvenţe formează minisateliţii (sau VNTR de la “variable number of tandem repeats”).
Minisateliții constau în secvențe repetitive, în general bogate în GC, a căror lungime variază
de la 10 la peste 100 perechi de baze. Aceste variante repetitive sunt amestecate în tandem. Unii
minisateliți conțin o secvență centrală de nucleobaze (nucleotide) “GGGCAGGANG” (unde N
poate fi oricare dintre baze), sau constau în secvențe lait-motiv ale purinelor [Adenina (A)
și Guanina (G)] și pirimidinelor [Citozina (C) și Timina (T)].
90% din minisateliți se găsesc în regiunea sub-telomerică a cromozomilor. Secvențele
telomerice umane sunt ele însele o repetiție în tandem: TTAGGG TTAGGG TTAGGG …
S-a demonstrat că unii minisateliți umani (~1%) sunt hiper-mutabili, cu o rată medie a
mutației în linia germinală care variază de la mai mult de 0.5% până la peste 20%, ceea ce îi
face cele mai instabile regiuni ale genomului uman cunoscute până în prezent. Minisateliții
hipervariabili au secvențe centrale cu o lungime de 9-64 pb și se găsesc în principal în
regiunile centromerice (Strachan și Read, 2010).
Minisateliţii sunt veritabili markeri genetici individuali: numărul de repetiţii al
secvenţei unui minisatelit variază de la o persoană la alta. Numărul mare de minisateliţi şi de
variante pentru fiecare din ei fac ca probabilitatea întâlnirii a doi indivizi identici (dar
neînrudiţi), cu acelaşi profil, să fie mai mică de 10-20. Minisateliţii reprezintă “amprenta
genetică” a fiecărui individ folosită astăzi în cartografierea genomului uman, medicina legală,
analiza cromozomială, diagnosticul molecular al bolilor genetice.
Mai există secvenţe de 1-13 p.b., formate de regulă din repetiţia unui dinucleotid (în special
AC şi AT), cu o structură foarte polimorfă şi cu o distribuţie uniformă în genom; ele se numesc
microsateliţi (STR sau VNDR).
IHGSC a stabilit că secvenţele repetitive alcătuiesc mai mult de 55% din genomul
uman şi le-a împărțit în cinci clase: (1) repetiţii dispersate, produse de transpozoni; (2) copii
inactive a genelor sau pseudogene; (3) repetiţii de secvenţe simple (SSRs); (4) duplicaţii
segmentare a unor blocuri de 10-300 kb; (5) blocuri repetate în tandem, localizate la
centromer, telomere, braţe scurte, cromozomi acrocentrici.
Cele mai multe secvenţe repetitive (circa 45%) sunt derivate prin transpoziţie.
La mamifere şi om, elementele transposabile sunt de patru feluri: LINEs, SINEs,
retrotranspozoni LTR (elemente asemănătoare retrovirusurilor) şi transpozoni ADN “fosili”
(asemănători cu Tn bacterieni). Primele trei categorii transpozează prin intermediul unei copii
de ARN, care sub acţiunea unei transcriptaze inverse va forma o copie de tip ADN ce se va
introduce într-un alt loc din ADN.
Repetiţiile de secvenţe simple (SSRs, de la Simple Sequence Repets) sunt reprezentate
în special de microsateliţi, repetiţii scurte (formate din 1-13 pb) şi minisateliţi, repetiţii mai
lungi (formate din 14-500 pb). SSRs, în medie una la fiecare 2 kb, sunt produse foarte
probabil prin devieri frecvente de împerechere (slippage = alunecare, patinare) în cursul
replicării ADN. Formează circa 3% din genom, cele mai frecvente fiind repetiţiile
dinucleotidice (0.5%), în special AC şi AT.
O caracteristică a genomului uman este duplicaţia segmentală a unor porţiuni / blocuri
(1-200 kb, majoritatea >10 kb) din secvenţa genomică în una sau mai multe locaţii, pe acelaşi
cromozom (duplicaţii intracromozomiale, mai ales pericentromerice) sau pe cromozomi
diferiţi (duplicaţii intercromozomiale). Ele alcătuiesc circa 5% din genomul uman.
Secvenţele repetitive au fost considerate mult timp “deşeuri” neinteresante. Totuşi,
acum se admite că repetiţiile au remodelat genomul uman, producând rearanjamente care au
modificat genele existente (producând mutaţii), sau au creat gene noi. In prezent, secvenţele
repetitive au o valoare foarte mare ca instrumente de testare / diagnostic în genetica medicală.
ADN GENIC
Genomul nuclear este alcătuit din: ADN genic (25 %) şi ADN extragenic (75 %) (Fig.
1). ADN genic conţine secvenţele codante şi necodante din structura genelor active,
fragmentelor de genă, sau genelor inactive (pseudogene).
Gena este unitatea de informaţie genetică sau ce codifică un produs primar specific
(proteine sau ARN necodant). Structura genelor este foarte complexă, dar toate genele
prezintă o regiune centrală, transcrisă, flancată de două regiuni laterale, netranscrise, cu rol
reglator. Regiunea centrală (“cadru de lectură” sau ORF de la “open reading frame”) este
fragmentată în secvenţe codante (exoni) separate de secvenţe necodante, intercalare (introni).
