Documente Academic
Documente Profesional
Documente Cultură
CURS 2
Lect. univ. dr. Anca ŞUŢAN
Facultatea de Ştiinţe, Educaţie Fizică şi Informatică
Departamentul Ştiinţe ale Naturii
BIOMOLECULELE
• Apa
• Proteinele
• Acizii nucleici
• Carbohidrații
• Lipidele
Cinetica şi termodinamica acestor molecule sunt
principalele interacţiuni moleculare relevante
pentru celule.
Fiind atât de familiară, dar cu proprietăţi
fascinante, rolul apei în biologia celulară şi
moleculară, tinde să fie neglijat.
Totuşi, apa este cea mai abundentă şi cea mai
importantă moleculă în celule şi ţesuturi. Spre
exemplu, două treimi din masa unui om este
reprezentată de apă.
Apa este:
solvent pentru diversele componente celulare,
reactant
produs a numeroase reacţii biochimice catalizate
de enzime, inclusiv sinteza şi degradarea
proteinelor şi acizilor nucleici, precum şi sinteza
adenozin-trifosfatului (ATP).
Apa este un factor important în determinarea
structurilor biologice:
dispunerea bistratului lipidic
împachetarea proteinelor
asamblarea macromoleculelor
Acestea sunt stabilizate printr-un efect hidrofob
derivat din excluderea apei de pe suprafeţele
nepolare.
În plus, apa formează legături de hidrogen cu
grupările polare ale multor constituenţi
celulari, de la mici metaboliţi până la proteine
de dimensiuni mari.
Este, de asemenea, asociată cu ioni anorganici.
Molecula de apă (H2O)
• este alcătuită din doi atomi de hidrogen şi un atom de
oxigen
• are formă aproximativ tetraedrică
• atomul de oxigen formează legături covalente cu cei
doi atomi de hidrogen
• între moleculele de apă se stabilesc legături de
hidrogen. Punţile de hidrogen se stabilesc între
atomul de hidrogen al unei molecule şi atomul de
oxigen al moleculei vecine.
• Când apa îngheaţă numărul legăturilor de hidrogen se dublează,
comparativ cu apa lichidă. Acest lucru este explicat de faptul că cei
doi atomi de hidrogen legaţi covalent de oxigen formează două
legături de hidrogen cu moleculele vecine. Deoarece cele două
covalenţe din apă au o anumită orientare (un unghi de 105 grade),
moleculele de apă sunt orientate în cristalul de gheaţă după o
schemă tetraedrică.
Din cauza acestei aşezări a
moleculelor, cristalul de
gheaţă are o structură
afânată (cu goluri). Structura
internă a gheţii explică unele
anomalii ale apei: densitatea
gheţii mai mică decât a apei
lichide, creşterea volumului
prin solidificarea (îngheţarea)
apei.
• Când gheaţa se topeşte, volumul se micşorează cu cca.
10%, a.î. apa în stare lichidă ocupă un spaţiu considerabil
mai mic.
• Căldura necesară pentru topirea apei reprezintă doar 15%
din căldura necesară pentru convertirea apei în gaz, caz în
care toate legăturile de hidrogen sunt rupte.
• Deoarece căldura necesară topirii reflectă numărul de
legături de hidrogen necesare topirii gheţei, apa lichidă
trebuie să reţină toate legăturile de hidrogen care
stabilizează gheaţa.
• Legăturile de hidrogen crează o reţea tridimensională,
continuă, a moleculelor de apă, permiţând apei să rămână
în stare lichidă, chiar şi la temperaturi ridicate.
• Pe de altă parte, pentru că apa lichidă nu are o structură
liniară bine definită, este extrem de dinamică, cu regiuni
care fluctuează rapid de la ordine la dezordine.
• Toate aceste particularităţi ale apei limitează
capacitatea noastră de a înţelege interacţiunile
macromoleculare într-un mediu apos.
• Proprietăţile apei au o influenţă majoră asupra altor
molecule din celulă.
- De exemplu, ionii îşi organizează învelişuri de
apă în jurul lor, împiedicând astfel interacţiunea lor
electrostatică cu alţi ioni. Formarea acestor învelişuri
de apă are importanţă biologică prin prisma mărimii
porilor pe care ionii îi pot traversa.
• Mai mult, apa nu interacţionează cu moleculele
polare (aşa cum face cu ea însăşi).
• Pentru că solubilitatea moleculelor nepolare în apă
este mică, acestea tind să formeze agregate prin
care să se reducă suprafaţa de contact cu apa.
• Acest tip de interacţiune este cunoscut sub
denumirea de efect hidrofob.
• Aceste interacţiuni ale apei domină comportamentul moleculelor solubile
în mediu apos, influenţând asamblarea proteinelor, lipidelor şi acizilor
nucleici în structuri celulare specifice.
• Pe de altă parte, plasate strategic, moleculele de apă pot uni două
macromolecule într-un ansamblu funcţional.
De reținut!
• ARN conține uracil (U) în loc de timină (T).
• Atât la ARN, cât şi la ADN,
pentoza se leagă prin C1 cu N1
al unei baze pirimidinice sau
cu N9 al unei baze purinice.
• Gruparea hidroxil a C5 al
pentozei poate fi esterificată
cu unul sau mai mulţi fosfaţi.
• Atunci când o bază azotată se
leagă de o pentoză formează o
nucleosidă, iar prin legarea
nucleosidului de radicalul
fosforic se formează o
nucleotidă.
• De exemplu, adenina legată
de pentoză formează
adenosina, iar adenosina
legată de radicalul fosforic
formează acidul adenilic.
Denumirile nucleosidelor şi nucleotidelor în ADN şi ARN
• Între bazele azotate ale
nucleotidelor se formează
spontan legături de
hidrogen, într-o manieră
înalt specifică.
