CATEDRA DE BIOCHIMIE MEDICAL

eful catedrei: Prof.Dr. Ileana Olteanu Membrii:

Conf. Dr. Ioana Brudasca Conf. Dr. Alexandra Craciun Conf. Dr. Luminia Diaconescu Conf. Dr. Maria Dronca Conf. Dr. Cristina Drugan ef de lucrri Dr.Tiberiu Nistor ef de lucrri Dr. Lucia Procopciuc ef de lucrri Dr. Lucia Dican Asistent Ciprian Silaghi Asistent Razvan Rusu

Ce este biochimia?
9 Punte de legtur dintre Chimie, stiina ce studiaz:
structura atomilor i moleculelor interaciunile lor

Biologie, stiina ce studiaz:

structura celulelor i organismelor interaciunile lor

9 Stiina care studiaz organismele vii la nivel molecular

Scopul principal al biochimiei

De a determina modul cum interacioneaz variatele molecule din organismele vii pentru a constitui, menine i perpetua viaa.

Domeniile principale ale biochimiei

9 Structura i funcia biologic a compuilor chimici ce alctuiesc organismele vii. Relaia structur-funcie. 9 Totalitatea transformrilor chimice din organismele vii (metabolism) 9 Mecanismul stocrii i transmiterii informaiei genetice

PROGRAMA ANALITIC BIOCHIMIE MEDICAL Sem I

AMINOACIZI PEPTIDE PROTEINE
STRUCTUR RELAIA STRUCTUR-FUNCIE
Mioglobina Hemoglobina Albumina Imunoglobuline Colagen Elastina

ENZIME COFACTORI ENZIMATICI VITAMINE RECEPTORI NUCLEOTDE & ACIZI NUCLEICI

TEMATICA CURSULUI 1
Aminoacizi
Formula general Importana biomedical Standard & Nonstandard Eseniali & Neeseniali Clasificare funcie de structura i polaritatea radicalului Denumiri. Abrevieri Proprieti optice & spectrale Proprieti acido-bazice. Relaia Henderson-Hasselbalch Incrcare electric la pH fizilogic Sisteme tampon Importana biomedical Caracteristici structurale Definiie & Denumire Proprietati Clasificare Semnificaie biologica Peptide naturale (ex. familia POMC, ocitocin, vasopresin , glutation) Peptide artificiale (ex. aspartam)

Peptide

TEMATICA CURSULUI 2
Proteine
Importana biomedical Clasificare Nivele de organizare structural Impachetarea proteinelor Denaturarea proteinelor Proteine chaperon

AMINOACIZI- Formula general

Partea comun tuturor aminoacizilor

H
Grupare amino

H3N

C COO

Grupare carboxil Carbonul se gsete ntre gruprile carboxil i amino

Radicalul este caracteristic fiecrui aminoacid

AMINOACIZI
Gruprile -carboxil i -amino sunt implicate n formarea legturii peptidice
H NH C CO NH H C CO

Radicalii determin proprietile proteinei

AMINOACIZI
Importanta biomedicala
Unitati de constructie ale proteinelor Precursori ai unor compusi cu importante roluri biologice
Tyr Catecolamine Melanina Trp Serotonina Melatonina Arg Creatina His Histamina Glu GABA (acid gama aminobutiric) Met SAM (S-Adenozil metionina) Asp, Gln Nucleotide Arg NO

Neuromediatori: Glu Sursa de energie

AMINOACIZI STANDARD
= amino acizii codificai genetic

AMINOACIZI CLASIFICARE structura R

Aminoacizi* standard
I. Monoamino monocarboxilici

Radical alifatic aciclic nesubstituit Glicina Alanina Valina Leucina Izoleucina subsituit hidroxilici Serina Treonina tiolici & tioeterici Cisteina Metionina amidici Asparagina Glutamina ciclic nesubstituit *iminoacid Prolina

Radical aromatic homociclic nesubstituit Fenilalanina substituit fenolic Tirozina heterociclic Triptofan