ADN genic se împarte deci în ADN codant (10 %) (reprezentat de exonii celor circa 20.500
gene ce codifică proteine sau alte molecule de ARN) şi ADN necodant (90%) alcătuit din
introni, gene sau fragmente de gene nefuncţionale (pseudogene).
Genele sau cel puţin regiunile lor codante alcătuiesc numai o mică fracţiune din
genomul uman (mai puțin de 5 %), dar ele reprezintă funcţia biologică majoră a genomului.
Identificarea lor a fost o sarcină dificilă, mai ales datorită dimensiunilor mici ale exonilor.
Genele genomului nuclear se pot împărţi în două categorii: gene ce codifică proteine şi gene
ce codifică diferite clase de ARN necodant.
ADN EXTRAGENIC
ADN extragenic (75%) este alcătuit din secvenţe inactive transcripţional, unice sau
repetitive. Secvenţele repetitive au fost clasificate (Strachan şi Read, 1999) în două categorii:
- ADN repetat în tandem şi grupat în “blocuri” cu diferite localizări cromozomiale;
această categorie de ADN înalt repetitiv se numeşte generic “ADN satelit” şi se
subîmparte în patru clase: (1) megasatelit; (2) satelit; (3) minisatelit; (4)
microsatelit;
- ADN repetat şi dispersat în numeroase situsuri în spaţiul dintre gene; este
reprezentat de scvenţele SINEs şi LINEs.
GENOMUL MITOCONDRIAL.
Genomul mitocondrial este definit printr-un singur tip de ADN circular, bicatenar
(Fig. 3), format din 16.569 pb. Secvenţa sa nucleotidică a fost complet descifrată (Anderson şi
colab., 1981) şi se caracterizează printr-o mare densitate de secvenţe codante. Cele două
catene ale ADN mitocondrial au o compoziţie bazică diferită: o catenă “grea” (H) este mai
bogată în guanină iar cealaltă catenă “uşoară” (L) în citozină. Într-o mică regiune, bucla D,
ADN este alcătuit din trei catene, prin sinteza unei piese scurte adiţionale la catena H,
cunoscută ca ADN 7S.
Fiecare celulă umană conţine câteva mii de copii ale ADN mitocondrial (ADNmt) şi
de aceea cantitatea lui totală, raportată la ADN unei celule somatice, poate reprezenta până la
0.5%. În cursul diviziunilor celulare mitotice, moleculele de ADN mitocondrial ale celulei
iniţiale segregă la întâmplare în celulele fiice.
Genomul mitocondrial al zigotului provine exclusiv de la ovul, deci de la mamă, fapt
ce determină un tip particular de transmitere maternală a genelor mitocondriale: de la mamă la
toţi copiii săi.
Fig. 3. Genomul mitocondrial uman.
ADN mitocondrial poate suferi mutaţii producând o serie de boli degenerative, care
sunt transmise într-un mod specific, de la mamă la toţi descendenţii; bărbaţii bolnavi nu
transmit boala. Atunci când se produce o mutaţie în ADN mitocondrial rezultă în mitocondrie
un amestec de molecule mutante şi normale, numit heteroplasmie. Când o celulă se divide,
ADN mitocondrial mutant va fi împărţit la întâmplare între celulele fiice şi astfel, în timp,
procentajul de ADNmt mutant între diferite linii celulare şi ţesuturi va fi diferit, fenomen
numit segregare replicativă. Studiul familiilor în care există heteroplasmie cu ADN
mitocondrial mutant, relevă că procentajul ADNmt mutant creşte şi producţia de energie
scade treptat, până sub un prag minimum necesar funcţionării normale a ţesutului, moment în
care manifestările clinice devin evidente. De aceea bolile mitocondriale au un debut tardiv şi o
evoluţie progresivă.
S-a demonstrat că ADN mitocondrial poate suferi mutaţii somatice (Fig. 4), în celulele
corpului după naştere, care se acumulează rapid datorită absenţei unor mecanisme de reparare.
Astfel, aceste mutaţii somatice au probabil un rol important atât în debutul şi progresia bolilor
mitocondriale, a unor boli degenerative, precum şi în procesul de senescenţă.
Fig. 4. În cursul producerii oocitelor primare, în fiecare oocit este transferat un anumit număr
de molecule de ADN mitocondrial (ADNmt). Maturarea oocitului este asociată cu replicarea
rapidă a acestei populații de molecule de ADNmt. Acest eveniment de restricție – amplificare
poate conduce la o distribuție întâmplătoare a încărcăturii mutaționale între generații și este
responsabil de nivelurile variabile ale ADNmt mutant observate la descendenții afectați ai
mamelor cu mutații patogenice ale ADNmt. Mitocondriile care conțin ADNmt mutant sunt
arătate în roșu, iar cele care conțin ADNmt normal sunt arătate în verde (Taylor și Turnbull,
2005).
