Proiectare Moleculară

Referat

Gongopol Angela,PFC an 1

Cerință: Să se compare stabilitatea carbocationilor primar,secundar și terțiar pentru butan

Introducere
Butanul este un compus organic din categoria alcanilor, o hidrocarbură saturată aciclică, cu o
catenă alcătuită din patru atomi de carbon legați prin legături simple. Se poate obține din
gazele de sondă, din gazul de cracare dar și din petrol. Se obține prin reacția de adiție a
hidrogenului la butene. Formula chimică structurală este CH3-CH2-CH2-CH3. Este un compus
gazos în condiții standard de temperatură și presiune, cu masa moleculară 58,12 ;având doi
izomeri cu formula chimică C4H10.

Unul liniar,denumit in mod standard n-butan, și unul ramificat denumit izobutanul sau
metilpropanul.Diferența de structură dă celor două molecule proprietăți distincte:
n-butanul se topește la -138,3°C și fierbe la -0,5°C, în timp ce izobutanul se topește la -145°C și
fierbe la -10,2°C

Butanul este incolor, inodor, narcotic, ușor lichefiabil ,foarte inflamabil și exploziv, având
temperatura de autoaprindere de 287°C.
Utilizările butanului:

• ca solvent;
• ca propulsor;
• în spectrometria optică, ca gaz instrumental;
• în absorbţia atomică pentru analiza elementelor ca gaz instrumental;
• pentru instrumentare în industria petrochimică;
• componentă de calibrare a amestecurilor de gaze pentru sisteme de monitorizare a
mediului şi în amestecurile de gaze pentru igienă industrială.

Carbocationii butanului
Fiind un alcan,butanul generează carbocationi: primar, secundar și terțiar. Având stabilități
diferite.

În molecula butanului, toți atomii de carbon sunt hibridizați sp3 . În cationul butanului, atomul
de carbon care prezintă o sarcină pozitivă este hibridizat sp2 .
Ordinea stabilității carbocationilor butanului:
Stabilitatea carbocationilor va fi comparată cu 2 programe de proiectare moleculară care
lucrează în sinergie,MacMolPlt și GAMESS.
MacMolPlt, program în care vom proiecta 3D molecula prin setări specifice : prima etapă fiind
deschiderea unei ferestre noi în care vom crea molecula, fereastră în care avem opțiunea
Builder , din care vom folosi Builder Tools pentru a roti molecula și Show Toolbar pentru
adăugarea atomilor doriți,urmând Add Hydrogens pentru a adăuga atomii de hidrogen la cei de
carbon. Pentru sarcini pozitive, se va șterge un atom de hidrogen de la carbonul dorit (primar,
secundar sau terțiar).
Optimizăm și salvăm molecula prin comanda -Subwindow și -Input Builder.

În fereastra Input Builder vom accesa următoarele comenzi :

• Basis : -Basis Set-Mini-6-311G ;

• Control : -Run Type-Energy-Optimization,
- SCF type – RHF (pentru radicali se selectează UHF),

-Molecule Charge – 1 (1 pentru cation,pentru moleculă neutră 0),

-Multiplicity – 0+1 (când nu avem radicali),
-Max # SCF Iterations – 200 (numărul de pași pentru următorul calcul ),bifăm -Use DFT.

• Data : -Tittle ; denumim molecula ;

• System : -Memory – 10 x 1077 words ;
• DFT : -DFT Functional -Slater Exchange-B3LYP:Becke+Slater+HF exchange and
LYP+VWN5 corrrelation ;
• MO Guess:-Initial Guess-Huckel ;
• SCF Options : -Direct SCF ;
• Stat.Point : -Max.number of steps 200 (numărul de pași pentru următorul calcul ) ;
• Salvarea fișierului se face prin comanda -Write File , fișier cu numele moleculei și cu
extensia .inp în folder-ul Programului GAMESS .
MacMolPlt este un program modern de grafică moleculară ce permite desenarea și proiectarea
3D a moleculelor,cu rotiri și translații în timp real.Cu ajutorul său se construiesc structuri 3D
realiste și se permit diferite modificări grafice la nivelul atomilor, grupărilor funcționale și chiar
unghiurilor diedre.Cel mai important aspect al acestui program este că generează fișiere de
intrare pentru GAMESS (.inp) și permite , după rularea calculelor,deschiderea fișierului de ieșire
(.log).
Calculul corecției de energie în corelarea electronilor se face în programul GAMESS prin
intermediul Command Prompt-ului ,scriind comanda rungms.bat, numele moleculei cu extensia
.inp, 00 (prin redenumirea aplicației gamess00.exe), 4 ( poate fi un numări mai mic sau mai
mare în funcție de câte procesoare folosim), 0, >, numele moleculei cu extensia .log și enter. În
folder-ul GAMESS va fi afișat fișierul de ieșire care se deschide cu MacMolPlt, unde găsim
energiile moleculei ( starea inițială cât și cea de energie joasă), rotirile și translațiile în timp real.

GAMESS calculează corecția de energie în corelarea electronilor și generează energiile inițială și

finală a moleculei,după o rearanjare a atomilor pentru a mări stabilitatea moleculei.Energiile
afișate sunt în Hartee, o constantă egală cu energia potențială electrică a atomului de hidrogen
în starea cea mai stabilă.Valoarea unui Hartree este de aproximativ

4.36 x 10 -18 joule (J),sau 27.2electronvolts (eV).

Caculul energiilor se va face notând energia cea mai mare ( energia carbonului cel mai puțin
stabil) cu 0 pentru simplificarea scrierii, restul energiilor se iau prin diferență.
Caculul energiilor
Carbocation primar:

Ei=-157.2855 Hartree ; Ef = -157.3785 Hartree ;

Ei= -98698.162 Kcal/mol Ef = -98756.520 Kcal/mol

Ef > Ei => la final molecula este mai stabilă (respingerile electronice sunt minime)
Ei = -157.1107 Hartree ; Ei = -98588.473 kcal/mol

Ef = -157.3785 Hartree ; Ef = -98756.520 kcal/mol

Carbocationul primar al izobutanului suferă transpoziția grupării metil pentru a deveni

carbocation secundar în vederea stabilizării moleculei (Ef > Ei)
Carbocation secundar:

Ei = -157.2755 Hartree ; Ei = -98691.887 kcal/mol

Ef = -157.3785 Hartree ; Ef = -98756.520 kcal/mol

Ef > Ei => la final molecula este mai stabilă (respingerile electronice sunt minime)
Carbocation terțiar:

Ei = -157.1068 Hartree ; Ei = -98586.026 kcal/mol

Ef = -157.4019 Hartree ; Ef = -98771.204 kcal/mol

Ef > Ei => la final molecula este mai stabilă (respingerile electronice sunt minime)
• Prin comparația energiilor inițiale reiese ordinea creșterii stabilității:
-Carbocationul terțiar ( 0 kcal/mol) – cel mai instabil

-Carbocationul primar al izobutanului (-37.014 kcal/mol)

-Carbocationul primar al n-butanului (-39.021 kcal/mol)
-Carbocationul secundar al n-butanului (-53.076 kcal/mol) – cel mai stabil
Bibliografie
1) https://en.wikipedia.org/wiki/Butane (accesat pe 17.11)
2) http://www.colby.edu/chemistry/PChem/Hartree.html (accesat 17.11)
3) https://brettbode.github.io/wxmacmolplt/ ( accesat 17.11)

4) https://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/GAMESS_Manual/input.pdf (accesat 17.11)