1

NOTIUNI DE TAXONOMIE SI BIODIVERSITATE MICROBIANA

TAXONOMIE MICROBIANA

Terminologie:
Taxonul - un grup de organisme, indiferent de nivelul ierarhic in sistem, pentru care se da un nume.
Taxonul natural - un grup de organisme ce exista ca rezultat al procesului evolutiv:
- specia – o filiatie, o colectie de organisme ce prezinta o istorie evolutiva unica si care sunt reunite prin
fortele coezive ale reproducerii
- grupul monofiletic(clada) – grup ce contine un ancestor si toti descendentii sai
Taxonul artificial - o unitate evolutiva incompleta/ nevalabila:
- grup parafiletic – un taxon ce include un ancestor dar nu si toti descendentii acestuia
- grupur polifiletic – membrii lor deriva din 2/n ancestori

Genomul – setul complet de gene intr-un organism.

Fenotipul – o trasatura vizibila prezentata de un organism si determinata de o caracteristica genetica. Este suma
manifestarilor datorate expresiei genice.
Proteomul – continutul proteic total dintr-o celula, codificat de catre genom.
Clona – set de celule similare genetic, derivate dintr-un ancestor comun, fara recombinare genetica.

Taxonomia este sistemul formal de organizare, clasificare si denumire a organismelor.

Termenii de taxonomie, sistematica si clasificare sunt folositi frecvent ca avand aceeasi semnficitie sau
cu acceptiuni diferite de la un autor la altul.

Sistematica – reprezinta studiul stiintific al diversitatii biologice (al diferitelor categorii de organisme,
al diversitatii lor fenotipice si genotipice) si al relatiilor dintre ele si al aprecierii dezvoltarii lor (istoria
evolutiva), ca si interactiile lor cu mediu actual. In sens larg, sistematica implica atat caracterizarea si aranjarea
ordonata a organismelor in grupuri distincte (denumite taxoni) si denumirea lor, cat si cauzele si originile
acestor aranjamente.
O clasificare ierarhica grupeaza speciile in categorii taxonomice largi: gen, familie, ordin, clasa, filum,
regn, domeniu. Fiecare nivel taxonomic este mai comprehensiv decat anteriorul.
Dupa Cowan (1965) sistematica biologica (biosistematica) este denumita taxonomie (gr. taxis =
aranjare, nomos = lege, regula), care are drept scop gruparea ordonata si clasificarea diferitelor specii de
microorganisme, plante si animale pe baza interrelatiilor lor naturale, urmarind, in acelasi timp, si stabilirea
unei nomenclaturi corecte.
Taxonomia insumeaza 3 domenii stiintifice de preocupare independente (Fig.1.) :
(1) Clasificarea − reprezinta aranjarea ordonata a organismelor in grupuri distincte (denumite taxoni) pe baza
unor caractere de asemanare/a relatiilor evolutive;
(2) Nomenclatura − atribuirea de nume (nomen) corecte taxonilor definiti si delimitati prin clasificare.
(3) Identificarea − pozitionarea prin comparatie a unui organism necunoscut intr-una din grupele definite de
clasificare si denumite de nomenclatura.

1. CLASIFICAREA
Taxonomia implica un sistem ierarhic de clasificare.

A. Sisteme de clasificare utilizate in taxonomia PK

In general, gruparea organismelor incearca sa exprime cel mai bine gradul de inrudire evolutiva. Pe
acest principiu se bazeaza clasificarile naturale (filogenetice) perfectionate dupa recunoasterea teoriei
filogenetice a evolutiei propusa de Darwin. Schemele evolutive ale organismelor sunt trasate sub forma unui
arbore genealogic, cu un trunchi reprezentand liniile ancestrale principale si ramificatii corespunzand grupelor
specializate de organisme.
Taxonomia bacteriana urmareste o clasificare conventionala (traditionala) bazata pe gruparea si
incadrarea bacteriilor in diviziunile sistematice in functie de asemanari si mai putin pe caracterele
necomparabile sau discordante. Spre deosebire de clasificarea ideala, obligatoriu unica, intrucat reflecta ierarhia
1
 2
filogenetica reala, clasificarile conventionale bazate pe asemanari pot fi numeroase, ca rezultat al selectiei
caracterelor definitorii alese, selectie adesea subiectiva si arbitrara.
In taxonomia bacteriana s-au abordat mai multe sisteme de clasificare conventionala, fiecare
propunandu-si a fi mai stabil si mai veridic decat anteriorul. Totusi, noile oportunitati oferite de analiza
moleculara nu implica imediat ca sarcina clasificarii va fi mai usoara sau ca rezultatele nu vor fi controversate.
Initial, microorganismele au fost reunite sub denumirea de ‚animalcule’ (Leeuwenhoeck, 1697) si
grupate apoi in grupul „Chaos” din cadrul sistemului de clasificare Linnean (Carl Linne, sec. XVII) bazat pe
gruparea speciilor intr-o ierarhie de categorii general descrescatoare: Regn (2 regnuri:Animalia si Plantae) -
Filum-Clasa-Ordin-Familie-Gen-Specie.
Otto Muller (1773 si 1786) - prima clasificare intr-un sistem ordonat cu 2 genuri: Monas si Vibrio.
Ulterior, pentru clasificarea bacteriilor au fost elaborate cateva sisteme care aveau ca unitate de baza
specia si erau alcatuite numai pe baza criteriilor morfologice, caracterelor de cultura si a unor proprietati
fiziologice sau exclusiv dupa proprietatile fiziologice ale speciilor.
Din 1920, s-a divizat o serie de clasificari bacteriene ‚naturale’, bazate in principal pe morfologie si
fiind in principiu similare:
1. Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology (Buchanan -1925)
2.Kluyver &van Neils (1936) - sistem original de clasificare ce pornea de la premiza ca dvp morfologic,
forma sferica a fost cea mai simpla si forma orginala. In acord cu teoria oceanului primitiv a lui Oparin (1938),
metabolismul bacterian a fost considerat ca fiind initial heterotrof. La aceasta se adauga si observatia ca
evolutia a condus spre forme complexe, catre cicluri de viata complexe, in directia „unicelularitate spre
pluricelularitate”.
Eubacteria cocoidala ancestrala postulata atfel s-a dezvoltat pe 4 linii:
- Fam Micrococaceae – forma celulara ramane sferica, dar are loc progresia de la celule izolate catre
tetrade si celule grupate in sarcine, culminand cu „stadiul de dezvoltare maxim: coci capabili sa formeze spori”;
- Fam. Pseudomonandaceae – „bacterii de forma bacilara cefalotriche, spiralate, curbate sau drepte, cu
precadere Gram-negative;
-Fam. Bacillaceae – „bacterii de forma bacilara peritriche’ formatoare/nu de spori, dar in principal
Gram-pozitive.
- Fam. Mycobacteriaceae a luat nastere dintr-o origine ce a condus via streptococi la bacili scurti Gram-
pozitivi din grupul bacteriilor lactice si corinebacteriilor din care au luat nastere mycobacteriile care, in
aparenta, sunt veriga de legatura cu actinomicetele simple.
Desi bacteriile fotosintetice (rosii si verzi) au fost incluse in diverse categorii ale acestei scheme,
caracterele morfologice au impus excluderea spirochetelor, myxobacteriilor si cianobacteriilor (algelor albastre-
verzi).
3.Stanier&van Niel (1941) completeaza si imbunatatesc aceasta schema prin utilizarea Regnului
Monera in care includ toate procariotele grupate in 2 diviziuni: Myxophyta (alge albastre-verzi) si
Schizomycetae (Bacteria) cu 3 clase cu origine polifiletica: Eubacteriae, Myxobacteriae si Spirochaetae. In
aceasta schema, bacteriile fotosintetice au fost separate de cele nefotosintetice si incluse in ordinul
Rhodobacteriales.
4. R. H. Whittaker (1959) - sistemul de clasificare al lumii vii in 5 regnuri: Plantae, Animalia,
Protista, Fungi si Monera.

Clasificari alternative
Ca urmare a datelor de filogenie procariota valabile in prezent, trebuie considerata utilitatea acestora.
Pentru domenii de interes medical sau biochimic, informatia filogenetica este utila, studiile comparative pe
organisme inrudite ce difera sub anumite aspecte geno- si fenotipice (ex. patogenitate, tipul si cantitatea de
produsi finali formati, analiza cailor anabolice sau catabolice) putand ajuta la clarificarea modului si actiunii
proceselor implicate. Pentru alte domenii, noile date despre filogenia bacteriana ofera oportunitatea dezvoltarii
unui cadru pentru un sistem de clasificare bazat filogenetic, cu 3 domenii : Archaea, Bacteria si Eukarya (Carl
Woese, 1990).

B. Scheme de clasificare utilizate in taxonomia PK

Taxonomia moderna cauta sa identifice sistemul perfect care reflecta ordinea ‚naturala’ aparuta ca
rezultat al evolutiei.
2
 3
Tindall (2001) propune 2 scheme de clasificare, corespunzand la doua teorii majore, ce pot fi
considerate ca diametral opuse:
1) clasificarea fenetica (numerica) – este o clasificare obiectiva bazata pe compararea tuturor caracterelor
fenotipice morfo-fiziologice observabile ale organismelor, aranjarea lor intr-o ordine ierarhica pe baza
similaritatii generale si a calcularii gradului de similaritate dintre grupurile de organisme, independent de
orice speculatie filogenetica.
Datorita numarului mare de caractere fenotipice analizate, permite o ilustrare cat mai reprezentativa a
fenotipului.Acorda fiecarui caracter fenotipic o pondere egala si exprima distantele filogenetice dintre taxoni in
functie de coeficientul de similaritate (sau de afinitate) dat de raport dintre numarul caracterelor comune
(similitudini) si numarul total de caractere studiate. Observatiile sunt analizate prin modele matematice si
programe de calculator specifice taxonomiei numerice, gradul de similaritate pentru un grup de diferite
microorganisme fiind indicat prin realizarea unei matrice de similaritate (diagrama lui Sneath) sau a unei
dendrograme.
Dendrograma este o reprezentare unidimensionala cu aspect de arbore , fara semnificatie filogenetica.
Scoate in evidenta gradul de relatie dintre diferite grupuri si ierarhizarea lor.
Pentru microorganisme, fenetica utilizeaza tulpina bacteriana ca unitate taxonomica operationala
(OTU - operational taxonomic units), reunirea intr-un singur grup (cluster) a mai multor UTO cu cel mai mare
coeficient de similaritate permitand construirea de grupuri naturale de asemanarea fenetica denumite fenoni.
Pentru a interpreta datele taxonomiei numerice, Sneath&Sokal (1962) propun urmatoare terminologie in
locul denumirilor traditionale subiective (specie, gen, trib, familie, ordin):
- fenonul = orice grupare naturala identificabila prin rangul ei pe dendrograma (prin gradul de
asemanare existent intre tulpinile apartinand fenonului respectiv)
- taxonul = grupare naturala cu rang orarecare careia trebuie sa i se acorde o valoare taxonomica. In
aceasta terminologie, un taxon include cel putin un fenon si cel mai adesea un ansamblu de fenoni.
Fenetica nu presupune descoperirea automata a istoriei evolutive a taxonului investigat. Conversia
setului de date analizate la valori de similaritate creaza unui sistem ierarhic fara referinta la evolutie dar care
permite interpretari despre factori precum omologia/ortologia, evolutia convergenta, paralela sau reticulata si
transferul genic.
2) clasificarea cladistica (filogenetica) - este o ipoteza filogenetica ce incearca sa reconstruiasca cursul
evolutiei prin gruparea organismelor inrudite la un ancestor comun. Metodele cladistice sunt importante in
sistematica moleculara, in prezent multe analize incluzand simultan date moleculare si morfologice.
Cladistica recunoaste si incadreaza taxonii pe baza:
- descentului comun, identificat prin gradul de similaritate si diferenta dintre organisme
- cantitatea modificarilor evolutive adaptative
Consta in gruparea organismelor si construirea de diagrame de ramificare denumite arbori filogenetici
(cladograme) ce indica caile lor evolutive, fiecare ramura terminala reprezinta un grup taxonomic major
(clada).
Pentru formarea unei cladograme este importanta distinctia intre caractere omologe si derivate:
-caracterele omologe ce exista deja intr-un ancestor comun sunt denumite caractere primitive sau
plesiomorfice; de asemeena, caracterele exprimate de toti membrii unui grup, inclusiv ancestorul acestora, sunt
denumite simplesiomorfii.
- caracterele derivate sau apomorfice sunt caracterele omologe ce au evoluat mult mai recent si, prin urmare,
apar printre anumite speci din cladograma.
Organismele sau speciile ce exprima caractere derivate dintr-un ancestor comun formeaza subseturi
denumite clade (ramura sau lineage).
Nodul = punctul la care 2 clade se separa de ancestorul comun

Molecule cu semnificatie evolutiva

Construirea arborilor filogenetici pentru organisme se bazeaza pe analiza moleculelor cu semnificatie
evolutiva.
Zuckerkandll&Pauling (1965) - sistemele biologice pastreaza in organizarea lor, sub forma unor
macromolecule caracteristice („cronometre moleculare”), cea mai mare parte din istoria evolutiva. Aceste
macromolecule se caracterizeaza, pe langa linearitatea esentiala (si relativa usurinta in interpretare), definirea
perfecta si contin sute-mii de caractere mai mult sau mai putin independente (AA sau nucleotide), recunoasterea
diferentelor dintre secvente neexcluzand recunoasterea similaritatii lor.
3
 4
Pentru a fi un cronometru folositor, o molecula trebuie sa indeplineasca urmatoarele caractere:
a) sa aiba comportament de ceas molecular, adica schimbarea in secventa sa aiba loc cat mai randomizat
posibil;
b) sa aiba un domeniu filogenetic cat mai mare: ratele schimbarii sa acopere distante evolutive suficient de
mari;
Domeniul filogenetic - trebuie luat in considerare faptul ca:
- timpul in care bacteriile au existat si, respectiv, evoluat, este mult mai mare decat timpul in care au
evoluat organismele eucariote
- acest lucru este amplificat si de faptul ca, in general, timpul in care are loc evolutia biologica se numara
in numar de generatii si nu in numar de ani; procariotele au un timp de generatie foarte mic si, ca atare,
au avut la dispozitie un numar imens de generatii.
c) sa aiba o dimensiune suficient de mare.
Moleculele cu un bun comportament de ceas molecular sunt cele cu functii foarte conservate, care au o rata
de schimbare atat de scazuta incat pot acoperi un spectru evolutiv foarte mare.
In functie de gradul in care natura informatiei specifice prezenta intr-un organism este reflectata in
structura si functia sa, macromoleculele se grupeaza in:
1. molecule semantoforetice (gr. semantikos + phoros = purtator de semne) sau semantide, care poarta
informatia genetica sau rezultatul transcrierii/traducerii acesteia. Corespunzator rolului lor in celula, pot fi
semantide de gradul I (gene), de gradul II (ARNm) sau III (proteine).
Intrucat modificarile in structura I-ara a ADN au loc prin procese de mutatie randomica si selectie,
compozitia moleculei este modificata constant, informatia sa trecand prin ARNm la proteine. Secventele
acestor molecule sunt memoria istoriei evolutive, determinarea structurii lor I-are servind la masurarea gradului
de inrudire, cu ajutorul lor putandu-se construi filogeneia moleculara cea mai rationala, universala si
informationala
Moleculele ADN, ARN si proteinele se pot compara cu ‚cronometre moleculare’ pentru ca sunt
capabile sa masoare relatiile evolutive si distantele evolutive (timpul relativ al divergentei) si permit deducerea
caracteristicilor ancestorului comun.
Cele mai utile cronometre moleculare actuale sunt genele ARNr (ADNr) si produsii lor (molecule de
tipul ARNr) – molecule cu functii universale, constante si inalt conservate, stabilite in fazele timpurii ale
evolutie, functii neafectate de modificarile in mediul organismului (cu exceptia parametrilor fizici de baza
precum pH intracelular si temperatura).
Dintre acestea, genele ADNr16S si moleculele ARNr16S sunt folosite frecvent. In majoritatea
organismelor, genele ADNr16S apar in copii multiple per celula, dar speciile cu rata de crestere scazuta au o
singura copie.
Gena ADNr16S este parte a operonului rrn, localizata la capatul 5’, urmata de gena ADNr23S si gena
ADNr5S. Genele sunt separate prin spacer-i, unii continand gene pentru ARNt. In cursul translatiei, ARNr-
prematur este impachetat sub influenta proteinelor ribosomale in structuri III-are si IV-are. Aceasta este baza
procesului de maturare, in care capetele 5’ si 3’ ce flancheaza regiunea genelor ADNr sunt digerate de enzime
specifice, ARNr mature si proteinele ribosomale asamblandu-se pentru a forma cele 2 subunitati ribosomale ale
unui ribosom:
- Subunitatea ribosomal mica 30S contine ARNr16S si 21 proteine
- Subunitatea mare 50S contine ARNr23S si 5S plus 32 proteine.
Criterii pentru considerarea genelor ADNr/ ARNr16S ca marker filogenetic:
1) functia ribosomilor nu s-a modificat de ~3.8 miliarde de ani,
2) genele ADNr16S sunt universal prezente printre formele vii celulare,
3) marimea de 1540 n le face mai usor de analizat,
4) structura I-ara este o secventa alternanta de regiuni invariabile, mai mult sau mai putin conservate si
inalt variabile,
5) transferul lateral de gene nu a fost observat (inca) intre organisme
2. molecule episemantice – sunt sintetizate sub controlul semantidelor tertiare (enzime) in absenta unei
matrite si sunt reprezentate de ATP, carotenoizi si markeri chemotaxonomici. Desi nu exprima extensiv
informatia prezenta in semantide, sunt produsul acestora. Nu sunt markeri filogenetici per se, dar grupurile de
organisme ce formeaza un cluster filogenetic pot, in majoritatea cazurilor, fi recunoscute prin compozitia
chimica a markerilor precum peptidoglican, lipide, acizi grasi, quinone izoprenoide, poliamine si acizi micolici.

4
 5
3. molecule asemantice – nu sunt produse de organism si nu exprima, direct/indirect, vreo informatie
continuta in organism. De exemplu, molecule furnizate exogen (vitamine, ioni fosfat, O2, virusuri) nu pot fi
utilizate la reconstruirea evenimentelor evolutive

II. NOMENCLATURA PROCARIOTELOR

Sistemul binomial de nomenclatura: nume generic (genul caruia specia apartine) urmat de numele
speciei (epitet specific speciei)

1.Ranguri taxonomice infraspecifice

Tulpina – este definita ca un organism cu proliferare clonala, descendentii sai fiind identici genetic. Totusi,
organismele sunt supuse mutatiilor si transferului genetic de ADN, ceea ce produce diversitatea genetica si
selectarea noi fenotipuri. Probabilitatea variatiei genomice intr-o clona bacteriana nu este neglijabila si, prin
urmare, stabilirea identitatii de tulpina si detectarea diversificarii pot fi dificile.
Subspecia - ultimul nivel taxonomic filogenetic acceptat in nomenclatura oficiala. Subspeciile sunt
considerate grupuri de tulpini determinate genetic, care prezinta variatii fenotipice minore dar constante in
cadrul unei specii.
Numeroase genuri au fost impartite in subspecii (ex: Bacillus subtilis ssp. subtilis si Bacillus ssp.
spizizenii). Inrudirea ADN in cazul lor este de 58-69%, si difera prin compozitia peretelui celular. Variantele
semnificative clinic de Staphylococcus hominis subspecia novobiosepticus si Staphylococcus hominis
subspecia hominis sunt strans inrudite din punct de vedere genetic dar semnificativ divergente, si difera prin
rezistenta la antibiotice si conversia anumitor substraturi.

Alte definitii taxonomice sub nivel de specie

Termeni bazati pe genotip: - termeni ce se refera frecvent la (i) OTU care probabil constituie specii noi si la (ii)
OTU necultivabile care pot fi grupate la/ sub nivel de specie, dar pentru care lipsesc caracterele necesare pentru
descrierea speciei.
1. Statutul de candidat este provizoriu si poate fi atribuit entitatilor procariote pentru care sunt
disponibile mai multe secvente ADN, dar pentru care lipsesc caracteristicile necesare descrierii in conformitate
cu Codul International de Nomenclatura a Bacteriilor. Categoria de candidat poate fi atribuita procariotelor
incomplet descrise pentru care datele genomice indica faptul ca sunt specii noi (secventele rrs izolate din ADN
din mediu sunt divergente cu mai mult de 3% fata de secventele rrs cunoscute) si pentru care exista informatii
aditionale privind caracteristicile structurale, metabolice sau reproductive.
2. Genomospecia (genospecia, specia genomica sau specia genetica) reprezinta grupul de organisme
cultivabile pentru care datele de analiza comparativa a acizilor nucleici indica faptul ca reprezinta specii noi,
dar pentru care nu au fost gasite proprietati fenotipice distinctive. Prin identificarea unor astfel de caractere ele
pot fi definite ca specii noi.
3. Genomovarul este frecvent interpretat gresit ca genomospecie. Genomovarul reprezinta o tulpina sau
un grup de tulpini cultivabile care constituie entitati genotipice la/ sub nivel de subspecie, dar lipsite de
caracteristici fenotipice distinctive necesare pentru incadrarea ca subspecie.

Termeni bazati pe fenotip - termeni folositi pentru o tulpina sau un grup de tulpini anterior diferentiate numai
prin anumite caracteristici fenotipice, actual fiind grupate la nivel infraspecific, de exemplu sub nivelul
subspeciei. Astfel de nivele nu sunt recunoscute in nomenclatura, dar au o mare utilitate practica.
Este o clasificare subiectiva, trebuie considerata ca provizorie si trebuie inlocuita printr-un sistem de
clasificare bazat pe parametri universal aplicabili pentru delimitarea OTU sub nivelul speciei, adica pe
similaritatea ADN stabilita prin metode de fingerprinting genotipic.
Patovarul este folosit pentru un grup de tulpini ce demonstreaza proprietati patogenice pentru anumite
gazde. O tulpina poate contine cateva biovaruri diferentiate prin utilizarea diferentiata a substratului/ asocierea
gazdelor.

5
 6
Biovarul este folosit pentru anumite tulpini ale unei specii care manifesta fenotipuri diferentiale,
proprietati biochimice sau fiziologice speciale. Biovarurile au fost descrise la numeroase genuri intalnite in
mediu si in clinica, precum Rhizobium, Pseudomonas, Serratia, Ralstonia, Mycobacterium, Salmonella si
Brucella.
Serovarul au o importanta medicala deosebita si poate fi diferentiat prin proprietati antigenice. Au fost
descrise la genurile Salmonella, Vibrio, Mycobacterium, Listeria, Leptospira, Chlamydia, Actinobacillus si
Bacillus. Rezolutia serotipizarii depinde de specificitatea anticorpilor, care pot manifesta in mod neasteptat
reactivitate incrucisata. Folosirea anticorpilor in scopuri taxonomice trebuie evaluata exact deoarece anticorpii
nu identifica neaparat entitati taxonomice. Fagovarul au importanta in cadrul analizelor epidemiologice.
Poate fi diferentiat prin capacitatea sa de a fi lizat de anumiti bacteriofagi. Fagovarurile sunt folosite in special
pentru unitati taxonomice relevante ca Yersinia, Salmonella, Staphylococcus, Listeria monocytogenes,
Corynebacterium diphteriae, Pseudomonas aeruginosa sau Escherichia coli
Urmatorii termeni utilizati pentru nivele infraspecifice au o raspandire restransa:
Forma speciala (Forma specialis) este mai veche si foarte putin folosita, si este atribuita organismelor
parazite, simbionte sau comensale, diferentiate in principal prin adaptarea la o anumita gazda/ habitat. Forme
speciale au fost identificate la Rhodobacter sphaeroides, Chlorobium limicola si Staphylococcus aureus.
Cultivarul (de ex. la Corynebacterium diphteriae) reprezinta un termen atribuit grupurilor cu
proprietati de cultivare speciale.
Chemovarul (de ex. la Vibrio alginolyticus) este atribuit grupurilor care produc un anumit compus
chimic.
Chemoformele sunt asociate cu o anumita constitutie chimica.
Morfovarurile sunt atribuite grupurilor cu caracteristici morfologice deosebite

2. Specia - grupul taxonomic de baza in sistematica bacteriana moderna.

Conceptul de specie bacteriana

Definirea conceptului de specie bacteriana ridica in continuare probleme deosebite, deoarece notiunea
de specie bacteriana nu este inca bine precizata sub raportul extinderii sau limitelor ei. Din acest motiv,
conceptele moderne variaza de la considerarea speciei bacteriene ca o unitatea fundamentala de ordin biologic,
nu numai sistematic, pana la negarea semnificatiei ei biologice, fiind considerata arbritara, subiectica si lipsita
de continut real, admisibila doar in virtutea utilitatii ei taxonomice (Lwoff, 1968; Cowan 1975).

A. Abordari clasice ale conceptului de specie bacteriana

Unii autori propun ca unitate fundamentala de clasificare clona, ce reprezinta populatia bacteriana
circumscrisa intr-un spatiu determinat si compusa din celule rezultate pe cale asexuata, prin diviziuni succesive,
dintr-o celula parentala unica. Dupa Prevot (1961), specia consta in totalitatea clonelor identice. Astfel
definita, notiunea de specie implica omogenitatea fiziologica absoluta sub raportul caracterelor principale
(echipament enzimatic, metabolism, actiune patrogena speicifica si, daca este cazul, toxigeneza) si o oarecare
heterogenitate in privinta modului de manifestare al acestor caractere (nivelul actiunii enzimatica, gadrul de
virulenta, aspectul cantitativ al toxigenezei etc.).
Pornind de la observatia ca, la bacterii, transferul genetic prin fenomene de sexualitate are loc cu o
incidenta foarte scazuta, Lwoff considera adecvata utilizarea conceptului de specie asexuata definita ca o
populatie formata din unul sau mai multe biotipuri care se reproduc asexuat.
Biotipul reprezinta forma de existenta a microorganismelor in natura si este constituit dintr-un grup de
indivizi cu acelasi genotip si, in consecita, care se aseamna prin majoritatea caracteristicilor. Ecotipul este un
set de tulpini utilizand nise ecologice identice sau foarte asemanatoare.
La sfarsitul anilor ’50, specia bacteriana era definita doar pe criterii morfo-fiziologice. Simpson (1961)
elaboreaza conceptul de specie evolutiva, concept conform caruia o specie reprezinta o secventa temporala de
populatii cu ascendent comun si care evolueaza separat de alte populatii.
Stanier (1976) considera specia bacteriana ca o entitate strict empirica definita operational ca o
grupare de tulpini (populatii clonale) avand un grad ridicat de similaritate fenotipica globala si care poate fi
deosebita de alte grupari de acelasi fel printr-un numar mare de caractere independente.
Pentru a evita dificultatile in definirea speciei bacteriene, Ravin (1963) introduce 3 concepte noi,
fiecare considerand specia dintr-un punct de vdere diferit:
6
 7
1.Taxospecia- grup de tulpini ce au in comun un numar semnificativ de proprietati similare.
Corespunde modalitatii si sensului obisnuit al termenului de specie.
2. Genospecia – corespunde unui grup de organisme ai carui membri pot realiza schimburi genetice.
Reuneste bacterii deosebite fenotipic, dar inrudite genetic pentru ca descind dintr-un ancestor comun. Astfel,
majoritatea enterobacteriaceelor formeaza o singura genospecie.
3. Nomenspecia - corespunde unui grup de organisme care poarta o denumire binomiala, indiferent
daca membrii grupului pot fi etichetati ca specii diferite pe baza altor criterii (ex. Nomenspecii diferite,
Xanthomonas hyacibnthi si X.campestris, pot fi unite intr-una singura, daca consideram ca nu merita statut
separat).
Sistemul lui Ravin prezinta avantaje ce decurg din caracterul operastional al notiunilor respective,
precum si din faptul ca ‚specia bacteriana’ adevarata se gaseste la punctul de convergenta al celor 3 concepte
partiale.

B. Abordari genetice si moleculare ale conceptului de specie bacteriana

G+C% mol - Fiecare specie cunoscuta are un continut G+C% caracteristic, iar la organismele
cunoscute ca fiind inrudite pe alte alte criterii, compozitia in baze azotate a ADN este similara/ identica. 2
tulpini bacteriene, altfel relativ similare, ce difera prin 2-3% G+C pot fi considerate ca specii diferite (Johnson,
1973).
Hibridizarea ADN/ADN - in prezent este inca oficial acceptata de catre Comitetul International de
Sistematica Bacteriana, definitia speciei bacteriene ca “grup de tulpini bacteriene (inclusiv tulpina tip) ce
prezinta cel putin 70% omologie de secventa ADN” (Wayne, 1987).
In ceea ce priveste diferentierea taxonomica a speciilor bacteriene, s-a constatat ca moleculele ARNr
16S nu ofera o rezolutie suficient de buna, sau chiar pot conduce la interpretari eronate. S-a concluzionat astfel
ca cea mai completa sursa de informatii taxonomice la nivel molecular este genomul bacterian ca intreg. Nici
una din gene luate separat, nici macar cele ce codifica pentru ARNr, nu ofera suficiente informatii pentru
diferentierea speciilor bacteriene.
Taxonomia polifazica: pentru taxonii bacterieni inferiori, cum este si specia, sunt recomandate studiile
de taxonomie polifazica ce reuneste trasaturile fenotipice, genotipice si filogenetice. In prezent, descrierea unei
noi specii procariote este acceptata numai daca este descrisa atat din punct de vedere genetic (in mod
obligatoriu %mol G+C si gradul de omologie ADN fata de speciile apropiate), cat si din punct de vedere
fenotipic (atat trasaturi fenotipice ce o incadreza intr-un gen bacterian alaturi de alte specii, cat si trasaturi ce o
diferentiaza de acestea).
Specia bacteriene polifazica este ansamblul de izolate provenite dintr-o populatie ancestrala comuna
in care o generare uniforma (constanta) a diversitatii genetice a condus la clone cu grade diferite de
recombinare (corespunzator speciei), caracterizate printr-un anumit grad de consistenta fenotipica, un grad
semnificativ de reasociere ADN-ADN si >97% omologie de secventa ADNr 16S.

