Aminoacizi si Proteine

Proteinele sunt macromolecule din sistemele vii care indeplinesc functii majore pentru celula: rol de catalizatori; rol de transport si depozitare a anumitor molecule (O2), in sustinerea mecanica, in imunitate, in transmiterea impulsului nervos, in coordonarea cresterii si diferentierii celulare.

aminoacizi

aminoacid

Proteinele sunt polimeri constituiti din unitati monomerice numite aminoacizi.

Aminoacizi si Proteine
Aminoacizi
Structura, clasificare, proprietati fizico-chimice

Legatura peptidica Alte tipuri de legaturi chimice din moleculele proteice Proteine- nivele de organizare
Structura primar Structura secundar Structura teriar Structura cuaternar

Aminoacizi
= acizi aminai, sunt compui chimici cu mas molecular mic, ce conin n molecula lor dou funcii caracteristice: o grupare carboxilic (-COOH) i o grupare aminic (-NH2) si un radical (R) alifatic sau aromatic care contine diferite grupari functionale: hidroxil, sulfhidril, carboxil, amino, guanidino, fenil, indol, imidazol etc. n natur se ntlnesc peste 150 aminoacizi, dintre care 20 sunt universal rspndii. Aminoacizii din constituia proteinelor prezint totdeauna gruparea aminic n poziia fa de gruparea carboxilic.

Amina
H2N

Acid

? R

C OH H

Proprietati fizice ale aminoacizilor

Solubilitatea aminoacizilor n ap este variat (ntre 162 g % pentru prolin i 0.01 % pentru cistein). Toi aminoacizii se dizolv n baze i acizi diluai. Cu excepia glicocolului, aminoacizii sunt substane optic active, datorit existenei n molecula lor a cel puin unui atom de carbon asimetric (C).

Stereoizomerii aminoacizilor
Se disting dou serii sterice. Seria L i seria D, n funcie de dispoziia gruprii -aminice: spre stnga - pentru seria L (sau configuraia S, "sinister"), sau spre dreapta - pentru seria D (sau configuraia R, "rectus"), dac n formula de proiecie plan (Fischer) carboxilul este figurat n partea de sus. Sensul de rotaie a planului luminii polarizate nu depinde de apartenena la seria steric. Activitatea optic se noteaz i la aminoacizi cu (+) - spre dreapta ("dextrogir"), i (-) - spre stnga ("levogir").

COOH H 2N CH R L

COOH HC R D NH2

Stereoizomerii aminoacizilor

L-aminoacizii
Majoritatea aminoacizilor naturali fac parte din seria L ("levo"). Proteinele animale sunt formate numai din Laminoacizi, legai ntre ei prin legturi peptidice: -CONH-. La microorganisme, precum i n unele tumori maligne au fost gsii i aminoacizi cu configuraia D (dextro").

Clasificarea aminoacizilor
Dupa polaritatea si sarcina radicalului:
1) Aminoacizi cu radical R nepolar 2) Aminoacizi cu radical R polar 3) Aminoacizi acizi (monoamino-dicarboxilici) 4) Aminoacizi bazici

1) Aminoacizi cu radical R nepolar

Au catena lateral alcatuita din hidrocarbur pur: glicocol (glicin), alanin, valin, leucin, izoleucin, fenilalanin, prolin, metionina; cistina Sunt hidrofobi Au rol de a stabiliza structura proteinelor prin interactiuni hidrofobe.

2) Aminoacizi cu radical R polar

Au un radical polar cu grupri neionizate n caten: serin, treonin, cistein, triptofan, tirozin, asparagin, glutamin. Sunt mai hidrofile, deoarece gruparile functionale ale radicalului polar stabilesc punti de H cu apa. Triptofanul si tirozina sunt partial hidrofobe si mult mai polare decat fenilalanina. Intra in constitutia centrilor activi ai unor enzime. Cei doi aminoacizi aromatici absorb lumina UV la ~280 nm.

3.Aminoacizi acizi (monoamino-dicarboxilici)

conin n radicalul R o a doua grupare carboxilic, ce le confer caracter acid: acidul aspartic (asparaginic), acidul glutamic.

4. Aminoacizi bazici
conin n radicalul R o grupare bazic suplimentar:

lizin, arginin, histidin.

Aminoacidul 1. Alanin 2. Valin

Denumirea chimic Acid -aminopropionic Acid aminoizovalerianic Acid -aminoizocaproic Acid -amino-metilvalerianic Acid pirolidin-2carboxilic Acid -amino-fenilpropionic Acid -amino--3 indolilpropionic Acid -amino--tiometiln butiric Acid -aminoacetic Acid -amino-hidroxipropionic Acid -amino-hidroxibutiric Acid -amino-mercaptopropionic Acid -amino--phidroxifenilpropionic Acid -monoamida acidului aminosuccinic Acid monoamida acidului glutamic Acid -aminosuccinic Acid -aminoglutaric Acid , -diaminocaproic Acid -amino-guanidino valerianic Acid -amino-imidazolpropionic

Prescurtarea Ala Val Leu Ile Pro Phe Trp Met Gly Ser Thr Cys Tyr Asn Gln Asp Glu Lys Arg His A V L I P F W M G S T C Y N l Q D E K R H

Denumirea radicalului alanil valil leucil izoleucil prolil fenilalanil triptofanil metionil glicil seril treonil cisteinil Tirozil Asparagini Glutaminil Aspartil Glutamil lizil arginil histidil

Conform nomenclaturii biochimice stabilite de IUB i IUPAC, simbolurile aminoacizilor sunt din 3 litere, sau dintr-o singur liter. Simbolul din 3 litere se folosete cnd se compar secvena aminoacizilor cu codificarea lor genetic, sau cnd se compar ntre ele secvene unor peptide; simbolul cu o singur liter este utilizat n studiile secvenei aminoacizilor din proteine.

3. Leucin 4. Izoleucin 5. Prolin 6. Fenilalanin 7. Triptofan 8. Metionin 9. Glicocol (glicin) 10. Serin 11. Treonin 12. Cistein 13. Tirozin

IUB ("International Union of Biochemistry"); IUPAC ("International Union of Pure and Applied Chemistry").

14.Aspara-gin 15.Glutamin 16. Acid aspartic 17. Acid glutamic 18. Lizin 19. Arginin 20. Histidin

Aminoacizi esentiali pentru organismul uman

= aminoacizii pe care organismul uman, ca i cel al majorittii animalelor nu i poate sintetiza din lipsa unor sisteme enzimatice adecvate sau a unor precursori disponibili. Valina, izoleucina, leucina, treonina, metionina, fenilalanina, triptofan, lizina, arginina, histidina

Aminoacizi care intr doar n structura unui grup restrns de proteine

In afara celor 20 aminoacizi, exist i aminoacizi aminoacizi intr doar n structura unui grup restrns de proteine, cum sunt 5hidroxiprolina i 5-hidroxilizina, care intr n structura colagenului, sau N-metillizina,care intr n structura actinei (o protein muscular). Aceti aminoacizi provin din aminoacizii naturali prolin i lizin, cu structur modificat postsintetic.

