3.

ARN
Prin ARN este denumit generic un grup de acizi nucleici care impreuna participa la sinteza de proteine. Ei
au rol in copierea si traducerea informatiei genetice care se concretizeaza in sinteza unei molecule
functionale care poate fi o proteina sau o molecula de ARN.
Spre deosebire de ADN, ARN este prezent in mai multe forme (ARN m, ARN t, ARN r) cu structuri si
functii diferite, participand la procesele de transcriptie si translatie.
3.1 Structura ARN
ARN-ii sunt (asemanator) ADN-ului lanturi polinucleotidice formate din ribonucleotide legate intre ele
prin legaturi fosfodiesterice. Spre deosebire de ADN, ARN este alcatuit astfel:
contine ca baze azotate: A, G, C, U, si o serie de baze azotate neuzuale (pseudouracil,
N6,N6 dimetiladenina, 7- metil guanina)
contin riboza in loc de deoxiriboza. Riboza prezinta in pozitia 2 o grupare OH. Care
imprima functie catalitica ARN, gruparea 2OH poate ataca nucleofil si deci scinda
legatura fosfodiesterica. Aceasta actiune este intilnita in procesul de splicing ce are loc la
maturarea ARN mesager.

gruparea fostaf

Moleculele de ARN sunt de regula monocatenare. Pe anumite portiuni insa, acolo unde
complementaritatea bazelor o permite, ARN-ul poate avea structuri dublu catenare. Portiunile
monocatenare sunt expulzate in afara zonelor bicatenare sub forma unor bucle, imprimand moleculei o
structura de ac de par.

Exista mai multe tipuri de ARN care functie de localizare se clasifica in:
ARN nuclear:
hnRNA heterogenous nuclear ARN
ARN nucleolar
snARN sau snurps sau small nuclear ribonucleoproteins (U1-U6)
ARN citoplasmatic:
ARNm mesager care provine din hnARN
ARNr ribosomal care provine din ARN nucleolar
ARNt de transfer
Cele trei tipuri majore de ARN sunt : ARNm, ARNt, ARNr

ARN m
ARNm mesager este cel care contine informatia copiata din ADN, o transporta in citozol unde va servi
drept program pentru sinteza de proteine. Programul pentru sinteza proteinelor este dat de asa-numitii
codoni care alcatuiesc ARNm. Un codon este un grup de trei nucleotide care semnifica un singur
aminoacid, prin urmare succesiunea de codoni din ARN va indica succesiunea de aminoacizi din proteina
ce urmeaza a fi sintetizata.
ARNm este monocatenar; la capatul 5-fosfat prezinta o capsula formata din 7-metil guanozina legata
prin legatura 5-5 trifosfat de capatul 5 al lantului polinucleotidic, iar la capatul 3-OH o coada formata
din mai multe nucleotide adenilice numita coada poli-adenilata.

ARNt
ARNt de transfer este o molecula translator care indeplineste doua functii: citeste mesajul genetic si
transporta aminoacizii necesari sintezei proteice.
Este cel mai mic ARN (dpdv al numarului de nucleotide) si exista in mai multe forme, cel putin cate una
pentru fiecare aminoacid. In mod firesc ar trebui sa existe 20 ARNt, in realitate insa exista mai multi
ARNt care sa transporte acelasi aminoacid si care sunt numiti ARNt izoacceptori. Aminoacizii sunt atasati
la o tripleta CCA prezenta la capatul 3-OH al ARNt.
ARNt are o forma de cruce, pe unul din brate este prezenta o secventa de 3 nucleotide numita anticodon.
Cu ajutorul anticodonului ARNt recunoaste codonul cu structura complementara prezent pe ARNm. ARNt
contine o serie de baze azotate neuzuale (pseudouracil, dimetil adenina).

