Documente Academic
Documente Profesional
Documente Cultură
Curs Biochimie 1
Curs Biochimie 1
1950 James D. Watson, Francis Crick, Maurice Wilkins structura ADNului 1962 premiul Nobel pentru Medicin
1958 George Beadle, Edward Tatum rolul genelor premiul Nobel pentru Fiziologie i Medicin
BIOCHIMIA
6. Metabolismul oxidativ
7. Metabolismul glucidic 8. Metabolismul proteic 9. Metabolismul lipidic 10. Acizi nucleici 11. Metabolismul hormonal
Membrana celular
- membran semipermeabil - asigur schimburile cu exteriorul celulei - menine pH-ul celular - menine compoziia constant a mediului intern i potenialul electric
Membrana celular
Compoziie
- lipide fosfolipide, colesterol, glicolipide - proteine vehiculante transport aminoacizi, ioni, glucoz - canaliculare canale hidrofile pentru molecule mici - receptoare comunicarea ntre celule - enzimatice au proprieti catalitice - semnalizatoare markeri individuali
Reticulul endoplasmatic
Lizozomii
- formaiuni granulare sferice, 0,4-1 m - conin enzime: proteaze, nucleaze, fosfataze, glicozidaze, lipaze - enzime latente; pH 5 - sculee de sinucidere - lipsa congenital a unor enzime lizozomale acumularea substratului - boala von Gierke deficit de glucozo-6-fosfataz acumulare de glicogen - boala Gaucher deficit de glucocerebrozidaz - boala Tay-Sachs deficit de hexozaminidaz A (-N-acetil-hexozaminidaz) - deficit de glucozo-6-fosfat-dehidrogenaz susceptibilitate crescut a hematiilor fa de oxidani
Peroxizomii
Ribozomii
Mitocondriile
- 2 membrane lipidice - membrana extern enzime implicate n CATC, MAO - membrana intern sisteme de transport - matricea enzime pentru -oxidarea AG, CATC - criste oxizomi enzimele lanului respirator compui macroergici
termocentralele celulelor
Aparatul Golgi
Nucleul
- membran lipoproteic dubl - conine ADN, ARN, nucleotide, proteine (histone) - ADN ARNm proteine
- 45-75% din greutatea corporal - depinde de: - vrst - sex - adipozitate - tipul esutului - forme apa liber - apa structurat - apa legat - distribuie intracelular 55% - K+, PO43- extracelular 45% - Na+, Cl-
Structur molecular - tetraedru neregulat - ntre molecule exist legturi de hidrogen - este un dipol electric
- disociaz
H2O H+ + HO-
H+ HOK= H2O
Rol n organism
- structural n structura celulei, esuturilor - biochimic reactant, produs de reacie - solvent - mediu transportor - lubrifiant - termoreglator
Sisteme tampon
- menin pH-ul constant - compoziie - acid slab + baz conjugat - baz slab + acid conjugat
- ecuaia Henderson-Hasselbach
Sisteme tampon
- H2CO3 / HCO3- Na2HPO4 / NaH2PO4 - pretein / proteinat - hemoglobin / hemoglobinat - pH normal = 7,4
- microelemente
Sodiu
-142 mEq/L
- distribuia apei n organism i reglarea presiunii osmotice - realizarea echilibrului ionic
Potasiu
- 3,1- 5,1 mEq/L - funcia neuronilor - contractilitatea muscular - respiraia celular - activitatea cardiac
Calciu
- 4,5- 5,3 mEq/L - reduce excitabilitatea neuromuscular - regleaz secreia glandelor endocrine - coagularea sngelui - activeaz enzime - integritatea i permeabilitatea membranei celulare