Aminoacizi care nu intra in structura proteinelor

Aminoacizii care nu intr niciodat n structura proteinelor dar care au un rol metabolic si structural important pentru organism: -alanina (intr n structura coenzimei A), acidul aminobutiric (prescurtat GABA, este un mediator chimic la nivelul sistemului nervos central), 5hidroxitriptofanul (precursor al serotoninei - o "amin biogen"), ornitina i citrulina (intermediari n sinteza ureei), homocisteina i homoserina (intermediari n metabolismul unor aminoacizi).

Proprietile acido-bazice ale aminoacizilor

Avnd n molecul att grupri acide ct i bazice, aminoacizii au caracter amfoter, acionnd astfel fie ca acid (donor de protoni), fie ca baz (acceptor de protoni). n soluie, gruparea carboxilic poate s disocieze de H+, cptnd sarcin negativ (COO-), iar gruparea aminic, bazic, poate prelua ioni de H+ (poate fi protonat), cptnd sarcin pozitiv (-NH3+). Dac ambele grupri funcionale ale unui aminoacid au sarcini, se obin zwitterioni (din germana ioni hibrizi )=amfiioni.
COOH H3N
+

+ H+

COO+

+ OHH2N H2O

COOCH R Anion (mediu bazic)

CH R

H3N

CH R

Cation (mediu acid)

Ion hibrid (amfion)

Caracterul amfoter al aminoacizilor

In mediul acid (exces de ioni H+), COOCOOgruparea carboxilic negativ a COOH + +H + OH + + unui amfiion (-COO-) este H2N CH +, pierzndu-i H3N CH H3N CH ocupat de H sarcina (-COOH); rmne astfel R R R ncrcat cu sarcin pozitiv doar H2O gruparea aminic (-NH3+). n Anion Ion hibrid Cation mediul acid, aminoacidul este (mediu bazic) (amfion) (mediu acid) ncrcat pozitiv. In mediul bazic (exces de ioni OH-), gruparea aminic (-NH3+) a unui amfiion elibereaz H+, care COOCOOCOOH + se va combina cu OH- pentru a +H + OH + + forma H2O. Gruparea aminic i H N CH H2N CH H3N CH 3 pierde sarcina, rmnnd ncrcat negativ doar gruparea R R R H2O carboxilic. In mediul bazic Anion aminoacidul este ncrcat Ion hibrid Cation negativ. (mediu bazic) (amfion) (mediu acid)

Disocierea gruprilor acide i bazice ale aminoacizilor este guvernat de legea aciunii maselor, ca i n cazul bazelor i acizilor slabi; fiecrei grupri funcionale i corespunde o constant de disociere (K), a crei logaritm negativ este numit pK. Valoarea pK1 a gruprii acide este 2,0-2,5; pentru gruparea aminic pK2 este 9,09,5.

Forma zwitterionica

Ambele grupari deprotonate

concentratie

Ambele grupari protonate

Punctul izoelectric al aminoacizilor

Aminoacizii dizolvai n medii ionizate prezint fenomenul de migrare n cmp electric, fenomen ce poart numele de ionoforez. n soluii acide, moleculele ionizate vor migra spre catod (-), iar n soluii alcaline spre anod (+). Pentru fiecare dintre aminoacizi exist o valoare de pH, numit pH izoelectric sau punct izoelectric (notat pI), la care molecula este neutr, iar fenomenul de migrare electroforetic nceteaz. La punctul izoelectric, numrul sarcinilor pozitive i negative sunt egale (aminoacidul este deci electroneutru), disocierea lui ca acid fiind egal cu disocierea ca baz. n medii cu pH mai mic dect pI, aminoacidul se va comporta ca baz, iar la pH mai mare dect pI el se va comporta ca acid. Astfel, aminoacizii pot ndeplini funcia de tampon acido-bazic n organism, proprietate manifestat mai pregnant n jurul valorii pK1 i pK2.

Valorile de pK si pI ale aminoacizilor

Proprietile spectrale ale aminoacizilor

Aminoacizii aromatici ca: fenilalanina, tirozina i triptofanul sunt responsabili de absorbia n UV (cu un maxim cuprins ntre 275 nm i 285 nm) a majoritii proteinelor. Dintre cei trei aminoacizi, triptofanul absoarbe cel mai intens radiaia UV. Aceste proprietati spectrale ale aminoacizilor aromatici (absorbtia in jur de 280 nm) sunt utilizate pentru determinarea spectrofotometric a concentraiei unor proteine n soluii. Fenilalanina, tirozina i triptofanul prezint i fenomenul de fluorescen, emind lumina absorbit la lungimi de und superioare domeniului UV.

Spectrul de absorbie n UV a aminoacizilor, la pH 8

Aminoacizi si Proteine
Aminoacizi
Structura, clasificare,proprietati fizico-chimice

Legatura peptidica Alte tipuri de legaturi chimice din moleculele proteice Proteine- nivele de organizare
Structura primar Structura secundar Structura teriar Structura cuaternar

Legatura peptidica
Legtura peptidic este legtura format in urma reactiei de condensare ntre gruparea carboxilic (-COOH) de la C1 a unui aminoacid i gruparea aminic (-NH2) de la C2 a altui aminoacid, cu eliminarea unei molecule de ap.
H H2N C COOH R 2 -H2O H H H2N C COOH H2N C R 2 R1 CO NH H C R 2 COOH

Gruparea -CO-NH-, caracteristic legturii peptidice, alternnd cu grupri metinice formeaz "coloana vertebral (din engl. backbone) a catenei polipeptidice.

Reprezentarea grafica a legaturii peptidice

Reprezentare grafic se poate realiza printr-o linie n zig zag, atunci cnd configuraia ei este determinat numai de unghiurile de valen ale atomilor de carbon. De acest schelet se fixeaz la nivelul carbonilor metinici resturile R caracteristice aminoacizilor constitueni, orientate alternativ de-o parte i de alta a lanului. Perioada de identitate este de 0,723 nm, ntre carbonul al unui aminoacid i carbonul a celui de al treilea aminoacid

0.723 nm

Formarea i geometria legturii peptidice

Mezomeria lactam-lactimic se datoreaza oscilarii dublei legturi dintre atomul de carbon i oxigen, la atomul de carbon i azot, datorit transportului alternativ al unui electron ntre NH i CO. Rolul mezomeriei lactam-lactimica: determina structura peptidelor i proteinelor.

H N C O

N + C
O

Dispunerea in plan a atomilor legaturii peptidice

Atomii legturii peptidice sunt ntr-un plan, ceea ce confer rigiditate legaturii amidice (peptidice). Aceasta orientare a legaturii peptidice are importan pentru conformaia spaial a catenei polipeptidice.

Legatura peptidica

Legtura peptidic poate s existe n dou forme: "cis" i "trans". Forma "cis" este foarte rar ntlnit n structura proteinelor. Forma "trans" este mai stabil din punct de vedere energetic, deoarece este mai srac n energie - aproximativ 2 kcal/mol (respectiv 8,36 kJ/mol).