Genul si ranguri taxonomice superioare:

Genul bacterian: grupul format din 1/n specii, clar separat de alte genuri
Ranguri superioare: utilizarea rangurilor, formal recunoscute, superioare genului (Familii, Ordine, Clase,
Diviziuni) are valoare limitata in clasificarea fenetica si se justifica doar in cazul inrudirii genetice (schemele
filogenetice)

TAXONOMIA BACTERIANA

La bacterii, taxonomia conventionala se bazeaza criterii fenotipice ce includ o serie de trasaturi

morfologice, structurale, fiziologice si biochimice: forma si marimea celulei, morfologia coloniilor,
ultrastructura celulei, constituentii peretelui celular, tinctorialitate, motilitate, incluziuni celulare, surse de
carbon, azot si energie, produse de fermentatie, spectrul de temperaturi/pH optime, toleranta osmotica,
metabolizarea oxigenului, sensibilitatea la o serie de inhibitori metalici si la antibiotice.
Multe dintre caracterele fiziologice si biochimice prezinta dezavantaje majore: variaza, atat calitativ, cat
si cantitativ, functie de conditiile de cultivare. Pe de alta parte, cercetarile din ultimii 15 ani au demonstrat ca,
cel putin o parte din aceste caractere reprezinta adaptari ale populatiilor bacteriene la diferite nise ecologice si
nu exprima decat in mica masura gradul de inrudire reala dintre diversi taxoni bacterieni. In plus, in ultimul
deceniu s-au descris din ce in ce mai multe specii bacteriene viabile dar necultivabile.
7
 8
Taxonomia moleculara se ocupa cu studiul variatiilor chimice in organismele vii si folosirea acestor
caractere, atat pentru clasificarea si identificarea unui organism necunoscut, cat si pentru evidentierea relatiilor
filogenetice, evolutive, dintre diverse organisme.
In contrast cu dezavantajele taxonomiei conventionale, taxonomia moleculara si, in mod particular, cea
bazata pe analiza acizilor nucleici, prezinta o serie de avantaje:
- desi cantitatea de ADN per celula poate varia in functie de diversi factori (conditii de cultivare, faza a ciclului
celular, numarul de copii ale unui replicon per celula), totusi ADN-ul nu variaza din punct de vedere “calitativ”,
adica nu variaza secventa de nucleotide;
- gradul de inrudire intre diversi taxoni bacterieni este exprimat cel mai bine la nivel de ADN;
- in prezent, moleculele ADN pot fi analizate si la microorganisme viabile dar necultivabile

Taxonomia polifazica
Pentru definirea completa a taxonomiei moderne (biosistematica moderna) au fost integrate/asociate
doua alte domenii stiintifice: filogenia si genetica populatiilor. Ca urmare, in ultimii 15 ani, este unanim
acceptata ideea conform careia clasificarea bacteriana ar trebui sa reflecte, cat mai fidel posibil, relatiile
naturale dintre taxonii bacterieni.
Pentru a stabili si defini grupele in cadrul clasificarii si pentru a mentine stabilitatea in sistematica prin
descrierea celor mai importante nivele taxonomice – specia si genul - Vandamme (1996) a propus introducerea
conceptului de taxonomie polifazica prin care taxonii sunt definiti pe baza informatiilor fenotipice (cunoscute
ca facand parte din taxonomia conventionala) si de nivel molecular (taxonomia moleculara,
chemotaxonomia). In acesta abordare pattern-ul de ramificare filogenetic ajuta la recunoasterea cluster-ilor de
tulpini inrudite filogenetic, iar delimitarea cluster-ilor filogenetic inruditi se face predominant pe baza
morfologiei, a proprietatilor biochimice si a moleculelor episemantice (structura chimica a anumitor
constituenti celulari precum acizi grasi, lipide, peptidoglican, poliamine, quinone izoprenoide ca si nucleotide
selctate din secventele ADNr16S sau alte gene).

METODELE DE STUDIU ALE TAXONOMIEI POLIFAZICE

Principalele categorii de metode necesare studiului taxonomic sunt:

- metodele fenotipice ce includ analize fenotipice clasice, analiza numerica si analize fenotipice moderne
(analiza proteinelor citoplasmatice si analiza invelisului celular)
- metodele genotipice: G+C%, RAPD, RFLP- fingerprinting ADN bazat pe pattern-urile de restrictie,
PFGE pe fragmente ADN - fingerprinting ADN bazat pe PCR, probe ADN)
- metode filogenetice: studii de hibridizare ADN/ADN si ADN/ARNr, secventierea genomurilor, a
ADNr si ARNr16S, 23S, secventierea subunitatii β a ATP-azei, secventierea chaperoninelor (CroEL).

I.METODELE FENOTIPICE
Informatia fenotipica deriva din (1) un spectru larg de trasaturi exprimate, (2) diferiti markeri
chemotaxonomici si (3) proteine si functiile lor.
Constituie baza descrierii formale a taxonilor, de la nivel de specie si subspecie pana la nivel de gen si
familie. Contin trasaturile culturale, morfologice, fiziologice si biochimice, teste de inhibitie.
Folosite in schemele de identificare in majoritatea laboratoarelor.
Identificarea microorganismeloer prin metode fenotipice se realizeaza cu ajutorul tabelelor de
identificare (politetice) sau a cheilor de determinare (dihotomice).

I.1. Trasaturi exprimate

I.1.1. Identificarea pe baza caracterelor morfologice si de cultura

Morfologia bacteriana include caracteristicile celulare (forma, marime, mobilitate, prezenta endopsor,
tipul de flageli, corpi de incluzie, caracter Gram, caracterul AAR) si coloniale (morfologia coloniei, culoare,
dimensiune, corpi de fructificare, miceliu). Coloratia Gram reprezinta cel mai rapid test de identificare partiala
a bacteriilor, fiind frecvent utilizata in practica medicala.

I.1.2. Identificarea pe baza caracterelor nutritionale, fiziologice si biochimice

Trasaturile nutritionale se refera la diferitele tipuri de ‚trofii’ si la exigentele de crestere.
8
 9
Trasaturile fiziologice includ date despre parametri de crestere (t0, pH, toleranta la diferite concentratii
de NaCl) si tipul respirator.
Trasaturile biochimice se refera la sursa de C utilizata, oxidarea carbohidratilor, fermentarea
carbohidratilor, profilul enzimatic.
In mod obisnuit, aceste teste se clasifica in (1) teste conventionale (testul indolului, fermentatie
oxidativa, citrocrom oxidaza, catalaza, aminopeptidaza, testul KOH) care se realizeaza in medii lichide/solide,
fiind laborioase, consumatoare de timp; (2) metode multi-test (TSI, MILF, MIU) si (3) metode microtest
(sisteme miniaturizate de identificare de tip API, BBL Crystal kitul RS/E si E/NF, Enterotube II si Oxi-Ferm,
sisteme Vitek, MicroID si Biolog).
Disponibilitatea unei game largi de substraturi cromogene si fluorogene a condus la utilizarea asa-
numitelor sisteme miniaturizate ‚home-growth’, aplicate ca atare sau in combinatie cu testele de utilizare a
sursei de C si de fermentatie a glucidelor la diferentierea fiziologica rapida a bacteriilor, precum nocardioformi,
Streptomyces si Streptoverticillium, Corynebacterium spp., Listeria spp, enterobacteriacee, bacterii Gram-
fermentative oxidazo+ si nefermentative, Bacillus spp., corineformi si micobacterii.
Sisteme automatizate (API ATB System, Biolog System, Vitek AutoMicrobic System, Sensitive
System) – sisteme miniaturizate de fingerprinting fenotipic utile in analiza fenotipica clasica. Identificarea
microorganismelor se obtine cu ajutorul unui manual numeric sau a softurilor de calculator bazate pe taxonomia
numerica. Datele fenotipice sunt analizate prin comparatie numerica computerizata.

I.1.3. Teste de inhibitie: medii selective, antibiotice, coloranti cresterea in prezenta diferitelor
substante precum agenti anitmicrobienei, date despre prezenta sau activitatea diferitelor enzime, metabolizarea
compusilor etc. si

I.1.4. Teste serologice (identificarea pe baza caracterelor de antigenitate) - multe componente

celulare ce apartin fenotipului bacterian sunt utilizate in sistemele de biotipizare pentru caracterizarea tulpilor la
nivel infraspecific. Aplicatii taxonomice restranse la unele organisme si laboratoare de referinta.
Testele de aglutinare, precipitare, seroneutralizare, IF, ELISA utilizeaza componente structurale
precum capsula, anvelope celulare, flageli/ fimbrii si molecule intracelulare sau produsi de secretie (enzime,
toxine).

I.2. Markeri chemotaxonomici

Markerii chemotaxonomici sunt reprezentati de: lipide polare, acizi micolici, acizi grasi, compozitia
LPS, PAGE a LPS, diaminoacizii din structura P.C., compozitia in aminoacizi a P.C., glucidele celulare totale
si parietale, pigmenti celulari, sistemul de quinone, continutul in poliamine, PAGE a proteinelor celulare totale.

1.2.1.Invelisul celular bacterian

Prezinta o compozitie si o structura suficient de variabila pentru a putea oferi informatii cu valoare
taxonomica, in special pentru bacteriile Gram+.
Peptidoglicanul - intra in compozitia peretelui celular la marea majoritate a bacteriilor, existand
diferente in structura sa, mai ales in diaminoacidul lanturilor tetrapeptidice si in structura unor peptide.
La bacteriile Gram-, peptidoglicanul are o structura relativ uniforma si, ca atare, nu prezinta interes
taxonomic. In contrast, el este extrem de util la bacteriile Gram+, in mod special la actinomicete si bacterii
inrudite cu acestea, care au fost clasificate in 8 chemotipuri de P.C., cu specificitate de gen sau specie.
Diaminoacizi - constituenti esentiali ai peptidoglicanului bacteriilor Gram+ si Gram-. La bacteriile G-
(Diviz. Proteobacteria, grupul CFB- Cytophaga/Flavobacterium/ Bacteroides), compozitia in aminoacizi a
peptidoglicanului este foarte uniforma, cu acid meso-diaminopimelic ca singur diaminoacid. La bacteriile G+ se
observa o variatie mare, diferentele in secventa de aminoacizi, tipuri de diaminoacizi prezenti si modul de
legare incrucisata fiind folosite la descrierea tipurilor de peptidoglican. Diaminoacizii detectati in pozitia 3 a
stem-ului peptidic sunt: acidul meso- si LL-diaminopimelic, L-ornitina, L-Lizina si acid L-diaminobutiric, in
timp ce, unoeri, D-ornitina este prezenta in puntile interpeptidice.
Analiza diaminoacizilor a servit la clasificarea bacteriilor G+, un exemplu fiind genul Corynebacterium.
Din acest grup, specii eronat denumite au fost reclasificate si transferat in alte genuri: Brevibacterium
ammoniagenes reclasificat ca Corynebacterium ammonigenes, Rhodococcus aichiensis reclasificat ca Gordona
aichiensis, Nocardia amarae reclasificata ca Gordona amarae, Rhodococcus chlorophenolicus reclasificat ca

9
 10
Mycobacterium chlorophenolicus, unii membri fitopatogeni ai genului Clavibacter reclasificati in noul gen
Rathayibacter, unii membri ai genului Corynebacterim alocati genului Curtobacterium.

I.2.2. Lipidele
In celulele bacteriene exista o varietate de lipide: lipide polare (constituienti majori ai stratului lipidic al
membranei bacteriene), sfingolipide (doar la un numar limitat de taxoni) si LPS (in membrana externa a
bacteriilor Gram-).
Lipide polare - lipidele polare (grupare polara legata la 2 acizi grasi) intra in structura membranei
celulare. Cele mai comune tipuri gasite la bacterii sunt
fosfolipidele(fosfatidiletanolamina,fosfoatidilserina,fosfatidilglicerol,difosfatidilglicerol,fosfatidilcolina,
fosfatidilinozitol si alte fosfatidilglicolipide), lipidele polare ce contin ornitina, serina si glicolipide libere.
Lipidele polare difera prin capul polar si prezenta diferitilor acizi grasi atasati (acizi grasi hidroxi – si non-
hidroxi).
Unele lipide polare sunt mult prea comune si, ca atare, nu prezinta valoare taxonomica. Altele sunt insa
specifice:
- pentru descrierea si diferentierea taxonilor Gram+ sunt recunoscute 5 tipuri de fosfolipide (PI-PV),
utilizate la clasificarea, inclusiv a nocardioformilor si actinmicetelor
- fosfatidil-inozitol-manozidele sunt specifice actinomicetelor;
- Archaea au lipide cu legaturi eterice intre glicerol si regiunea hidrofoba a lanturilor, si nu esterificate.
- membrii genului Sphingomonas prezinta unui singur lipid polar (ex. sfingoglicolipid) ce este o
caracteristica distinctiva taxonomica.

1.2.3.Acizii grasi cu lant lung –constituenti majori ai lipidelor, fosfolipidelor si LPS din membrana
externa a bacteriilor Gram- si ai acizilor lipotheicoici la bacteriile Gram+. S-au identificat >300 structuri
chimice diferite.
Utilizati la clasificarea si identificarea bacteriilor pe baza diferentelor structurale:
(i) variatia de lungime a lantului de carbon (intre 8 si 26 atomi de C)
(ii) prezenta acizilor grasi saturati (decanoic = acid capric, dodecanoic=acid lauric, tetradecanoic=acid
miristic, pentadecanoic etc.) si nesaturati (obisnuit mononesaturati: pentadecenoic; acid cis-9hexadecenoic
cunoscut si ca acid palmitoleic, acid trans-9-hexadecenoic=acid palmitelaicic; acid cis-9-octadecenoic=acid
oleic; cis-11-octadecenoic=acid vaccenic);
(iii) prezenta sau absenta ramificatiilor (ramificatiile sunt predominante la bacteriile Gram-pozitive) si
tipul de acizi ramificati (acizi grasi izo- si anteizo, precum si metilati in interiorul moleculei –ex. acidul
tuberculostearic);
(iv) grupele substituite: ciclopropan (acid dihidrosterulic, acid lactobacillis), hidroxi (grupare –OH in
pozitia 2/3 a moleculei: acid 3-hidroxicapric, acid 2- sau 3-hidroxilauric, acid 2- sau 3-hidroximiristic, acid 2-
sau 3-hidroxiplamitic).
(v) gradul de saturare a legaturilor chimice dintre atomii de carbon
(vi) prezenta sau absenta structurilor chimice inelare.
Trasaturile caracteristice unui grup filogenetic sunt dominate prin prezenta unui singur acid gras sau a
unui pattern specific pentru acestia. De exemplu:
- bacteriile apartinand subclasei α−proteobacteria au ca trasatura comuna prezenta a 40-70% acid
octadecenoic;
- membrii grupului CFB (Cytophaga/Flavobacterium/ Bacteroides) au cantitati mari de diferiti acizi
grasi ramificati ai tipului izo- si/sau anteizo-.

I.2. 4. Acizii micolici

Acizii micolici sunt acizi grasi 2-alchil-3-hidroxi cu lanturi lungi caracteristici (intre 24 si 90 atomi de
carbon; numarul lor fiind trasatura discriminatorie) si au fost identificati doar la un numar limitat de genuri
corineforme si genuri filogenetic inrudite: Mycobacterium, Corynebacterium, Nocardia, Dietzia, Gordona,
Rhodococcus, Turicella, Tsukamurella. Prezenta acizilor micolici diferentiaza aceste genuri de alti corineformi
lipsiti de acizi micolici ( Arthrobacter, Brevibacterium, Cellulomonas, Clavibacter, Curtobacterium,
Microbacterium).

10
 11
I.1.5.5. Quinone izoprenoide (terpenoide) – substante solubile localizate, la procariote, exclusiv
intracitoplasmatic si in membranele tilacoizilor. La eucariote, sunt asociate membranelor interne mitocondirale
si cu mebranele tilacoizilor cloroplastilor.
Tipuri de quinone:
- ubiquinone (coenzima Q) - detectate doar la membrii a-, b- si g-Proteobacteria; descrise si la fungi si
drojdii.
- menaquinone (vitamina K2) detectate la membrii archaeali, a-, b- si g-proteobacteria, in mod
exceptional la δ- si ε-proteobacteria, celelalte bacterii Gram+
- derivati ai vitaminei K2: dihidromenaquinona si dimetilmenaquinona, respectiv rhodoquinona
(identificata la unele bacterii rosii, pe langa ubiquinona si/sau menaquinona).
- cianobacteriile poseda un alt tip de quinona – plastoquinone sau filoquinone- gasite de regula doar in
plante.

I.2.5. Poliamine
Desi rolul nu e complet cunoscut, par a fi importante in metabolism. Caracter universal (exceptie:
bacteriile din medii extrem halofile contin doar urme de poliamine) si variabilitate cantitativa si calitativa fac
din ele markeri chemotaxonomici decelabili prin cromoatografie cu gaz sau lichida.
Numarul poliaminelor alifatice naturale este scazut (13 tipuri)-ex.: 1,3-diaminopropan (DAP),
putrescina (PUT), 2-hidroxiputrescina (HPUT), cadaverina (CAD), sym-norspermidina (NSPD), spermidina
(SPD), spermina (SPM), canavalmina (CANV), caldopentamina (CLPA).
Reprezinta markeri chemotaxonomici pentru membrii metanogeni ai archaea-elor, familia
Vibrionaceae.
Utile pentru clasificarea bacteriilor Gram- apartinand Diviziunii Proteobacteria:
- in general, membrii subdiviziunii α-Proteobacteria au o triamina (permidina sau sym-homospermidina)
ca si compus dominant in pattern-ul poliaminic
- toate speciile din subdiviziunea β-Proteobacteria prezinta un pattern omogen, caracterizat prin prezenta
putrescinei si a diamin 2-hidroxiputrescina neobisnuita, detectata in afara acestui grup doar in 2 specii
ale grupului CFB
- diversitate mare in subdiviziunea γ:
o familia Enterobactericeae (inclusiv genul Erwinia) - diaminopropan si putrescinain in calitate de
componente principale la;
o sym-norspermina la genul Vibrio;
o spermidina la genurile Xanthomonas, Freteuria, Halomonas, Deleya si Oceanospirillum;
o cadaverina si spermidina la genul Stenotrophomonas.
o Putrescina, spermidina si cadaverina la genul Pseudomonas.

I.3. Analiza proteinelor citoplasmatice

Analizele taxonomice pe proteinele citoplasmatice pot fi realizate prin doua categorii de tehnici:
a) comparatii intre molecule individuale; acest tip de analize se realizeaza fie prin secventierea comparativa a
aminoacizilor din componenta proteinelor, fie prin reactii de tip serologic.
Serologia comparativa a proteinelor
Reactiile de tip serologic pot detecta asemanari structurale intre enzime din diverse tulpini bacteriene.
Acesta tehnica se bazeaza pe faptul ca orice variatie in secventa de aminoacizi a unei proteine se va reflecta in
structura sa secundara si, deci, si in antigenicitate. Majoritatea studiilor de serologie comparativa s-au centrat
pe bacterii lactice (genurile Lactobacillus, Sterptococcus, Leuconostoc, Pediococcus), iar ca enzime s-au
folosit: fructozo-aldolaza, glucozo-6-fosfatdehidrogenaza, lactat-dehidrogenaza.
b) evaluarea globala a proteinelor totale: se realizeaza prin compararea mobilitatilor electroforetice a unor
seturi de proteine.

b.1. Compararea pattern-urilor proteici si LPS prin PAGE (Polyacrilamide gel

electrophoresis - electroforeza in gel de poliacrilamida)
Permite investigarea relatiilor la nivel de gen si de specie. Gradul de similaritatea a pattern-urilor
proteice este o masura a inrudirii, detalii informative fiind furnizate prin analiza numerica.
In general, un genom bacterian codifica in medie aproximativ 2000 de proteine cu functii structurale sau
enzimatice. S-a constatat ca in conditii standard de cultivare complementul proteic este relativ constant. Prin
11
 12
electroforeza proteinelor totale in gel de poliacrilamida se obtine o separare partiala a proteinelor, in sensul ca
fiecare banda din gel reprezinta, de fapt, mai multe clase de proteine; pattern-ul total reprezinta insa o
“amprenta” (fingerprint) a tulpinii bacteriene respective.
Electroforeza comparativa a proteinelor totale constituie o analiza echivalenta, din punct de vedere al
informatiilor taxonomice, cu analizele de reasociere ADN:ADN (grad de omologie de secventa de nucleotide),
ambele oferind rezultate congruente. Diferenta consta in faptul ca electroforeza proteinelor este o tehnica mult
mai rapida.
Analiza PAGE a lantului O specific LPS → investigarea inrudirii infraspecifice la bacteriile Gram-
negative.

b.2. Electroforeza enzimelor multilocus (MLEE - MultiLocus Enzyme Electrophoresis)

In ultimii anii, MLEE reprezinta cel mai folosit tip de analiza de taxonomie moleculara pe proteine.
Ca principiu, tehnica se bazeaza pe faptul ca diferentele in secventele de aminoacizi din diverse proteine
determina diferente in sarcina electrostatica a moleculelor respective si, ca atare, diferente de mobilitate in
camp electric. Variantele moleculare de mobilitate electroforetica au fost denumite electromorfe (sinonim cu
electrotipuri, ET) sau alozime si sunt echivalente cu alelele de la eucariotele superioare (in contrast cu izozimele
ce reprezinta un acelasi tip de enzima codificat insa de loci diferiti).
S-a demonstrat ca distantele genetice estimate prin MLEE se coreleaza strans cu cele estimate prin
studii de reasociere ADN/ADN. Pe de alta parte, s-a constatat ca tehnica MLEE este utila in mod special in
decelarea variabilitatii genetice intra-specifice, si mai putin pentru a compara tulpini apartinand la specii
diferite.
Se considera ca enzimele cu aceeasi mobilitate electroforetica fac parte din aceeasi electromorfa (in
contrast cu enzimele ce au mobilitati diferite si care se considera ca fac parte din electromorfe diferite). In acest
mod, fiecare tulpina bacteriana este caracterizata prin combinatia sa de electromorfe.
Studii extinse realizate pe foarte multe tulpini bacteriene Gram-negative au condus la trei concluzii
generale:
I. Majoritatea speciilor bcteriene au structura clonala - conform acestei afirmatii, speciile bacteriene
sunt compuse din grupuri de tulpini identice sau cvasi-identice, denumite clone. Membrii unei clone se
caracterizeaza prin pattern MLEE identic, stabilitate pe perioade lungi de timp si raspandire globala.
2. In interiorul speciilor cu structura clonala, numarul cloneler este redus -. De exemplu, un studiu pe
proteine corespunzatoare la 12 loci, la 2000 de tulpini de E. coli, a evidentiat existenta a doar 300 de
electromorfe, toate avand raspandire geografica globala.
3. La microorganismele patogene, foarte putine clone sunt asociate cu imbolnaviri grave - in general,
s-a constat ca patogenitatea variaza mult in interiorul unei specii bacteriene, si numai putine clone au evoluat
prin cresterea virulentei. Pe de alta parte, s-a demonstrat si faptul ca la speciile ce pot infecta gazde diferite,
exista o corelatie intre tipul clonal si organismul gazda.

II. METODE GENOTIPICE

Acizii nucleici (ADN si ARN) reprezinta singurele molecule standard prin care pot fi comparate si
clasificate o gama larga de microorganisme.

II.1. G+C% mol – este primul criteriu de taxonomie moleculara utilizat in sistematica bacteriana si
reprezinta o masura a gradului de heterogenitate genetica.
Pentru PK, G+C% variaza intre 25 % la unele mycoplasme si 75 % la unele streptomicete. Pe de alta
parte, s-a mai constatat ca desi bacteriile difera foarte mult in privinta compozitiei in baze azotate, valoarea
procentului G+C este constanta pentru fiecare tip de microorganism in parte. Fiecare specie cunoscuta are un
continut G+C% caracteristic, variatia genetica maxima permisa in interiorul unei specii bacteriene fiind de 5%.
La majoritatea genurilor bacteriene, acest parametru variaza in limite destul de inguste (10-12 %).
Exista insa si genuri bacteriene in interiorul carora heterogenitatea genetica este foarte mare: Flavobacterium
(31 - 68 %l G+C), Lactobacillus (32-52 %mol G+C), Bacillus (3-64 G+C), Haemophilus (37-55 G+C).
In prezent, G+C% este un parametru listat in toate manualele internationale si cerut la orice descriere de
specie bacteriana noua, ramanand insa un criteriu negativ, de excludere taxonomica.

12
 13
II.2. Fingerprinting ADN genomic

II.2.1. Pattern-uri de restrictie enzimatica (analiza RFLP)

Detecteaza polimorfisme de secventa ADN intra- sau extragenice aparute prin mutatii punctiforme,
insertii sau deletii de ADN si rearanjari genetice, fiind utilizate la discriminari intre specile unui gen sau intre
diferite tulpini intraspecifice De ex.: Xanthomonas campestris, P.aeruginosa, Streptococcus defectivus si
S.adjacens, genul Listeria, genul Borrelia sau Campylobacter.

II.2.2. Macrorestrictia ADN genomic prin PFGE

In vederea obtinerii unei mai bune reproductibilitatii a genotipizarii, au fost elaborate metode bazate in
special pe analiza ADN cromosomal si care produc un numar redus de fragmente de ADN de dimensiuni mari.
Investigheaza relatiile genotipice pana la nivel de specie sau gen fiind considerata cea mai
discriminatorie metoda de tipizare bazata pe ADN, folosita si pentru studii evolutive. Analiza PFGE s-a dovedit
a fi superioara celor mai multe metode biochimice si moleculare de tipizare.

II.2.3. Pattern-uri RAPD

RAPD mai este cunoscut si ca PCR cu primeri arbitrari. In RAPD sunt folositi primeri de aproximativ
10 baze; acesti primeri hibridizeaza cu o afinitate suficienta secventele de ADN cromosomal la temperaturi
mici de legare. In cele mai multe cazuri, secventele primer-ilor randomici, care genereaza cel mai bun pattern
ADN pentru diferentierea intre tulpini, trebuie sa fie determinate empiric.
Aplicata diferitelor grupe de procariote precum izolate achaeale halofile dar, in special, bacteriilor cu
relevanta clinica pentru diferentierea speciilor strans inrudite dificil de deosebit: Listeria monocytogenes si
L.innocua sau diferitelor tulpini de „Haemophilus somnussi S.aureus.

III. METODE FILOGENETICE

Studiul tipului filogenetic (filotip) al unui organism ofera perspective considerabile de investigare a
caracterelor sale, toti reprezentantii unui grup filogenetic prezentand proprietati comune.

III.1. Hibridizarea ADN/ADN - In prezent, determinarea similaritatii(omologiei) ADN/ADN la

nivelul intregului genom este tehnica standard pentru delimitarea speciilor bacteriene. Astfel, este inca oficial
acceptata definitia speciei bacteriene ca fiind grupul de tulpini bacteriene (inclusiv tulpina tip) ce prezinta cel
putin 70% omologie de secventa ADN, cu o valoare ≤ 5% a divergentei de secvente ADN. Valorile cuprinse
intre 20-60% dau evidente pentru gen (Johnson,1984).
Este cea mai rapida metoda filogenetica, care prezinta ca avantaj masurarea similaritatii nucleotidice a
intregului genom.

III.2. Determinarea similaritatii ADN/ARNr

ARNr si genele ADNr sunt cele mai folosite molecule in studiile filogenetice si taxonomice.
Experimentele de hibridizare ADN-ARNr si analiza comparativa de secventa a subunitatii ARNr5s si ARNr16s
a confirmat caracterul inalt conservat al speciilor ARNr. Atfel, pentru ARNr16S, omologia intre Domenii este
mai mica (59-62%) decat cea obtinuta pentru cele mai multe organisme neinrudite din interiorul uni Domeniu
(72% pentru Bacteria si 71% pentru Archaea).
Metoda a permis:
- clarificarea relatiilor filogenetice, in special in diviziunea Proteobacteria
- a demonstrat stransa inrudire a diferitilor taxoni: Rhizobium si Agrobacterium, Alcaligenes si
Bordetella, Rhodopseudomonas si Bradyrhizobium, sau heterogenitatea in interiorul taxonilor: in genul
Pseudomonas, Xanthomonas si Alcaligenes.
- prin combinarea cu alte metode, s-au stabilit noi genuri, in special pentru speciile gresit denumite ale
genului Pseudomonas (Hydrogenophaga, Acidovorax, Brevundimonas), unele pseudomonadele gresit numite
fiind incluse in genul Comamonas.
- a permis descrierea unuor tulpini nenumite: Oligella ureolytica sau Ochrobactrum anthropi.

13
 14
III.4. Secventierea A.N.
Toate metodele genetice moleculare de diferentiere a subtipurilor de organisme se bazeaza pe
diferentele in secventa de ADN. Astfel, secventierea ADN ar parea sa fie cea mai buna abordare in diferentierea
subtipurilor.

Secventierea ADN genomic

Pana in prezent au fost secventiate:
->100 genomuri bacteriene (Haemophilus influenzae in 1995, E. coli in 1997, C.difficile in 2006)
- 15 genomuri archaea-le (Methanococcus jannaschii, 1996)
- genomul de la S.cerevisiae (1996) si Schizosaccharomyces pombe (2002)
Dimensiuni:
- Mycoplasma genitalium G-37 (0.58Mpb) si Buchnera sp. APS (0.64Mpb)
- Noctoc punctiforme ATCC29133 (10.0Mpb)
Banci de date cu secvente genomice (GenBank -105.000 specii; NCBI; EMBL-bank)
Sustine filogenia bazata pe ARNr 16S in privinta grupelor majore de bacterii: Proteobacteria, bacterii
Gram+ cu G+C scazut (inclusiv mycoplasme), spirochete si chlamidii

III.4. Secventierea completa a ARNr si ADNr (catalogarea ARNr si ADNr)

Datorita ratei scazute a modificarilor evolutive, secventele ARNr pentru subunitatile mici (16S si 18S)
servesc la clasificarea diversitatii lumii vii, diferentele de secvente permitand construirea de arbori filogenetici
ce reprezinta harti cantitative ale diversitatii evolutive.
Criterii pentru considerarea ADNr16S si a ARNr16S ca markeri filogenetici:
1) functia ribosomilor nu s-a modificat de ~3.8 miliarde de ani,
2) genele ADNr16S sunt universal prezente printre formele vii celulare,
3) marimea de 1540n a ARNr16S le face mai usor de analizat,
4) structura I-ara a ARNr16S este o secventa alternanta de domenii mai mult sau mai putin conservate si
inalt variabile;
5) transferul lateral de gene nu a fost observat (inca) intre organisme

Secventierea ADNr16S
Pentru aceasta se foloseste informatia existenta in secventele ‘secvente semnatura’ localizate la nivelul
markerilor filogenetici si reprezentate de secvente scurte de nucleotide (15-30 n) specifice fiecarui taxon.
Deoarece studiile filogenetice se bazeaza pe analiza de secventa si nu pe studiul unui organism izolat,
genele ARNr pot fi obtinute direct din ADN din mediu si pot fi analizate in vederea identificarii microbiotei
mediului analizat.