• Adenina formează două
legături de hidrogen cu
timina din catena
complementară a dublu-
helixului de ADN.
• De asemenea, formează
două legături de hidrogen
cu uracilul (U) în hribrizii
ADN-ARN și în
interacțiunile ARN-ARN.
• Guanina formează trei
legături de hidrogen cu
citozina
Structura secundară a acizilor nucleici
• Nucleotidele se leagă între ele prin legături
fosfodiesterice ce se formează între o pentoză a unui
nucleotid şi radicalul fosforic al nucleotidului următor.
Asemenea lanţuri de nucleotide poartă numele de
catene polinucleotidice şi reprezintă structura primară
a unui acid nucleic. Astfel de molecule sunt
monocatenare (m.c.).
• Mai toate tipurile de acizi ribonucleici (ARN) sunt
formate dintr-o singură catenă polinucleotidică, în timp
ce majoritatea moleculelor de ADN sunt alcătuite din
două catene polinucleotidice, având astfel şi o structură
secundară. Asemenea molecule sunt dublu catenare
(d.c.). Formarea moleculelor de acizi nucleici d.c.
respectă legile lui Chargaff.
LEGILE LUI CHARGAFF
1. Cele două catene polinucleotidice sunt complementare una faţă de cealaltă
Între bazele azotate ale nucleotidelor se formează spontan legături de hidrogen, într-o
manieră înalt specifică. Adenina formează două legături de hidrogen cu timina din catena
complementară a dublu-helixului de ADN. De asemenea, formează două legături de
hidrogen cu uracilul (U) în hribrizii ADN-ARN și în interacțiunile ARN-ARN. Guanina
formează trei legături de hidrogen cu citozina.
Se deduce că legăturile permise sunt: A꞊T, G≡C, A꞊U.
3. Cele două catene polinucleotidice dintr-o moleculă de acid nucleic d.c. sunt
antiparalele
O catenă polinucleotidică are două capete: la un capăt se află carbonul din poziţia 5ʼ (C5ʼ)
al unei pentoze, iar la celălalt capăt se află carbonul din poziţia 3ʼ (C3ʼ) al unei alte pentoze.
O catena polinucleotidică este sintetizată în direcţia 5ʼ → 3ʼ. Cele două catene
polinucleotidice ale unei molecule d.c. au orientare inversă una faţă de cealaltă: capătul 5ʼ
al fiecăreia corespunde capătului 3ʼ al celeilate. Cele două catene au orientare
antiparalelă. Dacă un lanț este citit de la capătul 5̛- fosfat, celălalt lanț este citit de la
capătul 3̛-hidroxil.
(a) Dublu-helix de ADN de formă B; sunt marcate
curburile majoră şi cea minoră ale helixului (b)
Structura schematizată a unui ADN dublu-helix; cele
două schelete glicido-fosforice (în verde închis şi
Dublu-helix de ADN. deschis) sunt antiparalele.
Structura terţiară a ADN
• Datorită fomei spaţiale a nucleotidelor, cele două catene
polinucleotidice dintr-o moleculă d.c. se dispun spaţial una
faţă de cealaltă într-o formă de elice (dublu helix),
învârtindu-se una în jurul celeilalte şi amândouă în jurul
unui ax central.
• Această dispunere formează structura terţiară a unei
molecule de acid nucleic d.c. În arhitectura unei asemenea
molecule, la exterior se găsesc cele două schelete glucido-
fosforice ale catenelor, iar spre interior sunt bazele
azotate, formând un centrul hidrofob și conferind helixului
un diametru de aprox. 2 nm.
• Perioada modernă a biologiei moleculare a început în
1953, când James Watson, Francis Crick şi Maurice Wilkins
au propus modelul de structură dublu-helicoidală a ADN.
Toate cercetările ulterioare au demonstrat corectitudinea
acestui model.
• Un dublu-helix de acid nucleic prezintă o serie de parametrii
fizici, denumiţi parametrii helicali, după cum urmează:
• n = numărul de nucleotide per tur de spiră (de elice);
• h = distanţa dintre perechile de nucleotide adiacente;
• P = pasul elicei, reprezintă distanţa traversată de-a lungul axei
helixului de un tur complet de spiră (adică o rotaţie de 360º);
• t = unghiul de răsucire sau de rotaţie a perechilor de baze
azotate; acestea nu sunt perfect perpendiculare pe axa
helixului, ci sunt înclinate cu un unghi de răsucire t, care este,
de obicei, de 34,6º. De fapt, aceasta este cauza pentru care
cele două catene se răsucesc una în jurul celeilalte, formând o
structură de dublu-helix.
other
microRNA piRNA snoRNA tRNA snRNA rRNA
ncRNAs
• Toate moleculele de ARN dintr-o celulă iau naştere printr-un
proces numit transcriere genetică. Molecula rezultată poartă
numele de transcript primar şi este procesată ulterior, în
funcţie de gena care a fost transcrisă, pentru a deveni ARNm,
ARNt sau ARNr.
• Din punct de vedere chimic, există trei diferenţe majore între
acizii ribonucleici şi ADN:
• Zaharul din ARN (riboza) conţine o grupare hidroxil în plus faţă
de deoxiriboză (prezentă în ADN);
• În majoritatea moleculelor de ARN uracilul înlocuieşte timina
din ADN;
• Majoritar, moleculele ARN sunt formate dintr-o singură catenă
polinucleotidică, fiind monocatenar; moleculele de ARN
monocatenar pot forma structuri secundare şi terţiare, cum
sunt structurile „în buclă” sau „în ac de păr”. Acestea se
formează pe baza existenţei unor zone cu complementaritate
intracatenară.