Flexibilitatea atomilor legaturii peptidice

Catena polipeptidic are flexibilitate numai la nivelul legturilor ce implic participarea carbonilor metinici, capabile s execute astfel de rotiri. Astfel, se pot efectua rotiri la nivelul legturilor dintre C2 (C) i CO (notat Psi () ), precum i dintre C2 i NH (notata cu Phi () ). Psi ()

Phi ()

Rigiditatea legaturii peptidice

Diagrama Ramachandran
Conform acestei diagrame (contine 4 cadrane), atomii nelegati chimic din structura aminoacizilor adiacenti se pot apropia intre ei pana la o distanta maxima egala cu suma razelor van der Waals. Pentru un numar mare de proteine se calculeaza diagrama Ramachandran care arata in 3 cadrane combinatiile posibile ale celor doua unghiuri Psi () ), si Phi () ). Pentru fiecare aminoacid se obtin zone de maxima densitate notate cu , si L.

Aminoacizi si Proteine
Aminoacizi
Structura, clasificare proprietati fizico-chimice

Legatura peptidica Alte tipuri de legaturi chimice din moleculele proteice Proteine- nivele de organizare
Structura primar Structura secundar Structura teriar Structura cuaternar

Alte tipuri de legaturi chimice din moleculele proteice

Puntea de hidrogen

- Puntea de hidrogen (numit i legtura de hidrogen) se poate realiza

n situaia n care un atom de hidrogen este amplasat ntre doi atomi, ambii electronegativi. De exemplu, in catena polipeptidic, potenialul de donare de hidrogen este reprezentat de gruprile NH, iar cel de acceptare de ctre gruprile C=O ale aceleiai catene, sau a unor catene nvecinate. Cu alte cuvinte, puntea de hidrogen ar reprezenta o aciune de schimb dintre atomul de azot i cel de oxigen, a hidrogenului aparinnd gruprilor NH i CO.
Donor de Hidrogen Acceptor de Hidrogen

Puntea de H este mai slab dect o legtur covalent, avnd doar 1/10 din energia de legare; energia (entalpia de formare) unei legturi de hidrogen este 2,39 kcal/mol (10 kJ/mol). Distana dintre atomul de azot i cel de oxigen nu trebuie s depeasc 0.28 nm, pentru ca ntre cei doi atomi s se poat stabili o legtur de hidrogen.

Alte legaturi din moleculele proteice

Puntea disulfuric se formeaz ntre dou grupri sulfhidrice aparinnd la dou resturi de cistein, prin dehidrogenare. Aceast legtur covalent foarte puternic, avnd energia de legare de 50-100 kcal/mol (respectiv 208-418 kJ/mol), este rezistent la hidroliza proteinei.

cisteina

cistina

cisteina

Alte legaturi din moleculele proteice

- Legtura ionic se realizeaza ntre o grupare -COOH liber a unui aminoacid dicarboxilic dintr-o caten polipeptidic i o grupare -NH2 liber a unui aminoacid diaminic din aceeai caten sau dintr-o caten nvecinat. Formarea i meninerea legturilor ionice depind de pH-ul mediului. Energia de atracie dintre cele dou grupri ncrcate cu sarcini de semn opus (NH3+ i COO-), realiznd o aa-zis punte salin, poate ajunge la cel mult -10 kcal/mol (respectiv -42 kJ/mol), la o distan a sarcinilor egal cu 0,3 nm. Aceast energie este de zece ori mai mare dect cea a forelor van der Waals. - Legtura eteric se realizeaz prin eliminarea unei molecule de ap dintre dou grupri alcoolice aparinnd unor aminoacizi ca serina din catena polipeptidic.

Alte legaturi din moleculele proteice

Forele van der Waals. ntre resturile aminoacizilor din catena polipeptidic se pot stabili legturi apolare prin fore van der Waals. Aceste fore sunt de natura unor atracii electrostatice i sunt invers proporionale cu puterea a 6-a a distanei dintre atomi. Ele acioneaz numai la distane foarte mici. Efect al forelor van der Waals sunt aa numitele "fore hidrofobe" cu care catenele laterale ale aminoacizilor din lanurile peptidice se atrag reciproc, orientndu-se adesea spre interiorul macromoleculei proteice i mpiedic ptrunderea apei n anumite spaii ale edificiului proteic. Forele hidrofobe influeneaz puternic structura spaial a moleculelor proteice n soluii apoase.

Peptide
Doi sau mai multi aminoacizi legati intre ei prin legaturi peptidice formeaza un peptid cu eliminarea de apa. Asocierea a aminoacizilor prin legaturi peptidice: tripeptid, tetrapeptid, pentapeptid etc. Structurile formate din putini aminoacizi legate prin legaturi peptidice= oligopeptide (<50). Polipeptide: 50 si 2000 aminoacizi. In general cand polipeptidele au greutati moleculare mai mari de 10 kDa se numesc proteine.

Extremitate N-terminala

Extremitate C-terminala

Daltonul
Daltonul (Da) este o unitate de mas, apropiat cu cea a atomului de hidrogen (mai precis, este egal cu 1,0 pe scala maselor atomice). A fost numit dup John Dalton (1766-1844), care a dezvoltat teoria atomic a materiei. Un kilodalton (1 kDa) este egal cu 1.000 daltoni. Noiunea de dalton este utilizat n biochimie pentru a exprima masa molecular a macromoleculelor (proteine, acizi nucleici). Masa moleculara medie a unui aminoacid este de aprox. 110 Da.

Aminoacizi si Proteine
Aminoacizi
Structura, clasificare, proprietati fizico-chimice

Legatura peptidica Alte tipuri de legaturi chimice din moleculele proteice Proteine- nivele de organizare
Structura primar Structura secundar Structura teriar Structura cuaternar

Structura proteinelor
Proteinele prezint patru nivele de organizare: 1) structura primar 2) structura secundar; 3) structura teriar; 4) structura cuaternar.
Structura primar Structura secundara Structura tertiara Structura cuaternara

Aminoacizi legati prin legaturi peptidice

Catena polipeptidica

Subunitatile proteice asamblate

Nivele de organizare structurala ale proteinelor

Elementele structurii secundare se combina si formeaza structura tertiara Structura cuaternara este caracteristica complexelor enzimatice. Multe proteine sunt active in stare de homodimeri, homo/ heterotetrameri, etc
Structuri

Structura proteica primara= Succesiunea aminoacizilor din structura proteinei aminoacizi

helix Structura proteica secundara determinata de legaturi de H intre aminoacizi ai lantului polipeptidic

Structuri Structura proteica tertiara cand au loc diferite interactiuni (legaturi) intre elementele structurii secundare

helix

Structura cuaternara care este prezenta cand proteina contine mai multe catene polipeptidice

Aminoacizi si Proteine
Aminoacizi
Structura, clasificare proprietati fizico-chimice

Legatura peptidica Alte tipuri de legaturi chimice din moleculele proteice Proteine- nivele de organizare
Structura primar Structura secundar Structura teriar Structura cuaternar

Structura primar a proteinelor

Structura primar este definit ca fiind succesiunea (secvena) aminoacizilor n lanul polipeptidic. Aceast structur va determina n mod esenial celelalte planuri de organizare a macromoleculei proteice. Prima secven cunoscut a fost cea a insulinei, un polipeptid alctuit din 51 aminoacizi; a fost realizat de Sanger n 1953. Lanul polipeptidic, niruire de aminoacizi legai ntre ei prin legtur peptidic, are la o extremitate o grupare -NH2 liber (extremitatea amino-terminal sau Nterminal), iar la extremitatea cealalt o grupare -COOH liber (extremitatea carboxi-terminal sau C-terminal). Resturile R libere ale aminoacizilor din lanul polipeptidic pot detine grupari functionale care contribuie n ansamblu att la stabilirea structurii proteice, ct i la realizarea interaciunilor specifice dintre proteine sau dintre proteine i ali compui organici (acizi nucleici, substratul enzimatic, etc).