Fosfor - 0,78-1,51 mmoli/L - 75% - hidroxiapatita din oase - 25% - combinaii organice fosfolipide, nucleotide, acizi nucleici, compui macroergici
Mangan
- cofactor enzomatic oxidoreductaze, transferaze, hidrolaze, liaze - structura SOD
Sulf - structura tioaminoacizilor, proteinelor - structura enzimelor citocrom c oxidaza - structura unor grupe funcionale enzimatice coenzima A
ENZIME
- enzime sau fermeni - proteine sintetizate n celule - catalizeaz reaciile biochimice biocatalizatori - avantaje fa de catalizatorii chimici - vitez mare de reacie - condiii blnde de reacie 37oC, p. atm., pH - specificitate de reacie - reglarea direct sau indirect a activitii
ENZIME
Structura enzimelor - proteine simple - heteroproteine partea proteic apoprotein (apoenzim) specificitate de substrat - partea neproteic cofactor aciunea catalitic - organic (coenzim), - anorganic (ioni metalici)
- nucleoproteine
Structura enzimelor - primar - succesiune de aa - secundar orientarea spaial leg. de H - teriar leg. disulfidice, ionice, de H, hidrofobe - cuaternar complexe tridimensionale; leg. necov, hidrofobe
Situsuri catalitice
ENZIME
Denumirea enzimelor - I - substrat + -az (ureaz, glucozidaz) - II natura procesului catalizat + -az (oxidaz, hidrolaz, transferaz) - III Comisia de Enzimologie a Uniunii Internaionale de Biochimie i Biologie Molecular (IUBMB) substrat + reacia + -az (glucozo-6-fosfat-dehidrogenaz) - cod EC xxxx
Denumirea enzimelor
- EC 1.1.1.1. alcool dehidrogenaza EC 1. oxido-reductaz EC 1.1. acioneaz asupra compuilor cu gr. CH-OH EC 1.1.1. NAD+ sau NADP+ este acceptorul de H EC 1.1.1.1. NAD+ este acceptorul de H
Denumirea enzimelor
- EC 2.1.1.1. nicotinamid-N-metil transferaza EC 2. transferaz EC 2.1. transfer un grup de 1 at. de C EC 2.1.1. transfer un grup metil EC 2.1.1.1. donorul este metionina
S-adenozil-L-metionina + nicotinamida
S-adenozil-L-homocisteina + 1-metil-nicotinamida
Localizarea enzimelor
- nespecific n toate esuturile - specific pepsina, tripsina, H. tiroidieni
- la nivel celular membran GGT - citoplasm glicoliz, sinteza de acizi grai - nucleu ADN-giraza, ADN-polimeraza - lizozomi enzime degradative - ribozomi sinteza de proteine - RE sinteza de glicogen, glicoproteine, CYP 450
Proenzime
- zimogeni - activare prin hidroliz limitat a unui peptid terminal - ndeprtarea unui oligopeptid din interiorul moleculei - metode de activare - chimic mediul acid pepsinogen
pepsin
proelastaza
tripsina
elastaza
vitamina K
anticoagulante cumarinice
protrombina
heparina
fibrina insolubila
plasminogen
+
urokinaza streptokinaza
Izoenzime
- au aceleai proprieti enzimatice, dar structur primar uor difereniat, proprieti cinetice i electroforetice diferite - sunt specifice enzimelor cu structur cuaternar - evideniate n acelai organism - numerotate n funcie de proprietile electroforetice 1 .... N
Sisteme multiemzimatice