Structura și funcțiile genelor
O genă poate determina unul sau mai multe caractere, alelele mutante putând
determina variante ale caracterului sau caracterelor respectiv(e). În cazul în care caracterul se
manifestă identic atât la indivizii homozigoți pentru alela normală, cât și la cei heterozigoți
(ce au o alelă normală și una mutantă), alela mutantă este numită alelă recesivă (alelă care nu
se manifestă) iar alela normală, ce se manifestă fenotipic, este numită alelă dominantă. Alela
recesivă se va putea manifesta doar atunci când organismul este homozigot pentru această
alelă.
Alelele mutante ce determină anumite boli genetice se pot manifesta:
Dacă ambele gene alele se manifestă fenotipic la heterozigoţi, ele sunt codominante.
De exemplu, genele alele IA şi IB din sistemul multialelic ce determină grupul sanguin AB0
sunt dominante faţă de gena i şi codominante una faţă de alta.
Înlănțuirea genică
Cromozom
Gena 1
Gena 1
Gena 1
Gena 2 Gena 2
Gena 2
Fig. 5. Înlănțuirea genetică – linkage. Genele situate aproape una de cealaltă pe cromozom vor
fi moștenite cel mai probabil împreună (stânga); genele de pe cromozomi diferiți nu sunt
niciodată înlănțuite (centru); nu toate genele de pe același cromozom vor fi transmise în mod
cert înlănțuite, deoarece genele care sunt situate departe una de cealaltă pe cromozom au o
probabilitate mare de a fi separate în cursul procesului denumit recombinare omoloagă
(dreapta) (http://learn.genetics.utah.edu/content/geneticlinkage/).
Genele care codifică proteine prezintă o parte centrală, transcrisă (copiată) în ARN
mesager precursor, numită şi “cadrul de citire” (reading frame) a informaţiei genetice
deoarece conţine informația (codificată) pentru sinteza proteinei, flancată de două părţi
laterale, netranscrise, cu rolul de a regla exprimarea (expresia) genei.
Fig. 6. Reprezentarea schematică a structurii unei gene (Pearson Education, Inc., 2012).
Regiunea centrală (cadrul de citire) a genei este transcrisă integral în ARN mesager
precursor prin acţiunea ARN polimerazei II. Această regiune este alcătuită din alternanţa
regulată a unor secvenţe de nucleotide ce conțin informație genetică (exoni) și secvențe de
nucleotide ce nu conțin informație genetică (introni) (Fig. 6), prezente sau nu în versiunea
finală a ARNm matur, ce va părăsi nucleul.
Regiunea centrală a genei începe cu situsul de iniţiere (start) a transcripţiei (INR, de la
initiator sequence). După situsul start urmează o regiune necodantă (transcrisă, dar
netranslată) de câteva sute de nucleotide şi numită 5’UTR (de la untranslated region); ea
conţine o secvenţă consens (prezentă la toate genele) 5'-CCAGCCATG-3', care pare să joace
un rol important în reglarea translaţiei. Această secvenţă, care conţine şi codonul iniţiator
ATG și care semnalează locul de debut al translaţiei (va corespunde primului aminoacid în
polipeptid), este urmată de exonul 1 (Fig. 6).
Exonii sunt secvenţe de nucleotide transcrise în ARN mesager precursor şi păstrate în
ARNm matur. Aceste secvențe sunt regiunile funcţionale din structura genei, care de regulă
codifică anumite părţi structurale şi/sau funcţionale distincte ale proteinei, numite domenii.
Numărul exonilor variază de la o genă la alta (între 1 şi mai mult de 300). S-a calculat că
numărul mediu de exoni per genă umană este de 8.8, circa 80% din ei având o lungime (a
secvenței de nucleotide) < 200 bp (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15217358). Pentru
întregul genom uman, mărimea medie a unui exon este de 145 pb (https://en.wikipedia.org/
wiki/Human_genome).
Cele 26.564 de gene din genomul uman care au o denumite (adnotate) conțin 233.785
de exoni și 207.344 de introni (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15217358).
Exonii nu sunt întotdeauna părţi codante/translate ale genei; în unele gene, unii exoni
nu sunt translaţi deşi sunt prezenţi în ARNm matur (de exemplu, exonul 1 în gena pentru
insulină).
S-a constatat că gene diferite pot avea unul sau mai mulţi exoni identici; în consecinţă,
diferite proteine complexe, neînrudite, pot avea unele domenii identice. De exemplu, gena
LDLR (care codifică receptorul pentru lipoproteine cu densitate joasă) are exoni ce produc în
structura receptorului domenii proteice regăsite în multe alte proteine.
Intronii, numiţi și secvențe intercalante (intervening sequences - IVS) pentru că se
interpun între exoni (Fig. 6), sunt secvenţe necodante, transcrise iniţial în ARNm precursor
(transcript primar), dar decupate precis şi îndepărtate ulterior din ARNm matur, ce se va
forma prin asamblarea exonilor. Numărul intronilor este cu unul mai mic decât cel al exonilor,
iar mărimea lor variază la diferite gene, fiind cel mai adesea mult mai mari în dimensiuni
decât exonii pe care îi separă. Numărul mediu de introni per genă umană este de 7.8
(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15217358).