Denumirea unui lant oligo/polipeptidic

Prin convenie, ordinea de prezentare a secvenei ncepe ntotdeauna cu aminoacidul care are gruparea aminic liber (care devine astfel aminoacidul nr.1) i se termin cu acela care are gruparea carboxilic liber (care devine aminoacidul n). Altfel spus, prezentarea unei secvene ncepe cu extremitatea N-terminal. Denumirea unui polipeptid se face enumernd radicalii aminoacizilor n ordinea secvenei, ncepnd cu cel de la extremitatea Nterminal; n aceast enumerare vor avea sufixul "-il" toi aminoacizii a cror carboxil este legat peptidic, cu excepia aminoacidului Cterminal care i va pstra terminaia neschimbat.

Siclemia sau anemia falciforma (anemia cu hematii in forma de secera)

Activitatea biologic a proteinelor depinde de particularitile lor structurale. Modificarea secvenei, nlocuirea, pierderea (deleia) sau introducerea (inseria) unor aminoacizi poate duce la modificarea activitii biologice.

Bettelheim & March (1990) Introduction to Organic & Biochemistry (International Edition) Philadelphia: Saunders College Publishing, p301

Aminoacizi si Proteine
Aminoacizi
Structura, clasificare proprietati fizico-chimice

Legatura peptidica Alte tipuri de legaturi chimice din moleculele proteice Proteine- nivele de organizare
Structura primar Structura secundar Structura teriar Structura cuaternar

Structura secundar a proteinelor

Structura secundar este definit de poziiile spaiale pe care le au resturile R ale aminoacizilor, unul fa de altul, de-a lungul aceleiai catene polipeptidice. Poate un lant polipeptidic sa se plieze in mod regulat intr-o structura repetitiva? In 1951, Linus Pauling si Robert Corey- 2 structuri repetitive: helix si structura in foaie pliata. Ulterior, s-au evidentiat alte structuri nerepetitive: structuri in agrafa de par (engl. "-turn" sau "hairpin turn"), bucle (engl. loop), regiuni de intoarcere (engl. turn). Toate aceste structuri repetitive si nerepetitive contribuie la formarea nivelului de organizare secundar al proteinei.

Structura -spiral (-helix)

Structura -helicoidal se ntlnete att la proteinele fibrilare, ct i la cele globulare. Este cea mai raspandita structura secundara prezenta in organizarea proteinelor. De exemplu, in cazul feritinei (proteina cu rol in depozitarea fierului) aprox. 75% din structura este de tip -helix. Are forma unui tirbuson care se rasuceste spre dreapta. Este formata din 4-40 aminoacizi.

resturi

Proprietatile -helixului
Catena polipeptidic este nfurat pe o spiral. Fiecare spir conine 3,6 aminoacizi, iar distana dintre spire (perioada mic de identitate) este de 0.54 nm, unui aminoacid revenindu-i 0.15 nm n pasul helixului. Gruparea CO a fiecarui aminoacid formeaza punti de hidrogen cu hidrogenul gruprii NH a celui de al 4-lea aminoacid, care urmeaza in structura lantului dupa aminoacidul cu gruparea CO. Gruparea CO a unui aminoacid va forma punti de H la o deprtare de 0,28 nm, distan ce asigur realizarea unei puni de hidrogen. Energia legturilor de hidrogen intracatenare asigur o deosebit stabilitate structurii helicoidale a catenei polipeptidice.

Stabilitatea -helixului
Stabilitatea helixului poate fi influentata de compozitia structurii primare a proteinei. Anumiti aminoacizi favorizeaza structura spiralata: Ala, Glu, Leu, Met. Alti aminoacizi intrerup structura helicala: Pro, Gly, Tyr, Ser. Stabilitatea helixului este mult micorat n stare dizolvat a proteinei. Acidul poliglutamic, de natur sintetic, are nfiare helix n mediul acid, n timp ce n mediul bazic, datorit ionizrii gruprilor carboxilice laterale, respingerea lor electrostatic rupe legturile de hidrogen i molecula capt o nfurare ntmpltoare (din engl. "random coil").

Structura n foaie pliat (structura )

Structura n foaie pliat (structura ) este asigurat tot prin puni de hidrogen realizate ntre mai multe regiuni dintr-o catena polipeptidica avand orientare paralel sau antiparalel. Distana ntre 2 aminoacizi adiacenti este de 0.35 nm. n esen, modelul poate fi reprezentat ca o foaie de hrtie pe care s-au desenat catene polipeptidice paralele i apoi pliat alternativ n sus i n jos, n dreptul carbonilor alfa. Catenele laterale R ale aminoacizilor sunt aezate alternativ, de-o parte i de alta a foii pliate, perpendicular pe crestele cutelor.

Proprietatile structurii n foaie pliat

Un lant al unei structuri pliate este format din 5-10 sau mai multi aminoacizi. Structurile secundare pot fi formate din lanturi orientate paralel sau antiparalel (A) sau mixt (B). Lanturile in structurile pot avea o orientare plata (B) sau rasucita (C).
CO HN HCR OC NH RCH CO HN HN CO HN OC HCR RCH CO HN HN CO RCH NH HN HCR OC NH RCH CO HN OC NH RCH CO HN CO HN HCR OC NH RCH CO CO HN HCR OC NH CO HN HCR CO

ANTIPARALEL
(A)

PARALEL

Structuri nerepetitive
Pentru conectarea catenelor antiparalele aparinnd unei structuri n foaie pliat, n punctele de cotitur exist aa-numitele "structuri n agraf de pr" (engl. "-turn" sau "hairpin turn"). n acest caz, gruparea -CO a restului n a polipeptidului stabilete o punte de hidrogen cu grupare -NH a restului n+3 din aceeai caten. Astfel, catena polipeptidic poate realiza inversarea direciei.

Pentru conectarea helixurilor apar regiuni nerepetitive numite bucle (din engl. loop) formate din ~12 aminoacizi sau portiuni de intoarcere (din engl. turn) formate din 2-5 aminoacizi. Cand conecteaza un helix de o foaie pliata, buclele pot fi mai lungi (formate din 2-100 aminoacizi).