AMINOACIZI CLASIFICARE Structura R

Aminoacizi standard

II. Monoamino dicarboxilici Acidul aspartic (asparagic) Acidul glutamic

III. Diamino monocarboxilici Lizina (-amino) Histidina (-imidazol) Arginina (-guanidino)

AMINOACIZI Monoamino monocarboxilici

-AMINOACIZI

Alifatici, aciclici, nesubstituiti

COO H3N
+

COO H3N
+

COO H3N
+

COO H3N
+

COO H3N
+

C H H

C H CH3

C H CH CH3

C H CH2 CH

C H CH CH3 CH2 CH3

H3C

H3C
Glicina Gly G Alanina Ala A Valina Val V

CH3

Leucina Leu L

Izoleucina Ile I

AMINOACIZI Monoamino monocarboxilici

Alifatici, aciclici, substituiti

Hidroxilici COO H3N

+ -

Tiolici COO
-

Tioeterici
-

COO H3N
+

COO H3N
+

C H CH2 OH

H3N

C H CH OH CH3

C H CH2 SH

C H CH2 CH2 S CH3

Serina Ser S

Treonina Thr T

Cisteina Cys C

Metionina Met M

AMINOACIZI Monoamino monocarboxilici

Am idici COO H3N
+ -

COO H3N
+

C CH2 C

CH2 CH2 C O NH2

NH2

Asparagina Asn N

Glutamina Gln Q

AMINOACIZI Monoamino monocarboxilici

Alifatici, ciclici, nesubstituiti
COO
+ +

Aromatici
COO H3N
-

COO H3N
+

Iminoacid H2C CH2 H2C N H2

+ -

H3N

C H CH2

C H CH2

C H CH2

CH COO

NH OH

Prolina Pro P

Fenilalanina Phe F

Tirozina Tyr Y

Triptofan Trp W

AMINOACIZI Monoamino dicarboxilici

-

COO H3N
+

COO H3N
+

H
-

CH2 COO
Aspartat Asp D

CH2 CH2 COO

Glutamat Glu E

AMINOACIZI Diamino monocarboxilici

COO H3N
+ -

COO H3N
+

COO H3N
+

C CH2 CH2 CH2 CH2 NH3

CH2 CH2 CH2 NH H2N

+

CH2 HN NH
+

C NH2
Histidina His H

Lizina Lys K

Arginina Arg R

AMINOACIZI - Denumiri
Denumire uzuala Alanina Aspartat Asparagina Arginina Cisteina Fenilalanina Glicina (glicocol) Glutamat Glutamina Histidina Izoleucina Leucina Lizina Metionina Prolina Serina Tirozina Treonina Triptofan Valina Denumire stiintifica Acid -amino propionic Acid -Amino succinic -Monoamida acidului aspartic Acid -amino, -guanidino valerianic Acid -amino, -mercapto propionic Acid -amino, -fenil propionic Acid -amino acetic Acid -Amino glutaric -Monoamida acidului glutamic Acid -amino, -imidazol propionic Acid -amino, -metil valerianic Acid -amino izocaproic Acid , -diamino caproic Acid -amino, -tiometil butiric Acid pirolidin-2-carboxilic Acid -amino, -hidroxi propionic Acid -amino, -p-hidroxifenil propionic Acid -amino, -hidroxi butiric Acid -amino, -3-indolil propionic Acid -amino izovalerianic Abreviere Ala Asp Asn Arg Cis Phe Gly Glu Gln His Ile Leu Arg Met Pro Ser Tyr Thr Trp Val Denumire radical Alanil Aspartil Asparaginil Arginil Cisteinil Fenilalanil Glicil Glutamil Glutaminil Histidil Izoleucil Leucil Arginil Metionil Prolil Seril Tirozil Treonil Triptofanil Valil

AMINOACIZI CLASIFICARE polaritatea R

Aminoacizi standard
(complet protonai)
alctuii din

Grupare carboxil (-COOH)

Grupare -amino (-NH3+)

Radical (20 tipuri) (R)

Deprotonat (COO-) la pH fiziologic

Protonat (NH3+) la pH fiziologic

Radical nepolar hidrofob Alanina Valina Leucina Izoleucina Prolina Metionina Fenilalanina Triptofan

Radical polar hidrofil La pH fiziologic

Neutru Nencrcat electric Acid deprotonat, negativ Basic Protonat, pozitiv

Glicina Cisteina Serina Treonina Tirozina Asparagina Glutamina

Aspartat Glutamat

Arginina Histidina Lizina (la pH6)

Localizarea aminoacizilor nepolari n proteine

Hidrosolubile Membranare

Aminoacizii nepolari formeaz miezul proteinei evit contactul cu mediul apos

Aminoacizii nepolari cptuesc suprafaa proteinei sunt n contact cu mediul lipidic

Aminoacizi nonstandard existeni n proteine

Nu sunt codificai genetic Se formeaz prin modificare post-translaional a aminoacizilor standard!

