4/2/2020

Strategii de Drug Design

- curs III -

“Lead”

Un compus sau o serie de compuşi care:

- au un efect dovedit asupra ţintei biologice in vivo
- prezintă selectivitate în raport cu alte ţinte
- nu conţin grupe reactive chimic
- au structuri chimice accesibile
- sunt brevetabile
 4/2/2020

Strategii de identificare a compuşilor “Lead”

 Sursa de obţinere a unei noi entităţi moleculare

 Compuşi naturali şi derivaţi
 Compuşi obţinuţi prin sinteză
 Metodologia utilizată
 Testări biologice
 Utilizarea observaţiilor biologice
 Analogia structurală

Sursa de obţinere a unei noi entităţi moleculare

 Compuşi naturali şi derivaţi

a) minerale
b) microorganisme
c) plante
d) animale
 Compuşi obţinuţi prin sinteză
a) sinteza combinatorie
b) premize sau metodologii eronate
 4/2/2020

 Minerale
Exemple
- hematit, mercur şi oxid de mercur, oxid de arsen, argint,
sulful, petrol, talc

 Microorganisme

- Fleming (1928) - penicilina - genul Penicillium

- cefalosporina C - Cephalosporium acremonium (apă,
1948)
- vancomicina - Amycolatopsis orientalis (sol)
- streptomicina, neomicina, rifamicina, eritromicina,
oxitetraciclina, cloramfenicolul, lincomicina

 Microorganisme
◦ antifungice  amfotericina B, nistatin, griseofulvina,
micafungin
◦ antihelmintice  avermectinele
◦ antitumorale  daunorubicina, bleomicina
◦ imunosupresive  ciclosporina, tacrolimus
◦ hipocolesterolemiante  lovastatin
◦ antidiabetice  acarboza
Streptomyces toxytricini
H3C H3C
O O

O O O O

H3C H3C
O O
H3C HN H3C HN
H3C H3C
O O

lipstatin orlistat
 4/2/2020

 Plante

H3C
Friedrich Sertürner
N
H

HO O OH

O CH3
H3C
H3C
N O
N
O NH
O
O
O
cocaină tropisetron
Cl
NH2 NH2
CH3 CH3 NH2
H CH3
O N H
N N N
N
O O
H3C H3C O O
H3C CH3

procaină procainamidă metoclopramid

SO2NH2

H
N
N
O O
H3C CH3

sulpirid
 4/2/2020

 Animale
CH3
HS
N

O
HO O

Bothrops jararaca teprotida → captopril

Hirudo medicinalis

hirudina → lepirudin,
desirudin

exendin-4 → exenatidă (Byetta)

agonist receptor GLP-1

Heloderma suspectum

Sursa de obţinere a unei noi entităţi moleculare

 Compuşi naturali şi derivaţi

a) minerale
b) microorganisme
c) plante
d) animale
 Compuşi obţinuţi prin sinteză
a) sinteza combinatorie
b) premize sau metodologii eronate
 4/2/2020

Sinteză combinatorie

HN O HN O HN O

HN O HN O HN O

HN O HN O HN O
 4/2/2020

Premize sau metodologii eronate

CH3

Knorr O
C6H5
HN
Fenazona (1882) O O NH2

CH3

O C6H5
N
O N
N CH3
OH C2H5 N CH3
NH
Kairina formula Knorr formula corectã

C6H5
N
O N CH3

CH3
Fenazona
 4/2/2020

H
N CH
3
N N
Cl CH3NH2
+
N +
Cl O Cl N
O

clordiazepoxid

N CH N
3 + CH3
H
HO

naftifină

CH3

H3C
O
anetol
OH

CH3

HO HO

dihidroxistilben efect estrogenic

efect estrogenic slab variabil
H3C OH

HO CH3

dietilstilbestrol
impuritate, efect estrogenic
 4/2/2020

O
H3 C –
+ Cl
N
HO C H3
C H3
O
D-tubocurarina
–
Cl
OH
H3 C O
+
N
H3C
O
C H3

decametoniu

ciclofosfamida

Cl
HN
N P
O
O
Cl
 4/2/2020

Strategii de identificare a compuşilor “Lead”

 Sursa de obţinere a unei noi entităţi moleculare

 Compuşi naturali şi derivaţi
 Compuşi obţinuţi prin sinteză
 Metodologia utilizată
 Testări biologice
 Utilizarea observaţiilor biologice
 Analogia structurală

Testări biologice

 Testare extensivă

 Testare aleatoare
 4/2/2020

Testare extensivă
Este o metodă aplicată pentru testarea unor entităţi
moleculare total noi, provenite:
- din sinteze originale
- prin extracţie sau izolare din surse naturale nestudiate
Se încearcă o testare biologică de tip vertical (arbore), cât
mai completă, a unei serii mici de substanţe:

SNC

deprimant stimulant

sedativ neuroleptic

Taxus brevifolia

CH3

Paclitaxel O
O
O O H3C O
OH
N O
HO
O
H H
O O O
CH3
O O
 4/2/2020

Testare aleatoare
În acest caz obiectivul terapeutic este dinainte fixat şi,
spre deosebire de prima metodă, se testează un număr mare
de molecule (de ordinul miilor).
Se aplică doar pe câteva modele experimentale.