Aminoacizi si Proteine
Aminoacizi
Structura, clasificare proprietati fizico-chimice

Legatura peptidica Alte tipuri de legaturi chimice din moleculele proteice Proteine- nivele de organizare
Structura primar Structura secundar Structura teriar Structura cuaternar

Structura teriar a proteinelor

Structura teriar se refer la atitudinea spaial pe care o au, una fa de alta, diferitele regiuni ale aceleiai catene polipeptidice. Aceast structur variaz foarte mult de la o protein la alta. Cristalografia cu raze X sau rezonanta magnetica nucleara au pus in evidenta structura tridimensionala a mii de proteine.

Mioglobina- exemplu de organizare tridimensionala

1958, John Kendrew 1962 -Premiul Nobel in chimie- John Kendrew si Max Perutz pentru caracterizarea structurii 3D a unor globuline (hemoglobina).

Mioglobina const n mare msur din structuri -helix. Grupul hem specific este reprezentat n negru iar atomul de fier printr-o sfer.
Resturi de aminoacizi hidrofili la exterior si resturi de aminoacizi hidrofobi la interior

Porina - exemplu de organizare tridimensionala

Canal hidrofilic la interior

Exterior preponderent hidrofob

Resturi de aminoacizi hidrofili la interior si resturi de aminoacizi hidrofobi la exterior

Factorii de care depinde structura teriar

1) structura primar a proteinei; 2) prezena gruprilor -SH ale cisteinei; 3) natura resturilor aminoacizilor din catena polipeptidic.

1) Structura primar a proteinei

- Prezena prolinei, aminoacid care nu conine o grupare aminic liber, va altera structura unui -helix, prin ntreruperea structurii regulate i modificarea orientrii spaiale a restului catenei.

2) Prezena gruprilor -SH ale cisteinei

- ntre gruprile -SH aparinnd la dou resturi de cistein situate n zone diferite ale catenei se pot stabili puni disulfurice (-S-S-), ce oblig catena polipeptidic s se plieze i s adopte o anumit conformaie spaial. Rolul determinant al structurii teriare a fost prima dat demonstrat pe ribonucleaza pancreatic bovin, enzim ce are n stare nativ 4 puni disulfurice intracatenare.

3) Natura resturilor aminoacizilor din catena polipeptidic

- Resturile R hidrofile ale unor
aminoacizi ca: Ser, Thr, Tyr, Asn, Gln, Asp, Glu, Lys, Arg i His, se orienteaz spre exterior, pentru a lega moleculele de ap, n timp ce resturile R hidrofobe ale aminoacizilor Gly, Ala, Val Leu, Ile, Phe, Cys, Met i Trp, se vor orienta spre interior, oblignd catena polipeptidic s adopte o conformaie de ghem. Structura teriar a proteinei tinde spre aranjamentul spaial cel mai favorabil din punct de vedere energetic (conformaia de minim energie)=aranjamentul spatial cel mai stabil.
Regiune hidrofoba

Bettelheim & March (1990) Introduction to Organic & Biochemistry (International Edition) Philadelphia: Saunders College Publishing, p302

Structuri suprasecundare si domenii

Asigura edificarea structurii tertiare Structuri suprasecundare =motiv Motive= O substructur regulat, cu proprieti distincte, specifice, ce apare n diferite domenii; o combinaie simpl, specific, de structuri secundare. Domeniile= motive cu identitate structurala si functionala din structura proteinelor. Domeniile pot avea o functionalitate distincta in cadrul catenei polipeptidice (pot functiona ca o unitate proteica distincta). Un domeniu poate conine ntre 30 i 400 de aminoacizi. In unele cazuri, domeniile si motivele se suprapun (nu exista inca in literatura de specialitate o distinctie clara intre domenii si motive).

Clasificarea structural a proteinelor

Baza de date: The Structural Classification of Proteins (SCOP) (http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop) - pe baza structurilor suprasecundare si a motivelor -4 clase de proteine
Clasa - helix all Foi pliate all Caracteristici Structuri secundare exclusiv sau aproape numai - helix Structuri secundare exclusiv sau aproape numai Foi pliate - helixuri si foi pliate separat distribuite in molecula Exemple Albumina serica (om), feritina, mioglobina Colagenaza-3 (om) UDP N-acetilglucosamin aciltransferaza (Escherichia coli) Triozfosfat izomeraza (muschi- puiul de gaina), Proteine fluorescente: green fluorescent protein GFP meduza (Aequorea victoria) Ribonucleaza A (pancreasul bovin)

Helixuri si foi asamblate in unitati

Motive
Clasificare:
simple: formate din mai multe structuri sunt de tipul: , , . complexe: formate din succesiuni numai de structuri (all ), din succesiuni numai de structuri (all ), din structuri +, /

Motive simple
Motivul sau helix-bucla-helix Este alcatuit din doua helixuri unite printr-o portiune nehelicala. Exemple: in structura proteinelor care interactioneaza cu ADN-ul, a proteinelor care leaga ionii de calciu: parvalbumina din muschi, calmodulina, troponina C.

Exemplu de motiv helix-bucla-helix: Motivul mana EF (din engl. EF Hand)

Este format din helixuri aproape perpendiculare (fomate fiecare din cate 10-12 aminoacizi) unite printr-o bucla fomata din 12 aminoacizi.

Exemplu de motiv helix-bucla-helix: Motivul mana EF (din engl. EF Hand)

Este prezent la proteinele care leaga Ca2+ La nivelul unui astfel de motiv se gaseste un singur situs de legare a Ca2+ . Ionii de Ca se leaga de bucla de obicei prin intermediul a doua grupari carboxil provenite de la un rest de acid aspartic si respectiv acid glutamic, de o grupare carbonil din regiunea de bucla si de o molecula de apa. Dupa anumiti autori motivul mana EF este considerat un domeniu functional.

Calmodulina cu rol in reglarea Ca-ului celular, modularea unor enzime si a unor proteine de transport

Motivul helix-intoarcere-helix (din engl. Helix Turn Helix)

Este alcatuit din 2 a helixuri si o portiune de intoarcere (din engl. turn) formata dintr-un lant scurt de aminoacizi Extremitatile C-terminale ale helixurilor interactioneaza cu ADN-ul la nivelul adanciturii mari a ADN-ului. Este specific proteinelor de legare a ADN (proteine reglatoare): represorul bacteriofagului , represorul triptofanului, proteina activata de catabolit (din engl. catabolite activator protein (CAP))

Motivul fermoarului de leucina (din engl. Leucine zipper)

Acest motiv este format din 2 helixuri cu portiuni amfipatice care prezinta aminoacizii hidrofobi dispusi la nivelul suprafetei de contact dintre helixuri. In aceasta zona, cele doua regiuni polipeptidice formeaza o regiune de dimer. La nivelul suprafetei hidrofobe fiecare al 7-lea rest de aminoacid este leucina. Initial s-a crezut ca resturile de leucina din fiecare helix se intercaleaza cu resturile de leucina din cel de-al doilea helix formand un fermoar de leucina la nivelul suprafetei hidrofobe. Ulterior s-a constatat ca resturile de leucina se dispun unul dupa altul in urma rasucirii celor doua helixuri unul in jurul celuilalt. Sunt caracteristice proteinelor reglatoare ale ADN-ului (factori de transcriere). Motivul leucine zipper este prezent atat la proteine eucariote cat si cele procariote.