ARN r
ARNr este reprezentat de mai multe fragmente scurte de ARN care se gasesc in ribozomi asociate cu
proteine. ARNr are o structura monocatenara dar prezinta si portiuni bicatenare asemanatoare intr-o
anumita masura cu ARNt.
El are rol structural, catalitic si de fixare/pozitionare a ARNm pentru ca acesta sa poata fi citit de catre
ARNt.

3.2. Transcriptia
Transcriptia reprezinta copierea unei fragment din informatia genetica (nu a intregii informatii) a ADNului. Transcriptia se realizeaza prin copierea doar a unei portiuni (nu intotdeauna aceeasi) de pe o
singura catena a ADN. Rezultatul transcriptiei este sinteza unei molecule de ARN.
ADN contine informatia genetica sub forma de gene. Genele sunt portiuni de ADN care contin toata
informatia necesara sintezei unei molecule functionale. Daca gena codifica o proteina atunci rezultatul
transcriptiei este ARNm, altfel in urma transcriptiei se sintetizeaza ARNt sau ARNr.
Transcriptia este un proces ce are loc in afara replicarii (diviziunii celulare), ori de cate ori celula are
nevoie de anumite componente. Aceasta sinteza selectiva, angajeaza [Aurora Popescu] doar anumite
portiuni ale ADN acelea care codifica proteinele de care celula are nevoie la un moment dat.
Catena ce contine portiunea ce urmeaza a fi copiata se numeste matrita (anti sens), catena complementara
care nu este copiata poarta numele de catena codificatoare (sens). O catena matrita pentru o anumita gena
poate deveni catena codificatoare pentru alta gena; obligatorie ramane doar respectarea directiei de
sinteza si anume 5->3. In urma transcriptiei ARN transcript primar va avea aceeasi secventa cu cea din
catena codificatoare, doar ca acolo unde pe catena codificatoare este T pe transcript va corespunde U.

Pentru sinteza ARN transcript primar este nevoie de :

un model reprezentat de o portiune de pe o catena de ADN pe care se va realiza copia
dupa original; aceasta portiune este numita matrita sau portiune antisens
ribonucleotide trifosfat (A, G, C, U)
ARN polimeraze ADN dependente in care catena matrita devine cofactor al enzimei
Spre deosebire de procariote la care o singura ARN polimeraza este responsabila de sinteza tuturor
tipurilor de ARN, la eucariote exista ARN polimeraze diferite pentru diferitele tipuri de ARN:
ARN P I sintetizeaza precursorii ARN-urilor ribozomale (28S, 18S, 5,8S)
ARN P II sintetizeaza precursorul ARNm si snurps (U1-U6)
ARN P III sintetizeaza precursorul ARNt si ARNr (5S)
Spre deosebire de ADN polimerazele ARN polimerazelor prezinta o serie de trasaturi particulare:
nu necesita primer
nu au functie de corectare
nu au functie ligazica (nu exista ARN ligaze)

Reactia generala catalizata de ARN polimeraze este (asemanatoare celei catalizata de ADN polimeraza).
Reactia de formare a legaturii fosfodiesterice [Aurora] consta in atacul nucleofil al gruparii 3OH libere
din nucleotidul in crestere asupra gruparii fosfat a nucleotidului trifosfat adus la locul sintezei conform
matritei. Reactia devine termodinamic favorabila prin actiunea pirofosfatazei (PPa-> 2 Pa). Ecuatia
procesului:

Etapele sintezei ARN (etapele transcriptiei)

Sinteza ARN este un proces complex in care pot fi evidentiate mai multe etape:
A. initierea transcriptiei
B. elongarea lantului poli-ribonucleotidic
C. incheierea
A. Initierea transcriptiei
Transcriptia presupune copierea unei anumite portiuni din ADN numita gena, care trebuie identificata in
molecula de ADN. Gena nu este recunoscuta in mod direct ci mai intai este recunoscuta o secventa situata
in imediata vecinatate a genei numita promotor. Asadar initierea transcriptiei incepe prin recunosterea
promotorului unei gene. Rolul promotorului este acela de a indica cu precizie locul de incepere a
transcriptie.