Aproape toţi intronii încep cu dinucleotidele GT (la capătul lor 5') şi se termină cu
dinucleotidele AG (la capătul lor 3'). Un număr mic de introni sunt delimitaţi de secvenţele
dinucleotidice AT la capătul 5', respectiv AC la capătul 3'. Aceste perechi de nucleotide au
rolul unor semnale (balize) pentru decuparea precisă şi corectă a intronilor.
Rolul cel mai important al intronilor este acela de a asigura posibilitatea matisării
alternative, care este o sursă majoră de sporire a diversităţii proteinelor (informația conținută
de o genă poate fi transcrisă astfel diferit, ceea ce poate conduce la sinteza mai multor
proteine, mai mult sau mai puțin similare).
Intronii lipsesc în unele gene (cum sunt genele pentru histone, genele din ADN
mitocondrial, etc.). Unii introni (de exemplu, din genele pentru NF1, factorul VIII, etc.) pot
conţine gene transcrise (în direcţie opusă) fără nicio legătură cu gena în care se găsesc. De
asemenea, la nivelul intronilor se pot găsi secvenţe (de nucleotide) cu rol de reglare a funcţiei
genei, precum insulele CpG la nivelul genelor amprentate.
După ultimul exon din zona centrală transcrisă a genei există o secvenţă 3' UTR
necodantă (transcrisă, dar netranslată). Această secvență începe cu unul din codonii stop
(TAA, TAG, TGA) ce reprezintă semnalul de oprire a translaţiei sau sintezei proteinei.
Secvenţa 3' UTR are spre capătul 3' un hexanucleotid (AATAAA) ce reprezintă situsul de
terminare al transcripţiei. La 15-30 nucleotide în aval de acest situs se produce clivarea
(desprinderea) moleculei de ARN sintetizate de pe catena matriţă a ADN. Acest punct se mai
numeşte situsul de poliadenilare (situsul poliA) (Fig. 6), pentru că în acest loc, la produsul de
transcripţie (ARNm) se adaugă un segment de circa 200 nucleotide cu adenozină
(poliadenilare), ce au rol în stabilitatea moleculei de ARNm şi transportul ei din nucleu în
citoplasmă.
Unele caractere umane sunt produse de o singură genă sau de o singură pereche de
gene alele (caractere monogenice). Aceste caractere se transmit ereditar după modelul
Mendelian (transmitere dominantă, sau recesivă). Numeroase caractere umane sunt însă
poligenice (determinate de efectele cumulate ale mai multor gene nealele), sau multifactoriale
(determinate de acțiunea unor gene multiple și influențate de factori de mediu).
De regulă, caracterele monogenice sunt caractere calitative, cu exprimări fenotipice ce
pot fi încadrate în categorii diferite, sau a căror exprimare este prezentă (dacă gena care îl
codifică este prezentă în genom și este funcțională) sau absentă (dacă gena care îl codifică
lipsește, sau este nefuncțională).
Caracterele poligenice sunt caractere cantitative, cu variație continuă și deci cu o
distribuție normală (Gaussiană) în populație.
Interacțiunile intergenice
În genom există numeroase interacțiuni alelice (între genele alele), nealelice (între
genele nealele) și cu variați factori de mediu, care influențează momentul exprimării genei,
tipul celular în care se exprimă gena și expresia fenotipică.
Interacțiunile alelice
Genele alele, situate în loci omologi, pot fi identice (la homozigoţi) sau diferite (la
heterozigoţi). În stare heterozigotă (A/a) manifestarea genelor alele depinde de relaţiile “de forţă”
care se stabilesc între ele. Atunci când se manifestă fenotipic numai una din genele alele, gena
(A) şi caracterul corespunzător sunt numite dominante. Gena care nu se exprimă în fenotip (a) se
numeşte recesivă; ea se manifestă numai în stare homozigotă (a/a), sau la hemizigoţi (XaY).
Dacă la heterozigoţi se manifestă fenotipic ambele gene alele, acestea sunt codominante. De
exemplu, genele IA şi IB (două dintre cele trei gene alele implicate în determinismul grupelor
sanguine) sunt codominante între ele, producând fenotipul AB (grupa sanguină AB).
Noţiunile de dominanţă şi recesivitate sunt valabile pentru caracter, deci se referă la
fenotip: genele sunt clasificate ca dominante sau recesive pe baza expresiei lor
fenotipice. Totuşi, la nivel molecular sau biochimic nu se poate face nici o distincţie între genele
“dominante” sau “recesive”, deoarece de cele mai multe ori ambele tipuri de gene se manifestă
(codifică o proteină).
Dominanţa poate fi completă, atunci când fenotipul heterozigotului A/a este identic cu cel
al homozigotului A/A (de exemplu, în sindromul Marfan), sau incompletă (parţială), când
fenotipul heterozigotului A/a este intermediar între cel al homozigoţilor A/A şi a/a; de aceea în
unele boli cu transmitere dominantă (de exemplu, hipercolesterolemia familială) homozigoţii
A/A sunt afectaţi mult mai grav decât heterozigoţii A/a.
Interacțiunile nealelice
HETEROGENITATEA GENETICĂ
Heterogenitatea genetică se referă de regulă la situaţia în care mutaţii genice (genotipuri)
diferite determină un fenotip identic sau asemănător.