Geduld, Geschick, Glück und Geld

(răbdare, pricepere, noroc, resurse)

OH

H2N As
As NH2

HO

606

Paul Ehrlich
Sahachiro Hata
 4/2/2020

peste 10.000
microorganisme
din sol

NH

HN NH2
Selman Waksman H Albert Schatz
O OH
HN
introduce termenul
H2N N OH
antibiotic H Streptomyces griseus
O O
H3C

O OH
O
H Streptomicină
N
O CH3 (1943)
HO
OH
OH
1952

Testare aleatoare
- Janssen, testarea a 2721 de substanţe ca antihelmintice:

N
S N N
S S
OH N N
N
S S
CH3
O

R-6438 R-8141 Levamisol

inactiv la şoareci metabolit activ izomerul dextrogir
şi şobolani
activ la ovine instabil în apă este inactiv
Lead NME
 4/2/2020

1971-1973
~6000

Akira Endo Penicillium citrinum Pen-51

HO O HO O

O HO OH
O O

H3C O H3C O
H3C CH3 H3C CH3

HO
Mevastatin Pravastatin

Testarea intermediarilor din sinteză

- intermediarii din sinteză sunt asemănători structural cu
produsul final şi e probabil să aibă acelaşi efect biologic
Exemple:
mercaptopurina, izoniazidă
CH3 S H
C N O N
NH2 HN O N C NH2
NH2
H

N N
O
O S NH HC
S N
C N
S N H2N H
N
tiosemicarbazida
sulfatiadiazol tioacetazona izonicotinaldehidei izoniazida
 4/2/2020

Testarea de înaltă performanţă

(High-throughput screening – HTS)
 dezvoltarea roboţilor şi performatizarea metodelor de
testare in vitro a făcut posibilă combinarea celor două metode
de testare (intensivă şi aleatoare).
 HTS permite testarea simultană a mii de substanţe chimice
prin zeci de teste biologice.
 se testează efectul pe enzime, receptori celulari sau culturi
de celule.
 se utilizează colecţii de substanţe (“biblioteci”).

Testarea de înaltă performanţă

Dezavantaje:
 necesită colecţii mari de compuşi
 similaritatea structurală mare în cadrul bibliotecii de
compuşi scade probabilitatea de a descoperi compuşi hit
 obţinerea de rezultate bune in vitro, dar care nu se
confirmă in vivo datorită problemelor de biodisponibilitate
sau a toxicităţii.
 necesită resurse financiare semnificative:
- sinteza şi purificarea compuşilor
- testările biologice
- analiza datelor experimentale
 4/2/2020

Studiu de caz
H3C O O
H3C H
N N

N N N N N

CH3

structura lead nevirapina

H3C CH3
N H3C
H
N N
H N
N
H3C N
H3C N
H
O O N N
S
H3C O
H3C N O
H
structura lead delavirdina

Studiu de caz
Cl
N O

OH Lead
N

H3C

R
Takeda
S-8307 (R=Cl), S-8308 (R=NO2)
Cl S
N N
OH
OH
N N
O

H3C H3C
OH

H O
N
N
N
N
Du Pont SmithKline Beecham
Losartan Eprosartan
 4/2/2020

Studiu de caz
inhibitori non-peptidici ai proteazei virusului HIV
CH3
OH

O O

fenprocumona
F
F
CH3
OH F
H
N
S N
O O
O O

CH3

tipranavir

Filtre structurale
- grupe chimice nepotrivite (ex. >6F, >3Cl, >3Br, >3I,
sisteme aromatice policiclice)
H X X
X
R R R
R
O O O

R CX3 O O
R R R R
N R O R R S

O O O O
N N R S X R S O
R O R O O R
X

H
O R N R S R NO
R O R N R S R
H
 4/2/2020

Chemogenomică
- principiul: ţintele biologice echivalente structural
interacţionează cu liganzi înrudiţi chimic
- dezvoltarea genomicii, proteomicii şi a tehnicilor de analiză
structurală permite estimarea gradului de similitudine al
ţintelor biologice
Exemplu
- receptorii histaminergici H2 fac parte din subfamilia A17
de receptori transmembranari cuplaţi cu proteina G
- receptorii H1, H3 şi H4 aparţin subfamiliei A18, alături
de receptorii muscarinici
- asemănarea receptorilor H1 cu cei muscarinici explică de
ce majoritatea substanţelor antihistaminice H1 prezintă şi
efecte anticolinergice

Optimizarea selectivă a efectelor secundare

(SOSA)

- reprezintă o variantă a metodei HTS,

- se testează efectul unei biblioteci limitate (≈1000)
conţinând substanţe active bine cunoscute, cu toxicitate
minimă, asupra unei ţinte biologice noi,
- compuşii cu o activitate semnificativă (hit) sunt
transformaţi în analogi cu activitate maximă, încercând
eliminarea efectului iniţial
 4/2/2020

receptorul entotelinei ETA

O S O O N
S CH3
S
N N N
OH OH
CH3
H2N H2N

sulfatiazol sulfafurazol

O
N O O
CH3
H3C O
H3C
CH3 HN O
O O N O O N
S CH3 CH3
S
N S N
OH OH
CH3 Cl

edonentan sitaxentan

Strategii de identificare a compuşilor “Lead”

 Sursa de obţinere a unei noi entităţi moleculare

 Compuşi naturali şi derivaţi
 Compuşi obţinuţi prin sinteză
 Metodologia utilizată
 Testări biologice
 Utilizarea observaţiilor biologice
 Analogia structurală