Secventierea ARNr16S
Desi analiza ARNr este utila si in studii pe organisme eucariote superioare, aceste molecule devin
aproape indispensabile in cercetarile pe microorganisme. La eubacterii exista 3 categorii principale de molecule
de ARNr:
• ARNr 5S − are 115-120 nucleotide si este considerata o molecula prea mica (incorporeza prea putina
informatie) pentru a putea fi un bun indicator de inrudire filogenetica;
• ARNr 16S − in medie are 1500 nucleotide si este alcatuit din 3 domenii majore si din 50 de helixuri. Aceasta
molecula este considerata cea mai buna pentru estimarea gradului de inrudire filogenetica dintre
doua tulpini bacteriene;
• ARNr 23S − are o dimensiune mai mare (aproximativ 2500-3000 nucleotide), fiind mai dificil de manipulat.
In concluzie, se poate aprecia ca, dintre cele 3 categorii de ARNr de la Bacteria, molecula de 16S ARNr
este suficient de mare pentru a oferi informatii utile si, in acelasi timp, suficient de mica pentru a putea fi
manipulata relativ usor.
Analizele moleculare au relevat faptul ca moleculele de ARNr sunt alcatuite din domenii, grupate in 3
clase de variabilitate genetica:
• domenii relativ constante − secventa lor de nucleotide variaza foarte putin, acoperind un domeniu filogenetic
foarte mare;
• domenii cu variabiliate moderata − acopera distante filogenetice mai restranse, putand distinge intre genuri
biologice;
14
 15
• domenii hipervariabile − secventa lor variaza suficient de mult pentru a putea diferentia chiar specii ale
aceluiasi gen sau tulpini bacteriene conspecifice.
Secventierea ARNr 16S si analizele comparative au o mare putere de rezolutie in masurarea gradului de
inrudire dintre organisme, la nivel superior speciei. Ofera concepte unificatoare asupra genurilor si rangurilor
taxonomice superioare. De exemplu, un gen poate fi definit printr-un grup de specii ce au o similaritate a
secventei de ARNr 16S de 95%.
Filogenia ARNr16S a condus la elaborarea unui alt model de evolutie filogentica a vietii pe Terra,
conform caruia organismele sunt fost clasificate in 3 mari domenii: Bacteria, Archaea si Eukarya. Recunoastere
natura filetica a taxonilor clasificati:
- grupul monofiletic (clada):
- taxoni derivati dintr-un singur ancestor comun (domeniile Bacteria, Archaea si Eukarya);
- conceptul filo-fenetic de specie: un cluster monofiletic si coerent genomic de organisme individuale ce
prezinta un grad ridicat de similaritate globala in privinta caracteristicilor independente si care poate fi
diagnosticat printr-o proprietate fenotipica discriminativa”
- grup polifiletic:
- taxoni derivate din cel putin un ancestor comun
- Fam. Pseudomonadaceae – taxoni reclasificati in diferite genuri si familii
- Zoogloea ramigera – tulpini apartinand la specii diferite
- grup parafiletic: un singur ancestor comun dar nu include toti taxonii descendenti ai acestuia (genurile
Caulobacter si Brevundimonas)
Filogenia ARNr evidentiaza conexiunile evolutive dintre toate organismele, analiza comparativa
permitand afilierea filogenetica prezumtiva a organismelor potential noi sau slab clasificate, cu aplicabiliate
semnificativa in ecologia microbiana si microbiologia clinca.
In ultimii ani, secventierea moleculelor de ARNr 16S este abordata in din ce in ce mai multe
laboratoare. Pe de alta parte, dezvoltarea de programe de calculator a permis constructia unor baze de date
(GenBank, EMBL-Bank) ce contin in prezent secventa de nucleotide a peste 20.000 de molecule ARNr 16S.
Principala critica adusa analizei ADNr16S este faptul ca tehnica evidentiaza doar filogenia moleculei.
Totusi, analiza ARNr23S, secventele genelor pentru subunitatea β a ATP-sintetazei si GroEL conduc la
rezultate similare, indicand ca abordarea ARNr16S este utila in investigarea relatiilor filogenetice.

Secventierea proteine
Proteine ortologe (omologe,similare) – descendenti dintr-un ancestor comun si probabil prezinta aceeasi functie
Proteine paraloge – rezultate prin duplicatie si cel mai probabil au functii diferite.

Filogenia ARNr16S a permis constuirea unui arbore neroot-at pentru cele 3 domenii (Archaea, Bacteria
si Eukarya). In contrast, analiza comparativa a perechilor paraloge de secvente proteice (EF-Tu si EF-G; ATP-
azele F si V) a facut posibila root-area arborelui filogenetic. Astfel, radacina arborelului filogenetic s-a separat
in Archaea si Bacteria, eucariotele fiind identificate ca rude specifice Archaeelor.
Secventele semnatura in proteine - sunt definite ca regiuni de aliniere in care se observa o modificare
specifica a structurii I-are a unei proteine in toti membrii unuia sau mai multor taxoni dar nu si in altii:
substitutii de AA, deletii/insertii specifice. Secventa semnatura trebuie flancata de regiuni conservate ce servesc
ca ancora in evitarea artefactelor in cazul alinierii eronate.
Domeniul Archaea :
- filogenia bazata pe secventele proteice ale factorilor de elongare EF-Tu si EF-G, subunitatilor II si III ale
ARN pol, ATP-azele de tip F si V suporta distinctia intre ele si bacterii.
- secvente semnatura unice din: EF-Tu si proteine ribosomale L5, S5, L14. La acestea se adauga diferentele in
ARNr subunitatea mare, in genele de replicare, transcriere, translatie, splicing ARNt si histone – fara omologi
eubacterieni
Filogenia ARNr16S, EF-Tu, EF-G, ARNpol, aminoacil-ARNt sintetaza si proteine ribosomale
reprezinta baza definirii archaealor ca domeniu unic.
Concluzia: Archaea reprezinta un grup monofiletic si prezinta o similaritate mai mare cu EK decat cu
eubacteriile.
Domeniul Bacteria:
Bacteriile Gram-:
- secvente semnatura din Hsp70, GroEl si GSI (glutamin sintetaza)
15
 16
- reprezinta grup monofiletic distinct de archaea si bacteriile Gram+, in contrast cu informatiile furnizate
de secventele ARNr 16S.
Bacteriile Gram+:
- divizate traditional in 2 grupuri: grupul G+C ridicat si grupul G+C scazut
- filogenia Hsp70, GroEL si factorul sigma 70 indica distinctia intre cele 2 grupuri
- filogenia ARNr 16S, LSU, RecA, EF-Tu si EF-G nu rezolva relatia dintre ele
- secventa semnatura in proteina ribosomala S12 prezenta intr-o regiune inalt conservata la G+C ridicat
- secventa semnatura din piruvat kinaza specifica doar pentru G+C scazut.
Cianobacterii: secvente semnatura din proteina FtszA prezenta la proteobacterii si spirochete dar absenta la
archaea, bacterii G+ si cianobacterii; secventa semnatura din glutamatdehidrogenaza este prezenta la
proteobacterii, Bacteroides si spirochete, dar absenta la cianobacterii.
Concluzia:
- Archaea si bacteriile Gram+ sunt strans inrudite;
- Cianobacteria constituie una din filiatiile cu cea mai adanca ramificatie in cadrul bacteriilor Gram-, in
concordanta cu secventele genice pentru Hsp70, Hsp60 (GroEL), RecA, ARNr 16S si 23S.

16
 17
GRUPE TAXONOMICE MAJORE DE MICROORGANISME

Stabilirea relatiilor de inrudire filogenetica a organismelor a avut 3 consecinte importante :

1) a permis construirea unui arbore filogenetic cuprinzator care incadreaza si leaga toate sistemele vii;
2) a oferit baza intelegerii relatiilor evolutive dintre procariote si eucariote;
3) ofera cadrul dezvoltarii unui concept integrator al ancestorului universal al vietii pe pamant.
Arborii filogenetici evidentiaza aspecte evolutive importante:
- PK nu reprezinta grupe coerente filogenetic ci separate evolutiv;
- originea vietii pare a fi pe linia de descendenti eubacterieni
- speciile domeniului Archaea sunt mult mai inrudite cu eucariotele. Prin urmare, pornind de la
ancestorul universal, diversificarea evolutiva a mers pe doua directii: Bacteria versus ‘altele’, care au evoluat
divergent si au condus la domeniile separate Archaea si Eukarya.
Cele doua domenii PK prezinta un tablou evolutiv diferit: Archaea (denumite initial Archaebacteria
fiind considerate initial ca cea mai veche ramura a arborelui vietii) reprezinta o colectie mica dar diversa de
fenotipuri (metanogene, extrem termofile, extreme halofile, si sulfat reducatori) ce difera de Bacteria la care
varietatea fenotipica, desi mai mare, pare mai conectata, mai inrudita.
Archaea a evoluat mult mai incet decat Bacteria, la care majoritatea filumurilor bacteriene s-au nascut
intr-o radiatie atat de ingusta, incat ordinea lor exacta de ramificare ramane de rezolvat.
Fotosinteza este distribuita printre bacterii intr-o maniera ce sugereaza ca reprezinta o caracteristica
bacteriana fundamentala, prezenta in ancestorul comun al tuturor bacteriilor sau luand nastere foarte devreme in
istoria bacteriana. Fenotipurile aerobe sunt abundente printre bacterii, rare printre archaea.

1. Domeniul Bacteria

Cunostintele actuale privind relatiile evolutive in cadrul Domeniului Bacteria se bazeaza pe secventele
markerilor filogenetici si a pattern-urilor de ramificare a arborilor filogenetici ARNr 16S.
Initial, s-au propus includerea in acest domeniu a 10-12 diviziuni cu statut de regn: Thermotoga, bacterii
nesulfuroase verzi, deinococci, Cyanobacteria, bacterii Gram-pozitive cu G+C% scazut (Diviziunea
Firmicutes), bacterii Gram-pozitive cu G+C% ridicat (Diviziunea Actynobacteria), spirochete, bacterii
sulfuroase verzi, Cytophaga, Chlamidii, Plantomycetes si Proteobacteria.
Datele acumulate in ultimii 5-10 ani propun adaugarea de alte 12 noi diviziuni: Aquificales,
Desulfurobacterium, Thermomicrobia, Chrysiogenetes, Deferribacteres, Dictyoglomus, Fusobacteria,
Holophaga, Fibrobacter, Nitrospira, Flexispira, Verrucomicrobium).
Dintre acestea, unele contin una sau cateva specii (ex.: Thermomicrobia, Chrysiogenetes, Fibrobacteres,
Deferribacters). In schimb, diviziuni precum Proteobacteria, Cyanobacteria, Actymobacteria si Firmicutes,
sunt foarte largi si contin de la cateva sute pana la cateva mii de specii, ce reprezinta mai mult de 90-95% din
totalul bacteriilor cunoscute.
Contine o diversitate enorma de procariote (toate procariotele patogene, mii de specii nepatogene), cu o
varietate larga de morfologii si fiziologii:
- 4 linii evolutive (bacterii rosii - Proteobacteria, sulfuroase verzi - Chlorobium, nesulfuroase verzi-
Rhodospirillum si Gram+) ce includ fototrofi ce realizeaza fotosinteza anoxigenica.
- Cianobacteria (formal denumite alge albastre-verzi), cu fotosinteza oxigenica asemanatoare plantelor,
reprezinta o linie distincta ce a dat nastere la cloroplasti.
Clasa Actinobacteria este primul exemplu de sistem ce clasificare filogenetic ierarhizat complet pana la
nivel de gen. In acest caz, un pattern bogat de markeri chemotaxonomici a facilitat circumscirerea genurilor.

Diviziunea (Regnul) Proteobacteria (bacterii rosii - Purple bacteria)

In prezent, pe baza arborelui ARNr16S, Diviziunea Proteobacteria contine 200 genuri impartite in 5
subdiviziuni: α, β, γ, δ si ε-Proteobacteria. Dintre acestea, subdiviziunile α, β si γ−Proteobacteria contin cateva
sute sau mii de specii, fiind mult mai mari decat toate celelalte diviziuni cunoscute ale Domeniului Bacteria.
1
 18
Se pare ca a evoluat dintr-un ancestor fototrof comun. Contine multe bacterii chemoorganotrofe, alaturi
de specii fototrofe si chemolitotrofe, dintre care unele utilizeaza H2S in metabolism producand prin oxidare S0
depozitat intra-/ extracelular si care poate fi oxidat mai departe la SO42- (la bacteriile sulfuroase verzi – genul
Chlorobium) .
Situatie inca confuza in interiorul diviziunii, datorita absentei diversitatii markerilor chemotaxonomici
existenti la bacteriile Gram+.
I. Subdiviziunea α−Proteobacteria contine 125 genuri si 370 specii.
Include fototrofi, litotrofi si organotrofi.
1. Cluster filogenetic major ce are ca trasatura comuna interactia cu eucariotele.
- cuprinde Fam. Rhizobiaceae (organotrofi endosimbiotici cu plantele – genurile Agrobacterium, Rhizobium,
Allorhizobium, Sinorhizobium), Fam. Bartonellaceae, Brucellaceae si grupul Phyllobacterium
(g.Phyllobacterium si Mesorhizobium).
2. Cluster filogenetic II - grupul Rhodobacter (bacterii fotolitotrofe anoxigenice):
- g. Rhodobacter si Paracoccus (P.denitrificans – chemolitotrof facultativ capabil de crestere
chemolitoautotrofa in prezenta H2 si compusilor anoorganici redusi ai S),
3. Cluster filogenetic III - grupul Bradyrhizobium – g. Bradyrhizobium, Rhodopseudomonas (fotorganotrofi
ce inmuguresc), Afipis.
4. Grupul Methylobacterium – bacterii metilotrofe (generarea energiei prin utilizarea aeroba a compusilor
metanol, metil amine si metan). Inrudit cu fixatori liberi Beijerinckia si Azorhizobium
5. Fam. Hyphomicrobiaceae – organotrofe aerobe mobile, fixate de substrat prin crampon (prosteca), diviziune
prin inmugurire ; unele chemoorganotrofe (Hyphomicrobium – metilotrof acvatic), altele fototrofe
(Rhodomicrobium).
Include ramura Azorhizobium si Xanthobacter (chemolitotrof, fixator de N capabil si de crestere
autotrofa in atmosfera de H2, O2 si CO2, ca si chemoorganotrof pe compusi organici simpli)
7. Fam. Caulobacteriaceae – bacterii acvatice mobile, atasate la suprafete prin crampon, inmugurire.
8. Fam. Rhodospirillaceae – bacterii nesulfuroase rosii; ramura filogenetica distincta:
- genurile Rhodospirillum, Azospirillum, Magnetospirillum – bacterii magnetocactice cu granule intracelulare
de magnetita.
9. Fam. Acetobacteriaceae – formeaza o ramura filogenetica separata a bacteriilor acidofile
(organotrofe aeroba, oxideaza etanolul la acid acetic.
- genurile Acetobacter, Gluconobacter, Acidophilium, Acidomonas si Rhodophila.
10. Subcluster Rickettsia, Ehlichia, Wolbachia – bacterii parazite intracelular.

2. Subdiviziunea β-Proteobacteria - contine cel putin 60 de genuri si 180 specii. Foarte heterogena
dpv:
- dpv metabolic include: fototrofi (unele bacterii fotosintetice), chemolitotrofi si chemoorganotrofi, unii fizatori
de N2 si unii patogeni importanti la plante, om si animale.
- morphologic: bacilli, coci si spirili
- ecologic.
Bacteriile fotosintetice sunt incluse grupul Rhodocyclus si Fam. Comamonadaceae
a. Grupul Rhodocyclus –spirili din genurile Rhodocyclus, Azoarcus (bacterii diazotrofe din rizosfera),
Thauera si unele tulpini de Zoogloea (Z. ramigera este caracterizata ca bacterie formatoare de floculi).
b. Fam. = Comamonadaceae – grupul formal cu statut de Familie ce include cel putin 15 genuri
(Comamonas, Delftia, Variovorax, Leptothrix, Sphaerotilus)
2
 19
Membrii cu relavanta clinica apartin diferitilor clusteri ARNr :
- Fam. Neisseriaceae –cel mai proeminent grup de patogeni ai subdiviz; organotrof ioxidativi; in acelasi cluster
sunt inclusi si patogenii Kingella si Eikenella,
-Fam. Alcaligenaceae – genul Alcaligenes=saprofit, cu comportament de patogen oportunist, in timp de
Bordetella pertusis =patogen prin excelenta.
- Grupul Burkholderia include genul Burkholderia: B. mallei – patogen la cai, B.cepacia- heterogenitate
genetica si ubiquitara, fiind asociata cu plantele, prezenta in sol si izolata frecvent in mediu spitalicesc.
- Grupul Ralstonia –R.solanacearum important fitopatogen.
- Grupurile ‘acidovorans’ si ‘solanacearum’ ale genului Pseudomonas sensu lato.
La granita subdiviziunii: unele metilotrofe (Methylophilus, Methylobacillus), Spirillum volutans,
tiobacili S-oxidanti (litotrofi ce oxideaza S si Fe –g. Thiobacillus Thioparus) si nitritbacterii (Nitrosomonas si
Nitrosospira), Gallionella ferruginea (bacterie acvatica ce oxideaza Fe2+ si care formeaza depozite foarte mari,
spiralate compuse din Fe(OH)3).

3.Grupul Xanthomonas (cel putin 20 specii si numeroase patovaruri) – contituie un grup filogenetic
separat in cadrul diviziunii Proteobacteria. In functie de algoritmii de construire a arborilor ARNr, sunt legati
periferic la β/γ-Proteobacteria sau par sa ocupe o ramificatie separata intre cele 2 subdiviziuni.
- Fitopatogeni reprezentati de Stenotrophomonas, Freteuria si Xylella

4. Subdiviziunea γ-Proteobacteria – cel mai mare grup proteobacterian (cel putin 160 genuri si 680
specii) ; contine fototrofi, litotrofi si organotrofi.
Fam. Chromatiaceae - cluster exterior contine bacterii fotosintetice S-oxidante – g.Chromatium,
Thiocystis (acumuleaza S0 intracelular) si Thiobacillus ferroxidans (depun S0 extracelular). Recent, incluse si
organisme acidofile si aerobe din genul Acidithiobacillus.
Fam. Methylococaaceae – indepratate filogenetic de clusterul anterior; metilotrofe (Methyloccocus).
Grupul Leucothrix –chemolitotrofi S-oxidanti filamentosi;
-g.Thiothrix, Beggiatoa si Thioploca. La acestea se adauga Thiomargarita –gigant printre proteobacterii,ce
formeaza pete in vecinatatea coastei Namibiei, unde produce o oxidare anoxica a H2S cuplata cu reducerea
nitratilor.
Cluster central de bacterii enterice: enterobacteriaceae, vibrionaceae, Aeromonadaceae,
Pasteurellaceae, Halomonadaceae si pseudomonade autentice ; reprezentanti specializati ca patogeni ai
animalelor si omului.
a. Fam. Enterobacteriaceae include, alaturi de E.coli, numerosi colonizatori ai tractului intestinal la
animalele homeoterme (g.Shigella, Salmonella), patogeni la om (Yersinia pestis), plante (g.Erwinia,
Pectobacterium si Brenneria) si la insecte (g.Xenorhabdus – asociat tipic cu nematode ; bacterie
bioluminiscente ce au dobandit aceasta proprietate via transfer orizontal de gene de la specii marine slab
inrudite precum Vibrio, Photobacterium spp.).
b. Fam. Vibrionaceae - cativa patogeni (V.parahaemolyticus si V.choleare) si bacterii bioluminiscente
(Photobacterium phosphoreum si V.fischeri)= bacteri libere in mare/ simbionti in organele luminoase ale
pestilor si nevertebratelor.
c. Fam. Pasteurellaceae –agenti etiologicei ai diferitelor boli infectioase la om si alte vertebrate ;
genuri importante : Pasteurella, Haemophillus, Actinobacillus, Mannheimia.
d. Fam. Aeromonadaceae – A.salmonicida (patogen la pesti).
Grupul Alteromonas - contine chemoorganotrofi strict aerobi cu habitat exclusiv marin.

3
 20
Alte genuri importante ale subdiv.: Oceanospirillum, Marinomonas, Halomonas (aerobi marini),
Acinetobacter si Moraxella (izolate clinice).
Pseudomonade autentice – cluster important ; reprezentati prin specia tip P.aeruginosa, considerata
patogen oportunist. Majoritatea pseudomonadelor sunt bacterii versatile, capabile de crestere pe o gama larga
de compusi organici, inclusiv hidrocarburi aromatice, datorita prezentei oxigenazei. Acestea joaca rol important
in purificarea apei reziduale si curatarea petelor de petrol. Unele specii sunt fitopatogene (Ps. agarici, Ps.
marginalis, P.savastanoi, P.syringae).
Fam.Legionellaceae si Francisella cu importanta clinica ocupa ramuri separate in subdiv.

5. Subdiviziunea δ-Proteobacteruia – 50 de genuri si 140 specii; contine doar organotrofi.

-doar 3 grupe majore:
(i) bacterii sulfat reducatoare (genul tipic denumit Desulfo-): grup foarte heterogen de bacterii strict anaerobe
ce realizeaza oxidarea totala/partiala a moleculelor organice mici (lactat, piruvat, acetat)/ H2 si utilizeaza
compusi oxidati pe baza de S (sulfati, S0) ca acceptori finali de e-. Larg raspandite in medii acvatice si soluri
umede, ce devin anoxice ca rezultat al proceselor de descompunere microbiana.
- genuri Desulfobacterium, Desulfococcus, Desulfobulbus, Desulfomicrobium, Desulfovibrio, Desulfuromonas
(fiind inrudit genetic cu Geobacter si Pelobacter).
(ii) bdelovibrioni – predatori ai altor bacterii, ciclu de viata bifazic dpv morfologic si fiziologic, alternanta intre
faza de predator incapabil de crestere si faza reproductiva intracelulara. Strict aerobi care, dupa pentrarea unei
celule Gram- (Pseudomonas, Erwinia), creste si se multiplica in spatiul periplasmic, digera continutul celulei
pentru propria nutritie. Izolate din sol, ape curgatoare si medii marine. Stilul de viata parazit al lui Bdelovibrio
se reflecta in marimea genomului, ½ din genomul de la E.coli. Heterogenitate genetica observata intre cele 3
specii descrise (B.bacteriovorus, B.stolpii si B.starii).
(iii) mixobacterii - organotrof strict aerob, ce inmuguresc, care exprima cele mai complexe pattern
comportamental si cicluri de viata dintre toate procariotele. Diverse habitate (sol, material organic in
descompunere).
- genurile Chondromyces, Myxococcus, Stigmatella sunt obisnuit galbene, portocalii sau rosii, datorita prezentei
pigmentilor carotenoizi.
Genurile Geobacter si Pelobacter sunt -proteobacterii strict anaerobe. G.metallireducens este capabil
de utilizarea Fe3+ ca acceptor de e- pentru oxidarea H2, acetat, toluen si alti compusi organici. P.acidigallici
fermenteaza specific compusul aromatic fluorglucil la acetat.

6. Subdiviziunea ε-Proteobacteria – cea mai mica subdiv (6 genuri si 40 specii). Contine litotrofi si
organotrofi.
Campylobacter si Helicobacter sunt reprezentanti cheie ai subdiv, celule spiralate/curbate, mobile,
microaerofile/chemorganotrofe, patogene pentru om si/sau animale.
Fam. Campylobacteriaceae - C.coli si C.jejuni –enteropatogeni cei mai frecvent identificati ca agenti
cauzali ai diareei acute infectioase la om. Specii variate de Campylobacter se gasecs in numar mare in sacii
periodontali la om.
- Genul Sulfurospirillum contine bacterii sulfat-reducatoare microaerofile vibroide, prezente in
sedimentele apelor curgatoare/marine.
Grupul Helicobacter (helicobacterii) - impreuna cu Wolinella, constituie o ramura filogenetica
distincta in cadrul subdiv.
H.pylori retine atentia prin rolul sau in ulcerele gastrice si duodenale si, potential, in cancerul gastric, la
om. Noi specii descrise recent si mai multe recunoscute in stomac si tractul gastrointestinal al altor animale (W.
succinogenes – microaerofila in rumenul bovinelor).

4
 21
Diviziunea (Regnul) Bacteriilor Gram-pozitive
Cel mai convingator pattern de ramificare este cel al eubacteriilor Gram+. Prezenta a 2 subdiviziuni
majore se coreleaza perfect cu distributia continutului G+C% al membrilor (ex. sublinia ‘clostridiala’ cu G+C
scazut si sublinia ‘actinomicetelor’ cu G+C mare). Pana in prezent, datele de reasocierea ADN-ARNr si
catalogare 16S sunt concordante, in special la nivel de familie.
Clasa Actinobacteria este primul exemplu, din domeniul Bacteria, de sistem de clasificare filogenetic
ierarhizat complet pana la nivel de gen, prezenta unui pattern bogat de markeri chemotaxonomice facilitand
circumscirerea genurilor.
Diviziunea contine specii unite printr-o filogenie comuna si structura peretelui celular: bacili
mobili/imobili (Bacillus, Clostridium, Corynebacterium, Lactobacillus) sau coci (Staphylococcus,
Streptococcus), forme lipsite de P.C. (Mycoplasma), specii formatoare de spori (Bacillus, Clostridium,
Streptomyces), anaerobe (Clostridii, Desulfotomaculum, Veillonella), facultativ aerobe (Bacillus,
Streptococcus) sau aerobe (Sporosarcina).
1. Subdiviziunea bacteriilor Gram+ cu G+C% scazut:
a. neformatoare de spori (plus bacterii lactice)- Staphylococcus, Micrococcus, Streptococcus,
Lactobacillus
- coci imobili Gram+, izolati sau grupati neregulat (stafilococi, micrococi)/ in lanturi (streptococi) sau
bacili Gram+ obisnuit imobili izolati/grupati (lactobacili) ; nesporulati
- organotrofi aerobi (micrococi), facultativ anaerobi/ microaerofili (stafilo, strepto, Leuconostoc),
anaerobi (Lactobacillus)
- bacteriile lactive sunt : homofermentative (doar acid lactic ca produs de fermentatie – streptococi,
Pediococcus, enterococi, lactococi, unele sp. de lactobacili) si heterofermentative (produc si etanol etc –
Leuconostoc, unii lactobacili)
- liberi in natura, flora normala, paraziti
b. formatoare de endospori – Bacillus, Clostridium, Sporosarcina, Heliobacterium (inclusiv bacterii
homoacetogene si heliobacterii)
- bacili sporulati Gram+ mobili prin flageli peritrichi (bacili, crostridii)/ bacili si spirili mobili
(Heliobacterium – 2 specii produc spori), bacili cu motilitate activa (Heliobacillus), coci in tetrade/sarcina
(sporosarcona)
-fiziologie variabila:
- aerobi facultativi (bacillus); microaerofili (Sporolactobacilllus), anaerobi (clostridii,
Desulfotomaculum, Sporosarcina – lipseste catalaza);
- organotrofe obligat anaerobe (acetat ca produs final al fermentatiei glucidice, cuplat cu
reducerea CO2 pentru a forma al 3-lea acetat – homoacetogene;
- litotrofe (H2 ca sursa de energie – Acetobacterium, Clostridum, Desulfotomaculum)
- fototrofe obligat anaerobe (au bacterioclorofila g), dar pot utilize acetate, piruvat, lactat/ butirat
ca sursa de C pentru cresterea organotrofa (Heliobacterium)
- ubiquitare in natura (sol): tropical (Heliobacterium)
c. Mycoplasme (lipsite de PC) - Mycoplasma, Spiroplasma
- pleomorfe Gram+, lipsite de PC, prezinta steroli ; majoritatea imobile, unele au mobilitate prin
‘gliding’
- organotrofe facultative aerobe/obligat anaerobe
- paraziti
2. Subdiviziunea bacteriilor Gram+ cu G+C% ridicat:
a. Corineformi si bacterii propionice – Corynebacterium,. Arthrobacter, Propionibacterium

5
 22
- bacilli drepti/curbati, pleomorfi
- organotrofi aerobi (corineformi), anaerobi fermentative (propionibacterium)
- patogeni la plante si om/ microbiota normala (corineformi)/ saprofiti in sol (Arthrobacter)
b. Mycobacterii - organotrofi aerobi, patogeni
c. Filamentoase (Actinomycetes) – Streptomyces, Actinomyces:
-nocardioformi – mesofile, organotrofe aerobe
- actinomicete cu sporangiu multilocular:
- hife, grupe de spori cocoidali, unii mobili (Dermatophilus)/imobili (Frankia)
- organotrofe facultativ anaerobe/microaerofile (nonfermentative)
- parazite (Dermatophilus), simbiotice fixatoare de N(Frankia)
- Streptomyces si genuri inrudite :- mesofili aerobi cu metabolism organotrof flexibil
- Maduromycetes (g. Actinomadura): - organotrofe aerobe, majoritatea mesofile, unele termofile; paraziti.
- Thermomonospora si genuri inrudite:- organotrofe termofile aerobe (40-48oC)
- habitate cu temperature ridicate (composturi etc.)
- Thermoactinomyces (ex. T.vulgaris): - organotrode aerobe termofi (46-600C);
-boli alergice ale sistemului respirator (T.vulgaris)

Diviziunea (Regnul) Cyanobacteria - Prochlorophytes

8 Ordine ce includ:
1. Cianobacterii – sunt inrudite filogenetic cu bacteriile Gram-pozitive;
- fotolitotrofi aerobi oxigenici (clorofila a si ficobiliproteine ce utilizeaza H2O ca sursa de e- pentru generarea
NADH si NADPH si obtinere de O2)
- forme unicelulare (Anacystis, Synechococcus, Pleurocapsa) sau filamentoase (Anabaena, Nostoc,
Oscillatoria). Speciile formatoare de heterochisti sunt fixatoare de N2.
2. Prochlorofite– Prochloron, Prochlorothrix, Prochlorococcus)
- fotolitotrofi oxigenici aerobi (clorofila a si b, lipsesc ficobiliproteinele)
- endosimbionti ai nevertebratelor marine.

Regnul Chlamydia :
-paraziti obligat intracelular Gram-negativi, al caror P.C. este lipsit de peptidoglican
- organotrofi aerobi
- replicare prin fisiunea binara a corpilor reticulati, ce se diferentiaza in forme celulare mici dense, denumite
corpi elementari
- patogeni, ciclul de viata inplica corpi elementari si reticulati
Regnul Planctomyces/Pirella – Planctomyces, Pirella
-obligat aerobi, Gram-negativi, ce inmuguresc, cu PC lipsit de peptidoglican ; organotrofi, dar necesita medii de
cultura foarte diluate pentru crestere (oligotrofi) ; prezinta crampon. 2 genuri : Planctomyces si Pirella.
Regnul Cytophaga/Bacteroides/ Flavobacterium (CFB): Gram-negativi, unii obligat anaerobi
(Bacteroides, Fusobacterium), altii aerobi (Flavobacterium, Cytophaga, Sporocytophaga, Flexibacter).