Motivul sau agrafa sau cotul

Este constituit din doua structuri de tip legate printr-o intoarcere formata din 2-5 aminoacizi.

O varianta a acestui motiv este motivul cheie greceasca. Este intalnit la nucleaza de la genul Staphylococus, in structura plastocianinei (o proteina din lantul transportor de electroni de la organismele fotosintetizante), in structura anticorpilor.

Motivul cheie greceasca

Denumirea provine de la motivele decorative folosite in Grecia antica in constructii si imbracaminte.

Motivul butoiul
Motivul butoiul (din engl. barrel) este format din foi torsionate ca si doagele unui butoi formand o structura cilindrica. Sunt caracteristice proteinelor membranare in care 20 sau mai multe regiuni transmembranare formeaza foi organizate intr-un cilindru. Regiunile de aminoacizi hidrofobe ale foilor interactioneaza cu regiunile hidrofobe ale lipidelor membranare. Exemplu: porinele prezente in membrana externa a bacteriilor Gram negative si care permit trecerea substantelor polare prin porul creat in membrana externa, hemolizinele de la Staphylococus aureus care penetreaza celulele animale.

Vedere de sus a motivului barrel

Motivele
Realizeaza jonctiunea intre doua foi paralele prin intermediul unui helix. Cel mai raspandit motiv este macrostructurade dreapta fiind prezent in toate proteinele care poseda foi paralele. Helixul este paralel cu foile si mascheaza regiunile cu aminoacizi hidrofobi ale acestora. Regiunile de bucla au lungimi diferite (2-100 aminoacizi). Bucla care leaga capatul C-terminal al foii de capatul N-terminal al helixului are de obicei functie de recunoastere.

Macrostructura de stanga
prezenta de exemplu la enzima proteolitica subtilizina de la Bacilus subtilis

Macrostructura de dreapta

Structuri derivate din motivul

Butoiul / (din engl. / barrel) este format dintr-o succesiune de structuri . Catenele au orientare paralela precum doagele unui butoi, helixurile de legatura fiind plasate spre exteriorul structurii tridimensionale. Intra in structura unor enzime (piruvat kinaza-enzima din calea de degradare a glucozei)

Domenii
Domeniile pot fi structurale si functionale.

Domenii structurale: domeniile constante si variabile din structura anticorpilor si care diferentiaza diferite clase de anticorpi. Domenii functionale: domeniile proteinelor de legare a ionilor de Ca, domeniile proteinelor de legare a ADN-ului.

Domenii structurale -exemple

IgY

IgG

IgE

Reprezentarea schematic comparativ a structurii IgY (anticorpi de pasare), IgG (anticorpi serici de mamifere) i IgE . VL i VH sunt domeniile variabile ale lanurilor uoare (L), respectiv grele (H); CL sunt domeniile constante ale lanurilor uoare (L) iar, CH1, CH2, CH3, CH4 sunt domeniile constante ale lanurilor grele (H). Domeniile anticorpilor sunt formate din foi pliate. Domeniile constante sunt formate din aceeasi secventa de aminoacizi pentru toti anticorpii apartinand aceleiasi clase de anticorpi. De exemplu, la mamifere exista 5 clase principale de anticorpi IgA, IgD, IgE, IgG si IgM . In clasa IgG exista mai multe subtipuri: IgG1, IgG2, IgG3, IgG4. Toti anticorpii apartinand clasei IgG au domenii constante de acelasi tip.

Domenii functionale-exemple
Domeniile functionale: domeniile proteinelor de legare a ionilor de Ca, domeniile proteinelor de legare a ADN-ului. Domeniul degetului de zinc(din engl. zinc finger). Proteinele pot contine unul sau mai multe degete de Zn. Fiecare motiv este format din 2 foi antiparalele urmate de un helix Un ion de Zn este legat prin 4 legaturi coordinative de doua resturi de histidina si doua de cisteina. Aceste domenii sunt prezente in structura factorilor de transcriere (Zif268) asigurand legarea de ADN. Aceste proteine interactioneaza cu ADN-ul la nivelul marii adancituri (depresiuni) astfel incat fiecare -helix din structura unui zinc finger sa se intinda in jurul moleculei de ADN.

Aminoacizi si Proteine
Aminoacizi
Structura, clasificare proprietati fizico-chimice

Legatura peptidica Alte tipuri de legaturi chimice din moleculele proteice Proteine- nivele de organizare
Structura primar Structura secundar Structura teriar Structura cuaternar

Structura cuaternara
Multe proteine, ca de exemplu enzimele, sunt alctuite din dou sau mai multe lanuri polipeptidice numite subuniti, legate ntre ele prin diferite legturi necovalente ca: puni de hidrogen, legturi ionice i fore van der Waals. Structura cuaternar descrie relaiile spaiale stabilite ntre diferitele catene polipeptidice ce intr n alctuirea unei proteine (are n vedere existena a cel puin dou catene polipeptidice independente ce intr n asamblarea unei proteine funcionale). Structura cuaternar prezint distribuia spaial a subunitilor i stabilete ansamblul interaciunilor i contactelor dintre subunitile unei proteine.

Rolul structurii cuaternare

Structura cuaternar are consecine asupra activitii biologice a proteinelor active. Subunitile ce alctuiesc proteina enzimatic se intercondiioneaz reciproc. Modificrile n conformaia spaial a uneia din subuniti, ca urmare a legrii unei molecule de substrat, coenzim, activator sau inhibitor, pot induce modificri conformaionale celorlalte subuniti ale proteinei. Asemenea interaciuni stau la baza fenomenului de alosterism.

Numarul de subunitati ale unei proteine n general, numrul de subuniti ale unei proteine este numr par: dimer tetramer hexamer octamer decamer dodecamer etc.

Exemplu de proteine cu numar impar de subunitati: Proteinele G

Exist ns i proteine cu numr impar de subuniti, ca de exemplu proteinele G membranare care sunt alctuite din trei subuniti (trimer). Proteinele G sunt heterotrimeri alctuii din trei subuniti diferite: , i . Subunitatea prezint un situs de legare pentru GDP/GTP. Proteina G inactiv este sub form de trimer: G -GDP-GG, n timp ce proteina G activ se gsete sub form de monomer legat de GTP: G-GTP. Procesul de activare/inactivare este reversibil.

Exemplu de proteina formata din catene polipeptidice diferite structural i funcional: Protein-kinaza A (PKA)
Protein-kinaza A (PKA) este format din patru subuniti: dou cu rol catalitic i dou cu rol reglator. Cnd acestea sunt asociate, proteina nu manifest activitate enzimatic, n timp ce disocierea lor, cu ndeprtarea subunitilor reglatoare, conduce la ctigarea activitii enzimatice a subunitilor catalitice.