- asociaii enzimatice n cadrul unei ci metabolice
Clasificarea enzimelor
- dup sistemul IUBMB 1. 2. 3. 4. 5. 6. Oxidoreductaze Transferaze Hidrolaze Liaze Izomeraze Ligaze
1. Oxido-reductaze
ox1 + red2 red1 + ox2
1. 1. Dehidrogenaze
- H de la grupe funcionale ( -CH2-OH, -CHO, -CH2-NH2), nucleotide (NADH, NADPH) la substrat n absena oxigenului - oxidare anaerob
AH2 + B A + BH2
CH3-CH2-OH + NAD+
ADH
CH3-CHO + NADH + H+
1. 2. Oxidaze
- H de la substrat la oxigen H2O sau H2O2 - oxidare aerob
AH2 + O2 A + H2O
AH2 + O2 A + H2O2
1. 3. Oxigenaze
- introduc atomi de oxigen n molecul
triptofan dioxigenaza
triptofan
1. 4. Hidroperoxidaze
- catalaza H2O2 + H2O2 2 H2O + O2 H2O2 + AH2 2 H2O + A - superoxid dismutaza (SOD)
. . O2 + O2 + 2 H+ SOD H2O2 + O2
2. Transferaze
A + BC AB + C
2. 1. Aminotransferaze
R1-CH-COOH R2-C-COOH + O NH2 R1-C-COOH R -CH-COOH + 2 O NH2
TGP
(ALT, ALAT)
2. 2. Kinaze
-glucoza + ATP hexokinaze I, II, III, IV glucozo-6-fosfat + ADP
2. 3. Glicoziltransferaze
hexozil transferaza
glu-UDP + -(glu)n-1-
glicogen + UDP
2. 4. Metiltransferaze
S-adenozil-metionina + dopamina COMT
3-metoxi-tiramina + S-adenozil-homocisteina
3. Hidrolaze
AB + H2O A-OH + BH
tripsina
-NH-CH-CO-NH-CH-CO- + H2O R1 R2 proteaza -NH-CH-COOH + H2N-CH-COR2 R1
trigliceride + H2O
lipaza
4. Liaze
- catalizeaz eliminarea din molecule CO2, H2O, NH3
4. 1. Decarboxilaze
piruvat CH3-C-COOH decarboxilaza O CH3-CHO + CO 2
acid glutamic
glutamat decarboxilaza
GABA + CO2
4. 2. Dehidraze
acid citric
citrat dehidraza
5. Izomeraze
- catalizeaz transformarea izomerilor optici sau structurali
5. 1. Epimeraze (racemaze)
L-serina serin racemaza D-serina
5. 2. Mutaze
fosfogluco mutaza
glu-6-fosfat
glu-1-fosfat
6. Ligaze (sintetaze)
- C-C; C-N; C-S; C-O
Etape - recunoaterea substratului, fixarea substratului - transformarea substratului - eliberarea produsului de reacie - refacerea enzimei
Centru activ (situs activ) preformat, dup activarea enzimei -COOH acid glutamic, acid aspartic, lizin -OH serin, tirozin
-SH cistein
-heterociclu histidin - aminoacizi adiaceni centrului catalitic
- centrul catalitic
Ex. acetilcolinesteraza - centru de recunoatere centru anionic COO- din acid aspartic - centru catalitic (esterazic) - OH din serin, rest histidin
H3C H3C N+-CH2-CH2- O-C- CH3 H3C O acetilcolina
Specificitatea enzimelor
- de reacie enzima catalizeaz un singur tip de reacie - lactat-dehidrogenaza, glucozo-6-fosfataza - excepie enzime piridoxalfosfat dependente (transaminare, decarboxilare, aldolizare)
glu-6-fosfat izomeraza fosfogluco mutaza glu-6-fosfat glucozo-6-fosfat dehidrogenaza glu-6-fosfataza acid 6-fosfogluconic glucoza + H3PO4 fru-6-fosfat glu-1-fosfat
- de substrat enzima acioneaz asupra unui substrat sau grupuri de substrate nrudite chimic - tipuri - absolut anhidraza carbonic, ureaza, catalaza - relativ alcool dehidrogenaza
ADH ADH ADH
- stereochimic enzima transform un singur tip de izomer sau determin formarea unui tip de izomer geometric sau optic - proteaze pentru L-aa - maltaza legturi -glicozidice - lactat dehidrogenaza acid L-lactic n acid piruvic