Numeroase boli ereditare umane prezintă (indiferent de modul lor de transmitere)
heterogenitate genetică. Heterogenitatea poate fi produsă de mutaţii în loci diferiţi
(heterogenitate de locus sau nonalelică), mutaţii diferite în acelaşi locus (heterogenitate alelică),
sau de ambele.
Heterogenitatea de locus / nonalelică poate fi demonstrată prin analiza arborilor
genealogici ai diferitelor familii în care o boală genetică se manifestă identic; O astfel de analiză
va evidenţia modalităţi diferite de transmitere ale aceleiaşi afecţiuni, dovedind existenţa unor
mutaţii diferite în loci diferiţi, care vor fi confirmate prin studiul ADN. De exemplu, retinita
pigmentară (o cauză frecventă de afectare şi pierdere a vederii, datorată degenerării retiniene
însoţită de o distribuţie anormală a pigmentului în retină) prezintă forme de transmitere ereditară
diferite: autozomal dominante (12 forme), autozomal recesive (5 forme) şi legată de X (trei
forme). Au fost localizate peste 20 de regiuni cromozomiale ce conţin loci care produc retinita
pigmentară.
Analiza genotipică moleculară (la nivel ADN) a demonstrat că multe afecţiuni cu un mod
unic de transmitere pot fi heterogene. De exemplu, osteogeneza imperfectă (osteogenesis
imperfecta), boala polichistică renală a adultului, boala Alzheimer, etc (Tabel 2), pot fi produse
de mutaţii în loci diferiţi. În aceeaşi familie însă, toţi bolnavii vor avea aceeaşi mutaţie (deci
acelaşi genotip).
Boala Charcot-Marie-Tooth este cauzată de mutații în multe gene diferite (Tabel 2), ce
codifică proteine implicate în funcțiile nervilor periferici la nivelul picioarelor și brațelor, cel mai
probabil, proteine implicate în conducerea/transmiterea impulsurilor nervoase prin axoni și în
afectarea celulelor specializate care produc mielina. Ca rezultat, celulele nervoase periferice își
pierd treptat capacitatea de a stimula mușchii și de a transmite semnale senzoriale creierului.
Diferitele gene asociate cu boala Charcot-Marie-Tooth și diferitele mutații dintr-o
anumită genă, determină semne clinice și simptome de severitate diferită, conducând la variatele
tipuri și subtipuri ale bolii (cum sunt CMT1A, CMT1B, CMT2A, CMT4A, CMTX1), care se
deosebesc prin gena în care s-a produs mutația care le cauzează (https://ghr.nlm.nih.gov/
condition/charcot-marie-tooth-disease#genes).
Existenţa elementelor genetice mobile, care încă nu şi-au dezvăluit toate secretele,
dovedeşte că genomul are o anumită plasticitate. Fenomenul nu se limitează numai la aceste
elemente deoarece rearanjamentele ADN se întâlnesc şi în funcţionarea genelor imuno-
globulinelor.
BOLI GENOMICE
Bolile genomice sunt afecţiuni care rezultă prin rearanjarea ADN din genomul
uman, datorită recombinării dintre regiuni distincte omologe, dar nealele. Astfel de
rearanjamente determină pierderea sau duplicaţia unei gene (sau unor gene). Bolile genomice
sunt deci consecinţa arhitecturii speciale a unor regiuni din cromozom (sau cromozomi), spre
deosebire de bolile monogenice convenţionale, produse prin mutaţii specifice într-o genă
(datorită erorilor de replicare şi/sau reparare).
Rearanjările se produc prin recombinare omologă nealelică între regiuni specifice, de
aproximativ 10-400 kb, cu secvenţe identice sau asemănătoare. Acestea sunt frecvent duplicaţii
segmentare (“dupliconi”) sau secvenţe cu un număr mic de repetiţii identice, localizate
preferenţial în anumite segmente ale cromozomilor, frecvent la centromer sau telomere (se
apreciază că aproximativ 5-10% din genomul uman este duplicat). Datorită omologiei lor,
secvenţele respective se împerechează greşit şi determină prin recombinare omologă meiotică
(intercromozomială) sau mitotică (intracromozomială: schimb între cromatidele surori sau
intracromatidiană) rearanjări cromozomiale sau cromatidiene (deleţii, duplicaţii, inversii,
disrupţii genice).
Recombinarea omologă nealelică mediată de secvenţe repetitive mici este un fenomen
frecvent (10-4) şi un mecanism major de producere a bolilor genetice. În funcţie de mărimea
segmentului implicat şi de numărul de gene localizate în segmentul remaniat se pot produce: boli
mendeliene (numeroase cazuri de neurofibromatoza 1, incontinentia pigmenti, etc); sindroame cu
microdeleţii (sindromul Williams, sindromul DiGeorge / Velo-cardio-facial, etc); aberaţii
cromozomiale mari (inversii, izocromozomi X de braţ lung, cromozomi supranumerari
bisatelitici, etc).
Folosirea metodelor noi de analiză (de exemplu, hibridizarea genomică comparativă) va
duce probabil la descoperirea unor noi boli prin rearanjamente genomice submicroscopice.
