MASTER GENETICĂ MOLECULARĂ

2019 – 2020
GENOMICĂ – BLAST / Arbori filogenetici
Nume: Asavei Elena

Care dintre cele trei ordine ale clasei Aves (Anseriformes, Galliformes, Passeriformes) sunt mai apropiate
filogenetic? Studiul trebuie să includă următorii taxoni ingroup:
- 2 specii aparținând ordinului Anseriformes,
- 2 specii aparținând ordinului Galliformes,
- 2 specii aparținând ordinului Passeriformes
- cele mai apropiate 2 specii (nu păsări) care să reprezinte outgroup-ul.

1. Utilizați NCBI Taxonomy Browser pentru identificarea speciilor relevante

2. Căutați literatura de specialitate pentru studiile anterioare privind filogenia taxonului sau a
taxonilor realizate pe baza datelor moleculare și / sau morfologice
3. Descărcați următoarele secvențe de proteine pentru fiecare specie:
• NADH dehydrogenase subunit 1
• NADH dehydrogenase subunit 2
• cytochrome c oxidase subunit I
• cytochrome c oxidase subunit II
• ATP synthase F0 subunit 8
• ATP synthase F0 subunit 6
• cytochrome c oxidase subunit III
• NADH dehydrogenase subunit 3
• NADH dehydrogenase subunit 4L
• NADH dehydrogenase subunit 4
• NADH dehydrogenase subunit 5
• NADH dehydrogenase subunit 6
• cytochrome b
4. Prin utilizarea secvențelor de aminoacizi ale subunității I a citocrom oxidazei pentru toate speciile
selectate, identificați prin BLAST speciile outgroup. Aceste specii pot fi identificate după cum
urmează:
 Utilizați tBLASTn pentru a identifica secvența din refseq_genomics (baza de date a
genomurilor complete), utilizând interogarea Entrez pentru a limita căutarea la
"animalia [orgn] NOT XXX [orgn]", unde XXX = numele taxonului ingroup (secvența
descărcată anterior).

 Repetați acest proces pentru fiecare dintre proteine.

 Analizați primele 5 rezultate în fiecare dintre căutări.
 Aranjați speciile în ordinea descrescătoare valorilor. Alegeți rezultatul cu frecvența cea
mai mare, pentru care puteți găsi un genom mitocondrial complet secvențiat în baza de
date. Această specie va reprezenta outgroup-ul. (Există situații în care este posibil să
aveți nevoie de mai mult de 1 outgroup.)
5. Construiți mai multe alinieri ale secvențelor de aminoacizi folosind ClustalW cu parametrii
impliciți.
6. Construiți arbori filogenetici NJ și MP pentru fiecare aliniere a secvențelor de proteine.
NJ

MP

7. Pentru o anumită proteină construiți arborele filogenetic pentru secvența nucleotidică și

comparați rezultatul cu arborele obținut la punctul 6.
8. Refaceți arborii introducând o valoare Bootstrap de 500 pentru fiecare arbore filogenetic
NJ

Original tree

Bootstrap consensus tree

 MJ
Original Tree

Bootstrap consensus tree

9. Estimați lungimile ramurilor arborilor

10. Pentru arborii NJ, determinați pe bază de similaritate, arbori congruenți.
11. Pentru un anumit taxon analizat:
 există diferențe semnificative statistic în utilizarea codonului pentru aminoacidul
Alanină între genele de codificare a proteinelor situate pe cele două catene de ADN?
 Comparați aranjamentul tuturor genelor (genele de codificare a proteinelor, tRNAs,
rRNAs) între două specii din studiul efectuat. Enumerați diferențele.