Cinetica enzimatic
(kcal/mol)
- enzimele reduc energia de activare
E
Creterea vitezei reaciei enzimatice - fixarea substratului optim pentru atacul enzimatic - adaptarea indus a structurii enzimatice - interaciunea gr. NH2 sau COOH din centrul catalitic cu substratul - fixarea covalent a unei poriuni de substrat
Exprimarea vitezei de reacie mol/s, mg/s, mol/min, mg/min Nr de turnover = nr. molec substrat transf de 1 molecul de enzim n 1 s UI = cantit de enzim care transform 1 mol substrat, la 25oC, pH optim Katal = cantit de enzim care transform 1 mol substrat n 1 s
- temperatura optim
- negativ afectarea structurii proteice a enzimei
Influena pH-ului - pH optim acid (pepsina, enzime lizozomale), neutru, bazic (tripsina, chimotripsina) -modificarea pH-ului - modificarea gradului de ionizare a grupelor funcionale - denaturarea structurii proteice
- ionizarea substratului
v = k [E] v = [P] / t
k [E] = [P] / t
[E] = [P] / k t
[E] ~ [P]
v1 = k1 [E] [S]
v2 = k2 [ES] v0 = k3 [ES] v1 = v2 + v0 k1 [E] [S] = [ES] (k2 + k3) k1 [E] [S] = k3 [ES] + k2 [ES]
KM =
KM
vo = vmax
[S] KM + [S]
[ES] =
v0 = k3 [ES]
vmax = k3 [ET]
ecuaia Michaelis-Menten
vo = vmax
[S] KM
vo ~ [S]
vo ~ vmax
[S] = KM
vo =
vmax 2
Ecuaia Lineweaver-Burk
E-CHO + AA1-NH2
E-CH2-NH2 CA1
E-CHO + AA2-NH2
-C
ED
-D
2.b. aleatoriu E + A EA
EAB
E + B EB
ECD
-C -D
ED EC
-D -C
E E
- condiii
reacii reversibile
R-O-PO3H2
fosfataza alcalin
R-OH + H3PO4
ES E+P EI
- ex. - ioni ai metalelor grele gr. SH - chelatarea cationilor din centrul activ
3. Inhibiia uncompetitiv
E + S ES
+I
ESI
4. Inhibiia ireversibil E + I EI
Utilizarea inhibitorilor n medicin i farmacie - medicamente - antivirale - aciclovir - antibiotice -lactamice peniciline, cefalosporine - anticanceroase - metotrexat - diuretice inhibitoare ale anhidrazei carbonice - antiinflamatoare COX1 (AAS), COX2 - antihipertensive IEC (captopril) - antidepresive IMAO (fenelzina) - antiglaucomatoase, miastenia grav anticolinesterazice - hipocolesterolemiante I-HMG-CoA-reductaza (simvastatin) - antidot - alcool
Legare covalent
- activitatea enzimei este controlat prin fixarea sau ndeprtarea unor grupe de atomi - ex. - fosforilare defosforilare
+ ATP - ADP
kinaza
E-OH
+ H2O fosfataza -H3PO4
E-O-PO3H2
- metilare demetilare - acetilare deacetilare - adenilare deadenilare - proteoliz parial tripsinogen tripsin
Enzime alosterice
- interaciune necovalent cu liganzi n centri diferii de centrul activ - catalizeaz reacii dintr-o cale metabolic - conin 2 centri activator, inhibitor - nu respect ecuaia Michaelis-Menten - interaciunile cu liganzii - homotrope - heterotrope 2 tipuri K KM se modific, vmax constant - V - KM constant, vmax se modific
b. secvenial
- hialuronidaza
- asparaginaza - enzime proteolitice tripsina, chimotripsina
3. Indicatori paraclinici