EXPANSIUNEA INSTABILĂ A REPETIŢIILOR TRINUCLEOTIDICE
După anul 1991 s-au descoperit peste 10 boli genetice produse prin mutaţii instabile sau
dinamice ale unor repetiţii trinucleotidice; trei dintre acestea sunt relativ frecvente: retardul
mintal cu X fragil (FRAXA), distrofia miotonică (sau boala Steinert) şi boala (coreea)
Huntington (Tabel 3). Aceste afecţiuni se caracterizează prin expansiunea instabilă a unui
segment de ADN ce conţine o repetiţie de trei nucleotide (CAG, CTG, CGG sau GAA), dispuse
în tandem (deci adiacente); aceste repetiţii se pot găsi în exoni, la capetele 5’ sau 3’ ale genei, sau
în introni. Pe măsură ce gena trece de la o generaţie la alta, numărul de repetiţii trinucleotidice
creşte progresiv, suferă o expansiune, şi când depăşeşte un anumit prag critic produce anomalii
în expresia genei sau funcţia proteinei codificată de genă.
Identificarea acestui mecanism mutaţional nou a fost o surpriză deoarece el se deosebeşte
fundamental de restul mutaţiilor, permanente şi stabile care, o dată produse, se transmit
nemodificate în succesiunea generaţiilor şi sunt prezente la toţi bolnavii dintr-o familie.
Genomul uman conţine numeroase secvenţe repetitive care ocupă poziţii cromozomiale
fixe (loci) şi a căror complexitate variază de la gene integrale (de exemplu, genele pentru ARN
ribozomal) la tracturi formate prin repetarea unuia sau câtorva nucleotide (microsateliţi). Printre
cele mai simple şi mai frecvente sunt repetiţiile unor mononucleotide SNP (single nucleotide
polymorphism), repetiţiile dinucleotidelor AC, repetiţiile unor trinucleotide sau, mai rar, a unor
secvenţe mai lungi – repetate succesiv, în tandem. Funcţiile repetiţiilor simple sunt încă
neelucidate dar foarte probabil ele nu sunt “inerte” funcţional; numărul de repetiţii variază de la
un individ la altul, ceea ce face ca secvenţa respectivă să fie polimorfică în populaţie. Aceste
secvenţe repetate sunt în general stabile, fiind transmise identic la generaţiile următoare şi putând
servi atunci ca marker genetic.
Tabelul 3. Exemple reprezentative de boli prin repetiţii trinucleotidice
BOALA HUNTINGTON
ATAXIA FRIEDREICH
Ataxia Friedreich este cea mai comună formă de ataxie, foarte diversă din punct de
vedere clinic şi genetic. Se caracterizează prin evoluţie progresivă, tulburări de mers (mers
ataxic), tulburări de vorbire (disartrie), lipsa reflexelor osteotendinoase la membrele
inferioare, afectarea inimii, mişcări ample, stângace. Piciorul ia aspect de “gheară” sau picior
ecvin, un semn caracteristic produs de retracţia tendoanelor şi atrofia musculaturii.
Această boală (descrisă în 1863 de către Nikolaus Friedreich, profesor de medicină în
Heidelberg, Germania), a fost printre primele forme de ataxie ereditară care au fost
diferenţiate de alte ataxii locomotorii şi este cea mai comună ataxie transmisă autozomal
recesiv. Reprezintă cel puţin 50% dintre cazurile de ataxii ereditare.
Prevalenţa. Este o boală relativ frecventă, fiind cea mai comună formă de ataxie,
reprezentând aproximativ 50% din cazurile de ataxie ereditară.
Incidenţa este de 1/22.000-2/100.000 în populaţia generală, estimată la 1,5/100.000/an
în Europa. În general rata purtătorilor de genă tarată a fost estimată recent între 1/60 - 1/90 la
o frecvenţă a bolii de 1/29.000. Boala are cea mai mare frecvenţă la populaţia albă, gena
frataxinei fiind de altfel aproape inexistentă printre negrii africani sau la asiatici.
Genetica ataxiei Friedreich. Genele mutante care determină apariţia acestei boli sunt
localizate pe cromozomul 9q13-q21 (gena X21 care codifică sinteza unei proteine
mitocondriale – frataxina ce intră în constituţia ţesutului nervos, ficatului, rinichiului,
ţesutului adipos, pancreasului şi miocardului). Defectul molecular al genei X25 constă într-o
mutaţie dinamică prin expansiunea tripletului GAA (de la o repetare de 7 ori la indivizii
normali, la o expansiune de 66 până la 1.360 de ori la bolnavii cu ataxie Friedreich). Mutaţiile
induc disfuncţii mitocondriale şi astfel afectează procesele oxidative reducţionale din
mitocondrii.
Expansiunea variabilă a tripletelor GAA la indivizii afectaţi chiar şi din aceeaşi
familie, influenţează tabloul clinic şi severitatea simptomelor la indivizii înrudiţi dintr-o
familie. De asemenea, boala este mai frecventă dacă se moşteneşte pe linia tatălui (paternă),
datorită unei instabilităţi meiotice crescute la sexul masculin.