6
 23
Una dintre cele mai neasteptate relatii rezultate din analiza secventei ARNr este gruparea specifica a
liniilor de descendenti Bacteroides si Cytophaga. Cu exceptia prezentei sfingolipidelor si a anumitor trasaturi
comune la nivel ARNr, membrii celor grupe prezinta diferente fenotipice mult prea mari pentru a putea fi
reuniti in acelasi regn. Totusi, studii comparative recente pe genele subunitatii a ATP-azei au arat un grad
ridicat al similaritatii de secventa printre genele corespunzatoare ale Bacteroides fragilis, Cytophaga lytica,
Flavobacterium ferrugineum.
Urmatoarele doua clade ale domeniului sunt fototrofe: (1) bacterii sulfuroase verzi si (2) bacterii
nesulfuroase verzi. Ambele contin specii cu pigmenti fotosintetici similari, capabile de crestere autotrofa.
Regnul Bacteriilor sulfuroase verzi : fotolitotrofi Gram-negativi obligat anaerobi (Chlorobium,
Prosthecocloris).
Regnul Bacteriilor verzi nesulfuroase : Gram-negative, majoritatea fotoorganotrofe thermofile
(Chloroflexus), dar unele chemotrofe (Thermomicrobium).
Regnul Spirochetes: gram-negative, de forma spiralata, cu filamente axiale ; organotrofe aerobe,
microaerofile, facultativ aerobe/ anaerobe; libere (Spirochaeta), simbiotice (Cristispira), multe patogene
(Borrelia, Treponema, Leptospira).
Regnul Deinococci: specii cu P.C. neobisnuit si rezistenta inascuta la nivele ridicate ale radiatiilor;
Deinococcus radiodurans- specia majora a grupului.
Alte cateva clade s-au desprins de timpuriu din arborele filogenetic, fiind plasate foarte aproape de
radacina. Desi distincte intre ele, aceste grupuri sunt reunite prin proprietatea comuna de a creste la temperaturi
ridicate (termofilie): Thermotoga Thermodesulfobacterium, Aquifex.
Regnul Thermotoga : termofile Gram-negative din venturi hidrotermale bentice si izvoare termale
continentale (Topt ~1000C; in izvoare termale); fermenteri anaerobi cu o anvelopa de tip sheath-like (‘toga’).
Regnul Thermodesulfobacterium : organotrofe termofile (t optima 700C) Gram-, sulfat- reducatoare si
cu lipide eterificate (relative similar cu archaea).
Regnul Aquifex si inruditi: Ord. Aquificales, Fam. Aquificaceae cu Aquifex, Calderobacterium,
Hydrogenobacter, Thermocrinis.
Aquifex - bacterie din izvoare termale vulcanice, hipertermofila (800C), litotrofa ce oxideaza H, S sau
tiosulfati, microaerofila sau anaeroba (utilizeaza nitratii ca acceptori finali de e-); formeaza cea mai primitiva
ramura a arborelui filogenetic.

7
 24
Domeniul Archaea

Consideratii generale
Trasaturi comune :
1. (eu)bacteriilor: prezenta incluziilor de polifosfatilor si PHB, prezenta flagelilor tipici bacterieni, organizarea
cistronilor ARNr, gene metabolice cu aspecte evolutive comune;
2.eucariotelor: masinaria transcriptionala si translationala: factorul de elongare EF-2, proteine ribosomale, ARN
pol ADN-dependenta (inrudita cu ARNpolII), unele gene ARNt cu introni.
Caracteristici unice :
-structura membranei: absenta mureinei, prezenta pseudomureinei; lipide de membrana reprezentante de
glicerol isopranil eteri;
- absenta ribotimidinei de pe bratul ARNt, inlocuita cu 1-metil-pseudouridina/pseudouridina;
- unele proteine ribosomale
- unele metanogene au cofactori neobisnuiti
- fenotipurile aerobe sunt rare
- specii termofile, in special extrem termofile, extrem de numeroase incat sunt considerate caracteristice acestui
grup filetic.
- fotosinteza se bazeaza pe un mecanism total diferit de cel al fotosintezei bacteriene (implicand rhodopsina
bacteriana) si a rezultat intr-o sublinie relativ superficiala
Trasaturile tipice: dimensiuni mici, absenta nucleului, genom de dimensiuni reduse si diviziune celulara non-
mitotica. Crs circular nu e legat de membrana si prezinta un domeniu larg al compozitiei G+C%. enzime de
restrictie prezenta.

Archaea - grup mic de microorganisme considerate mult timp a fi preponderent ‘extremofile’ pentru ca
populeaza un spectru ingust de habitate specializate, reprezentate predominant de medii extreme (izvoare
termale).
Tehnicile de ecologie moleculara au identificat un numar mare de fenotipuri archaeale ’non-extremofile’
noi intr-o varietatea de medii temperate si reci (apele oceanice deschise, soluri, sedimente marine si de lac,
picoplancton marin si din ape curgatoare etc.), in stomacul animalelor, composturi.
Toate archaea-ele sunt chemoorganotrofe, desi Halobacterium sp. poate utiliza lumina pentru producere
de ATP, intr-o maniera particulara.
Radacina subarborelui divide domeniul Archaea in 3 filiatii principale:

1. Regnul Euryarchaeota:
Este o colectie diversa de filiatii care imbraca colectiv fenotipurile archaeale majore.
3 grupuri majore : metanogene anaerobe, halofile extreme si hipertermofile
I. Metanogene – 5 ordine descrise : Methanopyrales, Methanococcales, Methanobacteriales,
Methanomicrobiales, Methanosarcinales.
- sunt Gram+/-, organolitotrofi strict anaerobe;
- metabolism unic in biologie prin obtinere de energie bazata pe producere de CH4.
- 2 ramuri ce includ Methanopyrus, Methanococcus, Methanothermus, Methanobacterium,
Methanospirillum, Methanosarcina si unele halofile metanogene ; ordinul Methanococcales reprezinta ramura
cea mai adanca dintre ele.
- prezente in mod obisnuit in toate tipurile de mediile anaerobe :
-sedimente si soluri anoxice,
- tractul digestiv animal : rumenul animalelelor ruminante (vite, oi, camile), cecum animalelor cecale (cai si
sobolani), intestinul subtire la animale monogastrice (om, porci si caini), insecte celulolitice (termite)
- ape reziduale
-depozite subterane de titei
- venturi hidrotermale.
II. Halofile extreme – apartin Clasei Halobacteria – Ordiunl Halobacteriales (15 genuri :
Halobacterium, Halococcus, Haloferax, Halorubrum, Haloarcula, Halococcus, Natronobacterium,
Natronococcus);
- mesofile obligat aerobe ;
1
 25
- halofile (necesita concentratii mari de Na+:1.5M, majoritatea 3-4M) ; majoritatea organotrofe (via respiratie),
altele (Halobacterium) utilizeaza fotofosforilarea via bacteriorhodopsina ;
- colonizatori I-ari ai lacurilor sarate, comuni in mari hipersaline, sol uscat, depozite subterane de sare ; pigment
rosu si infloriri
III. Hipertermofile includ:
I. Clasa Archaeoglobi - cu ordinul Archaeoglobales (g. Archaeoglobus si Ferroglobus)
- sulfat reducatori; Archaeoglobus=, metanogenic, anaerob termofil
- hipertermofile strict anaerobe (60-950C, optim la 80-850C), neutrofile (pH optim = 7.0), halotolerante
(tolereaza pana la 5.4% NaCl); sedimente abisale, sistemele hidrotermale submarine.
II. Clasa Thermococci – cu ordinul Thermococcales (g. Thermococcus, Pyrococcus, Palaeococcus- recent
descries);
- hipertermofile strict anaerobe (75-880C pentru Thermococcus si 96-1000C pentru Pyrococcus); cu exceptia
T.alcaliphilus (ph optim 9.0-10.5), toate speciile sunt neutrofile (ph optim = 6-8)
III. Clasa Thermoplasmata – ordinal Thermoplasmales (g. Thermoplasma, Picrophilus)
- procariote lipsite de P.c. , similare micoplasmelor din acest pdv
- acidofile extreme (ph optim 0.7-2.0); termofile (optim ~600C, maxim 65-670C);
Pycrophilus – obligat aerob; cel mai acidofil dintre toate procariotele (pH=0.0).
Thermoplasma sp. – facultative anaerobe, heterotrofe obligate.
- populeaza sedimente abisale, venture submarine, ape marine,rezervoare petroliere etc.).

2. Regnul Crenarchaeota:
Este o colectie pura dpv fenotipic de extrem termofile/ hipertermofile (800C), multe sunt litotrofe
anaerobe, organolitotrofe sau organotrofe.
Clasa Thermoprotei cu 2 ordine:
Ord. Thermoproteales – Thermoproteus, Thermofilum, Pyrobaculum,
- hipertermofile ; cu exceptia speciilor marine (Pyrobaculum aerophilum), se gasesc in sol, suprafata apelor
Ord. Desulfurococcales – Pyrodictium, Pyrolobus si Desulfurococcus
- neutrofile (ph=5-8), hipertermofile (Pyrolobus fumarii – 1130C, cea mai temperatura de crestere)
- obligat organotrofe (excepti Igneococcus)
Ord. Sulfolobales – 6 genuri (Sulfolobus, Metallosphaera, Sulfococcus – obligat aerobe ; Acidianus si genul
recent descris Sulfurisphaera – facultativ anaerobi ; Stygiolobus-obligat anaerob)
- termoacidofile (65-900C, ph=1.5-4.0).
- S-oxidante; alternativ, sulfid, tetrationat / Fe3+ pot servi ca donori de e-.

3. Regnul Korachaeota contine doar cateva organisme viabile dar necultivabile, recent descoperite in
izvoare termale si care, conform datelor de secventa ADNr16S, ar reprezenta forme de viata cele mai primitive
dpv evolutiv.

Archaea ‘non-extremofile » includ 3 grupuri noi (clade) necultivabile :

- grupul I – archaea ce traiesc in diverse soluri, sedimente, habitatea marine si de apa dulce ; inrudit cu
Crenarchaeota;
- grupurile II si III – incluse in Euryarchaeota, cu o mai mica variatie in ocuparea habitatelor.

MICROORGANISME EUCARIOTE

Domeniul Eukarya
Microorganismele eucariote (Protiste si Microfungi) sunt reunite prin structura distincta a P.C., si
evolutia filogenetica. Arborele domeniului arata o ramura lunga ce culmineaza cu eucariotele recente (plantele
si animalele). Corespunzator localizarii filogenetice in apropierea radacinii, unii reprezentanti sunt eucariote cu
structura simpla, lipsite de mitocondrii sau alte organele. Aceste celule (ex. Diplomonade ca Giardia) par a fi
descendentii moderni ai celulelor eucariote primitive care nu s-au angajat in endosimbioza. Multe din EK
timpurii sunt celule metabolic deficiente si paraziti patogeni la om si animale.
2
 26
Similar PK, exista o diversitate taxonomica, structurala si fiziologica relativa a microorganismelor
eucariote. Astfel, algele sunt fototrofe, contin cloroplasti, pot trai in medii ce contin doar cateva minerale, CO2
si lumina. Populeaza habitate acvatice si terestre si sunt producatori primari majori in natura.
Fungii sunt lipsiti de pigmenti fotosintetici si sunt unicelulari (drojdii) sau filamentosi (mucegaiuri).
Fungii sunt agenti majori ai biodegradarii in natura si reciclatori majori ai materiei organice in sol si alte
ecosisteme.
Protozoarele sunt lipsite de P.C.. Multe protozoare sunt mobile, diferitele specii fiind larg raspandite in
natura in habitate acvatice si ca patogeni ai omului si animalelor.
Protozoarele sunt raspandite in tot subarborele domeniului Eukarya. De xemplu, flagelatele sunt specii
desprinse foarte de timpuriu, in timp ce specii ciliate de Paramecium sp. sunt filogenetic mult mai derivate.
Myxomicetele se aseamana protozoarelor prin mobilitate si lipsa P.C., difera de protozoare prin
filogenie si prin faptul ca celulele parcurg un ciclu de viata in care celulele mobile agrega pentru a forma o
structura multicelulara denumita corp de fructificare prin care se produc spori care, prin germinare, se
transforma in celule mobile.
Lichenii sunt un exemplu de murtualism microbian, in care 2 organisme traiesc impreuna pentru
beneficiu reciproc. Lichenii constau dinte un fung si un partener fotofototrof de tip alge (eucariote) sau
cianobacterii (procariote). Componenta fototrofa este producatorul primar in timp ce fungul ofera fototrofului o
ancora si protectie fata de elemtne.

PROTISTE/PROTOCTISTE (EK UNICELULARE)

Grup parafiletic de organisme EK cu organizare simpla, cu caracteristici de plante (fotosinteza) si animale
(mobilitate), predominant unicelulare. In mod traditional, Protistele sunt clasificate in:

I. Regnul Protozoa (protiste animal-like, ce consuma alte animale prin fagocitoza)

– grup filogenetic divers de EK unicelulare, lipsite de PC.. Unele fotoautotrofe, majoritatea
chemoheterotrofe: saprobionte (se hranesc prin absorbtia substantelor nutritive) sau holozoice (ingera hrana
particulata din mediu- fagotrofe). Unele formeaza chisti, reproducere asexuata prin fisiune binara sau
inmugurie, reproducere sexuata prin gameti haploizi.
Majoritatea sunt libere si populeaza habitate acvatice (in planctonul oceanurilor, lacurilor, raurilor ;
mlastini, canale bogate in vegetatie acvatica). Unele sunt parazite pe gazde diverse (alge, nevertebrate si chiar
om). Majoritatea mobile prin intermediul flagelilor, structurilor hair-like denumite cili, sau mobilitate
amoiboida (deplasare prin formare de pseudopode).
Tipuri de protozoare: peste 20.000 de specii cunoscute :
1. Subfilum Mastigophora – Flagelate:
-grup divers de organisme unicelulare, cu proiectii denumite flageli cu rol locomotor. Unicelulari, coloniali sau
paraziti. Heterotrofe.
Ecologie : -libere in apa dulce (Diphylleia, Phalansterium) si marine (Ancyromonas, Apusomonas,
Cercomonas, Chryothecomonas, Telonema)
- altele in sol (Spongomonas) si tractul intestinal al unor animale.
- unele parazite pentru om si animale - genurile Trypanosoma brucei, T.gambiense (boala somnului),
Leishmania, Giardia lamblia (protozoar intestinal), Trichomonas vaginalis..
Include si flagelate fototrofe din Filum Euglenophyta – Euglenoide:
- microorganims unicelulare, cu proprietati comune plantelor si animalelor: aparat fotosintetic asemanator
algelor verzi, lipsa PC si ingerarea hrana particulata (animale).
- 2 flageli inegali fara rol in mobilitate. Deplasare realizata prin miscare euglenoida, realizata printr-o
succesiune de contractii si relaxari ale peliculei (membrana celulara groasa cu un sistem de caneluri si benzi de
natura proteica, paralele/ spiralate.
- in absenta luminii se hranesc heterotrof, prin ingestia hranei particulate.
- acvatice prin excelenta, populand in principal ape curgatoare. Spre deosebire de protozoare, flagelate sunt
nepatogene.
2. Filum Sarcomatigophora/ subfilum Sarcodina – Amoebe:
3
 27
include amoeba comuna, subgrupele Foraminifera si Radiolaria (formeaza cochilii din calcar secretat de
celula/materiale exogene in cursul cresterii vegetative). Reproducere asexiata prin fisiune, unele cu reproducere
sexuata.
Subfilum uneori subdivizat in 2 clase : Rhizopoda si Actinopoda.
Clasa 1. Rhizopoda (pseudopode fara suport) - include :
Grupul Amoeba – cel putin 6 forme de amoebe parazite la om, cea mai importanta Entamoeba histolytica –
parazita in tractul intestinal uman amoebiaza sau dizenterie amoebiana, prevalenta in regiuni geografice cu
condiitii sanitare precare.
Grupul Foraminifera (foraminiferi/ forami) – organisme exclusiv marine,in apele de coasta, unicelualre ce
prezinta cochilii chitin-like, din carbonat de Ca, ce formeaza depozite bogate de fosile sedimentate. Peste
30.000 specii catalogate. Allogromia, Ammonia, Haynesina, Reticulomyxa Homotrema rubrum.Traiesc in
regiunile de coasta.
Clasa2. Actinopoda ce include :
Grupul Radiolaria (Acanthometron, Polycystinea, Phaeodarea) – unicelulari ce se disting prin exoshelete
intricate, denumite ‘testes’.Traiesc in larg.
Grupul Heliozoa (heliozoare): Actinophryidia, Centohelida, Desmothoracida, Gymonosphaerida, Taxopodida.
3. Filum Ciliophora – Cialiate (7000 specii cunoscute: Paramecium, Euplotes, Stentor, Stylonychia).
- in unele stadii ale ciclului de viata, prezinta cili. Caracterizate prin prezenta ciclilor pe suprafata intregii
celule/ numai in zone specializate.
- unice prin celule binucleate: macronucleu implicat in producerea ARNm, necesar cresterii si functiilor
celulare, si micronucleu implicat in reproducere, ce are loc prin fisiune binara sau conjugare. Hranire prin
ingestia materiei particulate prin citostom (regiune diferentiata).
Majoritatea sunt forme libere ce populaeaza mediile acvatice. Cateva parazite si doar Balantidium coli –
patogen la om.
4. Filum Sporozoa (Apicomplexa) -Sporozoare
Grup mare de protozoare parazite obligate, pentru 1/n gazde de nevertebrate, dar mai ales vertebrate.
Desi denumite sporozoare, nu formeaza spori adevarati ca la bacterii, fungi, ci produc structuri analoge
denumite sporozoiti, implicati in transmiterea la o noua gazda. In ciclul infectiosse succed tipuri morfologice si
fiziologice distincte (sormare de spori).
Nutritie absorbtiva a hranei solubile prin invelisul extern, ca la bacterii si fungi.
Reprezentanti :
- coccidiile – parazite la pasari
- plasmodiile (agentii malariei) – Plasmodium vivax, P.falciparum, P.malariae, P.ovale (la om)
infectioase pentru pasari si mamifere, inclusiv om.

II. Alge/protiste algale (protiste plant-like, fotosintetice) :

Grup filogenetic heterogen (polifiletic si parafiletic) de organisme EK, cu particularitati distinctive
morfologic.
In general, fotosintetizante (clorofile - clorofila a prezenta la toate algele si localizata in structurile
cloroplastelor ; carotenoizi de tip caroteni si xantofile ; ficobiline) si nu au diferentieri/ structuri producatoare
inalt organizate.
Ecologie: majoritatea sunt organisme libere in apa dulce si sarata/ sol. Unele stabilesc raporturi simbiotice
cu fungii, plantele si animalele. Formeaza parteneriate beneficial mutual cu alte organisme : lichenii alge si
fungi. Algele denumite zooxantele traiesc in interioul celulelor coralilor. In mod exceptional, sunt parazite la
organismele superioare.
Algele unicelulare (microscopice) sunt cele mai reprezentative organisme ale planctonului in lacuri si
oceane (forme microscopice de viata care plutesc liber in patura superficiala a panzelor de apa - algele
microscopice,plutesc sau inoata) si formeaza fitoplanctonul, spre deosebire de zooplancton ce contine
organisme animale mici. Planctonul sta la baza catorva lanturi trofice. Fitoplanctonul reprezinta veriga esentiala
a retelei trofice a oceanului, sursa majora de hrana pentru multe specii de animale.
Algele macroscopice sunt multicelulare, cu structuri specializate cu functii specife : crampon – structura
diferentiata prin care se fixeaza de substrat.
Reproducere asexuata prin diviziune mitotica/ fragmentare (la algele multicelulare)/ spori unicelulari,
germinativi, mobile prin intermediul flagelilor (zoospore)/imobili (aplanospori).
Reproducerea sexuata se realizeaza prin meioza (gamete haploizi) cu formarea zigotului diploid.
4
 28
Clasificarea algelor
Se bazeaza pe proprietati generale, comune membrilor unui grup: pigmenti fotosintetizanti, substante de
rezerva, mecanismele mobilitatii, modul de reproducere.
1. Filum Phaeophyta (alge brune) – genul Sargassum (Oc. Atlantic), Neocystis
- macroalge exclusiv marine. Diferentieri tisulare si regiuni morfofunctionale : crampon, stip, vezicule, filoizi.
- contin clorofila a si c, pigmenti carotenoizi (xantofila, fucoxantina – culaorea bruna).
2. Filum Bacillariophyta (Diatomee)
- grup ce reuneste organisme unicelulare diverse morfologic. Culoare galben-bruna datorata fucoxantinei.
- ecologie: constituenti ai planctonului din ape dulci si sarate. Majoritatea autotrofe.
3. Filum Pyrrophyta (Dinoflagetate) – Noctiluca, Gessnerium, Ptychodiscus
- grup divers de organisme unicelulare biflagelate/ aflagelate. Datorita capacitatii de a ingera particule solide,
au fost considerate protozoare.
- ecologie: medii marine si dulci ca fotoautotrofe saprobionte, simbionte –zooxantele (cu anemone, spongieri,
corali, meduze) sau chiar parazite.
- contin clorofila de tip a si c, mascate de pigmenti carotenoizi de culoare galbena. Cele fara clorofila se hranesc
heterotrof.
- PC denumit teaca alcatuita din placi ce contin celuloza. Atat cel cu teaca cat si cele nude prezinta sant
transversal, la nivelul caruia, la speciile mobile, emerg 2 flageli.
4. Filum Rhodophyta (alge rosii) – genul Corallina, Porphyra, Glaucosphaera
- ficoeritrina in calitatea de pigment ficobilinic dominant (culoare rosie), ficocianina si clorofila a.
- ecologie: ape marine tropicale, dar si ape mai reci. Cresc fixate de support/ de alte alge. Foarte putine plutesc
libere.
5. Filum Chlorophyta (alge verzi) – genul Chlamydomonas, Ulva, Spirogyra
- grup parafiletic. Au cele mai multe asemanari cu plantele : clorodile de tip a si b, amidonul – principalul
produs depozitat. P.C. format din celuloza si pectina.
- cuprind alge microscopice unicelulare/ cloniale, macroscopice pluricelulare, filamentoase/ tal masiv.
- populeaza ape dulci, putine apar in mediu marin.abundente in straturile superficiale ale mediilor acvatice.
Endosimbionte cu fungii (formeaza licheni), cu protozoarele, anemonele, hidra.

REGNUL FUNGI

EK uni- sau multicelulare, dimorfice (drojdii sau mucegaiuri); PC chitinosi; chemoorganotrofe, heterotrofe
aerobe, nutritie absorbtiva ; reproducere asexuata prin spori, fisiune binara, inmugurire, fragmentare ;
reproducere sexuata prin fuziunea nucleilor haploizi cu formare de spori.
Habitat divers, unele acvatice, ce populeaza in special apele dulci, si doar putine in medii
marine.majoritatea au habitatea terestre, in sol sau rizosfera, caz in care sunt implicate in mineralizarea C
organic in natura.numerorosi fungi paraziti la plante, putini a animale.
Taxonomia clasica recunoscute trei grupe majore de Fungi pana in prezent: Mucegaiuri (Fungi
filamentosi), Drojdii (fungi unicelulari) si Ciuperci (fungi macroscopici).
Relatiile filogenetica raman incerte. Analiza filogenetica indica regnul Fungi ca parte a ramificarii terminale
a domeniului Eukarya, fiind mai apropiat de Animalia decat de Plantae.
Fungii microscopici apartin la:
Filum Oomycota - mucegaiurile de apa, incluzand unii patogeni majori ai plantelor, sunt considerati ca
fungi desi filogenetic sunt un grup distinct cu P.C. ce contin obisnuit celuloza si β-glucan.
Filum Zygomycota - grup de fungi inferiori cu miceliu cenocitic (neseptat), ce produc spori asexuati
(sporangiospori) formati in sporangiu la variful hifelor aeriene si sexuati (zigospori).
Descompunatori saprofiti in sol.
Clasa Trichomycetes – g.Trichomyces.
Clasa Zygomycetes- g. Rhizopus, Absidia, Cokeromyces
Filum Ascomycota – Clasa Ascomycetes
- ciclu de viata dimorf cu faza Telomorfa ce alterneaza cu faza Anamorfa. Reproducere vegetativa prin muguri
sau spori asexuati de tip conidiospori, sexuata prin ascospori formati in asce.
- descompunatori saprofiti in sol. paraziti sau patogeni: Claviceps purpurea, Ophistoma ulmi, Monilinia
fruticola.
5
 29
S.cerevisiae, S.ellipsoideus – panificatie, vinificatie
Cel mai mare filum (50% din speciile fungale).
Datele moleculare recunosc 3 grupe majore de ascomicete:
- grup 1 – ascomicete bazale - Ord. Schizosaccharomycetales: Fam. Schizosaccharomycetaceae
(Schizosacchamoyces sp.) Saitoellacease, Pneumocystiaceae (Pneumocystis sp.);
- grup 2 – drojdii adevarate, filamentoase/ unicelulare fara corpi de fructificatie
Ordin Sacharomycetales -75 genuri cu 273 specii : Fam. Saccharomycetaceae (Saccharomyces, Pichia,
Debaryomyces, Candida -12 grupuri fiziologice : c.albicans, C.parapsilopsis, C.tropicalis, C.guilliermondii),
Nadsoniaceae, Dipodascaceae, Cephaloascaceae, Eremotheciaceae, Lypomycetaceae, Metschkowiaceae.
- grupul 3 – ascomicete filamentoase cu corpi de fructificatie. Maniera de aranjare a ascelor a permis
gruparea lor in 6 clase:
- Pyrenomicetes – corpi de fructificatie piriformi (peritecii) : Microascus, Chaetomium (saprobiont),
Neurospora, Scopulariopsis, Opistoma, Fusarium, Acremonium, Trichoderma.
- Plectomycetes – corpi de fructificatie sferici (cleistotecii) :
Ordinul Eurotiales - Aspergillus, Penicillium. Doar cateva patogene : A.fumigatus, A.flavus, A.terreus,
P.marneffei.
Ordinal Onygenales – Histoplasma capsulatum, Blastomyces dermatitidis, Emmonsia parva,
coccidioides immitis
- Loculoascomycetes –asce bistratificate

Filum Deuteromycota (Fungi imperfecti) – lipsite de stadiul sexuat de reproducere.

Se presupune ca majoritatea lor sunt stadii asexuate ale fungilor cu reproducere sexuata, ce apartin Div.
Ascomycetes si Basidiomycetes. Grup heterogen, cu specii fara origine comuna sau inrudire filogenetica.
Miceliu spetat, hife ramificate. Spori asexuati de tip conidiospori, produsi pe conodiofori.
Ord.Hyphomycetales, Fam. Cryptococcaceae (Cryptococcus) si Ord. Schizosaccharomycetales, Fam.
Saitoellaceae.
Descompunatori saprofiti in sol. Utili : P.chrysogenum – penicilina ; Gorgonzola, Camembert, Roquefort.
Patogeni : Microsporidium, Trichophyton, Epidermophyton – tinea pedis, capitis ; C.albicans – infectii
oportuniste ; Histoplasma capsulatum – histoplasmoza ; A.flavus - aflatoxina.

Biodiversitatea microorganismelor

Concepte de baza in ecologia microorganismelor

Conceptul de ecosistem microbian

Din punctul de vedere al Ecologiei generale, ecosistemul este definit ca unitatea ecologica alcatuita dintr-o
componenta biotica, reprezentata de comunitatea de organisme (microorganisme, plante si animale) si o
componenta abiotica reprezentata de mediul fizic, care interactioneaza prin relatii trofice, flux de nutrienti si
energie.
Aplicarea acestui concept in Ecologia microorganismelor este dificila si ambigua, intrucat nu reflecta
procesele desfasurate de microorganisme in natura, pentru intelegerea carora sunt necesare studii autecologice
si sinecologice.
Studiile autecologice investigheaza ecologia organismelor apartinand unei singure specii, prin studierea
efectului speciei asupra mediului inconjurator, a capacitatii sale adaptative la particularitatile si conditiile de
stres ale habitatului respectiv si a impactului mediului asupra acesteia. Cele mai avansate studii autecologice
vizeaza agentii patogeni pentru om, animale si plante.
Studiile sinecologice studiaza diferitele specii, complexul de organisme (populatiile si comunitatile) si
asocierea in cadrul ecosistemului natural a ansamblului speciilor cu componentele abiotice importante dpv
biologic, caracteristice mediului considerat. Acestea permit intelegerea schimburilor de materie si enrgie in
cadrul si intre diferite compartimente biotice si abiotice.
In acest context, conceptul de ecosistem microbian natural este definit ca o comunitatea de
microroganisme, cu o structura si functii clar definite, asociata intim mediului fizic in care habiteaza.
Ecosistemele microbiene naturale au o arhitectura complexa, conferita de heterogenitatea populatiilor de
microorganisme constituente (indigene), organizate spatial si temporal. Din aceasta rezulta doua dintre

6
 30
diferentele semnificative existente intre ecosistemele microbiene si culturile omogene de laborator, folosite
mult timp la investigarea in vitro a activitatii microorganismelor in natura:
1. Majoritatea habitatelor naturale sunt heterogene structural, fiind colonizate de tipuri diferite de populatii,
corespunzand sub acest aspect culturilor mixte de laborator.
2. Ecosistemele microbiene naturale se caracterizeaza prin 2 proprietati majore:
(a) organizarea spatiala a microorganismelor componente, ce implica dezvoltarea lor in functie de gradiente
de molecule solubile, biologic active. Organizarea/ heterogenitatea spatiala presupune existenta unui transfer
vectorial de substante solubile, caracterizat prin amplitudine si flux directionat de la o regiune ce actioneaza ca
sursa spre o alta regiune in care concentratia substantelor solubile este scazuta.
(b) organizare temporala exemplificata de succesiunile diferitelor populatii de microorganisme in ecosistem.
Sub acest aspect, anumite habitate pot fi in stare de echilibru, compozitia lor ca intreg ramanind constanta
deoarece moartea unor microorganisme si reciclarea nutrientilor sunt compensate de cresterea altora.

