Structura dublu catenară a ADN-ului și ARN-ului este stabilizată și cu ajutorul legăturilor de

hidrogen care se formează între perechile de baze. Ca și în cazul proteinelor, acestea nu conferă
stabilitate.
Legăturile de hidrogen, împreună cu forma bazelor, contribuie la realizarea corectă a
perechilor de baze și astfel la complementaritatea catenelor.
Stabilitatea helix-ului este generată de legăturile de tip “stacking” dintre bazele azotate.
Suprafețele plate ale bazelor azotate sunt hidrofobe și nu se pot lega la moleculele de apă prin legături
de hidrogen atunci când sunt libere în soluție.
La nivelul ADN-ului monocatenar, bazele au tendința să se suprapună unele peste altele, dar
acest sistem este maximizat în cadrul ADN-ului dublu catenar, iar efectul hidrofob face ca acest
aranjament să fie totodată și cel mai avantajos din punct de vedere energetic.

Proprietățile chimice
Deși sunt printre cele mai stabile molecule, în condiții fiziologice celulare, acizii nucleici
prezintă totuși, rezistențe diferite la condițiile de pH și de temperatură la care se realizează diferitele
tipuri de hidroliză.
Acizii afectează la fel ADN-ul și ARN-ul.
Sunt necesare condiții drastice pentru a degrada scheletul pentozo-fosfat (încălzire, acizi
concentrați). În aceste condiții celelalte legături din structură nu rezistă și obținem un amestec de:
grupări fosfat, riboze sau dezoxiriboze, baze.
În condiții relativ blânde (pH 3-4), se vor rupe numai legăturile N-glicozidice cu purinele care
sunt cele mai fragile. În acest caz se obține un derivat de acid nucleic apurinic. Pe acest sistem s-au
bazat unele metode de secventiere.
Comportamentul ADN-ului și ARN-ului la hidroliza bazică este foarte diferit.
ADN-ul rezistă la valori extreme de pH bazic. Efectul alkalilor este de a modifica starea
tautomerică a bazelor.(TAUTOMER – structură ce diferă prin poziția unui atom de hidrogen și a unei
duble legături) Poate fi observat în cazul ciclohexanonei. Molecula este în echilibru între formele
tautomerice keto și enol. La pH neutru, compusul este predominant în forma keto. Creșterea pH-ului
face ca molecula să piardă un proton și să treacă spre forma enol. La pH crescut structura guaninei
este de asemenea modificată către forma enol.
Punțile fosfodiester din ADN devin sensibile la hidroliza alcalină dacă bazele sunt înlăturate
sau degradate. Rezultatul este distrugerea structurii dublu catenare a ADN-ului, deci ADN-ul este
denaturat.
ARN-ul este hidrolizat în ribonucleotidele componente în câteva minute, la 37°C și pH 11.
Aceasta se întâmplă datorită prezenței unei grupări 2´-OH în ARN, care este poziționată ideal pentru
a participa la clivarea back-bone-ului de ARN prin atac intramolecular asupra gruparii de fosfat din
legătura fosfodiester. Comportamentul ARN la hidroliză alcalină explică obținerea unui amestec de
nucleozide 2´și 3´ fosfat în loc de 5´ fosfat.

Denaturarea chimică
O serie de agenți chimici pot duce la denaturarea ADN-ului sau ARN-ului la pH neutru. Cei
mai cunoscuți aggenți chimici sunt ureea și formaldehida. O concentrație mai mare a acestor agenți
are rolul de a rupe legăturile de hidrogen dintre moleculele de apă. Aceasta înseamnă denaturarea
catenelor, produsă prin excluzia moleculelor de apă.

Proprietăți fizice
Denaturarea termică
Încălzirea poate conduce la distrugerea regiunilor dublu catenare legate prin legături de
hidrogen ale ADN-ului sau ARN-ului . Aceasta este însoțită de modificări ale proprietăților fizice:
pierderea vâscoității și amplificarea absorbției în UV.
Comportamentul termic al dsADN-ului și ARN-ului este diferit.
Pe măsură ce temperatura crește, absorbția unei probe ARN crește progresiv, dar eratic, pe
măsură ce legăturile care asigură suprapunerea bazelor din regiunile dublu catenare sunt reduse.
La nivelul ADN-ului denaturarea capetelor moleculei și regiunilor interne bogate în A-T, vor
destabiliza regiunile adiacente ale helix-ului conducând la o topire concentrată și progresivă a întregii
structuri, la o temperatură bine definită.
Tm (temperatura de topire) este valoarea la care jumătate din cantitatea de dsADN se găsește în formă
monocatenară. Este o funcție a conținutului de G+C al probei de ADN (legăturile G+C se realizează
prin intermediul a 3 legături de H și sunt mai stabile în timp ce perechile A-T se disociază primele).
Renaturarea reprezintă restaurarea stării inițiale de dublă catenă, plecând de la ADN denaturat.
Procesul e renaturare parcurge diferite etape în funcție de protocolul utilizat:
1. Dacă soluția este răcită prea repede, timpul de căutare al catenelor complementare este prea
scurt deci permite doar formarea de regiuni locale de dsADN.
2. Dacă soluția este menținută timp îndelungat la o temperatură inferioară Tm (temperaturii de
topire) s-a observa, din contră, o revenire gradată la proprietățile caracteristice structurii
bicatenare, cu o absorbție identică celei inițiale.
Renaturarea regiunilor complementare dintre acizii nucleici este cunoscută sub numele de
hibridizare.
Denaturările și renaturările sunt etape cheie în numeroase tehnici de biologie moleculară.