Transmiterea după modelul autozomal recesiv este confirmată prin concentrarea
familială redusă a bolii, apariţia în mod egal la ambele sexe şi prezenţa părinţilor sănătoşi
purtători ai genei X25.
Semne clinice. Boala apare la copii între 8-15 ani, aproape întotdeauna înainte de 20
de ani. Semnele clinice obişnuite sunt:
- Ataxia
- Boala debutează devreme cu tulburări de mers un mers lent şi stângaci, respectiv
un mers ataxic, de obicei la amândouă extremităţile inferioare în mod egal; unii
pacienţi pot avea iniţial o afectare unilaterală înainte ca simptomele să se
generalizeze. Uneori însă boala poate debuta brusc cu o stare febrilă în care lipsa
de coordonare se instalează iniţial numai la un picior, apoi la celălalt (ataxia
implică o lipsă de coordonare în timpul efectuării unor mişcări voluntare)
- Ataxia poate să se însoţească cu dificultăţi la statul în picioare sau alergare.
- Mersul ataxic prin lezarea cerebeloasă are o bază largă, este împleticit şi necesită
schimbarea permanentă a poziţiei pentru menţinerea echilibrului.
- Progresiv, ataxia interesează trunchiul, picioarele şi braţele; apar tremurături şi o
agitaţie continuă a trunchiului. Muşchii faciali, ai gurii şi mâinilor prezintă tremur
şi uneori mişcări coreiforme, ceea ce determină o stare de oboseală permanentă.
- Pacienţii cu forme avansate vor acuza o slăbiciune severă a membrelor inferioare
şi piciorului, în timp ce acest lucru va apărea la braţe doar când pacientul va fi
imobilizat la pat; slăbiciunea musculară şi agravarea tulburărilor de mers vor
impune imobilizarea, iniţial parţială, în scaunul cu rotile iar mai târziu la pat.
- În evoluţia bolii se vor instala progresiv disartria şi disfagia, vorbirea va fi lentă şi
chiar neinteligibilă în formele avansate.
Prognosticul este rezervat. Boala evoluează progresiv pentru o durată de 15-20 ani.
95% din pacienţi ajung în scaunul cu rotile până la 45 ani. De obicei, pacienţii supravieţuiesc
25-30 ani, dar există cazuri când ajung la 60-70 ani, mai ales dacă nu au făcut complicaţii
cardiace sau diabet.
ATAXIILE SPINOCEREBELARE
SINDROMUL X FRAGIL
Sindromul X fragil (numit iniţial “sindromul Martin Bell”) este una dintre cele mai
frecvente forme de retard mintal (RM) de cauză genetică. Face parte din categoria mare
numită retard mintal legat de X, adică forme de RM determinate de gene localizate pe
cromozomul X.
Băieţii au un singur cromozom X, iar dacă el este anormal, apar semne de boală. În
schimb, fetele au doi cromozomi X, iar dacă unul dintre ei este anormal şi celălalt normal,
semnele de boală se manifestă foarte discret sau lipsesc.
Tabloul clinic caracteristic SXF apare la băieţi după pubertate şi este definit de o
triadă: aspect particular al feţei, dimensiuni crescute ale testiculilor şi RM.
Denumirea de “Sindrom X fragil” vine de la aspectul particular al cromozomului X
la indivizii afectaţi – prezintă o strangulare pe braţul lung ca şi cum s-ar rupe la acel nivel
(situs fragil) .
Prevalenţa bolii. Sindromul X fragil este considerată în prezent ca principala cauză
genetică a retardului mental (urmată de sindromul Down) şi cea mai frecventă formă de RM
legat de X. Prevalenţa sa este estimată la ¼.000 de bărbaţi şi 1/8.000 de femei. Această
estimare nu include formele particulare reprezentate de premutaţii. Sindromul X fragil apare
la toate populaţiile (toate rasele), în toate regiunile geografice, şi afectează mai frecvent sexul
masculin.
Genetică. Sindromul X fragil face parte din categoria RM legat de X, care se
recunoaşte în primul rând prin transmiterea caracteristică în familie – cel puţin 2 băieţi
afectaţi înrudiţi pe linie maternă – de exemplu, fiul şi fratele unei femei purtătoare, sau fiii a
două surori.
În locul unde se evidenţiază situsul fragil se găseşte o genă care se numeşte FMR1 şi
care conţine informaţia pentru sinteza unei proteine numite FMRP. În gena FMR1 se găseşte o
secvenţă care se repetă. În funcţie de numărul de repetiţii individul este sănătos sau bolnav.
Astfel:
- Cei care au 3-54 repetiţii sunt sănătoşi şi vor avea copii sănătoşi;
- Cei care au 55-200 repetiţii au “premutaţie” - pot avea semne particulare de boală
şi pot avea copii bolnavi:
- bărbaţii cu premutaţie au băieţi sănătoşi şi fete sănătoase, dar purtătoare (transmit
boala la copiii lor);
- femeile cu premutaţie au pentru băieţi risc 50% de a fi afectaţi, iar pentru fete risc
50% de a fi afectate;
- Cei cu mai mult de 200 repetiţii au „mutaţie completă” – au tablou clinic
caracteristic şi au risc de copii bolnavi
- bărbaţii cu mutaţie completă au băieţi sănătoşi şi fete bolnave;
- femeile cu mutaţie completă au pentru băieţi risc 50% de a fi afectaţi, iar pentru
fete risc 50% de a fi afectate.