Initierea transcriptiei este un proces foarte complex care presupune un numar mare de evenimentecare pot
fi grupate in doua etape:
1. recunoasterea promotorului
2. formarea complexului de transcriptie
1. Recunoasterea promotorului-structura promotorului
Data fiind diversitatea genelor ce codifica toate proteinele organismului, rezulta in mod evident ca si
promotorii acestora vor fi de o mare varietate fiind alcatuiti din extrem de diferite. Cu toate acestea
promotorii prezinta o serie de secvente comune numite casete care au roluri bine definite. Aceste secvente
conservate (care difera foarte putin de la gena la gena) numite secvente consens sunt alcatuite din aprox.
10 perechi de baze, au roluri diferite si se numesc dupa continutul lor:
caseta TATA situata in jurul pozitiei -30 in amonte de locul transcrierii. La aceasta caseta
se ataseaza factorii de transcriptie ce au rol, in principal, in asamblarea echipamentului
de transcriptie numit complex bazal de transcriptie
caseta GAAT/GC situata in jurul pozitiei -70 in amonte de punctul de start al
transcriptiei, la care se leaga o parte din factorii ce au rol in reglarea procesului de
transcriptie

A fost stabilita conventional o nomenclatura si o numerotare care sa evite confuziile privind promotorii si
locatia genelor:
- termenul amonte se refera la regiuni ale ADN situate in stanga locului de incepere a transcriptiei adica
spre capatul 5 in timp ce termenul aval se refera la regiunea situata in dreapta genei adica spre capatul
3
- punctul de start al transcriptiei reprezinta prima baza copiata, este considerat pozitia 1 a genei si este
notat cu +1 (pozitia 0 nu exista). Pozitia +1 a genei corespunde pozitiei primei baze de la capatul 5 al
ARN-ului transcript
- secventele ce preced prima baza copiata sunt numerotate cu semnul si se spune ca sunt situate in
amonte (upstream) p si sunt pozitionate inspre capatul 5
- secventele ce urmeaza primei baze copiate sunt notate cu semnul +, se spune ca sunt situate in
aval(downstream) si sunt pozitionate inspre capatul 3
2. Formarea complexului de transcriptie
Complexul de transcriptie este format din :
a. ARN polimeraza care nu recunoaste singura promotorul deci nu stie unde sa se fixeze
(enzima oarba)
b. Factori de transcriptie care sunt un grup de proteine (aproximativ 35 proteine) al caror
rol este acela de a dirija si pozitiona ARN polimeraza la gena si de a recruta si asambla
toate proteinele necesare copierii
c. Factorii de reglare care sunt proteine cu rolul de a promova/inhiba transcriptia si care
pot opera singuri sau impreuna cu alte proteine co-reglatoare. Ei au rolul de a imprima un
anumit ritm transcriptiei.

a. La eucariote exista trei tipuri diferite de ARN polimeraze(ARN P) responsabile de sinteza ARNm,
ARNt respectiv ARNr. ARN polimeraza II este responsabila de sinteza hnARN, precursorul ARNmesager
matur (vezi transcriptia).