Exemplu de complex enzimatic: complexul acid gras sintetazic

Pot fi asociate catene polipeptidice avnd mai multe tipuri de structuri i funcii. De exemplu: La procariote (Escherichia coli) si la plante, sintetaza acizilor grai este un complex enzimatic multifuncional format din ase enzime diferite i o protein de transport ,ACP (din engl. Acyl Carrier Protein).

Proprietile proteinelor
Proteinele sunt substane solide, incolore, stabile la temperatura camerei. La temperaturi mai mari de 50-60C, proteinele se denatureaz. Unele proteine pot fi obinute n stare cristalin, altele numai n stare amorf.

Solubilitatea proteinelor
Proteinele se deosebesc unele de altele prin gradul lor de solubilitate. Unele proteine sunt solubile n ap distilat, altele n soluii saline diluate, iar altele n soluii diluate de acizi sau baze; toate proteinele sunt ns insolubile n solveni organici. Exist i proteine insolubile n mod normal, cum sunt cele fibrilare, care intr n structura esuturilor de susinere sau de protecie a organismului (unghii, copite, cioc, coarne etc.). Moleculele proteice pot fixa mari cantiti de ap (pn la 0,3 g/g) prezentnd caracter de coloizi hidrofili reversibili. Unele proteine cu structur fibrilar, cum este gelatina, se mbib puternic cu apa formnd geluri. Imbibiia este influenat de ionii anorganici absorbii. Gradul de mbibare i de stabilitate a proteinei este minim la punctul izoelectric, unde proteinele precipit foarte uor.

Punctul izoelectric al proteinelor

Majoritatea proteinelor sunt electrolii amfoteri, avnd att proprieti ale bazelor, ct i ale acizilor. n fiecare protein exist numeroase grupri aminice (-NH2) i carboxilice (-COOH) libere, aparinnd aminoacizilor diaminomono-carboxilici, respectiv monoaminodicarboxilici. n cursul titrrii unei proteine apare o valoare de pH la care ncrcarea aparent este zero; acest pH se numete punct izoelectric (pI) i se evideniaz experimental prin lipsa migrrii n cmpul electric. La punctul izoelectric, sarcina net a moleculei proteice este nul, iar solubilitatea proteinei este minim. Din cauza numrului mare de sarcini purtate, proteinele sunt polielectrolii. La trecerea unui curent electric, ionii se vor deplasa spre polul de semn contrar, fenomen numit electroforez. Combinarea electroforezei cu precipitarea la punctul izoelectric ("isoelectric focussing") constituie o metod modern i extrem de sensibil pentru separarea i izolarea diverselor proteine din amestecuri.

Denaturarea proteinelor
=pierderea proprietilor caracteristice strii native a unei proteine, sub aciunea unor ageni chimici, fizici i mecanici. Denaturarea presupune dezorganizarea structurii spaiale (cuaternare, teriare i secundare) a moleculei proteice, datorit ruperii legturilor necovalente inter- i intracatenare, a deplierii lanului polipeptidic i, n unele cazuri, a scindrii legturilor disulfurice. Denaturarea se poate manifesta prin: pierderea activitii biologice, creterea reactivitii unor grupri chimice din molecul, micorarea solubilitii, precipitare sau coagulare, schimbarea formei sau a dimensiunii moleculei, schimbarea activitii optice specifice. Dintre agenii denaturani menionm: ureea, clorura de guanidin, detergenii, alcoolii, modificrile drastice de pH, de trie ionic i de temperatur. Denaturare poate fi reversibil, proteina recptndu-i proprietile ei native cnd agentul denaturant a fost ndeprtat. Renaturarea este operaia invers denaturrii. Cnd ns denaturarea persist i dup ndeprtarea agentului denaturant, procesul este considerat ireversibil. n cazul denaturrii ireversibile are loc ruperea legturilor chimice propriu-zise (n special a legturilor disulfurice inter- i intracatenare).

Precipitarea proteinelor
Reprezint trecerea din stare dizolvat n stare solid (precipitat). Proteinele precipit la punctul izoelectric. Precipitrile pot fi reversibile sau ireversibile. Ionii anorganici n concentraie mare precipit proteinele prin spargerea sferei de hidratare care nconjoar i stabilizeaz molecula proteic dizolvat, pentru a se dizolva ei nii n apa extras. Fenomenul acesta se numete salifiere.
Sare (sulfat de amoniu)

Precipitarea proteinelor
Concentraia salin de precipitare variaz de la o protein la alta, ceea ce permite fracionarea proteinelor dintr-un amestec neomogen. Srurile de sulfat de amoniu, de sulfat de magneziu i sulfat de sodiu, precipit n mod reversibil proteinele, cu pstrarea activitaii biologice. Unele sruri pot produce precipitarea ireversibil a proteinelor, ca n cazul srurilor metalelor grele: acetatul de plumb, sulfatul de zinc, azotatul de argint, clorura mercuric etc. O clas de precipitani proteici des utilizai n laborator include acizi ( acidul tricloracetic, acidul percloric, acidul sulfosalicilic, acidul fosfotungstic (fosfowolframic), acidul picric) sau baze care pot desface puntile saline din structura lanturilor polipeptidice.

Funcia tampon a proteinelor

Proteinele, ca i aminoacizii, au capacitate tampon datorit existenei gruprilor aminice (slab acide) protonate i a gruprilor carboxilice (slab acide) disociate. Sistemele tampon realizate de proteine sunt foarte sensibile i eficiente; circa 75% din capacitatea de tamponare a plasmei sanguine este asigurat de hemoglobin. Proteinele au putere de tamponare la dou valori de pH, corespunztoare valorilor pK1 i pK2 corespunztoare gruprilor COOH i -NH2 libere, msurate pe scara de pH. Deoarece moleculele proteice pot cuprinde numeroase grupri carboxilice i aminice libere, avnd pK diferite, se poate uor deduce c proteinele au capacitate de tamponare n mai multe regiuni de pH, astfel nct, n orce domeniu de pH, adugarea unor cantiti apreciabile de acid sau baz determin variaii minime de pH ale soluiei proteice.

Clasificarea proteinelor
Dup structura chimic: 1. Holoproteine ("Proteine simple") 1.1. Scleroproteine ("Proteine fibrilare) 1.2. Sferoproteine ("Proteine globulare") 2. Heteroproteine ("Proteine conjugate")

Proteine simple (holoproteine)

Holoproteinele dau prin hidroliz numai -aminoacizi. n funcie de aspectul exterior, se mpart n: proteine fibrilare ("scleroproteine") proteine globulare ("sferoproteine").

Proteinele fibrilare
Sunt de origine animal, sunt insolubile n ap i au rezisten mare la aciunea enzimelor proteolitice. Datorit insolubilitii lor, nu li se poate determina cu precizie masa molecular. Au molecula alungit, filiform: dou sau trei catene polipeptidice (helix triplu) se rsucesc una n jurul celeilalte formnd o fibr lung. Se gsesc n firul de mtase, n pnza de paianjen, n firul de ln i cel de pr, n piele, coarne, esut conjunctiv i oase. Se subdivid n: colageni, elastine i cheratine.