Ecosisteme microbiene organizate spatial

Pot fi clasificate in:
- ecosisteme organizate vertical, aparute prin procese de stratificare, sunt reprezentate de biofilme microbiene,
colonii de microorganisme, sedimente acvatice, sol si apa.
Coloniile bacteriene reprezinta un exemplu tipic de crestere bacteriana in conditii heterogene, in care
celulele competitioneaza pentru substantele nutritive si se acumuleaza produsi toxici de uzura. Celulele de la
periferia coloniei vin in contact cu cantitati mari de O2 si nutrienti, in timp ce celulele din straturile profunde se
gasesc in anaerobioza si primesc numai substantele nutritive ce au difuzat prin intreaga masa celulara.
- organizate radiar/ cilindric de tipul : rizosfera, particule de sol, ‘flocoane’ de microrganisme din namolul
activat al statiilor de tratare a apelor reziduale, ‘ gheme miceliene ‘ (denumite si ‘ecosisteme sferice’ alcatuite
din conglomerate de microorganisme asociate cu cantitati variabile de materie organica/ anorganica).
- organizate orizontal apar prin procese de zonare in functie de gradientul termic, organic, de salinitate etc.
Aceste ecosisteme cu organismele localizate in pozitii fixe sunt intalnite intr-o gama larga de medii naturale
(sol, lacuri stabil stratificate vertical) si variaza, ca dimensiune : cativa μm (in unele biofilme de
microorgansime) - sute de metri (in lacuri stratificate).
Grandientele de concentratie determina raspunsuri fenotipice diferite in functie de localizarea
microorganismelor, ca o consecinta a adaptarii genotipurilor la particularitatile zonei in care se gasesc.
Heterogenitatea spatiala si temporala a ecosistemelor microbiene naturale reprezinta proprietati deosebit de
importante pentru ca :
1. transferul prin dufuzie a substantelor solubile este determinant pentru vitezele de metabolism in anumite
ecosisteme naturale. De exemplu, interfata dintre zonele anoxica si oxigenica creste viteza metabolismului
bacteriilor implicate in circuitul S (bacterii Soxidante in zona oxigenica si bacterii SO4-reducatoare in zona
anoxiogenica).
2. heterogenitatea ecosistemului permite interactiuni metabolice intre microorganisme incapabile de crestere
simultana intr-un habitat omogen. De exemplu, in cadrul circuitului S, metabolismul celor doua grupe
fiziologice este cuplat la interfata zona anoxica-zona oxigenica prin compusii care difuzeaza dintr-o zona in
alta.
3. Heterogenitatea stimuleaza diversitatea tipurilor de microrganisme prezente intr-un habitat, prin faptul ca
ofera un spectru larg de nise ecologice pentru dezvoltarea diferitelor specii microbiene.
4. heterogenitatea stimuleaza stabilitatea ecosistemului, cu cat populatiile sunt mai diferite, cu atat
stabilitatea ei la perturbarile si stresul din mediu este mai mare.
5. frecventa si gradul perturbarii mediului, impreuna cu gradul de heterogenitate, determina viteza si
spectrul de adaptabilitate evolutiva ale unui ecosistem.

Rolul microorganismelor in functionarea ecosistemelor este esential si se realizeaza la 3 nivel diferite:

1. Actiunea la nivel individual este evidenta pentru microorganismele cu rol esential in existenta sau
asigurarea dezvoltarii normale a organismului plantelor/ animalelor. De ex., asocierea fungilor cu
cianobacteriile sau cu algele pentru formarea lichenilor, rolul esential al microbiotei ruminale (bacterii,
microfungi si protozoare) pentru existenta animalelor rumegatoare, rolul esential al bacteriilor din intestinul
termitelor (dupa indepartarea lor cu ajutorul substantelor antibiotice, gazda anexica moare dupa aprox. o
saptamana).
2. Actiunea la nivel de ecosistem – complexa si exemplificata de :
7
 31
- rolul unor agenti patogeni in limitarea dezvoltarii populatiilor unor anumite organisme, ce ar perturba
ecosistemele naturale (rolul bacteriilor, microfungilor si unele virusuri in reglarea populatiilor de insecte
daunatoare).
- rolul in formarea si mentinerea structurii solului, esentiala pentru circulatia apei, aerului si nutrientilor
- rolul de bioindicatori ai ‘sanatatii’ ecosistemelor, microorganismele avand capacitatea de a semnala de
timpuriu aparitia unor modificari negative produse de activitatea unor poluanti sau altor factori perturbatori,
inante ca acestea sa afecteaza organismele evoluate (fungii din structura lichenilor reactioneaza la prezenta
poluantilor gazosi, iar fungii din micorize sunt sensibili la ploile acide).
- rolul esential al microorganismelor in lanturile si retele trofice:
Ecosistemele naturale sunt alcatuite din microorganisme cu actiuni complementare, ce efectueaza
diferite functii pe baza de interactiuni ± complexe. La acestea se adauga existenta diferitele microorganisme cu
redundanta functionala, cu consecinte benefice privind adaptarea ecosistemului la conditiile variabile de mediu.
3. Actiunea la nivel global –este semnificativa. Ca grup, microorganismele reunesc potentialitati biochimice
atat de mari, incat pot asigura circulatia tuturor elementelor biogene in natura. Microorganismele au contribuit
la formarea atmosferei actuale a Pamantului, o data cu aparitia fotosintezei oxigenica efectuata de cianobacterii
si alge. De asemenea, fixarea N2 atmosferic este realizata exclusiv de catre microorganismele procariote
(eubacterii si cianobacterii).

Adaptarea microorganismelor la ecosistem

Diferitele specii de microorganisme cresc, se multiplica, sunt active si supravietuiesc intre anumite limite de
conditii extreme, ce reprezinta spectrul lor de toleranta sau amplitudinea ecologica. In plus, populatiile
aceleasi specii pot avea limite de toleranta diferite. Populatiile unei specii care difera ca toleranta datorita
adaptarii la conditiile locale diferite sunt denumite ecotipuri.
Prezenta microorganismelor in natura, chiar in cele mai ostile medii, se datoreaza capacitatii de adaptare
crescuta, ca raspuns la noile conditii de mediu. Caracterele adaptative ale microorganismelor ca indivizi sunt
discrete, insa reflectate evident in capacitatea de adaptare a tulpinii, speciei sau populatiei.
Mecanismele de adaptare cu semnificatie ecologica sunt reprezentate de :
1. adaptarea fenotipica/ fiziologica - este temporara si usor reversibila. Are ca substrat capacitatea de
modificare a echipamentului enzimatic, in urma procesului de inductie, declansat de prezenta anumitor
substante in mediu si mediat genetic. Capacitatea de adaptare fenotipica este inegala: unele microorganisme au
o plasticitate fenotipica deosebita, concretizata printr-un potential de adaptare la o gama larga de factori de
mediu noi.
2. adaptarea genetica – are ca substrat existenta unei populatii genetic heterogene de indivizi.
Heterogenitatea genetica este rezultatul aparitiei mutatiilor, recombinarii genetice, transferului de gene prin
transformare, transductie, conjugare, hibridizare de cloroplasti.
3. « adaptarea sociala » - cea mai importanta dpv ecologic. Se bazeaza pe prezenta in populatiile de
microorganisme a unui numar foarte mic de celule care, datorita modificarilor aparute in ecosistem, cresc si se
multiplica intens, astfel incat devin dominante.
De exemplu, aparitia si vindecarea proceselor de disbioza intestinala, induse de tratamentul oral cu
antibiotice de spectru larg. Drojdiile sunt prezente in mod constant in intestin si mentinute la un numar foarte
redus datorita competitiei cu bacteriile enterice mai bine adaptate. Cand numarul acestora scade sub influenta
antibioticului, drojdiile se inmultesc excesiv, pentru a reveni la densitatea anteriorare o data cu refacerea
microbiotei normale, dupa incetarea tratatmentului.
Adaptarea la conditii noi de mediu si achizitia de proprietati noi sunt asociate frecvent cu pierderea unor
caractere vechi si cu modificari semnificative in biologia microrganismelor, care pot determina incapacitatea
de multiplicare in mediul originar.

Selectia microorganismelor in ecosistem

In ciuda caracterului ubiquitar, a adaptabilitatii si a potentialului mare de multiplicare ci colonizare al
microorganismelor, ecosistemele microbiene individuale sunt populate de comunitati de microorgaisme
caracteristice. Studiul diferitelor medii naturale (sol, ape dulci si marine, radacinile plantelor, microbiota
intestinala a diferitelor specii animale) a demonstrat ca fiecare ecosistem individual este asociat cu anumite
practicularitati fizico-chimice si biologice, care dicteaza compozitia comunitatilor biologice ce le populeaza.
Mediul selecteaza si modeleaza structura comunitatilor biologice, favorizand stabilirea si colonizarea
ecosistemelor cu populatiile de microorganisme cel mai bine adaptate morfologic, fiziologic si genetic pentru
8
 32
utilizarea nutrientilor introdusi/ formati in ecosistem, pentru suportarea conditiilor fizico-chimice, de competitie
biologica sau de interactiune benefica cu speciile preexistente.
La randul lor, microorganismele modifica, uneori considerabil, proprietatile fizico-chimice ale mediului
prin activitatea lor in ecosistem. Unele modificari sunt benefice (rolul in formarea solului, in circuitul materiei
si enerigie in natura etc.) altele sunt negative (biodeteriorarea, ‘infloririle algale’, infectii ale plantelor,
animalelor si omului etc.)

Conceptele de habitat si nisa

Dpv ecologic, termenii de habitat si nisa caracterizeaza pozitia si rolul unei populatii de organisme intr-o
comunitate.
Habitatul unui microorganism reprezinta zona fizica in care acesta traieste, se reproduce sau
supravietuieste. Marimea habitatelor variaza imens: foarte mari (oceanul), mari (campia), mici (resturi vegetale
in curs de descopunere) sau foarte mici (intestinul insectelor). Numarul habitatelor este, de asemenea, imens
deoarece putine regiuni de pe suprafata Pamantului sunt lipsite de microorganisme. Natura habitatelor este
varibila : solul, apele dulci si marine, aerul, asocierile epi- sau endosimbiotice cu alte microorganisme, plante si
animale.

Microhabitatul
Caracteristicle fizico-chimice si biologice globale ale habitatului influenteaza multpilicarea, activitatea,
supravietuirea si interactiunile microorganismelor in interiorul lui. La acestea se adauga si particularitatile
microhabitatului in care acestea traiesc.
Ca o consecinta a heterogenitatii spatiale mari a mediilor naturale, exprimata in gradiente ale
parametrilor cu rol esential in crestere si supravietuire, microorganismele traiesc in microhabitate cu
dimensiuni de ordinul μm/frecvent mm. Gradientele creeaza o heterogenitate a conditiilor microecologice, chiar
intre regiuni foarte apropiate, sub raportul concentratiei si tipului de substante organice si anorganice,
conditiilor de pH, gradului de iluminare si umiditate, presiunii osmotice, concentratiei gazelor dizolvate (in
special O2 si CO2), a substantelor toxice sau inihibitoare etc.
Aceasta heterogenitate a conditiilor fizico-chimice, ce diferentiaza regiuni microscopice foarte
apropiate, creaza conditii de microcosmos favorabile pentru anumite specii si intolerabile pentru altele. Ca
urmare, mediile naturale prezinta o distributie spatiala discontinua a microorganismelor, consecinta a unui
mozaic de habitate, fiecare putand fi colonizat de populatii de microorganisme diferite, in functie de conditiile
locale.
Microhabitatele prezinta si o heterogenitate temporala, in special in cazul unor modificari majore, in
care speciile autohtone (indigene) se pot confrunta cu conditii noi cu care uneori nu pot competitiona. In aceste
conditii, anumite variante mai competitive din microhabitat/ unele microorganisme alohtone (straine) un
avantaj selectiv, devin dominante si ocupa microhabitatul. Pe acest principiul se bazeaza succesiunea ecologica
in natura.
Microhabitatele coexista, realizand in unele cazuri reactii ciclice cu diferite grade de complexitate intre
medii diferite. De exemplu, in sedimente marine si estuarine, bazine acvatice stratificate, bacterii Soxidante si
cele SO4-resducatoare interactioneaza la granita dintre habitate aerobe si anaerobe, fiind total dependente de
compusii S.
Conceptul de nisa ecologica descrie rolul functional /activitatea unui organism intr-un habitat, in functie
de adaptarile structurale, de activitatea fiziologica si de comportamentul organismelor. Varietatea niselor
ecologice exploatate de principalele grupuri de microorganisme este direct corelata cu varsta lor ecologica. Ca
urmare, cel mai mare spectru de nise apartine bacteriilor, urmate de alge, protozoare si fungi.

Populatii si comunitati de microorganisme

Populatia este formata din indivizi conspecifici ce convietuiesc in acelasi timp si in acelasi spatiu.
Poate fi reprezentata de o colonie bacteriana, ce ocupa un loc fix in spatiu, sau de o specie de alge, larg
raspandite in fitoplanctonul lacurilor.
Multiplicarea si migrarea membrilor populatiei sunt factori ce influenteaza direct numarul
microorganismelor componente. In functie de acesti factori, populatiile microbiene pot exista sub mai multe
forme:
1. populatii in simplu tranzit – nu se multiplica (ex. microorganismele din aer).

9
 33
2. populatii sedimentate sau ‚fixate’ intr-un anumit habitat – au ca echivalent in natura algele sedimentate
pe suprafata malului din lacuri putin adanci, respectiv marea diversitate de microorganisme, provenite din
intestinul gros, stocate tranzitoriu in rectul mamiferelor
3. populatii in curs de dezintegrare si disparitie – exemplificate de (1) microorganisme intestinale,
afectate de tratamentul cu substante antibiotice, si (2) populatia statica „inchisa”, ce corespunde unei probe de
sol mentinuta in stare uscata, in laborator.
La acestea se adauga alte trei tipuri de populatii in care multiplicarea este asociata cu migrarea:
4. populatia in tranzit – evidentiata de algele ce se multiplica in ape curgatoare/ microorganismele
localizate intr-un anumit segment al intestinului mamiferelor
5. populatii in curs de crestere si de sedimentare – au ca echivalent in natura algele care se inmultesc
atat in coloana de apa, cat si in sedimentul unui lac putin adanc
6. populatii in care multiplicarea este asociata cu emigrarea, in conditiile unei imigrari nesemnificatibe: in
apele poluate, in care ‘infloririle’ produse de Sphaerotilus natans sunt asociate cu eliberarea celulelor
bacteriene mobile ‚roitoare’.
7. populatia ‚inchisa’ ce se divide exponential. Nu are echivalent/ este foarte rar prezenta in natura.
Observata frecvent in culturile discontinue de laborator.
Comunitati de microorgansime
Populatiile de microorganisme care ocupa un anumit habitat initiaza o serie de interactiuni functionale ce au
ca rezultat stabilirea unei comunitati sau biocenoze organizate. In acest proces, un rol esential revine
interactiunilor fiziologice. Interdependenta functionala este rezultatul coevolutiei si adaptarii reciproce a
populatiilor din biocenoza. Concept operational adecvat si pentru domeniul Ecologiei microorganismelor.

Componentele comunitatilor de microorganisme

Alexander (1971) descrie 2 categorii majore de „locuitori’ ai comunitatilor microbiene.
1. Locuitori proprii sau autohtoni (indigeni) caracteristici comunitatilor care populeaza un anumit
habitat. Acestia se multiplica in diferite etape ale existentei lor si contribuie la metabolismul comunitatii.
2. Locuitori alohtoni ( invadatori) – reprezentanti de specii ce apartin altor medii si care ajung accidental
intr-un alt habitat, in care se mentin temporar, fie ca forme vegetativa, fie ca spori. Eliminarea lor este
determinata de incapacitatea de a competiona cu mediu biologic (respectiv cu orgamismele autohtone, mai
numeroase si mai bine adaptate) sau cu factorii abiotici. Ex.: microorganismele patogene ajunse in sol/ cele din
alimente care sunt neutralizate in sistemul digestiv.
Intre membrii comunitati se stabilesc asociatii interspecifice reprezentate de microorganismele care apar
frecvent impreuna sau care se dezvolta relativ constant in vecinatate. Ele includ microorganisme ce au
capacitatea de a creste si de a ocupa habitate cu proprietati fizico-chimice similare. Pot prezenta grade diferite
de interactiune, unilater/ bilateral benefice. Intercooperarea populatiilor asigura stabilitatea comunitatii de
microorganisme si exploatarea maxima a ecosistemului.
Specia caracteristica – termen folosit pentru definirea specia de microorganism prezenta in numar mare
si, in general, in exclusivitate intr-un anumit habitat, respectiv intr-o anumita comunitate.
Specii dominante sunt cele prezente cu numarul cel mai mare de organisme individuale sau cu cea mai
mare abundenta de hife intr-o comunitate.
Speciile codominante corespund situatiei in care doua sau mai multe specii predomina numeric in
comunitatea studiata.

Succesiunea ecologica
Structura comunitatile microbiene evolueaza in timp, stabilitatea lor fiind conditionata de succesiunea
temporala si spatiala a mai multor populatii, fiecare mai bine adaptata sa indeplineasca un anumit rol functional,
respectiv sa ocupe o nisa ecologica. Fenomunl este definit ca succesiune ecologica si implica modificari in
compozitia si in abundenta relativa a speciilor dintr-o comunitate, ca raspuns la modificarile habitatului.
Fenomenele de succesiune ecologica au fost descrise in medii dintre cele mai diverse (sistemul digestiv
al mamiferelor nou nascute, rumenul rumegatoarelor, izvoare, lacuri, ape reziduale, litiera de foioase si de
conifere, sol etc.).
Succesiunea este initiata de una sau mai multe specii (populatii) de microorganisme-pionier, inlocuite in
timp de altele pana cand se realizeaza o comunitate de populatii relativ stabile, un echilibru intre biotic si
abiotic. Acest sistem stabilizat este denumit climax.

10
 34
In general, tranzitia in procesele de succesiune se realizeaza lent, fiecare etapa a succesiunii prezentand
numai modificari ale densitatii sau naturii speciilor componente, dar cu o tendita neta de inlocuire, astfel incat
doua comunitati succesive pot avea populatii comune
Conceptul de microorgansime-pionier
In sens strict, microorganismele pionier prolifereaza primele intr-o anumita circumstanta/ anumit mediu
necolonizat (lipsit de viata). In sens larg, ele sunt reprezentate de prima specie/ prima comunitate microbiana
care colonizeaza/ recolonizeaza un teritoriu nelocuit/ perturbat, initiind o noua succesiune ecologica la acest
nivel.
Natura microorganismelor pionier este diferita in functie de particularitatile habitatului colonizat, fiind
limitata la specii capabile de crestere in prezenta nutrientilor existenti:
- cianobacterii, bacterii fototrofe si alge in habitate lipsite de C organic
- bacterii heterotrofe nepretentioase nutriv in habitate cu cantitati mici de substante organice, lipsite de factori
de crestere
- microorganismele heterotrofe ‚pretentioase’ se dezvolta de la inceput in habitate bogate in substante
organice, ce includ si factori de crestere.
Instalarea si colonizarea unui habitat de catre microorganismele-pionier sunt conditionate de 4
proprietati esentiale:
1. Posibilitatea de a fi dispersate activ sau pasiv, de a se stabili si localiza intr-un anumit loc, de a germina/
de a initia cresterea intr-un mediu adesea ostil
2.prezenta unor caractere variabile si a unei capacitati de adaptare la mediul ce trebuie colonizat
3. prezinta forme vegetative tolerante la conditii de mediu adverse, determinate de pH, temp., presiune
osmotica/ hidrostatica, umiditate/ uscaciune, concetratia O2 si sa suporte fluctuatiile diurne/ sezoniere ale unor
factori de mediu
4. sa poata mentine temporar colonizarea mediului respectiv, in conditiile modificarii habitatului de catre
acestea intr-un mod in care impiedica initierea unei succesiuni.
Prin multiplicarea intr-un habitat, microorganismele comunitatii-pionier utilizeaza selectiv anumite resurse
din mediu, a carui modificare biochimica devine complexa si permite diversificarea numarului niselor
ecologice. Datorita modificarilor progresive, microorganismele–pionier au o existenta tranzitorie,
supravietuirea indelungata fiind conditionata de competitionarea cu microorganismele ce se instaleaza in
succesiune si cu mediul modificat. Factorii care intervin in eliminarea si inlocuirea lor sunt: modificarile de
pH, acumularea metabolitilor toxici, epuizarea nutrientilor, factori limitanti biologici (competitie, parazitism,
pradare) sau raspunsul imun al gazdei, in cazul agentilor patogeni.

Clasificarea succesiunilor
In functie de modul de initiere s-au descris 2 tipuri de succesiuni:
1. succesiunea primara – are ca punct de plecare colonizarea cu microorganisme a unei regiuni anterior sterile.
Este tipica in cazul sistemului digestiv al mamiferelor, steril la nastere, colonizat de microorganisme-pionier la
scrut timp dupa dupa nastere, ce initiaza o succesiune caracteristica in perioadele urmatoare.
2. succesiunea secundara – apare intr-un habitat anterior colonizat, avand ca punct de plecare o stare in care alte
microorganisme sunt inca prezente. Exemplificata de modificarile impuse de introducerea in sol a gunoiului de
grajd sau a altor reziduuri organice.
In functie de modul de producere, s-au descris 2 tipuri:
1. succesiunea autogena - determinata de activitatea si interactiunile microorganismelor ce colonizeaza un
anumit habitat si de interactiunile lor cu mediul ambiant. Caracterizeaza microorganismele ce colonizeaza un
anumit habitat in care induc modificari mediului (indepartarea nutrientilor, modificari sde pH, producerea de
metaboliti toxici de tipul autoinhibitori, autotoxine), ce devine favorabil colonizarii cu microorganisme mai
bine adaptate noilor conditii ale habitatului modificat.tipica pentru microorganismele-pionier care colonizeaza
un anumit mediu si determina modificari prin care acesta devine progresi mai asdecvat microorganismelor ce
le succed.
2. succesiunea alogena - corespunde situatiei in care factorii abiotici induc modificari ale proprietatilor fizico-
chimice ale habitatului. In cazul agentilor fito- sau zoopatogeni, succesiunea este determinata de modificarile
organismelor vegetale/ animale pe care/ incare sunt localizati.
Unele modificari ale populatiilor de microorganisme sunt periodice/ ciclice, fiind determinate de
variatiile cantitative ale unor factori de mediu (intensitatea luminii, modificarile de temp./concentratiei
nutrientilor asociate cu anotimpul etc.).
11
 35
In functie de exigentele nutritionale ale microorganismelor din succesiune, s-au descris 2 tipuri:
1. succesiunea autotrofa – importanta ecologica deosebita deoarece asigura colonizarea mediilor naturale
nefertile, lipsite de materie organica. Prezenta energiei solare initiaza succesiunea autotrofa prin colonizarea
habitatului cu microorganisme fototrofe (cianobacterii si unele alge), cu exigenta nutritionala minima si o mare
toleranta la conditii nefavorabile de mediu si a caror capacitate de fixa N2 atmosferic reprezinta factorul
favorizant major.
2. succesiunea heterotrofa – este temporara si se caracterizeaza prin scaderea in timp a fluxului de
energie prin sistem: daca aportul de materie organica din exterior este insuficient, comunitatea de
microorganisme disipeaza propria energie chimica stocata, fiind expusa disparitiei. Caracterizeaza comunitatile
de microorganisme implicate in procese de descompunere.

Diversitatea comunitatilor de microorganisme

Habitatele naturale sunt populate de un numar variabil de microorganisme. Densitatea marea a
microorganismelor este asociata cu o concentratie mare de nutrienti (rizosfera, litiera padurilor, ape poluate
organic), iar numarul scazut de microorganisme caracterizeaza ecosistemele controlate fizic (izvoare calde si
fierbinti, mlastini acide, regiuni desertice), diversitatea microorganismelor fiind limitata la populatii foarte
specializate.

Conceptul microbiologic de diversitate

Se refera la particularitatile si deosebirile calitative morfologice, biochimice, fiziologice, antigenica si
genetice, care determina heterogenitatea microorganismelor.
Diversitatea morfologica – este data de diversitatea de forme, dimensiuni, de arhitectura celulara si
moleculara, tipul de mobilitate, caracterul Gram, modul de multiplicare, structura antigenica etc.
de exmplu, la bacterii, pe langa cele 4 tipuri morfologice majore, s-au identificat si forme particulare de
bacterii : bacterii prostecate cu cele doua subtipuri :
- bacterii peduculate tip Caulobacter si bacterii care inmuguresc tip Rhodomicrobium vannielli,
Hyphomicrobium vulgare
- bacterii cu apendice acelulare – Gallionella ferruginea
- bacterii ce formeaza trichoame- Leucothrix, Thiothrix, Sphaerotilus
- bacterii dispuse ‘in placi‘ – Lampropedia
- mixobacterii fuctificante
- bacterii parate tip Qaudra
- bacterii ‘gigante’ – Thiovolum majus.
Diversitatea genetica a bacteriilor
Se refera la variatiile determinate de organizarea genetica : structura cromosomala, G+C%, prezenta/absenta
plasmidelor, a fagilor temperati etc. determina bazele reale ale heterogenitatii unei comunitati microbiene,
deoarece reflecta compozitia chimica a speciilor asociate in comunitate.
In cazul bacteriilor, diversitatea genetica este determinata in special de potentialul crescut de transfer de gene
mediat plasmidial si de elemente genetice mobile, intraspecific, interspecific si intergeneric.

Diversitatea fiziologica
Descrie totalitatea activitatilor potentiale si a interactiunii populatiilor care traiesc impreuna. Se bazeaza
pe variatii asociate cu natura echipamentului enzimatic, tipul de metabolism (autotrof, heterotrof, chemosintetic
sau fotosintetic), tipul respirator, exigentele de temperatura, pH, natura metabolitilor secundari, toleranta la
diferite conditii de mediu (osmofilie, barofilie, halofilie etc.)

Conceptul ecologic de diversitate biologica/ biodiversitate

Termenul de ‘biodiversitate’ semnifica diversitatea tuturor organismelor vii, terestre si acvatice, si include
diversitatea in interiorul fiecarei specii (echivalenta cu diversitatea genetica), diversitatea speciilor unui
ecosistem (diversitatea taxonomica) si diversitatea ecosistemelor (diversitatea ecologica) (diCastri,19950.).
Cea mai scurta definitie a biodiversitatii este: totalitatea genelor, speciilor si ecosistemelor dintr-un areal.
Biodiversitatea se gaseste intr-o dimanica continua si este definita ca un ansamblu de interactiuni genetice in
interiorul fiecarei specii, al speciilor si al diversitatii ecologice.

12
 36
Diversitatea taxonomica
Identifica speciile din comunitatile de microorganisme pe criterii obiective.
Studiile de biodiversitatea microorganismlorr sunt marcate de dificulatti majore de identificare si
cuantificare a prezentei lor intr-un ecosistem.
- studierea in vitro a microorganismelor ca indivizi si nu ca populatii in mediul lor natural.
- marea variabilitate genetica a bacteriilor in medile naturale, determinata in special de frecventa crescuta a
transferului orizontal de gene mediate plasmidial, care depaseste bariere de gen si specie.
Ca urmare, diversitatea taxonomica a microorganismelor este putin cunoscuta :
-bacterii : 0.05-7% specii cunoscute dintr-un total de specii variind intre 40.000-8.000.000
- fungi: - 5% specii cunoscute din 1.500.000 total de specii
alge : 0.4-11% din 350.000-10.000.000 specii
protozoare: 31% din 100.000 specii.
Aplicarea tehnicilor moleculare de analiza in situ la un numar mare de habitate naturala releva existenta
unui enorm rezervor genetic si de microorganisme descrise ca forme viabile dar necultivabile, pana in prezent
necunoscute.
Tehnicile de biologie moleculara au evidentiat gradul imens de heterogenitate genetica a taxonilor
microbieni si au permis detectarea unor grupuri taxonomice de microorganisme anterior necunoscute.
Regiunile si habitatele cu mare diversitate de microorganisme sunt bogate in microorganisme ca o
consecinta a numarului mare de specii saprobionte, simbiotice sau parazitare.

Diversitatea ecologica
Descrie compozitia in specii a unei comunitati (ecosistem) in functie de numarul de specii diferite
identificate si de abundenta lor relativa. Reprezinta o masura a entropiei comunitatii.
Comunitatile microbiene cu o mare diversitate ecologica sunt mai stabile si mai apte sa competitioneze in
limite largi de toleranta fata de fluctuatiile de mediu. In contrast, in ecosistemele controlate fizic (izvoare calde
si fierbinti, mlastini acide, regiuni desertice), diversitatea speciilor microbiene este redusa si limitata la
populatii foarte specializate.

13
 37
Energetica ecologica

Fluxul trofic de energie

Fluxul trofic de energie reprezinta procesul fundamental multietapizat desfasurat in cadrul
ecosistemelor, prin care o mica fractie din energia radianta solara este convertita in energie chimica, in cursul
biosintezei compusilor organici pornind de la un substrat anorganic.
Convertirea energiei solare in energie chimica, de legatura, este asigurata de structura si functia
complexa ale aparatului fotosintetic al plantelor verzi, algelor si bacteriilor fotosintetizante. Sub acest aspect,
organismele fotosintetizante sunt sistemele biochimice special adaptate, care utilizeaza energia solara pentru a
se mentine si multiplica.
Ulterior, energia chimica obtinuta este transferata unidirectional de la organismele fotosintetizante
(producatori primari) la consumatori (erbivore-carnivore) si descompunatori, acestia realizand etapa finala de
mineralizare a compusilor organici.
Simultan cu transferul de energie, in ecosistem are loc si transferul de nutrienti de la o categorie de
organisme la alta. Prin urmare, transferul de energie si nutrienti se realizaeza in trepte succesive, fiecare treapta
reprezentand un nivel trofic, in cadrul caruia speciile de organisme au functii trofice similiare si sunt
pozitionate pe aceeasi treapta fata de nivelul de baza. Secventa de organisme aflate in relatii nutritionle situate
pe nivele trofice succesive defineste lantul trofic.
In cadrul comunitatilor de microorganisme, energia este transferata intr-o retea de cai complexe, cu
participarea a numaroase microorganisme diferite. Datorita complexitatii si diversitatii lor, dezvoltarea
microorganismelor intr-o comunitate este dependenta de existentra mai multor lanturi trofice. Ansamblul
interactiunilor trofice dintr-o comunitate sau ecosistem defineste conceptul de retea trofica (ciclu trofic).