- AST, ALT - cresc n infecii virale hepatice, ALT persist mai mult - infarct miocardic crete AST - distrofie muscular crete AST - CPK (CK) - crete copii, afeciuni musculare, hipertermia malign - CK2 i CK3 crescute - afeciuni miocardice, transplant - CK1 crescut - leziuni cerebrale, neurochirurgie - fosfataza alcalin - crete - obstrucia cilor biliare, afeciuni ale oaselor
Coenzime
- anorganice - ioni metalici - organice - nevitaminice - vitaminice 1. Coenzime anorganice - ioni metalici - stabilizeaz structura, n centrul catalitic - tipuri de enzime - metaloenzime - metalul este fixat pe protein SOD,
anhidraza carbonic
- metaloporfirine citocromi - metaloflavine xantinoxidaza
hem B
hem A
hem C
- grupare prostetic citocromi a, c; catalaz, peroxidaz - donori sau acceptori de eFe2+ -e+ eFe3+
Coenzima Q (ubiquinona)
O H3CO H3CO CH3 O (CH2-CH=C-CH2)10-H CH3
- descoperit n 1957 - surse - endogen - sintetizat n organism din tirozin i acetil-CoA - exogen alimente (macrou, hering, inim de porc) ( 14-32%) - localizare - membrana mitocondrial, RE, peroxizomi, lizozomi
OH H3CO CH3 R OH
H3CO
Acidul lipoic
(CH2)4-COOH + R-CHO SH FADH2 FAD SH CoA-S~CO-R (CH2)4-COOH SH (CH2)4-COOH S-CO-R + CoA-SH
- aciltransferaza, piruvat-dehidrogenaza
Tetrahidrobiopterina
fenilalanina O2 H2N HN N H N N H CH3 CH-CH-CH3 OH OH tirozina H2O N N O H N N
H2N
CH3 CH-CH-CH3 OH OH
O TH-biopterina
S-adenozil-metionina
NH2 N CH3 HOOC-CH-CH2-CH2-S-CH2 NH2 N
N N
OH OH
ATP
NH2 N N N N O- O- OCH2-O-P-O-P-O-P-OO O O O OH OH
Vitamine
- liposolubile A, D, E, K - hidrosolubile B1, B2, B3 (niacina), B5 (acid pantotenic), B6, B7 (biotina), B9 (acid folic), B12, C
Vitamina A
H3C CH3 CH2-OH
H3C
CH3
CHO
CH3 retinol
H3C
- derivat poliizoprenic - lichid uleios, insolubil n ap, solubil n solveni organici - UV fluorescen verzuie - 1917 - descoperit, 1947 - sintetizat
beta-caroten retinilesteri
oxidare + H2O
retinol
acizi grasi
retinilesteri
chilomicroni
+
contraceptive
H3C H3C CH3 H3C CH3 beta-caroten caroten-dioxigenaza H3C CH3 CHO CH3
- abs. 30-35%
H3C
CH3
CH3
Efecte biologice - necesar zilnic 1 mg retinol, 6 mg -caroten (sex, vrst, starea fiziol.) - retinol, acid retinoic creterea i diferenierea celulelor (RAR, RXR) - meninerea integritii epiteliului
- vedere
impuls nervos
lumina
- tulburri de absorbie
- tulburri de depozitare n ficat - creterea eliminrii renale - carena de proteine - expunerea la oxidani
Deficit de vitamina A simptomatologie 250.000-500.000 cazuri de orbire la copii - xerodermie - nictalopie - xeroftalmie - ulceraii ale corneei - retinita pigmentar - spoturi Bitot - anemie - reducerea rezistenei la infecii, HIV
Hipervitaminoza A - niveluri plasmatice = 10 x necesarul zilnic - intoxicaia acut dureri abdominale, greuri, vom, cefalee, ameeli, descuamarea pielii - intoxicaia cronic dureri osoase, articulare, cderea prului, uscciune i fisuri ale buzelor, anorexie, hipertensiune intracranian benign, hepatomegalie - exces de caroten colorarea tegumentelor n galben - risc de malformaii la derivaii de sintez