b. Factorii bazali ai transcriptiei, notati TF II (transcrition factors, notatia II provine de la ARN P II) A,
B, C, D, E....H, fiecare cu o anumita functie, vin in contact mai intai cu ADN, apoi vin in contact unii cu
altii si cu ARN P II, pe care o fixeaza la promotor. Complexul format din factorii de transcriptie impreuna
cu ARN P II formeaza complexul bazal de transcriptie, deoarece acesta poate initia dar cu o viteza mica
(bazala). Atasarea factorilor de reglare permite desfasurarea transcriptiei in ritmul si la viteza ceruta de
nevoile celulare. Factorii de transcriptie actioneaza in linii mari astfel:
Primul factor bazal al transcriptiei TBP (TATA binding protein) se leaga direct de caseta TATA, apoi prin
intermediul TFIIB (o ATP-aza) leaga ARN PII dirijand-o spre locul sintezei. Factori suplimentari ataseaza
TFIIH (o helicaza) care sa separe dublul helix in fata ARNPII, alti factori asambleaza si stabilizeaza acest
complex (fig. A).
c. Factorii reglatori sunt proteine care activeaza/blocheaza transcriptia se mai numesc inductori respectiv
represori. Ei actioneaza direct cu complexul de transcriptie sau prin intermediul altor factori numiti
mediatori sau co-reglatori
Secventele de ADN la care se leaga factorii reglatori se numesc:
enhanceri, daca factorii care se leaga la secventa determina activarea transcriptiei
silancer, daca factorii care se leaga la secventa i determina inhibarea transcriptiei
elemente de raspuns notate RE (response element), daca factorii care se leaga la secventa
sunt o serie de intermediari ai unor molecule semnal (mesageri secunzi receptori
hormonali)
Enhancer/silancer sunt secvente scurte formate din 10-20 perechi de baze, situate la distanta mare
inainte sau dupa promotor. Cuplarea lor cu activatori/represori, cresc/scad viteza de initiere a transcriptiei
(ritmul transcriptiei). Implicarea lor reprezinta etapa limitanta de viteza a procesului. Functia lor se
realizeaza ca urmare a interactiunii cu factorii de transcriptiei legati de promotor direct sau prin
intermediul mediatorilor si are ca efect inducerea unor modificari conformationale ale moleculei de ADN
(indoirea lantului ADN) care poate fi favorabila sau defavorabila transcrierii. De regula enhancerii sunt
localizati pe aceeasi molecula a ADN cu gena activata.
Elementele de raspuns sunt secvente de nucleotide situate la distanta fata de punctul de start sau
de promtor pe care se fixeaza o serie de intermediari ai unor semnale celulare, ca de exemplu hormonii,
proteinele de stres = heat-schok proteins.
Exp: pe RE se fixeaza de regula receptorii pentru hormonii steroizi.

Dupa realizarea tuturor etapelor de recunoastere, recrutare si asamblare a complexului de transcriptie

semnalul final pentru inceperea transcriptiei este dat de multiplele fosforilari a domeniului C-terminal a
ARN polimerazei. In forma fosforilata ARN polimeraza se autoelibereaza impreuna cu unele proteine din
complexul bazal si incepe sinteza ARN-ului transcript primar (fig.B).

B. Elongarea
ARN polimeraza realizeaza sinteza in directia 5->3 rezultand transcriptul primar care va contine A, U G
C (fig. B). In cazul ARN P II transcriptul primar este hnARN precursorul ARN m.
C. Terminarea transcriptiei
Terminarea transcriptiei presupune doua evenimente:
1. Pentru ca ARN transcript primar sa poate disocia de pe matrita este necesar ca acesta sa fie capabil sa
formeze un ac de par, care va incetini inaintarea ARN si in final o va opri.
Aparitia acestei structuri este dictata de o secventa specifica numita secventa palindrom care este bogata
in baze GC si caracterizata de o simetrie dubla. Dubla simetrie consta in faptul ca secventa de pe o catena
citita in directia 5->3 este aceeasi cu o secventa situata pe catena complementara citita in aceeasi
directie. Prezenta bazelor G si C, intre care se formeaza 3 legaturi de hidrogen, va stabiliza structura de ac
de par a transcriptului primar.
2. Dupa formarea acului de par, ARN polimeraza intilneste pe matrita o regiune bogata in A. Aceasta
determina in ARN transcript aparitia unei secvente complementare bogata in U. Legatura formata intre A
apartinand matritei si U apartinand transcriptului este slaba si favorizeaza desprinderea transcriptului.