Vâscozitatea
ADN –ul celular este foarte lung și foarte subțire. ADN-ul are 2 mm in diametru și ar putea
avea o lungime de µm, mm sau chiar cm in cazul cromozomilor eukariotelor.
ADN-ul este o molecula destul de rigida. O consecință a acestei rigidități este vâscozitatea
înaltă a soluțiilor de ADN. Moleculele lungi de ADN pot fi ușor deteriorate de forțe de tăiere sau prin
sonicare (ultrasunete de înaltă intensitate), cu o reducere corespunzătoare a vâscozității soluției. Nici
tăierea și nici sonicarea nu denaturează ADN-ul, ci doar reduc lungimea moleculei dublu catenare din
soluție.

Densitatea și flotabilitatea
În soluțiile care au o concentrație mare a unei săruri cu greutate moleculară mare, ADN-ul are
o densitate similară cu o soluție, cca 1,7g/cm3 .
În urma centrifugării proba de ADN va migra și se va concentra într-o bandă subțire, generând
un gradient de densitate în echilibru sau centrifugare izopicnică ( separarea particulelor sau macro-
moleculelor prin sedimentare într-un gradient de densitate, până cand acestea ating nivelul la care
densitatea mediului este egală cu a lor). Această metodă poate fi eficientă în purificarea ADN-ului și
separarea de celelalte componente.
Metoda este utilizată si dpdv analitic, deoarece densitatea de flotare exactă este o funcție
liniară a conținutului său în G + C exemplificată în ecuația ....
Rata de sedimentare a ADN-ului poate fi utilizată pentru determinarea conținutului mediu de G
+C sau în unele cazuri pentru a separa fragmente de ADN cu conținut diferit de G + C față de
secvența completă.

Absorbția UV și structura
 Moleculele de ADN și ARN sunt formate din lanțuri de nucleotide. Cele 5 tipuri de nucleotide
diferă numai în ceea ce privește baza azotată. Fiecare din cele 5 baze azotate prezintă spectre de
absorbție ușor diferite, având maxime la diferite lungimi de undă. Prin aproximație spectrul de
absorbție al ADN-ului este media spectrelor celor 5 baze azotate.
Lungimea de undă la care se realizează absorbția maximă a luminii, atât de către ADN cât și
de ARN este de 260 nm. Aceasta este distinctă de λmax (lungimea de undă maximă) a proteinelor
(280 nm).
Absorbția la 260 nm este maximă în cazul nucleotidelor izolate, intermediară pt ADN-ul
monocatenar sau ARN și este mai slabă pentru dsADN (ADN dublu catenar). Acest efect este cauzat
de fixarea bazelor în mediu hidrofob, prin intermediul suprapunerii (stacking).
Spectrele de absorbție, în domeniul UV, pot fi folosite pentru determinarea rapidă a
concentrației și purității acizilor nucleici și proteinelor dintr-o soluție.

Cuantificarea acizilor nucleici

Se poate face pe baza absorbanței probelor care conțin ADN sau ARN, la lungimea de undă de
260nm și respectiv 280nm. Nu este covenabil a se utiliza coeficintul de extincție molară (ɛ) al acizilor
nucleici, deoarece aceasta depinde de lungimea moleculei respective. Coneficienții de extincție sunt,
în mod normal, descriși în termen de concentrație în mg/ml. 1mg/ml de dsADN are o A260( absorbtie
la 260nm) de 20. Valoarea corespunzătoare pentru ssADN sau ARN este de 25.
Valorile absorbției depind de cantitatea structurii secundare (regiunile dublu catenare) dintr-o
anume moleculă, datorita efectului de stacking.
Anumite subunități ale acizilor nucleici (bazele purinice) prezintă maxime de absorbție la
lungimi de undă situate sub 260nm, altele (bazele pirimidinice) prezintă maxime de absorbție la
lungimi de undă mai mari de 260nm, astfel încât maximul de absorbție depinde de componența în
baze a speciei de ADN.
Valorile pentru ssADN(ADN monocatenar) și pentru ARN sunt aproximative.

Puritatea ADN-ului
Spectrofotometria de absorbţie, în domeniul spectral UV, poate furniza informaţii despre
puritatea soluţiilor de acizi nucleici. Astfel, se măsoară absorbţia probelor la lungimile de undă de 260
nm şi 280 nm, după care se calculează raportul A260/A280.
Forma spectrului de absorbție, ca și coeficientul de extincție, variază în funcție de mediul
bazelor, astfel încât: pentru ARN pur, A260/A280 = 2,0 - pentru ADN pur, A260/A280 = 1,8 -
pentru proteină pură, A260/A280 ~ 0,6.
Prin această metodă nu se face distincția între cei doi acizi nucleici ADN și ARN. Însă dacă o
probă de ADN are A260/A280 mai mare de 1,8 aceasta sugerează contaminare cu ARN, iar dacă
valorile sunt mai mici de 1,8, aceasta sugerează contaminare cu proteine.