5-Hidroxilizina, 5-Hidroxiprolina, allizina Colagen N-metil lizina Actin Acidul -carboxi glutamic Factori ai coagulrii Cistina Insulin, albumin, imunoglobuline etc. Fosfo serina, fosfo tirozina Enzime reglatoare N-Acetilglucozamin asparagina Glicoproteine cu legatur N-glicozidic N-Acetilgalactozil serina Glicoproteine cu legatur O-glicozidic

Aminoacizi nonstandard existeni n proteine

COOH HO NH

COOH H2N CH2 CH CH2 CH2 CH NH2 OH

COOH HC CH2 CH2 CH2 CH O NH2

4-Hidroxi prolina
COOH

5-Hidroxi lizina

Allizina
COOH

COOH

O HO

COOH

HN CH2 CH2 CH2 CH2 CH NH2 CH3

HOOC CH CH2 CH NH2

HO P O CH2 CH NH2

N-metil lizina

Acid -carboxi glutamic

Fosfo serina

CH2 S S CH2

COOH CH NH2

COOH CH NH2

Cistina

Aminoacizi nonstandard neexisteni n proteine

Nu sunt codificai genetic Sunt componente ale unor coenzime, neuromediatori, intermediari metabolici

- Alanina Coenzima A Acidul -aminobutiric = Neuromediator Homocisteina = Intermediar n metabolismul Met Ornitina, citrulina = Intermediari n sinteza ureei 5-Hidroxi triptofanul = Intermediar n sinteza serotoninei, melatoninei

Aminoacizi nonstandard neexisteni n proteine

COOH H2N CH CH2 COOH H2N CH2 CH2 CH

-Alanina
COOH H2N CH2 CH2 CH2 CH NH2

Acid -aminobutiric
COOH HN CH2 CH2 CH2 CH NH2 C O H2N

Ornitina

Citrulina

COOH HS CH2 CH2 CH NH2

HO NH

CH2

CH COOH NH2

Homocisteina

5-Hidroxi triptofan

Aminoacizi eseniali
Aminoacizi standard care nu pot fi sintetizai n organismul uman, deci trebuie sa fie preluai din alimente Aminoacizi ramificai: Val, Leu, Ile Aminoacizi aromatici: Phe, trp Aminoacizi bazici: Lys, His, Arg (numai n situaii speciale) Aminoacizi hidroxilici: Thr Aminoacizi cu sulf: Met

Aminoacizi Proprieti optice

Toi aminoacizii (cu exceptia Gly) au cel puin un centru asimetric (carbon cu 4 substitueni diferii) = carbonul Carbonul = chiral sau optic activ Aminoacizii cu carbon chiral pot avea 2 stereoizomeri (enantiomeri), notati D i L, care se gsesc n relaia obiect-imaginen oglind Toi aminoacizii din proteine sunt L-aminoacizi

Aminoacizi - Proprieti spectrale

Aminoacizii aromatici prezint un maxim de absorbie n UV la ~ 280nm

Aminoacizi - Proprieti acido-bazice

Acizii slabi sunt parial disociati

HA Acid slab

H Proton

A Sare Baza conjugata

Echilibrul de disociere este caracterizat de constanta de aciditate

[ H + ][ A ] Ka = [ HA]
Relaia cantitativ dintre concentraia acidului slab [HA] i concentraia bazei conjugate [A-] este descris de ecuaia Henderson-Hasselbalch

[ A ] pH = pKa + log [ HA]

Aminoacizi Soluii tampon

Soluie tampon dpdv compoziional:
9 acid slab + baz conjugat (-COOH / -COO-) 9 baza slab + acid conjugat (-NH2 / -NH3+)

Soluie tampon dpdv funcional:

9 Se opune variaiilor de pH cnd se adaug cantiti limitate de acid sau baz tare

Capacitatea maxim de tamponare corespunde pH = pKa 1 unde pKa = - log Ka La pH < pKa predomin forma protonat (-COOH) pH > pKa predomin forma deprotonat (-COO-)

Curba de titrare a acidului acetic

Curba titrare a glicocolului

Peptide - Definiie
Peptide = combinaii de tip amidic rezultate prin condensarea a 2 sau mai
multe molecule de aminocizi = succesiune de aminoacizi legai prin legatur peptidic
Radicali diferii legai de C

Succesiune constant de legturi peptidice separate prin C

Peptide - Denumire
Se denumesc succesiv radicalii aminoacizilor ncepnd cu captul N-terminal Ser-Gly-Tyr-Ala-Leu = Seril-Glicil-Tirozil-Alanil-Leucina

Peptide -Proprieti
9 La pH = 7 gruprile carboxilice sunt deprotonate, iar gruprile amino sunt protonate

9 La pH = pH izoelectric ncrcarea electric net = 0, ca urmare solubilitatea n ap este minim i viteza de migrare n cmp electric = 0

Peptide Clasificare
Funcie de numrul aminoacizilor componeni
Oligopeptide = peptide formate din civa aminoacizi
dipeptide tripeptide tetrapeptide, etc

Polipeptide = peptide formate din < 50 aminoacizi = peptide cu GM <10000

Peptide ribozomale = peptide sintetizate prin traducere folosind ca matri ARN mesager; n general au rolul de hormoni sau molecule de semnalizare.
Exemplu: peptidele din familia pro-opiomelanocortinei, glucagonul, angiotensina, vasopresina, oxitocina etc.

