MASTER GENETICĂ MOLECULARĂ

GENOMICĂ - BAZE DE DATE

2019-2020

Nume: Asavei Elena

Gene
Selectati 3 gene din baza de date https://cancer.sanger.ac.uk/census sau:
CDK1, CDK2, CDKN1A, TP53, CASP8, CFLAR, CASP9, CASP3, XIAP, BAX, BCL2, JNK1 (MAPK8), MKI67,
TNFa, RIPK3

Selectate:
CASP3
CDKN1A
BCL2

BLAST (https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)

1. Utilizând secvența unei gene nucleare:

a) Rulați BLASTn în baza de date cu secvențe umane și altele. Precizați diferențele.
Răspuns:

CAPS3
Others:
Humans:

BCL2
Humans:

Others:
CDKN1A
Others:

Humans:

b) Rulați tBLASTx și BLASTx pentru secvența menționată, cu matricile BLOSUM 80 și 45. Precizați
diferențele.

BCL2

tBLASTx BLOSUM 80
BLOSUM 45

CASP3

tBLASTx BLOSUM 45

BLOSUM 80
 CDKN1A

tBLASTx BLOSUM 80

BLOSUM 45

c) Comparați utilitatea rezultatelor obținute. Care comparații sunt mai utile? Între secvențe
nucleotidice sau între secvențe de aminoacizi?

2. Utilizând baza de date UCSC (http://genome.ucsc.edu/) identificați:

a) Care este localizarea în cadrul genomului (cromosom, brat)?
b) Care este dimensiunea genei în perechi de baze?
c) care sunt genele adiacente?
d) Câți exoni are gena?
 CAPS3

BCL2

CDKN1A
CAPS3 8 EXONI

BCL2 3 EXONI
CDKN1A

UniGene (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/unigene)
4. Cate regiuni EST are gena în diferite țesuturi (min, max)?
5. Precizați la nivelul căror țesuturi, gena este supraexprimată
6. Precizați dacă gena este supraexprimată în cancer?
7. Câte regiuni EST prezintă gena?
8. În care țesuturi umane se exprimă gena?
9. Concluzii legate de expresia și funcțiile genei

Human Protein Atlas (https://www.proteinatlas.org/)

10. Există dovezi ale expresiei proteinei?
11. Există o corelație între expresia ARN și a proteinei?

BCL2
CASP3

CDKN1A
12. Precizați daca proteina este supra exprimată în cancer?

BCL2

CAPS3

CDNK1A

13. Pentru a studia implicațiile genei în cancer, ce linii celulare ați utiliza ca model?
14. Pentru a determina localizarea intracelulară a proteinei, ce anticorpi pot fi utilizati?

CAPS3

BCL2

CDKN1A
15. Utilizând modulul BLAST, identificați gene omoloage ortoloage și paraloage
BLAST

BCL2

CASP3
CDKN1A

16. Utilizând BLAST, identificați proteine cu secvență similară

>query
MLGIWTLLPLVLTSVARLSSKSVNAQVTDINSKGLELRKTVTTVETQNLEGLHHDGQFCHKPCPP
GERKARDCTVNGDEPDCVPCQEGKEYTDKAHFSSKCRRCRLCDEGHGLEVEINCTRTQNTKCR
CKPNFFCNSTVCEHCDPCTKCEHGIIKECTLTSNTKCKEEGSRSNVKRKEVQKTCRKHRKENQGS
HESPTLNPETVAINLSDVDLSKYITTIAGVMTLSQVKGFVRKNGVNEAKIDEIKNDNVQDTAEQK
VQLLRNWHQLHGKKEAYDTLIKDLKKANLCTLAEKIQTIILKDITSDSENSNFRNEIQSLV

a. Care sunt proteinele care prezintă similaritatea cea mai mare?

Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6.

b. Care sunt diferențele semnificative în aliniere?

17. Identificați gena și mutația:

>query
TGCCTCCTTTGGTGAAGGTGACACATCATGTGACCTCTTCAGTGACCACTCTACGGTGTCGG
GCCTTGAACTACTACCCCCAGAACATCACCATGAAGTGGCTGAAGGATAAGCAGCCAATGG
ATGCCAAGGAGTTCGAACCTAAAGACGTATTGCCCAATGGGGATGGGACCTACCAGGGCTG
GATAACCTTGGCTGTACCCCCTGGGGAAGAGCAGAGATATACGTACCAGGTGGAGCACCCA
GGCCTGGATCAGCCCCTCATTGTGATCTGGG

Homo sapiens clone 017 HFE (HFE) gene, HFE*04:01:02 allele, exons 2 through 5 and partial cds
Seven variation were observed at the HFE gene:
 H63D C>G in exon 2(rs1799945)a,
 IVS2(+4) T>C intron2(rs2071303)b,
 the intron 3 C>G (rs807209)c,
 C282Y G>A in exon 4(rs1800562)d,
 intron 4 G>A(rs2794717)e,
 IVS4 (-44) T>C(rs1800708)f,
 in intron 5 a new deletion G>delg.