3.3 Modificari postranscriptionale

Transcriptul primar reprezinta o copie liniara a genei. Acesta sufera o serie de modificari posttranscriptionale pentru a putea deveni functional. Aceste modificari au loc in timpul procesului de
transport din nucleu unde a avut loc transcriptia in citoplasma unde va avea loc translatia.
Modificari ale ARN r
Molecule de ARNr provin dintr-un precursor comun. Acesta este scindat in fragmente de ARN de diferite
dimensiuni 28S, 5,8S, 18S sub actiunea unei endonucleaze. Proteinele destinate a intra in alcatuirea
ribozomilor se asociaza cu aceste fragmente inainte, in timpul sau dupa prelucrarea lor
postranscriptionala.
Modificari ale ARNt
Precursorii ARNt sufera urmatoarele modificari pentru a deveni functionali:
anumite secvente sunt excizate din precursori
la capatul 3 se aditioneaza o secventa CCA de catre o nucleotidil transferaza
unele baze, situate in anumite pozitii, sunt modificate rezultand baze azotate
neconventionale care permit asocieri neuzuale intre bazele complementare.
Modificari ale ARNm
Transcriptul primar al ARNP II este hnARN (heterogenous nuclear ARN). Acesta sufera trei modificari
posttranscriptionale: la capatul 5, la capatul 3 si in interiorul catenei, devenind ARNm matur functional.

1. Modificarile capatului 5 constrau in adaugarea unui capsule cap care contine 7-metil guanozina
legata prin legatura 5-5 trifosfat la capatul 5 al ARN. Gruparea metil din pozitia 7 a guaninei
provine de la SAM (sulf adenozil metionina) si este realizata de S adenozil metionin transferaza.
Metilarea se pare ca are drept scop stabilizarea ARNm si facilitarea translatiei in sensul ca 7-metil
guanozina devine semnalul de recunostere al sensului de citire a ARNm.
2. Modificarile capatului 3 constau in atasare la aceasta pozitie a unei cozi de pana la 200
polinucleotide de tip adenilic, asa-numita coada poli-A. Aceasta secventa nu este transcrisa din
ADN ci adaugata dupa transcriptie de o enzima numita poliA-polimeraza. Rolul acestei cozi este
de a facilita iesirea ARN din nucleu si de a-l proteja fata de actiunea exonucleazelor.
3. Modificarile efectuate in interiorul transcriptului primar se refera la excizia intronilor.
Excizia intronilor
hnARN precursorul ARNm este alcatuit din doua tipuri de secvente si anume:
secvente care codifica lanturi polipeptidice (proteine) numite exoni (expressed regions)
secvente care nu codifica lanturi polipeptidice (proteine) numite introni (intervening
regions
In procesul de maturare al transcriptului primar al ARN-ului mesager eucariotic sunt indepartati intronii.
Secventele codificatoare ramase adica exoni sunt inadite (splicing) spre a forma ARN matur.
In operatia de indepartare a intronilor intervin doua elemente importante:
gruparea hidroxil de la pozitia 2(si care la ADN nu exista) care are functie catalitica
intrinseca. Aceasta grupare poate hidroliza legatura fosfodiesterica dintre doua
nucleotide.
spliceozomul care este un complex format dintr-o serie de proteine numite snurps (small
nuclear proteins) notate U1-U6. Acesta recunoaste limitele dintre exoni si introni la
nivelul anumitor secvente continute in hnARN ( intronii prezinta la capatul 5 bazele GU
si la capatul 3bazele AG)

Splicingul alternativ
Procesul de splicing apare doar la eucariote. Este un proces normal care favorizeaza aparitia marii
diversitati a proteinelor. Prin acest proces acelasi ARN transcript primar poate fi prelucrat diferit, in celule
diferite si la stimuli diferiti. Iau nastere astfel proteine cu secvente diferite numite proteine izoforme. Desi
in genere acest proces este favorabil uneori poate conduce la afectiuni cum sunt cancerele.