Întemeierea Moldovei pornește de la descălecatul lui Dragoș (1353) și
descălecatul lui Bogdan I (1363), coborâți amândoi din Maramureș. Dragoș reușește doar să înființeze o nouă entitate politico-teritorială numită Moldova, dependentă însă de Regatul Ungar. Întemeietorul de drept al statului independent Moldova, cu reședința la Baia, este considerat, însă, Bogdan I, supranumit și Bogdan întemeietorul. El a asigurat independența țării și i-a asigurat prima dinastie. A fost și ctitor de lăcașuri sfinte, ridicând biserica Sfântul Nicolae din Rădăuți, unde avea să fie înmormântat. După Bogdan a urmat Lațcu, iar apoi Petru Mușat, care a stabilit scaunul domnesc la Suceava, desăvârșind organizarea politico-administrativă a statului său. O dată cu statul moldovean unitar, putem afirma că și în Moldova, ca în Țara Românească, a apărut și o organizare bisericească unitară, având în fruntea ei un singur ierarh, cu titlul de mitropolit. Reședința, se pare, a fost inițial la Rădăuți, biserica cu hramul Sfântul Nicolae ținând locul de catedrală mitropolitană. În sprijinul acestei afirmații vine și faptul că domnii moldoveni din secolul al XIV-lea au fost îngropați în această biserică. Primele încercări de a obține recunoașterea mitropolitului din partea Patriarhiei Ecumenice se datorează lui Petru Mușat. Nu se cunosc cu certitudine împrejurările în care a avut loc recunoașterea ei. După o ipoteză, domnitorul s-a adresat mitropolitului Antonie a Halciului cu rugămintea de a-i hirotoni doi episcopi aleși de el: pe Iosif și pe Meletie, după care s-a adresat Patriarhiei să-i recunoască, pe Iosif ca mitropolit al Moldovei (cu scaunul la Suceava) și pe Meletie ca episcop, ceea ce patriarhul n-a acceptat, motiv care a dus la conflictul cu Patriarhia Ecumenică până în 1401. Ipoteza cea mai plauzibilă este că Petru Mușat a fost cel care l-a ridicat pe Iosif, ierarhul de la curtea sa, la treapta de mitropolit cu scaunul la Suceava, situație care se potrivea și cu poziția Țării Moldovei, independentă. E posibil ca mitropolitul Iosif să fie aceeași persoană cu Iosif, fostul mitropolit de Rădăuți, consemnat al treilea în pomelnicul de la Rădăuți. Pentru a fi în legalitate, Petru Mușat a cerut Patriarhiei Ecumenice recunoașterea acestei situații din țara sa. Nu se poate și când a adresat Petru Mușat cererea sa Patriarhiei, probabil între 1381-1386, când a fost ctitorită Biserica Mirăuți din Suceava, care a slujit drept catedrală mitropolitană pentru un veac și jumătate. Nu este vorba de întemeierea unei mitropolii, ci de recunoașterea ei canonică din partea Patriarhiei Ecumenice, la fel ca și în Țara Românească. Însă Nil, Patriarhul de Constantinopol, a refuzat recunoașterea celor doi ierarhi, ba chiar a hirotonit ca mitropolit al Moldovei pe grecul Teodosie în anul 1391. Nici patriarhii următori n-au avut atitudine binevoitoare. După ce poporul respinge pe Teodosie, patriarhul numește pe Ieremia, care respins fiind și el, aruncă anatema asupra întregii țări, și se întoarce la Constantinopol. Ștefan I încearcă din nou să pună capăt neînțelegerilor, trimițând o solie la Constantinopol, în frunte cu protopopul Petru pentru a se ridica blestemul și a fi recunoscuți cei doi ierarhi. Ca răspuns, patriarhul numește pe Petru ca „exarh patriarhal” în Moldova, un fel de locțiitor de mitropolit, învestindu-l cu prerogativele administrative ale unui mitropolit, delegat să administreze provincia eclesială bizantină numită „Mitropolia Moldovei”. Nu acceptă să-i recunoască pe cei doi ierarhi, cerându-i domnitorului chiar să îi alunge din țară pe acești nebinecuvântați, cărora le și trimite o scrisoare patriarhul, mustrându-i, și chemându-i la judecată dacă vor să își afle mântuirea. O scrisoare trimite patriarhul și poporului Moldovei, cu scopul de a-l ridica împotriva celor doi episcopi. Aceste scrisori și amenințări au rămas însă fără urmări. Însă numirea protopopului Petru în 1395 ca exarh patriarhal reprezintă pentru Moldova, de fapt, crearea unei noi funcții. Situația creată era destul de tensionată și genera neliniște ambelor părți: pe de o parte nici moldovenii nu erau liniștiți știindu-se sub anatemă din partea Patriarhiei de Constantinopol, cea mai înaltă autoritate bisericească din Răsărit, iar pe de altă parte nici Patriarhia nu putea rămâne în această situație, într-o vreme când propaganda catolică era foarte activă, existând cel puțin riscul ca Moldova să cadă sub influența acesteia. De aceea, solia trimisă de Alexandru cel Bun la Patriarhia Ecumenică în iulie 1401 cu rugămintea de a recunoaște pe Iosif ca mitropolit a fost primită cu toată bunăvoința. Delegația moldoveană, formată din boieri și ieromonahi, a înmânat patriarhului și sinodului mai multe scrisori, răspunzând direct la întrebările puse în legătură cu Iosif, originea și hirotonia sa. Deoarece unii membri ai sinodului aveau îndoieli asupra lui Iosif, s-a hotărât să fie trimiși în Moldova doi delegați: ieromonahul Grigorie Țamblac și diaconul Manuil Arhon, care să cerceteze validitatea hirotoniei lui Iosif. Și de vor găsi autentică hirotonia lui de către episcopul Haliciului, aceștia îi acordau lui Iosif dreptul de a oficia slujbe, de a hirotoni și de a îndeplini toate cele bisericești fără piedică. Astfel au întocmit un raport patriarhului prin care propuneau ridicarea interdicției sub care era Iosif. Raportul a fost pus în discuția sinodului: 2 pentru, 2 împotrivă. Patriarhul atunci, fără o altă procedură sinodală, a hotărât cu de la sine putere să numească pe Iosif ca mitropolit al Moldovei, fapt ce i-a adus necazuri, chiar și îndepărtarea din scaun pentru un timp. Ieremia a contestat decizia patriarhului ca fiind necanonică. Potrivit unei tradiții, reședința primului mitropolit al Moldovei a fost la Mănăstirea Mirăuți din Suceava, ctitoria lui Petru Mușat. Pentru creșterea prestigiului atât a scaunului domnesc, cât și al reședinței mitropolitane, Alexandru cel Bun a adus moaștele Sfântului Ioan cel Nou de la Cetatea Albă. La aducerea lor, în apropiere de Iași, la locul numit Poiana Vlădicăi, au fost întâmpinate de domnitor, mitropolit, boieri și o mulțime de preoți și credincioși, însoțindu-le până la Suceava. Mitropolitul Iosif a sfințit mănăstirile Bistrița și Moldovița. În calitate de mitropolit, a devenit sfetnic domnesc.