Funcie de modul cum sunt sintetizate

Peptide nonribozomale = peptide sintetizate prin condensri succesive de aminoacizi catalizate de enzime specifice.
Exemplu: glutation = -Glu-Cys-Gly

Peptide artificiale = sintetizate prin sinteza chimica Exemplu: aspartam

Peptide Semnificaie biologic

Denumire Calcitonina Glucagonul Secretina ACTH Structura 32 Aminoacizi 29 Aminoacizi 27 Aminoacizi 39 Aminoacizi Functie
Hipocalcemiant Hiperglicemiant Stimuleaz secreia de H2O i HCO3- de ctre pancreas Controleaza dezvoltarea cortexului adrenalelor si sinteza de steroizi Regleaza eliminarea renala de H2O Regleaza contracia muchiului neted al uterului i a celulelor mioepiteliale ce nconjoar alveolele mamare Analgezic, euforic asemntor morfinei

Sinteza
Celulele C adiacente celulelor foliculare ale tiroidei Celulele din insulele Langerhans ale pancreasului Celulele S din duoden i jejunul proximal

Celulele corticotrope ale adenohipofizei

Vasopresina 9 Aminoacizi Oxitocina 9 Aminoacizi

Nucleul supraoptic al al hipotalamusului Nucleul paraventricular al hipotalamusului

-Endorfina

16 Aminoacizi

Celulele corticotrope ale adenohipofizei sub forma de POMC

Familia pro-opiomelanocortinei (POMC)

Clivarea POMC depinde de esut

ACTH- Structura

Fragment 1 (Aa 1-4) = interacioneaz cu receptorii melanofori Fragment 2 (Aa 5-10 = mreste activitatea fragmentului 1 de 1000x Fragment 3 (Aa 11-14) = mreste activitatea fragmentului 1 de 1000x Fragment 4 (Aa 15-18) = adapteaz cuvintele 1,2 si 3 la receptorul suprarenal introducnd activitile
corticotrope si corticotrofe, reduce activitatea melanoforetic Fragment 5 (Aa 19-24) = stabilizeaz hormonul n timpul transportului Fragment 6 (Aa 25-33) = stabilizeaz hormonul n timpul transportului Fragment 7 (Aa 34-39) = determin specificitatea de specie, induce formarea de anticorpi la alte specii

ACTH- Rol

Stimuleaz secreia de hormoni corticosuprarenali intensificarea catabolismului proteic i lipidic

gluconeogenezei

Vasopresina & Oxitocina

Vasopresina

Antidiuretic Vasopresor

Determin

Oxitocina

declanarea contraciilor uterului gravid secreia laptelui din glanda mamar

Tripeptida natural Glutation

Caracteristicile sintezei: condensare succesiv a aminoacizilor Glu, Cys, Gly catalizat de sintetaze specifice nu este necesar prezenta unei de matrice (ARNm)

Glutation Roluri biologice

9Antioxidant major ajut la descompunea H2O2, reciclizeaz ali antioxidani (vitaminele C, E) 9Reductor intracelular ajut la meninerea gr. SH i la rearanjarea punilor S-S din proteine 9Cosubstrat al gamaglutamil transpeptidazei (GT) ajut la transportul aminoacizilor prin membrana celular 9Component al leucotrienei C4 (LTC4), hormon local cu rol n inflamaie 9Implicat n eliminarea metalelor grele, toxinelor, medicamentelor

Rolul GSH n protejarea celulelor fa de SRO

Forma oxidat a glutationului

Rolul GSH n transportul aminoacizilor

Aa + GSH
GT

Glu-Aa + Cys-Gly
Aa Oxoprolina

Rolul GSH in conjugarea xenobioticelor Glu R-SH + GSH R-S-S- Cys Gly

Dipeptida artificial

Educaia a dat natere la o vast populaie capabil s citeasc, dar incapabil s disting ceea ce merit s fie citit
Charles Darwin

Ignorana este noaptea minii, dar o noapte fr lun i stele A studia i a nu gndi este o risip. A gndi i a nu studia este periculos Confucius

Omul este constituit din corp,minte i imaginaie. Corpul omului este imperfect, mintea lui nedemn de ncredere, dar imaginaia lui l-a fcut remarcabil
James B. Conan
(chimist, prof. la Harvard)