In cadrul unei retele trofice, energia acumulta de organismele fotosintetizante sub forma de substanta
organica constituie productia primara.
In functie de modul de utilizare a substantelor organice derivate din productia primara a ecosistemelor,
se definesc de doua tipuri de lanturile trofice strans interconectate:
1. Lantul trofic ‘fitotrof’ (asimilator) - cea mai mare partea din energie este stocata in structura
organismelor. Reuneste organisme ale caror crestere si multiplicare la fiecare nivel trofic sunt dependente direct
de organismele aflate la nivelul trofic precendent. La fiecare nivel trofic, o parte din energia lantului trofic este
incorporata in structura organismelor, restul pierzandu-se sub forma de respiratie. Presupune participarea a cel
putin 3 categorii de organisme: producatorii primari, consumatorii primari si secundari s.a.m.d..
Producatorii primari utilizeaza sursa de nutrienti si de energie ce intra in ecosistem, determinand
initierea lantului trofic. Sunt utilizate ca sursa de hrana si energie de consumatorii primari (erbivore,
zooplancton), consumati la randul lor de consumatori secundari, iar acestia de cei tertiari s.a.m.d..
Sunt reprezentati de 2 categorii majore de organisme : (a) organisme fotosintetizante si (b) organisme
chemosintetizante.
A. Organismele fotosintetizante includ plantele verzi terestre, macrofitele acvatice si
microorganismele fotosintetizante, ce reunesc microalgele si bacteriile fotosintetizante.
Microalgele constitue un grup cu rol major in ecosistemele acvatice si sunt reprezentate de: algele verzi
(Chlamydomonas, Chlorella), algele euglenoide (Euglena, Trachelomonas, Phacus), dinoflagelate (Peridinium,
Ceratium), algele rosii (Porphyridium, Rhodosprus).
Bacteriile fotosintetizante - in functie de structura moleculara a aparatului fotosintetizant, de natura
reactiilor biochimice si a produsului final, se diferentiaza in :
1.bacterii capabile de fotosinteza ‘oxigenica’ (grupul Oxyphotobacteria) - in care O2 este unul din
produsii metabolici majori. Includ: cianobacteriile, proclorofitele (genul Prochloron didemni) si genul
Halobacterium (Domeniul Archaea – halofile extreme ce contin bacteriorhodopsina=cromoproteina cu care
convertesc energia luminoasa la ATP).
2. bacterii capabile de fotosinteza anoxigenica (grupul Anoxyphotobacteria) - nu folosesc H2O ca
donor de e- si nu produc O2. Includ:
- subdiv α-Proteobacteria - Fam. Rhodospirillaceae (bacterii sulfuroase rosii, anterior denumite
Athiorhodaceae- genul Rhodospirillum rubrum.
- subdiv γ-Proteobacteria - Fam. Chromatiaceae (bacterii sulfuroase rosii, denumite anterior
Thiorhodaceae)- genul Chromatium.
- Ordinul Chlorobiales (fotobacterii verzi) alcatuit din 2 familii:
1
 38
Fam. Chlorobiaceae –fototrofe obligate, strict anaerobe, cu bacterioclorofila a,c,d si e si carotenoizi specific
(clorobacten).
Fam. Chloroflexaceae – bacterii flexibile, filamentoase, deplasate prin alunecare.

Importanta ecologica a microorganismelor fotosintetizante

Microorganismele fototrofe au o importanta ecologica majora deoarece reprezinta producatorii primari
ce stau la baza lantului trofic asimilator si, prin aceasta, au un rol esential in mentinerea vietii in ecosistemele
acvatice si terestre. Prin actiunea lor, energia disponibila in mediul extern este introdusa in reteaua trofica a
ecosistemelor si stocata in structura lor pentru a fi utilizata la nivele trofice superioare.
Microorganismele fototrofe sunt prezente si semnificativ active ca producatori primari, in special in
mediile acvatice:
- zona limnetica si in zona pelagica (unde nu exista plante superioare) a lacurilor adanci
- in apele dulci (rol esential au algele microscopice si cianobacteriile)
- in mediile marine si oceanice rol esential au dinoflagelatele si diatomeele - ~40% din fotosinteza
globala). La acestea se adauga microorganismele existente in picofitoplancton (<2mm) si nanofitoplanctonul
(forme planctonice <20mm, cea mai mare parte din biomasa fitoplanctonica din apa de mare), cu o contributie
majora la productia primara a marilor si oceanelor.

B. bacterii chemosintetizante sunt reprezentate de procariote chemoautolitotrofe capabile de utilizarea

energiei chimice pentru producerea de substante organice complexe din substante anoorganice. Reprezentate
de :
- nitritbacterii (nitrozobacterii ale genurilor Nitrosomonas, Nitrosdocystis, Nitrosolobus) prezente in sol, ape
dulci si marine, sisteme de epurare a apelor uzate.
-nitratbacterii (Nitrobacter, Nitrococcus, Nitrospira).
-bacterii S-oxidante din genurile Thiobacillus, Beggiatoa (oxideaza S0 si compusii sai obtinand puterea
reducatoare si energia necesara).
Activitatea lor are o semnificatie limitata, majoritatea fiind prezente in conditii speciale, aportul in
sinteza de materie organica este nesemnificativ, comparative cu organismele fotosintetizante. Rol important in
ciclul N si S.
Consumatorii sunt organisme heterotrofe incapabile de producerea hranei in mod autonom, obtinand
energia necesara cresterii si dezvoltarii de la alte organisme vii sau din resturi vegetale/ animale, produsi de
metabolism etc. In functie de tipul de nutritie si, respctiv, de functiile lor ecologice, heterotrofele consumatoare
se comporta ca erbivore, carnivore, saprofite, parazite, pradatoare etc.
Consumatorii primari (de ordinul I) se hranesc direct cu producatori primari. In mediile acvatice sunt
reprezentati de zooplancton (consuma 90% din fitoplancton). In mediile terestre, microorganismele nu joaca
important ca producatori primari sau consumatori in cadrul lantului trofic fitotrof.
In ecosistemele naturale sunt frecvente asocierile dintre producatori si consumatorii primari, de tipul
simbiozelor mutualiste dintre cianobacterii/alge cu protozoarele si metazoarele, simbioza cianobacteriilor/
algelor cu fungii (licheni).
Consumatorii secundari (de ordinul II) sunt organisme carnivore ce se hranesc cu animalele fitofage.
2. Lantul trofic detritic (dezasimilator) – cea mai mare parte din energie este stocata in mediul
ambiant. Caracterizat prin decompunerea de catre diferite organisme la nivele trofice succesive a resturilor
organice complexe, rezultate dupa moartea producatorilor primari, a consumatorilor primari si secundari, in
molecule organice mai mici. Rezultatul final este mineralizarea, proces caracterizat prin dezasimilarea totala a
compusilor organici cu producere de molecule anorganice.
Detritus = termen folosit pentru definirea tuturor tipurilor de materiale de origine biologica
(resturile organismelor moarte, produsi de excretie) prezente sub forma fragmentata si aflate in diferite
stadii de descompunere.
Include cel putin 3 categorii de microorganisme : depolimerizatori, descompunatori (primari, secundari)
si consumatori.
Depolimerizatorii sunt microorganisme a caror actiune se realizeaza prin intermdediul exoenzimelor,
ce determina hidroliza polimerilor biogeni. In functie de natura polimerilor, depolimerizatorii pot fi bacterii si
microfungii.
Descompunatorii sunt microorganisme (bacterii, fungi, protozoare) care preiau si degradeaza mai
departe substantele organice de origine vegetala, animala sau microbiana rezultate din actiunea
2
 39
depolimerizatorilor, a producatorilor primari si consumatorilor primari/ secundari din lantul trofic fitotrof. Dupa
mineralizare, elementele biogene sunt eliminate in sol pentru a fi refolosite de plante.
Uneori, depolimerizarea si descompunerea sunt realizate de aceleasi grupe de microorganisme, a caror
activitati specifice se desfasoara la nivele trofice diferite.
Cantitatile de materie organica sunt variabile in functie de natura mediului (sol, ape dulci sau marine) si
de conditiile locale si eregionale.
Consumatorii primari se hranesc cu depolimerizatori si descompunatori (ex. prin ingestie de catre
protozoare), sunt ingerate de nematode, artropode (consumatori secundari), la randul lor consumate de
carnivore (consumatori tertiari).

Actiunea factorilor ecologici asupra microorganismelor

Prezenta si activitatea microorganismelor in natura sunt conditionate de o serie de factori fizici si chimici.
Activitatea biologica normala a microorganismelor atinge valori maxime atunci cand conditiile de mediu sunt
optime in raport cu necesitatile speciei. Conditiile optime de viata pentru microorganisme se intalnesc foarte rar
in mediile naturale, caracterizate prin particularitati specifice legate de temperatura, activitatea apei, presiunea
osmotica, presiunea hidrostatica, salinitatea si pH. Microorganismele compenseaza influenta acestor factorilor
ecologici si supravietuiesc in mediile naturale prin capacitatea crescuta de adaptare si prin rezistenta superioara,
comparativ cu organismele superior organizate. Cunoaserea influentelor mediului asupra microorganismelor
permite intelegerea distributie microorganismelor in natura si elaborarea metodelor de combatere si distrugere a
celor nedorite sau patogene.

1. Temperatura
Este unul din cei mai importanti factori ecologici. Cresterea si multiplicarea microorganismelor este
rezultatul unei serii de reactii metabolice coordonate a caror desfasurare normala este asigurata de o
temperatura adecvata. In general, viteza reactilor chimice creste proportional cu cresterea temperaturii mediului.
Spre deosebire de temperaturile extreme, adesea nocive, temperaturile moderate permit desfasurarea normala a
proceselor metabolice si implicit crestere si multiplicarea. Spectrul acestor valori termice defineste zona
temperaturii de dezvoltare, ce include temperaturi minime, optime si maxime de dezvoltare pentru o specie
data. Temperatura de dezvoltarea variaza in limite mari la microorg. euriterme (60C si 500C) sau foarte mici la
cele stenoterme (350C si 400C).
Temperatura minima de dezvoltare reprezinta valoare termica cea mai scazuta la care microorganismele
se mai multiplica inca in mod evident. Cuprinsa intre -50C (deoarece punctul de congelare a constituentilor
celulari este inferior celui al apei pure (00C) si -180C, in cazul mucegaiurilor si unor bacterii din genul
Pseudomonas.
Temperatura optima de dezvoltare este definita conventional ca temp. la care dezvoltarea populatiei de
microorganisme apartinand unei anumite specii are loc cu o rata maxima.
Temperatura maxima de dezvoltare reprezinta valoarea cea mai ridicata la care activitatea biologica a
unui anumit microorganisme este inca posibila, iar multiplicarea are loc inca intr-un mode vident (cu 10-150C
mai mare decat temp. optima).
In functie de temperatura lor de dezvoltare, microorganismele pot fi grupate in 3 categorii : criofile
(psichrofile), mezofile, termofile si hipertermofile.
1. Microorganismele psichrofile – supravietuiesc si se multiplica la 00C. Pot fi :
- psichrofile obligate (cresc numai sub 100C)
- facultative (cresc la 00C si au temp. optima de 10-300C)
- psichrotolerante (cresc la 00C si au temp. optima 18-200C).
Ecologie: izvoare reci, solul inghetat, zapada si gheata din Antarctica, suprafata si intestinul pestilor marini,
fecale de pescarus si de foca.
Reprezentanti :
-bacterii: Achromobacter glacilis, Bacillus insolitus, B.psychrophillus, Cytophaga psychrophila,
Flavobacterium, Pseudopmonas, Vibrio marinus, Micrococcus cryophilus
- drojdii : Candida gelidis
- alge: Chlamydomonas nivalis, Fragillaria sublinearis.

3
 40
2. Microorganisme mezofile : se dezvolta la temp. optima 25-400C. Fac parte din microbiota normala a
animalelor homeoterme, fata de care se comporta ca saprobionte. Microorganismele patogene si parazite pentru
om si animalele homeoterme sunt mezofile.
3. Microorganisme termofile – temp. optima 55-750C. In functie de conditiile de dezvoltare s-au descris 4
categorii de microorg. termofile :
- microorg. termotolerante (cresc la TC si la 45-500C). Unele sunt termodure, cu temp. optima de 25-370C
dar supravietuiesc si la 700C.
-microor. termofile obligate (« adevarate », stricte sau ortotermofile) se dezvolta optim la 65-700C, nu si la
40-420C (sunt stenoterme).
- microorg. termofile facultative se dezvolta la temp. maxima de 50-650C, dar pot creste si la TC (sunt
euriterme deoarece se dezvolta in limite mari de temp:30-500C).
-microorg. termofile extreme (caldoactive) cresc la temp. minima de 400C, optima de 650C si maxima
>700C.
Ecologie: suprafata solurilor desertice (50-700C), izvoare termale, in asociere cu activitatea vulcanica,
produse insilozate ce fermenteaza (60-650C),
Reprezentanti : bacterii aerobe/facultativ anaerobe/ anaerobe, foto/chemosintetizante, autotrofe/heterotrofe :
Bacillus, Clostridum, Thermoactinomyces. Flexibacter, Oscillatoria, Mastigocladus etc.
4. microorganisme hipertermofile: reprezentate exclusiv de procariote care au capacitatea particulara de a se
dezvolta optim la temperaturi de 80-1100C. Nu cresc sub 600C, unele <800C.
Ecologie:
-regiuni hidrotermale submarine, anaerobe, bogate in H2S, H2, S0, SO32-, cu pH=5.0-8.5 si concentratie
NaCl si SO42- caracteristica apei de mare.
-solfatare continentale (emanatii de gaze ferbinti, ce contin vapori de apa, CO2 si H2S, eliminate din cratere/
fisuri ale unor vulcani latenti) bogate in SO42-, CO2, CO, CH4, NH4+, cu pH=0.5-6.0.
Reprezentanti :
- eubacterii : Thermotoga, Thermosipho, Fervidobacterium
- Archaea hipertermofile: Sulfolobus, Thermoproteus, Thermococcus, Pyrodictium (cele mai hipertermofile:
cresc la 1100C), Thermoplasma, Archaeoglobus, Methanobacterium, Methanopyrus.

2. Apa
Activitatea apei exprima disponibilitatea ei si amploarea stresului impus unei populatii de microorganisme.
Activitatea apei fata de diferite activitati biologice variaza in functie de (1) cantitatea ei in diferitele medii
naturale, (2) gradul de adsorbtie si/sau eficienta cu care microorganismele o pot prelua, (3) presiunea
osmotica/osmolaritatea mediului (gradul de hidratare a substantelor dizolvate in solutii) si (4) presiunea
hidrostatica (nivelul de adancime). Activitatea apei este mare in mediile acvatice si scazuta in mediile cu
contentratii mari de substante dizolvate, in care parte din apa este legata de acestea.

2.a. Presiunea osmotica

In functie de comportamentul in medii cu presiune osmotica, microorg. se incadreazain 3 categori :
- micror. intolerante la presiuni osmotice ridicate.
- micror.osmotolerante (facultativ osmofile) – cresc bine la activitati ridicate/scazute ale apei
- microor. osmofile : cresc optim la presiuni osmotice ridicate, realizate prin concentratii mari de saruri in
mediu (microorg. halofile) sau glucide (zaharofile).
Reprezentanti :
- bacteriile sunt slab tolerante la activitatea apei
- drojdii si mucegaiuri –facultativ osmofile : S.rouxii, S.rosei, Zygosaccharomyces priorianus, Z. nadsonii
etc.
Ecologie : nectarul florilor (concentratia de zahar >40%).
Microorganismele sunt expuse stresului osmotic (socului osmotic) atunci cand diferentele dintre presiunea
osmotica intra- si extracelulara intarzie viteaza de crestere, afectand capacitatea de reproducere. Adaptarea
celulelor la socul osmotic se realizeaza prin mecanisme de osmoreglare asigurate la E.coli de:
- proteine osmosensibile din membrana externa, casre determina (a) modificarea raportului porinele OmpC si
OmpF (expresia ompC in conditii de mediu hiperosmotic, si a ompF in mediu hipoosmotic) (b) sinteza de
molecule oligozaharidice cu rol osmoprotector.

4
 41
- Substante osmoprotecotare (glicocol betaina, cholina, betain aldehida, prolina, prolina betaina) ce permit
dezvoltarea in conditii osmotice inhibitoare (NaCl>0.8M).

2.b. Presiunea hidrostatica

In mari si oceane, presiunea hidrostatica inregistreaza valori diferite in functie de adancime si atinge valori
inalte in zonele abisale. In functie de comportamentul fata de diferite presiuni hidrostatice, microor. se grupeaza
in 6 categorii :
- microor. barofile – cresc cel mai bine la presiunei ridicate (>400-500atm) in adancul marilor si regiuni
abisale (1.7-5.9km).
- microorg,. barofobe – nu rezista la presiuni ridicate
- microorg. barotolerante – suporta presiuni moderat ridicate ;
- microor. barodure – rezista la presiuni foarte mari
- microor. euribare –se dezvolta la diferente mari de presiune (1-600 atm.).
- microor. stenobare – suporta numai diferente mici de presiune hidrostatica.

3. Salinitatea
In mediile naturale, salinitatea (concentratia ionilor Na+, respectiv a sarurilor) variaza de la valori foarte mici
(apele raurilor si lacurilor) pana la valori mari in lacurile sarate si mari, unele reprezentand adevarate solutii
saturate. De asemenea, salinitatea inregistreaza si fluctuatii valorice, in special in sol, cauzate in principal de
uscaciune si de frecventa si cantitatea ploilor. Mediul cu salinitate relativ constanta este reprezentant de
organisme si celule dotate cu mecanisme de reglare ionica.
In functie valorile tolerabile ale salinitatii, microorganismele apartin la 3 categorii nedelimitate strict:
1. nehalofile (halofobe) - reprezentate de majoritatea microorganismelor obisnuite, a caror crestere este
inhibata de salintatea crescuta, ca urmare a pierderii apei intracelulare si perturbarii echilibrului
ionicnormal.
2. halofile moderate – bine adaptate la limitele de salinitate ale apei marii (3.5% NaCl)
3. halofile extreme – traiesc in conditii de mediu neobisnuite, la limitae granitelor fiziologice pentru viata.
Reprezentanti:
- bacterii halofile ale Domeniului Archaea :
- genul Halobacterium (H.halobium, h.salinarium, H.cutirubrum) – adaptare morfologica la mediu
salin prin absenta P.C. si a mureinei, inlocuit cu un invelis foarte subtire ce contine proteine acide,
lipide si glucide aminate. Variatii morfologice in functie de concentratia salina : bacili ca forma
specifica adaptat la concetratii mari, ce se transforma in coci o data cu diluarea solutiei,care lizeaza
la concentratii <10. Dezvoltare la o concentratie optima NaCl de 4-5M. populeza zone cu
concentratie salina mare (Great Salt Lake, bazine de extractie a sarii din mare)
- genul Halococcus – conditii optime de salintate 3.4-4.5M NaCl. Prezinta P.c. cu o compozitie
particulara (absenta mureinei, inlocuita cu aminoacizi, hexozamine si acid glucosaminouronic –
glucid relativ rar) si cu rol de protcetie fata de socul osmotic.
- Bacteriile ‘patrate’ ale genului Quadra din Domeniul Archaea (Parkes&Walsby, 1981) – adaptare
datorata absentei totale a presiunii turgor in celule, ce au aspect ‘turtit’. Prezente in medii hipersaline
(regiunea Eilat-Israel, Guerrero Negro si La Paz-California).
- Alge din genul Dunaliella (D.salina, D.tertiolecta, D.viridis etc.) – adaptare prin sinteza de glicerol in
cantitate mare, impiedicand aparitia de diferente mari de presiune osmotica in raport cu mediul extern.
Concentratii optime 1.3-4.2M NaCl.

4. pH-ul
Majoritatea microorganismelor cresc la valori de pH=5.0-9.0, intre aceste limite fiecare microorganism avand
un pH optim. Valorile extreme de pH sunt rezertate microorganismelor extremofile clasificate in:
- microorganisme acidofile – cresc la un pH optim <3.
Reprezentanti : bacterii din genurile Thiobacillus (T.thiooxydans, T.ferroxydans), Leptospirillum
(L.ferroxidans), Acidiphilium, Acontium.
Prezente in ape de mina si izvoare acide.
Microorganisme alcalifile – pH optim >8.0 (obisnuit 9.0-10.0).
Larg raspandite in natura, in aproape orice mediu, chiar daca conditiile de pH nu sunt in special alcaline.
5
 42
2 tipuri de mediile naturale alcaline :
1. lacuri alcaline (Soda lakes) cu continut scazut in Ca2+ (lacurile Magadi si Natron din regiunea africana
Rift Valley):
Reprezentanti :
-procariote predominant fotosintetizante ce produc ‘infloriri’ sezoniere/ permante pigmentate divers:
-bacterii din genul Ectothiorhodospira- fototrof deosebit de activ in cliclul S.
- cianobacteriile: Spirulina, Cyanospira, Synechococcus, Chroococcus, Plectonema (pH=13 – cel mai
ridicat).
-archaee halofile si alcalifile din genurile Natronobacterium si Natronococcus, cu pH optim 9.0-10.0 si
concentratie 2.5-4.0M NaCl.
- alge: diatomee din genurile Nitzschia si Navicula
2. ape subterane bogate in Ca2+ ( extrem de rare, cu anumite localizari geologice: Oman, California, Cipru,
iordania) :
Reprezentanti:
- microorg. facultativ anaerobe si organotrofe, ce cresc la pH=10 : Actinobacillus, Bacillus, Caulobacter,
Clostridium, Flavobacterium, Pseudomonas, Serratia, Vibrio si enterobacteriacee.

Tipuri de interactiuni intre populatiile de microorganisme si intre microorganisme si macroorganisme

Majoritatea habitatelor naturale sunt populate de asociatii microbiene polispecifice. Numarul speciilor depinde
de complexitatea si diversitatea chimica a substantelor nutritive si de interactiunile dintre acestea. Interactiunile
microorganismelor cu micro- si macroorganisme se clasifica in functie de 3 criterii fundamentale:
1. localizarea si modul de existenta a microorganismelor in raport cu altele: comensalism, simbioza,
parazitism, pradare.
2. rezultatul asocierii: neutralism (indiferent -0), mutualism (benefic +), antagonism (daunator -).
3. gradul de dependenta al asocietiei: accidental,facultativ, obligatoriu.
Unele interactii sunt pozitive (beneficiale): comensalismul, protocooperarea si mutualismul. Altele sunt
negative (antagoniste): competitita, amensalismul. Unele sunt benefice pentru un partener si daunatoare pentru
celalalt (parazitismul, pradarea), altele sunt de indiferenta (neutralismul).

Tipul de interactiune specia

A B
Neutralism 0 0
Comensalism + 0
Protocooperarea + +
Mutualism + +
Competitie - -
Amensalism 0 0
Parasitism + -
pradare + -

Neutralismul
Asocierea de tip neutral este lipsita de influente reciproce si este considerata putin probabila in natura.
Neutralismul este favorizat de medii cu conditii restrictive care permit cresterea microorganismelor cu o rata
minima sau a celor foarte diferite sub raportul exigentelor nutritive, astfel incat nu intra in competitie pentru
aceeasi nutrienti.

Interactiuni de tip beneficial (comensalismul, protocooperarea, sinergismul, mutualismul, sintrofia si

simbioza)
In comunitatile naturale apar in special la densitati mici de microorganisme. Sunt relatii de tip cooperant
ce maresc rata de crestere a microorganismelor asociate. In mediile naturale au rol foarte important pentru ca
asigura degradrea compusilor chimici foarte rezistenti (lihnina, hidrocarburi, substante de sinteza) sau
producerea de metaboliti disponibili pentru alte microorganisme.

6
 43
Comensalismul (metabioza) defineste cresterea asociata a doua specii de microorganisme aflate intr-o relatie
in care una profita de asociere, iar cealalta nu profita si nu este influentata negativ. Relatie existenta si intre
microorganisme si macroorganisme (organismul-gazda). 2 categorii de microorganisme comensale:
(a) ectocomentali (epibionti) – situati pe suprafata alteor microorganisme, plante sau animale, prin
intermediul unor structuri specializate de legare (fimbrii, crampon etc.)
(b) endocomensali – prezenti in tubul digestiv al animalelor.
Protocooperarea este o relatie de mutualism neobligatoriu si nespecific, in care 2 parteneri beneficiaza
reciproc. Ex.: bacteriile heterotrofe asociate tecii gelatinoase a cianobacteriilor.
Sinergismul este o forma de protocooperare intre 2/ n tipuri de microorganisme prezente intr-un mediu, ce pot
avea activitati foarte diferite, cantitativ si calitativ, fata de activitatile insumate ale acelorasi specii cultivate
separate in mediul respectiv. De ex. :
- E.coli si S.faecalis produc putresceina din Arg, numai daca sunt cultivate impreuna
- Degradarea ‘cooperanta’ a substantelor organice de orgine vegetala (celuloza, lignina) de catre
comunitati de microorganisme diferite.
Mutualismul este o asociatie reciproc benefica, cu grade diferite de interactiune (de laasocieri laxe pana la
forme obligatorii). Considerat ca o extensie a sinergismului. Caracterizeaza asociatiile dintre bacterii si alge in
mediul marin (bacteriile produc vitamina B12 necesara algelor, ce elimina compusi glucidici de fotosinteza si
CO2).
Sintrofia corespunde situatiei in care unul sau mai multe microorganisme ale asociatiei (denumita consortiu de
microorganisme) actioneaza ca sursa de metaboliti majori/minori pe care ii folosesc impreuna cu partenerii
intr-o relatie de schimb metabolic. De ex. : consortiul de microorganisme strans agregate (Streptococcus lactis,
S.cremoris, Leuconostoc dextranicus, B.kefir si drojdii) ce participa la fermentatia laptelui.
Simbioza defineste coabitarea de lunga durata a unor organisme diferite, indiferent daca asocierea lor are efect
benefic sau daunator asupra unuia sau ambilor parteneri. In sens strict, corespunde conceptului de mutualism,
deoarece in cursul simbiozei 2/n specii diferite traiesc in relatii spatiale directe, beneficiind reciproc din
interactiile lor.
In functie de localizarea microorganismelor simbionte se disting :
- ectosimbioze – microorganismele raman in afara celulelor si tesuturilor gazdei. De ex., capacitatea insectelor
xilofage de a se dezvolta pe substrat lemnos este conditionata de asocierea lor cu drojdii si mucegaiuri.
- endosimbioze (endocitosimbioze) – microorganismul simbiont este localizat in celulele si/sau tesuturile
gazdei.
In functie de gradul de dependenta se disting :
- simbioze facultative - in care partenerii pot exista in natura liberi sau asociati (simbioza dintre Rhizobium si
plantele leguminoase, lichenii sunt rezultatul simbiozei dintre fungi si cianobacterii/alge)
- simbioze ecologice obligate – bacteriile si protozoarele din rumen, asigura biodegradarea celulozei la
compusi intermediari accesibili gazdei
- simbioze efectiv obligate (ereditare) – partenerii nu au existenta libera in natura (unele nevertebrate marine au
nevoie absoluta de alge endosimbionte).
In functie de natura relatiei :
- simbioze mutualiste – adaptarea ambelor organisme este superioara in cadrul asociatiei decat atunci cand
traiesc separat. Ex., micorizele - asociatii simbiotice intre fungi si radicelele multor plante. Microorganismele
componente ale microbiotei digestive au coevoluat cu organismul-gazda spre o toleranta mutuala completa,
cu care formeaza un sistem ecologic al carui echilibru este indispensabil sanatatii individului. Variatiile
numerice si ale tipurilor de microorganisme la acest nivel caracterizeaza starea de eubioza (raport echilibrat)
si disbioza (consecutiva tratamentului cu antibiotice cu spectru larg).
- simbioze parazitare – unul din parteneri este mai adaptat asociatiei decat atunci cand traieste separat.

Conditii de instalare a simbiozelor si semnificatia lor ecologica

Realizarea simbiozei implica un anumit grad de permanenta (persistenta sa in cea mai mare parte a vietii
partenerilor) si o anumita specificitate (alegerea partenerului nu este intamplatoare, ci se bazeaza pe un grad
semnificativ de selectivitate). Aceste 2 particularitati diferentiaza simbioza de protocooperare. Specificitate este
o proprietate conditionata de particularitatile ambilor parteneri si se bazeaza pe fenomene de recunoastere
reciproca.
Dupa instalare, evolutia in timp a simbiozei este asociata cu modificari structurale, biochimice, fiziologice
si genetice care ofera caractere adaptative noi, utile pentru capacitatea organsimelor asociate de a tolera conditii
7
 44
noi de mediu. Specializarile si functiile pierdute in timp cresc gradul de specificitate a relatiei si dependenta
reciproca a celor doi partenei.
Organismele simbionte realizeaza un interschimb de nutrienti (factori esentiali pentru interactiunea
partenerilor), productie si dobandesc avantaje ecologice demonstrate de avantajele nutritionale: produsii de
fotosinteza sunt transferati de la fototrofe (alge) la heterotrofe.
Simbiozele sunt foarte diversificate, sugerand rolul lor benefic pentru partenerii simbionti:
A. 150 genuri de nevertebrate (protozoare, celenterate, platelminti, moluste) gazduiesc endosimbionti
autotrofi (alge endozoice sau cianobacterii) ce pot fi grupati in 2 categorii :
-zooclorele – simbionti ai algelor verzi cu nevertebratele de apa dulce si cateva marine
- zooxantele – simbionti ai algelor brune cu nevertebrate marine
- cianele- cianobacterii simbionte cu protozoare de apa adulce.
B. Simbiozele fixatoare de azot sunt implicate in circuitul biogeochimic al N.
1. Simbioza Rhizobium-plante leguminoase (membrii Fam.Mimosaceae si Fabaceae- simbioze diazotrofe):
fixarea N2, redus la NH4+ sub actiunea nitrogenazei simbiosomilor. Produsul final al fixarii este NH3, secretat
de simbiosomi in citosolul vegetal, unde este converit la glutamina, asparagina si alti aminoacizi.
2. Simbiozele asociative de tipul rizocenozelor - reprezinta asocieri cu grade diferite de interactiune intre unele
bacterii libere fixatoare de N2 (g. Azospirillum, Azotobacter, Beijerinckia, Campylobacter) si diferite specii de
plante (graminee, unele plante de cultura). Localizate la nivelul rizosferei (zona din jurul radacinii caracterizata
prin continut mare in substante organice provenite din resturile celulelor radiculare si exudate solubile ale
radacinii). Rol deosebit de important in regiunile tropicale, unde mentin fertilitatea solului in absenta
ingrasamintelor azotate.
3. Actinorizele (simbioza actinomicetelor din genul Frankia si radacina angiosperme neleguminoase din genurile
Alnus, Casuarina, Coriaria, Dryas, Purshia) fixeaza N2 cu un randament comparabil cu al simbiozelor
leguminoase. Raspandire larga in regiunile temperate, arctice, subalpine, ses, subtropicale si tropicale.
4. Simbioza Azolla-Anabaena azollae – A.azollae (cianobacteria fixatoare de N2) este raspandita la toate speciile
de ferigi acvatrice din genul Azolla. Randament mare de fixare a N2.
C. Micorizele reprezinta rezultatul asocierii simbiotice in cursul careia, la nivelul rizosferei si/sau a
regiunii pericorticale, radicelele celor mai multe plante sunt colonizate de fungi specifici. Interrelatia implica
asocierea selectiv constanta a celor doi parteneri, infectia plantelor de catre fungi si invadarea exclusiva a
cortexului radicular. Sunt foarte larg raspandite in natura. In functie de localizarea hifelor fungice fata de
celulele corticale ale radacinii, micorizele se clasifica in:
-ectomicorize (microrize ectotrofe) in care fungii produc infectii hifale intercelulare.
- endomicorize (micorize endotrofe) cu localizarea intracelulara a hifelor. Reprezinta tipul cel mai
comun de micorize. Prezente la plante leguminoase, graminee, gimnosperme (Thuja, Taxodium, Sequoia,
Juniperus).
- ectoendomicorize cu ambele tipuri de infectii – prezente numai la arbori (brad, pin, molid).
Micorizele functioneaza ca adevarate organe absorbtive radiculare, la nivelul carora absorbtia
nutrientilor este mult mai intensa. Fungii din micorize au rol activ in preluarea nutrientilor (P, N, Ca, Na) pe
care ii stocheaza inainte de transferul lor in radacina. Produc substante de tip auxine, care mentin echilibrul
simbiotic cu celulele radiculare si maresc contentratia glucidelor in radacini. De asemenea, sintetizeaza acizi
organici volatili cu efect fungistatic, mentinand echilibrul intre fungii simbiotici si cei patogeni din sol. Hifele
miceliene favorizeaza formarea agregatelor de sol, avand rol important in dezvoltarea structurii solului.