Proteinele globulare
Lanurile polipeptidice au structura teriar ce le confer aspectul globular (de ghem). Cuprind proteine cu funcie biologic dinamic cum sunt enzimele, hormonii proteici, proteinele de transport. Sunt solubile n ap sau n soluii de sruri minerale, acizi, baze. Sunt de origine animal i vegetal. a) Albuminele Albuminele de origine animal : serumalbumina (n plasma sanguin), lactalbumina (n lapte), ovalbumina (n albuul de ou), miogenul (n esutul muscular). Albuminele vegetale : faseolina (n fasole), legumelina (n mazre), leucozina (n orez, gru, secar). b) Globulinele: Globulinele de origine animal: miozina (n muchi), globulinele serice, fibrinogenul (n plasma sanguin), ovoglobulina (din ou), lactoglobulina (din lapte). Globulinele vegetale menionm: legumina (n mazre i linte) i edestina (n seminele de cnep). c) Protaminele conin mari cantiti de aminoacizi bazici (pn la 80 %), aa cum sunt lizina, histidina i, n special, arginina. Din compoziia lor lipsesc complet aminoacizii cu sulf cum este cisteina. Au caracter bazic, sunt solubili n ap i n soluii diluate de acizi sau baze. Protaminele intr n compoziia celulelor germinale mature la animale. d) Histonele sunt proteine mai complexe dect protaminele. Sunt alctuite n cea mai mare parte din aminoacizi bazici, n special din arginin. Nu conin triptofan i nici aminoacizi cu sulf. Au punctul izoelectric n jurul valorii de pH 10. n celul, histonele sunt asociate cu ADN.

Proteine conjugate (heteroproteine)

Dau prin hidroliz, pe lng protein i o component neproteic, numit grupare prostetic. Au proprieti asemntoare proteinelor simple. n funcie de natura gruprii prostetice, heteroproteinele se pot clasifica n: metalo-, fosfo-, lipo-, nucleo-, glico-, cromoproteine. a) Metaloproteinele au ca grupare prostetic un metal fixat prin legturi complexe de molecula proteic simpl. Conin fier, cupru, zinc, mangan, cobalt, molibden, magneziu etc. Spre deosebire de unele cromoproteine ce conin metale n gruprile prostetice, n metaloproteine metalul este legat de resturile de aminoacizi din protein. Dintre metaloproteinele de natur animal, un interes deosebit l prezint cele care au rol de depozitare cum este feritina - pentru fier, de transport de metale cum sunt transferina (siderofilina) - pentru fier i ceruloplasmina - pentru cupru, precum i unele enzime ca ascorbatoxidaza (ce conine cupru) i anhidraza carbonic (ce conine zinc).

b) Fosfoproteinele au ca grupare prostetic acidul fosforic ce esterific permanent gruprile alcoolice ale serinei i treoninei unor proteine de constituie. Fosfoproteinele au caracter acid, sunt insolubile n ap i n acizi, dar sunt solubile n soluii bazice, n special n bicarbonat. Cele mai importante fosfoproteine de origine animal sunt: cazeina(din lapte), vitelina i fosfovitina din glbenuul de ou.

Proteine conjugate (heteroproteine)

c) Lipoproteinele pot fi clasificate pe baza densitii lor sau pe baza mobilitii lor electroforetice. Densitatea particulelor lipoproteice este determinat prin centrifugare n soluie de NaCl cu densitatea 1,063. Lipoproteinele au densitate mic i o constant de flotaie proprie (constanta de flotaie definindu-se ca fiind inversul constantei de sedimentare). Se pot distinge cinci fraciuni: 1) lipoproteine cu densitate ridicat (HDL - high-density lipoproteins); 2) lipoproteine cu densitate sczut (LDL - low-density lipoproteins); 3) lipoproteine cu densitate intermediar (IDL - intermediate-density lipoproteins); 4) lipoproteine cu densitate foarte sczut (VLDH - very low-density lipoproteins); 5) Chilomicroni.

Exemplu de lipoproteine-chilomicroni
Trigiceridele, colesterolul impreuna cu lipoproteine (ApoA, B, C, E) sunt impachetate in chilomicroni care le transporta in sistemul limfatic si apoi in sange.

Rolul chilomicronilor
Membrana celulei mucoasei intestinale Celula epiteliala intestinala

Trigliceride
lipaze

Alte lipide, proteine chilomicroni Sistemul limfatic

Acizi grasi Trigliceride

Monogliceride

micelii

Proteine conjugate (heteroproteine) - d)Glicoproteinele au ca grupare prostetic glucide. Au fost tratate in capitolul de Glucide (glicocalix, antigenele ABO).

Proteine conjugate (heteroproteine)

- f) Cromoproteinele au ca grupare prostetic substane colorate, uneori i un metal. Dup natura gruprii prostetice se clasific n: cromoproteine porfirinice i neporfirinice. Dup rolul lor biologic, se subdivid n: pigmeni cu funcie respiratorie i pigmeni fr funcie respiratorie. Cromoproteinele porfirinice sunt: hemoglobina, citocromii, citocromoxidaza, catalaza, peroxidaza, cloroplastinele (clorofile), ficocianinele (la algele albastre) i ficoeritrinele (la algele roii). Cromoproteinele neporfirinice sunt: hemeritrina (colorant sanguin la unele nevertebrate), hemocianinele (colorani sanguini avnd cupru din hemolimfa molutelor i crustaceelor), rodopsina (pigment vizual purpura retinian din celulele cu bastonae ale retinei), flavoproteinele (enzime oxidoreductoare), carotenproteinele.

Clasificarea functionala a proteinelor Ortologi si paralogi

Specia A Gena 1 Functia 1 Duplicatia genei datorita unei greseli in replicarea genomului speciei A Gena 1 Functia 1 Copie a genei 1 Functia 1 Mutatiile in gena 1 duce la aparitia genei 2 care codifica o protena, cu o functie noua, diferita de cea a genei care codifica proteina 2 In decursul evolutiei mutatiile genelor duc la aparitia de specii noi. Specia B Gena 1* Functia 1 Gena 1 si gena 1* sunt ortologi, proteinele pe care le codifica determina aceeasi functie la specii diferite. Ortologi (proteine sau gene): provin dintr-un strmo comun , fr duplicaie genic.

Gena 1
Functia 1

Gena 2
Functia 2

Proteinele codificate de gene rezultate in urma duplicarii determina functii diferite. Paralogi (proteine sau gene): provin dintr-un strmo comun n urma unei duplicaii genice.

Ortologi si paralogi

Exemplu de clasificare funcional

COGs Cluster Orthologous Groups

(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/old/palox.cgi?fun=all) Baza de date COGs clasific proteinele codificate de genomuri n 18 clase funcionale. Fiecare clas cuprinde un numar variabil de proteine, de la cteva zeci pn la cteva sute