În cazul indivizilor afectaţi, gena FMR1 este blocată, nu mai produce proteina FMRP,
ceea ce duce la apariţia semnelor de boală.
Semne clinice. Tabloul clinic caracteristic sindromului X fragil (indivizi cu mutaţie
completă) apare la băieţi după pubertate şi este definit de triada:
- aspect particular al feţei: faţă alungită cu bărbie proeminentă şi urechi mari şi
proeminente;
- dimensiuni crescute ale testiculilor;
- retard mental, de obicei moderat, la care se asociază elemente de autism (persoana
evită comunicarea, nu se uită în ochii persoanei cu care discută şi repetă acelaşi
cuvânt / gest de mai multe ori).
La copii se înregistrează foarte puţine semne de boală: de obicei capul este mai mare
decât ar trebui, au întârziere în dezvoltarea limbajului (leagă cuvinte după vârsta de 4 ani), au
hiperactivitate cu deficit de atenţie şi prezintă elemente de autism. Copiii pot fi deranjaţi de
stimulările din mediu (zgomote, aglomeraţie, etc). Frecvent, se asociază otite repetate. Uneori
se pot înregistra complicaţii ortopedice (luxaţii, scolioză, picior plat). Rar, copiii pot
prezenta convulsii.
La femeile cu mutaţie completă, aspectul particular al feţei şi RM, ca şi elementele de
autism, sunt mai discrete.
La bărbaţii cu premutaţie, după vârsta de 50 ani apar tremurături şi mers cu picioarele
depărtate (FXTAS – ataxie / tremor legat de X fragil). La acești pacienți, boala seamănă cu
boala Parkinson şi este frecvent confundată cu aceasta.
La femeile cu premutaţie apar frecvent sarcini cu gemeni și menopauză înaintea
vârstei de 40 ani.
Stabilirea diagnosticului. Metode de diagnostic. Atunci când la o persoană se
bănuieşte diagnosticul de SXF, se poate face iniţial un test pe rădăcina firului de păr sau pe o
picătură de sânge întinsă pe o lamă de sticlă. Se caută prezenţa proteinei FMRP în celule.
Dacă ea este prezentă, atunci persoana nu are SXF. Dacă însă proteina lipseşte, atunci
individul ar putea avea SXF şi sunt necesare teste de confirmare.
Diagnosticul de SXF este confirmat prin analiza cariotipului (examen cromozomial) şi
prin teste de ADN (moleculare). Pentru ambele teste este necesară recoltarea unei probe de
sânge. Cariotipul evidenţiază aspectul particular al cromozomului X (situs fragil). Testele
moleculare (PCR, Southern blot) arată numărul de repetiţii din gena FMR1.
Diagnostic prenatal. În familiile afectate se pot face teste pentru depistarea bolii în
timpul sarcinii – la 16-18 săptămâni de sarcină, sub control ecografic (pentru a nu atinge
fătul) se face o puncţie şi se recoltează lichid amniotic (lichid în care stă copilul). Metoda se
numeşte amniocenteză. În lichid se găsesc celule ale copilului. Se separă celulele, se extrage
ADN din celule şi se fac teste moleculare.
Sfat genetic. Boala se transmite legat de X, ceea ce înseamnă că bărbaţii afectaţi vor
avea băieţi sănătoşi şi fete afectate mai uşor, iar femeile afectate au risc 50% şi pentru băieţi şi
pentru fete de a fi afectate.
Evoluţie şi prognostic. Băieţii cu mutaţie completă nu pot urma o şcoală obişnuită.
Au rezultate relativ bune la şcoala specială, dar aplicarea cât mai precoce a unei educaţii
adecvate profilului psihologic combinate cu terapie ocupaţională duce la recuperarea cea mai
bună. Otitele repetate trebuie tratate cu antibiotice pentru a evita scăderea auzului. Dacă apar
complicaţii ortopedice, ele trebuie urmărite şi tratate de ortoped.
Fetele cu mutaţie completă pot urma şcoala obişnuită, cu rezultate slabe, sau şcoala
specială. Au nevoie de educaţie adaptată, combinată cu terapie ocupaţională. Bărbaţii cu
premutaţie au evoluţie absolut normală până la vârsta de 50 ani. După aceea, aspectul
particular al familiei trebuie să atragă atenţia medicului neurolog pentru a diferenţia FXTAS
de boala Parkinson, tratamentul fiind diferit. Femeile cu premutaţie au risc de menopauză
precoce. Apariţia menopauzei înaintea vârstei de 40 ani trebuie să atragă atenţia ginecologului
sau endocrinologului, care trebuie să întrebe despre copiii femeii respective sau ai surorilor
lor. Depistarea cât mai devreme a celor afectaţi şi aplicarea unei educaţii adecvate duce la
recuperare.