Interactiuni de tip antagonist (competitia, amensalismul, antibioza, parazitism, pradare, interactiuni

litice)
In comunitatile naturale apar in special la densitati mari de microorganisme si afecteaza viteza de
crestere a uneia dintre populatii.
Competitia pentru un substrat disponibil are importanta fundamentala pentru toate organismele din natura. Este
rezultatul diversitatii microorganismelor, a caror dezvoltare depinde de fondul comun de resurse ale mediului.
Competitia defineste efectul negativ al unui organism asupra altuia, ca rezultat al epuizarii unei surse din mediu
(sursa de C,N, P, factori de crestere).
Amensalismul este un tip de interactiune antagonista unidirectionala intalnit in comunitati de microorganisme
cu densitati populationale mari. Se caracterizeaza prin producerea de catre microorganismele unei specii a unor
substante solubile organice (acizi grasi, etanol, toxine, enzime litice etc.) sau anorganice (H2O2,NH3,NO2-,H2S,
O2 etc.) ce afecteaza negativ cresterea altor microorganisme din mediu.
8
 45
Antibioza este un fenomen de antagonism determinat de actiunea unor compusi chimici specifici (antibiotice)
produsi de anumite microorganisme, care in concentratii mici au efect inhibitor sau letal asupra altor organisme.
Multe microorganisme (eubacterii, actinomicete si fungi) produc 5-6 antibiotice diferite (monobactami,
peniciline, cefalosporine, bacitracina, polimixina, cloramfenicol, Amfotericina B, carbapenemi, cefalosporine,
eritromicina, kanamicina, lincomicina, neomicina, novobiocina, nistatin, streptomicina,tetraciclina), in proportii
variabile, in functie de natura mediului si de conditiile de crestere.
Antibioticele reprezinta molecule arhaice cu functii moderne, incluse in categoria metabolitilor
secundari (~5% din acestia au activitate antibiotica).
In reactiile primitive, antibioticele au avut rol de stabilizatori ai confirmatiilor active si de precursori
nepeptidici ai enzimelor actuale implicate in reactiile de condensare specifice transcrierii si traducerii genetice.
Datorita functiei nespecifice si ineficiente, antibioticele au fost inlocuite de-a lungul evolutiei cu sisteme mai
perfectionate, pastrand insa capacitatea de a interactiona functional cu situsurile ‘receptor’ din superstructurile
macromoleculare mederne. De exemplu, antibioticele care inhiba biosinteza proteica prin cuplarea cu ARNr23S
(thiostreptona), prin stabilizarea ARNm (lincomicina) sau prin stoparea sintezei lantului polipeptidic
(puromicina), au avut rol in evolutia biochimica a aparatului de traducere a informatiei genetice, prin functie de
precursori ai proteinelor ribosomale.
Parazitismul
Relatia in care un organism se hraneste cu celulele, tesuturile sau lichidele altui organism, care poate suferi
prejudicii ± semnificative. Relatia parazit-gazda are o durata relativ lunga si variaza de la ectoparazitism
(bacteriile patogene apartinand genurilor Staphylococcus, Streptococcus, bordettela pertusis, Vibrio cholerae,
Neisseria) la parazitism facultativ intracelular (tipic pentru microorganismele cu exigente nutritive relativ
moderate : M.tuberculosis, S.typhi, L.monocytogenes, Brucella) sau obligat intracelular (tipic
microorganismelor care au pierdut capacitatea de a exista extracelular: chlamidii, ricketsii), pana la parazitism
absolut de nivel genetic (caracteristic virusurilor ca entitati particulare, fara echivalent in lumea vie). Parazitii
pot avea un spectru larg de gazde sau un grad inalt de specificitate pentru o anumita gazda (virusul polio si
M.leprae in conditii naturale infecteaza numai omul).
Pradarea
Relatia in care un organism mai viguros – pradatorul – ataca un alt organism, provocandu-i moartea rapida, in
cazul prazii unicelulare, sau distrugerea partiala/totala, in cazul celei multicelulare, urmata de utilizarea
constituentilor lor ca material nutritiv.
Procariotele pradatoare sunt reprezentante de :
- pradatori periplasmatici bacteriolitici (genul Bdellovibrio) – multiplicare in spatiul periplasmic.
- citoplasmatici (genul Daptobacter) – intracitoplasmatic la Chromatium vinosum, C.minutissimum,
Lamprocystis si Thiocapsa roseopersicina.
Fungi nematofagi – grup taxonomic heterogen (Clasa Deuteromycetes, Phycomycetes si Basidiomycetes)
reunite prin adaptarea la un comportament pradator, prin care captureaza, omoara si consuma viermi
microscopici.
- speciile studiate apartin genurilor Arthrobotrys, Dactylella, Trichothecium.

Interactiuni litice
Caz special de antagonism in care are loc liza ± brusca a microorganismelor individuale sub actiunea
altora, insotita de pierderea functiilor esentiale (arhitectura celulara, metabolismul, cresterea si multiplicarea).
Microorganismele litice sunt larg raspandite in natura, in special in sol.
Un caz particular il reprezinta mixobacteriile, bacterii ‘bacteriofage’ capabile de liza unor
microorganisme si hranirea cu substantele eliberate. Mixobacteriile sunt considerate ca micropradatoare, ce se
deosebesc de pradatorii clasifici prin faptul ca efectul lor (distrugerea celulelor bacteriene intregi cu ajutorul
enzimelor extracelulare) este rezultatul unui efort de grup, colonial si nu individual. Din acest motiv,
mixobacteriile reprezinta un tip rudimentar de asociere comunitara, reprezentand cea mai simpla si mai
primitiva comunitate biologica organizata.
La acestea se adauga bacteriofagii litici. In natura, majoritatea fagilor exista sub forma integrata de
profag in bacteriile lizogene. Starea integrata reprezinta o strategie de ‘supravietuire’ cu posibilitatea reluarii
ciclului de replicare, in special in mediile naturale in care multiplicarea bacteriilor este limitata de factori
nefavorabili. Fagii temperati transductori reprezinta agenti de variabilitate genetica, determinand transferul de
informatie genetica in populatiile bacteriene mari si concentrate in spatiu.

9
 46
Liza fagica este un fenomen important pentru mentinerea fagilor in natura. N mediile natruale, fagii
liberi dispar ca rezultat al efectului sedimentarii, prin actiunea protozoarelor ce consuma bacterii lizogene si
prin actiunea radiatiilor UV solare in straturile superioare ale apei. In sedimentele apelor reziduale si ale
depozitelor de namol, fagii se mentin perioade indelungate ca profagi, fiind repusi in circulatie prin intermediul
sedimentelor.

10
 47

NOTIUNI DE MICROBIOLOGIA SOLULUI

Solul este descris ca un sistem dinamic rezultat prin dezagregarea rocilor parentale
sub actiunea factorilor fizici si chimici si a unor activitati biologice ce determina
evolutia substratului spre stadiul de sol. Este alcatuit din 3 faze: solida, lichida si
gazoasa.
I. Faza solida (1/2 din volumul solului) este alcatuita dintr-o fractiune
minerala si o fractiune organica.
- fractiunea minerala are o compozitie variabila in functie de natura rocilor
parentale, ce pot fi :
- roci vulcanice (rezultate din solidificarea lavei): granitul si bazaltul
- roci sedimentare rezultate prin depunerea si consolidarea produselor rezultate
din degradarea altor roci (gresia, dolomite, sisturi argiloase, calcare).
-roci metamorfice (sisturi cristaline, cuartite, marmura) provenite din
modificarea rocilor vulcanice/sedimentare sub influenta temp. si/sau a presiunii
ridicate.
- fractiunea organica este alcatuita din resturi organice moarte provenite din litiera,
lemn, radacini, diferite organisme si microrganisme, ce corespund fractiei nealterate.
La aceasta se adauga fragmente si particule aflate in grade diferite de descompunere,
alaturi de materialele humice ce reprezinta constituientii esentiali ai solului.
II. Faza lichida este reprezentata de apa din porii solului si de pe suprafata
particulelor de sol. Contine diferite substante minerale si organice aflate in stare
dizolvata/ de dispersie coloidala, fiind cunoscuta sub denumirea de solutia solului.
III. Faza gazoasa corespunde aerului prezent in porii liberi din apa si are o
compozitie modificata fata de aerul atmosferic ( <O2 si >CO2).
Componenta majora a solului o formeaza substantele minerale: SiO2 – 75.4%
din masa totala a solului, la care se adauga Al2O3, Fe2O3, K2O, Na2O, TiO2, MnO
(intra in compozitia mineralelor argiloase) si CaO, MgO, P2O5, SO3 si N.
Pentru activitatea microorganismelor din sol, fractia cea mai importanta a
solului o reprezinta mineralele argiloase, dispuse discontinuu pe suprafata
particulelor de nisip. Dpv chimic, argilele sunt alcatuite din aluminosilicari secundari
(rezultati prin alterarea si hidratarea in diferite grade a silicatilor primari) asociati cu
oxizi hidratati de Fe, Al, Mn sau cu alti produsi finali de alterare. Argilele au o
importanta deosebita, permitand localizarea si activarea microorganismelor pe
suprafata particulelor de sol, in sistemul porilor sau in imediata vecinatate a
particulelor.
Datorita dimensiunilor mici, argilele au un raport mare suprafata/volum,
favorizand fenomenele de adsorbtie si interactiune. Similar materialelor humice,
argilele au o mare afinitate pentru moleculele de apa, permitand concentrarea
nutrientilor organici si anorganici si a microorganismelor la nivelul interfetelor
argila/apa.

Formarea solului (solificarea) este un proces complex si de durata, in cursul

caruia, sub influenta unor mecanisme fizice, chimice si biologice, roca parentala
sterila si inerta dobandeste caracterul de fertilitate, fiind convertita la stadiul de sol.
1
 48

Principalele etape ale solificarii sunt :

1. dezagragarea – procesul fizic de fragmentare a rocii compacter sub actiunea
factorilor de mediu
2. alterarea – degradarea chimica/biochimica, in cazul clonizarii cu
microorganisme-pionier (cianobacterii si alge) sau cu licheni. In acesta faza se
formeaza complexul mineral al solului.
3. instalarea si dezvoltarea biocenozelor proprii –etapa esentiala care asigura
fertilitatea solului (aprovizionarea plantelor cu nutrienti).
4. formarea si acumularea humusului – prin actiunea mezofaunei si a
microorganismelor, asigura depozitul organic specific solului, cu rol esential in
fertilitatea acestuia.
Solul se caracterizeaza prin 2 proprietati definitorii: textura si structura.
Textura solului este rezultatul proportiilor relative ale diferitelor particule din sol
(nisip, praf, argila tec.). influenteaza natura si biologia microorganismelor.
Structura solului se formeaa in procesul de pedogeneza, ca rezultat al
modificarilor fizico-chimice de formare a argilelor si altor coloizi, a humusului si a
activitatii organismelor vii. Un proces deosebit de important in structurarea solului
este agregarea particulelor de sol. In solul structurat, particulele elementare sunt
legate intre ele in unitati structurale mai mari denumite agregate. Agregarea este
rezultatul mai multor factori:
o prezenta unor substante cimentante (argile coloidale)
o prezenta substantelor organice derivate din exudatele radiculare, tesutrile vegetale
si produsi rezultati din degradarea lor
o prezenta radacinilor plantelor si a regiunilor periradiculare.
o activitatea complexa a microorganismelor, care au capacitatea de aproduce
polizaharide/ alte materiale aderente. Din aceasta decurge rolul esential al
microorganismelor in formarea structurii solului. Agregatele delimiteaza cele mai
importante microhabitate pentru microorganismele din sol.
o prezenta humusului cu rol in aglutinare si cimentare a particulelor.
Humusul este principalul constituient specific al solului si factor esential al
fertilitatii solului. Este una din cele mai raspandite si mai abundente materii organice
din sol. Constituie substratul dezvoltatii microor. si al fertilitatii solului, pentru ca
asigura nutrientii in forme accesbile. Fertilitatea solului este consecinta degradarii
permanente a humusului de catre microorg. Materiile humice sunt intr-o stare de
echilibru dinamic: descompunerea lor treptata este compensata prin resinteza.
Humusul reprezinta un complex de substante coloidale amorfe, de culoare brun-
neagra, format prin descompunerea partiala a resturilor vegetale, animale si
microbiene. 2 grupuri principale de constituienti :
1. constituienti specifici (substante humice propriu-zise) care, in functie de
gradul de solubilitate, se grupeaza in 2 fractiuni :
- fractiunea solubila in solutii alcaline – reprezentata de acizii humici de tipul:
- acizi fulvici - hidrosolubili si neprecipitabili cu acizi minerali, reprezinta
stadiul initial de transformare a produsilor intermediari rezultati din descompunerea
masei reziduale organice

2
 49

- acizi humici - solubili in asolutii alcaline, insolubili in apa, rezultati prin

polimerizarea acizilor fulvici,constituenti majopri ai humusului din solurile fertile.
- fractiunea insolubila este reprezentata de humine, complexe macromoleculare
de acizi fulvici si humici, strans legate de materiale minerale. Marcheaza stadiul final
al biosintezei humice. Au o importanta esentiala pentru viata in sol. Prin asocierea cu
argile formeaza complexe organo-minerale.
2. constituienti nespecifici (nehumici) reprezentati de diferite substante
organice, in diferite stadii de degradare si eliberare din tesuturile din care provin:
substante organice vegetale/animale in diferite grade de degradare ( lignine, celuloza,
hemiceluloe, pectine, protine) si intermediari de degradare (monoglucide,
aminoacizi, acizi organici, fenoli).

Microbiota solului
Natura, numarul si activitatea microorganismelor in sol sunt influentate de factori
ecologici precum:
-apa si umiditatea asigurata de ea sunt esentiale pentru cresterea, activitatea,
supraviuetuirea si germinarea sporilor diferitelor categorii de microorganisme. Apa
din sol actioneaza ca solvent pentru nutrientii minerali preluati de catre plante si
microorganisme. In plus, influenteaza deplasarea microrganismelor intre pori, de-a
lungul radacinilor si in jurul resturilor vegetale.
- aerarea – procesul prin care gazele produse/consumate sub suprafata terestra
sunt schimbate cu cele din aerul atmosferic. Atmosfera solului (<O2 si >CO2),
influentata de fenomene de difuzie si de respiratie a microorganismelor, este inegala
astfel incat unele zone sunt aerobe, iar altele anaerobe. Din acest punct de vedere,
solul este o colectie de microhabitate in care conditiile de aerobioza si anaerobioza
coexista in teritorii foarte apropiate.
-temperatura este un factor variabil, in straturile de la suprafata putand atinge
valori de pana la 550C in regiuni temperate, 700 la tropice si 880C in valea Mortii
(California). prezinta variatii diurne si sezoniere.
-pH – valori generale cuprinse intre 4.8-8.5.
-adancimea influenteaza densitatea microorganismelor prin efectele
concentratiei O2 si CO2, a nutrientilor, a umiditatii. Frecventa mare a microrg. Scade
de la suprafata o data cu adancimea.
Prin urmare, solul ofera conditii foarte heterogene de dezvoltare, fiind habitat
de populatii de microorganisme cu particularitati biologice si biochimice foarte
diferite.
Microorg. din sol se diferentiaza ecologic in 2 categorii :
- microorganisme autohtone (indigene, permanente sau constante) sunt cele
mai numeroase si caracteristice unui anumit tip de sol.
- microorganisme zimogene (temporare sau de fermentatie) au o activitate
periodica, intermitenta, cu faze de activitate si de repaus. Dezvoltarea lor
abundenta are loc dupa adaugarea substantelor organice exogene (resturi
vegetale, ecrete si resturi animale tec.

3
 50

Micropopulatiile din sol sunt alcatuite din eubacterii, actinomicete, cianobacterii,

microfungi, protozoare si alge.
- eubacteriile reprezinta grupul cel mai numeros si mai activ din sol (106-109 celule/
gram sol uscat). Predomina bacteriile Gram-. Prezinta un pleomorfism accentuat in
comparatie cu morfologia clasica. Frecvent sub forma de microcolonii asociate de
resturi vegetale adsorbite pe argile si pe humus.
Rolul bacterilor in sol este imens :
- in sol se gasecs toate bacteriile implicate in circulatia N, P, S, Fe si celorlate
elemente in natura
- prin polizaharidele extracelulare participa la agregarea particulelor de sol si la
formarea humusului
- capabile de imbogatirea solului in N combinat prin fixarea N2
- participa la procesele de mineralizare (solubilizarea compusilor organici si
anorganici, insolubili si inaccesibili plantelor) esentiale nutritiei plantelor si
asigurarii fertilitatii solului.
- actinomicete – la fel de numeroase ca eubacteriile (105-108celule/g sol). Reprezentate
de genurile Actinomyces, Actinoplanes, Mycobacterium, Mycrococcus,
Micromonospora, Nocardia, Streptomyces, Thermoactinomyces.
Prezente in special sub forma de spori. Mai numeroase in straturile superficiale
ale solului. Prefera soluri bogate in substante organice (nutritie heterotrofa). Degradeaza
molecule rezistente: celuloza, chitina, paraffine, fenoli etc.
Rol:
- in mineralizarea compusilor rezistenti (chitina)
-contribuie la formarea humusului, prin produce de compusi aromatici, si la
formarea structurii solului.
-fixeaza N2 (genul Frankia) si formeaza simbioze de tipul actinorize
-produc o gama larga de substante antibiotice.
- cianobacteriile – se dezvolta fototrof in stratul superior, iluminat al solului/
chemoorganotrof la intuneric. Genurile Anabaena, Calothrix, Chrococcus,
Cylindrospermum, Lyngbya, Picrocoleus, Nodularia, Nostoc, Oscillatoria, Phormidium,
plectonema, Scytonema.
- microfungii – sunt microorganisme indigene/alohtone. Sunt raspanditi la suprafata
solului, unde descompun materia organica. Formeaza o parte importanta din biomasa
microbiana in anumite tipuri de sol. Numarul redus este compensat de cresterea hifala.
Genurile : Absidia, Mucor, Rhizopus (ordinul Mucorales), Pythium (ordinul
Perenosporales), Chaetomium, Morchella (clasa Ascomycetes),Alternaria, Aspergillus,
Botrytis, fusarium, Penicillium, Phoma, Trichoderma, Verticillium (Clasa
Deuteromycetse).
Rol :
- formarea structurii solului si formarea humusului prin sinteza de substante
aromatice asemanatoare ligninelor
- unii sunt pradatori, participand la mentinerea echilibrului biologic in sol
- uni formeaza simbioze de tip microrize cu radacinile plantelor.
- protozoarele – din microbiota permanenta sunt prezente in special la suprafta solului
umed si in stratul superficial (15cm). Numarul lor inregistreaza fluctuatii zilnice mari,
4
 51

invers corelate cu marimea populatiilor bacetriene. In plus, pot prezenta fluctuatii

numerice diurne, conditionate de temperatura, umiditate, disponibilitatea nutrientilor etc.
umiditatea este esentiala pentru existenta formelor active, pentru mobilitatea si dispersia
in sol, iar uscaciunea favorizeaza inchistarea, chistii protozoarelor avand o rezistenta
marita la conditiile de mediu (temp., uscaciunea, pH). Reprezentanti :
- Clasa Sarcodina : Acanthamoeba, Amoeba, Biomyxa, Euglypha, Nuclearia,
Naegleria si Leptomyxa.
-Clasa Mastigophora : Bodo, Cercomonas, Tetramitus etc.
-Clasa Ciliata : Balantidium, Colpidium, Oxytricha, Urotricha, Vorticella etc.
Rol:
- pastrarea echilibrului biologic al solului, corelat cu capacitatea de a ingera si
distruge o serie de bacterii (ex. Sarcodina : 30-40000 bacterii).
- algele – abundente in habitatele umede si iluminate de la suprafata solului si stratul
superior (mm-pana la 10cm). Reprezentanti din Chlorophyta, Diatomeae si
Xanthophyta. Filum. Chlorophyta este frecvent in solurile acide (Chlamydomonas,
Chlorella, Cladophora, Pleurococcus, Protococcua, Scenedesmus, Ulothrix,
Chlorococcus etc.).

Relatii dintre microorg. din sol si plantele superioare

1. Influenta plantelor asupra microorganismelor

Radacinile plantelor superioare reprezinta microhabitate pentru microorganismele din
sol. In general, relatia dintre microorganisme si radacini este diferita, colonizarea
acestora avand un caracter discontinuu.
Rizosfera este definita ca regiunea periradiculara din sol care contine un gradient de
microorganisme si de activitati mai importante in solul adiacent sistemului radicular,
diminuand progresiv pe masura cresterii distantei fata de acesta.
Comunitatile de microor. sunt extrem de numeroase si de active la nivelul zonelor
periradiculare, datorita eliberarii de catre radacini a unui exudat cu efect stimulator,
descris sub numele de efect de rizosfera. Efectul stimulator al exudatului periradicular
este maxim la nivelul rizoplanului (solul legat ferm de radacini), unde se gasesc si cele
mai numeroase populatii de microor., si scade treptat spre numarul caracteristic solului
normal, pe masura ce distanta fata de radacini creste.
Exudatele periradiculare sunt complexe organice ce contin frecvent glucide (glucoza,
fructoza, xiloza, maltoza, ramonoza, rafinoza), aminoacizi (Ala, acizi aspartic si
glutamic, glicocol, Leu, Trp, Thr), acizi organici (acid acetic, proprionic, butiric, oxalic,
citric, fumaric, succinic), vitamine (biotina, tiamina, niacina, acid pantotenic,
piridoxina), factori de crestere (auxine etc.).
Prezenta microor. stimuleaza producerea de exudate. De asemenea, rizosfera
stimuleaza multiplicarea bacteriilor si a fungilor. Bacteriile din rizosfera (denumite
generic rizobacterii) sunt reprezentate predominant de bacili Gram-, bacili si bacterii
pleomorfe Gram+. Numarul bacteriilor prezente in rizosfera este estimat la 5x106-1x109
celule/g.

5
 52

2. Efectele microorg. asupra plantelor

In majoritatea cazurilor micror. exercita efecte benefice asuprea plantelor ca rezultat
al interactiunilor nutritionale:
- microorg. faciliteaza sau participa la absorbtia nutrientilor din sol, in special atunci
cand acestia sunt factori limitanti pentru crestere. Ele desfasoara permanent o actiune de
reciclare si solubilizare a nutrientilor minerali, intensificata de ‘efectul de rizosfera’.
- Microor. de la acest nivel au o influenta benefica asupra nutritiei cu P :
solubilizarea P din fosfati organici anorganici insolubili. Bacteriile din rizosfera cresc
solubilitatea compusilor cu Fe, prin producerea de chelatori organici, si rata preluarii Ca,
a carui solubilitate creste prein producerea de CO2 in rizosfera.
Cele mai cunoscute interactiuni nutritionale sunt cele din asociatiile simbiotice, de
tipul celor fixatoare de azot sau a micorizelor. De ex., fungii din micorize exercita un
efect complex prin :
- stimularea cresterii si ranmificarii radacinilor
- dezvoltarea hifelor exploreaza un volum mai mare de sol
- hifele inglobeaza eficient cxoncentratiile mici de nutrienti
- radacinile cu micorize sunt mai rezistente la infectii
- micorizele ectotrofwe cau propria lor rizosfera.
Microrg. din rizosfera pot exercita si unele efecte negative asupra plantelor :
-cand competitioneaza pentru nutrienti minerali/O2
-cand interfera cu absorbtia nutrientilor
- cand intensifica activitatea unor agenti patogeni
-cand produc substante fitotoxice sau cand potenteaza patogenitatea unor agenti
patogeni putin virulenti.
In mod normal, rizosfera si populatiile de micror. colonizatoare constituie o
bariera pentru patogenii cu care competitioneaza. Rizobacteriile exercita un biocontrol
riguros asupra unor agenti patogeni redutabili, impiedicand aparitia infectiilor.
Mecanismul major implicat in acest control biologic este competitia pentru Fe3+.
Fe3+ are rol esential in metabolismul energetic al micro. Aerobe si microaerofile. Dar, pe
masura ce valorile pH cresc >6.0, disponibilitatea Fe3+ pentru plante si microor. Este mult rteduca.
Microrg. Competitioneaza pentru Fe3+ prin producere de siderofori, a caror afinitate variaza printre
microrg. (sideroforii de la Pseudomonas sunt de 10X decat cei dela fungi).

ACTIVITATEA GEOLOGICA A MICROORGANISMELOR

Geomicrobiologia (litobiologia) este un domeniu interdisciplinar al ecologiei

microor. care studiaza rolul micror. in transformarile substantelor minerale, in
formareea, eliberarea si migrarea titeiului in zacamant, precum si in formarea
zacamintelor de carbuni.
Formarea si degradarea unor minerale s-au realizat initial fara interventia
micror. Ulterior formarii lor, diferitele tipuri de roci de la suprafata scoartei terestre
sau adiacente suprafatei sunt expuse fortelor fizice, chimice si biologice, care le
degradeaza la particule mici sau la compusi hidrosolubili.

6
 53

Rolul microorganismelor in formarea zacamintelor de petrol

Petrolul (latin petra=piatra, oleum-ulei) este un amestec complex, extrem de

heterogen, de hidrocarburi gazoase, lichide si solide, la care se adauga numerosi
compusi ai C si H cu O, N, S, P.
Similar carbunelui, se considera ca petrolul s-a format din materia organica
supusa unor conditii speciale de mediu si continua sa se formeze si in prezent. Sursa
de baza pentru formarea combustibililor fosili o reprezinta plantele superioare in
mediul terestru, respectiv fitoplanctonul acvatic alcatuit din diatomee, dinoflagelate
si unele Chrysophyceae.
Formarea petrolului are loc in 2 etape:
1. etapa biologica, initiala - in cursul careia constituentii majori (glucide,
proteine, lipide) din structura organismelor moarte sunt atacati si modificati de
bacterii. Initial actioneaza bacteriile facultativ anaerobe ce consuma O2
dizolvat in apele adanci, diminueaza cantitatea de substanta organica si
deschid calea actiunii micror. anaerobe. Bacteriile transforma materia organica
precursoare intr-un produs denumit protopetrol, stadiile finale de conversie a
protopetrolului in titei brut fiind de natura fizico-chimica.
2. faza de transformari fizico-chimice este de lunga durarta. In cursul ei,
lipidele sufera modificari structurale minore trecand in molecule din categoria
‘fosilelor geochimice’, iar aminoacizii si glucidele simple, formeaza prin
policondensare acizi humici si fulvici, asemanatori celor din sol. Aceastia
formeaza humusul marin, produs complex, coloidal, asemanator celui din sol.
Continuarea proceselor de policondensare si de sedimentare realizeaza
transformarea sedimentului organic in kerogen, ce reprezinta sursa principala
de formare a petrolului, a gazelor si a sisturilor bituminoase.
Procesul de sedimentare continua in timp, corelat cu cresterea temp. cu cca.
300C/km. Kerogenul, format din nuclei poliaromatici legati prin lanturi alifatice,
sufera un proces de degradare termica menajata, ce conduce la disparitia gruparilor
functionale (acid, ester, cetona etc.) si mentinerea nucleilor poliaromatici. Au loc
rearanjari moleculare, eliminarea CO2, H2O si a produsilor oxigenati, degradarea
lanturilor alifatice, determinand formarea titeiului.
Titeiul contine mai multe clase de hidrocarburi :
1. fractiunea alifatica (saturata) este reprezentata de alcani, compusi saturati cu
formaula generala Cn, H2n+2. Hidrocarburile cu lant lung sunt atacate mai usor decat
cele cu catena scurta.
2. fractiunea aromatica este reprezentata de compusi aromatici nesaturati, cel mai
simplu fiind benzenul. Compusii aromatici sunt mai greu atacati in procesul de
biodegradare, cea mai grea etapa fiind cea de clivare a ciclului aromatic.
3. fractiunea asfaltica include componente cu structura complexa. Mai putin
cunoscuti dpv chimic.
Titeiul contine cantitati variabile de S (0.025-6.0%) sub forma legata in peste
200 molecule organice complexes au ca S0, SO42-, sulfuri, tiosulfat. Se considera ca S
din petrol este rezultatul activitatiii bacteriilor SO4-reducatoare, active in faza de
sedimentogeneza asupra compusilor cu S din mediu pe care il introduce in combinatii
7
 54

organice complexe. Microorg. realizeaza si interactiuni inverse, de desulfurizare in

situ, prin degradarea compusilor S cu eliberare de H2S.
Dupa formare, titeiul este regasit in stare dispersata si conservat ca atare in
roca-mama. Pentru a forma zacaminte, titeiul trebuie sa migreze si sa se acumuleze in
rezervorul poros (migrarea primara). Ulterior, se deplaseaza in interiorul
rezervorului pentru a se acumula la nivelul unei capcane anticlinale sau a unor
crapaturi in strat (migrare secundara).
Bacterile joaca rol esential in procesul complex de eliberare, migrare si
acumulare a titeiului, realizat pe mai multe cai:
-degradarea matricei organice a resturilor vegetale, cu eliberarea picaturilor de titei,
ce se reunesc ;
- dizolvarea carbonatilor din rocile pe care este adsorbit si formarea de canalicule si
spatii goale
- producerea de CH4, CO2, H2O si alte gaze, ce reduc vascozitatea, in special cand se
gasesc sub presiunea, favorizand scurgerea titeiului pana la capcane
- producerea de acizi grasi si substante tensioactive, ce actioneaza asupra titeiului
adsorbit/ aflat in emulsia apoasa.

BIODEGRADAREA MICROBIANA A PETROLULUI

In sens larg, conceptul de biodegradare se refera la modificarea proprietatii

unor materiale, determinata de activitatea biologica a microorganismelor.
Biodegradarea se exercita in special asupra materialelor organice, dar nu exclude pe
cele anorganice. Biodegradabilitatea reprezinta capacitatea unui compus de a fi
modificat structural sub actiunea microorg.
Biodegradarea este un proces cu efecte pozitive. Pe plan global, are o
contributie majora la circulatia elementelor biologice in natura, iar pe plan local
impiedica acumularea materialelor reziduale, a diferitilor contaminanti ai mediului
etc.
Biodeteriorarea reprezinta actiunea prin care microorg. determina
transformarea unui material valoros intr-unul residual. Este un proces cu efecte
negative, care trebuie evitat/ intarziat.
Biodegradarea compusilor organici este capacitatea de descompunere aeroba,
prin mineralizare pana la CO2, H2O si NH3, sau anaeroba, cu produsi finali ca H2S,
CH4, CO2 si H2O.
Pentru compusii anorganici, biodegradabilitatea corespunde degradarii
acestora la compusi prezenti in ciclul lor normal (NH3,NO2-,NO3- si mai ales N2).
Numeroase microorg. au capacitatea de a utiliza hidrocarburile gazoase,
lichide si solide din seria alifatica, aromatica si asfaltica drept unica sursa de C si
enrgie, descompunandu-le la molecule mai simple/ chiar la CO2 si H2O.
Microor. ataca petrolul, gazolina, kerosenul, uleiurile minerale, parafina, gazul
de iluminat, gazele de sonda, cauciucul natural si sintetic, uleiurile de racire,
suprafete asfaltice.

8
 55

Degradarea microbiana a titeiului este un proces complex, a carui evolutie

depinde de compozitia petrolului si de natura comunitatilor de microorg.
caracteristice mediilor naturale.
In cazul deversarilor accidentale masive in oceane, degradarea petrolului
evolueaza in 3 faze :
Faza I – cu o durata de cateva ore, corespunde etalarii rapide a titeiului pe o
suprafata mare a mediului marin, fiind asociata cu procese fizice (evaporarea,
dizolvare, emulsionare). In aceasta faza, poluantul se separa in 2 structuri diferite :
- stratul superficial - contine fractiunile cele mai usoare. Retine si concentreaza
poluanti chimici, detergenti, metale grele.
- titeiul din coloana de apa, supus unui proces de emulsionare.
Faza II – de degradarea a hidrocarburilor are loc pe 2 cai :
- biodegradare - realizata in ecosistemele acvatice, in special de catre bacterii. Unele
microorg. planctonice (fito-/zooplankton si chiar bacterii) inmagazineaza temporar
hidrocarburi sub forma de picaturi, pe care le elimina netransfotrmate in mediu.
- degradare chimicca (abiotica) - se realizeaza in absenta luminii, prin fenomene de
autoxidare si fotooxidare, adica prin fotoliza mediata de radicalii liberi foarte
reactivi.
Faza III – de restabilire a echilibrului ecologic are o durata variabila in functie de
intensitatea poluarii si de conditiile in care a evoluat biodegradarea.
Degradarea titeiului are loc si in sol. Numeroase microorg. din sol pot folosi
toluenul/ alti compusi (xilen, naftalen, hexan, clorbenzen) ca sursa de C si energie.
Deversarea de petrol brut in sol produce o crestere numerica a populatiilor de bacterii
cu o reducere concomitenta a diversitatii lor.
Poluarea cu doze mari omoara vegetatia dar intotdeauna, in special in conditii de
aerobioza, are loc degradarea si revenirea la normal.
Microorganismele care degradeaza hidrocarburi sunt reprezentate de eubacterii,
actinomicete, cianobacterii, drojdii, fungi filamentosi si alge.

9
 56
Microbiologia apelor (microbiologia acvatica)

Microbiologia acvatica abordeaza structura si viata comunitatilor de microorg. prezente in mediile acvatice
(izvoare, rauri, fluvii, lacuri, balti, mari si oceane) sub aspectul interactiunilor dintre microorg. componente sau
cu alte organisme (plante si animale), al rolului lor in fluxul de materie si energie al ecosistemelor acvatice si in
circuitul biogeochimic al elementelor in apa si sedimente, ca si rolul in comportamentul formelor terestre in
mediile acvatice.
Mediile acvatice constituie hidroecosfera alcatuira din 2 compartimente distincte:
- mediul marine si oceanic, ce reprezinta ~97.3% ;
- apa continentala repartizata in ghetari si gheturi polare, acvifere subterane (ce include apa prezenta in
sol si apa freatica), apa din lacuri si rauri si apa continuta in organismele vii din biosfera.
In functie de natura habitatelor caracteristice, mediile acvatice naturale se clasifica in :
1) ape de suprafata – reprezinta medii adecvate pentru numeroase microorg.. Impartite in :
- ape dulci (limnetice) subimpartite in :
- ape lentice (stagnante) de tipul lacurilor, baltilor, mlastinilor etc.
- ape lotice (curgatoare) de tipul izvoarelor, raurilor si fluviilor
- ape marine si oceanice
2) ape subterane, freatice sau acvifere.
In functie de concentratia in saruri, apele naturale pot fi clasificate in: ape dulci (0-1g/l), ape salmastre
(1-25g/l), 3) ape sarate (25-50g/l) si ape foarte sarate (>50g/l).

Factorii ecologici ce influenteaza natura si activitatea microorg. in mediile acvatice

Prezenta si activitatea microorg. in bazinele acvatice sunt influentate de factori fizico-chimici

precum :lumina, temperatura, presiunea hidrostatica, turbiditatea, natura curentilor de apa, pH-ul si gazele
dizolvate, salinitatea.
1. Lumina – asigura viata in ecosistemele acvatice, permitand initierea fluxului de energie si
dezvoltarea producatorilor primari ce sau la baza lantului trofic.Cantitatea de lumina prezinta variatii diurne si
sezoniere si este influentata de turbiditatea de la suprafata apelor, de unghiul de incidenta al radiatiilor, de
efectele de dispersie exercitate de materia particulata sau de prezenta organismelor, de adancimea care schimba
natura radiatiilor (cele cu lungime de unda scurta se transmit mai usor, iar cele rosii cel mai putin). Datorita
acestor factori, un procent foarte mic din energia radianta incidenta este convertita in energie chimica de catre
producatorii primari.
Zonele mai putin iluminate, improprii dezvoltarii algelor, sunt populate cu bacterii fototrofe anoxigenice
rosii-Rhodospirillaceae) si verzi-Chlorobiaceae. Microorg. fototrofe mobile isi regleaza pozitia in coloana de
apa datorita fenomenelor de fototaxie, in functie de intentsitatea luminii.
2. Temperatura – alaturi de oligotrofie, este factorul ecologic responsabil de scaderea activitatilor
metabolice. Reprezinta un parametru variabil :
- in apele de suprafata variatii cuprinse intre 280C (tropice) - ~-1.860C in regiunile polare (punctul de
inghet al apei de mare datorita concentratiei mari in saruri).
- in regiunile temperate si subtropicale inregistraza variatii sezoniere si diurne
- variaza in functie de adancime: >90% din volumul mediului marin este mai rece cu 50C. Prin urmare,
mediul marin este populat cu microorg. psichrofile, majoritatea termosensibile si stenoterme, ce nu se
pot dezvolta la temperaturi >20-250C.
3. Presiunea hidrostatica – factor major ce afecteaza natura microorg. si procele biologice din mediul
marin. Creste linear cu adancimea (12 atm la fiecare 10m). Presiunea hidrostatica marita are un efect complex
asupra proprietatilor fizico-chimice ale apei (modifica gradul de ionizare, pH-ul si gradul de vascozitate) si
asupra microorg (solubilitatea si viteza de transport a nutrientilor, cinetica enzimatica, structurile proteinelor,
morfologia celulara).
Microorganismele barofile sunt abundente in habitatele marine bogate in nutrienti, unde au un avantaj
competitiv fata de cele din mediul acvatic oligotrof.
4. Turbiditatea – este determinata de seston ce corespunde materiei particulate prezenta sub forma
suspensie in apa si care determina formarea sedimentelor. Sestonul este alcatuit din :
1. bioseston – reprezentat de bacterii liber inotatoare, fito- si zooplancton
1
 57
2. abioseston/tripton - corespunde materiei particulate neanimate (particule de detritus, materiale din sol).
Turbiditatea determina adancimea la care radiatiile solare pot asigura fotosinteza si realizarea productivitatii
primare. In plus, sestonul reprezinta substratul la care microorg. pot adera sau pe care il pot metaboliza. In apele
bogate in seston, exista o corelatie intre gradul de turbiditate si numarul bacteriilor saprofite, numarul
bacteriilor aderate la seston putand atinge 50-94%.
5. Curentii de apa – impart mediile acvatice in curgatoare (izvoare, rauri, fluvii) si statatoare/stagnante
(lacuri, balti, mari si oceane). Apele statatoare sunt expuse unor curenti cu directii diferite (verticale, orizontale,
ascendente/ descendente) ce mobilizeaza masele de apa.
6. Curentii oceanici influenteaza semnificativ ecosfera marina prin modificarea uniformitatii relative a
conditiilor de mediu. In functie de directia lor (verticala/ orizontala) si de nivelul la care apar (suprafata/regiuni
profunde), realizeaza amestecul maselor de apa, nutrientilor si redistribuirea microbiotei.
7. Mareea este o forma de oscilatie regulata si ritmica a nivelului oceanului plantar caracterizata prin
cresterea (flux/maree inalta) si scaderea (reflux/maree joasa) nivelului apei zilnic in acelasi loc.
8. Curentii de ‘upwelling’ (well-fantana, izvor) caracterizeaza circulatia maselor de apa de la adancime
mare catre suprafata. Importanta biologica deosebita, deoarece vehiculeaza cantitati importante de nutrienti,
crescand fertilitatea regiunilor de masa oceanica de suprafata.
In afara transportului de nutrienti, curentii asigura si omogenizarea lor, impiedicand formarea zonelor de
hiperoligotrofie pentru microorg. sedentare. In plus, determina, patrunderea O2 spre straturile profunde ale
bazinelor acvatice, dispesarea /indepartarea unor microorg.
9. Gazele dizolvate si valoare pH-ului – bazinele acvatice sunt sarace in gaze dizolvate, in special
CO2, O2, N2. In conditii spediale, CO2 si O2 influenteaza natura, numarul si activitatea microorg. acvatice.
10. Concentratia CO2 in multe bazine acvatice este mica la suprafata si supusa fluctuatiilor determinate
de contactul cu atmosfera si consumul prin fotosinteza. In mediile acvatice, variatiile concentratiei CO2 sunt
corelate cu valorile de pH, determinate de natura substantelor dizolvate: utilizarea/ indepartarea CO2 prin
fotosinteza creste valoare pH si invers.
11. Concentratia O2 variaza in mediile acvatice: este mare in apele repede curgatoare si scazuta, in
raport cu adancimea, in apele lente si stagnante. In general, in lacurile adanci si mari, concentratia O2 este
invers proprotionala cu a CO2.
In bazinele acvatice concentratia O2 cunoaste o zonare pe verticala: apele de suprafata prezinta un grad
mare de oxigenare, datorat contactului direct cu atmosfera, valurilor si curentilor, ca si difuziei O2 produs prin
fotosinteza. In general, apele din adancul marii, ca si straturile superioare ale majoritatii sedimentelor sunt
oxigenate, cu O2 sub forma dizolvata.
Sedimentele marine prezinta o a doua zonare pe verticala a concentratie O2: la suprafata lor,
concentratia relativ mare a O2 este asociata cu prezenta nitratilor, Fe3+ si cu o concentratie scazuta a CO2. Zona
profunda anaeroba, este caracterizata prin acumularea de H2S in concentratii toxice pentru multe microorg., dar
populate de bacterii sulfuroase chemoautotrofe.
12. Salinitatea si compozitia ionica – sunt proprietati ce diferentiaza mediile acvatice dulci de cele
marine si oceanice. Influenteaza natura microorg. populante. Concentratia medie a sarurilor in apele oceanice
este de 3-5%, cu valori extreme de 340g/l (Marea Moarta). Spre deosebire de lacurile sarate si unele bazine
acvatice mici, compozitia ionica si salinitatea apelor oceanice deschise sunt relativ constante. Exceptie fac
marile interioare, care sufera in zona estuarelor un proces de difuzie masiva.
Devierea de la salinitatea optima are consecinte negative asupra bacteriilor, determinand modificari
morfologice (celulele bacilare/ cocoide devin filamentoase) si fiziologice (durata de generatie prelungita,
blocarea reproducerii). Halofilia este asociata cu capacitatea de utilizarea a energiei solare si de fixare a CO2
prin fotosinteza. Prin urmare, este frecventa in cazul algelor, cianobacteriilor si bacteriilor fototrofe
anooxigenice.
Salinitatea apelor marine influenteaza densitatea apei, raspunsul microorg. la temperatura, determinand
o temp de inghet mai scazuta, ceea ce modifica solubilitatea gazelor.
Oligotrofia – reprezinta capacitatea microorg. acvatice de a creste cu viteza mare in medii cu
concentratii minime de substante organice astfel incat devin populatii dominante in comunitatile bacteriene
naturale din bazinele acvatice. Supravietuirea bacteriile oligotrofe in mediile acvatice se datoareaza:
- capacitatea de a ingloba eficient nutrienti prezenti in concentratii minime in mediu
- structuri specializate (ex. prosteca) permit fixarea pe substraturi si marirea suprafetei de absorbtie.

2
 58
Habitate si comunitati specifice microbiotei acvatice
Comunitatile de microor. ocupa diferite habitate ce ofera conditii adecvate pentru crestere si
multiplicare. Comunitatile de organisme prezente in straturile superioare ale apei sunt reprezentate de neuston,
pleuston, plancton si bentos.
Neustonul (gr. Neuo=a aluneca) este o comunitate complexa formata din eubacterii, cianobacterii, alge,
microfungii si protozoare, dezvoltata ca un monostrat/microstrat la interfata apa/aer. Este un habitat foarte
aerat, intens luminat si supus fluctuatiilor rapide ale temperaturii. Este alcatuit din :
- epineuston, cu organismele ce traiesc in filmul de la suprafata apei, si
- hiponeuston, cu organisme ce traiesc imediat sub suprafata.
La nivelul neustonului are loc o concentrare masiva de nutrienti minerali si organici, datorita acumularii lor
din masa acvatica si din aer, din cauza tensiunii superficiale ridicate. Neustonul se comporta ca un substrat solid
pe care se pot dezvolta numeroase bacterii aderente.
Pleustonul (gr. Pleo=a inota, a naviga) este un termen folosit in 2 acceptiuni:
1. Lincoln (1982) - reprezinta totalitatea organismelor acvatice ce raman in permaneta la suprafata apei prin
propria capacitate de plutire. In mod normal, sunt partial imersate in apa si partial in contact direct cu areul
(include macrofitele plutitoare)
2. Cheng (1975) - habitat situat la interfata dintre mare/aer, incluzand bacterii, microfungi, microalge si
protozoare. Reprezentand echivalentul marin al neustonului.
Planctonul (gr. planktos=care calatoreste) este reprezentat de organisme a caror distributie este
dependenta de miscarea apei sau aerului. Are cea mai mare densitate in zona aeroba, in care fitoplanctonul se
dezvolta intens, realizand productia primara de materie organica a bazoinului acvatic.
Bentosul (gr. Benthos-adancul marii) este reprezentat de organisme atasate de sau traind pe/aproape de
fundul apei, adica la interfata dintre hidrosfera/ litosfera reprezentata de sedimente. Sedimentul bentic este un
mediu favorabil dezvoltarii microorg aerobe la suprafata si anaerobe o data cu cresterea progresiva in adancime,
permitand dezvoltarea masiva a producatoriloor secundari, ce folosesc compusii organici depusi din coloana de
apa.

Microbiota apelor curgatoare

Apele curgatoare ( izvoare, rauri si lacuri) ofera conditii foarte diferite pentru dezvoltarea
microorganismelor, in functie de factori variabili precum viteza de curgere, debit, adancime si continutul
mineral. La acestea se adauga diferentele mari ale factorilor ecologici existente intre bazinele naturale de apa
dulce (ape curgatoare sau lacuri), ce creeaza o diversitate enorma de conditii ecologice, respectiv de comunitati
microbiene, cu o compozitie si numar caracteristice, ce stabilesc interactiuni particulare cu factorii biotici si
abiotici.
I. Izvoarele reprezinta medii acvatice naturale formate prin aparitia la suprafata terestra a apelor
subterane. Variaza ca debit, temperatura si compozitie chimica. Microbiota specifica este foarte redusa si
formata in special de bacterii Gram- (Pseudomonas) si bacterii prostacate (Hyphomicrobium si Caulobacter), la
care se adauga coci/bacili saprofiti.
Izvoarele minerale sunt caracterizate printr-un continut ridicat de saruri minerale dizolvate, a caqror
natura si concentratie sunt dependente de atura rociloe strabatute de ape in drumul spre suprafata. In izvoarele
minerale ce contin compusi ai Fe sunt frecvente bacteriile G.ferruginea, Leptothix ochracea, Crenothix
polyspora etc.
Izvoarele termale apar in regiunile vulcanice la adancimi mari. Caracterizate prin temeparaturi ridicate
(.50 C) ce permit dezvoltarea bacteriilor termofile din genurile Sulfolobus acidocaldarius (750C), Leptothix
0

thermalis (900c) si a cianobacteriilor Synechococcus lividus (740C), Mastigocladus laminosus (570C),

Chalothrix (470C), Phormidium, Spirulina, Pleurocapsa.
II. Raurile prezinta de-a lungul lor caracteristici diferite:
- cursul superior are un grad de oxigenare mai mare, curgere mai rapida si temperatura scazuta, cu
productivitate primara scazuta
- cursul mediu are o viteza de curgere mai scazuta, temperatura mai mare, productivitate primara
semnificicativa
- cursul inferior este mai lent, cu depunere de sedimente si turbiditate crescuta, poate fi poluatci
ingrasaminet agricole, ape uzate, metale grele, compusi toxici.
3
 59
Dupa gradul de poluare, exista 3 tipuri majore de ape:
- ape oligosaprobe – caracterizate prin concentratie crescuta de O2, scazuta de substanta organica
dizolvata si nivel scazuta de descompunere organica.
- ape mezosaprobe – grad mediu de poluare, asociat cu scaderea concentratiei de O2 si un nivel mediu de
degradarea a substantelor organice
- ape polisaprobe cu concentratii ridicate de materie organica, concentratie redusa de O2.
Microbiota raurilor variaza in functie de conditiile locale si este constituita din :
- microorg. autohtone
- un numar mare si divers de microorg. alohtone temporare, provenite din sol (Azotobacter, nitrificatori) ,
precipitatii si afluenti, surse de contaminare.
- bacterii liber inotatoare, legate de diferite substraturi solide
Diversificarea comunitatilor bacteriene creste o data cu indepartarea de izvoare : genurile
Achromobacter, Acinetobacter, Caulobacter, Flavobacterium, Hyphomicrobium, Moraxella, Pseudomonas,
Gallionella.
In apele eutrofizate predomina Bacillus sp., Pseudomonas sp., iar in apele mezo/polisaprobe sunt
frecvente E.coli, proteus, Ps. fluorescens, Sphaerotilus natans, Zoogloea ramigera, Clostridium sp.
III. Lacurile sunt bazine acvatice stagnante, localizate in depresiuni ale scoartei terestre cu origine
tectonica, vulcanica, glaciala sau clastocarstica.
In functie de concentratia sarurilor continute, se disting lacuri cu apa dulce, salmastra sau sarata.
Adancimea este variabila (cativa metri - >1.0km in lacul Baikal).
In functie de gradul de iluminare, contin mai multe zone cu semnificatie pentru prezenta microorg. :
zona eufotica- prezenta la suprafata, intens iluminata, permite dezvoltarea organismelor fotoautotrofe si
fotosinteza, caracterizata printr-o productivitate primara mare. Include 2 subzone:
-subzona litorala, integral iluminata, situata de-a lungul malurilor, populata cu bacterii originare din sol,
alge filamentoase si plante partial submerse/ submerse.
-subzona limnetica, de larg, populata de alge planctonice si bacterii
zona profunda (disfotica) situata sub nivelul de patrundere eficienta a luminii, include un volum de apa
dominat de organismesi microorg. din categoria producatorilor primari,
zona bentica (afotica) la adancimi mari, corespunde sedimentului bogat in nutrienti particulati, ce
sufera un proces permanent de depundere din straturile superioare. Populata de microorg. heterotrofe, ce
degradeaza materialul organic in aerobioza la suprafata sedimentului si in anaerobioza in profunzimea acestuia.
Pe baza gradului de troficitate se disting:
- lacurile oligotrofe sunt adanci, cu o concentratie mica de nutienti minerali si au productivitate primara
redusa
- lacurile eutrofe sunt mai putin adanci si contin apa eutrofa (bogata in nutrienti). Contin un numar mare de
microorg. saprobionte. Productivitate mare in stratul superior, iluminat, al coloanei de apa. Fitoplanctonul
se dezvolta rapid. Dupa moarte, componentele se depun si sunt descompuse de microorg., cu un consum
mare de O2. Treptat, microorg. aerobe sunt inlocuite cu cele anaerobe, de bacterii SO4-reducatoare si
sulfuroase incolore. Se acumuleaza H2S. Toamna, datorita scaderii temperaturii are loc circulatia apei,
determinand infloriri planctonice.
- lacuri distrofice sunt lacuri cu ape dulci, ce contin o cantitate mare de substante organice dizolvate, coloizi
si fragmente de tesuturi vegetale, de provenienta predominant alohtona.
Tranzitia de la oligotrofie la stadiul de lac eutrof este rezultatul unui proces de ‘eutrofizare naturala’, de
imbogatire lenta cu nutrienti pe o durata mare de timp, corelat cu anumite modificari fizico-chimice si biologice

Microbiota lacurilor
Lacurile cu apa dulce au o microbiota heterogena, ce include toate categoriile de microorg.: eubacterii,
actinomicete, cianobacterii, microfungi, microalge si protozoare.
Lacurile sarate sunt caracterizate printr-o salinitate foarte diferita, ajungand pana la saturatie, cu formare de
precipitate pe maluri, in regiunile cu evaporae mare, datorita temperaturii ridicate. Pot contine NaCl, MgCl2,
NaHCO3, borax sau MgSO4. Sunt populate de un numar limitat de bacterii halotolerante si in special halofile
(optim de salinitate 20-30%) din genurile Halobacterium, Halococcus, Chromobacterium, Chlorobium,
Chromatium, Pelodyction, Thiocapsa. Celulele contin frecvent vacuole cu gaze ce le permit modificarea
compozitiei pe verticala si pigmenti carotenoici cu rol protector fata de intensitatea prea mare a luminii solare.

4
 60
Marea ca mediu natural pentru microorg.
Mediul marin este unic prin suprafata si volumul foarte mare, continutul scazut in nutrienti organici, salinitate
relativ mare si continutul ionic ridicat, temperatura scazuta si un gradient de presiune in functie de adancime.
Mediul marin ocupa 70.8% din suprafata plantei.
In functie de adancime si mediul bentic (fundul marii), marea prezinta o zonare ecologica, fiind divizata
in:
1.Coloana de apa este divizata in :
- domeniul neritic - corespunde zonei marine demica adancime (<200m), situata deasupa platformei
continentale. Microbiota este dominata de microalge, microorg. chemoautotrofe si heterotrofe, aerobre si
facultativ anaerobe.
-domeniul oceanic (pelagic)- corespunde coloanei de apa situata in largul marii, dincoloe de platforma
continentala.
2. Regiunea bentica este divizata in:
Zona litorala reprezinta interfata dintre ecosfera marina si litosfera. Predominanta etse actiunea de
eroziuine, spalre si solubilizare a substantelor mineral;a si transportul lor in mare. Microbita dominanta este cea
caractertitica solului.
Zona sublitorala se intinde pana la limita inferioara, cea mai joasa a zonbei litorale, pana la marginea
platformei continetalke (200m adancime).
Zona batiala (bathos- adanc) cvorespunde regiunii de fund a oceanului. Intre 200-4000mj. Include
panta continentala, unde adancimea scade rapid.,
Zona abisala (abissos- fara fund) situata intre 4-6km, include zonele de activitatre microbiochimica si
geochimica.
Zona hadala (Hades-zeul infernuli in mitologia greaca) include zonele mai adanci de 6km.

Microbiota marina
Este alcatuita din 3 categorii de microorg.:
1. autohtone/permanente - adaptate la conditiile specifice de mediu. Caracteristice pentru largul
oceanului si sedimente.
2. alohtone, temporare sau contaminante - provenite din sol, afluenti, canale si ambarcatiuni. Sunt
mai frecvente in zonele litorale si supravietuiesc putin timp in mediul marin
3.ubiquitare - comune solului si medilui marin (Welchia perfringes).
Bacteriile marine cresc optim la concentratia sarurilor de 33-35‰, nu se dezvolta sau se dezvolta slab
in absenta NaCl. Sunt oligotrofe, psihrofile, cu exceptia celor din apele tropicale de suprafata. In functie de
habitat sunt barofobe (la suprafata apei), barotolerante sau barofile,. Cele care traiesc la suprafata, sunt frecvent
cromogene (60-70%), coloniile pigmentate in glaben, portocaliu, brun, verde, rosu negru tec. Pigmentii au rol
protector fata de efectul nociv al luminii. Majoritatea sunt Gram-, mobile, aerobe, facultativ anaerobe, iar cele
din adancul sedimentelor sunt obligat anaerobe. Pot fi fototrofe, chemoautotrofe sau heterotrofe.
Rolul lor functional este demonstrat de diversitatea grupelor fiziologice: amonificatori, nitri- si nitrat-
bacterii, denitrificatori, S-oxidante si SO4-reducatoare, ferobacterii, proteolitice, fermentative, celulozoliticesi
uneori patogene pentru diferite animale marine. Speciile cele mai frecvente apartin genurilor Achromobacter,
Alcaligenes, alteromonassd, Bacillu,s, Corynebacterium, Cytophaga, Flavobacterium, Hyphomicrobimu,
Micrococcus, Nocardia, Pseudomonas, Sarcina, Spirillum, Vibrio, Streptomyces tec.
Numarul lor real este greu de estimat. In general, numarul bacteriior este maxim in regiunile litorale, in
estuare si scade progresiv in regiunile pelagice, o data cu adancimea sii cu departarea de tarm.
Cianobacteriile marine sunt raspandite unicvitar, dar numarul specilor autohtonre este mic
(Trichodesmium, Derniocarpa). Foarte multe specii sunt halotolerante, iar unele (Anabaena flosaquae,
Nodularia spumigena) produc infloriri in zonele eutrofizxate.
Fungii marini sunt reprezentati de forme autohtone, halofile/ halotolerante terestre sau limnetice.
Drojdiile sunt reprezentate de ~200sp: Candida, Cryptococcus, Kluyveromyces, Rhodotorula, Saccharomyces,
Torulopsis.
Algele marine sunt producatori primari, cu importanta fundamentala in existenta vietii in mediul marin.
Formeaza fitoplanctonul marin, cu densitate maxima in stratul superior al zonei eufotice. Majoriatea sunt
fotoautotrofe, dar unele cresc si heterotrof la intuneric, prin asimilarea unor compusi oprganici (glucide, acizi

5
 61
organici etc.). altele nu cresc la intuneri, dar cresterea la lumina poate fi accelerata de prezenta substantelor
organice (fac fotoasimilare).
Cei mai importanti producatori primari sunt algele verzi (Dunaliella euchlora, Chlorela sp.,
Chlamydomonas, Chlorococcus), diatomeele (Cyclotella., Melosira, Nitzschia) dinoflagelatele, rodofitele si
euglenofitele. Algele brune se dezvolta in apele tropicale calde, pana la 200m.
Protozoarele marine sunt flagelate, rizopode si ciliate. Formeaza zooplanctonul marin. Cele autohtone
au un grad important de halofilie. Cel mai important constituient al zooplanctonului marin sunt speciile de
Acantharia, Tintinnidium si radilarii (350-5000m).
Microorg. din adancuri se caracterizeaza prin ritm lent al activitatii metabolice, datorita disponibilitartii
reduse a nutrientilor, presiunii hidrostatice crescute inraport cu adancimea si temperatur5ii scazute ammediului
ambiant.
In mediul marin, in absenta totala a plantelor versi, productiviatea primara este asigurata integral de alge
si bacterii fototrofe. Productia neta de materie organica prin fotosinteza variaza in functie de temperatura apei si
de concentratia nutrientilor.

Eutrofizarea mediilor acvatice

Este un proces corelat cu fenomene de poluare. Defineste procesul de crestere rapida a aconcentratiei
nutrinetilor (in special a N si P) dintr-un bazin acvatic si mentyinerea la un nivel crescut perioade indelungate
de timp. Cauzele poluarii sunt multiple si includ deversarea de (1) ape uzuale orasenesti neepurate (chiar tratate
pentru indepartarea substantelor organice) sau (2) industriale, (3) de ape bogate in sulfati proveniti din
detergenti, ingrasaminte agricole in exces, de (4) deseuri de minerale provenite din coroziunea solului etc.
Fenomenul de eutrofizare afecteaza lacurile, dar si gfluviile si chiar unele mari semideschise (M.neagra,
M.mediterana).
Prin modificarea brusca a concentratiei diferitilor nutrienti, in special cu n si P, Eutrofizarea determina
perturbarea profunda a ciclului trofic normal, cu consecinte asupra microorg. acvatice. De ex., fosfatii
stimuleaza multiplicarea cianobacteriilor si a algelor verzi, iar asocierea N+P favorizeaza dezvoltarea excesiva
a bacteriilor, algelor si protozoarelor.
Dezvoltarea excesiva a microorg. fotosintetizante conduce la fenomene de ‘inflorire’ urmate de consumul
masiv al nutirentilor disponibili. Moartea organismelor lipsite de nutrienti determina eliberarea brusca de
cantitati mari de constituienti celularui, ce pot declansa o noua inflorire. Desi biomasa microbiotei este mare,
produsctivitatea per organism individual este mica, astfel incat la concentratii mari de nutrineti, populatiile de
microorg. sunt ele insele limitante pentru dezvoltare.
Infloririle sunt manifestari ale eutrofizarii determinate de cresterea exploziva a numarului
cianobacteriilor/algelor intr-o anumita regiune. Pot apare anual, sezonier sau sporadic, in functie de conditii.
Afecteaza diferitele tipuri de bazine acvatice, inclusiv marile